1
ÖDEV YAZIM KILAVUZU
GİRİŞ
Yozgat Bozok Üniversitesi Eğitim Fakültesi, Matematik ve Fen Bilimleri Bölümü
Fen Bilgisi Eğitimi Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Murat Çavuş tarafından verilen
ödevler bu kılavuzda örneklerle belirtildiği kurallara göre yazılır. Belirtilen
kurallara uygun yazılmamış ödevler kabul edilmez.
GENEL YAZIM KURALLARI
Öğrenci ödevinin raporunun, slaytının (Bir sayfada 4 adet slayt yer almalıdır.) ve
sorularının çıktılarını lazer ya da mürekkep püskürtmeli yazıcıdan alır.
Hazırlanan ödevin hiç bir bölümünde el (veya daktilo) ile yapılan düzeltmeler,
silintiler, kazıntılar kabul edilmez. Çalışmada yer alan tablolar, şekiller ve
denklemleri ile diğer matematiksel anlatımlar bilgisayar ortamında oluşturulur.
Raporun dış kapağı ekte verilen formata uygun olarak hazırlanır. Bu kapağın
üzerine başkaca birşey yazılmaz. Dış kapaktan sonra onay sayfası mutlaka yer
almalıdır.
KULLANILACAK KAĞIT
Bitirme ödevi A4 standardında (21 x 29.7 cm) beyaz birinci hamur (70-100 g/m2)
kalitesindeki kağıda ve kağıdın bir yüzüne yazılacaktır. Standart A4 boyutuna
sığmayacak olan haritalar ve şekiller katlanarak çalışmanın arka iç kapağına
konacak bir şeffaf poşete yerleştirilecektir. Yazıda hiçbir düzeltme izi
görülmemelidir. Örneğin, fotokopi yoluyla çoğaltma yapıldığında en uygun
tonlama seçilmeli, lekeler önlenmelidir. Fotoğraf veya renkli şekillerin tarayıcı
(scanner) ile bilgisayar ortamına alınarak çoğaltılması önerilir.
2
YAZI KARAKTERİ VE NİTELİĞİ
Ödevde yazım boyunca tek tip yazı karakteri ve boyutu kullanılmalıdır. Önerilen
yazı tipi Cambria ve Times New Roman “12 pt (punto) yazı boyutunda”, yazı
karakteri kullanılmalıdır. Harf büyüklüğü, tablo ve şekil içinde zorunlu olunduğu
durumlarda 8 pt yazı boyutuna kadar küçültülebilir. Dipnotlar için 10 pt yazı
karakter boyutu kullanılır.
Yazım dik ve normal harflerle yazılır, koyu (bold) harfler sadece başlıklarda
kullanılır. Virgülden ve noktadan sonra bir karakter boşluk bırakılır. Kesme
işaretinden (’) sonra boşluk bırakılmaz. Ayrıca nokta, virgül, noktalı virgül,
üstüste iki nokta, ayırma işareti ilgili kelimenin hemen ardından boşluk
bırakılmadan konur. İki noktadan sonra bir açıklama beklenirken, noktalı virgül
ise iki ayrı fikri bağlar. Bu kuralların önemle izlenmesi gerekir. Cümle sonunda
eğer parantez içinde bir anlatım veriliyorsa, nokta parantezden sonra konur
(örneğin burada olduğu gibi). Cümleye sayısal karakter ile başlanmaz. Örneğin
“10 ile çarpılıp g/L cinsinden çamurun yoğunluğu belirlenir” yerine “çamurun
yoğunluğu 10 ile çarpılıp g/L cinsinden belirlenir” olarak yazılmalıdır.
SAYFA DÜZENİ
Bitirme ödevinde, sayfanın sol kenarından 4 cm, sağ kenarından 2,5 cm, üst ve alt
kenarlardan ise 3 cm boşluk bırakılmalıdır (Şekil 1’e bakınız). Dipnotlar, tablolar,
şekiller ile A4 boyutuna katlanan şekiller de bu sınırlar içinde kalmalıdır. Tüm
ilk sayfalarda (önsöz, içindekiler, özet, bölümler, kaynaklar, ekler v.b gibi)
başlıklar sayfanın üst kenarından 5 cm aşağıdan başlayacak şekilde yazılabilir.
