Плюрипотентность 101

54
Плюрипотентность 101 Мария Шутова, к.б.н., н.с. ИОГен РАН

description

http://bioinformaticsinstitute.ru/lectures Гостевая лекция Института биоинформатики, 9 октября 2014. Лектор -- Мария Шутова (ИоГЕН РАН). За последние десять лет плюрипонтентные клетки стали героями двух Нобелевских премий и многих тысяч научных и научно-популярных статей. Их уникальная возможность превращаться в любую клетку взрослого организма до сих пор дает пищу для ума как биологам развития, так и ученым, ищущим способы лечения генетических заболеваний. В лекции будет рассказано о двух типах плюрипотентных клеток: "естественных" (эмбриональные стволовые клетки) и "искусственных" (индуцированные плюрипотентные стволовые клетки). Отдельно мы остановимся на том, как знания о работе транскрипционных факторов помогли репрограммировать клетки, и как эти "искусственные" плюрипотентные клетки можно использовать в медицине.

Transcript of Плюрипотентность 101

Page 1: Плюрипотентность 101

Плюрипотентность  101  

Мария  Шутова,  к.б.н.,  н.с.  ИОГен  РАН  

Page 2: Плюрипотентность 101

ЭСК  

биология  развития  TF   iPSCs  

регенеративная    медицина  

редактирование    генома  

наследственные    заболевания  рак  

эволюция  

GEMMs  

Page 3: Плюрипотентность 101
Page 4: Плюрипотентность 101

Клеточная  теория  строения  организмов    

•  Все  организмы  сделаны  из  одной  или  более  клеток  

•  Клетка  является  основополагающей  функциональной  единицей  живых  организмов  

•  Клетки  происходят  из  предсуществующих  клеток    

Page 5: Плюрипотентность 101

эксперименты  с  пересадкой  эмбриональных  тканей  =  начало  биологии  развития  

Нобелевская  премия  1935  за  открытие  «организующих  эффектов  в  эмбриональном  развитии»  

Page 6: Плюрипотентность 101

Возобновление  специализированных  клеток  происходит  за  счет  стволовых    

Специализированная  клетка  

Клетка  предшественник  

Стволовая  клетка  

•  Клетки,  способные  к  самообновлению  •  Клетки,  способные  давать  начало  многим  другим  типам  клеток      

Page 7: Плюрипотентность 101

Типы  стволовых  клеток  

Тотипотентные  (полностью,  лат)  -­‐  зигота  

Плюрипотентные(много,  греч.)  –  эмбриональные  стволовые  клетки  

Мультипотентные  (много,  лат.)  дифференцировка  в  ткани  внутри  зародышевых  слоев  

Пуповинная  кровь,  клетки  костного  мозга  и  тд.  

Предшественники  дифференцировка  в  определенные  клетки  в  пределах  определенной  ткани  

Page 8: Плюрипотентность 101

 В  процессе  развития  организма  реализуется  онтогенетическая  программа  разнообразия,  в  результате  выполнения  которой  клетки  постепенно  утрачивают  потенциал  дифференцировки.    

Page 9: Плюрипотентность 101

Технологии  изучения  биологии  развития:  

• моделирование  процесса  во  взрослом  организме  

(клонирование)  • моделирование  процесса  in  vitro  

(ЭСК)  

Page 10: Плюрипотентность 101

ЭСК  

биология  развития  TF   iPSCs  

регенеративная    медицина  

редактирование    генома  

наследственные    заболевания  

рак  

эволюция  

GEMMs  

Page 11: Плюрипотентность 101

R.  Briggs   T.King  

Технология  переноса  ядра  Briggs&  King  1952  

Рождались  живые  головастики  при  переносе  ядра  эмбриональной  клетки.  Gurdon  в  1962  г.  использовал  ядро  из  клетки  кишечника  взрослой  лягушки  

Page 12: Плюрипотентность 101

Клонирование  приматов  «Впервые  эмбриональные  стволовые  клетки  приматов  клонированы  

американскими  учеными»  ,  2007  

Producing primate embryonic stem cells by somatic cell nuclear transfer J. Byrne D. A. Pedersen L. Clepper, M. Nelson, W. G. Sanger, S. Gokhale, D. P. Wolf & S. M. Mitalipov Genotyping of Rhesus SCNT pluripotent stem cell lines David S. Cram, Bi Song & Alan O. Trounson

Page 13: Плюрипотентность 101

Роберт  Эдвардс  

ЭКО:  4  миллиона  человек  

Нобелевская  премия  по  медицине  2010  

Page 14: Плюрипотентность 101

Типы  стволовых  клеток  

Тотипотентные  (полностью,  лат)  -­‐  зигота  

Плюрипотентные(много,  греч.)  –  эмбриональные  стволовые  клетки  

Мультипотентные  (много,  лат.)  дифференцировка  в  ткани  внутри  зародышевых  слоев  

Пуповинная  кровь,  клетки  костного  мозга  и  тд.  

