viroloji 2. SINIFLANDIRMA
Transcript of viroloji 2. SINIFLANDIRMA
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 1/53
VRÜSLERN GENEL ÖZELLKLERVE
SINIFLANDIRILMALARI
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 2/53
Virüslerin ilk tanmlanmalar genellikle bu infektifajanlarn çok küçük olan partiküler yapsna dayanmaktayd.
Virüsler, bakterilerden farkl olarak k mikroskobundagörülemezler ve bakterileri alkoyan filtrelerdetutulamazlar. Genel bir yaklam olarak ekseri virüslerbakterilerden daha küçüktürler fakat baz virüsler,mikoplazma, riketsiya vs. gibi en küçük bakteriler kadar
büyük olabilirler. Hayvansal virüslerin boyutlar ortalama10 nm ile 300 nm arasnda deiir. 200 nm büyüklüündeolan poxvirüsler k mikroskobu ile görülebilecek snrlariçerisindedir.
Virüsler : 10-300 nmBakteriler : 1000 nmEritrosit : 7500 nm
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 4/53
Virüsler, mikroskobik, zorunlu hücre içiparazitleridir. Virüs partikülleri önceden oluan
komponentlerin kurulmasyla (bir arayagelmesiyle) oluurlar (bölünerek çoalan dierhücrelerden farkl olarak). Serbest virüspartikülleri (virionlar) bölünemez vekendiliklerinden çoalamazlar. Virüsler, protein
sentezi için gerekli ribozomlar veya metabolikenerjinin oluumu için gerekli sistemleri kodlayangenetik bilgiden yoksundurlar. Yani bilinen hiçbirvirüs, bütün biyolojik ilemler (ör, makromolekülsentezi) için gerekli enerjiyi oluturmak için
gerekli genetik ve biyokimyasal potansiyele sahipdeildir. Bunun için bu fonksiyonlarngerçekletirilebilmesi için mutlaka konak hücreyeihtiyaç duyarlar.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 5/53
Her virüs iki safhaya sahiptir;
*uyku safhas veya hücre dndakiserbest partikül safhas veya
tanabilen safha yani v irionsafhas ve*aktif safha veya hücre içi safha yani infeksiyöz safhas.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 6/53
Virion safhas; metabolik olarak inaktif ve bir virüsüntanabilen durumudur.
Virüsün sahip olduu genetik materyal bir protein klfve/veya zarf ile paketlenmi durumdadr.Virionlarda bulunan genetik materyal tek veya çift zincirli
ya DNA veya RNA·dr.Hiçbir durumda virionlarda DNA ve RNA birliktebulunmaz, yani virionlar ya RNA ya da DNA içerirler.Viral kabuk (kapsid), ikozahedron (pek çok bakteriyal,hayvansal ve bitkisel virüslerde görülen en yaygn yirmi
yüzlü geometrik ekil), küresel, silindirik veya ekilsizolabilir.Virionlar, konak hücreye tutunma ve içine girme
yeteneinde olmal, konak hücre dndabütünlüünü/potansiyelini korumaldr.Baz virionlar dierlerinden daha dayankldrlar, ör,hepatit virüs ksa süreli kaynamaya dier virüslere kyasladaha dayankldr.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 7/53
Viroidler, 1960·l yllarda ortaya çkarlan, belli
baz bitki hastalklaryla ilikili olan ve kapsid veyazarf içermeyen, genellikle çubuk ekilli sekonder yapya sahip halkasal, küçük (200-400 nükleotid,nt) tek zincirli RNA molekülleridir. Viroidlerbilinen en küçük virüslerin genetikmateryallerinden bile çok küçük moleküllerdir.Viroidler, virüsler gibi çoalma (replikasyon)stratejileri bakmndan zorunlu hücre içiparazitleridir. Viroidlerin deiik bitkihastalklarna yol açan çeitli tipleri vardr. Bunlariçinde yaps en ayrntl bir ekilde aratrlmolan, patateslerde i eklinde yumrularnoluumuna neden olan PSTV dir.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 8/53
Virüsoidler, (satellitler veya uydu RNA),viroidlerden daha büyük olabilen (1000 nt, genelde
birkaç yüz nükleotid içeren) halkasal ve tekzincirli viroid benzeri moleküllerdir. Çoalmalariçin baka bir virüs replikasyonunun (helper virus)gerçeklemesine ihtiyaç duyarlar ve virüs
kapsidleri içinde paketlenerek yolcu gibitanrlar. Virüsoidler, bir RNA-baml RNApolimeraz kullanarak sitoplazmada çoalrlar.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 10/53
Prionlar, nükleik asit içermeyen tek tip proteinmolekülünden ibaret ve hastalk yapabileninfeksiyöz ajanlardr.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 11/53
Normal prion protein yaps
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 14/53
Virüs Snflandrmasnn Temel lkeleri
Virion: olgun, tam bir infekte edici partikül ve virüsün konak hücredndaki ekli.
Kapsid: viral nükleik asidi tayan protein kabuk, nükleik asidin yer
almad protein kabuk.Nükleokapsid: kapsid ve viral nükleik asidin birlikte oluturduu yap.
