li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod...
Transcript of li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod...
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Adsorptioninhibition
BA CT ERI U M
Injectionblocking
Attachment
DNA injection
CRISPRs
Transcriptionand translation
Abortive infection andtoxin-antitoxin systems
Assembly
Lysis
Restrictionmodi cation
Replication
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
a
a
a
a bBvg+
Perta
Pgl+
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
CH3
hsdR hsdM hsdS
Type I
res mod
Type II
R
Type III
res mod res
Type IV
R
a b c d
R
S
RR
ChromosomalDNA
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
φb
φ
φ
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
a
a c
a
b
c
b
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Type II Type I Type II I
tracrRNA
Cas6 homologs
R cas1 cas2
[Type II only]
R R RS S SL
CRISPR array cas genes
Maturation
Cas9 and RNase III
CSMType II I-A
Cascade+ Cas3Type I
Cas9Type II
CMR Type II I-B
tracrRNA
Cas1andCas2
RNADNA DNA DNA
pre-crRNA
5' 3'
5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3'
5' 3' 5' 3' 5' 3'
5' 3' 5' 3'
A D A PTATI ON
B I OGEN ESI S a n d PROCESSI N G
I N TERFEREN CE
a
b
cPAM PAM
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
c
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Escher ichia coli.
a
Lit
RexB
RexAB Lit PrrC
AbiD1 AbiZ ToxIN
++
++
rexA rexB
abiD1abiZ
PrrC
Gol
Translation
Stp
tRNA
EcoPrrlEF-Tu
RuvC
AbiD1
Holin/lysin
toxl toxN
RNA-proteincomplex
Middleprotein Phage/host
mRNA
AbiZ
Translation
a
d
b
e
c
f
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
a
bb
c
c
Lactococcus lactis
d
d
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
φ
e
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
f
φ
φ
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
β
β
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
BordetellaNature
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
ϕ
Nature
Science
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Nature
Nature
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Proc. Natl.Acad. Sci. USA
PLoS Genet.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Annual Review of
Virology
Volume 1, 2014Contents
Forty Years with Emerging VirusesC.J. Peters ��������������������������������������������������������������������������������������1
Inventing VirusesWilliam C. Summers �������������������������������������������������������������������������25
PH IRE and TWiV: Experiences in Bringing Virology to N ew AudiencesGraham F. Hatfull and Vincent Racaniello ��������������������������������������������������37
Viruses and the MicrobiotaChristopher M. Robinson and Julie K. Pfeiffer ����������������������������������������������55
Role of the Vector in Arbovirus T ransmissionMichael J. Conway, Tonya M. Colpitts, and Erol Fikrig �����������������������������������71
Balance and Stealth: T he Role of N oncoding RN As in the Regulation ofVirus Gene ExpressionJennifer E. Cox and Christopher S. Sullivan ������������������������������������������������89
T hinking Outside the T riangle: Replication Fidelity of the Largest RN AVirusesEverett Clinton Smith, Nicole R. Sexton, and Mark R. Denison �������������������������111
T he Placenta as a Barrier to Viral InfectionsElizabeth Delorme-Axford, Yoel Sadovsky, and Carolyn B. Coyne �����������������������133
Cytoplasmic RN A Granules and Viral InfectionWei-Chih Tsai and Richard E. Lloyd ������������������������������������������������������147
Mechanisms of Virus Membrane Fusion ProteinsMargaret Kielian ����������������������������������������������������������������������������171
Oncolytic PoxvirusesWinnie M. Chan and Grant McFadden ���������������������������������������������������191
H erpesvirus Genome Integration into T elomeric Repeats of H ost CellChromosomesNikolaus Osterrieder, Nina Wallaschek, and Benedikt B. Kaufer ������������������������215
ix
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
Viral Manipulation of Plant H ost MembranesJean-Francois Laliberte and Huanquan Zheng ��������������������������������������������237
IFIT M-Family Proteins: T he Cell’s First Line of Antiviral DefenseCharles C. Bailey, Guocai Zhong, I-Chueh Huang, and Michael Farzan ���������������261
Glycan Engagement by Viruses: Receptor Switches and SpecificityLuisa J. Stroh and Thilo Stehle �������������������������������������������������������������285
Remarkable Mechanisms in Microbes to Resist Phage InfectionsRon L. Dy, Corinna Richter, George P.C. Salmond, and Peter C. Fineran �������������307
Polydnaviruses: N ature’s Genetic EngineersMichael R. Strand and Gaelen R. Burke ���������������������������������������������������333
H uman Cytomegalovirus: Coordinating Cellular Stress, Signaling,and Metabolic PathwaysThomas Shenk and James C. Alwine �������������������������������������������������������355
Vaccine Development as a Means to Control Dengue Virus Pathogenesis:Do W e Know Enough?Theodore C. Pierson and Michael S. Diamond ��������������������������������������������375
Archaeal Viruses: Diversity, Replication, and StructureNikki Dellas, Jamie C. Snyder, Benjamin Bolduc, and Mark J. Young �����������������399
AAV-Mediated Gene T herapy for Research and T herapeutic PurposesR. Jude Samulski and Nicholas Muzyczka �������������������������������������������������427
T hree-Dimensional Imaging of Viral InfectionsCristina Risco, Isabel Fernandez de Castro, Laura Sanz-Sanchez, Kedar Narayan,
Giovanna Grandinetti, and Sriram Subramaniam ������������������������������������453
N ew Methods in T issue Engineering: Improved Models for ViralInfectionVyas Ramanan, Margaret A. Scull, Timothy P. Sheahan, Charles M. Rice,
and Sangeeta N. Bhatia ������������������������������������������������������������������475
Live Cell Imaging of Retroviral EntryAmy E. Hulme and Thomas J. Hope �������������������������������������������������������501
Parvoviruses: Small Does N ot Mean SimpleSusan F. Cotmore and Peter Tattersall ����������������������������������������������������517
N aked Viruses T hat Aren’t Always N aked: Q uasi-Enveloped Agents ofAcute H epatitisZongdi Feng, Asuka Hirai-Yuki, Kevin L. McKnight, and Stanley M. Lemon ���������539
x Contents
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.
In Vitro Assembly of RetrovirusesDi L. Bush and Volker M. Vogt ������������������������������������������������������������561
T he Impact of Mass Spectrometry–Based Proteomics on FundamentalDiscoveries in VirologyTodd M. Greco, Benjamin A. Diner, and Ileana M. Cristea �����������������������������581
Viruses and the DN A Damage Response: Activation and AntagonismMicah A. Luftig �����������������������������������������������������������������������������605
ErrataAn online log of corrections to Annual Review of Virology articles may be found athttp:/ /www.annualreviews.org/errata/virology
Contents xi
Ann
u. R
ev. V
irol
. 201
4.1:
307-
331.
Dow
nloa
ded
from
ww
w.a
nnua
lrev
iew
s.or
g A
cce s
s pr
ovid
ed b
y W
IB61
31 -
UB
Hoh
enhe
im o
n 05
/30/
16. F
or p
erso
nal u
se o
nly.