Science 2.0: Uma ciência aberta - USP · 2014-10-20 · Science 2.0: Uma ci^encia aberta Ivana...

Science 2.0: Uma ciencia aberta

Ivana Soares BandeiraMarcos Amarıs Gonzalez

Rafael SampaioThiago Kenji Okada

Universidade de Sao Paulo (USP)Instituto de Matematica e Estatıstica (IME)Departamento de Ciencia da Computacao

6 de outubro de 2014

Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 1 / 53

Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas

4 Visao

5 Casos de uso, receitas e how-to

6 Conclusoes


Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas

4 Visao


6 Conclusoes


IntroducaoRevolucoes

Criacao de Conhecimento e Disseminacao

Idade Antiga - Filosofos;

Idade Media - Idade Escura;

Idade Moderna - Prensa movel;

Idade Contemporanea - Industrializacao.

Revolucoes Cientıficas

Primeira: Open Research;

Segunda: Ciencia 2.0

Internet;Web 2.0;Open Science.


IntroducaoCustos da disseminacao

Figura: Revolucoes CientificasScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 5 / 53

Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas

4 Visao


6 Conclusoes


ContextualizacaoOpen Science: Um termo, cinco escolas de pensamento

Figura: Open Sciences: Um termo, cinco escolas de pensamentoScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 7 / 53

ContextualizacaoDisseminacao de resultados


ContextualizacaoDisseminacaon e Web 2.0


ContextualizacaoScience 1.0 Vs. Science 2.0

Figura: Metodo Atual Vs. Metodo EmergenteScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 10 / 53

ContextualizacaoScience 2.0

Figura: Science 2.0 Leibniz AssociationScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 11 / 53

Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas(Micro)Blogging Science?Redes sociaisGerenciamento de referenciasOpen Access

4 Visao


6 Conclusoes


(Micro)Blogging Science?1

Um pequeno numero de pessoas ao redor do mundo trabalha em temascientıficos complexos;

350 anos de historia de publicacoes academicas;

Journals e livros em forma eletronica substituem publicacoes impressasaos poucos;

Insercao em comunidades e divulgacao em novos canais;

Science blogging : Nature Network, ScienceBlogs.com, Hypotheses.org.

1Cornelius PuschmannScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 13 / 53

Motivacoes para blogueiros de ciencia

Motivo A: Visibilidade Motivo B: Networking Motivo C: Informacao

Aumentar impacto Conectar-se com seus pares Estar atualizado

Ser encontrado por seus pares Ficar em contato com colegas Ser parte de uma conversa

Apresentar proprio trabalho Tornar-se parte da comunidade Antecipar tendencias


Vantagens e desvantagens de blogs e microblogs

Blogs

+ -Rapida disseminacao de conteudo Falta de reconhecimento formal

Barato Falta de prestıgio no meio academico

Facilidade de uso Sem foco especıfico

Ingresso livre Consome tempo

Ferramenta promocional Disponibilidade

Twitter

+ -Comunicar-se com colegas Consome tempo

Promover a pesquisa Benefıcios pouco claros

Disseminar informacao Aumenta exposicao propria

Exercer uma influencia pessoal Nao e informativo o suficiente

Estar atualizado sobre sua area Observado como ”trivial”


Academia vai para o Facebook?2

This network is the seat of scientific opinion which is not held by any singlehuman brain, but which is split into thousands of different fragments. . .each of whom endorses the other’s opinion at second hand, by relying onthe consensual chains which link him to all the others through a sequenceof overlapping neighborhoods.

— Michael Polanyi (1962) em Republic of Science

2Michael Nentwich e Rene KonigScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 16 / 53

Redes sociais

Nao sao fundamentais, mas oferecem novas formas de comunicacao nomeio academico;

Caracterısticas tıpicas: perfis, comunicacao, rede de contatos, atencaodirigida, grupos de interesse. Exemplo: ResearchGate;

Difusao no meio academico: Me-too presence, cartao de visita digi-tal, rede de contatos passiva, rede de contatos ativa / comunicacao,cyberentrepreneurship.


Usos academicos em redes sociais cientıficas

Caracterısticas

Comunicacao e cooperacao;

Relacoes publicas e marketing pessoal;

E-teaching ;

Ofertas de emprego.

Problemas sociais

Comunicacao informal;

Identidade, pseudonımia e anonımia;

Privacidade?


Gerenciamento de referencias3

Tarefa tediosa, requer tempo;

Por mais de 25 anos, BibTeX / LaTeX sao populares. Porem, manuais!

Ultimos 15 anos: recuperacao de informacao de bibliotecas online,DOIs, gerenciamento de PDFs, plataformas web de gerenciamento vi-sando a colaboracao e sincronizacao;

De acordo com Fenner (2010), o gerenciamento de referencias deveprover: busca, armazenamento e adicao de conteudo.

