PRENATAL UYGULAMALARDA YENİ TEKNOLOJİLER

Eren AKDENİZGenel Direktör

GenoksGenetik Hastalıklar Tanı Merkezi

AR-GE Laboratuvarı kuruldu

2008

2012

PCR ve RT-PCR tabanlı tanı kitleri

ve DNA izolasyon kitleri üretildi

Kitler Ulusal Bilgi

Bankası’na kaydedildi

Genetik Hastalıklar Tanı

Merkezi ruhsatı alındı

20162014

BGI’dan teknoloji

transferi yapıldı

2018

2017

2015

Türkiye’de ilk kez NIPT

Test uygulamalarına

başlandı

Fetal kandan Rh

Faktör Tayini testi

valide edildi

75 parametre ile

NIFTY Test kamu

hastanelerine

entegre ediliyor

2009

2019

Genoks

Genetik

Hastalıklar

Tanıve

ARAŞTIRMA

Merkezi

2010

Global Operasyon

Çin Ulusal Gen Bankası (CNGB), 2011 yılında başlatılmıştır.Çin'de büyük ölçekli biyo-depo ve omik veri tabanı oluşturma hedeflenmiştir.. Faz I binasının toplam alanı 47.500 ㎡ civarındadır. Ana bina bitmiştir ve 22 Eylül 2016'da çalışmaya başlanmıştır.

BGI, 1999 yılında insan ırkına yarar sağlamak için genom enstitüsü vizyonu ile kurulmuştur.

BGI, 1999 yılında İnsan Genomu Projesinin referans genomunun yüzde birine katkıda bulunarak,tüm dikkatleri üzerine çekmiştir.

BGI son 9 yıl içinde, 171’i “Nature”, 29’u ”Science”, 9’u “Cell” ve diğer dergilerle beraber toplamda 1412 yayınla, dünyada bu konuda en iyi enstitülerinden biridir.

BGI yapısında 5000'den fazla bilim insanı ve teknisyeni ile şu anda dünyanın en büyük Genom enstitüsü olarak lanse edilmektedir.

Tri

zo

miler • Trizomi 21 (Down

Sendromu)

• Trizomi 18 (EdwardsSendromu)

• Trizomi 13 (Patau Sendromu)

• Trizomi 9

• Trizomi 16

• Trizomi 22

Go

no

zo

mal A

no

malile

r • Turner Sendromu (X0)

• Klinefelter Sendromu (XXY)

• Üç X (XXX)

• XYY Karyotip

Dele

syo

nS

en

dro

mla

rı

• Cri-Du-Chat Sendromu (5p-) 1p36

• 2q33.1

• DiGeorge 2(10p14) 16p12.2

• Jacobsen(11q23)

• Van der Woude (1q32.2)

• Prader-Willi

• Angelman(15q11.2)

Yen

iPar

amet

rele

rim

iz • Cornelia De Lange Sendromu

• X’e Bağlı Alfa Talesemi

• Duchenne/Becker Kas Distrifosi

• Dyggve-Melchior-Clausen Sendromu

• Holoprosensefali Tip 4&6

• Smith-Magenis Sendromu

• Konjenital Diyafram Hernisi

Yen

iPar

amet

rele

rim

iz

• X’e Bağlı Büyüme Hormonu Def. MentalReterdasyon

• Wilms Tumor

• Monozomi 9p

• Androjen Duyarsızlığı Sendromu

• Sağırlık-Kısırlık Sendromu

• Branchio Oto RenalSendrom

• 10q Delesyonu

• Dandy-Walker Sendromu

• Ve diğerleri…

BGI SEQ500 ile Şuan İçin 75 Parametre…

NIPT TESTLERİNİN ÇALIŞMA PRENSİBİ

TEST( 14,738)

KAN GONDERIMI

( 212 )

PLAZMA GONDERIMI

( 6,361 )

TÜRKİYE’DEÇALIŞILAN( 7,686 )

PARALEL / DNA & PLAZMA

( 1852 )

DÜŞÜK RİSKSONUCU

182 4,276 (%97.4) 7,418 (%96.6)

YÜKSEK RİSKSONUCU

2 ( %1 ) 148 (%2.3) 236( %3 ) validasyon

TEKRAR EDİLİPSONUÇ VERİLEN

18 ( %9 ) 189 (%3) 216( %2.8 ) validasyon

SONUÇVERİLEMEYEN

10 ( %4.7 ) 23 (%0,3) 32( %0,4 ) validasyon

KLİNİK VALİDASYON - - - 1852 EŞ SONUÇ( %100 )

Veriler Aralık 2012 – Aralık 2017 dönemlerini kapsamaktadır.

YÜKSEK RİSKSONUCU

DOĞRU YÜKSEK RİSK YANLIŞ YÜKSEK RİSK YANLIŞ NEGATİF

T21 / 250 175 (%98) 4 2

T18 / 60 44 (%85) 8 1

T13 / 19 12 (%70) 5 0

XXY / 18 7 (%100) 0 0

X0 / 17 8 (%67) 4 0

XXX / 15 6 (%85) 1 0

T16 / 7 2 (%100) - 0

T22 / 6 4 (%67) 2 0

XYY / 5 2 (%100) 1 0

T9 / 2 1 (%50) 1 0

Veriler Aralık 2012 – Aralık 2017 dönemlerini kapsamaktadır.

