MIKROORGANISME PENYEBAB PENYAKIT PERJALANAN (TRAVELER DISEASE)

MIKROORGANISME PENYEBAB PENYAKIT PERJALANAN (TRAVELER DISEASE)

VELMA BUNTUAN

TIK• Menjelaskan Bakteri,Virus, Jamur menyebabkan

Penyakit pejalanan.• Menjelaskan tentang Morfologi

bakteri,virus,jamur yang berhubungan dengan penyakit perjalanan

• Patogenesis penyakit Bakteri, Virus, Jamur yang menyebabkan penyakit perjalanan

• Pemeriksaan laboratorium(Pengambilan,pengiriman,penyimpanan,pengolahan spesimen)

Diseases Related to Travel

• Information for travelers about specific diseases which can affect them while traveling.

• Note: For travel recommendations by specific regions, please see Destinations

Traveling disease ( Penyakit perjalanan)

BAKTERI VIRUS JAMUR

1. Campylobacter 2. Cholera3. Diphtheria, tetanus, and pertussis4. E. coli 5. IMS6. Shigellosis 7. Streptococcus pneumoniae8. Tuberculosis (TB) 9. Salmonellosis

1. AIDS/HIV2. Chickenpox (Varicella)3. Chikungunya fever 4. Encephalitis5. H1N1 flu 6. Hepatitis7. HIV (see AIDS/HIV)8. Influenza (flu)9. Japanese encephalitis 10. Measles, mumps, and rubella (MMR)11. Meningitis 12. Norovirus infection13. Poliomyelitis14. Rabies15. Rotavirus16. SARS17. Ims (Virus)18. Smallpox19. Varicella (chickenpox)20. Viral hemorrhagic fevers

1. AIDS/HIV2. Chickenpox (Varicella)3. Chikungunya fever 4. Encephalitis5. H1N1 flu 6. Hepatitis7. HIV (see AIDS/HIV)8. Influenza (flu)9. Japanese encephalitis 10. Measles, mumps, and rubella (MMR)11. Meningitis 12. Norovirus infection13. Poliomyelitis14. Rabies15. Rotavirus16. SARS17. Ims (Virus)18. Smallpox19. Varicella (chickenpox)20. Viral hemorrhagic fevers

1. Coccidioidomycosis2. Criptococcus neoformans 3. Histoplasmosis

E.coli

• Escherichia coli, atau biasa disingkat E. coli, adalah salah satu jenis spesies utama bakteri gram negatif.

• ditemukan oleh Theodor Escherich • Penghuni usus besar manusia. • Kebanyakan E. Coli tidak berbahaya,

• E. Coli tipe O157:H7, dapat mengakibatkan keracunan makanan yang serius pada manusia yaitu diare berdarah karena eksotoksin yang dihasilkan bernama verotoksin.[1]

• Toksin ini bekerja dengan cara menghilangkan satu basa adenin dari unit 28S rRNA, sehingga menghentikan sintesis protein.[1]

• Bakteri dapat ditemukan pada daging yang belum masak, seperti daging hamburger yang belum matang.[1]

• E. Coli yang tidak berbahaya dapat menguntungkan manusia dengan memproduksi vitamin K2, atau dengan mencegah baketi lain di dalam usus.

• E. coli banyak digunakan dalam teknologi rekayasa genetika.

• Biasa digunakan sebagai vektor untuk menyisipkan gen-gen tertentu yang diinginkan untuk dikembangkan.

• E. coli dipilih karena pertumbuhannya sangat cepat dan mudah dalam penanganannya.

