Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened...
Transcript of Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened...
![Page 1: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/1.jpg)
Urmas Kõljalg
Organismide mitmekesisus
Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg)
Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier)Loomad (Mati Martin, Harri Valdmann)ATOL
![Page 2: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/2.jpg)
Kolm kontrolltööd
Organismide mitmekesisus
Protistid ja seened
Taimed
LoomadATOL
![Page 3: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/3.jpg)
Bioloogiline mitmekesisuse. Elurikkus
Organismide mitmekesisus
Kõljalg, U. 2002. Kas bioloogiline mitmekesisusvajab biosüstemaatikat? Akadeemia 8: 1681-1689.
ATOL
![Page 4: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/4.jpg)
Peamised küsimused millele BMvastuseid otsib on:
Kuidas BM on tekkinud?
Kus ta esineb?
Miks on BM tähtis e. vajalik?
Mida tuleks BM säilitamiseks teha?
ATOL
![Page 5: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/5.jpg)
Ökoloogilinemitmek.
Geneetilinemitmek.
Organismidemitmek.
RiikHõimkond
BioomSelts
ÖkosüsteemSugukondPerekond
Kooslus LiikPopulatsioon Populatsioon Populatsioon
Indiviid IndiviidGeenNukleotiid
BM elemendid
![Page 6: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/6.jpg)
* Bioloogiat võimalik jagada erinevateks distsipliinidekslähtudes organismirühmadest või käsitlusviisi järgi.
Organism: Käsitlusviis:Zooloogia (Entomoloogia) BiosüstemaatikaBotaanika (Algoloogia) EvolutsiooniõpetusMükoloogia (Lihhenoloogia) ÖkoloogiaBakterioloogia GeneetikaMikrobioloogia BiokeemiaViroloogia Molekulaarbioloogia
FüsioloogiaBioinformaatika
![Page 7: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/7.jpg)
Biosüstemaatika
Eksamiks:
E. Parmasto. 1996. Biosüstemaatika.PDF fail aadressilhttp://www.botany.ut.ee/lectures/mukoloogia/
NB! 1-9 lk (k.a. lk 10 ülemine lõik)
![Page 8: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/8.jpg)
http://tolweb.org/tree/
A collaborative Internet project containing
information about phylogeny and biodiversity
![Page 9: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/9.jpg)
1. Kuni 20 saj. elusloodus jaotatud kaheks - taimed ja loomad.
2. 1950-1960 jõuti arusaamisele, et olemasolevasse süsteemiei saa paigutada seeni, protiste ja baktereid.
3. 1970-tel eluslooduse viie riigi aktsepteerimine. Hakativahettegema prokarüootidel (bakterid) ja eukarüootidel (taimed,loomad, seened ja protistid).
(NB! Mittemolekulaarsed tunnused)
![Page 10: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/10.jpg)
1970-te lõpus tabas teadusüldsust suur üllatus - avastatitäiesti uus organismide rühm, mida hakati nimetama arhedeks(Archaea).
Dr. Carl Woese (Illinoisi Ülikool) uuris molekulaarsetemeetodite abil prokarüoote. Leidsid, et nn. bakterid miseelistavad kõrget temperatuuri või toodavad metaani onmolekulaarsete tunnuste põhjal väga erinevad nii nn.tavalistest bakteritest kui ka eukarüootidest.
Woese ettepanek jagada elusloodus komeks domeeniks(domain): eukarüoodid, eubakterid ja arhebakterid. Hiljemlihtsalt arhed.
Morfoloogia-anatoomia versus molekulaarsed tunnused
![Page 11: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/11.jpg)
Bakterid
Eukarüoodid
Arhed
![Page 12: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/12.jpg)
Bakterid (“tõelised bakterid”, mitokondrid ja kloroplastid)
Arhed (nn. arhebakterid)
Eukarüoodid (protistid, taimed, seened, loomad)
?Viirused
Fischerella (Eubacteria, Cyanobacteria)
(Eukaryotes, Coleoptera)
(Eukaryotes, Asteraceae)
![Page 13: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/13.jpg)
Arhed
Kuumaveeallikad (Yellowstone’i Rahvuspark, USA)
Mikroskoobis bakteritega sarnased. Keeruline kulti-veerida. Biokeemiliselt ja molekulaarsete tunnustepõhjal bakteritest sama erinevad kui inimene!