Ödev baştan sona yazım boyunca yasla (iki yana yaslı) şeklinde yazılmalıdır. Ödev
yazımında satır sonuna sığmayan kelimede kesme yapılmaz.
3
SATIR ARALIKLARI VE DÜZENİ
Ödevde satırlar 1,5 pt aralıkla düzenlenmelidir. Ayrıca “Kaynaklar”, “Ek”
bölümlerindeki yazımlar, esas yazımdaki tablo başlıkları ile şekillerin alt
açıklamaları ve dipnotlar ise 1 pt aralıkta yazılır. Bir alt bölüm başlığı altında en
az bir satırlık yazı boşluğu bulunmalıdır. Bölüm başlığı sayfa sonuna gelirse yeni
sayfaya geçilmesi gerekir. Başlıklı ana bölümler mutlaka yeni bir sayfadan
başlamalıdır.
Tek cümle bir paragraf oluşturamaz. Paragraf olması için birbiri ile ilişkili en az
iki cümlenin ardarda gelmesi gerekir. İlişkili cümleler bir paragraf oluştururlar.
Çalışmada paragraflardan önce ve sonra en az bir satır boşluk bırakılmalıdır. İki
paragraf arasına bir satır aralık boşluk bırakılır. Paragraf başının içerlek
yazılması ise önerilmez.
Şekil 1.1. Sayfa yazım düzenin şematik gösterimi. Çalışmada kullanılacak yazım alanın kenarlardan olan uzaklıkları gösterilmektedir.
3 cm
4 cm 2,5 cm
3 cm
sayfa no
Cil
t K
enarı
Bölüm Girişi
YAZIM
ALANI
1,3 cm
4
SAYFA NUMARALANDIRILMASI VE SIRASI
Ödevin tüm sayfaları numaralandırılmalıdır. Kapaklar numaralanmaz.
Çalışmanın başlangıç kısmı önsöz, içindekiler, özetin bulunduğu sayfalar küçük
romen rakkamları ile (i, ii,…) numaralandırılır. Çalışmada yer alan ilk sayfa olan
başlık sayfasına (i) yazılmaz.
Çalışmanın esas yazım kısmı ise giriş ile diğer bölümler, sonuç (lar) ve/veya
tartışma bölümü, kaynaklar, ekler, özgeçmiş sayfalarından oluşur. Çalışmanın bu
kısmı ise sayılarla (1, 2, …) numaralandırılır. Sayfa numaraları kağıdın üst
kenarından 1,3 cm aşağıda kalacak şekilde konulması önerilir (Şekil 1.1).
TABLOLAR VE ŞEKİLLER
Ödeve konulacak çeşitli bilgilerin veya sayısal verilerin düzenli satır/sütün
şeklinde verilmesine “Tablo”adı verilir. Tablo yerine bazı durumlarda “Çizelge”
tercih edilebilir; öğrenci danışmanıyla bu adlandırmaya karar verebilir. Her
tabloya bir numara verilir (Tablo 2.1). Numaradan sonra 1 nokta konur ve 1
boşluk bırakılarak ilgili açıklayıcı başlık Tablo 2.1’de görüldüğü gibi tablonun
üstüne yazılır. Tablo başlığı sayfa yazım alanı içinde tablo ile birlikte
ortalanmalıdır.
Tablo 2.1. Dalga biçimi dönüşümlerinde kullanılan kaynak hız yapıları (Taymaz ve diğ., 1991).
Hız Yapıları Vp
(km/s) Vs
(km/s) Yoğunluk (kg/m3)
Kalınlık (km)
Olay
A 6.00 6.80
3.45 3.92
2780 2910
10 yarı-uzay
1,2,5
Çalışmada yer alan her türlü resim, fotoğraf, grafik, harita, plan “Şekil” olarak
adlandırılır. Her şeklin bir numarası ve bir adı olmalıdır (örneğin “Şekil 2.2”).
5
Öğrencinin çalışmaya ne kadar hakim olduğunun bir göstergesi olarak şekillerin
kullanımı önemlidir. Ödevde yer alan tüm tablo ve şekillere çalışma yazılımı
içerisinde “atıf” yapılması zorunludur. Buna göre dikkat edilmesi gereken
hususlar öğrenciye yardımcı olacak şekilde aşağıda sıralanmıştır:
Tablo ve şekiller yazım içerisinde ilk değinildikleri sayfa ya da ona en yakın
sayfada sayfa düzeni esaslarına uymak şartı ile yerleştirilmelidir.
