Çeşitli Bal Arısı (Apis mellifera L.) Populasyonlarında RAPD (Rasgele Çoğaltılmış...

8/7/2019 eitli Bal Ars (Apis mellifera L.) Populasyonlarnda RAPD (Rasgele oaltlm Polimorfik DNA) Polimorfizmi

1/33

2006 -Itb

TBiTAKTRKiYE BiLiMSEL VE TEKNOLOJiK A R A T I R M A KURUMUTHE SCIENTIFIC AND TECHNOLOGICAL RESEARCH COUNCIL OF TURKEY

T a r m , O r m a n e l l k ve Veterinerlik A r a ~ t r m a GrubuAgriculture, Forestry &Veterinary Research Grant Group


2/33

E T L BAL A R s (Apis mellifera L,)....POPULASYONLARINDA RAPD (RASGELE O G A l T I l M I

P O i M O R f i K DNA) P O L i M O R f i z M

"u"'!ru (103V070)

PROF. DR. A. ETiNB A P N A R

DO. DR. VASfi GENER


3/33

3/34

NSZTrkiye'de birok bal a n s r k n n ya da ekotipinin b u l u n d u u yabana ve yerti kaynaklardabildirilmektedir. Son y n a r d a h z l a artan gezginci a r l O f n , Trkiye bal a n s p o p u l a s y o n f a r f i d a varolan genetik varyasyonu ne ynde d e i t i r d i i t a r t t l m a k t a d r . Gen k a y n a l d a n n n k o r u n m a s n a ynelik a l m a l a r ile an ISJatu programlan d o a l populasyonlardaki mevcut genetik varyasyonun e i t l i boyutlarda t a n m l a n m a s n zorunlu k l m a k t a d r . Genetik varyasyon dzeyinin bilinmesi, genk a y n a l d a r n n korunma stratejilerinin o l u t u r u l m a s ile uygulanacak s l a h p r o g r a m l a n n n e t k i n l i i n i n ve g v e n i l i r l i i n i n a r t r l m a s n d a temel faktrlerden biri olarak d e e r l e n d i r i l m e k t e d i r . Bal a n s p o p u l a s y o n l a n n n e i t l i boyutleRda tammlanmaSlnda bi r ok ynrem k u l l a m l m a k t a d r . Sony l l a r d a morfuIojik ve al/ozim a f m a l a n n a ilave olarak, biyotekn%jik yntemlerden dey a r a r l a n l a r a k bal a r s p o p u l a s y o n l a n n n genetik y a p l a n daha d u y a r l bir e k i l d e belirlenmektedir.Trkiye bal a n s populasyonunda genetik varyasyonun boyutu ve y a p l a n m a s konusunda DNAdzeyinde yeterli a l m a y a p l a m a m b r . l B T A K (VHAG-2046 (l03V070) t a r a f n d a n desteldenenbu a r a t r m a , Tr1dye'de f a r k l ba ' a n s populasyonlannda genelilc y a p n n Rasgele o a i t i m Polimortik DNA (RAPO, Randamly Amplified Pofymorphlc DNA) markerleri k u l l a n l a r a k b e l i r l e n d i i ilkpopulasyon g e n e t i i a f r m a 5 f olma n ; t e t i i t a m a k t a d r r . Bu a l m a d a n elde edilen sonularT r k y e bal a n s p o p u l a s y o n l a n n n RAPO markerteri b a k m n d a n t a n m l a n m a s n d a nc verilerolarak dejertendirilmesinin y a n s r a bu konudaki bilgi e k s i k l i i n i de giderebilecektir. Tespit edilenheterozigotluk ve genetik mesafe d e e r t e r i , gen k a y n a k l a n n n korunma stratejilerinino l u t u r u l m a s n d a , ana an y e t l t i r i d l i i uygulamalannda, gezgind a n a l n genetik varyasyonu neynde d e i t i r d i i n i n a n l a l m a s n d a ve populasyon g e n e t i i teorilerinin t a r t l m a s n o k t a l a r n d a bilim evresine k tutacak niteliktedir.A r a t r m a n n belirli bi r k s m n laboratuvarda byOk b r zveri ile yrten Hasan MEYDAN e projenin yrtlmesine maddi destek s a l a y a n T B T A K Tanm, O r m a n a l k ve VeterinerlikA r a t r m a Grubu'na t e e k k r ederiz.ANKARA 2006

Do. Dr. Mehmet Ali YILDIZProf. Dr. A. etin FlRATUDo. Dr. Ensar B A P I N A R Do. Dr. H. Vasfi GENERA r a . Gr. Fulya Z D l Ankara niversitesi Ziraat Fakltesi Zootekni Blm


4/33

4/34

ZETBu f a r l d rneklenen bal a n s

k u l l a n l a r a k ven ~ . Y > t - i i l r benzerliider da t a r < n < a r Kmeleme analizinden

a r a s n d a k i Elde edilenbal a r s P O l P U l i a S ' \ l O f l a i o n O a l i ( 1 mevcut

zerine o l a s etkileri T c : > . " , " , c d n ' " e t ~ . r 10 f a r k l b Q e ~ . f n ( t e n rneklenen H""...en 100 kolonide 20 RAPO nnim""ri

b a k m n d a n tn r \ l ;un 149 edilerek ortalama nn ' i l rn ,n rr ,lokusBal a r s p o p u l a s f o r l a f n e l a f r e k a n s l a r zerinden

Shannon sabiti

varyasyonunortalama anel s a y s na

lokus s a y s

Bal a r a s n d a l d f a r l d l i k t a n n 0 ~ 2 8 8 9 olarak:

)birbirlerinden olan

e d l e n varyasyonunkalan k s m n ise a r a s n d a Bal a r s p o p u a s y o n a r a s n d a her generasyon eden1.2301

Sonu Trkiye bal a n s populasyonlanmn kendi

: ; : u r " " r . : : : > " " " " ... ve tm allelortalama etkili allel s a y s

ortalama n e l c e n l Z i < o t l u k : ve lokus oram

k o n u l m a s n d a I m l l a n l a n ortalama

ise 0.3299 olarak tahmin

s a y s ortalama

a y n varyasyon gsterdikleri, a l l a n putasyonlann birbirlerinden nemli lde f a r k l l a t k l a n ,

a r a s n d a az gn populasyonlann a l d l d a r f a r k l

varyasyonu a r t r c Anahtar Kelimeler: Bal mellifera


5/33

5/34

ABSTRACT

The aim of this resean::h is to determine the genetic structure of honey bee populations based onRAPO (Random AmpHfied PoIyfllOf'Phic ONA) markers in order to flnd out the direction of geneticallychanges through migratory beekeeping and the genetic reSet11bIanCe and/or differences betweenhoney bee populations.A hundred coIontes were sampled from 10 different locations in Turkey.A total of 149 ampIified b a t d s were scored from the 20 RAPD prtmers, with a mean of 6.9 amplifiedpolymorphic bands per primer, and 92.6% (138 bands) polymorphic bans was found.The results showed that the levef of genetk: diverslty of subpopulations was very high. The meaneffective number of alleles per Jorus (ne) was 1.568, the average heterozygosity (H ) was 0.331,the mean expected gene diversity (b j ) was 0.235, Shannon's index of pheootypk: diversity (Ho)was 0.493, and the proportion of poIymorphic iod (Ppoly) was 92.62 at the hooey beesubpopulations based on RAPO marters.High genetic differentiation was found among subpopulations, wit:h genetic distances (D =0.0716-0.2283) and the average coeffldent of popuJation differentiation (Rsr =0.2889). The averagecoefficient of population differentiation reveafed that 71.11% of total genetic diversity(Kr=0.3299) was within subpopufations (Ks =0.2346). on the other hand, gene now(Nm =1.2301) was very klw.

The molecular phylogenetic tree (UPGMA) represented that the 10 populations were divided intothree distinct dusters, and these dusters indk:ate that there is no geographical bias to the

i dustering.Key Words: Honey bee, RAPO, Genetic variation, ApJsmelllfera L, Ecotype


6/33

6/34

N D e K L E R SAYFANSZ .......................................................................................................................... 3ZET............................................................................................................................. 4ABSTRACT ...................................................................................................................... 5 N D E K L E R .................................................................................................................. 6 Z E L G E L E R D Z N ......................................................................................................... 7 E K l l E R D Z N ........................................................................................................ " .. . 81. G R ......................................................................................................................... 92. KAYNAK A R A T I R M A S . ............................................................................................... 103. MATERYAL VE yNTEM ................................................................................................ 12

3.1. Pbpulasyonlann T a n t m , ve meldenmesi ................................................................ 123.2. DNA z o l a s y o n u .................................................................................................... 133.3. RAPO Primerten.................................................................................................... 133.4. RAPD-PCR K o u l l a n n n Optimizasyonu ..................................................................... 143.5. PeR rnlerinin ]efe YOldenmesi ............................................................................. 143.6. Genotipfenn Belirlenmesi ....................................................................................... 153.7. Veri A n a f f i .......................................................................................................... 15

3.7. ADet Frekanslan .................................. _.............................................. , . . . . . . . . . . .. 163.7.2. Ortalarna AlleI S a y s ....................................................................................... 163.7.3. Ortalarna Etkili Allel SaytSl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163.7.4. Ortalama Heterozigotluk .................................................................................. 163.7.5. Shannon Sabiti ............................................... ;............................................... 173.7.6. Pofimorftlc lolcus O r a n ..................................................................................... 173.7.7. Genetik F a r k l l a m a K a t s a y s ............................................................................ 183.7.8 Gen A k I I . ....................................................................................................... 193.7.9 Genetik Mesafe................................................................................................ 19

4. BULGULAR VE T A R T I M A ............................................................................................. 204.1. Populasyonlann Genetik y a p l a n .............................................................................. 204.2. Genet:ik e i t l i l i k .................................................................................................. 24

4.2.1. Ortalama AIIel S a y s ....................................................................................... 254.2.2. Ortalama Etkili AIJel S a y s ................................................................................ 254.2.3. Ortalarna Heterozigotluk .................................................................................. 254.2.4. Shannon Sabiti ............................................................................................... 264.2.5. Potimorfik Lokus O r a n ..................................................................................... 26

4.3. Populasyonlar A r a s n d a k i Genet:ik F a r k l l a m a ve Kmefeme ........................................ 264.3.1. Genetik F a r k l l a m a K a t s a y S t ............................................................................ 274.3.2. Gen A k ....................................................................................................... 274.3.3. Genetik Mesafe ............................................................................................... 284.3.4. Kmeleme Analizi ........................................................................................... 29

