组织样品送样建议 A0 组织... · 2018-11-26 · 组织样品送样建议...
Transcript of 组织样品送样建议 A0 组织... · 2018-11-26 · 组织样品送样建议...
组织样品送样建议
文件编号: SOP-SMM-032
版本号: A3
生效日期: 2018-11-23
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第1页 共 19 页
目录
关于本指南 ............................................................................................................................................................... 3
1 组织送样量要求 ............................................................................................................................................... 5
1.1 DNA 提取组织送样量要求 ........................................................................................................................ 5
1.1.1 de novo(二代) ..................................................................................................................................... 5
1.1.2 Meta .......................................................................................................................................................... 5
1.1.3 重测序 ...................................................................................................................................................... 6
1.1.4 表观 .......................................................................................................................................................... 6
1.1.5 免疫组库测序 .......................................................................................................................................... 6
1.1.6 基因分型 .................................................................................................................................................. 7
1.2 RNA 提取组织送样量要求 ........................................................................................................................ 7
1.2.1 常规 RNA 类产品.................................................................................................................................... 7
1.2.2 环状 RNA 测序........................................................................................................................................ 7
1.2.3 免疫组库测序 .......................................................................................................................................... 8
2 组织采集保存指南 ........................................................................................................................................... 9
2.1 细胞 ............................................................................................................................................................ 9
