8/2/2019 nomenclatura mutatii
1/31
Ghid de nomenclatur
genicGuidelines for Human Gene NomenclatureHester M. Wain, Elspeth A. Bruford, et al
HUGO Gene Nomenclature Committee,
http://www.idealibrary.com
8/2/2019 nomenclatura mutatii
2/31
Intoducere
Gena segm. ADN ce contribuie la un anumitfenotip/funcie Funcie necunoscut gena se caracterizeaz prin
secven, transcriere sau omologieLocus punct genomial, identificat cu ajutorulunui marker, ce poate fi localizat
Nu corespunde neaprat unei gene
Regiune cromozomial regiune genomicasociat cu un anumit fenotip/sindrom Ex ANCR
8/2/2019 nomenclatura mutatii
3/31
Nomenclatura genic
1. Fiecare simbol genic trebuie s fie unic.2. Simbolurile reprezint abrevieri sau prescurtri
ale genei.
3. Simbolurile vor conine numai litere latine icifre arabice4. Nu se folosesc semne de punctuaie.5. Nici un simbol nu se va termina cu litera G de
la gene.6. Simbolurile nu vor conine referine la o anumit
specie, de exemplu- H/h ptr human.
8/2/2019 nomenclatura mutatii
4/31
Nomenclatura genic
Caracterul iniial va fi ntotdeauna o liter
Toate caracterele se scriu n aceiai linie
Se evit referirile la: Specifictatea tisular
Greutatea molecular
Localizarea cromozomial
8/2/2019 nomenclatura mutatii
5/31
Exemple
Gene implicate n boli monogenice ex. BBS1"Bardet-Biedl syndrome 1".
Gene neidentificate-asociate cu un marker-
implicate n BMF ex. IDDM6"insulin-dependent diabetes mellitus 6Segm. ADN clonate cu funcie descris -COX8"cytochrome c oxidase subunit VIII".
Pseudogenes ex. IL9RP1 "interleukin 9receptor pseudogene 1".
8/2/2019 nomenclatura mutatii
6/31
Exemple
Gene codificate pe catena opus antisens-suprapus pe o gen cunoscut ex. IGF2AS"insulin-like growth factor 2, antisense".Segmente funcionale ADN transcrise dar
netranslatate ex. XIST "X (inactive)-specifictranscript".Gene deduse din aspectul fenotipic celular ex.LOH18CR1 "loss of heterozygosity, 18,chromosomal region 1Gene cu funcie necunoscut dar care prezintsecvene similare ex.FAM7A1 "family withsequence similarity 7, member A1" etc.
8/2/2019 nomenclatura mutatii
7/31
Caracter /simbol Semnificaie
AS antisense
AP Protein asociat
BP Protein de legare
C catalitic
FAM Familie de gene cu secv similare
N sau IN inhibitor
L like
LOH Pierderea heterozigozitiiMT sau M mitocondrial
OS Catena opus
P pseudogen
8/2/2019 nomenclatura mutatii
8/31
Simboluri genice n publicaii
Se scriu cu majuscule i italice genele ialelele
Se precizeaz:(mRNA)RP1
(gDNA) RP1
(cDNA) RP1
Fonturi standard - simbolurile ptr proteine
8/2/2019 nomenclatura mutatii
9/31
Segmentele ADN
Simbolurile pot fi obinute din baze de date(Genome Database)Sunt alctuite din 5 pri ex DXS9877E
1.
