言語系統樹と雑煮の祖先形質復元（Kashiwa.R #2）
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言語系統樹と 雑煮の祖先形質復元 田村光平 2012年3月3日土曜日
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言語系統樹と雑煮の祖先形質復元
田村光平2012年3月3日土曜日
目次
•祖先形質復元の簡単な紹介
•雑煮の祖先形質復元
2012年3月3日土曜日
祖先形質復元
• 系統樹の情報から形質の歴史を追跡
• 祖先形質が推定できる
• 進化のパターンがわかる
2012年3月3日土曜日
牛は母系の敵？
•Holden and Mace (2003)
• 家畜（牛）を所持すると母系から父系へ
2012年3月3日土曜日
解析用ソフトウェア
•系統樹作成
•MrBayes, RAxML, Phylip...
• 祖先形質復元
•Mesquite, BayesTraits...
2012年3月3日土曜日
解析用ソフトウェア
•系統樹作成
•MrBayes, RAxML, Phylip...
• 祖先形質復元
•Mesquite, BayesTraits...
Rでもできる？本当は「それRでもできるよ！」って書きたかった...
2012年3月3日土曜日
雑煮の進化パターンを探る！
全国お雑煮文化圏地図http://tg.tripadvisor.jp/Zouni/
2012年3月3日土曜日
雑煮の起源
•丸餅・宗教儀礼からの転用？
•角餅・野戦食？
2012年3月3日土曜日
今回やったこと
•日本語の言語系統樹をRで作成
•雑煮の祖先形質復元
•餅の形（丸・四角）
•餅の調理方法（焼く・煮る）
2012年3月3日土曜日
これからお話しする内容の学問的妥当性がまったく保証できないことを最初
にお断りしておきますm(_ _)m
2012年3月3日土曜日
Rで言語系統樹をかこう
2012年3月3日土曜日
library(ape)
•系統・進化解析用パッケージ
2012年3月3日土曜日
• Lee and Hasegawa (2011)から
•北海道、沖縄を除いた45都道府県
• ?を除いた563語
言語データ
2012年3月3日土曜日
言語データ
2012年3月3日土曜日
言語データある単語
2012年3月3日土曜日
library("ape")
prefecture<-c("Hokkaido","Aomori","Iwate","Miyage","Akita","Yamagata","Fukushima","Ibaraki","Tochigi","Gunnma","Saitama","Chiba","Tokyo","Kanagawa","Nigata","Toyama","Ishikawa","Fukui","Yamanashi","Nagano","Gifu","Shizuoka","Aichi","Mie","Shiga","Kyoto","Osaka","Hyogo","Nara","Wakayama","Tottori","Shimane","Okayama","Hiroshima","Yamaguchi","Tokushima","Kagawa","Ehime","Kochi","Fukuoka","Saga","Nagasaki","Kumamoto","Oita","Miyazaki","Kagoshima")
dat<-matrix(scan("data.txt",sep=","),nrow=563,ncol=46)dat<-t(dat)rownames(dat)<-prefecturedat.d<-dist.gene(dat)dat.nj<-bionj(dat.d)plot(dat.nj)
2012年3月3日土曜日
library("ape")
prefecture<-c("Hokkaido","Aomori","Iwate","Miyage","Akita","Yamagata","Fukushima","Ibaraki","Tochigi","Gunnma","Saitama","Chiba","Tokyo","Kanagawa","Nigata","Toyama","Ishikawa","Fukui","Yamanashi","Nagano","Gifu","Shizuoka","Aichi","Mie","Shiga","Kyoto","Osaka","Hyogo","Nara","Wakayama","Tottori","Shimane","Okayama","Hiroshima","Yamaguchi","Tokushima","Kagawa","Ehime","Kochi","Fukuoka","Saga","Nagasaki","Kumamoto","Oita","Miyazaki","Kagoshima")
dat<-matrix(scan("data.txt",sep=","),nrow=563,ncol=46)dat<-t(dat)rownames(dat)<-prefecturedat.d<-dist.gene(dat)dat.nj<-bionj(dat.d)plot(dat.nj)
NJ法で系統樹を作成
2012年3月3日土曜日
だいたい九州
だいたい東海
だいたい東北
だいたい関東
だいたい中国・四国
だいたい関西
2012年3月3日土曜日
だいたい九州
だいたい東海
だいたい東北
だいたい関東
だいたい中国・四国
だいたい関西
だいたい地方ごとにクラスタを形成している…気がする
2012年3月3日土曜日
祖先形質復元
ace(character, tree)
2012年3月3日土曜日
うまくいきませんでした
•形質が1つだと推定できるのだが…
•離散形質だと使えない機能がある
2012年3月3日土曜日
http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
2012年3月3日土曜日
2012年3月3日土曜日
丸餅角餅
煮る焼く
最節約法
2012年3月3日土曜日
丸餅角餅
煮る焼く
最尤法
2012年3月3日土曜日
BayesTraits
http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesTraits.html
2012年3月3日土曜日
角・焼 角・煮
丸・焼 丸・煮
0.021
0.003
0.171
0.036
0.000 0.018 0.016 0.004
2012年3月3日土曜日
角・焼 角・煮
丸・焼 丸・煮
0.021
0.003
0.171
0.036
0.000 0.018 0.016 0.004「丸・焼」型か「丸・煮」型が祖先形質である可能性が高い
2012年3月3日土曜日
まとめ
• 雑煮の祖先型は丸餅であった可能性
• 「丸餅・焼」型は「丸餅・煮」型へ移行する傾向？
2012年3月3日土曜日
反省点
•系統樹の作成方法
•水平伝播の影響
2012年3月3日土曜日
まとめ
•系統樹の作成・祖先形質復元がRでもそこ
そこできる
•進化解析を文化に応用すると面白いことがわかるかもしれない
2012年3月3日土曜日
