“UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores •...
Transcript of “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores •...
![Page 1: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/1.jpg)
“UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES MEDIADAS POR
RAS”
MAURA CÁRDENAS GARCÍACentro de Química BUAP
![Page 2: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/2.jpg)
Estructura de la presentación
Herramientascomputacionales
Transducción de señales
Oligonucleótidos queforman triple
hélice
Modelos Computacionales
propuestos
Resultados experimentales
![Page 3: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/3.jpg)
Transducción de señales
![Page 4: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/4.jpg)
División celular
Crecimiento
EnvejecimientoMuerte celular Diferenciación
![Page 5: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/5.jpg)
El control central de las señales paracrinas esta dado por las
señales endocrinas u hormonalesLas células de las glándulas de secreción interna:
-Hipófisis-Tiroides-Islotes de páncreas-Suprarrenales-Ovarios-Testículos
![Page 6: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/6.jpg)
Características de los receptores
• Reconoce a la señal química
• Activa la secuencia de eventos que conducen a la respuesta celular.
![Page 7: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/7.jpg)
Naturaleza química de la señal extracelular
• Lípidos, por ejemplo los esteroides y las prostaglandinas.
• Péptidos, por ejemplo algunos factores de crecimiento.
• Aminas, por ejemplo trifluoroacetil azobenceno.
• Iones, por ejemplo oxido nítrico y monóxido de carbono.
![Page 8: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/8.jpg)
Localización de los receptores
• Receptores membranales
• Receptores citoplásmicos
• Receptores nucleares
![Page 9: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/9.jpg)
Receptores membranales
• Receptores que tienen un dominio transmembranal, por ejemplo EGFR, PDGFR, TGFβR o TNFαR.
• Receptores con dos dominios transmembranales, por ejemplo receptores para insulina.
• Receptores de siete dominios transmembranales, por ejemplo hormonas como adrenalina, vasopresina, angiotensina II, bradikinina y bombesina, neurotransmisores como noradrenalina, dopamina y serotonina.
• Receptores formados por dos o mas subunidadestransmembranales, que se expresan básicamente en células del sistema inmune, por ejemplo interferon, interleucinas o GM-CSF.
• Receptores de las moléculas de adhesión por ejemplo integrina. La integrina posteriormente se une a a-actina, talina, fimbrina, vinculina o tensina.
![Page 10: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/10.jpg)
ααααααααγγγγγγγγββββββββ
olores
2000 receptores de siete dominios transmembranales distintos
sabores
hormonas
Factores de crecimiento
neurotransmisores
luz
![Page 11: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/11.jpg)
Receptores citoplásmicos
• Por edición alternativa de los genes correspondientes se generan algunas formas “solubles” o no membranales de los receptores para angiotensina II, IL-1, IL2, Il4 e IL-6, TNFα, IFγ y GH.
• Receptores citoplásmicos, por ejemplo los receptores para esteroides, se dividen en receptores para:
a) Glucocorticoidesb) Mineral corticoidesc) Andrógenos y estrógenos
![Page 12: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/12.jpg)
Receptores nucleares
• Los receptores de las hormonas tiroideas, retinoides, vitamina D y ecdisona, en ausencia de ligando, se encuentran en el núcleo en sitios específicos de DNA.
![Page 13: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/13.jpg)
Receptor
![Page 14: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/14.jpg)
Mecanismos o Sistemas de transducción
• Sistema de la adenilato ciclasa.
• Sistema de fosfoinositidos-calcio.
• Sistema de la proteína cinasa activada por mitógeno MAPK.
• Sistema de activación de los factores de transcripción STAT.
• Sistema de la esfingomielinasa-ceramida
• Sistema de receptores que funcionan como canales iónicos.
