Un tool per la visualizzazione e l'analisi di reti biologiche e sociali
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Fabio RinnoneMatricola 667/001087
Università di CataniaFacoltà di SS. MM. FF. NN.
Dipartimento di Matematica e InformaticaCorso di Laurea di Primo Livello in Informatica
Relatore: Prof.ssa GiugnoCorrelatore: Dott. Pigola
Un tool per la visualizzazionee l'analisi direti biologiche e sociali
Graphtool
Visualizzazione ed analisi di retiReti Sociali
Reti Biologiche
Resource Description FrameworkSviluppato in linguaggio Java
Portabilità
Estendibilità
JUNGJava Universal Network/Graph Framework
Interfaccia utente
Resource Description Framework
Standard proposto da W3CDescrizione/modellazione di risorse disponibili nel WebRisorse identificate tramite URI
StatementsTriple subject predicate objectLiteralsURIBlank Nodes
Resource Description Framework
Sintassi per RDF
RDF/XMLNotazione basata su XMLBlank Node IdentifierTyped Literals/Plain Literals
Notation3Notazione testualeFormato compatto e leggibileMaggiore espressività rispetto a RDF/XML
Altre notazioniN-TriplesTurtleTriGTriX
Centralità: esempio
Classe di 30 studenti che devono eleggere il proprio rappresentante
Si costruisce la rete che rappresenta i risultati delle votazioni
Uno studente è più centrale se più studenti lo hanno votatoMisura dipendente dal numero di archi entranti
Indegree centrality
Degree Centrality
Misura calcolata in funzione del grado (degree) di un vertice
Inoutdegree
Indegree
Outdegree
Usata per network statistiche
Misura locale
Dipende solo dai nodi vicini
Closeness Centrality
Trovare la posizione ottimale per un centro commercialeMinimizzare la distanza totale dai clientiOttimizzazione dello spostamento dei clienti
Trovare i vertici con minima distanza totale
Centralità
Betwenness Centrality
Barycenter
Centralità orientate al Web
Page Rank
Hub & Authority
Subgraph Matching
Ricerca di sottostrutture all'interno di un grafo
Problema NP-Completo
Algoritmo VF2 modificato
query target
Proprietà delle Query
Self-loops
Archi multipli
Network labeled/not labeled
Network directed/not directed
Tipi di Query
Query esatte
Query approssimate
NODO
ARCO
LABELED
UNLABELED
Motifs
Feed-Forward Loop
Match totali e distinti
Due match sono distinti se sono diversi in almeno un nodo
query target
match 1match 1match 2match 2
Trovati 2 match totali
Trovati 1 match distinto
Match statisticamente significativiMatch statisticamente significativi
Motif verification
È possibile generare reti casuali con le stesse caratteristiche della rete input
Numero di vertici
Numero di archi
Grado dei vertici
Scambio degli archiDefault: 100 switch/edge
Generazione di network casualiDefault: 100 network
Calcolo del numero di occorrenze della query in ogni networkCalcolo di alcuni indici statistici
E-Value/Z-Score
Ringrazamenti
Prof.ssa Giugno
Dott. Pigola
La mia famiglia
I miei amici