3Martin Fenner, Kaja Scheliga e Sonke BartlingScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 19 / 53

Requisitos para um gerenciador de referencias

De acordo com Gilmour e Cobus-Kuo (2011), espera-se:

Importar citacoes de bancos de dados e websites;

obter metadados dos PDFs;

organizar as citacoes dentro do gerenciador;

acrescentar citacoes pelo gerenciador;

compartilhar o banco de dados (ou parte) com colegas;

exportar para outros formatos de metadados, como BibTeX;

produzir citacoes em varios estilos;

trabalhar com editores de textos.


Bases de dados bibliograficas

Alguns repositorios

Web of Science;

Scopus;

PubMed;

Google Scholar;

Microsoft Academic Search;

CrossRef Metadata Search.

Problemas

Assinaturas;

Confiabilidade das referencias;

Padronizacao.


Comparacao entre gerenciadores de referencias


Open Access4

Open Access saves lives.

– Peter Murray-Rust

4Dagmar Sitek e Roland BertelmannScience 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 23 / 53

Open Access

Definicao

Berlin Declaration on Open Access to Knowledge in the Sciences and Hu-manities: o conhecimento cientıfico e definido como resultados de pesquisacientıfica original, dados brutos e metadados, fontes, representacoes digitaisde materiais graficos e material multimıdia academico.

Cerne da discussao

A maioria do conhecimento cientıfico e adquirido em um contexto definanciamento publico, isto e, pago pelo contribuinte;

Em muitas areas, os journals sao o meio de comunicacao academica.Pagos!


Open Access - Visao geral


Open Access - Vantagens

Citacao ampliada (Gargouri et al. 2010);

Comunicacao mais rapida para discussao cientıfica;

Transparencia e percepcao do publico quanto aos resultados cientıficos(Voronin et al. 2011);

Ferramentas para busca e mineracao de dados virao para textosacessıveis, facilitando a interdisciplinaridade;

Publish-or-perish + give Open Access to flourish.


Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas

4 Visao


6 Conclusoes


Topicos Abordados

1 Metricas alternativas;

2 Formatos de publicacoes dinamicos e criacao colaborativa;

3 Pesquisa com dados abertos;

4 Financiamento de pesquisa em ciencia aberta;

5 Fator social da ciencia aberta.


Metricas alternativas

Caracterısticas

Analise de citacoes;

Metricas alternativas como ferramenta de avaliacao;

Exemplos de metricas e provedores.


Exemplos de metricas e provedores

Pulico-alvo x interacao

Academicos Publicos

Discutidos Comentarios em Journals Blogs, Twitter, Facebook

Recomendados Citacoes por Editoriais Comunicado de Imprensa

Citados Citacoes Wikipedia

Salvos CiteULike, Mendeley Delicious, Facebook

Vistos Downloads de PDF Visualizacoes HTML


Antes e depois da Internet

Figura: Formatos de publicacao classicos antes da Internet


Figura: Formatos de publicacao atuais


Formatos de publicacoes dinamicos e criacao colaborativa

Contexto

Formatos de publicacoes dinamicos;

Conteudo e controle de qualidade;

Implementacao atual de publicacoes dinamicas.


Formatos de publicacoes dinamicos e criacao colaborativa

Vantagens

Contribuicao de autores individuais nao e tao visıvel;

Versoes finais nao permitem mudancas, tornando correcoes eacrescimos quase impossıvel;

Sistema de rede social para cientistas.


Pesquisa com dados abertos

Contexto

Visao da pesquisa com dados abertos;

Estado de compartilhamento de dados;

Barreiras;

Transformar visao em pratica.


Financiamento de pesquisa em ciencia aberta

Abordagem

Polıticas de fomento a pesquisa;

Financiamento a pesquisa aberta;

Reflexoes crıticas.


Fator Social da Ciencia Aberta

Relevancia

Transicao da ciencia para ciencia aberta;

Importancia da rede de ciencia para relevancia de pesquisas;

Aspectos de ferramentas sociais da web em ciencia aberta;

Edicao em grupo.


Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas

4 Visao

5 Casos de uso, receitas e how-toLicencas livresOrganizando colaboracao na Web 2.0 e Estudo de casoIdentificadores unicos para pesquisadoresOs desafios trazidos por dados abertosTornando dados citaveis: DataCite

6 Conclusoes


Licencas livres

Contexto

De acordo com Carroll [2], muitos pesquisadores nao definem umalicenca explıcita para seus trabalhos, deixando seus direitos reservadosa um pequeno grupo.

Para Science 2.0, essa abordagem nao e suficiente, pois ela limita oescopo do seu artigo.

Solucao

Uso de uma licenca aberta como a Creative Commons.


Creative Commons

Tipos de licencas

CC BY: Atribuicao;

CC BY-SA: Atribuicao-CompartilhaIgual;

CC BY-ND: Atribuicao-SemDerivacoes;

CC BY-NC: Atribuicao-NaoComercial;

CC BY-NC-SA: Atribuicao-NaoComercial-CompartilhaIgual;

CC BY-NC-ND: Atribuicao-SemDerivacoes-SemDerivados;

CC0: Domınio Publico.


Organizando colaboracao em publicacoes cientıficas

Metodo tradicional

Coordenacao via e-mail;

Reunioes presenciais;

Ferramentas de edicao locais;

Versionamento e backup por conta do usuario.