![Page 14: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/14.jpg)
Arhed
Ekstreemsetes keskkonnatingimustesOokeanide sügavates kihtides. Temperatuuril üle+100˚C. Kuumaveeallikad. Loomade (lehmad,termiidid, meres elavad liigid) seedetraktis kustoodavad metaani. Nafta maardlates. Ülisoolasesvee.
Avamere planktoni koosseisus
![Page 15: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/15.jpg)
Arhed
Pyrodictium sp. Pyrolobus sp. (+113°C) Pyrobaculum sp.
![Page 16: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/16.jpg)
Bakterid
(Tsüanobakterid e. sinikud)
Prochloron
Spirulina
![Page 17: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/17.jpg)
Bakterid
Bakterid (“tõelised bakterid”, mitokondrid ja kloroplastid
Arhed (nn. arhebakterid)
Eukarüoodid (protistid, taimed, seened, loomad)
Fischerella (Eubacteria, Cyanobacteria)
(Eukaryotes, Coleoptera)
(Eukaryotes, Asteraceae)
![Page 18: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/18.jpg)
Loomad
Dinoflagellaadid, tsiliaadidStramenopiilid
PunavetikadTaimed
Teised protistid, ca 60 fülogeneesi haru
Seened
Acantharea sp.
![Page 19: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/19.jpg)
Loomad
Meduusid, meriroosid, korallid
Käsnad
Käsn (Haliclona)Ctenophora meriroos
![Page 20: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/20.jpg)
Seened
![Page 21: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/21.jpg)
Taimed
Hepatica sp.
Chlamydomonas(Chlorophyceae)
Spirogyra(Zygnemetales)
Coleochaete(Coleochaetales)
![Page 22: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/22.jpg)
![Page 23: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/23.jpg)
Biosüstemaatika on teadus elusorganismide mitmekesisusest.
Esmane ülesanne:Taksonoomilise (bio)informatsiooni süsteemi loomine. Varustabkõiki, kellel on selleks vajadus, võrdlevate andmetegaelusorganismide kohta.
Süstemaatika või biosüstemaatika?
Üldises kontekstis - biosüstemaatika (keeleteadus, eluta loodusjne.)
Bioloogilises tekstis - süstemaatika.
![Page 24: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/24.jpg)
Elurikkuse informaatika
(ingl.k. biodiversity informatics)
![Page 25: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/25.jpg)
Eesti eElurikkus
http://natmuseum.ut.ee/EestiElurikkus
![Page 26: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/26.jpg)
Peamised biosüstemaatika valdkonnad millegaelurikkuse informaatika tegeleb
- Taksonoomilised nimed ja klassifikatsioon
- Taksonite tunnused (taksonite kirjeldused,määrajad, fülogeneesi tunnused)
- Eksemplaride andmed ja liikide levik
![Page 27: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/27.jpg)
Taksonoomilised nimed ja klassifikatsioon
Taksonoomia – õpetus organismide teaduslikustnimetamisest. Taksonoomia annab rahvusvaheliselttunnustatud süsteemi organismirühmade nimetamiseks liigistelusorganismide riikideni välja.
Klassifikatsioonid rühmitavad väiksemad organismi rühmadsuuremateks. Võimalik ka vastupidine klassifitseerimine –suuremad rühmad jagatakse väiksemateks.
![Page 28: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/28.jpg)
Organismirühma (taksoni) eristamine ja tema nimetamine
on kaks täiesti erinevat protsessi. Taksoni (liigi, perekonna,
sugukonna, riigi) eristamine on teaduslik hüpotees selle
taksoni reaalsusest. Hüpotees on ümberlükatav. Taksoni
nimetamine lähtub kindlast reeglistikust, mis on sätestatud
kolme rahvusvahelise nomenklatuuri koodeksi poolt
(mikrobioloogia, botaanika ja zooloogia).
![Page 29: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/29.jpg)
Taksoni eristamine ja tema nimetamine.