Предшественники  дифференцировка  в  определенные  клетки  в  пределах  определенной  ткани  

ЭСК  (плюрипотентность)  

Page 15: Плюрипотентность 101

ЭСК  (плюрипотентность)  

Page 16: Плюрипотентность 101

плюрипотентность  

самовозобновляемость  

(Meregally  2011)  

ЭСК  (in  vitro  модель  развития  всего  

организма)  

Page 17: Плюрипотентность 101

Гомологичная  рекомбинация  в  ЭСК  

exon1 exon2 exon3 ген  

exon1 exon3

exon1 exon2 exon3

exon1 exon3

/очередная/  Нобелевская  премия  (2007)  

Page 18: Плюрипотентность 101

ЭСК  

биология  развития  TF   iPSCs  

регенеративная    медицина  

редактирование    генома  

наследственные    заболевания  

рак  

эволюция  

GEMMs  

Page 19: Плюрипотентность 101
Page 20: Плюрипотентность 101
Page 21: Плюрипотентность 101

Гены-­‐  господа,  гены-­‐рабы  (TF)  

Ген  транскрипционного  фактора  Pax6  дрозофилы,  ответственен  за  формирование  глаз  

Если  его  заставить  работать  в  другом  месте,  то  там  вырастет  глаз  

В  1986-­‐89  гг.  Harold  Weintraub  с  коллегами  показал,  что  фибробласты  кожи  могут  быть  перепрограммированы  (конвертированы)  в  мышцы  транскрипционным  фактором  MyoD      

Page 22: Плюрипотентность 101

Биология  развития   TF  

Page 23: Плюрипотентность 101

Биология  развития   TF  

Page 24: Плюрипотентность 101

ЭСК  

биология  развития  TF   iPSCs  

регенеративная    медицина  

редактирование    генома  

наследственные    заболевания  

рак  

эволюция  

GEMMs  

Page 25: Плюрипотентность 101

 В  процессе  развития  организма  реализуется  онтогенетическая  программа  разнообразия,  в  результате  выполнения  которой  клетки  

постепенно  утрачивают  потенциал  дифференцировки.    

2n ДНК, 1 клетка

2n  ДНК,  200  типов  клеток    100  000  000  000  000  клеток  

Page 26: Плюрипотентность 101
Page 27: Плюрипотентность 101

Клеточные  программы  реализуется  на  генетическом  и  эпигенетическом  уровнях.    

Waddington, Nature, 1957

Дифференцированные клетки

Плюрипотентная клетка

Page 28: Плюрипотентность 101

Epigenetic regulation of gene expression

Examples:      Developmental  and  ~ssue  specific  gene  expression      X  chromosome  inac~va~on  in  female  cells      Transforma~on      Aging    

Histons modifications

CpG DNA methylation 5meC

Non coding RNA

Transcription factors

Page 29: Плюрипотентность 101

эпигенетика  +  TF  

Page 30: Плюрипотентность 101

W. Reik 2007

Плюрипотентные клетки

iPS cells

разнообразие

потенциал

Онтогенетическая  программа  развития  реализуется  на  генетическом  и  эпигенетическом  уровне  

Плюрипотентные клетки

=?  

?  

Page 31: Плюрипотентность 101

Pluripotent cells from somatic = reprogramming

CHIMERA

Shinya  Yamanaka  &  Helen  M.  Blau;  Nature|Vol  465|10  June  

CHIMERA

CHIMERA

cytoplasmic  

geneoc  or  direct    

Page 32: Плюрипотентность 101

Yamanaka’s “magic cocktail”

In 1986-89 Harold Weintraub with co-workers demonstrated that skin fibroblasts can be converted (reprogrammed) into muscle by MyoD transcription factor overexpression

Page 33: Плюрипотентность 101

Клетки взрослого организма

Genetic reprogramming: induced pluripotent stem cells (iPSC)

15-30 дней

Стволовые клетки с индуцированной плюрипотентностью= эмбриональным стволовым клеткам

Page 34: Плюрипотентность 101

Belmonte  et  al.,  2011.  Nature  Review  Gene~cs.  