Web 2.0

Ferramentas colaborativas de coordenacao;

Reunioes por vıdeo-conferencia;

Ferramentas de edicao na nuvem;

Versionamento e backup automaticos.


Estudo de caso: slides desta apresentacao

Abordagem

Hıbrida, misturando ferramentas tradicionais e Web 2.0.

Fases de desenvolvimento1 E-mail para a coordenacao do trabalho, discussao da ideia inicial, troca

de artigos e divisao de tarefas.

2 Google Docs para desenvolver o conteudo da apresentacao.

3 ShareLaTeX para desenvolvimento dos slides de maneira colaborativa.


Vantagens e desvantagens

Vantagens

Trabalho simultaneo;

Documentos (quase) sempre sincronizados;

Historico de alteracoes;

Menor trabalho ao sincronizar versoes e na transferencia de arquivos.

Desvantagens

Compatibilidade apenas parcial com os sistemas tradicionais;

Acesso do documento por terceiros;

Necessidade re-aprender como utilizar os sistemas e novos bugs;

Ceticismo quanto aos novos conceitos;

Ainda e necessario uma checagem manual do estado do documento.


Identificadores unicos para pesquisadores

Metodo tradicional

Identificacao por Sobrenome, Nome.;

Problemas do metodo tradicional

Confusao entre nomes comuns. Ex.: Jose da Silva;

Erros na traducao. Ex.: Muller → Mueller ou Muller;

Troca de nomes por casamento. Ex.: Ana Moitinho → Ana Moiti-nho da Silva


Identificadores unicos para pesquisadores

Solucao

Identificadores unicos como os oferecidos pela Open Researcher & Contri-butor ID (ORCID)5. Ex.: Rajkumar Buyya → 0000-0001-9754-6496

ORCID

Mais de 900.000 IDs cadastrados;

Internacional, interdisciplinar, aberta, sem fins lucrativos, dirigido pelacomunidade, inclusiva e transparente;

Nao limitado por uma disciplina, instituicao ou localidade;

Dados e codigo-fonte disponıveis em licencas abertas;

Suplementa, e nao substitui, outros esquemas locais;

Usado por instituicoes, editoras e agencias de patrocınio.

5https://orcid.org/Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 45 / 53

https://orcid.org/

Os desafios trazidos por dados abertos

Contexto

Pesquisas modernas, baseadas em evidencia e na coleta de dados, de-pende na disponibilidade de dados em quantidade e qualidade;

Para resolver isso, temas como compartilhamento e consolidacao dedados de forma publica vem a tona;

Porem, dados sensıveis podem infringir a privacidade dos usuarios.

Ideia

Anonimizacao de dados para uso em pesquisas.


Os desafios trazidos por dados abertos

Problema

Tecnicas de mineracao de dados e quasi-identifiers podem permitir a iden-tificacao dos donos daqueles dados. Ex.: Panopticlick6, dados de-mograficos simples, recomendacao de filmes do Netflix.

Possıvel solucao

Permitir acesso apenas aos dados necessarios para a pesquisa, porem algunsdados nao sao facilmente anonimizaveis. Ex.: imagem de ressonanciamagnetica.

6https://panopticlick.eff.org/Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 47 / 53

https://panopticlick.eff.org/

Tornando dados citaveis: DataCite

Contexto

Integralidade dos dados e um aspecto importante da colaboracao ci-entıfica;

Porem, apenas partes dos dados sao publicados, enquanto os dados naıntegra ficam inacessıveis ao publico.

Solucao

A ferramenta DataCite7 foi desenvolvida para resolver esse problema, ge-rando um Digital Object Identifiers (DOI) para os dados.

7http://www.datacite.org/Science 2.0 (IME - USP) Opening Science 6 de outubro de 2014 48 / 53

http://www.datacite.org/

Tornando dados citaveis: DataCite

Dados

G.Yancheva, N. R. Nowaczyk et alRock magnetism and X-ray flourescence spectrometry analyses on se-diment cores of the Lake Huguang Maar, Southeast ChinaPANGAEA, doi:10.1594/PANGAEA.587840

Artigo

G.Yancheva, N. R. Nowaczyk et alInfluence of the intertropical convergence zone on the East Asian mon-soonNature 445, 74-77 doi:10.1038/nature05431


http://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.587840

http://dx.doi.org/10.1038/nature05431

Agenda

1 Introducao

2 Contextualizacao

3 Ferramentas

4 Visao


6 Conclusoes


Conclusoes

Globalizacao da ciencia;

Web 2.0 e Internet inteligente;

Compartilhamento de informacao;

Etica nas comunicacoes;

Acesso as ultimas novidades e ferramen-tas;

Novas oportunidades;

Liberdade e identidade cientıfica;

Uniao de todos os ’open’ e Web 2.0.


Referencias

Sonke Bartling and Sascha Friesike, editors.Opening Science.Springer International Publishing, Cham, 2014.

Michael W Carroll.Creative Commons and the Openness of Open Access.New England Journal of Medicine, 368(9):789–791, 2013.


Fim da apresentacao


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