2.1.1 细胞样品收集方法 .................................................................................................................................. 9
2.1.2 细胞样品的保存及运输要求 ................................................................................................................ 10
2.2 全血 .......................................................................................................................................................... 10
2.2.1 用于提取 DNA 的全血保存方法及运输要求 ...................................................................................... 11
2.2.2 用于提取 RNA 的全血保存方法及运输要求 ...................................................................................... 11
2.3 动物组织(不包括节肢动物) ............................................................................................................... 11
2.3.1 用于提取 DNA 的动物组织保存方法及运输要求 .............................................................................. 11
2.3.2 用于提取 RNA 的动物组织保存方法及运输要求 .............................................................................. 12
2.4 节肢动物 .................................................................................................................................................. 12
2.4.1 液氮速冻法 ............................................................................................................................................ 13
2.4.2 商业核酸保护液保存法 ........................................................................................................................ 13
2.5 植物组织 .................................................................................................................................................. 13
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第2页 共 19 页
2.5.1 液氮速冻法 ............................................................................................................................................ 13
2.5.2 商业核酸保护液保存法 ........................................................................................................................ 14
2.6 菌体样品 .................................................................................................................................................. 14
2.6.1 液氮速冻法 ............................................................................................................................................ 14
2.7 唾液 .......................................................................................................................................................... 14
2.7.1 用于提取 DNA 的唾液保存方法及运输要求 ..................................................................................... 14
2.8 Meta .......................................................................................................................................................... 14
2.8.1 液氮速冻法 ............................................................................................................................................ 14
2.8.2 商业核酸保护液保存法 ........................................................................................................................ 16
2.9 FFPE ......................................................................................................................................................... 16
2.9.1 用于提取 DNA 的保存方法及运输要求.............................................................................................. 16
2.9.2 用于提取 RNA 的保存方法及运输要求 .............................................................................................. 16
2.10 血清/血浆 ............................................................................................................................................... 16
2.10.1 血清样本制备 ..................................................................................................................................... 16
2.10.2 血浆样本制备 ..................................................................................................................................... 17
2.11 定制化类产品 ........................................................................................................................................ 17
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第3页 共 19 页
关于本指南
本指南详细介绍 BGI 科研服务常规项目组织样品的送样要求及制备方法。采集送样前请
详细阅读本指南。
声明
对于危害程度为第一、二类的高致病性样品,只接收提取后的核酸样品,不接收组织、
血液、菌体等样品。对于危害程度为三、四类的致病性或传染性的样品(组织、血液、菌体
等),必须先通过销售或项目管理与华大技术人员沟通,确认无高致病和传染性且能进行后续
实验后再安排样品寄送。危害程度的判定标准具体参见《人间传染的病原微生物名录》 。
如有任何疑问,请联系华大基因有限公司客服邮箱 [email protected] 或客服电话
400-706-6615。
提取风险提示和注意事项:
核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及
环境等因素息息相关,故 BGI 无法完全保证提取质量,望合作伙伴知悉理解,并做好组织备
份。为保障获得相对较高质量的核酸,请合作伙伴务必按照以下指导原则准备样本,更多细
节请参照 BGI《组织送样建议》。对于难以获得的珍贵样本、微量样本,建议合作伙伴自行提
取。
a) 组织速冻时间:组织离体后,胞内核酸便开始降解,尤其是 RNA,故采集时,目的组织
离体后,需立即速冻,建议 5min 内完成,越快越好。
b) 组织送样量:建议送样量适用于 95%的物种组织,少部分组织因胞内核酸量较低,需适
当增加送样量,比如动物皮肤,植物果实、根等。请严格按照《组织送样建议》要求送样,
送样量过少或过多均不利于提取实验,下限为建议量的一半,上限为建议量的 3 倍。随着技
术发展,当前大部分产品建库起始量较低,不需要太多组织,采样量过多反而会造成速冻不
彻底、提取取样困难、冻融降解等危险。