Kapsomer: elektron mikroskobu ile gözlenen, kovalent olmayan balarile bir arada tutulan ve birkaç polipeptid zincirinden ibaret olabilen,
kapsidi oluturan morfolojik üniteler ( kapsid alt birimleri).
Zarf (env elope): nükleokapsidi saran lipoprotein ve glikoprotein yapdaki klfdr ve virüsün çoald konak hücre membranndankökenlenir.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 15/53
Virüsler içerdikleri nükleik asit tipine bal olarakiki ana gruba ayrlrlar. RNA içeren virüsler veDNA içeren virüsler. Virüsler ayn anda bu ikinükleik asidi birlikte içermezler. Genellikle
virüsler bir adet nükleik asit molekülü içerirler,buna ramen bu duruma uymayan istisnalar davardr. Ör, influenza virüsü (grip etkeni virüs) çoksayda RNA molekülü içerirler ve bu tip
virüslerde genom segmentlenmi olarakadlandrlr.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 16/53
Virüslerin Büyüklüü v e ekli
Virionun (nükleokapsid+zarf), genel ekli kabaca küresel,çubuk eklinde veya ipliksi (filament eklinde) veya mermieklinde olabilir. Nükleokapsidin simetrisi kübik, helikselveya kompleks (simetrik olmayan) olabilir. Kübik simetriyesahip nükleokapsidler (ör, poliovirüs, adenovirüs, herpesvirüs), 20 eit üçgen yüzeye ve 12 köeye sahip
ikozahedral simetrili yaplardr. Heliksel simetridekinükleokapsidlerde (ör, influenza (grip) ve mumps(kabakulak) virüsleri) nükleik asit molekülü spiral bir eklesahiptir ve kapsomerlerle elemitir. Kompleks birnükleokapside sahip olan virüse bir örnek poxvirüstür.
Bir zarfa sahip virüsler zarfl, zarf içermeyen virüsler isezarfsz (naked, çplak) virüsler olarak adlandrlmaktadr.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 17/53
Mermi ekilli bir virüs (Rabies virüs:kuduz virüsü)
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 19/53
Bilinen belli bal virüs yapsnn dier
tipleri:
Zarfsz heliks nukleokapsidler, ör, tütün
mozaik virüsü (T M
V).
Zarfsz ikozahedral nükleokapsidler, ör,
pikornavirüs familyasnn üyeleri.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 20/53
Heliksel Nükleokapsidler:
Tütün mozaik virüsü (T MV)
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 21/53
kozahedral Nükleokapsidler:
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 23/53
Herpesvirüsler, çift zincirli DNA (dsDNA) genomu içeren yaklak 100 nmçapnda bir ikozahedral kapsidi kuatan zarfa sahiptir.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 25/53
Basit izometrik yap
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 26/53
HIV kompleks bir virüstür. Virüs yaklak 9500nükleotid içeren tek zincirli (ssRNA), iki e +RNA
(mRNA gibi fonksiyonel) içermektedir. Bunlargenomik bir RNA dimeri oluturmak içinbirbirlerine balanabilir. RNA dimeri bazik birnükleokapsid protein (p9/6) ile ilikidedirler.
Ribonükleoprotein partikülü bir kapsidproteinden (CA) oluan kapsidle kaplanmtr.Kapsid, integraz, revers transkriptaz (RT) gibi
dier viral proteinleri de içerirler. Ayrca RT içinbir primer olarak i gören tRNAlys3 gibi çoksayda hücresel kökenli dier bileikleri deiçerirler. Kapsid ikosahedral bir yapya sahiptir.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 27/53
HIV-1 yapsnn ematik gösterimi
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 28/53
Virüs genomlar:
Genel bir kural olarak viral RNA veya DNAbüyüklüüne bakarak yaklak viral proteinlerhesap edilebilir, buna göre her 1000 baz çiftine(bç) 1 protein karlk gelmektedir.
Yani tipik bir gen = 1000 bç = 1 kilo bç (kbç) = 1protein = 300-400 amino asittir.
