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Josef Ingenerf
Institut für Medizinische InformatikUniversität zu Lübeck
SNOMED CT SNOMED CT -- EinfEinfüührunghrung
52. GMDS-Jahrestagung, 17.-19.9.2007, Augsburg
Montag, 17.9.2007, 14:00-17:00 Uhr, Kongresshalle Augsburg
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Inhalte
� Einführung, Motivation
� SNOMED CT: formal definierte Terminologie
� Hinweise
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Klassifikation und Terminologien
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Standardisierung auf verschiedenen Abstraktionsniveaus
Freitext
StatistischeKlassifikation
(~ 103-104 Klassen)
z.B. ICD-10, OPS, ...
Fall-gruppen-system
(~ 101-102 Gruppen)
z.B. DRGs, ...
KompositionelleReferenzterminologie
(~ 105-106 Konzepte/Termini)
z.B. SNOMED-CT,GALEN, ...
Wiederverwenden,Wiederverwenden,semantischesemantische
InteroperabilitInteroperabilitäätt
ZweckgebundenesZweckgebundenesAggregieren,Aggregieren,VergleichenVergleichen
DeduktionDeduktion
ZZäählenhlen
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Elektronische Dokumentation und Kommunikation Elektronische Dokumentation und Kommunikation
K25.9 V
N95.1
ICDICD--1010
Klimonorm ®Tabl.üb., 21St
Arznei
Verd. Magenulkus
4075012Klimakterische Kopfschmerzen
PZNPZNDiagnose
eGK
Semantische InteroperabilitSemantische Interoperabilitäätt
T88.7T88.7
E14.90 Aspirin ® 20St 0078597
Penicillinallergie
Diabetes Mellitus
Patient 123
Maschinelle Interpretation von Codes.
Style
Sheets
Menschliche Interpretation von Text.
Konventionelle Dokumentation und KommunikationKonventionelle Dokumentation und Kommunikation
"Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), "Frau in den Wechseljahren, zuckerkrank (DM), Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin Hormontherapie, Selbstmedikation von Asprin wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf wegen Kopfschmerzen, aufgrund Verdacht auf MagengeschwMagengeschwMagengeschwMagengeschwüüüür erfolgt stationr erfolgt stationr erfolgt stationr erfolgt stationääääre re re re ÜÜÜÜberweisung." berweisung." berweisung." berweisung."
Einrichtung A Einrichtung BAustausch und Wiederverwendung von PatientendatenAustausch und Wiederverwendung von Patientendaten
Bei Risiken und
Nebenwirkungen
fragen SieArztbrief
Zacpac ®Kombip.,1P(12647061264706)
Medication
Gastric ulcer, caused by Helicobacter-Infection (K25.9, B96.81!)
Finding
Patient 123
Daten-
integration
PatientendatenPatientendaten
Antibiotikum-Komb.präparat
12647061264706A02B D04A02B D04
0078597
4075012
PZN
AnalgetikumN02B A01
HormonpräparatG03F B09
TextATC…IF DIAG = PenizillinPenizillin--AllergieAllergie
AND ARZNEI = BetalactameBetalactameTHEN
Warnung. => ICD ist zu grob.
T88.7T88.7 = Nicht näher bezeichn. unerwünschte Nebenwirkung eines Arzneimittels
A02B A02B D04 = MittelMittel bei peptischemUlkus (inkl. H.pylori)
=> ATC ist zu grob.
für Diagnosen:
AntibiotikaAntibiotika
für Arzneien:
OrdnungssystemOrdnungssystemArzneimitteldatenArzneimitteldaten
Medizinisches WissenMedizinisches Wissen OrdnungssystemOrdnungssystem
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Funktionsweise von KlassifikationenKlassifikationen teilen eine Grundgesamtheit durch fort-schreitende Unterteilung vom Allgemeinen zum Besonderen!
z.B. Krankheiten
…
…
K25.9 ca. 12.000 Klassen(Klassifikationen)
Ulkus ventriculi, n.n.bez.
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Ausdrucksschwäche von Klassifikationen
z.B. Krankheiten
…
…
K25.9 ca. 12.000 Klassen(Klassifikationen)
Ulkus ventriculi, n.n.bez.
