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Università degli Studi di Brescia
Sistema Bibliotecario di Ateneo
BIBLIOTECA di INGEGNERIA e MEDICINA
Sede di Medicina
INTRODUZIONE ALLA
RICERCA BIBLIOGRAFICA
in PUBMED
Dott.ssa Nicoletta Lumina
25 ottobre 2016, ore 15.00 – 17.00
AULA D, Edificio Centrale Medicina
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PROGRAMMA
• LA RICERCA BIBLIOGRAFICA: concetti base
• BANCHE DATI: cosa sono, contenuto e struttura
• PUBMED: che cos’è, contenuto e struttura
• PUBMED: accesso e ricerca semplice, link a full text
• PUBMED: ricerca con MESH
• PUBMED: ricerca avanzata
• PUBMED: gestione dei risultati della ricerca
• PUBMED: ulteriori strumenti e risorse
• LA RICERCA BIBLIOGRAFICA: consigli finali
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La ricerca bibliografica (1)
E’ quel processo che ci permette di soddisfare un
bisogno informativo.
Le finalità della ricerca bibliografica condotta
all’interno di una banca dati possono essere
molteplici:
• «fotografare» lo stato dell’arte di un argomento di
nostro interesse
• mantenere un aggiornamento regolare su un
determinato argomento
• ottenere una risposta ad un quesito specifico
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La ricerca bibliografica (2)
In base quindi al nostro bisogno informativo il
risultato della ricerca sarà quello di:
• ottenere una bibliografia (lista di
documenti)
• ottenere una risposta precisa, cioè un dato
fattuale, al nostro quesito (ad es. un valore,
la composizione di un farmaco, etc.)
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Banche dati: cosa sono
• Si tratta di archivi elettronici di dati, omogenei
per contenuto e per formato, strutturati in modo
tale da poter essere ricercati grazie ad uno o più
criteri o parole chiave
• Le banche dati raccolgono e organizzano
informazioni di varia natura
• In base al tipo di informazioni che contengono,
vengono suddivise in PRIMARIE (o FATTUALI) e
SECONDARIE (o BIBLIOGRAFICHE)
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Banche dati: cosa contengono (1)
• BANCA DATI FATTUALE: consente l’accesso direttoai dati (es.: JCR, per ottenere l’Impact Factor diun periodico; CODIFA, banca dati del farmaco;CAS Registry per strutture chimiche). Ottengo
immediatamente l’informazione che sto cercando
• BANCA DATI BIBLIOGRAFICA: contiene uninsieme di citazioni bibliografiche che rimandanoai documenti cui si riferiscono (es.: PUBMED;CINHAL; EMBASE). Ho bisogno di un ulteriore
passaggio per ottenere ciò che mi serve
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Banche dati: cosa contengono (2)
• La distinzione tra le due tipologie di banche dati,
grazie alla tecnologia, si sta facendo sempre più
sfumata: le banche dati bibliografiche
contengono sempre più frequentemente il
collegamento al testo pieno (full text) dei
documenti cui si riferiscono.
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Banche dati: come sono strutturate (1)
• Nel caso di una banca dati bibliografica, l’unità
informativa elementare è costituita dalla citazione
bibliografica (detta anche record bibliografico)
• Possiamo quindi definire una banca dati anche
come un insieme strutturato di record
• Ogni record, a sua volta, è scomponibile in unità
più piccole, chiamate campi (es.: autore, titolo
dell’articolo, titolo del periodico, data di
pubblicazione, abstract e voci di soggetto, MESH)
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Banche dati: come sono strutturate (2)
Da quando detto finora consegue che ogni campo
costituisce un punto di accesso al record, perché
ogni campo contiene un’informazione rilevante
relativa al documento.
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PubMed: che cos’è
PubMed è l’interfaccia gratuita di Medline, banca dati
bibliografica sviluppata dal National Center for Biotechnology
Information (NCBI), una divisione della National Library of
Medicine (NLM)
• E’ la banca dati bibliografica più vasta e prestigiosa per la
ricerca di letteratura biomedica.