![Page 15: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/15.jpg)
PP
ATP ADP + Pi
H2OPO-4
PK
P
P
P
P
P
![Page 16: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/16.jpg)
TCFTCFSRESREPP
PPPP
TATATATA TRETRE TATATATA
cc--fosfos cc--junjun
PKCPKC
PKAPKA
MEKKMEKK
JNKKJNKK
JNKJNK
HH--RasRas
MEKMEK
RafRaf--11
ααααααααββββββββ
γγγγγγγγAC
AC
αα αααα ααββ ββββ ββ
γγ γγγγ γγPLCPLC
MAPKMAPK
![Page 17: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/17.jpg)
PHPDK1
PKA
Ser473
PKB PH
SGK
S6KDominio
autoinhibitorio
Sitio de reclutamiento ERK
PKCαααα
RSK
Dominio C
Thr308
![Page 18: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/18.jpg)
Src (Yes, Lyn, Blk)Dominio de
cinasa
SH3 SH2 LckSH4
Dominio de
cinasa
SH3 SH2 FynSH4
Interdominio BSH2Syk SH2
Dominio homologo a JAK
JAK1, JAK2,
TYK2, JAK3 Pseudodominio
de cinasa
Dominio de union a integrinas
Dominio de union a paxilina
Fak
Region de union a CD4/CD8
Region de union a CD εεεε,γγγγ,δδδδ/TCRζζζζ
![Page 19: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/19.jpg)
Estabilidad química de los aminoácidos fosforilados
(+) aminoácidos más estables; (-) aminoácidos menos estables
Naturaleza de los aminoácidos
O-Fosfatos + -
Fosfoserina + -
Fosfotreonina + +
Fosfotirosina + +
N-Fosfatos
Fosfoarginina - -
Fosfohistidina - +
Fosfolisina - +
Acil-Fosfatos
Fosfoaspartato - -
Ácido Básico
Estabilidad en:
![Page 20: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/20.jpg)
H--- C — CH2--OH
C —OO -
NH3+
H--- C------------ C-----CH3
C —OO - H
NH3+ OH
H--- C — CH2---
C —OO -
NH3+
---OH
Ser
Tyr
Thr
H--- C — CH2—PO2-
C —OO -
NH3+
3
Fosfoserina
![Page 21: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/21.jpg)
H--- C — CH2---
C —OO -
NH3+
His
N
NH
1 2
34
5
H--- C — CH2---C
C —OO -
NH3+
AspO
O -
H2N—P---O-
O
O -
Fosforamidato
![Page 22: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/22.jpg)
ββββARK
GE
PP
PKA
ββββARK
pH
GRK
PP
Alta afinidadBaja afinidad
Desensibilización
Fosforilación
Resensibilización
Desfosforilación
Internalización
AMPc
Dinamina
AAA
A
A
A
![Page 23: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/23.jpg)
Señales extracelulares
Cinasas y Fosfatasas de proteínas
Fosforilación y defosforilación
Actividad de factores de transcripción
Unión a DNA
Localización celular
Oligomerización Unión a correguladores
Estabilidad proteíca
Estructura de la cromatina
![Page 24: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/24.jpg)
A.
CaM
PP1
PP2B
PP2A
Pro R
39%
49%
Subunidad catalítica (C) Subunidades reguladoras (R)
Inhibidor-1, DARP-32,
inhibidor-2, subunidad de
unión al retículo
sarcoplásmico y glucógeno,
subunidad miofibrilar.
B 19 kDa isoformas αααα y ββββ
-----------------------------------------------------
RC
![Page 25: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/25.jpg)
A
C
B’’
B’
B
B’’’
PR65 αααα, ββββ, γγγγ o δδδδ
PR61 αααα, ββββ, γγγγ, δ δ δ δ o ττττ
PR72, PR130,
PR59 o PR48
PR93/SG2NA
PR110/estrintina
PR65
α α α α o ββββ
PP2Ac
α α α α o ββββ
![Page 26: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/26.jpg)
A
C
B’’
B’
B
B’’’estriatina
SG2NA
Caspasa-3
PTPA
nucleorodoxina
Proteína t intermedia y pequeña del polioma
HSF2
JAK2
CKIIααααCAMK4
FAK1 y 2
Bcl-2
p70s6K
I1PP2A
I2PP2A
Tap42αααα
vimetina
Receptor de TGFββββ
HIV1
adenovirusa
APC Ciclina G
PKR
SRC (Hox)
E4
Paxilina
Cdc6
CG-NAP
P107/Rb
Proteína t pequña SV40
![Page 27: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/27.jpg)
Señales Intracelulares mediadas por Ras
0 7
1
5
6
43
3
4
19
34
89
77 76
83
85
75
39
60
50 41
110103
104
111
117118
61
51
48
47 10
12
14
80
35
18
25
23
24
74
31
46
78
40
72
73
42
52
56
59
95
22
57
62
66
70
93
113
120
94
37
122
112
27
15
30
90
79
97
99
114
119
84
1681
2021
28
26 13
63
36
86
115
96
52
8887
6564
55
98
92 101
106 100 108
107
105
109
69 67 68
49
96
54 58
53
8
2
38
9
110
45
44
17
82
121
33
32
91
116
71
29
102
![Page 28: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/28.jpg)
G16-12 h
S6-8 h
G23-4 h
M 1h
Factores de crecimiento
