Agilent Pathway Architect · 2 pathway architect 代谢组学 基因组学 蛋白质组学...
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Agilent Pathway Architect 从现象到科学 PATHWAY ARCHITECT 代谢组学 基因组学 蛋白质组学 转录组学
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Agilent Pathway Architect
从现象到科学
PATHWAY ARCHITECT
代谢组学
基因组学
蛋白质组学
转录组学
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PATHWAY ARCHITECT
代谢组学
基因组学
蛋白质组学
转录组学
加速从发现到理解的进程
AGILENT PATHWAY ARCHITECT
如今的科学家面临着严峻的挑战，他们需要分析越来越大和越来越复杂的数据集，如基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学实验所产生的数据集。分析数据的整合通路方法可以显著降低难度，达到生物学研究的最终目的，即理解测量结果背后的生物学意义。将多种分析数据转化为生物学理解的成功方法是将处理后的数据投射并显示在生物通路中。
使用以通路为中心的视图分析数据使科学家能够：
• 将化合物和组学结果与已知生物学理论建立联系
• 通过直接关联生物学意义，更好地聚焦研究目标
• 整合多组学成果，实现更全面的解析
• 提出假说并指导未来的实验
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Pathway Architect 中显示的 KEGG 中的嘌呤代谢通路。代谢物（蓝色圆圈）和基因/蛋白质（黄色矩形）表示与输入实体列表的匹配结果。
获得深入见解Agilent Pathway Architect 软件是 GeneSpring 和 Mass Profiler Professional (MPP) 的一个可选模块，它为科学家提供了一个深入理解数据的无缝平台。它可使用户获得单组学或多组学的实验结果，并将结果映射到标准生物通路中，同时对通路信息进行分析、查看与解析。这一以通路为中心的工作流程加速了从发现、解析到验证的进程。它还使研究人员能够高效规划并执行其后续实验。
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通路数据库
Agilent-BridgeDB
乙醛乙醇醋酸盐丙酮酸
(S)-乳酸草酰乙酸
磷酸烯醇丙酮酸磷酸甘油酮
甘油醛-3-磷酸D-葡萄糖
3-磷酸甘油酸2-磷酸甘油酸
D-葡萄糖-1-磷酸β-D-葡萄糖-6-磷酸
化合物列表L-半乳糖可可碱副黄嘌呤葡萄糖茶碱丙硫异烟胺四氢脱氧皮质酮副黄嘌呤17-甲基-6Z-十八烯酸十三烷酸8-异前列腺素 F2α硬脂酰胺卡克醇
Pathway Architect 是一款可视化工具，它采用公共通路数据库来促进对生物学结果的理解。软件可将代谢物、蛋白质和基因投射到人工注释的通路中，并将数据以图形形式投射于通路的节点或边缘，以便进行交互式用户分析。研究人员可以为特定生物体指定搜索条件，并在将数据投射到特定通路之前浏览通路结果表。
让结果可视化
解决错误匹配难题 Pathway Architect 通过使用功能强大的内置工具 Agilent-BridgeDB，轻松解决相同化合物命名不一致的问题。该资源将实验中标注的代谢物、蛋白质或基因标识符自动链接到特定通路数据库使用的相应标识符。Pathway Architect 仅用标识符而非通用名称，从而最大程度减少错误。Agilent-BridgeDB 已针对 KEGG、BioCyc 和 WikiPathways 数据库进行了优化。
通路数据库 • KEGG
• WikiPathways
• BioCyc
• PathVisio 自定义通路• GPML 格式• BioPAX 格式• 自然语言处理 (NLP)
选择 Pathway Architect 中可用的注释通路。
Agilent-BridgeDB 将实验中使用的标注代谢物、蛋白质和基因标识符自动链接到通路数据库中的标识符。
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简化通路分析 软件准备好进行通路分析后，用户可以通过三个简单的步骤进行单组学或多组学 分析：
1. 选择数据 2. 指定生物体 3. 选择通路数据库并进行分析
Pathway Architect 提供了一个交互式、用户友好的图形显示界面。
通路搜索列表 实体匹配数 匹配重要性得分
进行联合或单独分析
在相关节点旁显示所有实验的数据
过滤结果
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无假说
发现 验证
设计实验数据采集数据分析创建模型
实验
假说驱动
以通路直观显示实验结果
将 Pathway Architect 模块添加到 GeneSpring 和 MPP 中，有助于推动无假说研究转向通路驱动的研究。这一方法已在单组学和多组学实验中得到证明。Pathway Architect 可从单组学或多组学级别的实验中分析主要的数据分析结果，以便轻松可靠地识别涉及不同生物现象的通路。通过选择重要影响通路的代谢物、蛋白质或基因的导出列表，该通路分析结果可用于快速指导和设计下一个实验。
加快未来实验的速度从 Pathway Architect 导出的列表可以加载到其他安捷伦软件中，以帮助您进行下一个实验。例如，可将蛋白质标识号列表导入 Agilent Spectrum Mill 软件，并可设计三重四极杆 MRM 实验并将其加载到 Agilent MassHunter 采集软件中运行实验。这一概念也适用于基因，可将基因列表转移到安捷伦的 eArray 网站来创建自定义微阵列芯片。这些实用的软件连接加快了下一组实验的规划和执行速度。
安捷伦能够支持和整合单组学和多组学实验，简化了从无假说发现到通路驱动验证的周期性 过程。
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PATHWAY ARCHITECT
GeneSpring-PA 是通路标注和数据整合的独立工具。
Strand-GeneSpring-NGS 可管理 SureSelect 靶向序列捕获，以及来自 RNA、DNA、ChIP、小 RNA 和甲基化实验的 NGS 数据。
GeneSpring-GX 可分析基因分型、基因表达和 miRNA 微阵列芯片的微阵列芯片数据。
GeneSpring-MPP 可处理蛋白质组学和代谢组学研究的质谱数据。
多组学分析
单组学分析
GENESPRING-PA
GENESPRING-PA
GENESPRING-PA
GENESPRING-PA
GENESPRING-MPP
GENESPRING-MPP
GENESPRING-MPP
STRAND-GENESPRING-NGS
STRAND-GENESPRING-NGS
STRAND-GENESPRING-NGS
GENESPRING-GX
GENESPRING-GX
GENESPRING-GX
整合多组学数据安捷伦整合生物学软件套装包括 GeneSpring、Mass Profiler Professional 和 Pathway Architect，可简化多组学数据的联合分析。这些软件模块可联合处理来自基因组学、NGS、转录组学、蛋白质组学和代谢组学的研究数据，并将分子实体高效地映射到相应的通路中。直观地探索、验证并快速找到生成的多组学数据中过度激活的生物通路。通过将您现有的生物通路知识与多组学数据有效整合，加速从发现到验证的过程，从而获得更多科学见解。
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© 安捷伦科技（中国）有限公司，2014 2014 年 7 月 3 日，中国出版 5991-1459CHCN