• Dal 1997 è accessibile gratuitamente da qualsiasi
postazione collegata alla rete Internet
• Attualmente indicizza circa 5600 periodici, pubblicati negli
Stati Uniti e in altri paesi, per un insieme di circa 27 milioni
di citazioni bibliografiche.
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PubMed: cosa contiene (1)
• Le citazioni bibliografiche (dette anche referenze)
provengono per circa il 90% da fonti di lingua
inglese; per circa l’80% sono corredate da
abstract
• Le citazioni fanno riferimento principalmente ad
articoli pubblicati su riviste scientifiche, ma non
solo: si trovano anche riferimenti a capitoli di libri
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PubMed: cosa contiene (2)
• PubMed è una banca dati composta da diversi
database (o sezioni).
• Il nucleo principale di PubMed è costituito da
Medline, con il 90% del totale delle citazioni
presenti. Contiene citazioni a partire dal 1966 ad
oggi, indicizzate completamente (corredate cioè
di MESH e abstract).
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PubMed: cosa contiene (3)
• OLDMedline: contiene citazioni relative al periodo 1946 -1965, per la maggior parte prive sia di abstract che ditermini di soggetto (MESH).
• PREMedline: contiene citazioni di articoli appenapubblicati, la cui indicizzazione non è stata completata (inprocess). Sono prive dei termini di soggetto (MESH).
• As supplied by publisher: si tratta di citazioni fornitedall’editore, a volte anche prima della pubblicazione astampa del documento: anche queste non sono ancoraindicizzate e quindi prive di termini di soggetto (MESH).
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PubMed: cosa contiene (4)
MEDLINE (90%): records completamente indicizzati (MESH)
IN PROCESS (2%): records in via di indicizzazione (no MESH)
ALTRO (8%): citazioni tratte da periodici indicizzati in Medline, ma il cui
contenuto non è pertinente, non riguarda cioè l’ambito biomedico (ad es.
un articolo di Science che riguarda la vulcanologia)
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tag di status
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Parole chiave
fornite dall’autore
(novità 2013)
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MESH
tag di status
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PubMed: la struttura di un record (1)
Abbiamo visto in precedenza che ogni campo
costituisce un punto di accesso al record, perché
ogni campo contiene un’informazione importante
relativa al documento
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PubMed: la struttura di un record (2)
• I campi che costituiscono il record sono
contraddistinti da etichette (o tag) indispensabili
per il recupero puntuale dell’informazione: au; ti;
so; pg; la; PMID e molti altri
• Ai campi FORMALI, ricavati direttamente dalla
citazione (au; ti; so; pg), vengono aggiunti campi
ulteriori di tipo SEMANTICO, relativi cioè al
contenuto informativo del documento: i MESH
terms (tag=MH).
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citazione in formato Medline: ogni campo è
preceduto dall’etichetta (TAG) appropriata
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campi di tipo semantico:
MESH
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PubMed: l’accesso (1)
• ACCESSO VIA PORTALE DI ATENEO, che rendedisponibili in modo integrato – importante valoreaggiunto – le risorse elettroniche acquistatedall’Ateneo:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=itserpelib
• ACCESSO PUBBLICO, DAL SITO NCBI (NationalCentre for Biotechnology Information):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
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PubMed: l’accesso (2)
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PubMed: la ricerca semplice (1)
• Lanciamo una ricerca a partire dalla stringa
presente sulla homepage di PubMed, inserendo
uno o più termini che riteniamo pertinenti. In
questo modo si effettua quella che viene definita
una ricerca per parola libera.
• Mentre procediamo con la digitazione del
termine/dei termini, il sistema ci viene in aiuto
suggerendoci una lista dalla quale possiamo
attingere la voce che meglio esprime l’argomento
di nostro interesse.
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PubMed: la ricerca semplice (2)
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PubMed: la ricerca semplice (3)
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PubMed: i filtri (limits) (1)
• I filtri permettono di restringere la ricerca sullabase di vari parametri quali: data e tipo dipubblicazione, lingua, genere, età, gruppospecifico (studi sull’uomo o sull’animale), settoriparticolari (AIDS, Storia della Medicina,Tossicologia, etc.)
