28th mtg
20
2014/1/23 第28回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO
Transcript of 28th mtg
2014/1/23
第28回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO
2
本日の予定 • Sagace
‒ アクセス解析 ‒ 進捗報告 ‒ Sagaceに追加するDBについて ‒ アンケート項目について
・医薬基盤研内のデータのRDF化 ‒ 進捗報告
• 今後の予定
3
アクセス解析(12月）
Sagaceに追加するDBについて
4
ファセット分類／ データベース名
NBDCヒトデータベース
データベースの種類 その他のデータベース
生物種 ヒト
生体の階層 ゲノム・遺伝子，個体
分類 B
進捗報告（近況）
• JAPICから使用許可 ‒ 添付文書検索 ‒ 臨床試験情報検索
• 山中さんに基盤研のトップページにSagaceのリンクを貼って頂く
• BRC 細胞 リソースからメタデータの取り出しを交渉(OWLからのデータの取り出し）
5
進捗報告（開発版）
• DBを固定して検索する機能の追加
6
進捗報告
• MEDALS(DB)にmicrodataが導入 ‒ 論文のポップアップに対応
• http://sagace.nibio.go.jp/cgi-bin/sagace/search.cgi?action=search&keyword=forte
7
進捗報告 • Apache Solrについて
‒ Sagaceで実装している機能は実装可能 ‒ 分散検索（サーバーの分散した場合の検索） ‒ データベース毎の結果表記（件数の表記）も可能
‒ 全体的に速度も速い印象 ‒ NBDCと協力して数個のデータベースでの横断検索サービスのテストの提案をしたらどうか。
8
アンケートの実施について
• 昨年度と同様にウェブ上でのアンケートを実施予定
• 2月，3月開始。 • 対象者：創薬・疾患研究に関わる方。 • 人数：100人程度 • 目的：Sagaceの機能改善（別紙参照）
9
医薬基盤研内のデータのRDF化
• 実験動物研究資源バンク ‒ RDF化開始 ‒ 8割程度は理研の動物バンクのデータと類似 ‒ purl(Persistent Uniform Resource Locator)を多用しているため，書き方などについてBH13.13で理研桝屋さんと相談することに。 • purl.jpはNBDCが中心となってURL設計を行っている。http://bit.ly/1ecGCUk
• NBDCが進めるDB統合推進事業に該当するプ ロジェクトはドメイン/bio/以下のURIを使用 • cf.http://purl.jp/bio/グループ番号/識別番号・記号
10
参考
• 理研で公開している RDF形式のデータの 利用方法 • biolod.orgにアクセス • Mouse Strainをクリック
11
参考 • http://ja.biolod.org/class/
cria315s1i/Mouse_Strain
• ページ下部のDownload LOD filesから使用する形式のファイルをダウンロード
• ここでは，semantic_web.ttl.txtを選択
12
もとのウェブサイト上の情報 （例：RBRC01389）
13
Turtle形式のファイルの中身
• ページ上部 • prefixで使用している語の定義
14
@prefix BioLOD_property_pria315s15i: <http://purl.jp/bio/13/property/pria315s15i/> . @prefix BioLOD_class_crib158s72i: <http://purl.jp/bio/13/class/crib158s72i/> . @prefix BioLOD_property_pria315s6i: <http://purl.jp/bio/13/property/pria315s6i/> . @prefix BioLOD_class_crib139u1i: <http://purl.jp/bio/13/class/crib139u1i/> . @prefix BioLOD_class_crib23s57i: <http://purl.jp/bio/13/class/crib23s57i/> . @prefix BioLOD_class_cria111s1i: <http://purl.jp/bio/13/class/cria111s1i/> . ・・・・・
Turtle形式のファイルの中身(例：RBRC01389)
15
<http://purl.jp/bio/13/RBRC01389/cria315s1ria315u100000001389i> rdf:type BioLOD_class_cria315s1i:Mouse_Strain ; rdfs:label "Human AhR knock in mouse"@en ; cc:attributionURL <http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/detail.php?brc_no=RBRC01389> ; BioLOD_property_pria315s13i:taxon <http://purl.jp/bio/13/10090/crib166u26rib166u10090i> ; BioLOD_property_pria315s14i:BRC_ID "RBRC01389"@en ; BioLOD_property_pria315s15i:Depositor "Masayuki YAMAMOTO"@en ; BioLOD_property_pria315s16i:Institute_Depositor <http://purl.jp/bio/13/Univ._Tsukuba/crio2046s1rio2046u615i> ; BioLOD_property_pria315s18i:Japanese_description "human AhR がノックインされたマウス"@en ; BioLOD_property_pria315s3i:BRC_Strain_Type <http://purl.jp/bio/13/Targeted_Knock-in/cria314s1ria314s15i> .
タイプ ラベル もとのURL
生物種
ID
保管者
保管所
説明
系統
RDF化をしていく上での問題点 • （前提：RDFの要素はURLを持っていたほうが良い。） • NIBIOのデータのSubjectをどうすべきか。NIBIOのみで使用しているpredicateに該当する情報はどう表記すべきか。 ‒ 独自のURL or purl
• predicateやobjectに理研で使用しているURLが該当しない場合にはどうするのか。 ‒ 機関名や実験動物の提供までの時間については，理研に条件を追加してもらうほうが素直
• 公開方法，データの共有方法
16
参考： purlのメリット
• こちらでurlの設計を悩む必要が無い。 • RDF内のurlが変更されても，参照のpurlを変更してしまえば，RDFを変更する必要がない。
• NBDCが進めている4省連携に協力していることが示せる。
17
参考： purlのデメリット
• URIの設計を柔軟にできない。 • 参照箇所増加に寄る処理速度の低下の懸念
• 文科省系の機関に管理を任せるということが厚労省系のデータとしてどうなのか。
18
今後の予定 • 1月,2月
‒ 実験動物バンクのRDF化 ‒ 外部データベースとの連携 ‒ BioHackathon 国内版（1月27日～31日） ‒ アンケートの実施と集計
次回
• 2月21日（金）or 28日（金）？ • 予定
‒ 実験動物研究資源バンクのRDF化の進捗 ‒ BioHackathon 国内版の報告
20