c) 组织保存管的选择:所有组织样品务必使用下图/表的离心管或螺纹管保存,切勿直接装
入密封袋(低温冻脆易破裂,导致样品泄露,交叉污染)保存。
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第4页 共 19 页
组织类型 保存管选择
植物组织&大型块状菌类 5 mL 螺纹旋盖保存管
动物组织 2 mL 螺纹旋盖保存管
细胞&单细胞菌类 1.5 mL EP 管
Meta 类 2.0 mL EP 管
DNA de novo 产品组织 50 mL 螺纹旋盖离心管
d) 组织样品保存方法选择:首选液氮速冻;没有液氮条件的,可直接放入-80℃冰箱冻存;
环境条件限制的,可使用商业核酸保护液保存(这类试剂对动物组织可起到一定的效果,植
物、菌类、细胞,微量样品不建议使用),并严格按相应试剂说明操作。
e) 冻融组织: 组织冻存后,一旦冻融,RNA 降解概率大于 80%,几乎不可能提取成功,
此类组织不建议送样。请合作伙伴送样前注意组织保存状态, 确保组织未发生过冻融情况。
f) 长年保存的组织:保存时间超过一年的组织不建议送样。
g) 组织分离要求:合作伙伴需自行分离好绝对目的部位组织(如目的部位为叶片,就不能
含有茎),提取实验时无法精确取样,无法称重。提取 kit 只能装载一定组织量,组织量多的
不能全部取样,只随机选取适量组织提取,也无法多管合并混匀提取,有这类特殊实验设计
要求的,请合作伙伴提取核酸后送样。
h) 对于同一个组织样品需要同时提取 DNA 和 RNA 的,请务必分成两管分批次送样。
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第5页 共 19 页
1 组织送样量要求
1.1 DNA 提取组织送样量要求
1.1.1 de novo(二代)
产品类型
组织类型
≤800bp 2~10 kb ≥20 kb ≤800bp PCR
Free
新鲜培养细胞 (细胞数) ≥5×106cell ≥1×107cell ≥5×107cell ≥1×107cell
新鲜动物组织干重 ≥50mg ≥300mg ≥800mg ≥300mg
新鲜植物组织干重 ≥200mg ≥800mg ≥1g ≥800mg
全血(哺乳动物) ≥1 mL ≥2 mL ≥3 mL ≥2 mL
全血(非哺乳动物) ≥0.5mL ≥1mL ≥1 mL ≥1mL
菌体 (细胞数或干重) ≥5×106cell
or≥200mg
≥2×107cell
or≥800mg ≥5×107cell or≥1g
≥1×107cell or
≥800mg
注:三代测序组织送样要求参见《PacBio 项目组织送样建议》
1.1.2 Meta
产品类型
组织类型 宏基因组测序 扩增子测序
Meta (Stool) 600mg-2g 100mg-1g
Meta (Soil) 600mg-2g 200mg-1g
其它 Meta 类型 送样前咨询 ≥200mg
Meta 类样品组织类型复杂,不同样品类型,微生物丰度不一,且含一定量已经凋亡微生
物,会有一定降解,提取结果波动大。
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第6页 共 19 页
1.1.3 重测序
产品类型
组织类型
WGS(PCR free
参考 1.1.1) WES 目标区域捕获 RAD GBS
新鲜培养细胞 (细胞数) ≥5×106cell ≥1×106cell
新鲜动物组织干重 ≥50mg ≥50mg
新鲜植物组织干重 ≥200mg ≥200mg
全血(哺乳动物) ≥1 mL ≥1 mL
全血(非哺乳动物) ≥0.5mL ≥0.5mL
菌体 (细胞数或干重) ≥5×106cell or ≥200mg —
FFPE ≥ 10 片,未染色,100 mm2,5 ~ 10μm 厚度 —
Saliva — ≥1mL (推荐 DNA
Genotek collection kit)
1.1.4 表观
产品类型
组织类型 WGBS
TBS
Nimblegen EZ Agilent
新鲜培养细胞(细胞数) ≥1×106cell ≥1×106cell ≥2×106cell
新鲜动物组织干重 ≥50mg ≥50mg ≥100mg
新鲜植物组织干重 ≥200mg ≥200mg ≥300mg
全血(哺乳动物) ≥1 mL ≥1 mL ≥2 mL
全血(非哺乳动物) ≥0.5mL ≥0.5mL ≥1mL
1.1.5 免疫组库测序
产品类型
组织类型 免疫组库
新鲜培养细胞(细胞数) ≥1×106cell
新鲜动物组织干重 ≥200mg
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第7页 共 19 页
全血(哺乳动物) ≥2 mL
1.1.6 基因分型
产品类型
组织类型 基因分型
新鲜培养细胞(细胞数) ≥1×106cell
新鲜动物组织干重 ≥50mg
新鲜植物组织干重 ≥200mg
全血(哺乳动物) ≥1 mL
全血(非哺乳动物) ≥0.5mL
唾液 ≥1 mL(推荐 DNA Genotek 管收集)
1.2 RNA 提取组织送样量要求
1.2.1 常规 RNA 类产品
产品类型
组织类型 转录组 表达谱 LncRNA 真核 small RNA
新鲜培养细胞(细胞数) ≥2×105cell
新鲜动物组织干重 ≥30mg
新鲜植物组织干重 ≥100mg
全血
≥ 1 mL 全血收集的淋巴细胞 or
≥ 1 mL Paxgene Blood RNA tube / RNAprotect® Animal Blood
Tubes 收集的全血
菌体 (细胞数或干重) ≥2×105cell or ≥30mg
FFPE ≥ 5 片,未染色,100 mm2,5 ~ 10μm 厚度
