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Pau Alcover, 33 | 08017 Barcelona (Spain) | www.costaisa.com | [email protected]
Registro Ontológico de datos en investigación biomédica VII Conferencia Anual de las Plataformas Tecnológicas de Investigación Biomédica. Barcelona 4 Marzo 2014
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………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..
ESCENARIO ACTUAL: INVESTIGACIÓN
NUEVO CONOCIMIENTO
INTEGRACIÓN
INFORMACIÓN
DATOS
DISEÑO
Recogida
Transformación
Análisis
Deducción
Acciones
Resultados
Comparaciones
Conclusiones
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ESCENARIO ACTUAL: USO DEL PAPEL
El papel es más barato, pero incrementa los costes a medio plazo
Lento y complejo
Dificultad de cooperación/comunicación entre instituciones en un mismo estudio de investigación, y si se trata de un proyecto a nivel internacional, le sumaríamos el factor idioma
Acceso a los Datos
Coste
Problemática asociada al uso de papel: perdurabilidad, unicidad, versionado, propiedad, trazabilidad, etc.
………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..
ESCENARIO ACTUAL: HERRAMIENTAS OFIMÁTICAS
………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..
ESCENARIO ACTUAL: BASES DE DATOS
De desarrollo: Base de Datos + Aplicación web
Coste de mantenimiento: Modificaciones BD, páginas web
Se necesitan recursos muy técnicos
Cada nuevo estudio requiere destinar esfuerzos a la estructuración de datos desde cero, sin la posibilidad de reutilizar modelos ya existentes.
Voluminoso y difícil de caracterizar con precisión. Difícil integración con otros sistemas.
Limitada Reutilización
Coste
Poca flexibilidad y estandarización case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
case_id = case_id ty pe = id crf = c
case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
id = ty pe
case_id = case_id
id = crf
case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
rx_liv er
case_idty pecrfsizehepatomegalyright_sizelef t_sizecaudate_sizeparenchy manodulesnodules_numbernodules_localisationnodules_lobenodule_sizemargin
numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k><pk,f k><pk,f k>
rx_ty pe
iddescription
smallintv archar(80)
radiological_exploration
case_idcrfty pedateobserv ationsv alidate
numeric(6)numeric(6)smallintdatetimev archar(255)smallint
<pk,f k<pk,f k<pk,f k
rx_hv
case_idty pecrfv einocclusionaspectf lowocclusion_aspectocclusion_natureocclusion_locationsegment_peripherallysegment_centrallyocclusion_lengthintrahepatic_collateralssubcapsular_collateralsspider_webshunting_collateralsother collaterals
numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k><pk,f k><pk,f k><pk>
hv _pressures
case_idty pecrfrapf ree_right_pressurewedge_right_pressuref ree_lef t_pressurewedge_lef t_pressuref ree_middle_pressure
d iddl
numeric(6)smallintnumeric(6)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)d i l(3 1)
<pk,f k<pk,f k<pk,f k
iv c
case_ididcrfocclusionocclusion_locationocclusion_aspectocclusion_natureocclusion_lengthsplenorenal_collateralsgastrorenal_collateralsretroperitoneal_collateralsother_collaterals
numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k<pk,f k<pk,f k
iv c_pressures
case_idty pecrfsuprahepaticinf rahepatic
numeric(6)smallintnumeric(6)decimal(3,1)decimal(3,1)
<pk,f k<pk,f k<pk,f k
rx_others
case_idty pecrfha_aspectha_dilatationsplenectomyspleen_lengthspleen_sizeascitesascites_amountpleural_f luidpleural_f luid_amount
numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k<pk,f k<pk,f k
Radiological diagnostics
cases : 6
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbiditymedication
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallintsmallint
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>perf usion_intensity
case_idty pecrfright_t1_bef oreright_t2_bef oreright_t1_af terright_t2_af terlef t_t1_bef orelef t_t2_bef orelef t_t1_af terlef t_t2_af tercaudate_t1_bef orecaudate_t2_bef orecaudate_t1_af tercaudate_t2_af ternodules t1
numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k<pk,f k<pk,f k
perf usion_density
case_idty pecrfright_density _bef oreright_density _af terlef t_density _bef orelef t_density _af tercaudate_density _bef orecaudate_density _af ternodules_density _arterial
d l d it
numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
lli t
<pk,f<pk,f<pk,f
case_id = case_id ty pe = ty pe crf =
crf : 3
idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2observ ations
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetimev archar(255)
<pk><f k1<f k2<f k3
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
case id = case id
case id = case id
case_id = case_id
case id = case id
case id = case id
case_id = case_id
cases : 4
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_set
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetime
f actor_v _leiden
case_idtestedv _datemutationapc_resistanceapcapc_normalresult_ty peapc_methodapc date
numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintdecimal(10,3decimal(10,3smallintsmallintdatetime
prothrombine_gene_mutation
case_idtesteddatemethodmutation
numeric(6)smallintdatetimev archar(80)smallint
<pk,f k>
protein_c_def iciency
case_idtesteddateactiv itynormal_activ ityactiv ity _percentagenormal_activ ity _percentageagnormal_agag_percentagenormal_antigen_percentagedef iciencyimpaired_liv erv k antagonists
numeric(6)smallintdatetimedecimal(10,3)decimal(10,3)decimal(6,2)decimal(6,2)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(6,2)decimal(6,2)smallintsmallintsmallint
antithrombin_def iciency
case_idtesteddateactiv itynormal_activ ityactiv ity _percentageagnormal_agag_percentagedef iciencyimpaired_liv er
k t i t
numeric(6)smallintdatetimedecimal(10decimal(10decimal(6,decimal(10decimal(10decimal(6,smallintsmallint
lli t
mpd
case_idtestedblood_cellnormal_blood_cellred_cellnormal_red_cellery thropoetinenormal_erithropoetinetransf errine_saturationf erritinenormal_f erritinemcvbone_marrow_biopsybiopsy _datempd_ty pesecf _testsecf _dateoccult mpd
numeric(6)smallintdecimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(6,2)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)smallintdatetimesmallintsmallintdatetimesmallint
<p
hy perhomocy steinemia
case_idtesteddateat_f astingaf ter_loadinghy perhomocy steinemiamutation_testedmutationv itamin_def iciency _excluded
numeric(6)smallintdatetimedecimal(10,3)decimal(10,3)smallintsmallintsmallintsmallint
antiphospholipid_sy ndrome
case_idtesteddateiggigg_normaligmigm_normaltotal_testspositiv e_testslupusconf irmed
numeric(6)smallintdatetimedecimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)smallintsmallintsmallintsmallint
pnh
case_idtesteddatetest_ty peev idence
numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallint
<pk,f
becet
case_idtesteddateev idence
numeric(6)smallintdatetimesmallint
<pk,f
hormonal_risk
case_idpregnancylast_deliv eryinf ant_conditionprev ious_pregnanciesmiscarriagescontraceptiv escontraceptiv e_namecontraceptiv e_startcontraceptiv e end
numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintsmallintsmallintv archar(80)datetimedatetime
Aetiology
id = disease
id = id
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
case id = case id
case id = case id
case_id = case_id
disease
iddescription
smallintv archar(80)
<pkcomorbidity
case_iddiseaseobserv ations
numeric(6)smallintv archar(255)
<pk,f k<pk,f k
f amilial_association
case_idev entsdegreety peobserv ations
numeric(6)smallintsmallintsmallintv archar(255)
<pk,f
intoxications
case_idalcoholalcohol_durationunknown_alcohol_durationunits_per_weekdrugsiv _drugscocainecannabis
numeric(6)smallintdecimal(5,2)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k>
hepatic_thrombosis
case_idsplanchnic_areadatelocationbudd_chiaribd_datev einsobserv ations
numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)
<pk,f k
drug
iddescription
smallintv archar(80)
medication_at_diagnosis
case_ididobserv ations
numeric(6)smallintv archar(255)
<pk,f k<pk,f k
cases : 7
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbidity
di ti
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallint
lli t
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
Case history
v enous_thrombosis
case_idty penumberev entdatelocationobserv ations
numeric(6)smallintsmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)
<pk,f
arterial_thrombosis
case_idnumberdatelocationdate2location2observ ations
numeric(6)smallintdatetimesmallintdatetimesmallintv archar(255)
<pk,f
id = hospital diagnosis
id = race
id = birth_country
id = ty pe
id = primary _sy mptom
id = initial_manif estation
id = dead_casue
case_id = case_id
id = reason
id = label
case_id = case_id
id = participating hospital
cases : 1
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbiditymedication
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallintsmallint
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
Model: 13-07-04-phy sical_modelPackage: Diagram: Diagram 1
country
iddescription
smallintv archar(80)
<pk>
hospital
idty penameaddresspartdoctortelephoneemail
numeric(6)smallintv archar(255)v archar(255)smallintv archar(40)v archar(14)v archar(255)
<pk><f k>
dead_cause
iddescription
smallintv archar(80)
<pk>
race
iddescription
smallintv archar(20)
<pk>
hospital_ty pe
iddescription
smallintv archar(255)
<pk
sy mptom
iddescription
smallintv archar(255)
<pk>
crf : 2
idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2b ti
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetime
h (255)
<pk<f k<f k<f k
initial_manif estation
iddescription
smallintv archar(80)
<pk>
Baseline characteristics
reason
iddescription
smallintv archar(80)
<pk
temporal_label
iddescription
smallintv archar(80)
<pk
remarks
case_idbaselineclinical_presentationclinical_conditionradiologyhistologyaetiologylaboratoryhistoryinterv entions
d i t
numeric(6)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)
<pk,f k
conv ersion_table
table_namecolumn_namev aluesdescription
v archar(100)v archar(100)smallintv archar(100)
<pk><pk><pk>
id = test
crf = crf case_id = case_id
crf = crf case_id = case_id
crf = crf case_id = case_id
id = crf
id = crfid = crf
case id = case id
case id = case id
case id = case id
laboratory _f eature
case_idtestcrfdatef eature_resultnormal_v alueobserv ations
numeric(6)smallintnumeric(6)datetimedecimal(10,3)decimal(10,3)v archar(80)
<pk,f k3<pk,f k1<pk,f k2
laboratory _test
iddescriptionunitunit_2f actor
smallintv archar(80)v archar(20)v archar(20)f loat
<pk>
clinical_sy mptoms
crfcase_idabdominal_painabdominal_distensionhaematemesismelaenaf ev ertemperaturenauseav omitingweight_changeobserv ations
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintdecimal(5,2)smallintsmallintsmallintv archar(255)
<pk,f k1<pk,f k2
clinical_manif estations
crfcase_iddateascitesascites_sev eritychild_pugh_ascitesclichy _score_ascitesrotterdam_score_ascitesdiureticsparacenthesishepatomegalyhepatomegaly _detectionsplenomegalysplenomegaly _detectionendoscopygi_bleedinghepatic_encephalopathyencephalopathy _stageoedema_lower_limbsia_inf lammationea_inf lammationeai_ty pesepsisjaundicebacterial_peritonitishepatorenal_sy ndromehepatopulmonary _sy ndromeweightheight
numeric(6)numeric(6)datetimesmallintsmallintsmallintdecimal(4,2)decimal(4,2)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintdecimal(5,2)decimal
<pk,f k<pk,f k
endoscopy
crfcase_idesophageal_v aricesev _classif icationred_color_signsgastric_v aricesgv _classif icationduodenal_v aricesrectal_v aricesportal_hy pertensiv e_gastropathyphg_patternh l if i ti
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintchar(5)smallintsmallintsmallintsmallint
lli t
<p<p
gi_bleeding
crfcase_iddetectionty pesev eritytransf usionpacked_cellsother ty pe
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)
<pk,f k<pk,f k
ia_inf lammation
crfcase_idpancreatitischolangitischolecy stitisliv er_abscessappendicitisbowel_diseaseumbilical_v eindiv erticulitisgastroenteritisth
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
h (255)
<pk,f k<pk,f k
Clinical condition a
crf : 4
idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetime
cases : 8
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbidity
di ti
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallint
lli t
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
id = id
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
cases : 5
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsy
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallint
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
local_inf lammation
case_idprior to diagnosisdatebowel_diseasegastroenteritisumbilical_v einliv er_abscessotherdiv erticulitisbd_ty peappendicitischolecy stitischolangitispancreatitisea_inf lammationeai ty pe
numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)
<pk,f k>
abdominal_interv ention
idcase_iddateobserv ations
smallintnumeric(6)datetimev archar(255)
<pk<pk
interv ention_ty pe
iddescription
smallintv archar(80)
other_etiological_f actors
case_idabdominal_traumatrauma_datetrauma_ty pesarcoidosissarcoidosis_dateconnectiv e_diseaseconnectiv e_disease_dateconnectiv e_disease_ty peconnectiv e_other_ty pev asculitisv asculitis_datev asculitis_ty pedehy dratationdehy dratation_datedehy dratation_causesmoking_diagnosissmoking_prev iouslypacks_y earceliacceliac_dateotherother date