• I filtri vanno usati con consapevolezza, ricordandoche rimangono attivi per tutta la durata dellasessione. Se cambiamo ambito/strategia diricerca, oppure iniziamo una nuova ricerca,dobbiamo valutare se i filtri applicati inprecedenza sono ancora adeguati.
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PubMed: i filtri (limits) (2)
• Le due schermate che vi mostrerò sono il
risultato di una ricerca alla quale ho applicato
inizialmente gli stessi filtri, apportando solo in un
secondo momento una modifica relativa alla
fascia d’età: se il gruppo studiato copre la fascia
d’età che va oltre i 65 anni, ho una bibliografia
costituita da 95 record; se il gruppo studiato
copre la fascia d’età 19-44 anni, il numero di
record in bibliografia è di 76.
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citazione / referenza
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au= autore/autori
MH= MESH=Medical Subject Heading
ti= titolo articolo
so= voce bibliografica
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Link al full text editore
Link a Servizi Informativi
e RIsorse Online
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Link a Servizi Informativi
e RIsorse Online
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Link a Servizi Informativi
e RIsorse Online
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Citazione importata da Pubmed
nel modulo elettronico di richiesta
Dati anagrafici dell’utente, da inserire
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PubMed: la ricerca con MESH (1)
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PubMed: la ricerca con MESH (2)
• Una ricerca più puntuale è quella che viene effettuatautilizzando il thesaurus MESH (Medical SubjectHeadings).
• Il thesaurus è lo strumento con cui le banche datiaffrontano la variabilità del linguaggio diinterrogazione.
• Si tratta di un dizionario di voci controllate, inserite eaggiornate costantemente da esperti. Queste vocivengono attribuite ai documenti attuando quel processoche va sotto il nome di indicizzazione e che ha lo scopodi descrivere il contenuto informativo dei documentistessi.
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PubMed: la ricerca con MESH (3)
• INDICIZZAZIONE nell’ambito della catalogazione:
l’analisi concettuale di un documento e la successiva
enunciazione dei soggetti che lo compongono
• INDICIZZAZIONE nell’ambito dei motori di ricerca e
delle banche dati: l’analisi e l’organizzazione di
informazioni, per permettere agli utenti di trovare
facilmente i contenuti desiderati (non solo soggetti)
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PubMed : la ricerca con MESH (4)
• Il thesaurus MESH è composto da descrittori(main headings), sottodescrittori (subheadings) evoci supplementari (supplementary conceptrecords).
• Risulta molto prezioso nei casi di: omonimie(aids); sinonimie (cancer / neoplasm ); variantilinguistiche (tumor / tumour); singolari e plurali.
• Il vocabolario controllato rappresenta il puntod’incontro tra l’indicizzatore (esperto dellamateria) e l’utente (più o meno esperto) cheinterroga la banca dati.
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PubMed : la ricerca con MESH (5)
• Il thesaurus MESH ha una struttura gerarchica ad
albero, e questo consente di effettuare ricerche a
vari livelli di specificità.
• Le voci al suo interno sono collegate tra loro da
relazioni di tipo semantico che possono essere
di equivalenza, gerarchiche, di affinità.
• Questa struttura ad albero ci guida verso possibili
voci non considerate in fase iniziale della ricerca.
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dal generale
(broader terms)
allo specifico
(narrower terms)
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dal generale
(broader terms)
allo specifico
(narrower terms)
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PubMed: la ricerca con MESH (6)
• Possiamo lanciare la nostra ricerca a partire dalla
stringa presente sulla homepage di PubMed,
avendo però l’accortezza di scegliere - dal menù a
tendina – l’opzione MESH.