1.2.2 环状 RNA 测序
产品类型 CirRNA-Seq
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第8页 共 19 页
组织类型
新鲜培养细胞(细胞数) ≥1×106cell
新鲜动物组织干重 ≥50mg
新鲜植物组织干重 ≥200mg
全血(哺乳动物) ≥ 2.5 mL 淋巴细胞 or ≥ 2.5 mL Paxgene Blood RNA tube / RNAprotect®
Animal Blood Tubes 收集的全血
1.2.3 免疫组库测序
产品类型
组织类型 免疫组库
新鲜培养细胞(细胞数) ≥2×105cell
新鲜动物组织干重 ≥30mg
全血(哺乳动物) ≥ 1 mL 全血收集的淋巴细胞 or ≥ 1 mL Paxgene Blood RNA tube /
RNAprotect® Animal Blood Tubes 收集的全血
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第9页 共 19 页
2 组织采集保存指南
2.1 细胞
2.1.1 细胞样品收集方法
2.1.1.1 刮取式分离方法收集贴壁细胞:
倒掉培养基,加入 1.5mL 无菌 1×PBS 溶液,用移液枪吹打细胞,直到细胞全部脱 离瓶
底为止。对于贴壁牢固的培养细胞,可以用细胞刮勺剥离细胞。将细胞连同 PBS 溶液一起
收集到无核酸酶的 2.0mL EP 管中,300-500×g (1100-1500 rpm)离心 5 分钟,弃上清,收
集沉淀细胞。
2.1.1.2 胰蛋白酶处理方法收集贴壁细胞:
a) 倒掉培养液,用无菌 1× PBS 溶液洗涤细胞,然后加入正好能盖住单层细胞的胰 酶溶液:
如 150mm 培养瓶需加入 2mL 胰酶溶液,100mm 培养皿需加入 1mL 胰酶溶 液。 轻轻晃
动器皿使胰酶均匀分布在细胞层上,直到细胞松动(一般 1-2 分钟);
b) 一旦细胞松动,尽快弃去胰酶溶液(倾斜平皿或培养瓶以便用枪头尽量吸去多余 的溶
液),加入 1×PBS 溶液,用移液枪吹下贴壁的细胞;
c) 将细胞连同 PBS 溶液一起收集到 Nuclease-free 的螺纹旋盖的 EP 管中,300-500×g(1100-
1500rpm) 离心 5 分钟,弃上清,收集沉淀细胞。
2.1.1.3 悬浮细胞的收集:
a) 将悬浮的细胞连同培养液一起倒入合适的离心管中,300-500×g (1100-1500 rpm) 离心
5 分钟 ;
b) 使用无菌 1×PBS 溶液洗涤沉淀的细胞,转入 1.5 或 2.0 mL 离心管中,300-500×g (1100-
1500 rpm) 离心 5 分钟,弃上清,收集沉淀的细胞。
2.1.1.4 ChIP-Seq 细胞样品
用于ChIP-Seq细胞样品:一次样品制备至少需要5×107 个培养的细胞,多次制备细胞总
数=样品制备次数×5×107 个(人和小鼠细胞系,1×107可以考虑建库,为增加建库成功率请
尽可能提供更多的细胞)。送样时需同时提供单独分装的一管小量的样品(正式实验样品总
量的1/10)以供BGI做前期检测;特殊类别组织需提前协商提取事宜。
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第10页 共 19 页
A. X-ChIP 送样前处理
a) 用 PBS 缓冲液(pH7.4)新鲜配制浓度为 1%的甲醛溶液,并置于 37 ℃水浴锅预热待用;
b) 收集细胞于 15 mL 离心管中,850 g 离心 5 min 后弃除细胞培养基,加入 5 mL 预热的甲醛
溶液,重悬细胞,37 ℃放置 10 min,每隔 3-5 min 混匀一次;
c) 加入终浓度为 125 mM 的甘氨酸终止交联,混匀后室温摇匀 5 min;
d) 850 g 离心 5 -15min 后收集细胞,用预冷的 PBS 缓冲液清洗细胞 2 次,离心去掉吸去上清;
e) 滴加 1 mL 冰预冷的 PBS 完全液(PBS+1×Protein Inhibitor Cocktail)至离心管中,然后将
所有细胞转入离心管中。850 g 离心 5 min 后去除上清,收集好细胞,置于-80 ℃冰箱冻存,
或大体积干冰运输,且要保证华大在收到样品开箱检验时有足够的干冰剩余。
B. N-ChIP 送样前处理
a) 离心收集细胞于 15mL 离心管中;
b) 用预冷的 PBS 缓冲液清洗细胞 2 次;
c) 滴加 1 mL 冰预冷的 PBS 完全液(PBS+1×Protein Inhibitor Cocktail)至离心管中,然后将
所有细胞转至离心管中。850 g 离心 5 min 后去除上清,收集好细胞,置于-80 ℃冰箱冻存,
或大体积干冰运输,且要保证华大在收到样品开箱检验时有足够的干冰剩余。
2.1.2 细胞样品的保存及运输要求
2.1.2.1 DNA 提取
液氮速冻法:离心收集的细胞直接液氮速冻后,转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰
运输寄送。
2.1.2.2 RNA 提取
液氮速冻法:离心收集的细胞直接液氮速冻后,转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰
运输寄送。
TRIzol 裂解法:
a) 离心收集的细胞立速溶于 TRIzol 裂解,参考用量为每 1×106 个细胞加 1 mL TRIzol;
b) 细胞溶于 TRIzol 后,如出现成团,需用吸头将细胞团吹打散,或者激烈震荡混匀,使细
胞完全溶于 TRIzol 中充分裂解;
c) 之后转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.2 全血
