Preparé par: Alexandra Kerléguer, Chef, Unité de Biologie Médicale Institut Pasteur du Cambodge, 5, Bvd. Monivong BP 983 - Phnom Penh, Royaume du Cambodge
Unité de Biologie Médicale
2013 Le rapport d’activité de l’Unité de Biologie Médicale de l’Institut Pasteur du Cambodge pour la période du 31 janvier au 31 décembre 2013.
Rapport
d’Activité
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
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OBJECTIFS 2013
1 Amélioration continue du système de management de la qualité
- Mise à jour du catalogue de prix
- Actualisation des coûts des analyses
- Amélioration des feuilles de prescription
- Mise en place de compte-rendus avec interprétation des résultats conformément à la
norme NF EN ISO 15189
- Amélioration du système informatique
2 Poursuite des programmes de Contrôle de Qualité Externe avec les
différentes structures officielles
2.1 Association de biologie Praticienne (ABP) : 1630 € /an
SECTEURS Nombre d’envois /an Paramètres évalués
Bactériologie 4 Culture, Identification, antibiogramme et conseil
thérapeutique
Parasitologie 3 Identification et conseil thérapeutique
Mycologie 3 Culture, Identification et antifongigramme et conseil
thérapeutique
Cyto-
hématologie
4 Frottis cellulaires
Sérologie 4 Toxoplasmose (IgG+IgGM), Rubéole (IgG, IgM), Syphilis
(RPR+TPHA), CMV (IgG+IgM).
Sérologie 3 Hépatites (A, B, C), VIH
2.2 Pro BioQual : 1439 €
SECTEURS Nombre d’envois
/an Paramètres évalués
Electrophorèse des
protéines sériques
7
Protéines totales, albumine, alphaglobulines, bêtaglobulines,
gammaglobulines.
Electrophorèse de
l’hémoglobine 4 Electrophorèse de l’hémoglobine
Hémogramme 4 Numération et formule sanguine
Hémostase 8
Immunodosage 6
ACE, AFP, PSA (Total + libre), B2M, Ferritine, FSH, hCG,
LH, Prolactine, TSH, T3L, T4L, Cortisol, Estradiol,
Progestérone, IgET
2.3 Centre Toulousain pour le contrôle de qualité en Biologie clinique (CTCB) : 259 €
Sérologie des hépatites (A, B et C), sérologie HIV : 3 envois par an
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2.4 ExternalQuality Assurancepour les Gonocoques: Gratuit
Module of WHO Western Pacific Region on GonococcalAntimicrobial Surveillance Programme : 1 envoi
/an, paramètres évalués : Culture et antibiogramme
2.5 Roche ExternalQuality Control Programm in ClinicalChemistry : Gratuit
Contrôle de biochimie : Na, K, Cl, G, Urea, Crea, Au, Prot, Alb, BT, C, HDL, T, PHO, PAL, AST, ALAT, LDH,
GGT, CK, Mg
2.6 Bio-Rad : Gratuit
Contrôle de biochimie : Albumine, Bicarbonate, Bilirubine(totale et conjuguée), Chlore, Cholestérol, HDL
cholestérol, Créatinine, Glucose, Fer, Magnésium, Potassium, Protéine totaux, Sodium, Triglycéride, Urée
sanguine, Acide urique, GOT, GPT, PAL, Amylasémie, CPK, GGT, LDH :1 envoi par mois
2.7 Quality Assessment and Standardization for Immunological Measures :gratuit
Immunophénotypage lymphocytaire CD3/CD4/CD8 : 1 envoi par an.
2.8 National ExternalQualityAssessment Site for leucocyte Immunotyping : en
collaboration avec la recherche
Immunophénotypage lymphocytaire CD3/CD4/CD8 : 6 envois par an.
2.9 The External Quality Assessment in Hemoglobin A1C Program :Gratuit
Contrôle HbA1C.
2.10 College of American Pathologists
Evaluation de l’examen direct, de la culture, de l’identification des espèces de mycobactérie et de
l’antibiogramme de première ligne
Echantillons reçus : 3 souches lyophilisées et 3 prélèvements cliniques
2.11 The Research Institute of Tuberculosis (Supranational Laboratory-Japan)/ National
Center for Tuberculosis and Leprosy Control (NTP-Cambodia) :payé par NTP
Evaluation des antibiogrammes de 1èreet 2ème ligne
Echantillons reçus : 30 souchescongelées.
3 Transfert du laboratoire de virologie
- Mise en place des charges virales
- Mise en place de la confirmation des carbapénémases
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4 Installation d’une salle de prélèvement VIP
5 Renouvellement des Automates
- Hématologie : HORIBA PENTRA 80
- Immuno-Sérologie : COBAS Elecsys 411 ROCHE
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ANALYSE DE L’ATTEINTE DES OBJECTIFS
Les objectifs suivis par l’Unité de Biologie Médicale s’inscrivent dans une volonté de l’Institut Pasteur du
Cambodge à être dans un système d’amélioration continue de ces processus. En effet, ils permettent ainsi
le monitoring nécessaire pour satisfaire ses clients en termes de fiabilité des résultats, de respect des
normes en vigueur et de performances (matérielles et humaines).
1 Développement de la Démarche qualité
1.1 Mise à jour du catalogue des prix et étude des coûts analyses
L’étude « coûts-réactifs » a montré des failles dans le calcul initial des prix des analyses, elle a permis de
supprimer certaines analyses, peu réalisées et peu rentables (prix catalogue inférieur au prix direct du
réactif) et elle a permis de rééquilibrer le bilan du laboratoire.
1.2 Amélioration des feuilles de prescription
Cette amélioration était demandée par nos partenaires et par les secrétaires, afin de:
- Faciliter la prescription des analyses par les médecins extérieurs à l’IPC
- Faciliter le travail de saisie des secrétaires et éviter les erreurs de retranscription.
1.3 Compte-rendu
Ajout de conclusion et de commentaires dans les compte-rendus analytiques, conformément à la norme NF
EN ISO 15189
1.4 Informatique
- Mise en place des « maquettes ou feuilles de paillasse » pour la traçabilité des rendus de résultats.
Ces feuilles sont remplies par les techniciens puis scannées dans les dossiers par les secrétaires.
- Mise en place de la Gestion Externalisé des Dossiers (GED), les compte-rendus du laboratoire
CERBA sont envoyés directement dans le dossier du patient.
- Mise en place de l’envoi des compte-rendus par mail (avec mot de passe) et suppression de
l’envoi par fax, qui n’est pas sécurisé.
2 Programme des CQE
Le Contrôle de Qualité Externe (CQE) permet une évaluation externe de la qualité du laboratoire. Il
correspond au contrôle par un organisme extérieur de la qualité des résultats fournis par le laboratoire. Ce
contrôle rétrospectif permet une confrontation inter-laboratoire en vue d’améliorer la qualité du travail de
l’ensemble des participants.
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- Les participations aux différents programmes de CQE est de 100 %
- Le taux de réussite est de 100 %
3 Plateforme de Biologie Moléculaire
La plateforme de Biologie moléculaire mise en place en avril 2013, a pris son rythme de routine très
rapidement avec une nette augmentation des dossiers.
4 Mise en place de la salle VIP
Cette salle mise en place courant de l’année 2013; permet de recevoir les VIP, mais surtout permet de
« désengorger » la salle d’attente lors de grande affluence, une secrétaire ayant le certificat de préleveur
vient en aide au personnel infirmier.
