Post on 01-Jan-2016
description
פרוייקט ביולוגיה חישובית פרוייקט ביולוגיה חישובית
Bאורתולוגיה והתמיינות תאי Bאורתולוגיה והתמיינות תאי
דנה דרוישמגישות: עמית אשכנזי
ד"ר רמי דון בהנחיית:ד"ר רמית מר חיבה בן אשר
Oligonucleotide microarrayטכנולוגית המאפשרת ניתוח התבטאותם של אלפי גנים בו
זמנית.באמצעותה ניתן להשוות נתונים מרקמות
שונות, ממינים שונים, בזמנים שונים.
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
Microarray
גנים אורתולוגים הינם גנים ביצורים שונים שהתפתחו מאב קדמון משותף.
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
אורתולוגיה
בעיות Accession. לאותו גן ייתכנו מספרי גישה )1
no.) שונים.
. גנים אורתולוגים הם בעלי מספרי גישה 2שונים.
. לא נמצאו תוכנות המאפשרת השוואה של 3שתי
רשימות )קיימות תוכנות המשוות גן בודד בכל שלב(.
המטרה: השוואת שתי רשימות גנים
פתרוןבניית תוכנה המשווה רשימות גנים על ידי הצלבת
"Ortholog finder"מספרי גישה שונים –
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלבי עבודה מתאים לתוכנהBase Data. חיפוש 1
מצאנו מאגר אורתולוגים מתאים: "Homologene”-ב NCBI
Anopheles gambiaeArabidopsis thalianaCaenorhabditis elegansDrosophila melanogasterEremothecium gossypiiHomo sapiensMagnaporthe griseaMus musculusNeurospora crassaPlasmodium falciparumRattus norvegicusSaccharomyces cerevisiaeSchizosaccharomyces pombe
Anopheles gambiaeArabidopsis thalianaCaenorhabditis elegansDrosophila melanogasterEremothecium gossypiiHomo sapiensMagnaporthe griseaMus musculusNeurospora crassaPlasmodium falciparumRattus norvegicusSaccharomyces cerevisiaeSchizosaccharomyces pombe
המאגר תומך באורגניזמים:
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלבי עבודה מתאים לתוכנהBase Data. חיפוש 1
מצאנו מאגר אורתולוגים מתאים: "Homologene”-ב NCBI
Gene Id
Gene symbol
Protein Id
Protein accession
Gene Id
Gene symbol
Protein Id
Protein accession
המאגר תומך במספרי
הגישה:
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
. תוכנות ושפות תכנות2
- Access
- Visual Basic
- SQL
שלבי עבודהשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
תוכנת אורתולוגיהשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
תוכנת אורתולוגיהשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
תוכנת אורתולוגיהשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
תוכנת אורתולוגיהשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
תוכנת אורתולוגיהשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
מקרה מחקר יישומי - (Case study)
מציאת הגנים המשותפים לתהליך
Bהספרמטוגנזה ולתהליך התמיינות תאי
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
ספרמטוגנזהספרמטוגנזה הינו תהליך יצירת גמטות זכריות )תאי
זרע(.ניתן לחלק את התהליך לשלושה שלבים, בהם נוצרים
שלושה סוגי תאים:
( – proliferation. פרוליפירציה )1spermatogonia תאי
. חלוקת הפחתה )מיוזה( – 2spermatocytes תאי
( – maturation. התבגרות )3spermatids/spermatozoa תאי
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
ספרמטוגנזהספרמטוגנזה הינו תהליך יצירת גמטות זכריות )תאי
זרע(.ניתן לחלק את התהליך לשלושה שלבים, בהם נוצרים
שלושה סוגי תאים:
( – proliferation. פרוליפירציה )1spermatogonia תאי
. חלוקת הפחתה )מיוזה( – 2spermatocytes תאי
( – maturation. התבגרות )3spermatids/spermatozoa תאי
במהלך המיוזה מתרחש שחלוף הומולוגי
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
B התמיינות תאי
• מתפתחים מתאי אבBתאי לימפוציטים מסוג
progenitors-ו precursors .במח העצם
שלבי ההתמיינות העיקריים הינם: 1 .Pre BI
2. large pre BII 3. small pre-BII 4. Immature B
5. Mature B
Pre BI
large pre BII
small pre-BII
Immature B
Mature B
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
B התמיינות תאי
• מתפתחים מתאי אבBתאי לימפוציטים מסוג
progenitors-ו precursors .במח העצם
שלבי ההתמיינות הינם: 1 .Pre BI
2. large pre BII 3. small pre-BII 4. Immature B
5. Mature B
Pre BI
large pre BII
small pre-BII
Immature B
Mature B
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
כולל ארגוןBתהליך התמיינות תאי הצעות להמשך•מחדש של הגנים האימונוגלובולינים.