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第11页 共 19 页
2.2.1 用于提取 DNA 的全血保存方法及运输要求
2.2.1.1 EDTA 管采集
要求为全血样本,使用 EDTA 抗凝的采血管采集样品(由于会影响后续建库实验,禁止
使用肝素抗凝),采集血液时,必须经过抗凝,避免出现凝结成块。新鲜采集好的抗凝血液,
用移液器转移到 2mL 离心管中,足量冰袋或干冰寄送;冷冻的血液,干冰寄送。注意:由于
EDTA 抗凝采血管大多为玻璃易碎材质,切勿使用采血管原管寄送,以防采血管在运输转移
途中破裂,造成样品污染、损失。
2.2.2 用于提取 RNA 的全血保存方法及运输要求
全血 mRNA 中含有高丰度的 globin mRNA 转录本。这些转录本可以占到全部 mRNA 组
分中的 70%。这些转录本序列保守,研究价值极为有限,因此其存在会造成数据浪费,并显
著降低对其他低丰度转录本检出的灵敏性。由于 globin mRNA 主要来自成熟红细胞,因此
BGI 强烈建议全血提取时先分离白细胞后再提取 RNA。若实在无条件分离白细胞,可以用全
血收集管送样,但务必与销售代表先行沟通。
2.2.2.1 分离白细胞或有核细胞(须在血液采集后半小时内进行,血液不能冻存)
a) 在已加入抗凝剂(推荐 EDTA,禁止使用肝素)的新鲜全血中加入等体积 PBS(1×),充
分混匀;
b) 缓慢转入另一已加入淋巴细胞分离液的离心管中,并使上述混合液处于淋巴细胞分离液
液面之上(即两种液体不要混合,保留清晰的接口),3000 g 离心 30 min;
c) 用移液器小心分离出白细胞层;用 PBS(1×)清洗白细胞,离心回收白细胞,弃去上清;
d) 按 2mL 血液分离的白细胞加入 1mL TRizol 的比例加入适量 TRIzol 试剂,用吸头将细胞
团吹打散,或者激烈震荡混匀,使细胞完全溶于 TRIzol 中充分裂解;
d) 转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.2.2.2 使用 PAXgene™ Blood RNA Tubes (16x100 mm / 2.5mL)
a) 产品名称:Cat No. 762165 PAXgene Blood RNA Tube (16x100 mm / 2.5mL);
b) 操作方法详见产品说明书,并按照说明书操作保存运输样品。
2.3 动物组织(不包括节肢动物)
2.3.1 用于提取 DNA 的动物组织保存方法及运输要求
2.3.1.1 液氮速冻法
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第12页 共 19 页
a) 活体取材后立即用干净清水或 0.9%生理盐水漂洗,以去除血渍和污物,并剔除结缔组织
和脂肪组织等非研究所需的组织,吸干材料表面的液体;
b) 将组织样品分割成约 50 mg 的小块(约黄豆大小),液氮速冻后,放入干净的带螺纹旋盖
的保存管中,组织样品装入到保存管前务必要切成小块,切勿大块组织直接塞入保存管中,
会导致提取时组织难以从管中取出,加大降解风险;
c) 转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.3.1.2 商业核酸保护液保存法
如果采用商业核酸保护液保存样本,请一定严格按照试剂说明书要求规范操作,使组织
块厚度尽量保持在 5mm 左右,以保证试剂充分渗透组织细胞内。
活体组织离体后,建议在 3min 内进行液氮速冻,速冻前操作时间越长,核酸降解的可能
性越大。
2.3.2 用于提取 RNA 的动物组织保存方法及运输要求
2.3.2.1 液氮速冻法
a) 活体取材后立即用干净清水或 0.9%生理盐水漂洗,以去除血渍和污物,并剔除结缔组织
和脂肪组织等非研究所需的组织类型,吸干材料表面的液体;
b) 将组织样品分割成约 50 mg 的小块(约黄豆大小),液氮速冻后,放入干净的带螺纹旋盖
的保存管中。组织装入到保存管前务必要切成小块,切勿大块组织直接塞入保存管中,会导
致提取时组织难以从管中取出,加大降解风险。
2.3.2.2 TRIzol 法
a) 如果使用 TRIzol 裂解液保存送样,请务必先进行液氮研磨破碎,然后溶于 TRIzol 中,参
考用量为 20-30mg/mL TRIzol,组织样品切勿过量;
b) 震荡混匀,常温裂解 5 min 后,转移至-80℃低温保存,运输时选择干冰寄送。
2.3.2.3 商业核酸保护液保存法
如果使用 RNAlater 之类的商业核酸保护液保存组织样品,请严格按照相应的产品使用说
明操作。尽量使组织块尺寸保持在 5mm 左右,过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀
的渗透到组织细胞内。
2.4 节肢动物
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第13页 共 19 页
2.4.1 液氮速冻法
2.4.1.1 昆虫组织
a) 个体小的,如蚊子、蚂蚁,直接放入干净带螺纹旋盖的保存管中,液氮速冻;
b) 个体大的,如毛毛虫,取得活体组织后,用清水清洗,以去除污物,吸干表面液体。将
组织样品分割成约 50 mg 的小块(约黄豆大小),液氮速冻后,放入干净的带螺纹旋盖保存管
中;
c) 转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.4.1.2 甲壳类节肢动物(虾蟹等)
a) 取得活体组织后,用清水清洗,以去除污物,吸干表面液体;
b) 解剖活体组织,只取软肉组织,将组织样品割成约 50 mg 的小块(约黄豆大小),液氮速
冻后,放入干净的带螺纹旋盖保存管中;