5. SONu VE N E R L E R . ................................................................................................. 30KAyNAKLAR .................................................................................................................. 31PROJE ZET B L G FORMU .............................................................................................. 33


7/33

7/34

izELGELEK DiziNiizelge 3.1. Bal A n s Omelderinin A I ~ Yreler, G e n O t i P I e - ve rnek G e n i l i l d e r i (N ) .............. 12izefge 3.2. Primerlerin NumaraJan, Baz Dizilimren, operon TekfK>k)J Sembol ve Kaynaklar ...... 13izelge 3.3. Bi r rnek B a n a 0. 2 ml1ik PCR T p l e r i n e Konulan sarf Malzeme ve Miktarian ......... 14izelge 3.4. PCR P r o g r a m ............................................................................................... 14izetge 3.5. ONA Yldeme Tampon zeltisi ....................................................................... 14lzefge 3.6. TAE (Tris-Asel:ik asit -EOTA) Tampon zettileri ................................................. 15

izelge 4.1. Trkiye Bat Anst populasyontanfl a f f l t a n Primer1erin Numaralan, Baz Dizitimleri, GeOranlan, Topfam Lokus SaytSl (n) , PoHmorflk Lolws SaytSl (np) ve PoUmorfik lokusO r a n (%) .................................................................................................... 24

izelge 4.2. Trkiye Bat A n s POPUtaSYOnIanna Ait Ortafama AILeL S a y s (na). Ortalama Etkili AlletSayISf (ne), Beldenen OrtalamaHeterozigottuk (h j ) , shannon 5abiti (Ho), Potimorflklokus Sayt5t (np ), Polimorfik lokus o r a n (Ppoty ) ve standart Sapmalan .............. 25

izelge 4.3. Trkiye Bal A n s Popufasyomarma Ait Genetik Benzerlik i Mesafe D e e r l e r i ............. 29


8/33

8/34

E K L L E R D Z N i

e k i l 4.1. P1S RAPD parmakizleri (1. rnek Gene Rufer DNA ladder mix, 2. rnek Gene Ruler100 b lik ONA ladder ) .................................................................................. 21

e k i l 4.2. P16 RAPO parmakizleri (1 . rnek Gene Ruler 100 b lik ONA ladder) ...................... 21 e k i l 4.3. P17 RAPO parmakizleri (1. rnek Gene Ruler DNA iadder mix) .............................. 21 e k i l 4.4. P18 RAPO parmakizteri (1. rnek Gene Ruler DNA ladder mix) .............................. 21 e k i l 4.5. P19 RAPO parmakizleri (1. rnek Gene RulerlM ONA (adder mix) .............................. 21, e k i l 4.6. P21 RAPO parmakizleri (1. rnek Gene Rufer 100 b li k DNA ladder) ...................... 21 e k i l 4.7. P 2 RAPO parmakizleri (1 . rnek Gene Ruler DNA ladder mix) .............................. 21 e k i l 4.8. P23 RAPD parmakizteri (1 . rnek Gene Ruter DNA ladder mix) .............................. 21 e k i l 4.9. P24 RAPO parmakizleri (1 . rnek Gene Ruler 100 b lik DNA ladder) ...................... 22 e k i l 4.10. P2S RAPO parmakizJeri (1. rnek Gene Ruler 100 b lik DNA ladder) ..................... 22 e k i l 4.11. P26 RAPO parmaldzleri (1 . rnek Gene Ruler 100 b li k DNA ladder)..................... 22 e k i l 4.12. P27 RAPO parmakizleri (1 . rnek Gene RulerlM DNA tadder mix) ............................. 22 e k i l 4.13. P28 RAPO parmakizteri (1 . rnek Gene RulerlM DNA Ia


9/33

9/34

1. G R Trkiye c o r a f i konumu g e r e i farkft iJdim ve y e r l e i m a r t f a n n a sahip birok Asya, Avrupa veOrtado?1u lkeleri a r a s n d a g e i yollan zerinde yer almaktadtr. Bununla birfikte jldim k o u l l a r vey e r l e i m birimleri arastndaki topografik farkbbklann ok ~ i k e n o l m a s da mevwt bal a n s populasyonlanom birbirlerinden olan f a r J d l l d a n n l artlrim ana unsurlar olarak d e e 1 e n d i r i J m e k t e d l r . Belirtilen bu faktrlerin bir sonucu olarak Trkiye bal a n s populasyontanmn morfolOjik veekolojik veriler temelinde birbirlerinden olduka f a r k l l k gsterdijJi ve Anadolu c o r a f y a s zerindeA. m. anata/mca, A. m. caucask:a ve A. m. meda ba l a n s r k l a n n m va r o k f u u bifdirilmektedir(Ruttner 1988). Trkiye'de mevOJt bal a n s p o p u l a s y o n l a n n n tammfanmasma ynelik morfometrik(Grel 1995; Gener 1996), biyokimyasal (Asal et al. 1995; Y l d z and Asal 1996; Kandemir andKence i995; Kandemir et al. 2000) ve mitokondiriyal ONA (mt-ONA) (smith et al. 1997, P a r n e r e tel . 2000) dzeyinde yaptfan s n r l s a y d a k i a r a t r m a sonucunda Anadolu'da d e i i k bal a n s r l d a r ve ekotiplerinin b u ' u n d ~ bildirilmektedir.Trkiye'de son y l t a r d a hIZla g e t i e n gezginci anahk faaliyetinin bat a n s popufasyon'annda g e n e t k varyasyonu ne ynde d e i t i r d i i t a r t m a konusudur. Gezginci anal,k bir blgede populasyonlara r a s n d a k i genetik varyasyonu azaltmakta ve bunun sonucu olarak o bfgedeki populasyonlannbirbirlerine daha benzer genetik yapttar gstermesine neden ofabnmektedir. Oier yandan her birlokal populasyon ierisinde genetik varyasyonun azalma ihtimali ortaya k m a k t a d r . Ancak fokalpopulasyonlar a r a s n d a genetik e f t f i f i k daima korunacak ya da a r t a c a k t r . Buradan hareketlemevOJt ba' a n s populasyonu biT btn olarak d i i n u i d n d e kendi i;eriSinde genetik y a p b a k m n d a n benzer otan kk alt gruplar meydana geJea!k, bu alt g r u p a r a r a s n d a is e g e n e t k varyasyon srekli bi r e k i l d e ya korunacak ya da artacakttr. Gezginci a n c l m genetik varyasyonua z a l t t g r d o r u ise bunun d o a l bi r sonuw olarak genetik varyasyonun kaybolma tehlikesiortaya k m a k t a d r . Bu nedenle Trkiye bat a n s popuIasyonJanndaki genetik e i t f i f i i n s a p t a n m a s ve sz konusu t a r t t m a konulann.n test edilmesi bu gen k a y n a n m k o r u n m a s b a k m n d a n nemk a z a n m a k t a d r .

Hayvan s l a h ve gen kaynaklanom k o r u n m a s a l m a t a r n d a itk a a m a , zerinde duru/anzellik/zeUilder b a k m n d a n a r a t r m a y a konu otan populasyonlarda genek varyasyonun tespitedilmesidir. Genetik varyasyonun ortaya k o n m a s n d a m o r f o l o j k , biyokimyasal, RAPO, RFlP, AFlP,SSR, m i k r o s a t e l i t e vb. molekler markenerden y a r a r f a n l m a k t a d l f . Belirtilen bu markerterden PCR(Polymerase Chain Reaction) temelli RAPO (Randamly A m p I i r e d Polymotphlc DNA, Rasgele~ a l b l m PoIimorfik ONA) yntemi, popufasyonlarda var o a n genetik varyasyonunbelirlenmesinde y a y g n olarak koffandan teknilderden birisidir.Bu a r a t r m a d a , TOrkiye'de baL a n s p o p u l a s y o n J a n n n genetik y a p l a n m n RAPO markeTIerik u l l a n f a r a k betirlenmesi, populasyonlar ii genet:ik varyasyon ile populasyonlar a r a s genetlkb e n z e r i i k l e r i n / f a r 1 d d k S a n n ortaya k o n u f m a s ve gezgind a n a l n populasyonlarm genek y a p s n nastl e t k i J e d ~ i zerine ONA seviyesinde bitgi edinitmesi h e d e f l e n m i t i r .


10/33

10/34

2. KAYNAK A R A T I R M A S I DNA pannakizi (fingerprinting) yntemi; spesifik bir ONA r n e i n d e n elde edilen ve byklklerineb a l olarak DNA p a r a c k t a n setioi ortaya k a r a n bi r yntemdir. Gnmzde herhangi bi r bireyezg DNA parmakizinin beRtienmesinde kuftarnfan bir ok yntem b u l u n m a k t a d r . G e l i t i r i l e n buyntemlerin hemen hemen t a m a m n d a k i a l t m a ilkesi, zerinde durulan DNA p a r a o l d a n n n termal cycler (PCR) ile ~ l t I m a s n a d a y a n m a k t a d r . K u l l a n l a c a k ONA parmakizi yntemininseimi, hangi organizmada u y g u ~ ; y a p l a c a k DNA tiplemesi ve ONA marker1erininb e l i r l e n m e s yrtlecek a r a t r m a n n amaana gre f a r k l l k l a r gsterebilmektedir.Parmakizlert, primerletin ( y a t a a t 4 c 1()-3(} bazhk ofigonkleottdler) niikfeotid d i i l i t e r t n e ve ilgiliO N A ' n n d o a l nldeotid i e r i i n e b a t t olarak tespit edilmektedir. t k e olarak tek bir primer.k u l l a n l m a s f a r l d byklkte ONA p a r a a l d a n n n elde edilmesi iin yeterli o l m a k t a d r . DNAparmakizi elde etme yntemleri kendi a r a l a r n d a k a r J l a t n f d t m d a her ynteme zg stnlklerve eksiklilder ortaya k a b i l m e k t e d i r . G e l t i t i l e n yntemler a r a s n d a k i temef farkkltkiar Izole edilenDNA kalitesine, reaksiyon k o u l l a n n a , PCR. s c a l d k profillerine ve kontrol edilemeyen di?jerfaktrlere b a l olarak ortaya k m a k t a d r . populasyonlann genetik yapJlanmn t a n m l a n m a s t ile populasyonlar a r a s n d a k i g e n e t k benzerlik vef a r l t l l d a n n tespit edilmesi a m a c n a ynelik ofarak 196611 y l a r d a n bu yana e i t l i moleklermarkerter k u l l a n l m a k t a d r . Bu yntemler a r a s n d a y a y g n olarak k u l l a n l a n AFLP (AmplifiedFragment Length PolymOrphlsm, o ( j a I b f r r n Para Uzunluk POlimorfizmi), RFlP (RestriCtionFragment l.ength Polymorphism, Restriksiyon Para Uzunluk PoUmorfizmi) ve RAPO (RandomlyAmp/if"/ed Polymorphic DNA, Rasgele o a l t J m PoIimortik ONA) gibi ~ j k teknilder, e i t U organizmatama ONA parmakizlerinin ortaya l k a r l m a s n d a kuUamlmaktadtr. AfLP t e k n i i restirikstyon endonldeaz enzimleri ile kesilen genomik ONA pan;aokfanmo PeR ile ~ t f m a s e s a s n a d a y a n m a k t a d r . AFLP gibi PCR'a dayanan yntemde a r a t r a p r i m e i e r t n b a l a n a ~ a b l o n DNA blgesi baklanda bilgi sahibi olmak z o r u n d a d r . Bu bilgiyi elde etmek a l m a n n daha