5 Renouvellement des automates
Les automates d’hématologie et d’immuno-sérologie ont été livrés en fin d’année
- L’automate d’hématologie a été installé, mais n’a pas été calibré et ne peut donc être utilisé
- L’automate d’immuno-sérologie n’est pas encore installé.
Ils seront validés au mois de janvier et pourront être utilisés en routine dès le mois de février.
6 Conclusion
L’Unité de Biologie Médicale poursuit son avancée dans l’objectif d’accréditation.
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POINTS MARQUANTS DE L’ANNEE 2013
1 Formation Continue
Soutenance de thèse de Mme Hem Sopheak le 23 décembre 2013
2 Parasitologie
Diagnostic du premier cas de Leishmaniose viscérale chez un jeune Cambodgien, de la région de Preah
Vihear.
Histoire de la maladie :
Jeune de 15 ans, originaire de la région de Preah Vihear (frontière thaïlandaise) hospitalisé à
l’hôpital Khméro-soviétique pour asthénie. Lors du bilan initial, il est mis en évidence une bi-cytopénie,
un myélogramme nous est alors adressé pour diagnostic de cette bi-cytopénie.
A l’institut Pasteur, la NFS de contrôle montre une pancytopénie avec une Hb à 4 g/dL et une
thrombopénie importante à 4 G/L. A l’interrogatoire, il est confus, il est très pâle, dyspnéique, asthénique,
l’examen clinique révèle un souffle systolique, une légère splénomégalie et une hémorragie conjonctivale.
Le myélogramme est envahi par des formes trypomastigotes de Leishmanies. Le diagnostic de
Leishmaniose viscérale est porté et l’hôpital Khméro-soviétique est averti.
Grâce à la mise en place d’une « chaîne humanitaire » et la mobilisation de tout le personnel du
laboratoire, l’ensemble du traitement de ce jeune homme a pu être pris en charge.
Conclusion :
L’unité de biologie Médicale a diagnostiqué le premier cas de leishmaniose viscérale au
Cambodge. Ce diagnostic est mal connu des médecins du Cambodge et trop souvent omis dans les cas de
pancytopénie.
Le Service de Santé du Cambodge a été averti.
Au-delà de la satisfaction d’avoir mis en évidence ce cas de leishmaniose, jamais décrit au
Cambodge, nous sommes particulièrement fiers d’avoir pu « sauver la vie » d’un jeune Cambodgien,
grâce à la mise en place d’une chaîne humanitaire.
3 Assurance Qualité
- Mise en place du projet de certification ISO 9001 2008
- Titularisation du référent qualité dans le cadre du projet
- Rédaction de la cartographie des processus
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- Mise à jour des mode-opératoires et des procédures existantes, rédaction de celles
qui n’existaient pas.
- Création des fiches techniques pour les techniciens
- Traduction des consignes de prélèvement en anglais et en Khmer.
4 Pré-analytique
- Ajout de l’analyse NONC dans le logiciel médico-technique pour le suivi des non
conformités.
- Mise en place du contrôle de fertilité lors de la préparation des géloses. Ce contrôle réalisé
avec des souches de référence permet de vérifier que les géloses élaborées dans l’unité de
Biologie Médicale ont toutes les qualités nécessaires à l’identification des bactéries.
- Mise en place du contrôle à réception des kits de bactériologie.
5 Analytique
1°) Poursuite de la collaboration avec le laboratoire CERBA en France pour les analyses de biologie
médicale spécialisées, génétiques et anatomopathologiques (1041 analyses transmises en 2012), avec des
arrêts momentanés suite au changement de réglementation de transport des produits dangereux par air.
2°) Mise à jour du catalogue des prix
3°) Suppression de certaines analyses trop onéreuses pour le laboratoire, car réalisées moins de 10 fois
par an. La recherche de leishmaniose cutanée a été supprimée car il n’y a pas de possibilité de réaliser
des biopsies cutanées à l’IPC.
- D-dimères
- Plaquettes seules
- Acide urique urinaire
- Amylase urinaire
- Bicarbonates
- Bêta 2-microglobulinémie
- Bêta 2-microglobulinurie
- Immunofixation des protéines sériques
- Magnésium urinaire
- Microalbuminurie
- Ratio MAU/CREU
- Phosphore urinaire
- Protéinurie par bandelette (couplée avec
la glycosurie)
- Urée urinaire
- MNI-test
- Syphilis (IgG) (FTA)
- Brucellose : rose de Bengale
- Recherche de Nocardia
- Antigènurie Legionella pneumophila
- Recherche de leishmanies cutanées
4°) Analyses ajoutées au catalogue
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- Recherche de spermatozoïdes dans les
urines
- Dépistage du diabète gestationnel
- Diagnostic du diabète gestationnel
- Confirmation du diabète gestationnel
- Prélèvements pulmonaires et
bronchiques
- Mycologie – Examen direct
- Ag S.pneumoniae Antibiogramme de
2ème
ligne de M.tuberculosis (DST2)
- Charge virale HBV / HCV / HIV
- Mutation des résistances HIV : 1ère
ligne
HIV / 2ème
ligne / 3ème
ligne
- Test de résistance HBV
- Génotypage HCV
- Dépistage des carbapénémases (PCR)
- Chlamydia – Mycoplasma (PCR en
temps réel)
- Leptospirose (PCR en temps réel)
- Legionella pneumophila (PCR en temps
réel)
- H. influenzae type b (PCR en temps
réel)
- N. meningitidis (PCR en temps réel)
- S. pneumoniae (PCR en temps réel)
- S. suis (PCR en temps réel)
- GeneXpert MTB/RIF (XPER)
6°) Suppression du 2ème test de dépistage du HIV 1-2 conformément à l’arrêté du 28 mai 2010, ce qui a
permis d’effectuer les confirmations par western-blots gratuitement chez les patients dépistés positifs (le
bilan de l’année 2012 avait montré que 76 % des patients positifs n’avaient pas effectué de
confirmation).
7°) Mise en place du dépistage des carbapénémases (dépistage phénotypique, confirmation génotypique)
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FORMATION DU PERSONNEL / ACCUEIL DE STAGIAIRES
1 Formation du personnel du service
1.1 Personnel d’encadrement
Mme Hem Sopheak, pharmacien, vient de passer avec succès sa thèse de DES. Elle est maintenant
Pharmacien Biologiste.
Mlle Tor Pety, pharmacien, est inscrite en 3ème année du DES de Biologie Médicale (USS Phnom Penh).
Elle a déposé son sujet de thèse auprès de la faculté pour la soutenir en septembre 2014
Mlle Cheng Sokleaph, pharmacien a terminé son DES de Biologie Médicale (USS Phnom Penh), mais n’a
pas encore soutenu sa thèse.
1.2 Techniciens
Le contrôle continu des techniciens est assuré par le rendu des résultats des Contrôles de Qualité Externe
2 Accueil de stagiaires
2.1 Etudiants cambodgiens en DES de Biologie Médicale (Université des Sciences de la
Santé de Phnom-Penh) :
Le LABM de l’IPC est agréé depuis octobre 2011 par l’Université des Sciences de la Santé de Phnom Penh
comme terrain de stage pour le Diplôme d’Enseignement Spécialisé (DES) de Biologie Médicale (pour la
bactériologie, l’hématologie et la biochimie). Les étudiants cambodgiens doivent effectuer des stages
pratiques de 3 mois.