p15p15
p53
p21p27 TGF 3Rb
E2F
E2FP Rb
ERK
TGF 3
CDK 4, 5
Ciclina D
PCNA
p107&E2F
Ciclina E
CDK2
PCiclina BCdc2MAPK
MPM2K
p107&E2F
Ciclina E
CDK2
Ciclina BCdc2
Ciclina BCdc2
Ciclina HCDK7
Cdc25A
Mik1
Wee1
PP1
Cdc25A
P Ciclina BCdc2
P P
P14-3-3 σ
Cdc2
Ras
Raf
Myc
ARF
MDM2 ARF
CDC25
P P P
PP2A
![Page 29: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/29.jpg)
EGFR
Raf PI3KRal-GDS
14-3-3σσσσ
AKT/PKB
AP1
AC
ARFATM
ATR
BAD
BaxcAMP
Cdc2 CDC25C
cFos
cJun
cMyc
Chk1
R7DTM
PGi PGq
PKC
PLCββββ
DG
Shc
Grb2
Ras
MKK1
ERK PDK
PKA
R7DTM
E2FElk1
GADD45
JNK
MDM2
p21
p300p53
PAK
PML
Rac
Sos
PtdIns(3,4,5)P3MEK JNKKRalRho
PLD1RalBp1
PC PA Cdc42/Rac
G2DDC
DNAPK
![Page 30: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/30.jpg)
Vías de señalización a modelar
• Raf1
• PI3K
• RalGDS
• Ciclo celular
![Page 31: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/31.jpg)
Oligonucleótidos que forman una triple hélice
![Page 32: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/32.jpg)
Oligonucleotidos terapeúticos
• Oligonucleótidos que forman triple hélice
DNA y/o RNA
• Ribozimas RNA
• Antisentido
DNA o RNA
![Page 33: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/33.jpg)
![Page 34: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/35.jpg)
Herramientas Computacionales
![Page 36: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/36.jpg)
Modelos computacionales de sistemas biológicos
Brigthman y Fell, 2000; Bhalla y Iyengar 1999
Activación por EGF y NGF, y su relación con MAPK cinasas. Ca2+, PKC, PKA, CaM y sistema CaMKI
Paralelo distribuido, emergente El comportamiento de las proteínas depende de sus variables fisicoquímicas como la concentración y la afinidad. Los cambios de estas variables se representan con respecto al tiempo continuo, mediante ecuaciones diferenciales.
Modelos continuos
Paton et al., 1995;
Fisher, et al., 2000
González-Pérez et al, 2003.
Señalización intracelular Paralelo distribuido, emergente La célula se considera como una colección de agentes que trabajan en paralelo y se comunican entre ellos a través de mensajes
Sistemas distribuidos (agentes)
Bray, 1990;
Bray y Lay, 1994;
Bray, 1995;
Pritchard y Dufton, 2000;
Paton, 1993
Redes proteicas, señalización intracelular
Paralelo distribuido, emergente Las redes proteicas de señalización se ven como neuronas artificiales. Como una neurona artificial, una proteína recibe un valor de entrada, produce una salida, y un valor de activación
Redes neuronales artificiales
Holcombe, 1994
Doi et al, 2004
Vías metabólicas Secuencial concurrente La célula se considera como gráfico conectado con dos tipos de nodos. Un tipo representa elementos o moléculas de señalización y el otro representa transiciones como la activación
Redes de Petri
Marijuan, 1994;
Levy, 1992; Wurthner et al., 2000
Redes proteicas, señalización intracelular
Paralelo La interacción entre las proteínas se modela como matriz, donde el estado de un elemento de la matriz depende de los estados de los elementos vecinos
Autómatas celulares
Lagunez-Otero, 1998;
Takai- Igarashi y Kaminuma, 1998
Señalización intracelular Paralelo secuencial Las interacciones entre los componentes de las redes de señalización se modelan usando reglas de producción
Sistemas expertos
Kauffman, 1991;
Edwards, 1995;
Karp y Paley, 1994;
Armas et al 2000
Redes genéticas, interacción entre genes
Paralelo Se consideran dos estados para cada gen, y la interacción entre ellos. El estado de cada gen depende de una función booleana particular
Redes booleanas
ReferenciasSistema biológico modeladoForma de procesar la información
Idea relacionada con la aproximación
Aproximación computacional
![Page 37: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/37.jpg)
Kauffman. Redes Booleanas. Redes Genéticas
![Page 38: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/38.jpg)
Takai-Igarashi y Kaminuma. Paraelo secuencial
![Page 39: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/39.jpg)
Marijuan. Autómatas celulares.