Tablo ve şekiller numaralanırken önce yer aldıkları bölüm numarasına daha
sonra da bölüm içerisindeki sırası yazılmalıdır. Örneğin, Tablo 2.1, Şekil 2.2;
Ekler içinde ise, Tablo A.1, Şekil A.1 gibi.
Çalışma içerisinde alıntı olan şekil ve tabloların tanımlayıcı yazılarında
kaynak belirtilerek atıfta bulunulur. Öğrenci çalışma sırasında alıntı bir şekil
veya tabloda değişiklik yapmışsa bu işlevi de belirtmelidir.
Her tablo (başlığı ile) ve şeklin (şekil alt yazısı ile) alt ve üstünden en az 2 satır
boşluk verilmesi metinden ayırdedilmesini kolaylaştırır.
Tablo başlığı istenirse ilk harf büyük şeklinde verilebilir (Tablo 2.2. Killerin
Fiziksel Özellikleri).
Birden fazla tablo veya şekil aynı sayfaya yerleştirilebilir. Çok sayıdaki tablo
veya şekiller gerektiğinde eklerde verilebilir.
MATEMATİKSEL ANLATIM: DENKLEMLER, BAĞINTILAR, FORMÜLLER
Tüm matematiksel anlatımlara ilgili bölüm içinde sıra ile numara verilir. Bu
numaralandırmada önce yer aldıkları bölüm numarası daha sonra da bölüm
içerisindeki sırası yazılmalıdır: (2.1), (2.2). Çalışmada verilen denklem veya
bağıntı bir satırdan uzun değilse, sayfa düzeni içinde ortalanarak yazılabilir;
numaralar sağa yaklaşık verilir. Ortalanmış kısa bir denklem örneği (2.1) ile
verilmektedir (Okay, 1995).
6
qs = qb1 − 4i2 erfc (𝑉√𝑡
2) (2.1)
Her türlü matematiksel anlatımla yazım arasında üstte ve altta birer boşluk
bırakılır.
İÇERİK BİLGİLERİ
Genel Bilgiler
Noktalama ve yazım için Türk Dil Kurumu Yazım Kılavuzuna ve Türkçe Sözlüğüne
uyulur. Tezde genellikle üçüncü şahıs kullanılmaya özen gösterilir. Tezde SI
birimleri kullanılır.
Bölümlerin İçerikleri
Kapak: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi
Onay Sayfası: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi
Özet: Ödevin hangi amaçla, nasıl yapıldığı, önemli ve özgün bulgularla
açıklanmalıdır. Ödev adı başlık olarak verilir.
Teşekkür: Ödevi destekleyen kişi, kurum vb.teşekkür edilir.
İçindekiler: Ödevde yer alan bölüm ve alt bölüm başlıklarının ve sayfa
numaralarının gösterildiği bölümdür.
Şekillerin Listesi: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi
Çizelgelerin Listesi: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi
Giriş: Ödevin tanıtımının yapıldığı bölümdür. Bu bölümde ödev konusu ve önemi
ile ödev bölümlerinin içerikleri hakkında bilgi verilir. Son paragrafta bu ödevde
yapılması düşünülen çalışmanın detayları belirtilir. En önemli bölümlerden bir
tanesidir.
Genel Kısımlar: Bu bölümde ödev konusu ile ilgili bugüne kadar yapılmış
çalışmalar geniş ve basit bir şekilde, kaynaklarda verilen kurallara uyularak
açıklanmalıdır.
7
Sonuç: Çalışma bulgularının değerlendirilmesi ile varılan sonuçlar mevcut
literatür bilgisi ile birlikte yorumlanır. Sonuçlar belirtilir. Çalışmanın
geliştirilmesi için ileride yapılcak araştırmalara yönelik önerilerde bulunulur.
Kaynaklar: Tezde kullanılan kaynaklar (kitap, makale, bildiri, vb.) belirtilir.