f uzun zaman diliminde g e r e k l e m e s i n e neden o m a k t a ve projenin maliyetini olduka a r t t r m a k t a d r (Welsh and McCleItand 1990).RAPO yntemi, rasgete genomik DNA p a r a c l d a n n n seilen primerterte o a f b i m a s e s a s n a d a y a n m a k t a d r . o a f b l a n DNA paraaklan yatay (agaroz) ve dikey (poJiakriJamid) je l elektromrezyntemleriyle bant profilleri halinde bireye zg parmakizleri haline d n t r l m e k t e d i r . Parmakiziprofilinde ye r alan he r bi r b a n l : n ve y o ~ u n d a n y a r a r l a n l a r a k polimorfik/monomorfik y a p ortaya k o n u l m a k t a d r . Bu etde e d l e n bantJarl Mendef k a f b m gstermeteri nedeniyle kalitatif vekantitatif karakterlerin belirfenmesinde mofekler martcerfer olarak k u f l a n l f m a k t a d r l a r (Williams etal. 1990). Metodolijilerinin k o l a y o l m a s ve ok s a y d a polimortik y a p n n ortaya k a n l m a s n s a l a m a f a n nedeniyfe, RAPO profiDeri gibi molekler genetik yntemler populasyon g e n e t i i a l t m a t a n n c l a ou zaman tercih edHmektedir. RAPO proftfletinin aJlozim a t n a l a n n a oranlanemli stnllderi bulunmaktadtr. Nitekim aHazim a l m a l a n sonucunda monomorfik y a p d a olanpopulasyonlann RAPO mark:erferi balammdan poHmorfik y a p d a o l d u u tespit e d i l m i t i r . Allozlmverileri b r gen rnnn protein seviyesindeki varyasyonunun tahmIn edilmesi e s a s n a d a y a n m a k t a d r . Bu nedenle transkripsiyon ve post transtasyonel i l e n m e sreleri gibi e i t l i


11/33

11/34

d e i i m l e r d e n dolay protein seviyesinde tahmin e d l e n varyasyon yanh (biased) bir tahmin olaraks n f l a n d n l m a k t a d r . Genetik varyasyonun ONA seviyesinde ortaya konulmaslOl s a f a y a n RAPOyntemi biyokimyasal genetik yntemlerine gre daha objektif bir yntem olarakd e e r l e n d i r i l m e k t e d i r .

PeR-RAPO ynteminde primerferin ~ J a o a c a kaltp ONA blgesindeki s r a n n nceden bilinmesinegerek yoktur. nk rasgele s e i l m i primener k u l l a n l a r a k genomik DNA t a r a n m a k t a d r . Bylece,bireye zg DNA parmakizteri herhangi bi r DNA s r a analizi n bilgisi gerektirmeden RAPOyntemiyle ortaya k a n t a b t l m e k t e d i r . Bu yntemde ok az s a y d a (5-15 bazltk) d z e n l e n m i pomenere gereksinim d u y u l m a k t c ve elde edilecek DNA pan;aoldanntn s a y s zgn primerlerinseimi ile de ayartarlabilmektedir. Bu primerJer b a l a n g t a herhangi bir nldeotid bilgisi olmadanzgoo DNA f a r t d l k t a n m n elde edilmesinde, poUmorlizmterin genetik marker olarak k u l l a n t l m a s n d a ve genebk h a r t a l a n n JkanlmaSH'Kta k u n a m l r n a k t a d r . BeUrtiten OstnlJderine Uave olarakyntemin d i e r yntemfere gre ok daha kolay u y g u l a n a b t i r o l m a s bu t e k n i i n bal a n s b a t a olmak zere hemen hemen tm organizmaiarda k u l l a n l m a s m y a y g n l a t r m a k t a d r . RAPOt e k n i i n i n tekrarlanabiUr o m a z e l l i i n i n d i e r yntemlere (AFlP ve RFLP gibi) gre daha d k olmas. ve dominant k a l t t m modefi gstermesi (heterozigot genotipler homozigotlardan a y r t edilemez ve buna b a J J olarak altel frekanstan ve allellere ait bilgiler d o r u d a n RAPO profiller/ndenelde edilemez) bu yntemin e k s i k f i i olarak ifade edilmektedir {Wiltiams et iii. 1990; Williams1993}. RAPO profilCefinde tespit edilen markerler istat istik ofarak var-YOk (ikili, b n a r y ) veri tipinded e e r l e n d i r i l m e k t e d i r . Buna g&e herhangi bir DNA profilinde ele a l n a n bir Iokusta tespit edilenbant var ( I , dominant etkili gen b a k m n d a n homozigot veya heterozigot genotipi ifade etmektedir)tespit edilemeyen bant is e yok (O, resesif etkUi gen b a k m n d a n homozigot genotipi ifadeetmektedir) e k t i n d e t a n m l a n m a k t a d r . BaL a n s p o p u l a s y o n l a n n n t a n m l a n m a s n a ynelik y a p l a n a l m a l a r d a elde edilen RAPOmodellerindeki markerlerin, Mendet k a h t m t n a uygun bi r aJlma gstererek geneftikte dominant, k a l t m modeline sahip o l d u u bildirilmektedir. Ancak az saytdakl segregasyon a t m a l a r f

sonucunda RAPO modellerinin %10 o r a n n d a kodominant (heterozigot genotlpIerin homozigotlardana y r t e d i l e b i ~ i ) k a l t m modefi g s t e r d ~ i de respit e d i l m i t i r (HtJnt and Page 1992).RAPO markerlerinin baL antanmn ebeveyn kontroUerin


12/33


13/33

13/34

3.2. DNA z o l a s y o n u laboratuvara getirilen i i an Omelderi genomik ONA Z o l a s y o n u y a p d n c a y a kadar -20 oC 'des a k . l a n m l b r . Geoomik ONA Z O l a S y o n u n d a Hall (1986 ve 1990)'10 t a n m l a d fenoHdoroformyntemi esas a f m m t r . BelJrtifen y6ntemin mevcut l a b o r a t u v ~ uygufaRabifirlijiim salamaka m a c y l a yntem ozerinde b a z < f e ! j i i k l i k l e r y a p l m ve a r a t r m a d a k u U a n J a c a k t m genomik ONAizotasyoolan bu ynteme gre g e n ; e k t e t i r i m i r . au amata;

Etanol iinde t:ututan rnefder kk paralara a y n m ve 5 m l 0.025 M sitrtk a s t ierenpoJipropifen tpter iinde 4 OC'de hOmojenize e d i l m i t i r . 2. rnekler 3500 rpm'de santrifj edilerek ayntan spematan u z a f d a b n l d . k t a n sonra hcreleriieren pelet, STE tampon zeltisi (0.32 M sukroz; 50 mM Trts-HO, pH 7.3; 10 mM M g C I ) iinde tekrar homojenize e d i l m i t i r . 3. 3000 rpm'de 5 dk santrifj edilerek, ekirdek ieriOi pelet hafine g e t i r i l m i ve pelet, 10 mL 75, mM NaCl; 10 mM Trts-HO, PH 7.8; 10 mM EDTA iinde tekrar sspanse e d i l m i t i r . 4. H a z r l a n a n zeftiye % sos i 0.2 mg/ml PrOOOinaZ K ilave edilerek: 60 OC'da 45 dk: subanyosunda inkObe e d i t m i t i r . 5. Bu zelti tekrar santrtij edilip (15.000 rpm /10 dk ) pelet u z a f d a b n l m a b r . 6. Spematan ile standart fenOI ve fc:toroform/lZoamii a k o l ekstraIcslyontan y a p l m ve toplamONA, etanal ite k t r l m O t O r . 7. ade edilen ONA, 4 mt tampon (2 5 mM NaCl; 10 mM Tris-HCI, PH 8.0; 1 mM EDTA ) iindeyeniden Z d r l m ve 50 lJ9 a-amftaZ/ml ve 50 lJ9 RnaZ/ml u y g u l a m a s y l a (3 dk:. 37 oc)zelti ierisinde var olan RNA moleklleri u z a l d a t n t m t r ( k e s i l m i t i r ) . 8. DNA solsyanu tekrar ekstrakte ediferek k : t r i i l m ve tampon (25 mM NaCl; 10 mM Tm-HO,pH 8.0; 1 mM EDTA) iinde yentden 2 d U r l m t i i r . 9. metc:ler kullanfitneaya kadar 4 OC'de s a f c : l a n m t t t r . A r a t r m a n n yrtillebilmesi it;in geretdi olan yeterli miktarda DNAizoIasyoouoon b a a r ite eldee d i l d i i % 11ik agaroz jeUerinde je l grntleme sistemi ile llerek: tespit e d i l m i t i r . 3.3. RAPD PrImerteriKaynak a r a t r m a s sonucunda potimorftk o k i ~ u bildirilen 20 adet RAPO primeri bu a r a t r m a d a k u l l a n l m t r . Bu primerterin baz di2iJimleri izefge 3.2:00 v e r i l m i t i r . izelge 3.2. Primerterin Numaralan, Baz Oizifimiert, operon Teknoloji Sembol ve Kaynaklar___ ~ ! ! 1 ~ ~ ~ ~ _____ ~ z _ ~ _ m i ( 5 : - ' ~ L ___ ~ _ , ! , ~ ~ j ! ~ ~ _____ _________ ~ a y ! ' a ~ ___________P14 en- JfC.G TCA C Suazo et al. 1998

P1S CGG TTA GAC G "1'16 GGT TTG GAG G ..P17P18P19P20P21P22P23P24P25P26P27P28P29P30P31P32P33

AAACCAGGCGCCCAACACACCAGCACCCACTIC CGA. AeC CAGGTGACCGTGTTGCGATCCCAGGa:cr rCMTCGGGCTGGGGTAACGCCAGCCAGCGAAGTTTCGClCCGGTGACGCAGGTCCACAOiGTGGGGGACTCGTAGACCCGTGACGGATCAGAGGGCGTAAG

OA13OMSOA180A20OAOlOA04OA09OA1608010807080808090811OC150016

"Hunt and page 1992

R

""""..