• Anche in questo caso, mentre procediamo con la
digitazione del termine/dei termini, il sistema ci
viene in aiuto suggerendoci più voci di soggetto
tra le quali scegliere quella che meglio esprime
l’argomento di nostro interesse
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PubMed: la ricerca con MESH (7)
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sinonimi
MESH corrente
MESH precedente
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SUBHEADINGS
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PubMed: la ricerca con MESH (8)
SUBHEADINGS (QUALIFICATORI): consentono di descrivere
meglio il contenuto concettuale del documento e di definire le relazioni
tra descrittori. Il loro uso garantisce maggior precisione e specificità alla
ricerca.
MAJOR TOPIC: il termine viene ricercato solo come concetto
principale dell’articolo.
DO NOT INCLUDE: questo comando consente di escludere dalla
ricerca tutti i termini che gerarchicamente si trovano al di sotto del
termine cercato, nella struttura ad albero
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PubMed: la ricerca con MESH (9)
• La ricerca con MESH ha un grosso svantaggio:non viene effettuata sui record relativi apubblicazioni recentissime (PreMedline ePublisher supplied), che non sono ancora stateindicizzate.
• Di conseguenza, se sono alla ricerca di documentirecentissimi, dovrò assolutamente ricordarmi diquesto limite ed effettuare una ricerca per parolelibere che suppongo compaiano nel titolodell’articolo o nell’abstract.
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PubMed: gli operatori booleani (1)
• Gli operatori booleani permettono di combinarein vario modo più concetti all’interno della stessaricerca, stabilendo quindi una particolarerelazione tra i termini
• In PubMed sono utilizzabili i tre più noti, chevanno scritti rigorosamente in caratteremaiuscolo:
AND, OR, NOT
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PubMed: gli operatori booleani (2)
• AND recupera documenti che contengono
entrambi i termini. Esegue il prodotto logico.
• OR recupera documenti che contengono almeno
uno dei due termini, oppure entrambi. Esegue la
somma logica.
• NOT (BUTNOT) recupera documenti che
contengono solo il primo dei due termini,
escludendo il secondo o i documenti in cui ci sia
compresenza dei due. Esprime la differenza logica.
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PubMed: gli operatori booleani (3)
• AND e OR : l’ordine dei termini non condiziona il
risultato finale
• NOT invece esclude l’insieme relativo al termine
digitato in seconda posizione (cambiando l’ordine,
il risultato sarà completamente diverso).
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PubMed: gli operatori booleani (4)
• digestive system AND liver: i documenti
contengono contemporaneamente digestive
system e liver;
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PubMed: gli operatori booleani (5)
• digestive system OR liver: i documenti
contengono o digestive system, o liver, oppure
entrambi;
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PubMed: gli operatori booleani (6)
• digestive system NOT liver: i documenti
contengono solo digestive system, escludendo
quelli in cui è presente anche liver.
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PubMed: la ricerca avanzata (1)
• Con la ricerca avanzata possiamo creare ricerchecomplesse in modo facilitato grazie alla presenza delmenù a tendina, nonché gestire ricerche già effettuatecombinandole in nuove strategie.
• Possiamo ad esempio cercare, all’interno di un unicoperiodico, tutti gli articoli pubblicati da un determinatoautore riguardanti un argomento particolare, indicandose necessario un preciso arco temporale.
• Con la ricerca avanzata possiamo anche «sfogliare» unperiodico fascicolo per fascicolo, anno per anno.
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PubMed: la ricerca avanzata (2)
• Grazie all’uso degli operatori booleani possiamosfruttare al meglio le potenzialità del PubMedAdvanced Search Builder, abbinando tra di lorosingoli campi di nostra scelta.
• Tutte le ricerche, anche quelle eseguite inprecedenza (history), possono essere combinatetra loro a piacimento usando gli operatoribooleani (preceduti dal simbolo cancelletto).