L’unité de Biologie Médicale a reçu 3 étudiants en 2013.
2.2 Etudiants en 4ème
année de Pharmacie (Université des Sciences de la Santé de
Phnom-Penh) :
Les étudiants sont en stage pour 1 mois et demi, en microbiologie médicale et en biologie sanguine.
L’unité de Biologie Médicale a reçu 24 étudiants pour 2013
2.3 Elèves en 2ème
et 3ème
année de Technicien (Ecole Technique des Soins Médicaux de
Phnom-Penh)
Les élèves sont en stage pour 1 mois en microbiologie médicale et en biologie sanguine.
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L’unité de Biologie Médicale a reçu 52 élèves pour 2013.
3 Accueil de lycéens
1°) Accueil de 3 lycéens de troisième dans le cadre de leur stage de « découverte du monde du travail »
2°) Cette année l’unité de Biologie médicale a passé une convention avec le Lycée français René
Descartes pour recevoir les lycéens des classes de 3ème
, pour réaliser les travaux pratiques sur
l’identification bactérienne, qui ne peuvent être faits au lycée.
Cette formation a été assurée par le chef de l’unité de Biologie et son adjoint de bactériologie.
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UNITE DE BIOLOGIE MEDICAL – ASSURANCE QUALITE
1 Suivi des non-conformités
1.1 Répartition des non-conformités
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1.2 Détail des non-conformités
Secteur Nombre de NC NC récurrente(s)
Accueil 11 Erreurs dans l’enregistrement du dossier du
patient
Prélèvements apportés 9 Prélèvement non conforme (volume insuffisant)
Biologie sanguine 3 Erreur d’interprétation d’un résultat
Prélèvements IPC 2 Prélèvement non-conforme (volume ou
conservation)
Mycobactériologie 1 Erreur d’interprétation d’un résultat
Biologie moléculaire 1 Défaillance d’un équipement
Sous-traitance 1 Erreur de CERBA dans l’analyse demandée
Fournisseurs 2 Réactifs non conformes à réception
1.3 Actions préventives et correctives mises en place
Rédaction de nouveaux protocoles :
- Pour une formalisation officielle des pratiques
- Pour une remise à niveau des connaissances et savoir-faire
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UNITE DE BIOLOGIE MEDICAL – MATERIEL
1 MICROBIOLOGIE
1.3 Identification bactérienne
- Système VITEK Biomérieux : 1995
Automate vieillissant, plus de maintenance et plus de pièces détachées disponibles.
Il fonctionne toujours pour l’identification des galeries API.
1.4 Interprétation des antibiogrammes
- Automate OSIRIS Bio-Rad : 2003
Automate vieillissant, qui n’existe plus dans le commerce, mais la maintenance est toujours effectuée 2
fois/an.
2 BIOLOGIE SANGUINE
2.1 Immuno-Hématologie
2.1.1 Numération cellulaire
- Automate PENTRA 80XL, HORIBA (en cours de qualification)
Mis en service par la société DKSH en décembre 2012
- Automate FACSCount Becton-Dickison (Dynamic)
Date de mise en service : 1996, maintenance préventive 2/an.
2.1.2 Electrophorèse
- Automate : MINICAP SEBIA Sebia (Medi-Group)
Date mise en place 21 octobre 2008, maintenance préventive 3/ an.
Cette automate est « sous-dimensionnée » par rapport à l’activité réalisée au laboratoire. L’étude « coût-
réactifs » instaurée en 2012 en vue de changer l’automate pour un plus performant, n’a pas abouti, car les
conditions de la société SEBIA sont disproportionnées par rapport à notre activité.
2.1.3 Hémostase
- Automate CA-50 Sysmex (Kunang Hsien)
Date de mise en service : 07/2007, maintenance préventive 4 fois/an
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2.2 Biochimie :
2.2.1 Substrats –enzymes et ionogrammes
- Deux INTEGRA 400 Roche (Diethelm)
Date mise en place 02/2007, maintenance préventive 4/an.
2.2.2 Hormonologie et marqueurs tumoraux/ Sérologie/ Immuno-enzymologie
- Automate CPBAS Elecsys 411 ROCHE : non installé, en cours de qualification.
3 MYCOBACTERIOLOGIE
Matériel Mise en service Périodicité de la maintenance
LABORATOIRE P2
Hotte classe II A2 (Thermo) 5/12/2005 1/an
Hotte classe I BK (Flufrance) 01/01/1995 1/an
Microscope optique (Leica) 17/06/2005 1/an
Microscope à fluorescence (Leica) 1/an
LABORATOIRE P3
BACTEC 960 (BD) 01/06/2009 1/an
BACTEC 320 (BD) 30/10/2010 1/an
Hotte classe II A2 (Thermo) 01/01/2008 1/18 mois
Microscope optique (Olympus) 1/an
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ACTIVITES DE SERVICE
1 CLIENTELES
- Particuliers
- CDAG IPC
- Médecins libéraux
- Hôpitaux publiques
- Organismes
internationaux, ONG
- Santé Publique
2 ANALYSES PAR SECTEUR
2.1 Biologie sanguine
2.1.1 Immuno-Hématologie
*augmentation des analyses en relation avec des études en cours.
ANALYSES NOMBRES
D’ACTES COMPARAISON AVEC 2012
D-Dimères 2 Analyse arrêtée en janvier 2013
Electrophorèse de l'hémoglobine 4769 Activité multipliée par 3 *
Fibrinogène 90 Activité multipliée par 1,5
Frottis- Goutte Epaisse 229 Activité multipliée par 1,5
Groupage ABO et Rhésus 1024 Stable
G6PD 1725 Activité multipliée par 3 *
Numération Formule Plaquettes 7602 Stable
Plaquettes 7602 Stable
Myélogramme 35 Stable
Numération des sous-populations lymphocytaires 264 Activité divisée par 4
Recherche de filaires 2 0 en 2012
Réticulocytes 1021 Activité multipliée par 5 *
Spermogramme 293
Recherche de spermatozoides dans les urines 2 Analyse mise en place en
septembre 2013
Temps de Saignement 18 Stable
Temps de Céphaline Activée 134 Stable
Taux de Prothrombine 746 Stable
Vitesse de Sédimentation 1891 Stable
TOTAL 27449
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2.1.2 Biochimie
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
COMPARAISON AVEC 2012
METABOLITES
Calcémie 2112 Stable
Calcium urinaire 1
Ionogramme sanguine 2177 Stable
Ionogramme urinaire 276 Analyse multipliée par 17
Acide lactique 29 Demande divisée par 10 ?