KLASIFIKASI

• Superdomain : Phylogenetica• Filum : Proterobacteria• Kelas : Gamma Proteobacteria• Ordo : Enterobacteriales• Family : Enterobacteriaceae• Genus : Escherichia• Species : Escherichia Coli

Klasifikasi E. coli1. E. coli Enteropatogenik (EPEC)2. E. coli Enterotoksigenik (ETEC)3. E. coli Enterohemoragik (EHEC)4. E. coli Enteroinvansif (EIEC)5. E. coli Enteroagregatif (EAEC)6. E coli O157: H7 tipe hemoragik

• Flora normal dalam usus besar manusia

• Dapat menyebabkan infeksi primer diusus

• Travelers diarrhea• Mampu menimbulkan infeksi pada

jaringan yang lain diluar usus• Tdd: 2 spesies:• 1. E.colli • 2. E.hermanii

E. coliE. coli

• E. Coli dari anggota family Enterobacteriaceae. • Ukuran sel panjang 2,0 – 6,0 µm dan lebar 1,1 –

1,5 µm. • Tidak ditemukan spora• E. Coli batang gram negatif. • Selnya bisa terdapat tunggal, berpasangan, dan

dalam rantai pendek• Tidak berkapsul.

MORFOLOGI E. collli

• Bakteri ini aerobic dan dapat juga aerobic fakultatif. E. Coli

• merupakan penghuni normal usus, seringkali menyebabkan infeksi.

• Kapsula atau mikrokapsula terbuat dari asam - asam polisakarida.

• Mukoid kadang - kadang memproduksi pembuangan ekstraselular yang tidak lain adalah sebuah polisakarida dari speksitifitas antigen K

• Terdapat asam polisakarida yang dibentuk oleh banyak E. coli seperti pada Enterobacteriaceae. digambarkan sebagai antigen M dan dikomposisikan oleh asam kolanik.

MORFOLOGI:• Bentuk batang pendek

(kokobacillus)• Gram negatif• Ukuran 0,4-0,7 µm x 1,4

µm • Beberapa strain memiliki

kapsul• Sebagian besar gerak

positif• Struktur Ag ),H dan K

Patogenitas

• 2 type fimbriae: 1. Tipe manosa sensitive (pilli) 2. Tipe manosa resisten (CFAs I dan

II)• 2 macam enterotoksin

1. Toksin LT (termolabil)2. Toksin ST (Termostabil)

E.colli

Invasi mukosa usus

Kerusakan sel

Diare darah,mukus dan pus (EIEC)

Diare darah,mukus dan pus (EIEC)

Masuk kedalam sel endotel PD masuk

kedala usus

Penyakit lain :

-Infeksi saluran kemih

- Pneumonia

-Meningitis

-Infeksi luka terutama luka didalam

- abdomen

Diagnosa laboratorium• Sama dengan kuman enterik yang lain

VIETNAM

E.Coli E.Coli

EnterotoksinEnterotoksin Penetrasi sel epitel ususPenetrasi sel epitel usus

ToksikogenikToksikogenik Non ToksikogenikNon Toksikogenik

-Disentri, tenesmus, urgensi, hiperpireksia dan hipotensi dengan toksemia sistemik.

Tuberkulosis

Mycobacterium tuberkulosis

Tuberkulosis

Bakteri Tahan Asam (BTA)

Pada malam tanggal 24 Maret, 1882 ketika Robert Koch

menyelesaikan presentasinya pada penyebab infeksi

tuberkulosis,

Pada malam tanggal 24 Maret, 1882 ketika Robert Koch

menyelesaikan presentasinya pada penyebab infeksi

tuberkulosis,

keheningan menyelimuti ruangan yang penuh sesak di Fisiologis Berlin Society.

keheningan menyelimuti ruangan yang penuh sesak di Fisiologis Berlin Society.

Bagaimana cara memerangi TBC - penyakit yang pada abad ke-19

penyebab semua kematian di New York sertamenewaskan seperempat

penduduk Eropa

Bagaimana cara memerangi TBC - penyakit yang pada abad ke-19

penyebab semua kematian di New York sertamenewaskan seperempat

penduduk Eropa

60 tahun 60 tahun

StreptomisisnStreptomisisn

Pasien sembuh (banyak yang dilaporkan)Pasien sembuh (banyak yang dilaporkan)

KekambuhanKekambuhan

Resisten terhadap StreptomisinResisten terhadap Streptomisin

MDR

Mecegah DOTS (

2 juta orang setiap tahun. meninggal

TUBERKULOSIS

MDR

Lini-I OAT (Rifapisin dan INH (resisten)