Ascaphus truei Stejneger
tüüpeksemplar
![Page 30: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/30.jpg)
Taksoni eristamine ja tema nimetamine.
Ascaphus truei Stejneger
tüüpeksemplar
![Page 31: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/31.jpg)
Taksoni eristamine ja tema nimetamine.
Ascaphus truei Stejneger
tüüpeksemplar: TAA172071
Ascaphus new sp.
Tüüpeksemplar:GB51302
![Page 32: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/32.jpg)
Carl Linnaeus Karl Popper
![Page 33: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/33.jpg)
Karl Popper väitis, et
teaduslik hüpotees peab
olema falsifitseeritav ja et
teooriat ei saa nimetada
teaduslikuks kui seda ei
ole võimalik ümber lükata.
![Page 34: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/34.jpg)
Nomenklatuuri ja klassifikatsiooni andmete hulk
Teaduse poolt on kirjeldatud ligi 2 miljonit liiki. Iga
aktsepteeritud liiginime kohta tuleb keskmiselt üks kuni kaks
sünonüümi. S.t. kirjeldatud liikide arv on kindlalt alla ühe
miljoni. Mingi organismide rühma teaduslike nimede
nimekirja koostamine kestab tavaliselt aastaid.
![Page 35: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/35.jpg)
Olulisemad projektid- taksonoomilised andmebaasid
GBIF
NCBI (”GenBank”), EMBL
Tree of Life
UNITE
![Page 36: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/36.jpg)
Taksonite tunnused
Organismide tunnuste (atribuutide) uurimine, analüüsimine ja
kirjeldamine on süstemaatiku üks olulisemaid töövaldkondi.
Veelgi olulisem ja aeganõudvam on tunnuste varieeruvuse
uurimine eksemplari, populatsiooni, liigi või ka kõrgema
taksoni piires. Selle uurimistöö käigus uuritakse reeglina
tuhandeid eksemplare, mille tulemusena tekivad mahukad
andmebaasid.
![Page 37: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/37.jpg)
Milleks see vajalik on?
Kõigepealt muidugi taksonite eristamiseks ja kirjeldamiseks.
Korrektsed kirjeldused omakorda võimaldavad teistel
teadlastel neid taksoneid edukalt määrata või määrata nende
tunnuste abil taksonite vahelist sugulust.
Taksonite kirjeldused ja määrajad
![Page 38: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/38.jpg)
Mis on molekulaar- jamorfoloogiline süstemaatika?
Kasutatavate tunnuste kaudu
![Page 39: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/39.jpg)
Kas molekulaarsed ja morfoloogilisedtunnused on kuidagi vastuolus?
Organismi tasemel ilmselt mitte, sestfenotüüp baseerub genotüübil. Identse
genotüübi korral on organismid kamorfoloogiliselt identsed.
Vastuolud võivad tekkida kui me hakkameorganisme rühmitama.
![Page 40: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/40.jpg)
Kui morfoloogiliste tunnuste põhjaleristatud takson(id) ei lange kokku
molekulaarsete tunnuste baasil saadudrühmadega, siis ei ole probleem mitte
molekulaarsete ja morfoloogilistetunnuste vastuolus vaid:
![Page 41: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/41.jpg)
- valitud morfoloogilised tunnused onsobimatud
- valitud molekulaarsed tunnused onsobimatud
- antud rühmal puuduvad ühised neidiseloomustavad morfoloogilised või
molekulaarsed tunnused
- mõlemad tunnuste rühmad on valestivalitud
![Page 42: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/42.jpg)
Molekulaarsedandmed toetavad
inimese jasimpansi sugulust.
Morfoloogilisedandmed toetasaidsimpansi ja gorillavahelist sugulust.
![Page 43: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/43.jpg)
Nikaido et al, 1999. Phylogenetic relationships among cetartiodactyls based on insertions of short and long interpersedelements: Hippopotamuses are the closest extant relatives of whales PNAS 96 (18), 10261-10266.
Vaalade ja jõehobu sugulus on veidi keerulisemjuhtum, mis viitab fülogeneesi puude lihtsustatudkäsitlemise võimalusele. Molekulaarsete andmete
põhjal on tegemist sõsarrühmadega.