YÜKSEK RİSKSONUCU

DOĞRU YÜKSEK RİSK

YANLIŞ YÜKSEK RİSK

dup(8q21.3-q23.3,23M) 1 (%100) -

dup(9p24.3-p11.2,45M) 1 (%100) -

dup(13q14.11,2.1M)1 (%100)

-

del(Xp22.2-p22.13,6.95M) %0 1

Del(5q14.1-33.2, 75.35M ) %0 1

1p36 1 (%50) 1

5p %0 1

dup(22q13.31-q13.32,3.32M)-M

- T21

YÜKSEK RİSKSONUCU

DOĞRU YÜKSEK RİSK

YANLIŞ YÜKSEK RİSK

1 dup(21p22.2-p22) - -

dup(13q33.3-q34,1.8M)-M - -

del(18q21.31-q23,22.72M) - -

dup(13q12.11-q12.12,2.22M) - -

chr2(+,19.36) - -

dup(9p24.3-p11.2,46.36M) - -

Other complex abnormity(+++) - -

Other complex abnormity(+++) - -

Veriler Aralık 2012 – Aralık 2017 dönemlerini kapsamaktadır.

BGI SEQ 500 2013 yılından bu yana süregelen AR&GE

çalışmaları neticesinde, BGISEQ500, 2015

yılında tüm dünyaya duyurulmuştur.

BGI’ın geliştirdiği CPAS ve DNB teknolojisi

ile güçlendirilmiş yüksek verimli dizileme

teknolojisidir.

Sistem CPAS, DNB üzerindeki DNA'ya

floresan probu ekleyerek yüksek

çözünürlüklü dijital görüntüleme ile

çalışır. Doğrusal amplifikasyon ve DNB

teknolojisinin kombinasyonu sinyali

artırırken hata oranını azaltır. Buna ek

olarak, DNB'nin boyutu, her bir aktif bölge

başına sadece bir DNB bağlanacak şekilde

kontrol edilir.

DNA nanoball dizileme teknolojisi dizileme

doğruluğunu sağlamakla kalmaz, aynı

zamanda çip sisteminde alanın daha iyi

kullanımını ve numune yoğunluğunu da

arttırır.

BGISEQ-500 Teknik Özellikler

Sistem, cPAS (combinatorial Probe-Anchor Synthesis ) teknolojisiyle çalışmaktadır.

Güçlendirilmiş DNA Nanoball ( DNB ) ile Single-End okuma gerçekleştirmektedir.

Birbirinden bağımsız çift-flowcell sekanslama özelliğine sahiptir.

Toplamda 560 milyar baz (Gb) veri eldesi gerçekleştirir.

Tüm Genom Dizileme, Tüm Ekzom Dizileme, RNA Dizileme, ChIP-Seq, NIFTY,PGS, Tümör Profillendirme gibi birçok farklı uygulamayı yapabilmektedir.

Sekans süresi 20-24 saat olup, 1 insan tüm genom dizilemesini tüm laboratuvar süreci dahil 3 günde sonuçlandırabilmektedir.

BGI SEQ 500 İŞ AKIŞI

SP-100

Örnek kabulüDna izolasyonu, Kütüphane hazırlama,

Havuz oluşturmaDNB Yükleme Sekanslama

Biyoinformatikanaliz ve

Raporlama

Ya da

Otomatize Edilmiş Sekans Öncesi Örnek Hazırlama Sistemleri

• SP-100 yada SP-300

Örnek hazırlama Uygulanabilirlik Çalışma Süresi Manuel Süre

BGISP-10016 örnekTam otomatikDüşük kapasiteli merkezler

Toplam Saat: 6DNA izolasyonu+ Kütüphane hazırlama: 4 saatQC ÖlçümüHavuz ve DNB oluşturma:2saat

<15 dakika

BGISP-300

32-192 örnekYarı otomatikYüksek kapasiteli merkezler

Toplam Saat: 11DNA izolasyonu+ Kütüphane hazırlama: 6 saat QC ÖlçümüHavuz ve DNB oluşturma: 3saat

1-2 saat

BGISEQ platformu için geliştirilmiş

LIMS ile entegre

Örneklerin hazırlanmasından raporlanmaya kadar olan sürecin eş zamanlı izlenmesi

CE-IVD’ye sahip yazılım

3 yıl yazılım güncelleme desteği

BGI-Halos

BGI Halos tek adımlı bir genetik tanı enstürümanıolarak tüm sürecin merkezinde yer alır.

BGI-Halos

• Laboratuvar yönetimi

• Sekans görüntüleme

• İstatistik analiz

• Veri madenciliği

• Rapor merkezi

• NIFTY analizi• PGS analizi• Kanser taraması (BRCA) analizi• Tümör testi analizi

BGI SEQ 500 ve Kullandığı Teknolojinin Avantajları

Klinik tanı doğruluğunun

artması

Yanlış bağlanmaların

azalması

Hatalı okuma oranın azalmasını

Sarf maliyetininazalması

Sekans derinlik

miktarının artması

Daha kalitelibir

biyoinformatikanaliz

Yüklenen DNA

yoğunluğunun

artmasını

Teşekkür ederim…