Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs
description
Transcript of Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs
![Page 1: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/1.jpg)
Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta-analüüsReedik Mägi
ESSi konverents2012
![Page 2: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/2.jpg)
Mis on ülegenoomne uuring?
Geeniuuring, milles kasutatakse vähemalt 100,000 SNP markerit
Uuritakse iga üksiku markerit, et leida kas see on seotud uuritava tunnusega
![Page 3: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/3.jpg)
SNP – single nucleotide polymorphism Ühe nukleotiidi mutatsioon sagedusega
>1% Andmebaasis kokku > 30 miljoni Kõige sagedasem genoomi variatsiooni
tüüp
![Page 4: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/4.jpg)
SNP variandid
ref-ref nt. isalt A – emalt A ref-mut nt. isalt A – emalt C mut-mut nt. isalt C – emalt C
![Page 5: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/5.jpg)
Assotsiatsiooniuuring Uuritakse nende kolme genotüübi (või
kahe alleeli) sageduste erinevust haigete ja tervete inimeste vahel: T2D ~ β0 + β1×sex + β1×age + … + β2×SNP + ε
Uuritakse genotüübi seost kvantitatiivse tunnusega: BMI ~ β0 + β1×sex + β1×age + … + β2×SNP + ε
![Page 6: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/6.jpg)
Assotsiatsiooniuuringute meta-analüüs Inverse-variance weighting (BETA, SE) Z-score based (p-value, N)
GIANT konsortsium ~330,000 inimest >140 kohorti
![Page 7: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/7.jpg)
Assotsiatsiooniuuringute võidukäik geneetikas
Published GWA Reports, 2005-6/2011 Credit: Teri Manolio
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
0100200300400500600700800900
1000
Ilmun
ud a
rtikl
ite a
rv
951
![Page 8: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/8.jpg)
Leitud assotsiatsioonid inimese genoomis
![Page 9: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/9.jpg)
Teist tüüpi diabeet
chromosomes
-log1
0 (P
-val
ue)
![Page 10: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/10.jpg)
Leitud kandidaatgeenid
SELETAVAD KOKKU UMBES 10% T2D PÄRILIKKUSEST!
![Page 11: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/11.jpg)
“Missing” heritability
Brendan Maher. Personal genomes: The case of the missing heritability Nature 456, 18-21 (2008)
![Page 12: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/12.jpg)
Kust otsida ülejäänud diabeedi pärilikkust? Harvade ja struktuursete variantide
analüüs
Täpsem fenotüüpide defineerimine
GxG ja GxE interaktsioonid
Struktrueeritud meta-analüüs
![Page 13: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/13.jpg)
Harvade variantide analüüs ENGAGE konsortsiumi raames uurime madala
alleelisagedusega variantide mõju 8 tunnusele
0
3
0
2
Mutation load
Ind. 1
Ind. 2
Ind. 3
Ind. 4
Andrew Morris
![Page 14: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/14.jpg)
Täpsem fenotüüpide defineerimine BMI, T2D jne on kunstlikult tekitatud
fenotüübid Tihti omab üks geenivariant mõju mitmele
tunnusele (pleiotroopia)FTO~BMI+T2D+…?
Pleiotroopia projekt, kus leiame parima mudeli iga lookuse jaoks BIC skoori põhjal
Meta analüüs?
Inga Prokopenko, Andrew Morris, Krista Fischer
![Page 15: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/15.jpg)
GxE ja GxG interaktsioonid
Active
Inactive
FTO: AA AT TT
BMI
![Page 16: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/16.jpg)
Tunnuse keskmise asemel selle varieeruvuse uurimine
![Page 17: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/17.jpg)
Fenotüübi heterogeensuse projekt Levene’s test
Kuidas meta-analüüsida?
Paul Franks, Guillaume Pare
![Page 18: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/18.jpg)
Struktueeritud meta-analüüs Väga suured meta-analüüsid kasutavad
andmeid üle Euroopa või maailma. Kohortide analüüsil võtta arvesse nende
omavahelised distantsid? Ida-lääne, põhja-lõuna suunalised erinevused
Kogutud indiviidide keskmine vanus, BMI jne.
Märt Möls, Krista Fischer
![Page 19: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/19.jpg)
Kokkuvõte Assotsiatsiooniuuringud on olnud
edukad haigustega seotud geneetiliste lookuste leidmisel
Suur osa haigusi põhjustavat pärilikku infot on siiani leidmata
Väga palju huvitavaid statistilisi meetodeid ja -lahendusi vajab veel avastamist ja implementeerimist!
![Page 20: Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022062302/568156db550346895dc47fc4/html5/thumbnails/20.jpg)
Suur tänu kuulamast!