![Page 44: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/44.jpg)
Ligikaudu 50 miljonitaastat tagasi elanudvaala eellane. Elas
maal aga olitõenäoliselt võimelinejõgedest kalu püüdma.
Thewissen et al. 2001. . Nature 413 , 277-281.
![Page 45: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/45.jpg)
Kunstniku kujutisvarajasest vaalast
(perek. Rodhocetus),kes elas ligikaudu 47miljonit aastat tagasi.
Gingerich et al. 2001.
Science 293: 2239-2242.
![Page 46: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/46.jpg)
Oluline mitte tekitada asjatuid barjääre(kaks eri tüüpi süstemaatikat!) vaidrõhutada, et genotüüp ja fenotüüp onlahutamatud ning süstemaatikas onmõlemad väga tähtsad.
![Page 47: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/47.jpg)
Tunnused ja nende rakendatavus
Molekulaarsetel ja mofoloogilistel tunnustelon oma eripärad, millest lähtuvalt saabteatud teaduslikke küsimusi lahendada
ainult ühte tüüpi tunnuste abil.
![Page 48: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/48.jpg)
Isend
Populatsioon
Liik
Perekond
Sugukond
Selts
Klass
Riik
Domeen
Morfoloogilisedtunnused
sobivad sõltuvaltorganismirühmas
t liigi jakõrgemaletasemel
Molekulaarsedtunnused
sobivad kõigiltasemetel. ÕigeDNA regiooni
valik
![Page 49: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/49.jpg)
Kuidas valida õiged tunnused erinevatetaksonite tarvis?
![Page 50: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/50.jpg)
Molekulaarsetetunnuste alusel
saadudeukarüootide
fülogeneesi puu.
![Page 51: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/51.jpg)
Molekulaarsetetunnuste
peamiseks eeliseksmorfoloogiliste eeson suur tunnuste
arv.
![Page 52: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/52.jpg)
Rokas 2003 Nature 425, 798-804 (23 Oct 2003)
Pagaripärmi (Saccharomyces) 7 liiki
![Page 53: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/53.jpg)
Rokas 2003 Nature 425, 798-804 (23 Oct 2003)
![Page 54: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/54.jpg)
(DNA triipkoodDNA Barcoding)
Identifitseerimine
BiogeograafiaPopulatsioonigeneetika
Ökoloogia
![Page 55: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/55.jpg)
(DNA triipkood)Identifitseerimine
GenBankEMBL
spetsialiseeritud andmepangad
![Page 56: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/56.jpg)
(DNA triipkood)Identifitseerimine
http://unite.ut.ee/
CGGGGACATGTGCACGCTCTGTTTGCACATCCATTCACACCTGTGCACCCTCTGTAGTTCTGCAGCCTGGGGGGCTCTGGCCCCCTGCCGTGGTTCTATGTATTTACACACACACATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCTTTGGCTATTCCGAAGGCATGCCTGTTTGAGTATCATGAACACCTCAACTCTCATGGCTTGCCATGATGAGCTTGGACTTTGGGGGTCTTGCTGGCCTGGGGTCAGCTCCTCTCAAATGAATTAGCTTGCCAGTGTTTGGTGTGGTATCATGGGTGTGATAACTATCTACGCTTGTGGTTTTCCACCAGGTAACCTTCTGCGACAAAGGTTCGCTGGGGCTCATAAATGTCTCTCCTCGGTGAGGACAGCTTTTTGAACGTTTGATCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGC
![Page 57: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/57.jpg)
DNA kiip (microarray)
![Page 58: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/58.jpg)
DNA kiip (microarray)
![Page 59: Organismide mitmekesisus - TÜ botaanika osakond · 2009. 11. 6. · Protistid (Kalle Olli) Seened (Urmas Kõljalg) Taimed (Arne Sellin, Ülle Reier) ATOL Loomad (Mati Martin, Harri](https://reader035.fdocument.pub/reader035/viewer/2022071214/60435f89b4698b3e0e68e415/html5/thumbnails/59.jpg)