14/33

14/34

3.4. RAPD-PCR l C o p I I a n m n O p t l m i z a s y o n u Hedef btgelerin PCR ile oOatbml iin McPherson and Motter (20(1) t a r a f n d a n bildirilen reaksiyonk o u l l a n a r a t r m a n n y r O t J d f a b o a t u v a r k o u l t a r m a adapte e d i l m i t i r . Son konsantrasyonda2.0 mM M g C l , 200 nM primer; 2 mM herbirdflTP; O.SUTaqONA pofimerazve5 nggenomik DNAolacak e k i l d e reaksfyon k o u l l a n optimize e d i l m i t i r . rnek b a n a 12.5 Jlt'lik reaksiyon hacmi iinizelge 3.3.' de verilen miktarlar k u l l a n l m t t r . izelge 3.3. Bir rnek S a t n a 0.2 ml1ik PeR Tplerine Konulan Sarf Malzeme ve Miktarlan

Genomik DNA 1.00 Jl'10 X PeR tamponu 2.50 J.10 x S1NrP (2 mM) 2.50 p'M g C l (2 mM) 1.00 pJPrimer 0.50 LLLTaq DNA polimeraz (0.5 O) 0.25 plSterif deiyonize b d H O 4.75 ptToplam reaksiyon hacmi l l .50 J.

izelge 3.3.' de verUeo miktarla,. 0.2 mnik PCR tplerine konulduktan sonra bu k a n m 3-5 sn.mikrosantrifjde 3500 rpm'de santrifj e d i l m i t i r . T p e r termal cyder (Techne T C 3 r a y e r l e t i r i l m i ve faricb denemeler sonucu PCR optimizaSyonu ofarak izefge 3.4:te verilen o a t t m dngleri k u l l a n l m t r . izelge 3.4. PCR P r o g r a m 95 OC ...... 1 dak94 oC ...... 1 dak i36 oC...... 2 dak 45 dngnoe ...... 2 dak72 OC ...... 15 dak n denaturasyon (DNA eksenlerinin bJrbirIerinden a y n m a s ) Denaturasyon (DNA eksenterinin birbirlerinden a y n m a s ) Primerin kompiiment.er k a f p DNA ekseni blgesine b i J l a n m a s zerinde dUrUIan ONA blgesinin sentezinin yapdmastGzerinde durulan DNA blgesinin sentezinin soo kez y a p l m a s

13.5. PCR Ornlerinin JeIa YJdellf'm!SiElde edilen PCR rnlerine, i e r i i izelge 3.5:00 verften DNA ykleme tampon zeltisi (GlfserolB r o m e n o t Mavisi)1nden 3-4 J.1I ilave e d i l m i t i r . izelge 3.5. DNA Ykleme Tampon zeltisj5.Oml GUserot2.0 Bromfenot (% 51ik stok zeJti)1.5 ml EOTA1.5 mf Sterifdeiyonize b d H O

rnekferin efektr0f0t'e2 i t e m i % 21ik agaroz jeHerinde g e n ; e f d e t l r i t m i t i r . i2efge 3.6:da i e r i i verilen 1 X TAE (Tris - Aset lk Asit - EDTA) tampon zeftisi k u l l a n l a r a k j e t l e h a z r i a n m t l r . Bununiin, 79 agaroz tarttItP zerine 350 1 X TAE tampon zeltisi ilave e d i l m i ve mikrodalga finndaagaroz je t k a y n a t d m l t l r . SM agaroz jeli y a l d a l k otarak 40-50 OCye kadar s o u t u l d u k t a n sonra 15IJI (20 mg/ml) etidyum bromid ilave e d i l m i t i r . Agaroz jef, tarak y e r l e t i r i l m i elektroforez t a b l a s n a d k l m t r . Jel (0.85 x 20 x 20 cm) dondufd:an sonra tarak t k a n f m b r . DNA ykleme tampon


15/33

15/34

zeltisi ilave e d i l m i ve rnekler jeide o l u a n kuyulara pipet ile a k t a n m t r . Elektroforez i l e m i 85-90 Volt uygulanarak y a k l a k 4 saat yrtldktert sonra t a m a m l a n m t r . izelge 3.6. TAE (Tris-Asetlk asit-EDTA) Tampon zeltiteri

50 X TAE (Stok zelti)242.0 gr Tris57.1 mJ Glasiyel asetik asit

100.0 ml 0.5 M EOTA1 X TAE

40 ml 50 X TAE stok zeltisinden altmp stern deyonize b d H O ile 2 litreye t a m a m l a n r . 3.6. Genotipterin BelirlenmesiBeldrotorez i l e m i tamamlandtktan sonra je l gr'ntilleme sisteminden y a r a r l a n l a r a k bireylerezg RAPO profitleri b e l i r t e n m i t i r ( e k i l 4.1.-4.17.). RAPO profilleri net olmayan az s a y d a k i rnekte krarfan m t r . Her bir primer iin bireye zg olarak tespit edilen bir- bant bi r lokus olarakt a n m l a n m t r . Bu bant b a l o m n d a n ele a l n a n bireyin genotipi dominant etkili gen b a l o m n d a n homozigot (AA) veya heterozigot (Aa) olarak c l e e r f e n d i r i l m i ve s a y s a t olarak bant var a n l a m n d a bi r (1) ife k o d ' a n m t J r . Ozerinde durulan fokus b a l o m n d a n banta sahip ofmayan bireyin g e n o t p l resesjf etkili gen b a l O m n d a n homozigot (aa) olarak kabul e d i l m i ve s a y s a t olarak bant yoka n l a m n d a s f i r (O) ile k o d l a n m t r . 3.7. Veri AnaliziBal a n s populasyonlannda zerinde durulan primerler b a k m t n d a n elde editen RAPO profifleribilgisayar o r t a m n a a k t a n I m t r . H a z r l a n a n v e i t a b a n n d a n hareketle aflel frekanslan (P i ) karekkyntemi k u l l a n l a r a k h e s a p l a n m t r (Nei 1987).Populasyonlann genetik varyasyon dzeylerinin tespit edilmesi a m a c y l a , anel f r e k a n s l a r n d a n y a r a r l a n l a r a k her bi r populasyanda ortalama alleI s a y s (na), ortalama etkili a l e ! s a y s , (ne),ortalama heterozigotlufdar (hj, H), Shannon sabiti (Ho) ve polimorflk lolcus o r a n (Ppoly ) tahmine d i l m i t i r (Nei 1987).saf a n s populasyonjan a r a s n d a k i mevart: genetik f a r 1 d d t n ortaya k o n u l m a s a m a c y l a , g e n e t k f a r l d l a m a k a t s a y s (Rsr) He genetlk mesafe (D ) i s t a t i s t i J d e i n d e n y a r a r l a n J m b r (Nei andKumar 2000).Bal a n s populasyonlan a r a s n d a her generasyon g eden bireyferin gerek saylSf gen a l o k a v r a m ile ifade edmektedir. MdJermOtt and Md)on:afd (1993,-m b i l d i r d i i e k i l d e . populasyonlara r a s n d a meydana gelen gen a k , tm lokusfar zerinden Rsr d e e r i n e b a l olarak h e s a p l a n m t r (Yeh et al. 1997).Genetik mesafe d e e r f e r i n d e n y a r a r l a n l a r a k o l u t u r u l a n kmeleme analizinde dendogram iin,Sneath and 50kal (1973) t a r a f n d a n g e U t : i t 1 1 e n UPGMA ( u n w e i g l r e d {Nlir-group method wltharithmetic mean veya average dlstance method) yntemi l c u O a n l m t r (Nei and Kumar 2000).Bylece, bal a n s populasyonlan a r a s n d a k i ftlogenetik i k i J . e r i l ortaya k o n u l m a s n a a l l m t r .


16/33

16/34

Verilerin analiz edilmesinde POPGENE (Yeh et al. 1997) ve NTSYS ver. 2.0. bilgisayar paketprogramlanndan y a r a r t a n l m t r . 3.7.1. Allel FrekanslanRAPD markerterinin dominant k a l t t m modeli gstermesi (heterozigot genotipler dominanthomozigotlardan a y r t edilememekte ve bunun sonucunda da allel frekanslan d o r u d a n RAPDprofillerinden h e s a p l a n a m a m a k t a d r ) nedeniyte, gen frekanslan (X i , Gene veya al/e/e frequency)ve standart h a t a l a n n n (Sp; ) h e s a p t a n m a s n d a karekk (square root) yntemi k u l l a n l m t r (Nei1987).

Pj = Jng i nng = i. resesif etkili allel b a k m n d a n homozigot genotipli bireylerin s a y s n :::: toplam birey s a y s d r . 3.7.2. Ortalama Allel S a y s Bir poputasyondaki genetik varyasyon, populasyondaki ortalama allel s a y s (na, Average numberof aIleles) ile de ifade editebitmektedir. Pratik olarak bi r populasyonda bulunan toplam allel s a y s geneltikle tespit edilememektedir. Bunun yerine populasyonu temsil eden rneklerden hesaplananbelirti genlerin s a y s zerinden bi r tahmin y a p l m a k t a d r . Bu nedenle ortalama allel s a y s rnekg e n i l i i n d e n byk lde e t k i t e r m e k t e ve oJdu allelizmin var o l d u u Iokuslar b a k m n d a n dahad u y a r t bi r istatistik olarak d e e r t e n d i r i l m e k t e d i r (Nei 1987).

na = i. i na i / rna; := i. !okustak i anel s a y s r :::: toplam lokus s a y s d r . 3.7.3. Ortalama Etkili Allel S a y s Kimura and Crow (1964) tarafindan g e l i t i r i l e n ve populasyon g e n e t i i a l m a a n n d a k u U a n l m a k t a olan ortalama etkili allel s a y s (ne, Average effective number of aileles) h o m o z i g o t l u u n tersiolarak t a m m l a n m a l c t : a d t - (Nei 1987). Bu lt populasyondaki atlet f r e k a n s l a n n n d a l m zerindentahmin edilmekte olup, teorik olarak bi r populasyooda var olan tm allel frekanslan a y n o l d u u zaman na d ~ e r i n e e i t o l m a k t a d r . Genellikle, altel frekanslanOtn e i t o l m a d t durumlarda nelt na d e e r i n d e n daha kk tahmin edilmektedir.