Bicarbonates 86 Stable
Magnésium plasmatique 554 stable
Phosphorémie 188 Stable
BILAN LIPIDIQUE
Bilan lipidique complet 4570 Stable
Cholesterol 348 Stable
Triglycérides 397 Stable
BILAN GLUCIDIQUE
Glycémie 5575 Stable
Glycosurie 1 Stable
Dépistage du diabète gestationnel 24
Analyses mises en place en septembre 2013 Diagnostic du diabète gestationnel 16
Confirmation du diabète gestationnel 8
Hémoglobine glycosylée (HbA1C) 1258 Augmentation de 6,5 %
BILAN PROTEIQUE
Albuminémie 274 Stable
Electrophorèse des protéines 274 Stable
Protéines totales 288 Stable
Protéinurie 119 Stable
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BILAN HEPATIQUE
Bilirubine totale et conjuguée 650 20 % d’analyses en moins
Bilirubine totale 150 Stable
Fibrotest 92 stable
GammaGT 1512 Stable
ASAT 7317 1000 analyses de moins
ALAT 7325
PAL 506 Stable
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
COMPARAISON AVEC 2012
BILAN MARTIAL
Fer 782 Stable
Capacité totale de fixation de la sidérophylline 139 Stable
Ferritine 463 Stable
Haptoglobine 317 Demande multipliée par 10
BILAN RENAL
Acide urique 4015 Stable
Clairance de la créatinine 6 Demande multipliée par 3
Créatinine 4585 Stable
Créatinine urinaire 264 Demande multipliée par 20
Microalbuminurie 21 Stable
Ration Ualuminurie/creatinine 19 Stable
Urée 1514 Stable
BILAN CARDIAQUE
CPK 219 Stable
Troponine 40 Stable
LDH 534 Demande multipliée par 2
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ANALYSES DIVERSES
Amylase 524 Stable
Bandelette urinaire 1330 Stable
Biochimie des liquides de ponction 5 Analyse mise en place en
septembre
CRP 1134 Demandes diminuées de moitié
TOTAL BIOCHIMIE 52038
2.1.3 Immuno-Sérologie
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
COMPARAISON AVEC 2012
IMMUNOLOGIE
ACE 119 Stable
AFP 400 Stable
ASLO 370 Stable
Bêta2microglobuline 25 Multiplié par 2
Cortisol 111 Stable
Oestradiol 59 Stable
FSH 66 stable
LH 73 Stable
Bêta-HCG 225 Stable
Progestérone 50 Stable
Prolactine 40 Stable
PSA 345 Stable
T3L 1960 Stable
T4L 2133 Stable
TSH 2315
HEPATITE A
IgM 83 Stable
IgG 400 Stable
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HEPATITE B
Antigène HBs 4452 Stable
Anticorps anti-HBs 5360 Stable
Anticorps anti-HBc totaux 929 Stable
Anticorps anti-HBc IgM 71 Stable
Antigène HBe 264 Stable
Anticorps anti-HBe 242 Stable
HEPATITE C
Sérologie de dépistage 4754 Stable
HIV 1-2
Sérologie de dépistage 6540
Confirmation 81
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
COMPARAISON AVEC 2012
AUTRES SEROLOGIES
Amibiase 52 Stable
Dépistage syphilis (TPHA + VDRL) 3492 Stable
FTA IgG 35 Analyse supprimée du catalogue
CMV 56 Stable
MNI 4 Analyse supprimée du catalogue
Rubéole 193 Stable
Toxoplasmose 229 Stable
Sérodiagnostic de Widal et Félix 219 Stable
Facteur rhumatoide 342 Stable
Waler Rose 1 Analyse supprimée du catalogue
TOTAL IMMUNO-SEROLOGIE 36090
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2.1.4 Répartition des analyses de la Biologie Sanguine
Sous-unités Nombres d’analyses dans l’année Part de chaque sous-unités
Immuno-hématologie 27449 23,75 %
Biochimie 52038 45 %
Immuno-sérologie 36090 31,22 %
TOTAL 115577
2.2 Microbiologie
2.2.1 Origine des prélèvements
Les prélèvements ont des origines très diverses : certains sont faits sur place à des patients adressés en
ambulatoire par leur médecin, d'autres proviennent de cliniques ou de structures hospitalières de Phnom
Penh ou des environs proches. L'identification des bactéries repose sur les techniques conventionnelles :
l'examen direct, la culture, la détermination des caractères biochimiques au moyen de galeries et le cas
échéant le sérotypage.
Les antibiogrammes sont réalisés par la méthode de diffusion de disques sur gélose en respectant les
recommandations du CA-SFM afin de permettre une lecture interprétative des résultats par le système
OSIRIS.
2.2.2 Répartition par prélèvement
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
COMPARAISON AVEC 2012
Recherche d’antigène de Cryptococcus néoformans 106 Demande multipliée par 2
Antigène soluble de S. Pneumoniae 0 Analyse mise en place en
novembre 2013
Prélèvements pulmonaires et bronchiques 268 Analyses multipliée par 3
Culture bactérienne 266 Stable
Immuno-hématologie 23,75 %
Biochimie 45 %
Immuno-sérologie 31,22 %
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Examen direct bactério 71 Stable
Bactériologie des liquides de ponction 250 Stable
Cytologie et biochimie des liquides de ponction 184 stable
Recherche de toxine de Clostridium difficile 11 Stable
Recherche directe de Chlamydia trachomatis 63 Stable
Coproculture 535 Demande multipliée par 2
Recherche de Cryptosporidium dans les selles 3 Stable
Cytologie urinaire 1192 Stable
ECBU 661 Stable
Hémoculture (Isolator) 247 Stable
Hémoculture (Flacon) 18 50 % d’analyses en moins*
HLM 3 0 en 2012
Sérologie Leptospirose 24 Stable
Mycologie culture 137 Stable
Mycologie examen direct 131 Stable
Recherche directe de Mycoplasma 38 50 % d’analyses en plus
Bactériologie d’un prélèvement d’œil 1 Stable
Bactériologie d’un prélèvement de gorge 151 Stable
Bactériologie d’un prélèvement d’oreille 17 Stable
Parasitologie des selles 547 Stable
Examen parasitologique d’un liquide de ponction 2 Stable
Recherche de Pneumocystis jirovecii 12 50 % d’analyses en plus
Recherche d’HSV 1-2 14 Stable
Recherche de Rotavirus dans les selles 2 50 % d’analyses en moins **
Spermoculture 12 Stable
Recherche de sang dans les selles 15 50 % d’analyses en moins
Prélèvement urétral 32 Stable
Prélèvement vaginal 195 Stable
TOTAL BACTERIOLOGIE 5208
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
25 | P a g e
* La demande d’hémocultures-flacons a diminué, cette analyse est réalisée par d’autres
laboratoires publiques, grâce au soutien de la fondation Mérieux à l’USS, qui distribue les
flacons gratuitement
** Les chiffres de l’an dernier étaient dus à une étude en cours
2.2.3 Evolution par rapport à 2012
2012
2013
2000
3000
4000
5000
6000
4509
5208
MicroBiologie
2012
2013
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
26 | P a g e
2.3 Plateforme de Biologie Moléculaire
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
CHARGES VIRALES
Hépatite B 213
Hépatite C 207
HIV 1229
DEPISTAGE DES RESISTANCES
Mutation 1ère ligne 57
Mutation 2ème ligne 92
Mutation 3èmeligne 2
Résistance HBV 0
GENOTYPAGE
HCV 25
MYCOBACTERIOLOGIE
GeneXpert 15
Identification des 13 espèces de NTM 170
Différenciation du complexe tuberculosis 2
Identification des 16 espèces de NTM 31
Résistance aux fluoroquinolones / ETH… 1
Résistance INH /RIF 29
BACTERIOLOGIE
PCR en temps réel leptospirose 1
TOTAL BIOLOGIE MOLECULAIRE 2074
2.4 Mycobactériologie
2.4.1 Origine des prélèvements
Les prélèvements étudiés au laboratoire ont plusieurs origines :
Candidats à l’émigration se présentant à l'Office des Migrations Internationales (IOM). Selon le
pays de destination envisagé, il est effectué uniquement un examen direct de crachats ou un examen direct
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
27 | P a g e
associé à une mise en culture et identification. En cas de culture positive de Mycobacterium tuberculosis
complex, un antibiogramme de 1ère
ligne est demandé.