numeric(6)smallintdatetimev archar(80)smallintdatetimesmallintdatetimesmallintv archar(80)smallintdatetimev archar(80)smallintdatetimev archar(80)smallintsmallintsmallintsmallintdatetimev archar(255)datetime
Local precipitating factors
id = disease
id = id
case id = case id
case_id = case_id
case_id = case_id
case_id = case_id
case id = case id
case id = case id
case id = case id
disease
iddescription
smallintv archar(80)
<pk>comorbidity
case_iddiseaseobserv ations
numeric(6)smallintv archar(255)
<pk,f k<pk,f k
f amilial_association
case_idev entsdegreety peobserv ations
numeric(6)smallintsmallintsmallintv archar(255)
<pk,f
intoxications
case_idalcoholalcohol_durationunknown_alcohol_durationunits_per_weekdrugsiv _drugscocainecannabis
numeric(6)smallintdecimal(5,2)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint
<pk,f k>
hepatic_thrombosis
case_idsplanchnic_areadatelocationbudd_chiaribd_datev einsobserv ations
numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)
<pk,f k
drug
iddescription
smallintv archar(80)
medication_at_diagnosis
case_ididobserv ations
numeric(6)smallintv archar(255)
<pk,f k<pk,f k
cases : 7
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbidity
di ti
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallint
lli t
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
Case history
v enous_thrombosis
case_idty penumberev entdatelocationobserv ations
numeric(6)smallintsmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)
<pk,f
arterial_thrombosis
case_idnumberdatelocationdate2location2observ ations
numeric(6)smallintdatetimesmallintdatetimesmallintv archar(255)
<pk,f
case_id = case_id
case id = case id
case id = case id
case id = case id
id = crf
id = crf
id = crf
id = crf
cases : 3
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbiditymedicationduration
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallintsmallintsmallint
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
karnof sky
crfcase_idscore
numeric(6)numeric(6)smallint
<pk,f<pk,f
child_pugh
case_idcrfbilirubinprothrombine timealbuminascitesencephalopathyscoreclass
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintchar(1)
<pk,f<pk,f
clichy _score
crfcase_idasciteschild_pughagecreatininescoreclass
numeric(6)numeric(6)decimal(4,2)decimal(4,2)decimal(5,3)decimal(6,4)decimal(5,2)char(2)
<pk,f k2><pk,f k1>
rotterdam_score
case_idcrfbilirubinprothrombin_timeascitesencephalopathyscoreclass
numeric(6)numeric(6)decimal(6,3)decimal(4,2)decimal(4,2)decimal(4,2)decimal(5,2)char(3)
<pk,f k1><pk,f k2>
Endpoints
crf : 6
idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2observ ations
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetimev archar(255)
id = crf
case_id = case_id date = date ty pe = ty pe c
case_id = case_id
pathology
case_iddatecrfty peroutelobecongestioncongestion_extentnecrosisnecrosis_extentlobular_inf lammationportal_inf lammationportal_v einsperiportal_f ibrosiscentrocentral_f ibrosisportoportal_f ibrosiscentroportal_f ibrosispericentral_f ibrosiscirrhosisnodular_hy perplasiaother_abnormalitiescomplication
numeric(6)datetimenumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)smallint
<pk,f k<pk><pk,f k1<pk>
crf : 1
idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2b ti
numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetime
h (255)
<pk<f k1<f k2<f k3
Histological diagnostics
biopsy _complication
case_iddatety pecrfidobserv ations
numeric(6)datetimesmallintnumeric(6)smallintv archar(80)
<pk,f<pk,f<pk,f<pk,f<pk>
cases : 9
case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbiditymedication
numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallintsmallint
<pk>
<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>
………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..
ESPECIFICACIÓN DEL MODELO DE DATOS Y DE LA INTERFAZ WEB DEL USUARIO MEDIANTE EL DISEÑO DE ONTOLOGÍAS
Ontología
Conjunto de conceptos, axiomas y relaciones que describen un dominio de interés.
NUEVA VISIÓN
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Definición de los conceptos en el dominio (clases)
Ejemplo:
Organización de esos conceptos en una jerarquía (jerarquía subclase-superclase)
Ejemplo:
Definición de qué atributos y propiedades (slots) puede tener la clase, así como
las limitaciónes de sus valores (facetas)
Ejemplo:
¿QUÉ ES EXACTAMENTE UNA ONTOLOGÍA?