2ne =i j (1 i l . i Pj ) / rP; = i. allel frekans.r = Iokus s a y r s d . r . 3.7.4. Ortalama HeterozigotIukPopulasyondaki ortalama genetik varyasyonun ( H, Average gene diversity veya averageheterozygosity) tahmin edilmesinde Nei (1973Ynin al t populasyonlarda beklenen ortalamaheterozigotluk: (h j i Expected heterozygosity veya expected gene divelSity) d e e r l e r i n d e n


17/33

variance of H lokusta rnekleme varyansmaedilmektedir. Bat a n s PGlJU'i1JS\i'OOlian arasmda t a h m n ednen beklenen ortalama{

t= d

r

'""::","',,,"'" a r a s n d a l d f a r k l l l d a n n nem kontrolleri testi ile """n,h...,.",h,.

=:d=

J. lokusta b e l d e n e n h e l , e n z i o t l u k loku:> s a y s

2

17/34

The S B n p m g olarak tahmin

ve ' i P O I i l u l a s " o f l l a r m : l a b e l d e r e r ortalama h e l : e r ) z l ( o t i l u k la r a T a s n d a k i fark:::: ' i b e l d e r e r ortalama tara aH: standart hata

X beldenen ortalama' i b e l d e r e r ortalamaX beklenen ortalama standart h a t a s

== y b e l d e n e r ortalama standart h a t a s d r ,

varyasyonun t a h m n edilmesinde kuilanltan istatistiklerden birisi deShannon sabitidirkendine dllenen

Shannon5 infornlation

edilen varyasyonuny a y g n olarak kullamlan bi r istatisttktiL RAPD

Bu lewontin bu

varyaSyonun ortalama a l l l I ; : l n tm lokustar zerinden ayn ayn h e s a : , l a r m , o k t a vedaha sonra r i_'l" ' l '"f",r i in o r t a a m a s : : f l f 1 I : : , . , I f t ' elde e d j . l m E ~ k t i ~ j r

sabitin!n teorik olarak ileri a n l a m birBat a r s a r a s n d a tahmin edilen Shannon s a b t i

a r a s n d a k i farkhlddann nem kontrolleri t t e s t 1'1 = I. ailelin f r e k a n s

3.7.6. PoIimmfik lokus O r a n o p u a s y ( ) n ( i ! a mevcut varyasyonun k o n u l m a s 2 n ' ......'u .... lokus zerinde

ve rnek no,,,,i"'I""',,IL> c a i l S t l v ( ) r s a bu durumda fe.....,!;;>,n 1'1.." , n : ~ " ' ; ' derecesi veya Doilimorfik lokus

Pollmorlizm rnek: olarak zerinde durulanlokusta yaygm olan allel f r e k a n s n m ya da daha frekanslama b u l u n m a s n ifade etmektediL Polimorlizm kriteri veya t a r a f n d a n belirlenmekte


18/33

rnek n .. ,n'",:lifiinin VUI(Sek UI'!..IU\diU durumlarda 0.95 olarak edilebilmektedir.rnek ",,,,,ni,,,llifiin'n az v , , , . , , , , , ' " durumlarda n r , , , , . . l : > , n . : > Polirnorlik

h a t a s n d a n s a v ~ s

etkilenmekte ve ""' ,-h""nni bir anlam ifade etmemektedir

3.7,7, Senelik F c u 1 d J l a m a K a t t s a " s

nisbi o r a n differentiation

c o e f f c i e n t

Nel and Kumar

f The crefficfent of l J O j r J U I . ~ t l O i n d f f f e r e t i t i a t i o , r J ) alt p o l ) u a ~ , o r a r

gene differentiation veya relative magmruereUe

RAPO markerteri k u l l a n l a r a k temellereai t

" " " , c i c r i n istm!i,tik. analizlerinin y a l > l l f l i l a ! l i i n : l a kavram,bunu allellzmin ve:zaman, indekslerinden biri olan ve altI J O I I J U l i a S ' \ O l l l a r m n , : " " , , , , ~ i ! r f ; u ' ! i " , h t . : ; ; . : ; : m , ; ; indeksi olarak t a n m l a n a n al t o o [ } u a s , / o r a r a r a s f ; ; r l r h , ; ; , . : ; : m : :

k u n a n l m a s l f u n daha birifade edilmektedir allelizmin var lokuslarb a k m n d a n t inn.:.,riniin tamh o r t a l a m a s ta k u l l a r d a , b i l E ~ c e q i bildirilmektedir andClark Bu teorik temelden hareketle iteri srfen rfi:>.",c!'iile kuramlann t a m a m

kabul ediilebilir njtelilc:tedlir D O l ) u l a s " o o l l a r a r a s n d a k i n . : > . ~ ...!'iivf a r k l l k l a r n derecesini ifade etmekte O ila 1 a r a s n d a d e C l ! $ m e k : t e i d i r Hartl and

s & m f l a n d n l m a k . t a d r . Bunap o p u a s , o r a r a r a s n d a k i f a r k l b k 4 farkli

.. O 00

.. 0.05

.. 0.15


19/33

19/34

derecesinin jyibirlsdr. Rsrbyiik lde, popuJasyondakt .topiam beterozigOtlt$l (KT ) baOllolarak h e s a p l a n m a k t a d r . K T d e e r i ok kOkse, populasyonlar a r a s n d a k i genetlk f a r k i l k gerekte kk otsa bile Rsrdeeti okJuka byk k a b i l m e k t e d i r . Rsr =(KT-KS) /KTWk = I / ss ::::: populasyon s a y s Pki = le. populasyonda i. attel f r e k a n s P,,;; = poputasyonlann tamamt ozerinden i. aiieiin ortatama f r e k a n s d r . 3.7.8. GenAIo"loka' bi r bal a n s populasyonundan y e t i t i r i l e n ana anlann f a r k l blgelerdeki populasyonlardakullantfmalan veya biT populasyondaki erkek anlann f a r k l blgelerde y e t i t i r i l e n ana anlann yapaytohumfanmalannda

k u l l a n l m a l a n g otarak ifade edilmektedir'. bi r ifade ile bi r bireyin f a r k l

populasyonlara genotipik olarak b u l u n m a s g (m =HigratJon) otarak t a n m l a n m a k t a d r . F a r k l an populasyonlan a r a s n d a her generasyon g eden bireylerin gerek s a y s ise, gen a k (Nm =Gene fIow) ile ifade edifmektedir.Hartl and Oark (1997}'e gre gE. populasyonlann birbirlerinden f a r k l l a m a s n nleyen temel b r faktr olarak ele almmak:l:adlr. Nm d e e r i , Fsr (ya da Rsr)'ye b a l olarak ters bir i l i k i iinded ~ ; m e k t e d i r . Fsr kOkItq;e g eden bimYJerin s a y s t (Nm ) a r t m a k t a d r . Populasyonlara r a s n d a ta m bir genetik Z o l a s y o n s z konusu is e Nm =0 (Fsr =1) o l m a k t a d r . Buna gre;

Mm = 0.25 Ise, popuJasyonfar a r a s n d a her drt generasyonda bi r birey g etmektedir, Mm ::: 0.50 Ise. popufasyonfar a r a s n d a her iki generasyom:ta bi r birey g etmektedir, Mm """ 1.00 ise, popufasyonfar a r a s n d a he r generasyonda bit- birey g etmektedir, Mm ::= 2.00 ise, populasyonlar a r a s n d a her generasyondai1d birey g etmektedir demektir.

RAPO markeneri ile a l J I J . d 9 n d a fokal populasyonlar a r a s m f a meydana gelen gen a k (Nm ),McOermott and McDonaId (1993)'nin biJdirt:Jii e k i l d e . t m tokusiar zerinden RSTdeerIne b a l olarak e k H d e h e s a p l a n m a k t a d r (Yeh et al. 1997).Nm = O.S( l - RsrJ i Rsr3.7.9. Genetik MesafeGeoetik mesafe, llebilen zelliider b a k m n d a n popuJasyonfar/aIt tiirfer (ya da ekotipler)a r a s n d a k i gen far1dllddannm iy i biT k;sdr. Bylece her bi r nkleotid n o k t a s n d a veya her b r !okusta meydana gelen nldeotid d e i i m l e r i n i n s a y s genetik mesafenin bi r ls olarak kabuledifmektedir. k i populasyon arasmdaki genetik mesafe geneUikte gen f a r k l t l k l a n n ortayakoymakta ve allet frekansfannm bi r fonksiyonu olarak iimektedir. Geometrik u z a k l k analoglanolarak

~ I e n ok s a y d a genetlk mesafe tahminyntemi g e f i t i r i t m t t i r . Bu amala y a y g n

olarak kuUamlan ynt:emferden birisi de He; (1978ynin genetik mesafe (D = Standard genetic


20/33

20/34

diStanre) yntemidir. Nei (1972) genetik. mesafe kavrarmm he.- birlolws b a k t m n d a n iki populasyona r a s n d a meydana gelen gen (y a da kodon) d e i i m saytSlmn bi r tahmini olarakifade etmektedir.Genetik mesafe populasyonlar genetik benzerliktel (1 , Genettc Identit:y) y a r a n a n l a r a k hesaplanmaktadtr. Ele alman iki popufasyon Z d e gen frekanslarma sahip ise genetik benzerlik I ,ortak ailelere sahip d e i l s e O oiacakbc. Genetik benzerlik O Ha 1 a r agnda d e i i r k e n , geneHkmesafe s f r ( O } . i t e S 0 1 1 S U 2 (00) a r a s n d a bir deOer almaktadtr1987).D=- l n I i = Jxy / JJx Jy

