20131207 Japan.R#4 LT

変態に R を与えた結果がこれだよ… 8 とにかく plot してみた結果 ver 2

20131207Japan.R#4 @ ヤフー株式会社

YF@Med_KU

この記事は R Advent Calendar 2013 の12 月 7 日の配当記事です。

プロットに図を貼る

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131122http://cran.r-project.org/web/packages/png/index.html

{PNG}ラスター画像の貼り付け

残り時間( これ以降出ないけど )

参照

R で描いた図52 枚あるよ

{package} や使った手法の説明

タイトル

二変数プロット

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131012http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130924

{aplpack}{siar}{ade4}二次元プロットヒストグラム

ggplot っぽい dataframe.plot


{GGally}デフォだと上下三角で同じものをプロットするので無駄

確率分布からの試験合格率


(r, q, p, d) prob.dist確率分布の ( 乱数，累積，確率，密度 )

R の確率分布

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130603

{igraph}R にある確率分布の数学的関係

対応のある ANOVA


aov実験時刻と人に対応があるときの分散分析

多群検定


boxplot, segments低水準関数でゴリ押し医学系はなぜかこういうプロットが多い

多重検定補正


p.adjustBonferroni, FDR, BY, BH など多数の補正法

欠損値補完


{mice}imputation

内挿


smooth.spline多項式近似

非線形回帰と予測


{drc}ロジスティック曲線

分散拡大係数 VIF


{VIF}重回帰分析の過剰適合を抑えるための変数選択

項目応答理論


{ltm}多選選択肢式試験の判別能

生存解析とシミュレーション


{survival}中央生存値の比較必要サンプル数の算出

時系列解析と予測

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131110http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131001http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130527http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130525http://d.hatena.ne.jp/yokkuns/20120930

{ChangeAnomalyDetection}{bcp}{burst}時系列解析とバースト検出

ベン図


{gplots}{VennDiagram}ベン図5 つの集合まで描ける

ネットーワークの相同性


{igraph}GRAALネットーワーク同士の近似性計算

コミュニティ検出


{linkcomm}コミュニティ検出

ネットワークの時系列変化

ネットーワークの動的変化


{igraph}{animation}複雑ネットーワークの時間変化

ネットーワークレイアウト


{igraph}tkplottkplot.getcoordslayout.*ネットーワークレイアウト関数とGUI 微調整

サラリーマン巡回問題


{TSP}祇園祭の最適巡回路

Google map と連携


{RgoogleMaps}Web ブラウザっぽく地図が取れる

日本地図と都道府県


{susurvey}地図と統計量のプロット

{igraph} と {spsurvey} のコラボ


音響解析


{sound}{seewave}{tuneR}音響解析

形態素解析とトピックモデル

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131105http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130812http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130805

{RMeCab}{lda}{topicmodels}文章解析

声優本人にプレゼン !!

http://www.slideshare.net/Med_KU/20131124-28567537

形態素・文章解析


{RMeCab}文章の N-gram 解析

機械学習とクラスタリング


{gplots}, {glmnet}, {e1071}アイドルマスター分類問題

Microarray analysis


{affy}{genefilter}{gplots}マイクロアレイという大規模データの解析


時系列データの相関

{GeneNet}, {ggm}Graphical Gaussian Model による相関


順位相関

樹形図・クラスタリング


{ape}, {gplots}hclust距離に基づくクラスタリング

ROC 解析


{pROC}ROC 解析による検査手法の精度

主成分分析


prcompにっこにこにー

外れ値検出

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130318Proceedings of the 2000 ACM SIGMOD international conference on Management of data. SIGMOD '00: 93–104

近傍点 3 つからの距離

安定マッチング問題


{SyNet}2012年ノーベル経済学賞結婚安定化問題

線形計画法


{lpSolve}, {snow}, {foreach}線形計画法による班分けとスケジュール調整その並列計算シミュレーション

数理モデル


{animation}心ベクトル (cardioids) による心電図

数理モデル


数理モデル

http://d.hatena.ne.jp/KABIRA/20110701http://d.hatena.ne.jp/KABIRA/20110204

{rgl}拡散方程式の 3 次元拡張シミュレーション

Meta-analysis


{meta}, {rmeta}複数の研究の統合をする研究

画像解析

http://d.hatena.ne.jp/Rion778/20091210

{EBImage}画像認識・処理

塩基配列の数理的解析


{seqinr}, {bio3d}塩基配列とタンパク質の解析

GWASGenome Wide Association Study


{mapLD}ヒトの遺伝子を (ほぼ )網羅するマーカーを使って病気との相関を調べる。

家系図


{kinship}Overflow のとある人物の家系図

3D プリンター

http://mokjpn.blogspot.jp/2011/12/r-advent-calendar-rrthe-stanford-3d.htmlhttp://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130127http://graphics.stanford.edu/data/3Dscanrep/

3 次元プロット


{rgl}関数 (座標 ) があれば 3 次元プロット

関数のプロット


関数さえあれば…

R で作る GIF アイコン


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