500.000 pasien/tahun

Meninggal

Bertanggung jawab pemutusan rantai penularan M.TBC

Penderita

Petugas kesehatan

Petugas laboratorium

PemerintahPendidikan Kesehatan

Masyarakat / keluarga M. TBC

Pemeriksaan bakteriologi

Mycobacterium tuberkulosis

mikroskopik Kultur

BTA

Kombinasi

c 1.Pasien tersangka tuberkulosis, tapi hasil BTAnya negatif2. uji sensitivitas anti tuberkulosis

Pengambilan, penyimpanan, dan pengiriman spesimen

• Tujuan :- mendapatkan spesimen sputum yang memenuhi syarat untuk pemeriksaan bakteriologik mycobacterium tuberculosis

Sampel pemeriksaan

Mycobacterium TBC

1. Sputum

2. Bilasan lambung

3. Urine dan feses (segar)

4. Cairan pleura (Wadah steril tertutup)

5. Cairan otak (Cerebrospinalis) (wadah steril dan tertutup6. Darah

Pemeriksaan mikroskopik

Prinsip Pewarnaan Bakteri Tahan Asam

1. Ziehl Neelsen pewarna diferensial

untuk bakteri tahan asam, modifikasinya

adalah pewarnaan Kinyoun Gabbet (Tan

Thiam Hok)

2. mengikat zar warna fukhsin karbol sedanghkan kuman yang tidak tahan asam akan melepaskan fukhsin karbol dan mengikat zat warna kedua yaitu biru metilen

Zat warna

1. Kinyoun Gabbet (Tan Thiam Hok)

2. Ziehl Neelsen

- 1,5 gr basic fuchsin dalam 30 ml ethanol- 15 gr phenol dalam 285 ml

Aquadest- Asam alkohol 3 %- Larutan Methileen blue 0,1%

Larutan Kinyoun (Fukhsin karbol 4 %)Larutan Gabbet ((H2SO4 + alkohol + biru metilen 1 %)

• Pewarnaan yang lain :- Fluorochrom

(mikroskop fuorosensi) - M. TBC

warna kuning orange

J Clin Microbiol. 2004 February

+

-

Metode

- Mycobaterium berbentuk batang

- Warna merah dengan latar belakang biru

M.tuberculosis Cultur

• M. tuberculosis is grown on a selective medium known as

1. Lowenstein-Jensen medium 2. Ogawa medium

1. Lowenstein-Jensen medium

M. Tuberculosis bacterial colonies

From Wikipedia, the free encyclopedia

Lowenstein-Jensen medium popularly known as LJ medium

is a growth medium specially used for culture of Mycobacterium notably

Mycobacterium tuberculosis.

Time growth (25 day)

• composition - Malachite green - Glycerol

- Asparagine - Potato flour - Coagulation eegs

- Mineral salt solution • Potassium dihydrogen phosphate

• Magnesium sulfate • Sodium citrate

2. Media Ogawa

• Komposisi media - Larutan garam : • Monopotasium (KH2PO4)

• Sodium glutamat • Aquades

- Glycerol- Malachit hijau- Telur yang di kocok

• Lama pertumbuhan 6-8 minggu

New Diagnostic methods

1. Automated culture method - Bactec TB-460 - Bactec MGIT 960 - VersaTREK - Bact/Alert 3D2. Nucleic Acid amplification method3. Genetic Identification methods

- PCR restriction-enzyme analysis - DNA Probe

- Genetic sequencing

4. Non-Conventional Phenotyping Diagnostic Methods

- Phage-Based Assay- The Micro-Colony Method- Microscopic Observation broth-Drug

Susceptibility Assay (MODS)- Analysis of Cell Wall Mycolic Acids

1. Automated culture method• Although known for decades,the ability of a liquid

medium to support a faster growth was heavily hampered by its susceptibility to contamination

• The use of antimicrobial combination potential contaminants (Gram-positive, gram

negative bacteria)• During the same period, automation was taking its

first step in microbiology with blood cultures leading the field (for diagnostic mycobacteriology)

The principle (Bactec-TB-460)

modified Middlebrook 7H9

In use Palmitic acid (radiolabeled)

Contamination is controlled (PANTA)

- Polymyxin B- Amphotericin B- Nalidixic acid- Trimethoprim- Azlocillin

•The vials containing the medium remain sealed through the whole culture process and the specimen is inoculated by puncturing the rubber septum with a needle

The instrumen:Once paired needles have perforated the rubber septum of the vial. The gaseous phase is aspirated and replaced with air containing 5% CO2Aspirated gas is analyzed by ß-counter to quantify the eventual present of radiolabeled CO2

www. Tuberculosis Textbook.com.