Küçük bir virüs olan SV40 = 5000 bç = 5 kbç = 5 protein
Büyük bir virüs olan T4 faj = 200 kbç =100-200 protein
E. coli : 4000 kbç
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 29/53
Virion nükleik asidinin molekül arl viral
genom tarafndan kodlanabilecek farkl polipeptidzincirlerinin saysn direkt olarak yanstr.nfeksiyondan sonra, ortaya çkan virion nükleikasidi direkt olarak veya indirekt olarak proteinsentezinde i gören hücre ribozomlarna
balanacak olan mRNA y belirler. Bu mRNA yönlendirmesi altnda sentezlenen proteinler yenivirionlarn yapsal bileenlerini veya virüsçoalmasnda kritik fonksiyonlar için gerekli olan, yapsal olmayan proteinleri, ör., yeni virion RNA
sn kopyalayan (replike eden) bir RNA polimerazgibi, ortaya koyarlar.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 30/53
VRÜS SINIFLANDIRMASI
Tarihsel olarak birçok virüs sebep olduklar hastaln adüzerine adlandrlmlardr. Ör, ´foot and mouth; ayak veazµ hastalna neden olan ajan foot and mouth diseasevirüs (FMDV) ad ile adlandrlmtr. Benzer ekilde, tütünmozaik virüsü (T MV), virüsün tütün bitkilerine patojeniketkisinin direkt bir ifadesidir. Geleneksel veya az deeri
olan insan hastalk isimleri sonuna virüs kelimesigetirilerek yaplan adlandrmalara da çok rastlanmaktadr.Ör, ´measles virüsµ (kzamk ), ´mump virüsµ (kabakulak),´smallpox virüsµ (çiçek), ´influenza virüsµ (grip) ve ´rabiesvirüsµ (kuduz) gibi. Bazen de virüsü kefeden kiiye göreadlandrma yaplmtr. Ör, ´Rous sarcoma virusµ (RSV).Veya virüsün kefinin yer ald yere göre adlandrma yaplmtr. Ör, Fiji hastal virüsü, Semliki Foresthastal virüsü veya Newcastle hastal virüsü gibi.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 31/53
Smallpox virüsü nfluenza virüsü
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 32/53
Nükleik Asitler
Virüslerden elde edilen nükleik asit ya RNAveya DNA olabilir. Bu durumdan farkl bir istisnaRNA tümör virüsü (Lökovirüs) grubudur. Bu gruptaRNA ana bileen ve DNA iz bileendir. Nükleikasit çift-iplikli olabilir (DNA virüsleri için çok
görülen durum) veya tek-iplikli olabilir (RNAvirüsleri için çok görülen durum). Nükleik asithalkasal olabilir (poliyoma ve SV40 gibi DNAvirüsleri) veya izole edilen en genel formuoluturan lineer düzende olabilir. Nükleik asit tekbir parçadan (ekseri DNA virüsleri) veya birçokparçadan (influenza, reovirüs ve lökovirüs gibiRNA virüsleri) ibaret olabilir.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 33/53
Günümüzde daha yaygn virüs snflandrmasnda,tüm virüsler tek bir filuma yerletirilmi ve bu
filum da DNA ve RNA virüslerinin her biri birsub-filum içinde yerini almtr. Geri kalan ordo,familyalar ve cinsler, zarfn varlna veya yokluuna ve nükleoprotein bileenin ekline
balanmaktadr.
Çok genel bir snflandrma da virüs ör, nükleikasit tipine göre; DNA (veya RNA), kapsid
simetrisine göre; kübik, kompleks, heliksel veyaekilsiz olabilir, virionun zarf içerip içermemesinegöre (zarfl veya zarfsz), kapsomerlerininsaysna göre; 32, 72, 252 kapsomerli gibisnflandrma prosedürü uygulanabilir.
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 34/53
01. Adenov iridae
01.0.1.M
astadenovirus01.0.1.0.001 Human adenovirus 2
25.
Filov
iridae25.0.1. Filovirus25.0.1.0.001 Marburg virus25.0.1.0.004 Ebola virus Zaire
59. Prions59.0.0.0.001 Scrapie agent
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 35/53
Familya Gruplar (Baltimore metoduna göre)
Grup I: dsDNA virüsleriGrup II: ssDNA virüsleriGrup III: dsRNA virüsleri
Grup IV: (+) RNA virüsleriGrup V: (-) RNA virüsleriGrup VI: RNA revers transkript virüsleriGrup VII: DNA revers transkript virüsleri
Subviral ajanlar: satallitler, viroidler vespongiform ensefalopati ajanlar
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 44/53
Tek zincirli RNA (ssRNA): (+) RNA
8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA
http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 52/53
Virüslerin Antijenik Yaps
Bir virüs, scakkanl bir organizmay infekte ettiinde genel
olarak iki sonuç vardr; birincisi virüs bir hücreye girer, çoalr ve yenivirüs partikülleri oluturur. Bu virüsler ekseri kan dolam yoluna dahilolarak dier hücreleri de infekte eder. kincisi ise infekte olanorganizma bu saldrya kar antikorlar üreterek reaksiyon gösterirler,bu antikorlar virüse balanarak virüsü inaktive eder. Antikorlar virüspartiküllerinin yüzeylerinin bir ksmn oluturan antijenler ilebirleirler. Virüslerin kabuk proteinlerindeki belli amino asit dizileri
veya zarfl virüslerdeki karbonhidrat bileenleri antijeniközelliklerden sorumlu yaplardr. Kabuk proteinlerinin dizilerindeki çokaz deiiklikler bir virüsün farkl sub-tiplerinin ortaya çkmasnasebep olabilirler. Genellikle bir sub-tipe kar üretilen antikorlar diersub-tiplerle etkileime girmezler (nötralize etmezler). Bu durumserolojik nötralizasyon testinin temelini oluturur ve farkl sub-tiplerin birbirinden ayrlabilmelerine olanak verir. Bu serolojiksnflandrma pratik görü açsndan çok büyük önem tar, çünkü viralhastalklarn tehisinde kullanlan metodun temelini oluturur.Serolojik nötralizasyon metodu ayn zamanda herhangi bir özel virüsünsnflandrlmasnda en kesin ve salam metodu oluturur.