Ekler: Ödev çalışmasında kullanılan hesaplamalar, tablolar, şekiller metin içinde
akışı bölecek kadar çoksa bu bölümde yer alır. Ekler bölümü kendi içinde harflar
kullanılarak bölünebilir (Ek-A ve Ek-B şeklinde).
Özgeçmiş: Ödev yazar/yazarlarının özgeçmişi verilir.
Kaynaklar/Atıf
İyi ödevin bir özelliği de yazarın, okuyucuya kullanmış olduğu kaynakları veya
atıfta bulunduğu yazarları net bir şekilde gösterebilmesidir.
Metinde, Yazar adı cümlenin doğal bir parçası olarak kullanılmışsa yayın yılı parantez içinde belirtilir. Gürkaynak (2002) kimyasal çözeltiler üzerinde yapmış olduğu ... Yazar adı cümlenin doğal bir parçası olarak kullanılmamışsa yazar adı ve basım yılı parantez içinde verilir. En son çalışmalar (Pınar, 2003) uygulamanın ... İki yazarın bulunması durumunda her iki yazarın soyadı da kullanılır. Cinicioglu ve Keleşoğlu (1993) yumuşak dolgular üzerinde ... İkiden fazla yazar olması durumunda ilk yazarın soyadını “ve diğ.” ifadesi takip eder. Öztoprak ve diğ. (1999) tarafından öne sürülen ... Eğer aynı yazarın aynı yılda basılmış birden fazla yayını kullanılmışsa basım yıllarının sonuna alfabetik bir karakter ilave edilir. Bozbey ve diğ. (2003a) tarafından yapılan çalışmalar bu sonucu ... Eğer anonim bir kaynak kullanılmışsa “anon” ifadesi kullanılır. Son zamanlarda konuşulan gerçekler (Anon 1998, syf.153) ... Eğer yazarı belirsiz bir gazete yazısı kullanılacaksa gazete adı, basım yılı ve sayfa no belirtilir.
8
Bölgede görülen sel baskınları yapısal özellikleri etkilemektedir (Atlas 1998, syf.16) Kaynaklarda, Tez çalışmasında faydalanılan yayınlar yazar soyadlarına göre alfabetik
sırayla sıralanır. Yayının basıldığı derginin, kongre kitapçığının, kitabın vb. adı eğik (italik) olarak yazılır.
Kitap referansı için gösterim
Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Kitap adı, Yayınevi, Basım Yeri, ISBN. MERCER, P.A. ve SMITH, G., 1993, Private viewdata in the UK, 2nd ed., Longman,
London, 123-4567-890.
Dergilerdeki makaleler için gösterim Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Makalenin adı, Derginin Adı, Cilt no ve (bölüm
no), sayfa numaraları. EVANS, W.A., 1994, Approaches to intelligent information retrieval,
Information processing and management, 7 (2), 147-168.
Konferans bildirileri için gösterim Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Bildiri Adı, Konferans Kitapçığının Adı, Tarih
ve Kongre Yeri, Basım Yeri: Yayınevi, sayfa numaraları. SILVER, K., 1991, Electronic mail: the new way to communicate, 9th
International Online Information Meeting, 3-5 December 1990 London, Oxford: Learned Information, 323-330.
Tezler için gösterim
Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Tezin Adı, Yüksek Lisans/Doktora, Enstitü Adı.
AGUTTER, A.J., 1995, The linguistic significance of current British slang, Thesis (PhD), Edinburgh University.
Haritalar için gösterim
SOYADI, ADI., Yayın Yılı, Başlık, Ölçek, Basım Yeri:Yayınevi. MASON, James, 1832, Map of the countries lying between Spain and India, 1:8.000.000, London: Ordnance Survey.
Web sayfaları için gösterim
Yazarın SOYADI, ADI., Yıl, Başlık [online], (Edition), Yayın Yeri, Web adresi:URL [Ziyaret Tarihi].
HOLLAND, M., 2002, Guide to citing Internet sources [online], Poole, Bournemouth University, http://www.bournemouth.ac.uk/library/ using /
guide_to_citing_internet_sourc.html [Ziyaret Tarihi: 4 Kasım 2002].