Magengeschwür, Ulcus ventriculi, Ulcus ad pylorum, Ulcus pyloricum,Ulcus praepyloricum, Ulcus pepticum ventriculi, Ulcus pepticum des Pylorus, Ulcus pepticum des Magens, Ulcus callosum ventriculi, Antrumerosion, Magenulkus, Magenschleimhauterosion, Magen-schleimhautdefekt, Magenwanddefekt, Magenerosion, …
ca. 350.000 Begriffe(Terminologien)
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akute Entzündungder linken Niere
akute Lungen-entzündung
akute, diffuse Entzündungder linken Niere
akute, diffuse Streptokokken-Entzündung der linken Niere
Tuberkulose
Ausdrucksstärke von Terminologien
Geschwüre (Entzündungen, Tumore, …)
Verlauf- akut- subakut- chronisch
Topographie- Hirnhaut- Hals- Niere- Lunge- ...
Seitigkeit- links- rechts- beidseitig
Ausbreitung- focal- multifocal- diffus
Ätiologie- Bakterien
- Streptokokken...
- Virus- Adenoviren- Tuberkulosis V. ...akute Entzündunglinke Niere
Terminologien zerlegen Ausdrücke in ihre Bedeutungsbestandteileund rekonstruieren die Gesamtbedeutung mit einer Grammatik.
Systematized Nomenclature of Medicine,Clinical Terms (SNOMED CT)
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Inhalte
� Einführung, Motivation
� SNOMED CT: formal definierte Terminologie
� Hinweise
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SNOMED: Historie, siehe „http://www.snomed.org“
1965 SNOP: Systematized Nomenclature of Pathology
1974 SNOMED: Systematized Nomenclature of Medicine,N = 44.587 terms
1979 SNOMEDII: Erweiterung
1984 SNOMED II: Deutsche Übersetzung und Erweiterung N = 80.000 terms (Prof.Wingert, jetzt ID GmbH)
1993 SNOMED III: SNOMED International,N = 130.580 terms
1998 SNOMED® RT™: SNOMED Reference Terminology(Release 1.0 Nov 2000, Release 1.1 July 2001)
2002 SNOMED®CT™: SNOMED Clinical Terms,Merger of SNOMED RT and Clinical Terms V.3 (the Read Codes)N = 350.000 Concepts, 800,000 Terms, >1 Mio. Relationships
2004 included in 2004AA UMLS-Metathesaurus.
2007 Gründung der IHTSDO (International Health Terminology SDO)
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IHTSDO: Neue SNOMED CT SDO
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Verfügbare Orginal-Datenbestände über UMLS
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Active Concepts
Die Kategorie 1 "Clinical finding" enthält "Disorders" und die Kategorie 5"Body structures" enthält "Morphological abnormalities" als Unterkategorien.
SNOMED CT: Übersicht
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Definieren statt hierarchisieren !
2) Wertrestriktionz.B. Magengeschwür = Geschwür hatLOK Magen
0) Primitive Subsumption, d.h. manuell hierarchisierenz.B. Magen isa Organ, Geschwür isa Krankheit
1) Explizite Kriterien, d.h. "Relation Wert"-Paare,z.B. Organkrankheit = Krankheit hatLOK Organ=> Organkrankheit isa Krankheit
3) Berücksichtigung der transitiven partitativen Relationz.B. Pylorusgeschwür = Geschwür hatLOK Pylorus
mit: Pylorus part-of Magen
=> Pylorusgeschwür isa Magengeschwür
mit 0)
=> Magengeschwür isa Organkrankheit
4) notwendiges Wissen (GCI: general concept inclusions)z.B. Geschwür hatLOK Magen isa Geschwür hatLOK Magenschleimhaut
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SNOMED CT: Beispiel (Definieren statt hierarchisieren)
⇒ Die Begriffshierarchie wird rechnergestützt deduziert.