Patients en ambulatoire ou hospitalisés, principalement dans les services de maladies infectieuses
ou de pneumologie des hôpitaux de Phnom Penh, Kampong Cham, Siem Reap, et Takeo.
Patients d’autres organismes : Clinique SOS, CSI (Cooperative Service International), CHC et
MSF
Prélèvements animaux en provenance des organisations Free The Bear et Wildlife Conservation
Society
Biopsies ganglionnaires provenant des bovins des abattoirs, dans le cadre du projet MBV
Les patients inclus dans les projets CHC-MDR, IMMI et PAANTHER01.
2.4.2 Répartition par acte
ANALYSES NOMBRES D’ACTES
COMPARAISON AVEC 2012
EXAMEN DIRECT
1782 14% d’analyses
en moins
CULTURE
1818 Stable
SUBCULTURE
805 15% d’analyses
en plus*
IDENTIFICATION (GENE-PROBE)
458 Stable
ANTIBIOGRAMME
1ère ligne 190 Stable
2ème ligne 10 Stable
RECHERCHE DE M. LEPRAE
1 Stable
TOTAL MYCOBACTERIOLOGIE 5053
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
28 | P a g e
2.4.3 Evolution par rapport à 2012
Examen Direct 49.42%
Culture 36.82%
Subculture 0.36%
Identification 8.34%
ATB1 4.82%
ATB2 0.23%
Lèpre 0.00%
Examen Direct 35.27%
Culture 35.98%
Subculture 15.93%
Identification 8.96%
ATB1 3.64%
ATB2 0.20%
Lèpre 0.02%
0
1000
2000
3000
2013 (5053)
2012 (5538)
2012 (5538)
2013 (5053)
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
29 | P a g e
L’activité en mycobactériologie a diminué de 8.76 %. La répartition en fonction des analyses réalisées est
identique d’une année sur l’autre pour la culture, l’identification par Gene-Probe, l’antibiogramme de
premier et de seconde ligne et la lèpre. Les examens directs ont diminué autour de 14% mais les
subcultures ont augmenté de 15%. L’augmentation correspond aux subcultures des souches de patients
inclus dans le projet CAMELIA.
3 REPARTITION PAR SECTEUR
4 CONCLUSION
4.1 Comparaison avec 2012
4.1.1 Activité globale
- 2012: 153 155 actes
- 2013 : 127 912 actes
4.1.2 Par secteur
Le secteur Biologie sanguine assure 90,40 % de l’activité de service, la microbiologie, la
mycobactériologie et la plateforme de biologie moléculaire représentant uniquement 9,65 % de l’activité.
La Microbiologie a augmenté ses activités de 15,5 %, alors que la Biologie Sanguine a perdu 19,20 % et
la mycobactériologie 8,76 %.
Nombres d'actes (127 912)
Microbiologie (4,10 %)
Biologie Sanguine (90,40 %)
Plateforme de biologie Moléculaire (1,60 %)
Mycobactériologie (3,95 %)
16,50 % d’activité en moins
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
30 | P a g e
ANALYSE DES RESULTATS
1 Biologie sanguine
1.1 Sérologie HIV
1.1.1 Dépistage sérologique
Populations étudiées Effectifs Positifs forts Positifs faibles
Dépistage nominatif 4230 87 23
CDAG 657 44 12
Candidats à l’émigration 1640 6 11
TOTAL 6540 130 46
1°) Dépistage nominatifs : Sur les 23 positifs faibles, uniquement 11 patients sont venus contrôler leur
sérologie à 15 jours :
- Pour 3 patients, les ratios de contrôle étaient identiques aux ratios de dépistage, ces
3 patients ont été conclus négatifs.
- Pour 6 autres patients leur médecin avait demandé un WB qui était négatif
- Pour 2 patients, Le WB montrait une positivité de la bande p55, à recontrôler sur un
nouveau prélèvement.
2°) Pour les positifs faibles provenant du CDAG et de l’IOM, les analyses étant anonymes, nous n’avons
aucun moyen de vérifier si les sérologies de contrôle demandées sont effectuées.
1.1.2 Confirmation par western-blot
En 2013 81 WB ont été réalisés
Répartition des WB
WB sur sérologie négative
WB sans sérologie
initiale au
laboratoire
WB de confirmation TOTAL
Nombre 2 37
42
(41 nominatif,
1 CDAG)
81
- Les 2 WB réalisés sur sérologie négative, ont été demandés par des médecins et confirmés par
téléphone, malgré les conseils du laboratoire.
- Sur les 37 WB réalisés sans sérologie initiale : 21 étaient négatifs, 6 présentaient un profil
indéterminé et 10 étaient positifs HIV-1. Les WB sans sérologie sont essentiellement demandés par
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
31 | P a g e
l’IOM pour les candidats à l’émigration et par le CDAG (qui connaissent déjà le statut sérologique de leur
patient, mais dont nous n’avons pas la visibilité, puisque le dépistage est anonyme).
- Seulement 41 patients sur 87 positifs au dépistage (dépistage nominatifs) ont été confirmés
HIV-1 positifs par WB.
- Pour le CDAG, nous avons depuis le mois d’octobre instauré aussi le WB gratuit, ce qui permet
d’assurer un meilleur suivi des patients, car certains par manque d’argent ne venaient pas confirmer leur
positivité.
1.1.3 Conclusion
1°) Dépistage nominatif :
- Seulement 47,13 % des patients positifs ont été confirmés par WB, essentiellement à partir de
septembre 2013 où nous avons mis en place la confirmation gratuite chez les patients positifs.
- Pour les sérologies faiblement positives, malgré le commentaire noté sur le compte-rendu,
seulement 47,80 % des patients sont venus contrôler leur sérologie à 15 jours dans le laboratoire
(perdus de vue ou contrôle dans un autre laboratoire ?)
- 45,65 % des WB sont réalisés sur demande des médecins sans sérologie. Il nous est impossible de
savoir s’il s’agit d’une confirmation d’un dépistage réalisé en dehors du laboratoire ou d’une
mauvaise connaissance de la sérologie HIV 1-2.
2°) Le faible pourcentage de demande de WB de confirmation, nous conforte dans notre décision
d’effectuer le WB gratuitement chez les patients dépistés positifs. Cette gratuité n’est pas préjudiciable au
laboratoire du fait du grand nombre de sérologie négative et du nombre de WB prescrits par les médecins.
3°) La prise en charge du dépistage du HIV 1-2 ne semble pas encore totalement comprise par certains
médecins qui confondent sérologie de dépistage, WB et charge virale. Certains demandent même de
confirmer une sérologie de dépistage positive par un typage lymphocytaire CD4/CD8 !