TIPTA KULLANILAN GÖRÜNTÜLEME
TEKNİKLERİ
AD SOYAD1
AD SOYAD2
AD SOYAD3
AD SOYAD4
FİZİKTE ÖZEL KONULAR DERS RAPORU
YOZGAT BOZOK ÜNİVERSİTESİ
EĞİTİM FAKÜLTESİ
MATEMATİK VE FEN BİLİMLERİ BÖLÜMÜ
FEN BİLGİSİ EĞİTİMİ ANABİLİM DALI
EYLÜL 2018
YOZGAT
Ödev içindeki bütün bilgilerin etik davranış ve akademik kurallar çerçevesinde elde
edilerek sunulduğunu, ayrıca ödev yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu
çalışmada orijinal olmayan her türlü kaynağa eksiksiz atıf yapıldığını
bildiririm/bildiririz.
Öğrenci Ad SOYAD1 ..……………………….
Öğrenci Ad SOYAD2 ..……………………….
Öğrenci Ad SOYAD3 ..……………………….
Öğrenci Ad SOYAD4 ..……………………….
Öğrenci Ad SOYAD1, Öğrenci Ad SOYAD2, Öğrenci Ad SOYAD3, Öğrenci Ad
SOYAD4 tarafından hazırlanan “TIPTA KULLANILAN GÖRÜNTÜLEME
TEKNİKLERİ” adlı bu ödevin uygunluğunu onaylarım.
Dr. Öğr. Üyesi Murat ÇAVUŞ ………………………….
Fen Bilgisi Eğitimi Anabilim Dalı, Yozgat Bozok Üniversitesi
Ödev Tarihi: ../../….
iii
ÖDEV BAŞLIĞI
AD SOYAD1
AD SOYAD2
AD SOYAD3
AD SOYAD4
YOZGAT BOZOK ÜNİVERSİTESİ
EĞİTİM FAKÜLTESİ
MATEMATİK VE FEN BİLİMLERİ BÖLÜMÜ
FEN BİLGİSİ EĞİTİMİ ANABİLİM DALI
Temmuz 2018
ÖZET
Bu çalışmada, 2-[(5-Metiloksazol-3-il)amino]-2-okso-etil metaktilat (IAOEMA) monomeri
70 oC’de faz transfer maddesi trietil benzilamonyumklorür yanında asetonitril çözeltisinde 2-
klor-N-(5-metilizoksazol) asetamit ile sodyummetakrilattan sentezlendi. Monomerin yapısı
1H-NMR ve 13C-NMR spektroskopik teknikleri kullanılarak karakterize edildi. IAOEMA’nın
homopolimeri 1,4-dioksan çözeltisinde azot atmosferi altında 70 oC’de %1 oranında AIBN
başlatıcısı kullanılarak hazırlandı. IAOEMA’nın glisidil metakrilat (GMA) ve etil metakrilat
(EMA) ile değişik oranlardaki kopolimerleri 1,4-dioksan çözeltisinde %1 oranında AIBN
başlatıcısı kullanılarak 70 oC’de %10’un altındaki dönüşümlerde hazırlandı.
Anahtar Kelimeler: 2-[(5-Metilizoksazol-3-il)amino]-2-okso-etil metaktilat, Kopolimeri-
zasyon, Monomer Reaktivite Oranı, Termal Özellikler, Antimikrobiyal Aktivite.
iv
TEŞEKKÜR
Çalışmalarım boyunca değerli yardım ve katkılarıyla beni yönlendiren, kıymetli
tecrübelerinden faydalandığım danışmanlarım Prof. Dr. Musa YILDIZ ve Doç. Dr.
Adem TATAROĞLU’na ayrıca laboratuvar sorumluları Hakan ŞAHİN, Savaş
AKYIL ve Aslan ÜLKER’e ve laboratuvarda görevli tüm çalışma arkadaşlarıma,
manevi destekleriyle beni hiçbir zaman yalnız bırakmayan çok değerli aileme ve
arkadaşlarım Şinasi BECENE, Oğuz KELEŞ, Yıldız YILMAZ ve Duygu AKTAŞ’a
teşekkürü bir borç bilirim.