Pluripotency a la carte

Page 35: Плюрипотентность 101

iPSCs  были  получены  из:    Mouse  (Yamanaka  et  al.,  2006)  Humans  (Yamanaka  et  al.,  2007)  Rhesus  monkey  (Liu  et  al.,  2008)  Rats  (Liao  et  al.,  2009;  Li  et  al.,  2009)  Canine  (Shimada,  H.  et  al,  2010)  Porcine  (  Esteban,  M.  A.  et  al.,  2009)  Marmoset  (Wu,  Y.  et  al.,  2010)  Rabbit  (Honda,  A.  et  al.,  2010)  Equine  (KrisOna  Nagy  et  al.,  2011  )  Avian  (Lu  et  al.,  2011)  

4n

4n 2n

It  is  possible  to  reconstruct  any  organism  from  a  single  skin  cell    

Page 36: Плюрипотентность 101
Page 37: Плюрипотентность 101

плюрипотентность  

самовозобновляемость  

Эмбриональные  стволовые  клетки  

(Meregally  2011)  

Page 38: Плюрипотентность 101

•  Natural cells? •  Disease mechanism

studies •  Drug screening for

toxicity and effectiveness

•  Cell therapy

Pros and contra human ESC

Limited blastocyst availability

Immunological incompatibility with the recipient

Page 39: Плюрипотентность 101

Индуцированные  плюрипотентные  стволовые  клетки  

плюрипотентность  

самовозобновляемость  пациент-­‐специфичность  

(Meregally  2011)  

Page 40: Плюрипотентность 101
Page 41: Плюрипотентность 101

Philonenko  et  al,  2011  

Page 42: Плюрипотентность 101

 •  одинаковые  свойства?  “нормальность”  •  одинаковая  эффективность  дифференцировки?  “удобство”  

•  безопасность  использования  в  медицине?  •  “адекватность”  использования  iPS  клеток  как  модели  болезней?  

идентичность  ЭСК  и  iPS?  

Page 43: Плюрипотентность 101

идентичность  ЭСК  и  iPS?  

(Narsinh  2011)  

Page 44: Плюрипотентность 101

идентичность  ЭСК  и  iPS?  

(Yamanaka  2012)   (Bock  2011)  

Shown  are  the  predic~on  accuracy,  sensi~vity,  and  specificity  for  iden~fying  iPS  cell  lines  (true  posi~ves,  TP)  among  ES  cell  lines  (true  nega~ves,  TN),  while  minimizing  the  number  of  cell  lines  that  are  incorrectly  predicted  as  iPS  cell  lines  (false  posi~ves,  FP)  or  incorrectly  predicted  as  ES  cell  lines  (false  nega~ves,  FN).    

Page 45: Плюрипотентность 101

commitment?  (Bock  2011)  

Page 46: Плюрипотентность 101

ЭСК  

биология  развития  TF   iPSCs  

регенеративная    медицина  

редактирование    генома  

наследственные    заболевания  

рак  

эволюция  

GEMMs  

Page 47: Плюрипотентность 101

(Sheng  and  Hong,  2013)  

Page 48: Плюрипотентность 101

(Robinton  2012)  

Page 49: Плюрипотентность 101

Практическое  использование  индуцированных  плюрипотентных  клеток    

Page 50: Плюрипотентность 101
Page 51: Плюрипотентность 101

(Cherry  and  Daley,  2012)  

Page 52: Плюрипотентность 101

RIKEN  is  pleased  to  announce  the  launch  of  a  pilot  study  to  assess  the  safety  and  feasibility  of  the  transplanta~on  of  autologous  induced  pluripotent  stem  cell  (iPSC)-­‐derived  re~nal  pigment  epithelium  (RPE)  cell  sheets  in  pa~ents  with  exuda~ve  (wet-­‐

type)  age-­‐related  macular  degenera~on.  (30  July  2013)  

Dr  Masayo  Takahashi  

Page 53: Плюрипотентность 101

•  reprogrammed  cells  will  trigger  an  immune  reac~on  

•  reprogrammed  cells  might  mul~ply  uncontrollably  and  form  tumors  instead  of  healthy  ~ssue  

•  a  worry  that  the  treatment,  even  if  it  proves  harmless,  might  not  be  effec~ve  

•  the  iden~ty  of  the  cells  might  not  be  stable  

???  

Page 54: Плюрипотентность 101

ЭСК  

биология  развития  TF   iPSCs  

регенеративная    медицина  

редактирование    генома  

наследственные    заболевания  рак  

эволюция  

GEMMs