1.2 Dépistage syphilis
Profil sérologique Conclusion 2013 2012
VDRL – et TPHA +
Cicatrice sérologique ou
tréponématose précoce
(J7-J10 du cancre)
N % N %
13 0,37 13 0,33
VDRL + et TPHA + Tréponématose en cours
d’évolution
N % N %
30 0,86 16 0,4
VDRL + et TPHA - Faux Positif VDRL N % N %
1 0,02 3 0,075
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
32 | P a g e
1.3 Hépatites B
Marqueurs 2012 2013
Ag HBs 4 704
Pos : 630 4 452
Pos : 567
Neg : 4 074 Neg : 3 385
Ac anti-HBs 5 339
Pos : 3 081 5 360
Pos : 3 225
Neg : 2 258 Neg : 2 135
Ac anti-HBc IgM 53
Pos : 3 71
Pos : 5
Neg : 50 Neg : 66
Ac anti-HBc 2 196
Pos : 938 929
Pos : 368
Neg : 1 258 Neg : 561
Ag HBe 370
Pos : 118 264
Pos : 71
Neg : 252 Neg : 193
Ac anti-HBe 306
Pos : 195 242
Pos : 153
Neg : 111 Neg : 89
2 MICROBIOLOGIE
2.1 Répartition des cultures bactériennes
2012
50
2050
4050
6050
2012
2013
Evolution 2012-2013
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
33 | P a g e
Nature des Prélèvements Nombre d’analyses cultures positives %
Prélèvements génitaux 227 50,2
Liquidesd'épanchement 102 5,9
Liquide céphalo-rachidien 100 6
Uroculture 661 37,7
Hémocultures 265 5,7
Coprocultures 535 3,6
Pus divers 399 46,1
Prélèvements respiratoires 350 30,3
2.2 Tour d’horizon des bactéries
2.2.1 Escherichia coli
C’est la bactérie la plus fréquemment retrouvée dans les prélèvements.
Prélèvements Urinaires Autres Total
148 27 175
2.2.2 Burkholderia pseudomallei
Cette bactérie a été isolée à 5 reprises :
2 souches proviennent de l’hôpital Calmette
3 souches proviennent de cabinets médicaux de Phnom Penh
Prélèvements Pulmonaire Abcès Hémoculture Liq articulaire
1 1 2 1
2.2.3 Streptococcus pneumoniae
Soixante-six souches ont été détectées en 2013, soit un total multiplié par 6 par rapport à
l’année 2012.
Prélèvements Pulmonaire ORL LCR Urétral Sperme
40 21 1 2 2
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
34 | P a g e
2.2.4 Salmonella / Shigella
- Aucune Shigella n’a été isolée en 2013
- Nous avons isolé 30 souches de Salmonella
Prélèvements Coproculture Hémoculture Urines
18 10 2
Le profil antibiotique des Salmonelles est généralement de phénotype sauvage, quelques
pénicillinases de bas niveau et 1 salmonelle BLSE ont été retrouvés
2.2.5 Neisseria gonorroheae
Sept souches ont été détectées dans les prélèvements urétraux.
2.2.6 Cryptococcus neoformans
Cryptococcus néoformans responsable de méningite chez les patients immuno-déprimés et notamment
HIV positifs, a été isolé de 11 LCR.
- Mise en évidence à l’examen direct
- Mise en évidence par agglutination sur particules de latex.
2.3 Evolution des Bactéries Multi Résistantes (BMR) sur 6 ans à l’IPC
2.3.1 Définition des BMR
1°) Entérobactéries BLSE
2°) Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline
3°) Enteroccocus résistant à la vancomycine
4°) Pseudomonas aeruginosa :
Multirésistant : résistant ou intermédiaire à l’imipénème, la ceftazidime et la ciprofloxacine
Ultrarésistant : juste sensible à la colistine +/- fosfomycine
5°) Acinetobacter baumanii BMR : résistant à l’imipénème OU ne restant sensible qu’à l’imipénème
6°) Carbapénémases
2.3.2 Suivi évolutif des BMR
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
35 | P a g e
1°) Entérobactéries BLSE
2013 BLSE %
E. coli 263 45 10,92
P. mirabilis 5 0 0
Salmonella spp 2 0 0
Shigella spp 1 0 0
K. pneumoniae 110 19 4,61
Enterobacter spp 30 7 1,70
M. morganii 1 0 0
TOTAL 412 71
2°) Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline
3°) Enteroccocus résistant à la vancomycine
Aucun
4°) Pseudomonas aeruginosa résistant
020406080
100120140160180200220240
2008 2009 2010 2011 2012 2013
Total S. aureus
MRSA %
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
36 | P a g e
5°) Acinetobacter baumanii
Notre taux d’Acinetobacter baumanii résistant à l’imipénème est très largement inférieur à celui retrouvé
en Asie, 16,70 % à l’IPC contre 59, 80 % en Asie (données de 2009).
6°) Aucune carbapénémase mise en évidence.
2.3.3 Conclusion
La plupart de nos bactéries multirésistantes sont isolées de patients infectés, il serait important de pouvoir
avoir des données sur le portage, en effet la méconnaissance du portage augmente le risque de diffusion
des bactéries multirésistantes.
0
10
20
30
40
50
60
70
80
2008 2009 2010 2011 2012 2013
Total of strains
PAR %
2008 2009 2010 2011 2012 2013
Total 30 51 12 5 9 12
Résistant à l'imipénème 3 4 2 3 5 2
0
10
20
30
40
50
60
No
mb
re d
e s
ou
che
s
Evolution de la résistance à l'imipénème des Acinetobacter baumannii
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
37 | P a g e
- Les entérobactéries BLSE sont stables d’une année sur l’autre, essentiellement des E. coli
(10,90%) et Klebsiella pneumoniae (4.60 %). Ces taux sont inférieurs à ceux retrouvés en Asie
Bactéries Vietnam Chine Malaisie Hong-Kong
E. coli 60 % 67 % 24 % 34 %
Klebsiella pneumoniae 54 % 61 % 36 % 11 %
- Les SARM sont eux en augmentation (42.5%), mais nous restons en-dessous des taux décrits en
Asie (25,50 % de portage et 67 % associé à des infections intercurrentes).
- Les résistances à l’imipénème sont encore assez rares.
- Nous n’avons pas mis en évidence de carbapénémase.
- Les origines des BMR montrent qu’elles proviennent essentiellement de prélèvements
communautaires.
2.4 Diminution de sensibilité de certaines bactéries
2.4.1 Pneumocoques : sensibilité diminuée aux pénicillines
On classe les souches de S. pneumoniae dans les catégories sensible, intermédiaire ou résistante à la
pénicilline en fonction de leurs concentrations minimales inhibitrices (CMI) pour cet antibiotique. Selon
le Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA/SFM), une souche est
considérée comme sensible à la pénicilline G si sa CMI est inférieure ou égale à 0,06 mg/l, intermédiaire
si elle se situe entre 0,07 et 2 mg/l, et résistante si la CMI est supérieure à 2 mg/l. Pour l'amoxicilline et
les céphalosporines de 3e génération, le CA/SFM considère qu'une souche est sensible si la CMI de
l'antibiotique est inférieure ou égale à 0,5 mg/l, intermédiaire entre 0,5 et 2 mg/l et résistante si la CMI est
strictement supérieure à 2 mg/l.
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
38 | P a g e
Le taux de Pneumocoques de sensibilité diminuée aux pénicillines est stable, variant entre 75 et 85 %.