v
İÇİNDEKİLER
Sayfa
ÖZET........................................................................................................................... iii
TEŞEKKÜR ................................................................................................................ iv
İÇİNDEKİLER ............................................................................................................ v
ŞEKİLLERİN LİSTESİ ............................................................................................. vii
ÇİZELGELERİN LİSTESİ ....................................................................................... viii
SİMGELER VE KISALTMALAR .............................................................................. x
1. GİRİŞ ....................................................................................................................... 1
2. MEMBRAN PROTEİNLERİNİN MODELLENMESİ ........................................... 4
2.1. Proteinler .......................................................................................................... 4
2.1.1. Küresel (Globüler) proteinler ............................................................... 10
3. MOLEKÜLER DİNAMİK SİMÜLASYON YÖNTEMLERİ .............................. 14
3.1. Coarse Grained Simülasyon Yöntemi ............................................................ 15
3.2. Monte Carlo Simülasyon Yöntemi ................................................................. 17
4. SERBEST ENERJİ ................................................................................................ 37
4.1. Şemsiye Örnekleme (Umbrella Sampling-US) Metodu ................................. 39
4.2. Streed Moleküler Dinamik Metodu ................................................................ 41
5. LÖSİN TAŞIYICISI .............................................................................................. 49
5.1. LeuT’ un Yapısı .............................................................................................. 50
6. NAVAB KANALI ................................................................................................. 66
6.1. NavAb Kanalının Yapısı ve Seçici Filtresi .................................................... 67
vi
Sayfa
7. SONUÇ .................................................................................................................. 95
KAYNAKLAR .......................................................................................................... 98
ÖZGEÇMİŞ ............................................................................................................. 110
vii
ŞEKİLLERİN LİSTESİ
Şekil Sayfa
Şekil 2.1. Aminoasitlerin genel moleküler yapısının gösterimi ................................ 5
Şekil 2.2. Aminoasitlerin moleküler yapısının gösterimi. Aminoasitler,
bir polipeptit omurgası boyunca amin ve karboksil fonksiyonel
gruplarından oluşur. Ayrıca, varolan aminoasit türleri arasında
değişimin bileşimi olan yan zincirler vardır. Bir aminoasit,
karbon (cyan), azot (mavi), hidrojen (beyaz), oksijen (kırmızı)
ve kükürt (sarı) atomları içerebilir. Resim VMD kullanılarak
hazırlandı ................................................................................................ 6-7
Şekil 2.3. a) Alfa-heliks b) Beta-tabakalı gösterimi .................................................. 8
Şekil 2.4. PDB’de bulunan kristal yapıların hangi deneysel yöntemle
bulundukları gösterilmektedir ................................................................... 9
Şekil 2.5. PDB’de bulunan kristal yapıların hangi organizmaya ait
olduğu görülmektedir .............................................................................. 10
Şekil 3.1 KcsA potasyum kanal için atomistik modelin CG modeline
dönüşümünde atom sayısındaki azalma görülmektedir .......................... 16
Şekil 3.2. MD simülasyon algoritması .................................................................... 20
Şekil 3.3. Bağ gerilmesi gösterimi .......................................................................... 26
Şekil 3.4. Bağ gerilimi için morse ve harmonik potansiyelin kıyaslanması ........... 27
Şekil 3.5. Açı bükülmesi gösterimi ......................................................................... 27
Şekil 3.6. İmproper torsiyon açısı gösterimi ........................................................... 28
Şekil 3.7. Torsiyon açısı gösterimi .......................................................................... 29
Şekil 3.8 Lennard-Jones potensiyelinin şematik gösterimi .................................... 31
Şekil 3.9. Periyodik sınır şartının gösterimi ............................................................ 33
Şekil 3.10. Lennard-Jones potansiyeli için kesme uzaklığının belirlenmesi ............. 34
Şekil 4.1. US metodunun şematik gösterimi. Pencereler dikey çizgiler ile
ayırt edilir. Noktalı oklar her pencerenin ortasına gösterir.
