Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Ohjelmistovertailu

Johannes Pernaa (2013)

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Mallinnusohjelmistot

● Ilmaisia / maksullisia

● Tarvitsee asentamisen tietokoneelle / ei tarvitse asentaa

● Suomenkielisiä / englanniksi

● Ajetaan verkon yli

● Käyttöjärjestelmäriippuvainen / -riippumaton

● Kuoleva / elinvoimainen

● Ammattikäyttöön / opetuskäyttöön

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Pitää siis miettiä

● Hinta

● Ylläpito

● Kieli

● Koulutus

● Valmis materiaali

● Käyttöliittymän selkeys

● Vakaus

● Yhteensopivuus

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Chemsketch

● Kemian piirto-ohjelmisto

● Reaktioyhtälöt ja mekanismit

● Laboratoriovälineet ja kuvaajat

● Hyvin rajoittuneet laskentamahdollisuudet

● Rakenteen optimointi

● Kuvien ja animaatioiden teko onnistuu

● Ei kunnollista 3D-visualisointia

● Englanninkielinen (http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/)

● Tutoriaali: http://exordio.qfb.umich.mx/CHEMSK_R.pdf

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Avogadro (1.0.3) (1)

● Cross-Platform: Windows, Linux, and Mac OS X.

● Free, Open Source: GNU GPL

● International: Translations into e.g. Chinese, French, German, Italian, Russian, Spanish...

● Partial Finnish

● Intuitive: Built to work easily for students and advanced researchers both.

● Fast rendering and computation.

● Flexible: Features include Open Babel import of chemical files, input generation for multiple computational chemistry packages

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Avogadro (1.0.3) (2)

● Kuvien tekoon erinomainen

● Pikseli ja vektorikuvat

● Yhteensopiva muiden ohjemistojen kanssa

● Export / Import

● Ei tarvitse asentaa

● Hyvät tukisivustot: http://avogadro.openmolecules.net/

● Paljon valmiita opetusmalleja ja käyttötutoriaaleja

● Ongelma vakaus

● Kaatuu vähän valiä

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Spartan student

● Kaupallinen ohjelmisto

● MFKA välittää Suomessa

● Paljon enemmän työkaluja kuin Avogadrossa

● Selkeä käyttää

● Tasokkaat visualisoinniit

● Enemmän Wavefunction keskittynyt

● Eli rajapinnat muiden ohjelmistojen kanssa eivät ole niin kehittyneet

● Sähköpostituki ja hyvät käyttötutoriaalit (Eng)

Lähde:http://en.wikipedia.org/wiki/Cyanide

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Jmol (1)

● Visualisointiohjelmisto

● Lukee lähes kaikkia kemian tiedostotyyppejä

● Alkeellinen molekyylien rakennustyökalu

● Geometrian optimointi

● Käytetyin interaktiivisten molekyylimallien verkkopohjainen visualisointityökalu

● Wikipedia

● Protein data bank

● Myös stand alone -ohjelmistona

● Ei vaadi asentamista

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Jmol (2)

● Laaja käyttäjäyhteisö

● Kehittyy nopeasti

● Tukipalvelut

● Paljon valmista materiaalia

● Suomenkielinen versio

● Esimerkkejä esim.:

● http://www.edumendo.fi/jmol.html

● http://www.edumol.fi/mallinnus

● http://jmol.sourceforge.net/

Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto

Vertailu

● Laskenta A J S

● Avogadro Semi-empirical

● Jmol Molecular mechanics

● Spartan Ab initio

● Piirtäminen C

● Rakentaminen A J S

● Kuvan tekeminen A C J S

● Visualisointi J