2 2Jxy =i i Px; Pyi Jx = i i Px; Jy =i ii = X ve Y populasyonlan a r a s n d a k i geneHk benzenikPxi :;: i. alfelin X populasyonundaki f r e k a n s Pyi = i. ailelin Y populasyonundaki f r e k a n s d r . 4. BULGULAR VE T A R l I M A 4.1.. Populasyonlann G e l l 1 e l i k Y a n l ' l a r e i t l i a l m a l a r d a poIimorfik o f d u u bildirifen 20 adet RAPO primeri bu a r a t r m a d a z e l g e 3.2:de baz ierikteri verilen P14, P20 ve P29 numarab primerlerden istenilen nitelikte PCRrn (DNA o a I b m ) elde e d i f e m e m i t i r . Dier 17 primerden (PtS, P16, P17, P1S, P19, P21, P22,P23, P24, P25, P26, PlJ, P28, P30, P31, P32 veP33) elde edilen ONA o a l t m l a n projenina m a c n a u l a l a b i l m e s i iin yeterli b u l u n m u ve bunun sonucunda elde e d l e n RAPO bantmodellerinin olduka bilgi s a l a y o nitefikte (poIimorfik) o l d u u tespit e d i l m i t i r . e k i l 4.1. - 4.17:de g r l e b i l e c e i gibi, genel olarak 300 b'den daha kk olan bantiar RAPO profillerlninbelinenmesinde dikkate a f t n n a J 1 ' l t t 1 r . Hunt and page (1992), bu a r a t r m a d a da lrUUantIan primerferi (P19 - P33) ieren toplam 68primerden 13 tanesinin, Fonekk el; aL. (l993} ise a i t 13 p i m e f : d e n S tanesinin polimorlik

f yaptda o l d u u n u b i l d i r m i t i r . Suazo et aL (1998), 700 primerle a l a r a k Avrupa ve Afrika bal a n s r k l a n n n t a n m l a n m a s n d a k u l l ~ RAPO pr1met1erinin belirlenmesi zerinde d u r m u t u r . Bua r a b r m a d a da a f t t i a n P14-P16 primerler1nin Avrupa. PI7 ve PtS primerler1nin is e Afrika orijinlirrldara zg o l d u u bildirilmelde birlikte, bu wldann birbirlerinden aynt edilmelerinde belirtilenprimerterin etkin bir e k i l d e k u l l a m f a b i t e c ~ i ifade edilmektedi.... 5uazo e t al. (1998)'un bildirdiiininaksine, P14 primennin k u U a n t l m a s y l a bu a r a t u m a d a herhangi bir PCR rn elde e d i l e m e m i t i r . Yine Suazo et al. (1998) tarafmdan Afn"ka bai a n s .rklanna zg bikfuilen P17 ( e k l 4.3) veP18 ( e k i I 4 A . ) primerleriyle olduka bilgi s a l a y c PCR rnleri elde e d i l m i t i r . Genel oiarak, RAPO markerten kuRamlarak yapdan analizlerin ok dikkatli bir e k i l d e d e e n e n d i n l e r e k y o r u m l a n m a s gerekmektedir. Bu durum zellilde, O a J t J I a n DNA blgesinind o a s bilinmiyorsa ok daha nemlidir. nk RAPO anaIizIerl DNA, magnezyum, primer ve TaqDNA poIimeraz konsantrasyontanna so n derece d u y a r l d r . Belirtilen faktrlere b a I olarak PeR o a ' b m l a n n n optimize edilmesi ok nemfidfr. Bu faktrlere b a l olarak PCR k o u l l a n n n a y n dzeyde optimize edifdijji v a r s a y m n d a n hareketle zerinde duruian primer1er b a l a m n d a n e i t l i a r a t r m a l a r d a f a r k . sonulann efde edilmesi d k ihtimalle de otsa mmkn olabilmektedir.


21/33

e k l 4.1. P1S RAPO parmakizleri (1 . rnek.Gene Ruler DNA Ladder m i x ~ 2. rnekGepe Ruler1M 100 bfik DNA Iadder)

e k l 4.2. P16 RAPO parmakizleri (1 . rnekGene Ruler1M 100 be; li k ONA tadder)

e k i l 4.3. P17 RAPO p a r m a k i z l e i (1 . rnekGene RuferlM ONA ladder m X )

e k i f 4.4. P18 RAPO parmafdzferi (1 . rnekGene Ruter ONA laddermix)

21/34

e k i l 4.5. P19 RAPO parmaldzleri (1. rnekGene Ruter ONA tadder mix)

e k i l 4.6.. P21 RAPO parmakizleri (1. rnekGene Ruter1M 100 be; lik ONA ladder)

e k i l 4.7. P22 RAPO parmakizleri (1. rnekGene RulerlM OHA laddermix)

e k i l 4.8. P23 RAPO parmakizleri (1 . rnekGene Ruler ONA iadder mix)


22/33

e k i l 4.9. P24 RAPO parmakizleri (1 . rnekGene Ruler 10 0 b lik DNA (adder)

e k 8 4.10. P25 RAPO parmakizleri (1. rnekGene Ruler 100 b li k DNA ladder)

e k 8 4.11. P26 RAPO parmakizleri (1 . rnekGene Ruler 10 0 b li k DNA ladder)

e k i l 4.12. P27 RAPO parmakizleri (1. rnekGene Ruler DNA Iadeler mix)

22/34

e k i l 4.13-. P28 RAPO parmakizleri (1. rnekGene Roler DNA ladder mtx)

e 1 d 1 4 . 1 4 . P30 RAPD parmakizleri (1. rnekGene Ruler DNA l a d d e - mix)

e I d I 4.15. P31 RAPO parmakizleri (1. rnekGene Ruler DNA ladder mix)

e k i l 4.16. P32 RAPO parmakizleri (1. rnekGene Ruler DNA ladder mix)


23/33

23/34

e 1 d 1 4 . 1 7 . P33 RAPO parmaldzferi (1. rnekGene Ruler1M DNA fadder mix)PCR rUn elde edilen 11 primerden topfam 14 9 RAPO Iokusu (bant) elde e d i l m i t i r (izelge 4.1.).Bu Iokl!Slan:lan 11 tanesinin monomorfik, 138 tanesinin de polimorflk y a p d a o l d u u t e s p t e d i l m i t i r . PCR o a l t t m s o n r a s n d a P30 ve P33 primerteri iin 2 bant elde edilirken, a l l a n dijerprimerler iin 6 ila 16 lokus tespit e d i l m i t i r . Primer b a n a elde editen o r t a a m a lokus s a y s 7.5(149/20), p r i m e r b a n a ortalama polimorfilc: lokus SaYJSI is e 6.9 (138/20) olarak h e s a p f a n m t r . Hunt an d Page (1992), bu a r a t r m a d a da kullantlan p r i m e 1 e r i (P19 - P33) ieren toplam 68primerden 13 tanesinin potimorfik y a p d a o l d u u n u ve bu p r i m e 1 e r e ait toplam 432 /okusun(polimomk Iokus s a y s 90'dtr) b e l i r t e n d i i n i b i l d i r m i l e r d i r . Sz konusu a r a t r m a d a primer b a n a elde edilen ortafama (Okus say lSl 6.3, ortalama pofimorfift Iokus s a y s ise 1.3 olarak h e s a p f a n m t l r . Bu a r a t r m a d a hesapfanan primer b a t n a ortalama iokus s a y s n n (1.5) Hunt and Page (1992)tarafindan bildinlen d e e r l e (6.3) benzer, ortalama poIimorfik Iokus s a y n n (6.9) ise a y n a r a t n n a d a bikrilen cteOerden (1.3 ) oldukca f a r k l o l d u u g&ImeIrtedir. OrtaJama poIimorfiklokus s a y s n n yksek k m a s n n nedeni olarak, bu a r a t r m a d a daha nceki a t m a l a r d a polimorfik o l d u u bilinen primerierle a b d m o l m a s gsterilebilir-.

a t l a n Iokuslar b a k m n d a n belini bi r populasyona zg hertlangi bir aflele r a s t l a n l m a m l t r . ITespit edilen bantfann hibiri hertlangi bi r populasyonu t a n m l a y J C f nitelikte b u l u n m a m t r . Belirlenen markerlerin tm a l l a n populasyonlaon en az bi r bireyinde b u l u n m a k t a d r .


24/33

izelge 4.1.

PrimerNo.

P15P16P17P18P19P20P21P22P23P25P26P27P28P29P30P31P32P33

Toplam

GGTTTG GAGGAM GGCGCCCMCACACCAGCACCCACTTC ACCAGGTGACCGTGTTGCG ATCCAG GCCOTMTCGGGCTG

TMAGCCAGCGAA

TGG GGGACTC

AGGGCGTMG

4.2. Genetik Cesitlilik

5060606060607060

60607070706060

P o l i m o r f k

6 6 10012 12 10011 73

6 6 1008 8 1009 8 88

1007 5 719 100

14 10011 91

8 8 10090

2 2 10090

2 1 5016 15 94

149 138 92.62

edilen lokuslarda allel frekanslan k u l l a n l a r a k : f a r l d bal a n s varyasyon Buortalama allel s a y s na ortalama etkili allel s a y s (n e

vekriterler

" , r , n , .." , '" tm allel frekanslan zerinden n e : : ; a p a n ortalama

0.3310. Shannon sabiti ) n n i i i m n r t i l r lokus s a y s lokus oram ( 92, olarak tahmin " ' r l l l n " , - , , . .

t a m a m tek bir anortalama a l e ! s a y s

H

tm istatistikler Bursa " n n : : , < : ; . n f 4 l C > n rneklenen ! J O p u a s ' f o r a a en Mersinunr'oc: ' :nrl".n rneklenen p O I P U l a S 1 { O r o a ise en olarak r e ~ > < : m a n


25/33

25/34

izelge 4.2. Trkiye Bal Ans1 Popufasyonlanna AH: Ortafama Atlet 5aytS1 (na) 1 Ortalama Etkili AllelS a y s (ne), Beldenen Ortalama Heterozigotluk (h j ), Shannon Sabiti (Ho ),Polimorflk lokus SaytS1 (np), PoIimorflk lokus O r a n (Ppoly) ve Standart S a p m a l a r