- Actuellement, des souches de PSDP sont signalées dans le monde entier, avec des incidences très
variables selon les pays. Les taux les plus bas (< 5 %) sont trouvés principalement en Norvège, en Suède,
en Hollande, en Allemagne, en Italie, en Inde. Viennent ensuite la Finlande, la Grande-Bretagne, la Suisse
et l'Autriche avec 5 à 10 % de résistance, puis le Canada, l'Islande et une partie de l'Australie qui
comptent 10 à 25 % de résistance. Des taux plus importants (> 25 %) sont observés en Espagne, au
Portugal, en France, aux États-Unis et en Afrique du Sud, les taux en Asie sont très supérieurs à ceux
rencontrés dans le reste du monde.
- Nous sommes largement au-dessus des taux rencontrés en Europe, les taux retrouvés en Asie sont
à 54 % et 71 % au Vietnam.
Au Cambodge, le principal facteur de risque d'acquisition de souches résistantes aux bêta-lactamines est
l'utilisation « sauvage » et inappropriée (cures itératives ou à titre prophylactique) d’antibiotiques,
notamment les bêta-lactamines mais aussi le cotrimoxazole.
2008
2009
2010
2011
2012
2013
6 ans
Pneumocoques totaux 23 14 5 7 8 51 108
PSDP (Résistants à l'oxacilline) 16 12 4 6 6 34 78
0
20
40
60
80
100
120
No
mb
re d
e s
ou
che
s
Evolution sur 6 ans des pneumocoques de sensibilité
diminuée aux pénicillines
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
39 | P a g e
2.4.2 Haemophilus influenzae
Le taux de résistance est stable depuis 2010, aux alentours de 50 %, ce qui s’approche des taux de
résistance décrits dans le reste du monde entre 20 et 40 %.
2.4.3 Burkholderia pseudomallei
2008 2009 2010 2011 2012 2013
Intermédiaire 8 7 6 1 2 1
Résistant 32 17 24 4 5 6
Sensible 46 36 18 2 3 6
05
101520253035404550
No
mb
re d
e s
ou
che
sEvolution de la résistance aux B-lactamines
2008 2009 2010 2011 2012 2013
Intermédiaire 4 3 2 0 0 0
Résistant 6 7 10 1 7 0
Sensible 39 11 1 0 2 5
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
No
mb
re d
e s
ou
che
s
Evaluation de la résistance à l'augmentin
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
40 | P a g e
2.4.4 Neisseria gonorrhae
Le gonocoque est généralement sensible aux antibiotiques mais apparaissent des souches productrices de
bétalactamase et des souches résistantes aux cyclines.
- Les 7 gonocoques isolés étaient porteurs d’une Pénicillinase, mais restaient sensibles aux
céphalosporines de 3ème
génération
- Cinq sur sept présentaient une résistance aux tétracyclines.
3 PLATEFORME DE BIOLOGIE MOLECULAIRE
3.1 Charges virales
Analyses Total Nb Détecté % Détecté
Charge Virale HBV 213 191 90%
Charge Virale HCV 207 115 56%
Charge Virale HIV 1229 390 32%
Les charges virales sont réalisées par 2 techniques différentes suivant la quantité de plasma reçu au
laboratoire : Cobas Taqman/Amplipred (ROCHE) ou technique BIOCENTRIC, quand la quantité de
plasma est inférieur à 500 µL.
- Charges virales analysées par COBAS : 533
- Charges virales analys&ées par BIOCENTRIC : 696
2008 2009 2010 2011 2012 2013
Intermédiaire 0 0 0 0 0 0
Résistant 1 0 0 0 0 0
Sensible 48 21 13 1 9 5
0
10
20
30
40
50
60
No
mb
re d
e s
ou
che
s
Evolution de la résistance à la ceftazidime
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
41 | P a g e
3.2 Analyses des mutations
Jan Feb Mar Avr Mai Juin Juillet Août Sep Oct Nov Dec Total
HDR1 5 5 1 3 5 9 5 6 6 3 3 3 54
HDR2 0 7 5 1 27 37 10 0 0 2 0 3 92
HDR3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 6
Total 9 12 6 4 32 46 15 6 6 6 3 7 152
3.3 Génotypage HCV
Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec Total
NS5 1 4 2 4 2 3 1 3 2 1 0 2 25
Sur les 115 charges virales détectées positives, uniquement 25 ont été génotypées, alors que le génotype
est un critère important de la mise en route du traitement.
3.4 Test génétique d’identification des Mycobactéries
3.4.1 Ensemble des souches
Codes Analyses Nombre : 586 souches Pourcentage
Identification Mycobacterium atypique
CM : commonMycobacteria 133 22,70 %
AS : AdditionnalSpecies 17 2,90 %
Différenciation du complexe Mycobacteriumtuberculosis
MTBC 2 0,34 %
Identification du complexe Mycobacterium tuberculosis et des Résistances IHN et RIF
MTBDRplus 39 6,65 %
Identification du complexe Mycobacteriumtuberculosiset des Résistances aux fluoroquinolones
aux amino-peptides cycliques et à l’EMB
MTBDRsl 10 1,70 %
Identification du complexe Mycobacterium tuberculosis et de la Résistance à RIF
GENEXPERT 385 65,70 %
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
42 | P a g e
3.4.2 Mycobactéries atypiques
3.5 Projet IMMI
Recherche de Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumonaie, Légionella pneumophila et Legionella sp par
PCR en temps réel
Recherche Pré-nasopharyngé Pré-expectoration Nb positif
Chlamydia pneumoniae
115 6 0 Mycoplasma pneumonaie
Légionella pneumophila
Total 121
3.6 Projet Méningo-encéphalite
536 LCR ont été analysés à la recherche de S.suis, S.pneumoniae, N.meningitidis, et H. influenzae par PCR
en temps réel :
Identification Mycobactéries atypiques Nombre %
M. abscessus 19 10
M. asiaticum 2 1
M. avium 2 1
M. avium et M. intracellulaire 1 1
M. fortuitum 44 22
M. fortuitum et M. intracellulaire 1 1
M. gordonae 9 5
M. hemophilum 2 1
M. interjectum 4 2
M. intracellulaire 28 14
M. kansasii 3 2
M. scrofulaceum 14 7
M. simiae 4 2
M. spec 53 27
M. TB complex 2 1
M. ulcerans 1 1
Culture contaminée 8 4
Profil non interprétable 1 1
Total 198
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
43 | P a g e
Recherche Nombre testé sur
prélevement LCR
Nombre de
positif
S. suis
536
3
S. pneumoniae 16
N. meningitidis 2
H. influenzae 4
4 MYCOBACTERIOLOGIE
4.1 Ensemble des analyses réalisées (routine + recherche)
Analyses Total Examens Positifs En cours
Examen direct 1782 80 ----
Culture 1818 314 119
Subculture 805 571 2
Gene-Probe 458 300 5
4.2 Antibiogramme de 1ère
ligne réalisé (routine + recherche)
Cent quatre-vingt-dix antibiogrammes ont été réalisés dans le cadre de l’activité globale du service, dont 5
toujours en cours et 7 contaminés par des M. atypiques ou des bactéries
- 127 souches sont sensibles à tous les antibiotiques
- 30 souches présentaient une monorésistance
Isoniazide (INH) 18
Rifampicine (RIF) 1
Streptomycine (STR) 11
Etambutol (EMB) 0
- 17 souches présentaient16 souches présentaient une polyrésistance
INH+STR 6
RIF+STR 1
RIF+EMB 8
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
44 | P a g e
INH+STR+EMB 2
- 16 souches étaient multi-résistantes
INH+RIF 3
IN de H+RIF+STR 7
INH+RIF+STR+EMB 6
4.3 Antibiogramme de 2ème
ligne réalisé (routine + recherche)
Dix antibiogrammes de seconde ligne ont été réalisés dans le cadre de l’activité globale du service.