D ptr ADN2. 0,1,2, ...X,Y, XY -ptr cromozomi
0 segm cr. necunoscutXY reg pseudoautozomal
3. S -secv unice, Z secv repetitive pe acelaicromozom sau F familii de gene
4. Numr unic5. E- pentru secv exprimate
8/2/2019 nomenclatura mutatii
10/31
Notarea mutaiilor genice
8/2/2019 nomenclatura mutatii
11/31
Scurt istoric i surse bibliografice
Prima ncercare, primele articole publicateBeaudet AL i Tsui LCrespectiv Beutler E 1993
Consens actual - den Dunnen i Antonarakis: Mutation nomenclatureextensions and suggestions to describe complex mutations: a
discussion. Human Mutation 2000:15: 7-12http://www.hgvs.org/mutnomen/
Discuii, mbuntiri continue a recomandrilor curenteSugestiile sunt bine-venite la:
J.T.den_Dunnen @ LUMC.nl
Stylianos.Antonarakis @ medecine.unige.ch
http://www.hgvs.org/mutnomen/http://www.hgvs.org/mutnomen/8/2/2019 nomenclatura mutatii
12/31
Mutaie i polimorfism
Definiii inechivoce, noiuni diferit interpretate: polimorfism
Modificare care nu cauzeaz boal sauO modificare care se ntlnete cu o frecven de 1%
n populaie mutaie
Modificare cauzatoare de boal sauOrice modificare
Pentru a preveni confuzia, se recomand folosirea unor termenineutri: "sequence variantvariant de secven "allelic variantvariant alelic
8/2/2019 nomenclatura mutatii
13/31
Principii fundamentale
Se recomand descrirea variantelor la nivel bazal, deci la nivel de ADN
Descrierea trebuie s se bazeze pe o secven de referin de ADNgenomic sau codant (RefSeq database)
Se vor folosi numai simbolurile oficiale acceptate de HGCN
Detaliile modificrii trebuie precedate de simbolul nivelului descris: "c."pentru secvena de ADN codant (de ex.: c.76A>T) "g.pentru secvena genomic (de ex.: g.476A>T) "m."pentru secvene mitocondriale (de ex.: m.8993T>C) "r."pentru secvena de ARN (de ex.: r.76a>u) "p."pentru secvene proteice (de ex.: p.Lys76Asn)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
14/31
Pentru a evita confuziile, descrierile variantelor la nivel de ADN, ARN iproteine sunt unice:
ADN: notarea nucleotidelor cu majusculeNumrul primului nucleotid modificatSimbolul mutaieiDe ex. c.76A>T or g.476A>T
RNA: notarea nucleotidelor cu litere miciNumrul primului nucleotid modificatSimbolul mutaieiDe ex. r.76a>u
Protein: notarea aminoacizilor cu simboluri de trei literencepnd cu o majuscul
Numrul poziiei aminoacidului modificat
Simbolul mutaieiAminoacidul modificatDe ex. Pro12Ala
8/2/2019 nomenclatura mutatii
15/31
Numerotarea nucleotidelorADN codant:
Exoni:
Nu exist nucelotid 0Nucleotidul 1 codific A din codonul START
Introni:La nceputul intronului, jumtatea situat in amonte:
numrul ultimului nucleotid din exonul precedent urmat de semnul + i poziia nintroni al nucleotidului descris
De ex.: c.77+1GLa sfritul intronului, jumtatea situat n aval:
numrul primului nucleotid al exonului urmtor, urmat de un semn minus i poziian aval n intron al nucleotidului descris
De ex.: c.78-1G
Secvene genice netranscrise:Nucleotidele situate nainte de codonul START, n amonte de secvena codant captul 5
sunt numerotate ncepnd cu primul nucleotid situat cel mai aproape i folosindsemnul - (-1, -2, etc.)
Nucleotidele situate dup codonul STOP, n aval de secvena codant captul 3' sunt numerotate ncepnd cu primul nucleotid situat cel mai aproape i semnul *
(*1, *2, etc.)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
16/31
Numerotarea nucleotidelorADN genomic:
Numerotarea nucleotidelor este arbitrar
Se ncepe cu 1 la nivelul primului nucleotid
din secvena din baza de date de referin,care trebuie s includ toate nucelotideledin secvena genic inclusiv promotorul lacaptul 5'
Nu se folosesc semnele + sau -
8/2/2019 nomenclatura mutatii
17/31
Intervalul de nucleotide afectate este separat desemnul _(ntre primul i ultimul nucleotid modificat)
De ex.: c.76_78delACT
Dac nu se cunoate poziia exact a modificrii,intervalul presupus este citat n paranteze
De ex.: c.(67_70)insG
8/2/2019 nomenclatura mutatii
18/31
Substituii:
Se folosete semnul >
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. poziia nucleotidului susbtituit3. simbolul nucelotidului substituit
4. semnul >5. simbolul nucleotidului nou
Ex.