Populasyon na ne h j Ho np Ppo/yY l c a 1.671 0.471 1.452 0.395 0.256 0.201 0.376 0.291 100 67.11A y d n 1.550 0.499 1.382 0.411 0.214 0.215 0.313 0.304 82 55.03EI m a l 1.597 0.492 1.396 0.389 0.227 0.207 0.335 0.295 89 59.73Kazan 1.530 0.500 1.345 0.387 0.198 0.208 0.293 0.296 79 53.02AZF 1.651 0.478 1.422 0.374 0.245 0.200 0.363 0.285 97 65.10Bursa 1.698 0.460 1.497 0.306 0.279 0.205 0.407 0.288 104 69.80B a ~ r a s 1.657 0.476 1.445 0.396 0.254 0.207 0.373 0.293 98 65.77Davutlar 1.657 0.476 1.451 0.393 0.256 0.207 0.375 0.293 98 65.77Mersin' 1.503 0.502 1.299 0.369 0.174 0.201 0.260 0.287 75 50.34B a l k e s i r 1.624 0.486 1.437 0.412 0.242 0.216 0.354 0.303 93 62.42Ortalama 1.614 0.484 1.413 0.383 0.235 0.207 0.345 0.294 91.5 61.41TmAltelFrekanslan 1.926 0.262 1.568 0.324 0.331 :i:: 0.155 0.493:1:: 0.205 138 92.62zerindenOrtalama4.2.1. Ortalama AlleI S a y s Populasyonlardaki ortalama atlet s a y s (na), Bursa rneklerinde en yksek (1.6980.460) Mersinrneklerinde ise eo d k : (1.503:1:0.502) h e s a p l a n m t r . Populasyonlann tamamlOda 1.6140.484-ofarak tahmin edilen ortalama allet saytS1, tm allet frekanslan zerinden 1.9260.262 olarakb u l u n m u t u r {lzelge 4.2.}. Bal a n s populasyonlan a r a s n d a hesaplanan ortalama allel s a y l a n n n benzer o f d u u Ifade edifebjfir.4.2.2. Ortalama Etkili AIIeI $ a y s Populasyonlardaki ortalama etidii alter s a y s (ne), Bursa rneklerinde en yksek (1.4970.306)

i Mersin rnelderinde is e en d k (1.2990.369) h e s a p l a n m t r . Populasyonlann t a m a m n d a 1.4130.383 olarak tahmin edilen ortalama etkili aUel s a y s t r tm atlel frekanslan zerinden1.5680.324 olarak b u l u n m u t u r (izefge 4.2.). Baf a n s populasyonlan a r a s n d a hesaplananortalama etkili a l e ' s a y l a n m n benzer o l d u u ifade edilebilir. Ortalama etkili allel s a y s b e k l e n d i i gibi ortalama alter s a y s n d a n d k k m t r . Bu, a l l a n populasyonlarda tespit edilen tm allelf r e k a n s t a n n n e i t o I m a d r f her durum iifl geerli oJacakttr.4.2.3. Ortalama HeterozigotIukPopulasyondaki beklenen ortaiama heterozigotluk {h j ) , Bursa fOelderinde en yksek(0.2790.205) Mersin rneklerinde ise en d k (0.1740.201) h e s a p l a n m t r . P o p u l a s y o n l a r n t a m a m n d a 0.2350.207 olarak tahmin edifen ortalama heterozigotluk (H ) d e e r i , tm anelfrekanslan zerinden 0.3310.155 olarak b u l u n m u t u r (izelge 4.2.).Bal a n s poputasyonfannda beldeneo ortalama heterozigotluk d e e r l e r i n i n yksek o l d u ~ u grlmektedir. Populasyonlarda hesaplanan beklenen ortalama heterozigotluk d e e r t e r i a r a s n d a k i f a r l d l k l a r istatistik: olarak nemli b u l u n m a m t J r (Bursa ve Mersin melderi a r a s n d a hesaplanan ttest d e e r i 0.37 dir). Bu sonutan hareketle a l l a n populasyonfann t a m a m n n beklenen ortalama


26/33

itit

26/34

heterozigotluk d e e r l e r i b a k m n d a n a y n dzeyde genetik varyasyona sahip o l d u u tespite d i l m i t i r ,

Tm allel frekanslan zerinden O.331O.155 olarak hesaplanan ortalama heterozigotluk CH)d e e r i n d e n de y a r a r l a n l a r a k bal a n s populasyonlanndaki genetik varyasyonun olduka ykseko l d u u b e l i r l e n m i o l m a k t a d r .

4.2.4. Shannon SabitiShannon sabiti (Ha), Bursa rneklerinde en yksek (0.407O.288) Mersin rneklerinde ise end k (O.260O.287) h e s a p l a n m t r . Populasyonlann t a m a m n d a O.345O.294 olarak tahminedilen Shannon sabiti, tm atlet frekanslan zerinden 0.4930.20S olarak b u l u n m u t u r (izelge4.2.).

Yresel bal a n s populasyonlannda ortalama Shannon sabiti d e e r l e r i n i n yksek tahmin e d i l d i i grlmektedir. Populasyonlarda hesaplanan ortalama Shannon sabit; d e e r l e r i a r a s n d a k i f a r k l l k l a r istatistik olarak nemli b u l u n m a m t r (Bursa ve Mersin rnekleri a r a s n d a hesaplanan t test d e e r i 0 , 3 6 ' d r ) . Bu sonutan y a r a r l a n l a r a k a l l a n populasyonlann t a m a m n n Shannon sabiti d e e r l e r b a k m n d a n a y n dzeyde genetik varyasyona sahip o l d ~ u tespit e d i l m i t i r . Tm a l e / frekans/an zerinden hesalanan ortalama Shannon sabiti d e e r l e r i n d e n de y a r a r l a n l a r a k yresel bal a r s p o p u l a s y o n l a r n d a k i genetik varyasyonun olduka yksek o l d u u b e l i r l e n m i o l m a k t a d r .

4.2.5. Polimorfik lokus OramPopulasyonlardaki genetik varyasyonun tahmininde k u l l a n l a n kriterlerden birisi olan polimorfizmderecesi ya da polimorfik lokus o r a n (Ppoly), Bursa rneklerinde en yksek (% 69.80) Mersinrneklerinde ise en d k (% 50.34) h e s a p l a n m t r . P o p u l a s y o n l a r n t a m a m n d a % 61.41 olaraktahmin edilen polimorfik lokus o r a n , tm allel f r e k a n s l a r zerinden % 92.62 olarak b u l u n m u t u r (izelge 4.2.),Polimorfizm derecesi (% 92.62) populasyonlar a r a s n d a genetik varyasyonun yksek o l d u u n u n d i e r bi r ifadesidir. Bu d e e r , Hunt and Page (1992) t a r a f n d a n y a p l a n a r a t r m a d a k i verilerdenhesaplanan d e e r d e n (% 20.83) olduka yksektir.4.3. Populasyonlar A r a s n d a k i Genetik F a r k l l a m a ve KmelemeBal a n s p o p u l a s y o n l a r a r a s n d a k i genetik f a r k J l n ortaya k o n u l m a s amaayla, genetik f a r k l l a m a k a t s a y s (RST), genetik mesafe (D ) ve gen a k Nm d e e r l e r i n d e n y a r a r l a n l m t r . Kmelemeanalizi, genetik mesafe d e e r l e r i k u l l a n l a r a k y a p l m ve populasyonlar a r a s n d a k i filogenetiki l i k i l e r i n i n ortaya k o n u l m a s n a a l l m t r .


27/33

4.3.1. Genetik F a r i d l l a m a K a 1 l 5 a , , 1 s Tm lokuslarlar zerinden olarakortalama

ise 0.32990.0240 olarak tahmin

RAPD b a k m n d a n f a r l d varyasyonun 28.89'unun a r

pOI!lUlaS'VOflla,mlln faridi oeoe:tik v a l t l l c r a kalan L L / I 71.11 'Ininse her bir

Genetik

e i t : l f l i i g i n de

k u l l a n l a r a k ta

4.3.2. Gen

temelde ortalama olarak

Bu durumdaSunun sonucunda da

lokuslar b a k m n d a n edilememektedir. Bu durum k u l l a n l a n i s t a t i s t i i n nemli bir e k s i k l i i olarak

varyasyonun vl!cse:1c o l m a s a y n zamanda

f a r k l blgl!ef' a p l a n m : t r

temelini

O O D u a s v o r l l i ' : l f ; r ; ; , ' : , n , n ; , l l r i r r n ' - ; \ f i m " , ; : ; ; j F p a : z a ' i a k a , p o : p u a s y o m < 3 t r a r a s n d a nde a r t r a S t beidenen durumdur. Bup O p U l a s ; y o n l i n r d a r>C>,,..,,,,.-ii olabilecek

kontroll bi r s n r l tm bilgeler-in


28/33

p o p u a s y o n c : r a r a s d a s n r l a r a s n d a her generasyon

ortalama olarak 1.2301 adet etmektedir, ana anortak bir gen havuzundan . ; : : r H l r n . ; : : , c : 1 ve ana a r v p : ~ i c : l ~ i .. i , r i l i n i r r l p

temel srlerin olma o a s m ileaz o l m a s a r a s n d a k i """",,,,r,v r ; ; u " , u " , c , n l " u n U l l r l S V U i n a r a r a s n d a k i

u ; - . , , ~ ~ " , b u l u n m a s n d a etkiliolabilir,4.3.3. Genetik Mesafe

Genetik

y a p y a edilebilir.

a r a s n d a k i n o n o h v n e s a f e {D 0.0716 ile 0.2283Fondrk et al. tarafindan

p o p l 1 l a s ; y o m . : : r a r a s n d a k i f a r k l l k l a r n ve Elmah rnekleri y a p b a k m n d a n birbirine en

l I i ' I ' C : V j ' l n l ' ~ " benzerbu pog:)u!i"ISYIJnl,mn P O i p u a s ' V O l l a r o c m f a r l d ".",u",!.! ifade

Genetil< benzeriik rl""-"",-I"",, ' , ,o b a k l a r a k UVIJu:t::> t a m a m n n f a r k l n",nnl" ln

a l n a n rneklerin vea n C l l k u "'.1n7,.,.r1,nl

F a r k l populasyonlar a r a s n d a k i benzerliiderinf a r l d blQllerueld : : 4 n r i : : 4 n , "

ve a r d n d a n reme mevsiminde bi r arada b u l u n m a l a r sonucuD O I D u l l a s v o l n a l r a r a s n d a o l a s gen ",,,,,,,,.>n_,..,,,,, s o n r a s

aerc!kh:5rne:5i ile Ancak bu durumun ortalama gen a k ! d e e r i n i n mmkn Populasyonlar a r a s n d a hergenerasyon beklenen az < : : ; " , , , , t ; ; , J e . f a r l d n t : > n n i - i n l r & : >

oranda benzer o l m a l a r n ",;>,111"""",::> , , , " , , , , , , .. lokuslann m i k t a r n d a k i a z l k t a n l < a v n , a K a n a n l l e ~ : e l < kimi de


