COVID-19 - Réponse de laboratoire dans les Amériques : leçons apprisesJairo Méndez-RicoRegional Advisor Viral DiseasesHealth Emergencies Department, PHEPAHO/WHO
Virtual meeting2 8 - 30 October 2019
Cas confirmés dans les Amériques27 octobre 2020
En Janvier 2020, l’agent étiologique de la maladie fut identifié comme étant un nouveau coronavirus [nom provisoire nouveau coronavirus 2019 (2019-nCoV)].
SARS-CoV-2: agent étiologique de la COVID-19
https://www.cdc.gov/media/dpk/diseases-and-conditions/coronavirus/coronavirus-2020.html
En Janvier 2020, l’agent étiologique de la maladie fut identifié comme étant un nouveau coronavirus [nom provisoire nouveau coronavirus 2019 (2019-nCoV)].
La séquence complète du génome montre qu’il s’agit d’un betacoronavirus, diffèrent du SARS-CoV et du MERS-CoV: Essentiel pour le développement des protocoles de détection et de diagnostic
INCIDENT MANAGERSylvain Aldighieri
DEPUTY INCIDENT MANAGERIan Stein
INFORMATION MANAGEMENTInbox mgmt: Noemi PoloKnowledge mgmt: Oscar Galan Website: Web team
PROJECT MANAGEMENTNatalie Tan
Angella Smith, Oscar Galan
ADMINISTRATION Valerie Valdivieso
General: Nicole Wynter, ADMHuman resources: ADM
OPERATIONAL SUPPORTLeonardo Hernandez
General: EOC teamLogistics: Jeronimo Venegas, EOCProcurement: Jordi Balleste
Team: PROMarkets: EOC, PRO
PAHO STAFF WELL-BEINGAnne-Gaelle SelodMental Health Unit
EPI SURVEILLANCE• IBS: Andrea VicariTeam: Flu team, Nathalie El Omeiri, Monica Alonso, Margherita Ghiselli• EBS: Enrique PerezTeam: HIM team, PrabhjotSingh, Antonio Sanhueza, Oscar Mujica
IPCJoao Toledo
Valeska StempliukRISK COMMUNICATIONS
Sebastian Oliel
Team: CMU, Sonia CaffeMental Health team: Arantxa Cayon Nieto
PUBLIC HEALTH & TRAVEL-RELATED MEASURES
Roberta AndraghettiTeam: Pablo Jimenez, Eldonna Boisson
27 March 2020
PARTNERSHIP Dionne Patz &
Nicolas Lagomarsino
Nicole Wynter
SPOKESPERSONSJarbas Barbosa, Marcos Espinal
LABORATORYJairo Mendez
Team: Lionel Gresh, Juliana Leite, Jean-Marc Gabastou, Aleida Domingo
MODELLING & FORECASTING
Ana RiviereTeam: Manuel Sanchez, Thais dos Santos, HIM team, Flu team, EIH team MEDIA RELATIONS
Ashley Baldwin
Team: CMU
CLINICAL MANAGEMENT Ludovic Reveiz
Joao Toledo, Sasha Peiris, Ludovic Reveiz, Mark Kortepeter
REORG. HEALTH SERVICES & MED. SURGEHernan Luque
Alex Camacho, Luis de la Fuente, Ludovic Reveiz, Pilar Ramon-Pardo, Soledad Urrutia, Maria Claudia Guzman, HSS/HR
PAHO/WHO Regional COVID-19 Incident Management Team
REGIONAL EMERGENCY DIRECTORCiro Ugarte
REGIONAL DIRECTORCarissa Etienne
ENABLING FUNCTIONSPUBLIC HEALTH
MEASURESRoberta Andraghetti
EPIDEMIC INTELLIGENCEEnrique Perez
STRENGTHEN HEALTH SYSAmalia del Riego
COMMUNICATIONLeticia Linn
STRATEGIC ANALYSISAndrea Vicari
MEDICINES & TECHAnalia Porras
Team: Ludovic Reveiz, Charlie Preston, Jose Luis Castro, Alexandre Lemgruber, HSS/MT
RESEARCH & DEVELOPMENTLudovic Reveiz, Analia Porras
WATER, SANITATION & HYGIENE
Ton VlugmanHenry Hernandez
MENTAL HEALTHAntony Duttine
Team: Mental Health Unit
COMMUNITY ENGAGEMENT
CMU Team
HOME CAREIPC & Clinical
Management Teams
RESOURCE MOBILIZATIONJulie Mauvernay
Regina Campa Sole, Vanessa Castillo, Mariana Faria, Oscar Galan, Nicolas Lagomarsino, Natalie Tan, Nicole Wynter
PLANNINGNicole Wynter
Maite Villen, Travis High, Andrea
Morales
32 Centres nationaux de la grippe (NIC)
Laboratoire de référence de l'OMS pour la COVID-19Laboratoire national de santé publique
• La réponse et la surveillance de laboratoire reposent sur les plateformes grippe et autre virus respiratoires (Réseau des NIC et laboratoires nationaux)
• Tous avec une expertise dans le prélèvement d'échantillons
• Tous avec des plate-forme moléculaires en place
Réponse de laboratoire de l’OPS
Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier
Réponse de laboratoire de l’OPS
Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier
7 missions pour la mise en oeuvre