c.76A>C c.-14G>C
c.88+1G>T
c.89-2A>C
c.*46T>A
8/2/2019 nomenclatura mutatii
19/31
Deleii
Se folosete prescurtarea "del"
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Primul nucleotid pierdut
3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Ultimul nucleotid pierdut5. Prescurtarea del6. Eventual se poate aduga secvena nucleotidic pierdut
Exemple:
c.76_78del (c.76_78delACT)
c.88-?_923+?
c.(?_-30)_(*220_?)del
8/2/2019 nomenclatura mutatii
20/31
Duplicaii
Se folosete prescurtarea "dup"
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Primul nucleotid duplicat3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Ultimul nucleotid duplicat5. Prescurtarea dup6. Eventual se poate descrie secvena nucleotidic duplicat sau
numrul nucleotidelor duplicate
Exemple: c.77_79dup (sau c.77_79dupCTG sau c.77_79dup3)
c.5dupT (sau c.5dup)
c.(?_-30)_(*220_?)dup
8/2/2019 nomenclatura mutatii
21/31
Inserii
Se folosete prescurtarea ins"
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Primul nucleotid inserat
3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Ultimul nucleotid inserat5. Prescurtarea ins6. Eventual se poate aduga i secvena nucleotidic inserat sau
numrul nucleotidelor inserate
Exemple:
c.76_77insT
8/2/2019 nomenclatura mutatii
22/31
Del + Ins(indels)
Se folosete prescurtrile delins"
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea
2. Poziia primului nucleotid nlocuit prin deleie respectiv inserie3. Semnul _ pentru notarea intervalului deleiei4. Poziia ultimului nucleotid nlocuit prin deleie respectiv inserie5. Prescurtarea delins6. Nucleotidele inserate
Exemple:
c.112_117delinsTG (c.112_117delAGGTCAinsTG)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
23/31
Inversii
Se folosete prescurtarea inv"
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer descrierea2. Poziia primului nucleotid din secvena inversat3. Semnul _ pentru notarea intervalului4. Poziia ultimului nucleotid din secvena inversat5. Prescurtarea inv6. Eventual se poate aduga lungimea secvenei inversate
Exemplu:
c.203_506inv (sau 203_506inv304)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
24/31
Variabilitatea secvenelor repetitive:
Ordinea descrierii modificrii:1. c. sau g. pentru nivelul de ADN la care se refer
descrierea2. Poziia primului nucleotid din secvena repetitiv3. Unitatea secvenei nucleotidice repetate4. n parantez rotund intervalul valorii repetiiilor cu celedou valori limit separate de semnul _
De exemplu:
c.123+74TG(3_6)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
25/31
Alte variante:
Conversii: con
Descrierea translocaiilor la nivel molecular descrierea citogenetic urmat de descrierea poziiei
punctelor de ruptur conform unei secvene de referin(Genbank, EMBL, DDJB)
De exemplu:t(X;4)(p21.2;q35)(c.857+101_857+102)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
26/31
Mai multe variante la aceeai persoan:
Dou secvene modificate n alele diferite enumerare nparanteze drepte diferite separate de semnul + De ex.: c.[76A>C]+[87delG]
Dou secvene modificate n aceeai alel enumerare
