© Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias The Biocatalog.
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Recursos para el análisis de secuencias
The Biocatalog
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Puntos a tratar: El análisis bioinformático
Recursos Bioinformáticos
NAR -> Bases de datos -> Web Servers
Catálogos de software
Scripts perl, Java. Módulos para el análisis de secuencias: BioPerl, BioJava,...
Paquetes de software
Plataformas de análisis GenBank, EMBL-EBI, INB BioMoby Proyectos creación estándares de interoperabilidad
Revistas y Sociedades de Bioinformática
Formación y asesoramiento en Bioinformática
Recursos para el análisis de secuencias
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Recursos para el análisis de secuencias
El análisis bioinformático
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Recursos para el análisis de secuencias
Ejemplos de análisis bioinformático
•Análisis de asociación entre SNPs y enfermedades
•Búsqueda de dianas farmacológicas
•Interpretación de DNA microarrays
•Análisis epidemiológicos y filogenéticos
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•Software informático/bioinformático•Informático: SO linux, Intérprete Perl•Bioinformático: Aplicación BLAST
•Internet
Las herramientas bioinformáticas
Recursos para el análisis de secuencias
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Bases de datos
Recursos para el análisis de secuencias
Web Servers
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Directorios de Software en Biología molecular y genética
Biocatalog http://www.ebi.ac.uk/biocat/index.html
DBcat http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/
Software and Databases for Computational Biology on the Internet
http://www.cs.jhu.edu/~salzberg/appendixa.html
Recursos para el análisis de secuencias
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Scripts y módulos de programación
Recursos para el análisis de secuencias
Ejemplo módulo análisis perl: http://ebiointel.uab.es/curso/script/traductor.htm
Archivo secuencia
Ejemplo script perl: http://ebiointel.uab.es/curso/ejemploperl.txt
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Scripts y módulos de programación
Recursos para el análisis de secuencias
Screen scraping
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bioPerl http://www.bioperl.org/
bioJava.org, http://biojava.org/
biopython.org, http://biopython.org/
Biodas.org (distributed annotation system)
http://biodas.org/
Recursos para el análisis de secuencias
OPEN BIOINFORMATICS PROJECTS
Otros proyectos: BioRuby, BioPipe, BioSQL OBDA (Open Biological Database Access ), BioMOBY (system for interoperability of biological data)OBO (Ontologías biológicas)
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Recursos para el análisis de secuencias
Bio* proyectos: tareas básicasBio* proyectos: tareas básicasBúsqueda de secuencias por similitud (varios tipos)
Búsqueda de motivos funcionalesSRS (‘Sequence Retrieval System’)Alineamiento múltiple de secuenciasMapas de restricciónPredicción de estructuras bi- y tri- dimensionalesTraducción y otros análisis de DNADiseño de primersAnálisis de ORFsBúsqueda de literaturaAnálisis filogenéticosAnálisis de proteínasEnsamblaje de secuenciasLocalización de expresiónMiscelánea
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Paquetes comerciales de Software
GCG Wisconsin Package
http://www.accelrys.com/products/gcg_wisconsin_package/
DNASTAR http://www.dnastar.com/
Staden Package
http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/pubseq/
Recursos para el análisis de secuencias
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Plataformas de análisis
Recursos para el análisis de secuencias
Clientes Capa de presentación Capa de objetos Fuentes
de datos
Arquitectura de una plataforma bioinformática
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Plataformas de análisis
CELERA http://www.celera.com
Grandes plataformas públicas
EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Instituto Nacional de Bioinformática
http://www.inab.org/index.htm
Recursos para el análisis de secuencias
EMBOSS http://www.emboss.org/ European Molecular Biology Open Software Suit
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Recursos para el análisis de secuencias
Ejemplo de una plataforma bioinformática: mampol
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Recursos para el análisis de secuencias
ACCESO ACCESO INTEGRADOINTEGRADO
http://hgvbase.cgb.ki.se/
http://www.ncbi.nih.gov http://flybase.bio.indiana.edu
http://www.expasy.ch/sprot/
http://www.tigr.org/tdb/tgi/
http://www.informatics.jax.org/
El sueño de la integración de la información biológicaEl sueño de la integración de la información biológica
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•Internet y la interoperabilidad de datos
Evolución de Internet
Recursos para el análisis de secuencias
Desarrollos de estándares en XML
Programación Java, C#, Visual
Basic, JScript, AJAX,..
Servicios de aplicaciones Web(Visual Studio.Net,Java JBoss, SAD,
BioMOBY)
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CORBA: Life Science Research Group of the CORBA-oriented Object Management Group
Creación componentes intercambiables y estándares de interoperabilidad
Recursos para el análisis de secuencias
Proyecto:
BioMoby: arquitectura para el descubrimiento distribuido de métodos y datos biológicos por medio de servicios web
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Sociedades Bioinformáticas
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The International Society for Computational Biology
http://www.iscb.org/bioinf.shtmlOtras sociedades
•EMBNet: European Molecular Biology Network •EMBL: European Molecular Biology Laboratory •EBI: European Bioinformatics Institute •NCBI National Center for Biotechnology Information •NCGR National Center for Genome Resources •Laboratory of Molecular Biology: Cambridge, UK •The Sanger Centre
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Revistas de Bioinformática o relacionadas
Recursos para el análisis de secuencias
Bioinformatics The Official Journal of ISCB; Comparative and Functional Genomics (Wiley's Genomics web site)
Journal of Computational Biology Human Molecular Genetics Molecular Systems BiologyNucleic Acids Research
OMICS: A Journal of Integrative Biology Briefings in Bioinformatics and Briefings in Functional Genomics & Proteomics
Bioinform Newsletter Biotechnology Software & Internet Journal
BMC Bioinformatics Computers & Chemistry
GenomeBiology Genome Research
Henry Stewart Publications The Journal of Commercial Biotechnology
Human Genome News IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
Journal of Biomedical Informatics Journal of Molecular Biology
Journal of Molecular Modelling Nature Biotechnology
Nature Genetics Nature Structural Biology Nucleic Acids Research
Protein Engineering Protein Science
Proteins: Structure, Function, and Genetics Science
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Bibliografía
Recursos para el análisis de secuencias
Más libros sobre bioinformática
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Formación en Bioinformática
Recursos para el análisis de secuencias
Proyecto EMBER (On line)
http://www.ember.man.ac.uk/
NCBI Education http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/
Nodo Formación INB
Training Node Instituto Nacional de Bioinformática (INB)
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Servicios y asesoramiento en Bioinformática
Recursos para el análisis de secuencias
BIOINFO-UAB:Plataforma de Recursos i Investigació en
Bioinformàtica de la UAB
BIOINFO-UAB:Plataforma de Recursos i Investigació en
Bioinformàtica de la UAB
Campus
Instituts Hospitalaris Adscrits
Fase 1
Estructura de la Plataforma
NodeHSCSP
Sant Pau
Node IHUVHVall d’Hebron
Node ISGTPCan Ruti
Node UABCampus UAB