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• FMA: Foundational Model of Anatomy – Toda la anatomía humana – Disponible para el desarrollo de aplicaciones
• GO: Gene Ontology – Componentes celulares – Procesos biológicos – Funciones moleculares
• National Cancer Institute
• Repositorios
– NCBO BioPortal (National Center for Biomedical Ontology) – The OBO Foundry: The Open Biological and Biomedical
Ontologies
• Web semántica
ONTOLOGÍAS BIOMÉDICAS
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VENTAJAS EN EL USO DE ONTOLOGÍAS
Formaliza, expresa y estructura el contenido, los conceptos y como se
relacionan entre ellos
Posibilita la cooperación: Compartir el mismo significado terminológico y en
caso de estudios multilingüe, el mismo idioma
El modelo de datos es extensible y escalable
Computable: permite clasificaciones automáticas y nuevas relaciones
Diseños anteriores o prototipos que pueden ser reutilizables (utilización de
repositorios validados)
Herramienta Open Source (Protégé) desarrollado por el Stanford Center for
Biomedical Informatics Research y con más de 200.000 usuarios
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ORÍGENES DEL ONTOCRF
Solución desarrollada por la
Unidad de Informática Médica del
Hospital Clínic de Barcelona,
líder en producción científica de
ámbito médico a nivel estatal. El
objetivo era buscar alternativas a
los sistemas tradicionales, más
costosos y menos efectivos.
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CLINICAL RESEARCH FORMS (CRF)
En la actualidad OntoCRF es un CRF o Cuaderno de
Recogida de Datos Online diseñado para recoger y transmitir
información de cada sujeto participante en un estudio clínico.
El propósito futuro es su aplicación para el uso secundario de
la información que está en la historia clínica, que es utilizada
con un propósito asistencial, y que puede ser utilizada con un
propósito de investigación.
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Registro centralizado y consolidado de datos.
Entrada de datos simultánea desde diferentes puestos de trabajo.
Opción multiidioma para un mismo proyecto de investigación.
Entorno de trabajo colaborativo:
Disponibilidad de herramientas como gestión de agenda, biblioteca de documentos y foros de discusión.
Importación de datos de otras fuentes.
Explotación de los datos para su análisis:
Formato estándar XML exportable a SPSS u otras herramientas de análisis de datos.
MYSQL: Cuadro de mando (Business Intelligence)
PERMITE A LOS INVESTIGADORES
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Entorno web
Simplificación y rapidez en el diseño (diseño en tiempo real)
Acceso distribuido
Almacenamiento de datos automático e interfaz amigable
Espacio de trabajo colaborativo y multidioma
Web Responsive
Certificados de seguridad SSL (HTTPS)
Configuración de perfiles, roles y vistas de portlets, pestañas y datos
En caso de inactividad la sesión expira automáticamente
Trazabilidad de las modificaciones que se han realizado en la base de datos
CARACTERÍSTICAS
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Acorta notablemente el cierre de la base de datos
y la transferencia de la información
Optimización y
automatización del proceso de recogida de
datos, con un aumento de la calidad del dato
Estándares de calidad y seguridad Cooperación
BENEFICIOS
Aumenta la rigurosidad y fiabilidad del estudio
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APLICACIONES EN PROYECTOS (I)
PROYECTOS NACIONALES
Proyecto Cáncer de mama: Unidad de oncología del Hospital Clínic. Registro del Cáncer de Mama Proyecto CEPA – Ciberes: Estudio de enfermedades respiratorias apoyadas por el Instituto Nacional de Salud Carlos III y los Ministerios españoles de Economía y Competitividad y Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad Proyecto Libro del residente (LRO): Registro online de la actividad de los médicos residentes (MIR) del Hospital Clínic de Barcelona
Proyecto WAHA: Estudio clínico de la Unidad de Alimentos Funcionales del Hospital Clínic de Barcelona
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PROYECTOS INTERNACIONALES
Proyecto VALID: Registro del Servicio de hepatología del Hospital Beaujon de París (Francia) Proyecto CAPS Registry: Registro internacional del Síndrome Catastrófico Antifosfolípido (enfermedad rara de afectación cardiaca). Proyecto ASIA Registry: Estudio del Síndrome ASIA, enfermedad autoimune/inflamatoria, liderado por el Dr. Y. Shoenfeld del Sheba Medical Center en Tel-Hashomer (Israel)
Proyecto WAHA LOMALINDA: Estudio clínico de la Unidad de Alimentos Funcionales del Hospital Clínic de Barcelona, conjuntamente con la Universidad Lomalinda (California, USA). Sponsored by California Wallnut Commission
APLICACIONES EN PROYECTOS (II)
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MUCHAS GRACIAS POR VUESTRA ATENCIÓN