ntr-o singur parantez i separare cu semnul ; De ex: c.[76A>C; 83G>C]
Mozaicism enumerare ntr-o singur parantez iseparare cu semnul , c.[=, 83G>C]
8/2/2019 nomenclatura mutatii
27/31
Descrierea mutaiilor la nivel de protein
(secven de aminoacizi)
Se folosete prescurtarea "p." pentru indicarea nivelului descris (p- protein)
Se prefer utilizarea simbolurilor cu trei litere, prima liter fiind notat cumajuscule
X se folosete pentru notarea codonilor STOP
Numerotarea aminoacizilorindicarea poziiei variaiei: Primul aminoacid (Met) se numeroteaz cu +1 Secvena proteic se refer la produsul primar al translaiei Aminoacizii aprui n urma unor modificri care determin traducerea unor
secvene suplimentare n amonte se indic cu semnul (de ex. Gln-2,Thr-1) Aminoacizii rezultai din traducerea unor secvene intronice se indic cu
semnul + sau - n funcie de poziia exonului apropiat (de ex. Val4+1,Phe5-2)
Aminoacizii aprui n urma unor modificri care determin traducerea unorsecvene suplimentare n aval prin pierderea codonului STOP se indic cu
semnul * (de ex. Gln*1, Ser*2)
One letter Three letterAmino acid Possible codons
8/2/2019 nomenclatura mutatii
28/31
code codeAmino acid Possible codons
A Ala Alanine GCA, GCC, GCG, GCT
B Asx Asparagine or Aspartic acid AAC, AAT, GAC, GAT
C Cys Cysteine TGC, TGT
D Asp Aspartic acid GAC, GAT
E Glu Glutamic acid GAA, GAG
F Phe Phenylalanine TTC, TTT
G Gly Glycine GGA, GGC, GGG, GGT
H His Histidine CAC, CAT
I Ile Isoleucine ATA, ATC, ATT
K Lys Lysine AAA, AAG
L Leu Leucine CTA, CTC, CTG, CTT, TTA, TTG
M Met Methionine ATG
N Asn Asparagine AAC, AAT
P Pro Proline CCA, CCC, CCG, CCT
Q Gln Glutamine CAA, CAG
R Arg Arginine AGA, AGG, CGA, CGC, CGG, CGT
S Ser Serine AGC, AGT, TCA, TCC, TCG, TCT
T Thr Threonine ACA, ACC, ACG, ACT
V Val Valine GTA, GTC, GTG, GTT
W Trp Tryptophan TGG
X X stop codon TAA, TAG, TGA
Y Tyr Tyrosine TAC, TAT
Z Glx Glutamine or Glutamic acid CAA, CAG, GAA, GAG
8/2/2019 nomenclatura mutatii
29/31
Substituii: Mutaii cu sens greit : de ex. p.Trp26Cys Mutaii non-sens: p.Trp26X
Deleii: p.Lys2del
p.Cys28_Met30del
Duplicaii: p.GLy4_Gln6dup
Inserii p.Lys2_Met3insGlnSerLys
Variabilitatea secvenelor repetitive scurte p.Gln6(3_6)
8/2/2019 nomenclatura mutatii
30/31
Mutaii cu decalarea cadrului de citire(frame-shift )
Se folosete prescurtarea fsOrdinea descrierii modificrii:
1. p.2. Simbolul primului aminoacid care s-a modificat3. Poziia primului aminoacid modificat4. Fs
De exemplu:p.Arg97fs
Sause folosete versiunea "fsX(cu notarea poziiei noului codon STOP)Ordinea descrierii modificrii:
1. p.
2. Simbolul primului aminoacid vechi modificat3. Poziia primului aminoacid modificat4. Simbolul primului aminoacid nou5. fs6. X (codon STOP)7. Poziia codonului STOP
De exemplu:p.Arg97GlyfsX16
8/2/2019 nomenclatura mutatii
31/31
Mai multe variante la aceeai persoan:
Dou variante diferite pentru acelai locus - descrierea celor doualele n dou paranteze separate: [...] + [...]
p.[Ala25Thr]+[=]
p.[Ala25Thr]+[Ala25Thr]
p.[Ala25Thr]+[?]
Dou variante n aceeai alel descrierea celor dou variante naceeai parantez: [... ; ...]
p.[Ala25Thr;Gly28Val]
Top Related