変態に R を与えた結果がこれだよ… 7 R でネットワーク解析と GIS
20131109Tokyo.R#35 @ ニフティ株式会社 新宿フロントタワー 18F
YF@Med_KU
本日の内容
ネットワーク解析{igraph} and {linkcomm}レイアウトの微調整の話
R で地図{spsurvey} and {RgoogleMaps}地図がプロットできたら楽しいという話
真面目にネットワーク解析
第 2 回 R でつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会R+igraph ではじめる生物ネットワーク解析 竹本和広
http://www.slideshare.net/kztakemoto/r-seminar-on-igraphhttps://sites.google.com/site/kztakemoto/r-seminar-on-igraph---supplementary-information
ネットワーク ( グラフ )
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131007http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
nodeedge
グラフの準備 {igraph}
隣接行列graph.adjacency()
エッジリストgraph.data.frame()
1,21,5…
無向グラフ
無向グラフなら対称行列
無向グラフと有向グラフ
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
「にこまき」と「まきにこ」は同等( 百合は可換 ) キマシタワー
「遥真」と「真遥」は同等でない( ホモは非可換 ) アッ -
無向グラフと有向グラフ
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905
「にこまき」と「まきにこ」は同等( 百合は可換 ) キマシタワー
「遥真」と「真遥」は同等でない( ホモは非可換 ) アッ -
ネットワークの統計量
次数 Degree 線が集まる点ほど中心性が高い
近接中心性 Closeness他の点と距離が近いほど中心性が高い
媒介中心性 Betweennessその点を通る経路が多いほど中心性が高い
推移性 Clustering coefficient (transitivity)頂点が結ばれている確率
Motif, hub, and community are also important…
無向グラフと有向グラフでは計算が異なる
Scale free network
Bioinformatics. 2012 Jan 1;28(1):84-90.
Scale free network
べき乗則 ( パレート分布 ) になる
ネットワーク解析の問題点
レイアウトが難しい !!
レイアウトが難しい !!
layout.*() が用意されているが…
レイアウトが難しい !!
ネットワークレイアウト編集Gephi https://gephi.org/Cytoscape http://www.cytoscape.org/
( 使ったことないけど… )
人力補正
http://www.kegg.jp/kegg-bin/highlight_pathway?scale=1.0&map=map04115&keyword=p53
レイアウトが難しい !!
R 上級者 () なら {igraph}
tkplot()Tcl/Tk による GUI でのグラフ調整
tkplot.getcoords(tkid)座標が取得できる !!
レイアウトが難しい !!
http://d.hatena.ne.jp/kmgs100/20090806/1249574893
レイアウトが難しい !!
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131106
tkplot layout.circle
R で地図
日本全体の統計量 ( 疫学,売上, etc…)
地図データには緯度経度がある:座標
R で遊べんじゃね ??
{spsurvey}
.shp ファイルが必要
ESRI ジャパン株式会社 ( 市町村対応 )http://www.esrij.com/products/data/japan-shp/
Global Administrative Areas ( 世界対応 )http://www.gadm.org/Japan
{spsurvey}
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130317
重い かなり重い 死ぬほど重い
{spsurvey}
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130928
都道府県単位の色指定緯度軽度による中心・拡大縮小指定
新卒医学生の就職内定動向
{igraph} と {spsurvey} を merge
新幹線接続データ
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130912
ファッ !?!?
ファッ !?!?
緯度経度 ( 座標 ) があれば、segments() と points() でゴリ押しが可能
iPhone5s のつながりやすさ ( 山手線 )
http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html
( どこがつながりやすいんだよ… ??)
祇園祭を TSP で回る
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130715
{RgoogleMaps}
GoogleMap の見た目そのままの図を取得する。中心座標とズームを指定する。
iPhone5s のつながりやすさ ( 山手線 )
http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html
通信速度を取得駅の緯度・経度を取得
iPhone5s のつながりやすさ ( 山手線 )
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130921
Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)表面抗原発現パターンから分化系統樹作成
Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91Science. 2011 May 6;332(6030):687-96http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922
Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)n 次元定量データのパターンから分化系統樹作成
新規
退会
無課金厨課金厨
重課金厨 Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91Science. 2011 May 6;332(6030):687-96http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922
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