29/33

iif

t

fr

29/33

izelge 4.3. Trkiye Bal A n s Populasyonlanna Ai t Genetik Benzertik i Mesafe D e e r t e r i Populasyon Y l c a A y d n E l m a l Kazan AZF Bursa B a a r a s Davutlar Mersin B a l k e s i r -- - - ~ ~ - - ~ , - ~ - - - - - - - - - - - - - - - - ~ - -Y/I/lea *** 0.9170 0.9309 0.9044 0.8955 0.9080 0.8789 0.8867 0.7959 0.8272A y d n 0.0866 *** 0.9258 0.8967 0.8736 0.8819 0.8493 0.8518 0.8055 0.8346Elmah 0.0716 0.0771 *** 0.8900 0.8963 0.8941 0.8702 0.8769 0.8073 0.8256Kazan 0.1005 0.1091 0.1166 *** 0.9059 0.9184 0.8837 0.8636 0.8064 0.8392AZF 0.1103 0.1351 0.1095 0.0988 *** 0.9216 0.8997 0.9015 0.8275 0.8759Bursa 0.0965 0.1257 0.1120 0.0851 0.0817 *** 0.9291 0.9124 0.8389 0.8808B a a r a s 0.1291 0.1633 0.1391 0.1237 0.1057 0.0735 *** 0.9119 0.8502 0.8736Davutlar 0.1203 0.1604 0.1313 0.1466 0.1037 0.0917 0.0922 *** 0.9082 0.9029Mersin 0.2283 0.2162 0.2140 0.2152 0.1893 0.1757 0.1623 0.0962 *** 0.9305B a l k e s i r 0.1897 0.1808 0.1916 0.1753 0.1325 0.1269 0.1351 0.1021 0,0720 ***

4.3.4. Kmeleme AnaliziNei (1978)'nin genetik benzertik/mesafe d e e r t e r i n e i l i k i n matristen (izelge 4.3.) y a r a r l a n l a r a k Sneath and Sokal (1973)'ln metoduna gre izilen UPGMA d e n d o g r a m e k i l 4.18. de g s t e r i l m i t i r . Kmeleme analizi sonucunda f a r k l ana grubun o l u t u u grlmektedir. Birinci ana kmeyiY l c a , E l m a l , A y d n ve Kazan yrelerinden rneklenen populasyonlar o l u t u r m a k t a d r . k i n c i anakmeyi o l u t u r a n Bursa ile B a a r a s populasyonlan genetik olarak birbirine en y a k n olanp o p u l a s y o n l a r d r . Bu al t kme nce Davutlar sonra AZf p o p u l a s y o n l a r ile b i r t e e r e k ikinci anakmeyi o l u t u r m u l a r d r . nc ana kme benzer (0.9305) genetik y a p y a sahip olan Mersin veB a l k e s i r ' d e n rneklenen populasyonlardan meydana gelmektedir.O l u t u r u l a n dendograrnda Ne; (1978)'nin genetik benzertik/mesafe d e e r t e r i n d e o l d u u gibi, f a r k l genotiplere sahip populasyonlann a y n kmelerde yer a l d grlmektedir.

ii ii

i- -1 iii

i , i i i i i

Y O l c a E l m a l A y d n KazanAUZFBursaB a : ) a r a s Davu t l a rMers inB a l k e s i r

0 . 9 4 0 . 9 S 0 . 9 6 0 . 9 7 0 . 9 9 0 . 9 0 0 . 9 1 0 . 9 2 0 . 9 3 0 . 9 4 e k i l 4.18.TOrk iye Ba l A n s Popu l asyon l anna A it UPGMA D e n d o g r a r n


30/33

5. SONU VE N E R L E R Bu f a r k l meklenen

RAPO markerler! k u l l a n l a r a k markerlerden

i J O P u l a s y o n l c n a r a s n d a k i n.r,n,..I::.,.."I",,edilmesi ve n' ...."'""::>,."'"" bal a n s populas:yoni2lnruia

Bal a r s p o p u a s v o l a n a r a s n d a k i f a r k l l k l a r n no,,,,,,f"iilr f a r k l l a m a 0.2889 olarak

edilen28. 89 'u isevaryasyonun kalan

populasyonlar a r a s n d a d r . Genetik ve Kmeleme analizikken a l d l d a n f a r l d genotip g r u p l a r n a gre s n f l a n d r l m a s n n olduka zor o l d u u

ileri srlebilir.Elde edilen IlAPO

ve bu varyasyonun oranda f a r k l l k l a r d a n bu durumun adaptif karakterlere da

desteklenmesi Populasyonlar iindeki no ....""f";v varyasyonun o l m a s bu trdey a p l ! , ' i b i l e ( : e k s l a h 1':::'::11l\1'01" sonucunda elde edilecek ilerlemeyi a r t t r a c a istenen birdurumdur.

Her bi r

olarak

kendib u l u n d u k l a r evre

varyasyonauyum

Polimorfizmin ; : r k ' ! ; u u n ; } < ; . m r ! a da v ; ; : l l r ; : r ' l ; : r u ! ; ;

Inkalbir sonucu

temel kurallardan birisi f a r k l c : : " r + l : : , r m r l : : > selektif bi r ; : v ; ~ n t : : : ' l ; : Bunun sonucunda da f a r k l

b a k m n d a n birbirlelindenzamanda kendi ilerinde f a r k l genler b a k m n d a n y a p l a r n muhafaza edebilirler.

v n l ~ < : : : bal a n s p o p u l a s y o n l a r n d a k i genetik varyasyonu a r t r c ynde bir etkiye


31/33

ileri srlebilir. Bal f a r k l evre uyumancak f a r k l gen frekanslan lehine selektif bir mmkn olabilecektir.

Lokal p o o u l a s 1 ~ o r l a r d bu nonnir 'n,!r V,CUY,nr'7' . ' v e " , , , of sex determlnatlon in the bee

map of the based on RAPDin a central AnatoUan

M. and Kence A. 2000. Genetic and morphometrie variation in honeybeeof 31: 343- 356.


32/33

32/33

R.C. 1972. The ; : ; ; , n n r " + i l ' 1 , n n , , , , , r > t of human r m J ' " , r ~ " n , Evol. 6:381-398.and S.G. 2001. PeR : The Basics from h ; : l r l < ' r I N " to to bench. BIOSScientific Publishers l imited Oxford.

Genetic distanee between H n , l u , d H i U I S Am. Nat. 106: 283-292.M., 1978. Estimation of average ho lhOr r .7 , , , ru ,c i t.. , and r t o " , o f " , r distance from a smail number ofindividuals. Geneties. 89 : 583-590.M 1987. Molecular L "',",'UL"''' Genetics. ColumbiaM. and 2000. 1\10lecular Evolution and . J n ' \ t n n " , , : n o : < I l r < : Oxford Oxford.

1997. Exeter Sol'twiareO. 2000. TurkiShevidence fo r a fourth l i n f > : : : > r , . : > m ( f ; ~ J l j t j e r a mt-DNA. The J. of HPil"Pr l i tv

F. 1988. l : i o Q e ( ) Q rJ!. and O. 1997. Turkish

Genetic variation and91(1): 42-46.

Berlin.bees hl:>:I"",n to theeast Mediterranean mitochondriallineage. Apidologie. 28 269-274.

Sneath F P.H.A. and Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy. W.H. Freeman, San Fransiseo.and H.G. 1998. Differences between African and Europeanin random DNA The J. of 89

Williams, J.G.K. 1993, GeneticMethods 704-740.

genomes PeR withusing randomly amplified polymorphic DNA markers.

JA and S,V. 1991. DNAn o , ~ " , i - i i , . . . markers. Nuclelc Acids Research

within and among natural n o I D U ! , a r { ) I 1 S Vol. 4. The Univ. OfZ-H. andMolecular

t I - n l " n r , l ' 1 n " " , DNA PeR - RFLPKuilamlarakT r k y e

BalA n l a r m n T a n m l a n m a s .

XIV Ulusal69-73.


33/33

PROJE

P O P U l A S Y O N L A R N D A RAPOPOlIMC)Rfl[K DNA) P O I J ~ J R f : z , . n

Proje ve Y a r d m a Proje Yrtcs : O r ~ Mehmet Aii YILDIZY a r d m c Y a r d m c A r a t r m a c Y a r d m a A r : : , , , , . . .'rn",,,,,,,

Y a r d m a A r a b r m a c

: P r o f ~ Or.. A .........

..

..

Dr.FIRATU

Projenin Y r t l d K u r u l u ve Adresi: ..n"":::Or:;>Blm, Blyornetri ve Genetik 0 6 1 1 0 ~ O s . k : a i > t - . ! ! t n k a r a Destekleyen Kurulu,{lann) Adt ve Adresi:Projenin B a l a n g ve 8itifzA r a t r m a d a Trkiyebin LO f a r t d u n r " " " " , r v . : . n p i m e i b a k m n d a n potim()rfilic} b " , l i r j G n m i . ~ t i r Ortalama etkili anel s a y s (ne beldenen ortalamaortalama heterozigotluk CH =0.331), Shannon sabiti (He =0.493),

33/33

Zootekni

(np =138) ve polimorfik IOLWS o r a n (PpQIy 92.62) otarak hesaplan h e t e r o z i g ) t l u olduka yksektir.

eden ortalama birey s a y s (Nm =1.2803)a r a s n d a k i genetikvaryasyonun byk bir k t s m populasyonlar a r a s n d a d r .

( R S T = 0 ~ 2 8 8 9 )71.11) 1 l O ; : l U l a s y o l a r Genetik benzerfik/mesafe ve tefttTl!'>!'!'> !>,,,,,,tl,,?!,,,,rigruplanna gre s n f l a n d m f m a s n m ...."'u"' ':,oTrkiye bat al1Sf p o ) U i C i l s y ( m l , : l n n n sahip olduJdan,varyasyonu a m n c ynde birAnabtar Kelimeler: Bal a n s , Projeden KaynaklananBilim D a l : Genetik (lJW8)Doentlik Bilim D a l Kodu: 1203 M>i \ lV i ' ln Y e t i t i r m e ve

geri kalan k s m (% 28.9) ise

Çeşitli Bal Arısı (Apis mellifera L.) Populasyonlarında RAPD (Rasgele Çoğaltılmış...

Documents

Transcript of Çeşitli Bal Arısı (Apis mellifera L.) Populasyonlarında RAPD (Rasgele Çoğaltılmış...