![Page 40: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/40.jpg)
Doi. Redes de Petri. Vías metabólicas.
![Page 41: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/41.jpg)
Bray. Redes Neuronales.
![Page 42: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/42.jpg)
Dufton. Redes Neuronales.
![Page 43: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/43.jpg)
Paton y Fisher. Sistemas distribuidos. (Agentes).
![Page 44: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/44.jpg)
Brigthman. Modelos Continuos.
![Page 45: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/45.jpg)
Bhalla. Modelos Continuos.
![Page 46: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/46.jpg)
Herramienta seleccionada
Sistema experto
![Page 47: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/47.jpg)
Sistemas dinámicos
Son aquellos en los cuales el estado del sistema se determina por su estado inicial e influencias externas que lo modifican. El espacio de tiempo en que ocurra esto puede ser continuo, o una secuencia discreta de momentos
Estado 1 Estado 2 Estado Final
∆∆∆∆t1 ∆∆∆∆t2
. . .
![Page 48: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/48.jpg)
Características de los sistemas expertos
• Búsqueda heurística
• Lógica y razonamiento
• Lenguajes y herramientas de programación específicos
• Representación del conocimiento
Nivel 1
Nivel 2
Nivel 3
Nivel 4
![Page 49: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/49.jpg)
Estructura de los sistemas expertos
Módulo deExplicaciones
Interfaz de entrada/ salida
Mecanismo de
inferencia
Base de conocimientos
Memoria de trabajo
Modulo de aprendizaje
Entrada
Salida
![Page 50: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/50.jpg)
Primer Modelo
![Page 51: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/51.jpg)
![Page 52: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/52.jpg)
![Page 53: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/53.jpg)
E N I F F F F F F F F F F F F F F F F
0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
3 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
37 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1
27 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0
26 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1
28 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0
9 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
29 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
5 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
7 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
13 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
8 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
10 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
12 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
34 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Element Final States
25 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
24 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
22 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
40 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
15 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
16 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0
6 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
39 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
14 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1
19 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1
30 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1
35 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1
21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
38 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
18 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
20 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
23 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
26 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
![Page 54: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/54.jpg)
Sistema experto
![Page 55: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/55.jpg)
Proteína
Factor de transcripción
bZipAP1
![Page 56: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/56.jpg)
![Page 57: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/57.jpg)
![Page 58: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/58.jpg)
![Page 59: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/59.jpg)
![Page 60: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/60.jpg)
![Page 61: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/61.jpg)
![Page 62: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/62.jpg)
![Page 63: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/63.jpg)
Resultados experimentales
![Page 64: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/64.jpg)
Triplex
![Page 65: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/65.jpg)
Desnaturalización térmica
![Page 66: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/66.jpg)
Dicroismo circular
![Page 67: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/67.jpg)
Movilidad en gel
![Page 68: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/68.jpg)
AB
C D
Internalización del oligonucleótido
![Page 69: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/69.jpg)
Curva de crecimientolínea celular de cáncer de mama MCF7
µµµµM Adriamicina
s/n
0.5
1
5
10
15DE
NS
IDA
D Ó
PT
ICA
TIEMPO (h)
![Page 70: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/70.jpg)
A B
µµµµg oligo/ml MCs/n
c/a s/o0.0250.05
124
DE
NS
IDA
D Ó
PT
ICA
TIEMPO (h)
![Page 71: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/71.jpg)
B
Índice mitótico relativo
C
G1:69S:9
G2/M:22
M1M2
M3
G1:73S:10
G2/M:17
M1M2
M3
A
![Page 72: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/72.jpg)
8hC/A
8hC/AO
12hC/A
12hC/AO
16hC/A
16hC/AO
8hC/A
8hC/AO
12hC/A
12hC/AO
16hC/A
16hC/AO
Hibridación tipo Westernempleando anti 14-3-3σσσσ
C/A Con adriamicinaC/AO Con adriamicina y oligonucleótido
![Page 73: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/73.jpg)
![Page 74: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/74.jpg)
Genoma FuncionalProcarionte
Cuando se tiene la secuenciacompleta de un genoma, que nos
dice?
