1. Kenneth Devloo
Master Computerwetenschappen: Mens-machine communicatie
Promotors:
Prof. dr. ir. Philip Dutr
Prof. dr. ir. Abram Aertsen
Detecteren en tracken van bacterile cellen in time-lapse
opnames
2. Inhoud
2
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
3. Inhoud
3
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
4. Inleiding
4
Doel
Video en Uitdagingen
Bestaandetoepassingen
5. Inleiding: Doel
5
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van
eenpopulatiebacterilecellen
Nieuwalgoritme
Accuraat
Implementatie
6. Inleiding: Doel
6
Geautomatiseerdeen lineage opstellen van
eenpopulatiebacterilecellen
7. Inleiding: Video en uitdagingen
7
8. Inleiding: Bestaandetoepassingen
8
Cell Profiler
CellTracer
9. Inleiding: Bestaandetoepassingen
9
Cell Profiler
CellTracer
10. Inhoud
10
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
11. Algoritme
11
Preprocessing
Detectie
Beschrijving
Tracken en correctie van detectie
Correctie op segmentatie
12. Algoritme: Preprocessing
12
13. Algoritme: Detectie: Threshold
13
14. Algoritme: Detectie: Breedte
14
15. Algoritme: Detectie: Cellen
15
16. Algoritme: Beschrijving
16
17. Algoritme: Tracken
17
Voorbereiding
Driebouwblokken:
Matchen
Correctie op score
Correctie op detectie
18. Algoritme: Correctie
18
Restoratievanafeenskelet
Na tracking!
19. Inhoud
19
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
20. Implementatie
20
Technologie
Gebruikersinterface
21. Implementatie: Technologie
21
C++
OpenMP
Qt
Graphviz
Implementatie preprocessing
Portabel
Snel
22. Implementatie: Gebruikerinterface
22
Input, Detectie
23. Implementatie: Gebruikersinterface
23
Lineage, opties
24. Aanpak: Gebruikersinterface
24
25. Inhoud
25
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
26. Resultaten
26
Positief
Correct op gewonecellen
Robuusttegenkwaliteitsverlies
Hogeaccuraatheid
Snel op eenvoudigebeelden
Negatief
Sneluitbreidendepopulaties
Lange cellen
Populatiebuitenbeeld
Somsaanpassing parameter
27. Inhoud
27
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
28. Toekomstigwerk
28
Deel van het algoritme
Accurater op pixelniveau
Iteratiefdeel
Visualisatie
Lineage
Alternatieven
29. Inhoud
29
Inleiding
Algoritme
Implementatie
Resultaten
Toekomstigwerk
Besluit
30. Besluit
30
Doel: Geautomatiseerdeen lineage opstellen van
eenpopulatiebacterilecellen
Geslaagd
Accuraat
Volledigeimplementatie
31. Vragen?
31
32. Volledige lineage
32
33. Radiaal
33
34. 34
35. Skelet
35
36. 36
37. 37
38. 38
39. 39
40. 40
LOAD MORE