• When viabel mycobacteria are present in the culture vial, the radiolabeled palmitic acid is metabolized and radioactive CO2 is liberated into gaseous phase

• The vials, which are held in anexternal incubator, must be loaded into the instrument for reading

• The reading is usually performed twice a week during the first 15 day of incubation, and weekly thereafter, until the 42 day

• The principle- The medium a modified Middlebrook 7H9 medium- Medium in which a supplement is added at the

moment of use (OADC) enrichment: • Oleic acid

• Albumin• Dextrose• Catalase

- Contamination is controlled (PANTA) - Polymyxin B

- Amphotericin B - Nalidixic acid - Trimethoprim - Azlocillin

- As the tubes containing the medium are screw-capped, no needle is needed for inoculation

• A silicon film embedded with a ruthenium salt is present at the bottom of the tube as a flourecence indicator

VersaTREK

• The versaTREK use technology of previously development blood culture system and is commercialized Trek diagnostic system

VersaTREKVersaTREK bottle (Courtesy Diagnostic System

The principle• The medium a modified Middlebrook 7H9• To which the OADC enrichment must be added• Two diffrent antimicrobial mixtures are available• The first one,also known as AS include : (OADC) - Oleic acid

- Albumin- Dextrose- Catalase

• The secound contains (PVNA)- Polymyxin B - Vancomycin - Nalidixic acid - Amphotericin B

• The instrumentation :- Incubator and reader- Which also shakes the bottle during the

incubation- The pressur within each bottle is

monitored by a manometer through a proper connector

- Cultures precenting a decreased headspace presure Positive

Mycobacteria are present in the bottle

The oxygen consumption due to their metabolism

Reduces the internal pressure

• VersaTREK is a typical walk-away instrumentation

• Which constinously monitors the bottles, alert when they become positive and signals the end of the incubation period

Bact/Alert 3D• The tecnology of a previously developed blood culture system• Medium : • - modified Middlebrook 7H9• - in use suplemen OADAC• - - Contamination is controlled (PANTA)

- Polymyxin B - Amphotericin B - Nalidixic acid - Trimethoprim - Vancomysin - Azlocillin

• If viable mycobacteria a present in the bottle, the CO2 produced by their metabolism causes a change of the color of the sensor, from green to yellow

Positive-

Negative

cc

2. Nucleic Acid amplification method• When the Polymerase Chain reaction methodology took insto

its first steps inti diagnostic microbiology• 1. in house method for dianosis for TBC• 2. Commercial method :• - Ampflified MTD• - Amplicor MTB tet• - BD ProbeTec ET• 3. Genetic Identification method• - PCR restriction-Enzym analisys (PRA)• - DNA Probe• - INNO LiPA Mycobacterium• 4. Genetic squensing

Apakah PCR itu ?

• Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu metode secara enzimatis melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro

• Ditemukan pertama kali oleh Kary Mullis, 1983

Prinsip PCR

• PCR berdasarkan pada 3 tahap yang diperlukan dalam reaksi pembentukan DNA :

1. Denaturasi yaitu : untai ganda DNA dipisahkan menjadi rantai tunggal,

2. Annealing (penempelan) primer pada rantai tunggal DNA

3. Extension : pemanjangan rantai DNA (pembentukan rantai DNA yang baru)

Kegunaan PCR

• Dalam riset kedokteran maupun kedokteran klinis, kegunaan PCR secara garis besarnya terbagi 2 :