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PubMed : la ricerca avanzata (3)
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PubMed : la ricerca avanzata (4)
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Pubmed: la ricerca avanzata
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Con il menù a tendina possiamo
scegliere i campi da utilizzare
per la ricerca …
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PubMed : la ricerca avanzata (5)
75
… e scegliere l’operatore
booleano più appropriato
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76
Cerco Blood Pressure nel
thesauro MESH
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85
In questa maschera (HISTORY)
possiamo controllare tutti i
passaggi effettuati nel corso
della sessione di ricerca
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PubMed: gestire i risultati della
ricerca (1)
(DISPLAY SETTINGS:)
FORMAT – (ITEMS) – SORT BY
Consentono di scegliere il formato di visualizzazione, il
numero di citazioni per pagina, e un riordinamento della
bibliografia in base a criteri scelti personalmente.
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Prima
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Ora
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PubMed: gestire i risultati della
ricerca (2)
SEND TO:
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Collections E-mail
Order My Bibliography
Citation manager
Consentono di salvare, creare archivi temporanei o permanenti, inviare per e-mail i risultati della ricerca.
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Possiamo selezionare le citazioni di
nostro interesse con un semplice
click nel quadratino (check box)
accanto alla citazione stessa
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ENDNOTE (programma per la gestione delle
bibliografie) è uno degli strumenti messi a
disposizione gratuitamente dall’Ateneo di Brescia
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E’ molto importante gestire la propria
bibliografia in modo accurato fin dall’inizio del
percorso di ricerca bibliografica
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Si può utilizzare il proprio account
di posta gmail per registrarsi senza
dover creare un nuovo profilo
Oppure ci si registra come nuovo
utente seguendo le istruzioni
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PubMed: MY NCBI (1)
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PubMed: MY NCBI (2)
La registrazione in My NCBI consente di:
• salvare le ricerche, le strategie di ricerca e impostare alertautomatici con frequenza personalizzata
• creare raccolte di citazioni (Collections), con la possibilità dicondivisione delle stesse e quindi di rendere «pubblica» lapropria bibliografia
• aggiungere manualmente citazioni di provenienza diversarispetto a Pubmed
• creare e gestire, in quanto autore, la propria bibliografia (Mybibliography)
La registrazione è gratuita e l’accesso può avvenire già dallahomepage di PubMed
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PubMed: ulteriori strumenti e risorse
Dalla homepage di PubMed, tra i tanti altri link a disposizione,
trovate anche:
• SINGLE CITATION MATCHER
• CLINICAL QUERIES e CLINICAL TRIALS
• TOPIC-SPECIFIC QUERIES
• JOURNALS IN NCBI DATABASES
• BOOKSHELF
• PUBMED CENTRAL
• e per approfondire o ripassare … PUBMED TUTORIALS !!
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Utile per la ricerca o la verifica di una citazione
di cui non trovate più dati fondamentali
per la redazione della bibliografia finale
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La ricerca bibliografica: consigli
• Scegliete la banca dati / le banche dati più appropriata/e alle vostreesigenze (che possono variare nel tempo e/o con lo svilupparsi dellatesi).
• Formulate il quesito scientifico oggetto della ricerca nel modo piùchiaro possibile, scomponendo l’argomento in tanti concetti chiavecorrelati tra di loro e individuando i termini adeguati e corretti inlingua inglese: potete avvalervi in questa fase di dizionari edenciclopedie.
• Siate aperti e disponibili, via via che il vostro lavoro procede e levostre conoscenze in materia si fanno più approfondite, a rivedere ericalibrare la ricerca bibliografica fatta preliminarmente.
• Non restringete eccessivamente la ricerca in fase iniziale, potresteritrovarvi frustrati per aver ottenuto un numero limitato didocumenti.
• Sfruttate al meglio le bibliografie di lavori già reperiti…. Se ilcontenuto di quegli articoli «centra» il vostro argomento, lebibliografie contenute saranno in buona percentuale pertinenti!
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Università degli Studi di Brescia
Sistema Bibliotecario di Ateneo
BIBLIOTECA di INGEGNERIA e MEDICINA
Sede di Medicina
25 ottobre 2016
INTRODUZIONE ALLA RICERCA BIBLIOGRAFICA in PUBMED
Vi ringrazio per l’attenzione.
Università degli studi di BresciaBiblioteca di Ingegneria e MedicinaSede di MedicinaTel. 030 3717368 e-mail [email protected]
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