המטרה: מציאת הגנים המשותפים לתהליך , בדגש Bהספרמטוגנזה ולתהליך התמיינות תאי
על הגנים המשתתפים בשחלוף שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
Pre BI
large pre BII
small pre-BII
Immature B
Mature B
התמיינות תאי ספרמטוגנזהB
הינו DNA recombinationתהליך ה תהליך ייחודי ללימפוציטים ולתאי
מין !!!
עבודה שלבי
5 עבור microarrays- נתונים מ השלבים בתהליך הספרמטוגנזה בעכבר
)נלקחו ממעבדתו של ד"ר רמי דון(
5 עבור microarrays- נתונים מ בעכברB השלבים בתהליך התמיינות תאי
(Genome Research)נלקחו ממאמר שפורסם ב
. איסוף הנתונים1שלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
B-cell1,406
עבודה שלבי
B- נירמלנו את נתוני התמיינות תאי (Gene Cluster 3.0 - Eisen )בתוכנת
. עיבוד הנתונים2שלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
spermatogenesis הצעות להמשך•790
- עבור כל תהליך בחרנו את הגנים בעלי שינויים משמעותיים בהתבטאות
גנים106 - הצלבנו את התוצאות וקיבלנו משותפים
106
עבודה שלבי
2 על הנתונים מ-Clustering- ביצענו (Patterns 10 התהליכים )קיבלנו
של ד"ר רון שמיר(Expander)בתוכנת
3 .Clusteringשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
עבודה שלבי
המציג את cluster- התקבל גרף לכל תבנית הביטוי.
3 .Clusteringשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
עבודה שלבי
- בחרנו את הגנים שהתבטאו בצורה משמעותית בשלב השחלוף בשני
גנים(20 התהליכים )
3 .Clusteringשלב א
רקע•o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
Bcell Cluster 10 pattern
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
1 2 3 4 5
Phase no.
Exp
ress
ion
val
ue
100955_at
101906_at
102373_at
102970_at
103203_f_at
103204_r_at
104234_at
104423_at
104476_at
93070_at
93070_at
93070_at
93372_at
93924_f_at
Sperma cluster 10 pattern
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
2
1 2 3 4 5
Phase no.
Ex
pre
ss
ion
va
lue
100955_at
101906_at
102970_at
104423_at
104476_at
93070_at
93924_f_at
94274_at
97345_at
התקבלו שלוש קבוצות של גנים :
. גנים שביטויים העיקרי ברקמה אחרת ולא 1ידוע
B ו/ או בתאי testis על ביטויים ב-
. גנים שידוע שמתבטאים ברקמה אחת ולא 2ידוע
על ביטוי בשניה
. גנים שידוע שמשותפים לשתי הרקמות3
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
ניתוח תוצאות ומסקנות
Anp32e – נמצא במוח הקטן בתאי גרנולה מתחלקים וכנראה משתתף בהעברת אותות
Mα7 – בנוי מα ומ β -טובולין. ידוע שביטוי בtestis עולה במיוזה I, .Bלגבי ביטוי בתאי אך לא ידוע
Hmg20a – -מזהה מבנים שגויים בDNA שנוצר, כולל מבנה
בשחלוף הומולוגי
הצעות להמשך"Ortholog finder". הרחבת תוכנת 1
Ensemblלמאגרי מידע נוספים, כגון
. בדיקה מעבדתית עבור הגנים 2שנמצאו
ואין מידע על ביטויים בשתי הרקמות.
. ביצוע מחקר דומה עבור מינים 3שונים.
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
שלב א רקע•
o Microarrayoאורתולוגיה
מטרות• שלבי עבודה•
o מאגרי מידעo תוכנות
תוכנת האורתולוגיה•
שלב ב )יישום( רקע •
oספרמטוגנזה o התמיינות תאי B
מטרה• שלבי עבודה•
oאיסוף נתונים oעיבוד הנתונים o Clustering
ניתוח תוצאות • ומסקנות
הצעות להמשך•
תודות
ד"ר רמי דוןד"ר רמית מרחיבה בן אשר
ד"ר רון וידסד"ר בני שומר
(Germany) Dr. Reinhard Hoffmann