1. Mendeteksi organisme penyebab infeksi

2. Mendeteksi variasi dan mutasi gen

Kelebihan PCR

1. Sangat sensitif2. Dilakukan secara cepat3. Menggunakan komponen dalam jumlah

yang relatif sedikit

4. Non-Conventional Phenotyping Diagnostic Methods

• In addition to on the so-called conventional method for TB diagnosis

• basides the automated and molecular diagnosic methods descrebed above,

• Some new technology gies have been proporsed

• Rappid dtection of growth by microscopic observation of microcolonies in solid or liqued media

Microcopic Observation Drug susceptibility (MODS)

• New diagnostic stool are urgently needed • Rapid, sensitive detection of tuberculosis and

multidrug resistance tuberculosis in sputu• Which broth cuture are examined

microscopically to detected growth characteristic

Microcopic Observation Drug susceptibility (MODS)

• Pionereed Robert Gilman in Peru• Liquid cultur method for detection of M. TBC• Microscopic detection of bacteri coeding that

is caracteristic for M. TBC• Can be adapted for drug susceptibility testing• Relatively simple, relatively inexpensive• No radioactivity

Kultur

Virus

Chikungunya feverKlasifikasi Chikungunya Virus

• Kelompok: Kelompok IV ((+) ssRNA)

• Keluarga: Togaviridae

• Genus : Alphavirus

• Spesies : Chikungunya Virus

Struktur• RNA rantai tunggal, Polaritas positif,

Segmen tunggal• Virion - berselubung, Diameter 60-70 nm - nukleokapsid berbentuk

ikosahedral, tersusun 3-4 jenis protein utama

- Protein berselubung memiliki aktifitas hemaglutinasi

Tiga genotipe

•Afrika Barat, Timur / Tengah

•Afrika Selatan

•Asia

- Chikungunya virus asli ke Afrika tropis dan Asia,

- Ditularkan kepada manusia melalui gigitan nyamuk

yang terinfeksi, biasanya dari genus Aedes.

- Chikungunya virus milik genus alphavirus dari

keluarga Togaviridae. Ini adalah "Arbovirus" (Ar-

arthropoda, bo-borne).

- Epidemi demam chik transmisi oleh manusia-nyamuk-

manusia.

- Virus utama penjangkiti monyet, tetapi spesies lain

juga dapat dipengaruhi, termasuk manusia.

PATOGENESIS

Masuk virus

Plasma darahPlasma darah

Betina

sel targetsel target Sel endotel kapiler darah, Makrofag, Monosit, sist RE

Repikasi

VIREMIAVIREMIA

RE VIREMIA SEKVIREMIA SEK> Virus di produksi

Tes laboratorium

•RT-PCR

•Isolasi virus

•Tes serologi.

RT-PCR

• Menggunakan pasangan primer digunakan

untuk beberapa chikungunya-gen spesifik dari

seluruh darah.

• Hasil dapat ditentukan dalam satu sampai dua

hari.

• Isolasi Virus

• Diagnosis pasti,

• Perlu waktu satu sampai dua minggu biosafety

level 3 laboratorium.

• Dibiakan pada sel vertebrata dan sel nyamuk.

(embrio unggas cell-line ginjal bayi Hamster

dan ginjal monyet

Diagnosis serologis

• Pemeriksaan darah

• Menggunakan uji ELISA untuk mengukur

chikungunya-spesifik tingkat IgM.

• Hasil memerlukan dua sampai tiga hari,

• Positif palsu dapat terjadi dengan infeksi virus lainnya

Japanese encephalitis

Virus classification

Group: Group IV ((+)ssRNA)

Family: Flaviviridae

Genus: Flavivirus

Species: Japanese encephalitis virus

Geographic distribution of Japanese encephalitis (in yellow)

Morfologi• Virus RNA: rt, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi

RNA melalui RNA komplementer yang menjadi cetakan pada RNA genom

• Virion : Selubung, nukleokapsid simetris (kurang

jelas), tersusun 4 jenis protein utama, aktifitas hemaglutinasi, diameter virion 40-50 nm