c) 转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.4.2 商业核酸保护液保存法
2.4.2.1 昆虫组织
取得活体组织后,用清水清洗,以去除污物,吸干表面液体。将样品分割成 5mm 左右的
小块(组织块越小,保存效果越好),放入装有商业核酸保护液的螺纹旋盖管中。
2.4.2.2 甲壳类的节肢动物(虾蟹等)
a) 取得活体组织后,用清水清洗,以去除污物,吸干表面液体;
b) 解剖活体组织,只取软肉组织,并将组织分割成 5mm 左右的小块(组织块越小,保存效
果越好),放入装有商业核酸保护液的螺纹旋盖管中,组织切割处理时应尽量在冰上进行,防
止样品降解。
2.5 植物组织
2.5.1 液氮速冻法
a) 植物材料取材后用清水将材料表面的灰尘及泥土冲洗干净,吸干材料表面的液体;
b) 将样品分割成 50~100 mg 左右的小块,放入干净的带螺纹旋盖的保存管中,立即使用液
氮速冻。
c) 转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第14页 共 19 页
2.5.2 商业核酸保护液保存法
由于植物含细胞壁,从已有经验看来,RNAlater 之类的核酸保护液难以充分渗透,对于
植物样品提取效果较差,不建议使用;
若条件有限,只能使用核酸保护液,请严格按照相应的产品使用说明操作。尽量使组织
块尺寸保持在 5mm 左右,过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀渗透到组织细胞内。
对于多糖多酚丰富的植物样本(特别是木本类植物),需暗处理 24-48 小时后再取样。
2.6 菌体样品
注意:所有菌类样品必须分离好菌体或菌丝送样,切勿连带培养基一起寄送,带培养基
的菌体无法提取。
2.6.1 液氮速冻法
a) 收集适量菌液至离心管中,通过低速离心(3000-5000g/10min)收集菌体尽可能把培养基/
培养液去除干净;
b) 加入 5mL 无菌水或 PBS 溶液清洗 1~3 次,然后转移到 1.5mL 或 2.0mL 的离心管,1500rpm
4℃离心 10min 去除上清,保留沉淀菌体,立即液氮速冻;
c) 转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.7 唾液
2.7.1 用于提取 DNA 的唾液保存方法及运输要求
2.7.1.1 商业核酸保护液保存法
a) 用于提取 DNA 的唾液样品,推荐使用 DNA Genotek 公司的 Oragene•DISCOVER
(OGR-500) (For Research) 或 Oragene•Dx (OGD-500) (For Diagnostics) collection kit;
b) 操作方法详见产品说明书,严格按照说明书操作保存运输样品。
2.8 Meta
对于 Meta 类样品提取效果,取决于样品中的微生物丰度,丰度低的样品类型,极有可能
无法提取到核酸。
2.8.1 液氮速冻法
2.8.1.1 人和大型动物粪便样品的采集
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第15页 共 19 页
a) 准备好便盆和粪便容器,洗手,带上手套收集新鲜的粪便样本;
b) 在实验室将装好受试者粪便样本,立即进行分装并标记;
c) 用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部(粪便表层含有肠粘膜脱落细胞;
外部容易污染,且接触空气后,部分细菌 DNA 开始降解),取约 50~100mg (约花生米大
小,装入 2.0mL 离心管不超过 1/3 体积)到无菌的 2.0mL 离心管中,每个样本取 3-5 管备份
d) 分装好后,立即液氮速冻或直接放入-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
如粪便样品量较多或不能马上冻存,最迟要在 2 小时之内全部收集完。
2.8.1.2 小型动物(如鼠)颗粒粪便样品采集
动物颗粒粪便样品,动物排便后立即装入 2.0mL离心管中(小鼠粪便 3粒每管),放入-80℃
低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.8.1.3 肠道内容物样品采集
a) 用无菌解剖刀,在无菌状态下取出整个肠道,切取所需肠段的内容物(条件允许的话,
可在无菌操作台进行);
b) 用无菌手术刀挖取内容物,装入无菌 2.0mL 离心管中,每管取约 50~100mg (约花生米
大小,装入 2.0mL 离心管不超过 1/3 体积)到无菌的 2.0mL 离心管中,每个样本取 3-5 管备
份;
c) 分装好后,立即放入 -80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.8.1.4 肠道组织样本采集
a) 组织样本用无菌磷酸盐缓冲液轻轻清洗,直到没有内容物流出;
b) 用无菌的显微镜玻片刮取附着在表面的组织细菌,转移到无菌的 2.0mL 离心管中;
c) 立即转入-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.8.1.5 土壤 meta 样品采集
a) 根据研究目的确定采样范围,取样器具要事先消毒灭菌处理,开始采样;
b) 去除表面浮土,使用乙醇火烧的铲子挖取地下 5~20cm 的土层;
c) 去除可见杂质后,土壤过 2mm 筛网,建议每个样品从 3 个及以上采样点采集并混合而成,
把土样装入无菌 2.0mL 离心管中,每管取约 50~100mg (约花生米大小,装入 2.0mL 离心管
不超过 1/3 体积)到无菌的 2.0mL 离心管中,每个样本取 3-5 管备份;