Réponse de laboratoire de l’OPS
Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier
7 missions pour la mise en oeuvre
2 ateliers sous-régionaux pratiques: BRA and MEX (18 pays)
Réponse de laboratoire de l’OPS
Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier
7 missions pour la mise en oeuvre
2 ateliers sous-régionaux pratiques: BRA and MEX (18 pays)
Jan 27 Fév 2129 pays avec réactifs disponibles et
protocole de détection mis en œuvre
Actuellement, les NIC et laboratoires nationaux de santé publique dans 35 pays ont la capacité de détection
32 Centres nationaux de la grippe (NIC)
Laboratoire de référence de l'OMS pour la COVID-19Laboratoire national de santé publique
• 40 laboratoires dans 35 pays ont participé
• 38 laboratoire: score de 5 sur 5• 1 laboratoire: score de 4 sur 5• 1 laboratoire: score de 3 sur 5
Certaines régions sous-représentées en termes de données
D’autres régions sur-représentées
18 pays participants (dans toutes les sous-régions):
• Amérique du Nord : Mexique• Caraïbes : Bahamas, Barbade, Haïti et
Jamaïque• Amérique centrale : Costa Rica,
Guatemala et Honduras• Andes : Colombie, Equateur, Pérou et
Venezuela• Cône Sud : Argentine, Bolivie, Brésil, Chili,
Paraguay et Uruguay
Objectifs principaux:• Etablir et renforcer un réseau de surveillance génomique COVID-19 dans la Région
des Amériques• Contribuer à rendre disponibles plus de données de séquençage génétique provenant
des pays d'Amérique latine et des Caraïbes.Résultats attendus:• Plus de données de séquençage génétique du SARS-CoV-2 circulant dans la Région
des Amériques disponibles afin de soutenir le développement de protocoles de diagnostic, et le développement de vaccins et d'antiviraux.
• Analyse phylogénétique pour mieux comprendre l'évolution génétique et l'épidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2.
• Renforcement de la capacité de réponse des laboratoires des pays participants.• Analyse régionale avec métadonnées pour sa diffusion à travers la communauté
scientifique.• Réseau régional de surveillance génomique du SARS-CoV-2.
EchantillonsSéquençagein situ
Envoi Publication rapide des données de séquençage
• Il existe un réseau de laboratoires (NIC) très solide dans la région de l'OPS; avantage pour la réponse COVID-19– Echantillonnage
– Capacite moléculaire / interprétation
– Assurance qualité et biosécurité
• Néanmoins, les laboratoires ont été surchargés et la capacité est devenue insuffisante– Réponse centralisée
– Retard dans les tests / augmentation des délais
– Manque de matériel (pénurie mondiale)
– La surveillance des autres agents pathogènes a été impactée
• Il y avait trop d’avis en même temps ... Et pas de stratégie de test globale claire / homogène
Défis et leçons apprises
• La décentralisation doit être une priorité (tests virologiques)– Renforcement des réseaux nationaux
• En raison des pénuries, nous avons dû «apprendre» à travailler autrement
• Nécessité de développer / mettre à jour les plans de contingence des laboratoires
• Les stratégies de test doivent être claires; les décisions doivent être coordonnées avec les laboratoires– Type de test (virologique vs sérologique)
– Quand et comment
– Interprétation…
Défis et leçons apprises
• Il reste encore beaucoup à apprendre…– Echantillons alternatifs
– Réponse immunitaire
– Coinfections / Réinfections
– Vaccins
• Sommes-nous prêts à passer à une surveillance intégrée de laboratoire de la grippe et la COVID-19 en routine…?– Transition prudente et progressive
– Algorithmes de laboratoire clairs
– Etudes pilotes pour mieux tester la mise en œuvre
Défis et leçons apprises
OPS Influenza: http://www.paho.org/influenza
OPS FluNet: http://ais.paho.org/phip/viz/ed_flu.asp
OPS FluID: http://ais.paho.org/phip/viz/flumart2015.as
Rapports régionaux grippe: http://www.paho.org/influenzareport
Réseau Infections respiratoires aiguës sévères – SARInet: http://www.sarinet.org
Merci !