BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben
-
Upload
budapest-science-meetup -
Category
Education
-
view
2.263 -
download
1
description
Transcript of BpSM 2014.09. - Sebestyén Endre: Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben
Alternatív splicing változások elemzése rákgenom projektekben
Sebestyén EndreUPF, Barcelona
A rák biológiája
Hanahan et al., Cell 144, 646-674
A rák biológiája
A rák mint evolúciós folyamat
Greaves & Maley, Nature 481, 306–313
A hiányzó mutációk
Vogelstein et al., Science 339, 1546-1558
Genomszekvenálás
Rákgenom projektek
Rákgenom projektek
● DNS mutációk, strukturális változások
● DNS metiláció
● Génexpresszió
– mRNS, miRNS, ncRNS, stb
● Hisztonmódosulások
● Szabályozó fehérje kötőhelyek a DNS-en
● Mindez sokszor normál és tumoros mintában is ugyanattól a betegtől
Alternatív splicing
Alternatív splicing
Alternatív splicing
● Egy gén
– Több mRNS, tehát több fehérje
– Több különböző funkció
– A funkciók függenek az mRNS-ek, fehérjék egymáshoz viszonyított arányától is
Alternatív splicing a rákban
Zhang & Manley, Cancer Discovery 3, 1228-37
Cél
● Alternatív splicing változások keresése
– amelyek konzisztensen felbukkannak adott rákban
– vizsgálva, hogy összefüggenek-e a mutációkkal
– olyan módszerrel, amely különféle mintatípusok, módszerek, és nagy biológiai variabilitás esetén is használható
– a teljes mRNS-re fókuszálva, nem pedig csak az egyes exonok közötti variációt nézve
NUMB gén - LUAD
FBLN2 gén - COAD
iso-kTSP
● Szoftver konzisztens alternatív splicing változások keresésére
– Expressziós adatok mintánként minden gén minden ismert mRNS verziójáról
– Adott gén teljes mRNS-eit hasonlítja össze
● Bármely két kategória (normál – rák, kezelt – nem kezelt, stb) összehasonlitható, amennyiben konzisztens rangsorolás lehetséges a mintán belül
● Isoform Top Scoring Pairs: génenként 1 mRNS párt választ ki
● Emellett: az első k legkonzisztensebb változást használja ismeretlen minták kategorizálására
Score S1 = P(I
g,i < I
g,j | N) + P(I
g,i > I
g,j | T)
Tan et al., Bioinformatics 21, 3896-3904
Validálás – FBLN2 – COAD
Splicing változások katalógusa
Összefoglalás
● Szoftver konzisztens mRNS változások keresésére két kategória között
● Katalógus 9 ráktípus esetén ezekről a változásokról
● A változások nagyrésze mutációktól független
● Funkció a rák kialakításában?
● http://bitbucket.org/regulatorygenomicsupf/iso-ktsp
● http://www.biorxiv.org/content/early/2014/07/07/006908
● Diagnosztikában, kezelésekben hasznosítható