Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR...
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Thierry de Meeûs
Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI)
UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165
Equipe Evolution des Systèmes Symbiotiques
Sous-Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les Systèmes Symbiotiques
Centre IRD de Montpellier 911 Avenue d'Agropolis, B.P. 64501 34394 Montpellier Cedex 5, France.
Tel (33) 4 67 41 63 10 Secrétariat (33) 4 67 41 61 97
Fax (33) 4 67 41 62 99
E-mail: [email protected]
http://gemi.mpl.ird.fr/cepm/SiteWebESS/Fr/deMeeus/EnseignMeeus.html
Méthodes indirectes
Méthodes directes
T Y P E S D E M A R Q U E U R S
Enzymes
mRNA
+
-
CTCTCTCTAGAGAGAG
Primer1
Primer2
PCR
CTCTCTCTCTAGAGAGAGAG
Primer1
Primer2
+
-
Microsatellites
Electrophorèse
AUGCAGCCAUAGGCG
Phe-Pro-Leu-Ileu-Val
f( ) = +
= p
f( ) = q
Proportions de Hardy-Weinberg
f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²
Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergDéficits en hétérozygotesDéficits en hétérozygotes
Effet Wahlund
Taenia soliumTaenia solium
Nasonia vitripenisNasonia vitripenis
Endogamies
RhRh--RhRh--
RhRh++RhRh--
Sous dominance
Causes techniques
Allèles nulsDominance des allèles courts
Homogamie
Schistosoma
Candida albicans
Altérations des proportions de Hardy WeinbergAltérations des proportions de Hardy WeinbergExcès d'hétérozygotesExcès d'hétérozygotes
HLA
Ixodes ricinus
Anémie falciforme et
Plasmodium falciparum
SuperdominanceHétérogamie
Clonalité
Biais de dispersion sexe spécifique
Hétérosis
Les F-Statistics de Wright
Fisl
FFisis
FFstst
Estimations
RAPPEL: Variance: ² = [1/n].i[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].i[(xi-x)²]
Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham
11 12 13 14 22 23 24 33 34 44
11 n11/11 n11/12 n11/13 n11/14 … … … … … …
12 n12/11 n12/12 n12/13 n12/14 … … … … … …
13 n13/11 n13/12 n13/13 n13/14 … … … … … …
14 n14/11 n14/12 n14/13 n14/14 … … … … … …
15 n15/11 n15/12 n15/13 n15/14 … … … … … …
22 … … … … etc… … … … … …
23 … … … … … … … … … …
24 … … … … … … … … … …
25 … … … … … … … … … …
33 … … … … … … … … … …
34 … … … … … … … … … …
35 … … … … … … … … … …
44 … … … … … … … … … …
45 … … … … … … … … … …
55 … … … … … … … … … …
Déséquilibres de liaison
Locus 2
Loc
us
1
Mesures multilocus
Structure d'une Population
Taille des Unités de Reproduction
Migration
Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse
B. burgdorferi
B. valaisiana
B. garinii
B. afzelii
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All
f (F
is e
stim
ator
)
-1
-0.75
-0.5
-0.25
0
0.25
0.5
0.75
1
109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131
Allele size
Fis
(pa
rtia
ls)
Déficits en hétérozygotes
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131
Allele size
Fis
pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing
pi's increasing pi's randomised
Distribution sexe spécifique du polymorphisme
B. burgdorferi
B. valaisiana
B. gariniiB. afzelii
Biais de dispersion sexe spécifique des tiques
Détection des Borrelia dans les tiques
Pour Borrelia burgdorferi
P =0.012
0.02
0.03
0.04
0.05
0.06
0.07
0.08
F M
Sex of the tick
Prév
alen
ce o
f B
. bur
gdor
feri
ss
Pour Borrelia afzelii
Saines Infectées
Détection des borrélies dans les tiques
Saines Infectées
Vers adultes (couple)dans la veine mésenthérique.
La femelle est contenue dans le canal gynécophore
du mâle
Œuf évacué avec les selles
de l’hôte définitif
Eclosion d’unelarve aquatique:
miracidium
Reproduction sexuée
Biomphalaria glabratamollusque d’eau douce
hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales
Reproduction asexuée
Rattus rattus (rat noir)infecté lors d’un "bain"
Zone de transmission
Site detransmission
(arrière mangrove)
Région d’étude
Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe
JacquotBelle-Plaine
Dans-Fond
Geffrier
Bubelloy
Co-structures génétiques
Structuration sexe spécifique locale des schistosomes
Génétique des populations des Organismes clonaux ou partiellement clonaux
Fis 0
-1Loci
C=[0.99-0.95], Nm not small
Fis 0
-1Loci
C=1, Nm small
Fst0.5
Fis 0
-1Loci
C=[0.999-0.99], Nm small
Fst>>0.5
Fis 0
-1Loci
C=1, Nm not small
Fst<<0.5
Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire
-1
-0.9
-0.8
-0.7
-0.6
-0.5
-0.4
-0.3
-0.2
-0.1
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
Malepatients no
pooling
Malepatients D0
and D15pooled
Malepatientspooled
Femalepatients no
pooling
Femalepatients D0
and D15pooled
Femalepatientspooled
All patientspooled
Fis