d) 分装好后,立即转入-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
2.8.1.6 水体样本采集
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第16页 共 19 页
请务必富集后送样,直接送水体样品的无法提取。
a) 根据研究目的确定采样深度和范围;
b) 采集好的水样需要通过滤膜进行过滤,可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜;
c) 将滤膜转移到 2.0mL 离心管中,立即转移至-80℃低温保存,送样时选择干冰运输寄送。
清亮水样:可选择小孔径的滤膜,一般选 0.22μm 或 0.45μm 的滤膜,过滤水样体积大于
10L;
浑浊水样:过滤前静置分离悬浮颗粒,也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍,再用小孔径
的滤膜进行过滤。
2.8.2 商业核酸保护液保存法
人粪便样品推荐使用 DNA Genotek 公司的 OMNIgene•GUT (OMR-200) collection kit.操作
方法详见产品说明书,按照说明书操作保存运输样品。
人粪便样品采集,我们推荐使用 DNA Genotek 公司的 OMNIgene•GUT (OMR-200)
collection kit
2.9 FFPE
2.9.1 用于提取 DNA 的保存方法及运输要求
10 张以上未经染色,面积大于 100mm2,厚度为 5~10μm 的切片,其中有核细胞数量 80%
以上,肿瘤细胞组织区域含量 70%以上,常温保存寄送。
2.9.2 用于提取 RNA 的保存方法及运输要求
5 张以上未经染色,面积大于 100mm2,厚度为 5~10μm 的切片,其中有核细胞的数量 80%
以上,肿瘤细胞组织区域含量在 70%以上,常温保存寄送。
2.10 血清/血浆
血清/血浆类液体样本由于基本不含细胞,游离核酸量极不稳定,提取得率低,波动大,
此类样品建议客户提取核酸后送样。
2.10.1 血清样本制备
a) 新鲜血液收集后,室温放置 20-60min,待血液完全凝结后,4℃1600g 低速离心 10min;
b) 将上清小心转移至新的 EP 管中,16000g 离心 10min;
c) 将上清小心转移至新的 EP 管中,建议直接进入提取环节;
d) 若非当即提取,将 c)上清转移至新的无酶螺纹管中,-80℃保存。
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第17页 共 19 页
2.10.2 血浆样本制备
a) EDTA 抗凝管收集全血后,上下颠倒 8-10 次充分混匀;
b) 4℃1600g 离心 10min,样品分层:上层血浆,中层白细胞,下层红细胞;
c) 将上层血浆小心转移至新的离心管后,4℃16000g 离心 10min;
d) 将上清小心转移至新的 EP 管中,建议直接进入提取环节;
e) 若非当即提取,将 d)上清转移至新的无酶螺纹管中,-80℃保存。
血清/血浆制备量需≥3mL(需要约 6-8mL 全血)
为提高提取质量,血清/血浆建议分离后直接提取
血液发生溶血现象后不可使用
2.11 定制化类产品
2.11.1 ATAC-Seq (染色体开放区域)
样本要求:所送样本为状态良好的细胞系冻存样本、动物新鲜冰冻组织,或活性高植物
原生质体(非冻存样本);
2.11.1.1 细胞系样本冻存
收集活性高,生长状态良好的贴壁细胞,加入适量配制好的冻存培养液,用吸管轻轻吹
打使细胞均匀并计数,调节冻存液中细胞的最终密度为 1×106/mL~1×107/mL,送样体积 1mL
及以上,细胞转移至冻存管后置于程序降温盒内,程序降温盒随后置于-80℃的冰箱内,盒内
温度会成线性下降,最大程度保持细胞活性。
关于冻存培养液和冻存盒,我们推荐如下:
序号 种类 推荐产品
1 冻存培养液
推荐产品一:
CTS™ Synth-a-Freeze™ Medium, 货号: A1371301;
品牌:Thermo Fisher
推荐产品二:
10%DMSO+90%FBS;
2 冻存盒 推荐产品一:
Corning CoolCell 程序降温盒;是一种不需要乙醇的细
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第18页 共 19 页
胞程序降温盒。
推荐产品二:
依赖异丙醇(IPA)类的程序降温盒;用之前在盒夹层内
装入 100%异丙醇;
2.11.1.2 动物组织样本制备
以肝脏、肌肉为例,取新鲜组织浸在1╳PBS(pH7.4)或HBSS缓冲液中,移至超净台,
清洗一下组织表面,去除表面的血迹;将组织置于60mm培养皿中(或1.5mL离心管中),加
入适量1╳PBS(pH7.4)或HBSS缓冲液,用无菌手术剪去除掉脂肪或结缔组织,去除所有液
体后转移组织至离心管,确保组织重量大于100mg,盖紧管盖后放入液氮中速冻,最终置于
液氮或-80℃冰箱冷冻保存。特殊类型的组织(包括但不限于软骨,皮肤,脂肪等)不在此方
法内。
2.11.1.3 植物样本制备及建库(仅限武汉地区)
植物样本含有细胞壁,需客户自行进行原生质体的制备提纯实验。因植物原生质体提纯
组织样品送样建议
文件编号:SOP-SMM-032 版本号:A3 第19页 共 19 页
后不能长时间保存及有效运输,目前只针对武汉地区原生质体进行实验(植物样本数据存在
大量的叶绿体 DNA 数据,需通过提高测序量解决) 。
备注:ATAC-Seq建库一般细胞起始数量范围为:5000-50000个细胞,细胞活性越好、数目越
多,建库成功率越高、数据表现越好。