<nr> 1789662003Helicobacter-assoziiertes pylorisches
Ulkus
128070006infektiöse Krankheiten des
Abdomens
302292003Befund der Strukturen des Rumpfes
301857004Befund der Körperregionen
118234003Befund nach Lokalisation
404684003klinischer Befund
138875005SNOMED CT-Begriff
123946008Erkrankung nach Lokalisation
64572001Krankheit
40733004Infektionskrankheit
312121001bakterielle Infektionskrankheit des
Magen-Darm-Trakts
386618008Befund des
Gastrointestinaltraktes
386617003Befund des Verdauungssystems
84410009Erkrankung des Magen-Darm-
Kanals
53619000Störung des Verdauungssystems
362965005Störung eines Körpersystems
312129004bakterielle Infektion des
Magen-Darm-Trakts
39204006pylorusnahes
Magengeschwür
397825006Ulcus ventriculi
6185008in Verbindung mit Helicobacter
stehende Krankheit
408638001Erkrankung, hervorgerufen durch einen
gramnegativen Bazillus
… ……
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Verwendung von SNOMED CT Kodes in HL7-CDA
<section><code code="10164-2" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1" codeSystemName="LOINC"/><title>History of Present Illness</title><text>Henry Levin, the 7 <sup>th</sup>is a 67 year old male complaining of disabling
<content ID="SX1">osteoarthritis of the right knee</content>. </text><entry>
<observation classCode="OBS" moodCode="EVN"><code code="396275006" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96"
codeSystemName="SNOMED CT" displayName="Osteoarthritis"/><originalText><reference value="#SX1"/></originalText><qualifier>
<name code="363698007"/> codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96"displayName="finding site"/>
<value code="6757004"/> codeSystem="2.16.840.1.113883.6.96"displayName="right knee"/>
</qualifier></code>
</observation></entry>
</section>
Ingenerf, Lübeck (19)
StrukturierteBefundeingabe
Patienten- bzw.Befundsuche
(Analog: Wissensbasiertes System)
SNOMED CT Core Tables
(Distribution normal format)
Patienten-Datenbank
Terminologieserver
(hier: eigene, SNOMED CT - kodierteBefundterminologie, d.h. kein direkterZugriff auf SNOMED CT, siehe Kap. 5.3)
History data
Close-to-user form
Canoncialform
SNOMED CT Begriffsausdrücke
Anfrage(Such-begriff)Kodierte
Befunddaten
Browser-Client(Suche, Navigation, Classifier, …)
DL versionDL version
Subsets
Extensions
Crossmaps
Migration-Client(Editor, Update, …)
Anwendungssystem
Funktionen:• Ändern, Löschen, …• Import und Export• Migration von kodierten
- Patientendaten und der- Befundterminologie=> Update von Kodes
• Generierung vonNormalformen
• Update von Mappings
Interchange format (RefSets, ChangeSets)
"SNOMED CT = Software" (Terminologieserver)
Ingenerf, Lübeck (20)
Inhalte
� Einführung, Motivation
� SNOMED CT: formal definierte Terminologie
� Hinweise
Ingenerf, Lübeck (21)
Veranstaltungshinweise
� MEDINFO, 20-24 August 2007 in Brisbane (Australien)
neben Classification, Ontology, NLP, Terminology Management, …
Ingenerf, Lübeck (22)
Veranstaltungshinweise
� ID Symposium, 22-23 Oktober 2007 in Berlin
Verbesserung der Versorgungsqualität durch IT-Innovationen.
� HL7-Jahrestagung, 29.-31. Oktober 2007 in Göttingen
Männer, Frauen, Anderes -Terminologien und Klassifikationen als Bausteine für Interoperabilität.
Ingenerf, Lübeck (23)
Publikationshinweise
� Ingenerf J (2007). Die Referenzterminologie SNOMED CT -
von theoretischen Betrachtungen bis zur praktischen
Implementierung. Neu Isenburg: MMI-Verlag (ISBN 978-3-87360-010-2).
� Schwerpunktheft "Medizinische Klassifikationen" imBundesgesundheitsbl - Gesundheitsforsch - Gesund-heitsschutz, Ausgaben 49 und 50.
Ingenerf J (2007). Terminologien oder Klassifikationen - Was bringt
die Zukunft? Bundesgesundheitsbl - Gesundheitsforsch - Gesund-heitsschutz 50 (8): 1070-1083.
Ingenerf, Lübeck (24)
GMDS Projektgruppe STM (Standardisierte Terminologien in der Medizin)
siehe http://www.imi.uni-luebeck.de/gmds-ag-stm/index.html
siehe http://www.gmds.de/pdf/publikationen/stellungnahmen/Positionspapier.pdf
I5052
397825006 39204006
I5051 I11881
K25.9