Mavi bir daire her simülasyon penceresi içindeki atomu temsil
eder .......................................................................................................... 40
viii
ÇİZELGELERİN LİSTESİ
Çizelge Sayfa
Çizelge 5.1. 2A65 nolu protein yapının fatsa kodları ............................................. 51
Çizelge 5.2. LeuT sisteminin dengeye gelmesi işleminde uygulanan
kuvvet sabitleri ve kuvvet sabitlerinin uygulandığı süreler ................ 54
Çizelge 5.3. Na1’in koordinasyonda bulunduğu atomlarla mesafeleri................... 56
Çizelge 5.4. Na2’nin koordinasyonda bulunduğu atomlarla mesafeleri................. 57
Çizelge 5.5. LEU aminoasidinin koordinasyonda bulunduğu atomlarla
mesafeleri ........................................................................................... 59
Çizelge 5.6. LeuT taşıyıcısında TI yöntemiyle iyon ve ligand bağlanma
enerjileri .............................................................................................. 65
Çizelge 6.1. Sistemi denge haline getirme işleminde uygulanan kuvvet
sabitleri ve kuvvet sabitlerinin uygulandığı süreler ............................ 71
ix
SİMGELER VE KISALTMALAR
Bu çalışmada kullanılmış bazı kısaltmalar, açıklamaları ile birlikte aşağıda
sunulmuştur.
Kısaltmalar Açıklama
CG Coarse Grained
FEP Free Energy Pertürbation (Sesbest Enerji
Pertürbasyon)
LeuT Lösin Taşıyıcısı
MC Monte Carlo
MD Moleküler Dinamik
MM Moleküler Modelleme
NSS Nörotransporter Sodyum Simport
PDB Protein Data Bankası
PME Particle Mesh Ewald
PMF Potantial of Mean Force (Ortalama Kuvvet
Potansiyeli)
RMSD Root Mean Square Deviation
SMD Streed Moleküler Dinamik
SOP Self Organized Polymer
TI Termodinamik İntegrasyon
TM Transmembran
US Umbralla sampling
VDB Voltaj Duyarlı Bölge
WHAM Weighted Histogram Analysis Method (Ağırlıklı
Histogram Analiz Metodu)
98
KAYNAKLAR
1. Akhshi, P., 2013, Molecular Dynamics Simulation Studies of Ion Transport
Along G-Quadruplex Dna Channels, Doktara Tezi, Queen’s University
Department of Chemistry, Canada 18-40.
2. Barker, J. A. And Henderson, D., 1976, What is “Liquid”? Understanding the
States of Matter, Rev.Mod. Phys., 48: 587.
3. Chipot, C. and Pohorille, A., 2000, Free Energy Calculations Springer Series
in Chemical Physics, Vol. 86 Springer.
4. Eisenberg, D. and MeGlachlan, A. D., 1986, Solvation Energy In Protein
Folding And Binding, Nature, 319:199.
5. Frenkel, D. and Smit, B., 1996, “Understanding Molecular Simulation: From
Algorithms to Applications”, Elsevier, (formely published by Academic
Press).
6. Hodgkin, A. L. and Huxley, A. F., 1952, A Quantitative Description of
Membrane Current And Its Application To Conduction And Excitation In
Nerve, J. Physiol. (Lond.), 117: 500–544.
7. King, P. M.. 1993, Free Energy Via Molecular Simulation: A Primer, W. F.
Van Gunsteren, London, 123-4567-890.
8. Nelson, P., 2004, Biological Physics Freeman, Longman, New York, 123-4567-890.
9. Payandeh, J., Scheuer, T., Zheng, N. and Catterall W. A., 2011, The Crystal
Structure Of A Voltage-Gated Sodium Channel, Nature, 475: 353-359, 2011
10. Rahman, A., Correlations in the Motion of Atoms in Liquid, Argon A136
405, (1964).
11. Zhmurov A., Brown AEX., Litvinov RI., Dima RI., Weisel JW., Barsegov V.,
2011, Mechanism of Fibrin(ogen) Forced Unfolding, Structure, 19(11): 1615-
1624.
110
ÖZGEÇMİŞ
Kişisel Bilgiler
Soyadı, adı :
Doğum tarihi ve yeri :
Medeni hali :
Telefon :
e-mail :
Eğitim
Derece Eğitim Birimi Mezuniyet tarihi
Lisans Bozok Üniversitesi/ Fizik Bölümü 2013
Lise Cumhuriyet Lisesi 2009
Ortaokul Atatürk Ortaokulu 2005
İlkokul Atatürk İlkokulu 2005
İş Deneyimi
Yıl Yer Görev
2016-2017 Yozgat Novada Kasiyer
Top Related