• Replikasi di sitoplasma

PatogenesisVektor nyamuk aides albopectus

Virus

Berkembang biak tempat inokulasiBerkembang biak tempat inokulasi

Viremia - 1Viremia - 1

Sirkulasi

Viremia - 2Viremia - 2

OtakOtak

Pemeriksaan LaboratoriumIsolasi dan Identifikasi• Bahan: - Darah - Cairan cerebospinal• Segra dikirim ke Laboratorium• Isolasi pada biakan sel (bayi mencit,sel

nyamuk)

• Pemeriksaan serologik 1. Uji hambatan hemaglutinasi 2. Uji ELISA 3. Uji Netralisasi

• PCR- Sedikit bahan yang dibutuhkan

- Sangat sensitif

1. Meningitis virus

2. H1N1 flu

Tugas

JamurMikosis endemik

1.Coccidioidomycosis2.Criptococcus neoformans

3.Histoplasmosis 4.Blastomikosis

Coccidioidomycosis

• Etiologi:1. Coccsioides Immitis2. Coccsioides Posadasii

• Sifat infeksib: Endemik• Terdapat didaerah:

1. Amerika barat Daya2. Amerika tengah 3. Amerika Selatan

Morfologi• C. posadasii• DNA (sering

Coccodiodomycosis)• Koloni warna putih-coklat • Koloni sperti kapas• Hifa berbentuk rantai

artrokonidia (artrospora)• Artrokonidia (dibawa udara)

resisten kondisi buruk, infeksius• Inhalasi menjadi Sferis

membentuk sferul yang mengandung endospora

Patogenesis

• Inhalasi artrokonidia• Infeksi primer (60%)

(asimtomatik)• Presipitin serum, uji kulit positif• 40% Gejala Dema, atralgia,

nyeri kepala (demam lembah)• Rx hipersensitivitas; Ruamkulit,

Eritema nodosum, eritema multiforme, Efusi pleura, residu di paru

Uji Labo kutanratorium

• Spesimen;• Sputum• Eksudat lesi• Cairan spinal• Darah• Urine• Biopsijaringan

Mikroskopik

• Sediaan di centrifugasi• Pewarnaan calcoflour

white atau KOH• Dilihat Sferula atipik

danendospora

Biakan

• Souboraud Agar• Inkubasi pada

suhu 37oC• Koloni seperti

kapas berwarna putih sampai dengan coklat

Serologi

• Uji aglutinasi lateks (IgM)• Imunodifusi atau Fiksasi Complemen) IgG• Titer > 1:32

Uji Kulit

• Injeksi subkutan larutan standar• Indurasi Maksimum Diameter ≥ 5 mm

Tugas

• Criptococcus neoformans• Histoplasmosis

Kepustakaan

1.Nendrosuwito, 2000, Standard Operating Procedures (SOP) In NMicrobiology.2. Acid-Fast (Mycobacteria) Broth-Based Culture and Smear and Susceptibility

2007 by Laboratory Corporation of America® Holdings and Lexi-Comp Inc. All Rights Reserved

3. Caviedes L, Moorr ,2007, Introducing MODS: A low-coast, Low tech tool for high performance detection of tuberculosis and multi drug resistant tuberculosis, Indian journalMycrobiology. www.ijmn.org

4. Wikipedia,2008, Lowenstein-Jensen medium, From Wikipedia, the free encyclopedia

5. Dorman SD, Kritski AL,2006, The MODS Assay for Detection of TB and TB Drug Resistance A Multy Center Study, John Hopskins University, Federal University of Rio the janeiro

6. Mycobacterium tuberculosis - Wikipedia, the free encyclopedia.htm, 20087. Friedland, 2007, MODS assay for the diagnosis of TB, The new EnglandJournal

of TB

Lowenstein-Jensen medium

8. Wahongan P, 2008, Polymerase chain reaction (PCR), Parasitologi UNSRAT 9. Palamino, Leao,Ritacco, 2007, Tuberculosis

from basic science to patient care, www. Tuberculosis Textbook.com.

10. Cidália Pina-Vaz, at all,2004, Novel Method Using a Laser Scanning Cytometer for Detection of Mycobacteria in Clinical Samples, American Society of Microbiology

11. Jawets Mikrobiologi Kedokteran