1°) Antituberculeux testés :
- Ofloxacine 0.2 µg/ml
- Amikacine 1.0 µg/ml
- Kanamycine 5.0 µg/ml
- Capréomycine 2.5 µg/ml
2°) Résultats :
- Sensibilité aux 4 antituberculeux : 9
- Résistance associée : AMK + KN + CAP : 1 (Cette souche est dite « Pré-XDR»
(Extensively drug-resistant). Elle est résistante aux INH, RIF et aux aminosides de
réserve y compris AMK, KN et CAP. La souche reste sensible aux STM, EMB et OFL.
4.4 Nombre de contamination
- Pourcentage de contamination des milieux Lowenstein-Jensen : 7.04 % (128/1818)
- Pourcentage de contamination MGIT : 1.54% (28/1818)
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
45 | P a g e
ACTIVITES DE RECHERCHE
1/ Microbiologie Médicale
Nom du projet Date de mise en
place Collaboration scientifique Financement
Méningo-Encephalite 2010 Unité Virologie de l’IPC - Hôpital Kuntha Bopha
Li Ka Shing Foundation- AVIESAN
ANRS 12229:
Improving diagnosis of
Tuberculosis in HIV infected
children in Asia
(PAANTHER)
2010
- National Pediatric Hospital,
- Angkor Hospital for Children,
- Unité Epidémiologie Santé Publique (IPC),
- Immunologie virale (IPC),
- Unité Hépatites / VIH (IPC)
- Laboratoire de Bactériologie-Virologie (CHRU Arnaud de Villeneuve)
Agence
Nationale de
Recherche sur le
Sida et les
Hépatites
Virales (ANRS)
IMMI : Factor associated with Severity of Influenza Virus including H1N1 2009 pandemic virus infection in Calmette hospital, Phnom Penh
2011 Unité Epidémiologie Santé Publique de l’IPC & Hôpital Calmette, Takeo
RIIP
AGISAR : an integrated surveillance study of antimicrobial resistance in salmonella subspecies, campylobacter spp, Escherichia coli and Enterococcus spp from pultry carcasses and Salmonella subspecies , campylobacter spp from inpatients of national pediatric hospital, Phnom Penh
2012 Laboratoire Microbiologie Alimentaire de l’IPC -Hôpital national Pédiatrique
WHO, FAO and RIIP
The phylogeography of Shigella spp. in Southeast Asia
2013-2014 AFRIM-OCRU Wellcome Trust
CHARLI: Children Antibiotic Resistant infections in Low
En cours de réalisation
IP Paris, Unité Epidémiologie Santé Publique de l’IPC & Hôpital Kp
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
46 | P a g e
Income countries: an international cohort study
Speu ?
BMR : Overview of AMR in Cambodian Hospital
En cours de réalisation
Hôpital Calmette ?
2/ Biologie Sanguine
Nom du projet Date de mise en
place Collaboration scientifique Financement
ANRS 12229:
Improving diagnosis of
Tuberculosis in HIV infected
children in Asia (PAANTHER)
2010
- National Pediatric Hospital,
- Angkor Hospital for Children,
- Unité Epidémiologie Santé Publique (IPC),
- Immunologie virale (IPC),
- Unité Hépatites / VIH (IPC)
- Laboratoire de Bactériologie-Virologie (CHRU Arnaud de Villeneuve)
Agence Nationale
de Recherche sur le
Sida et les
Hépatites Virales
(ANRS)
IMMI : Factor associated with Severity of Influenza Virus including H1N1 2009 pandemic virus infection in Calmette hospital, Phnom Penh
2011 Unité Epidémiologie Santé Publique de l’IPC & Hôpital Calmette, Takeo
RIIP
TIV: Test in vitro Unité Epidémiologie moléculaire de l’IPC
Dr. Didier MENARD
OMS : Assessing the safety of weekly administered primaquine in vivax malaria infected Cambodians
2013
Unité Epidémiologie
moléculaire de l’IPC
Dr. Didier MENARD +
Dr. Bob Taylor
National Center for
Parasitology,
Entomology and
Malaria Control,
Phnom Penh,
Cambodia.
RDT 2013
Unité Epidémiologie moléculaire de l’IPC
Dr. Didier MENARD
IRD 2013
Dr. Frank T. Wieringa OMS?
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
47 | P a g e
3) Mycobactériologie
Nom du projet Date de mise en
place Collaboration scientifique Financement
Comparative performance study of
LoopampTM
MTBC Detection Kit
for Rapid Detection of Complex
Mycobacterium tuberculosis in
pulmonary specimens
2013 National Centre for TB and Leprosy Control (CENAT)
Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND)
ANRS 12278: Effect of
Mycobacterium tuberculosis
genetics on clinical outcomes of
HIV/tuberculosis co-infected adults
enrolled in the CAMELIA (ANRS
1295/CIPRA KH001) trial
2013
- Unité d’Epidemiologie et de
Santé Publique
- Département de
Bactériologie-Virologie (INSERM U1058)
Agence Nationale
de Recherche sur le
Sida et les
Hépatites Virales
(ANRS)
Jeunes Equipes AIRD (JEAI):
Molecular Epidemiology of
Tuberculosis in Southeast Asia
(Vietnam, Laos and Cambodia)
2012 (durée
prévisible 3 ans)
- National Institute of Hygiene and Epidemiology (Vietnam)
- Centre d'Infectiologie Christophe Mérieux du Laos
Maladies
Infectieuses et
Vecteurs: Ecologie,
Génétique,
Evolution et
Contrôle
(MIVEGEC-IRD)
Project pilot: Mycobacterium bovis
in cattle in Cambodia
2012
Département de Bactériologie-
Virologie (INSERM U1058)
INSERM and
French Agricultural
Research Centre for
International
Development
(CIRAD)
Non-Tuberculosis Mycobacterium
infections in a Referral
Tuberculosis treatment centre in
Cambodia: Clinical,
epidemiological and therapeutic
aspects
2012
- Institut de Médecine Tropical
(Belgique)
- Département de
Bactériologie-Virologie (INSERM U1058)
Médecins Sans
Frontières - France
Comparative performance of
LoopampTM
MTBC Detection Kit
to Detect Complex Mycobacterium
tuberculosis in frozen specimens
2012 -
IPC
ANRS 12229:
Improving diagnosis of
Tuberculosis in HIV infected
children in Asia (PAANTHER)
2010
- National Pediatric Hospital,
- Angkor Hospital for Children,
- Unité Epidémiologie Santé Publique (IPC),
- Immunologie virale (IPC),
- Unité Hépatites / VIH (IPC)
Agence Nationale
de Recherche sur le
Sida et les
Hépatites Virales
(ANRS)
Unité de Biologie Médicale, Rapport d’Activité 2013
48 | P a g e
- Laboratoire de Bactériologie-Virologie (CHRU Arnaud de Villeneuve)
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