![Page 75: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/75.jpg)
Genomica Procarionte: desde 1996 a la fecha
Haemophilus influenzaefue la primerasecuencia bacterianapublicada(1.83Mb),1995.
Bacteria 182 (506)
Archeae20 (27)
Industry ???
Hemophilus
influenzae
Methanococcus
jannaschii
(Archaea)
Leptospira interrogans
(Bacteria)
Lactococcus
lactis (Bacteria)
![Page 76: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/76.jpg)
1. Se tiene la secuencia.
2. Interpretación: de la secuancia de nucleotidos a los genes potenciales y la predicción de la función
3. Comparación de genomas.
4. Vías metabólicas.
![Page 77: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/77.jpg)
Como se obtiene una secuencia?
• Se sub-clona el DNA genómico en plásmidos.
• Las clonas deben ser de 6 a 8 veces el tamaño del genoma, para asegurarse que estetodo.
• Se obtiene la secuencia de cada fragmento.
• Se eliminan repeticiones y se obtiene la secuancia completa.
![Page 78: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/78.jpg)
![Page 79: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/79.jpg)
![Page 80: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/80.jpg)
Procesamiento de datos
![Page 81: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/81.jpg)
Reuniendo todo
Existen diferentes programas que nos permiten leer una secuencia “GCG” de la Universidad de Wisconsin. El Staden originalmente diseñado porRodger Staden y modificado por otros en el Centro Sanger para la investigación genómica. Este últimoes gratis para las institutciones academicas.
![Page 82: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/82.jpg)
![Page 83: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/83.jpg)
![Page 84: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/84.jpg)
Secuencia
*Continuidad
*Discontinuidad
*Uso de PCR
![Page 85: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/85.jpg)
![Page 86: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/86.jpg)
![Page 87: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/87.jpg)
Software que nos permite identificar genes bacterianos
Glimmer: es un sistema que nos permite identificar genes de bacterias, archaea, y virus. Glimmer (Gene Locator and Interpolated Markov Modeler) usa modelos de Markov interpolados (IMMs) para identificar posibles genes (The institute for genomic research, TIGR).
GeneMark: es un programa que tambien utiliza modelos de Markov paraidentificar regiones codificantes y no codificantes (European Bioinformatics group EMBL-EBI).
EasyGene – Permite identificarposibles genes mediante estadisticasignificativa. Creado por Thomas Schou Larsen y Anders Krogh. BMC Bioinformatics 2003, 4:21 (Center for biological sequence analysis).
![Page 88: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/88.jpg)
Predicción de la función genética
De la secuencia de DNA a la secuencia de aminoacidos y a la secuancia proteíca:
Traducción de la secuancia de DNA a la de aminoacidos considerando el uso preferencial de codones. Comparar la proteina obtenida con lasreportadas o almacendas empleando BLAST Basic local alignment tool. National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20894.
Interpretación de resultados: claros, probables, indicativos y desconosidos.
Realidad: La función de aproximadamente el 40% de las proteinas bacterianas no se conose.
![Page 89: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/89.jpg)
![Page 90: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/90.jpg)
![Page 91: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/91.jpg)
![Page 92: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/92.jpg)
![Page 93: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/93.jpg)
![Page 94: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/94.jpg)
![Page 95: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/95.jpg)
![Page 96: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/96.jpg)
![Page 97: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/97.jpg)
![Page 98: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/98.jpg)
![Page 99: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/99.jpg)
![Page 100: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/100.jpg)
CluSTr (Clusters of SWISS-PROT y TrEMBL)
http://www.ebi.ac.uk/clustr/
![Page 101: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/101.jpg)
![Page 102: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/102.jpg)
![Page 103: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/103.jpg)
Pfam
Pfam es una gran colección de alineamientos múltiplesmodelos de Markov organizan el familias y dominiosproteícos. Nos permite
*Visualizar alineamientos múltiples.*Ver arquitecturas proteícas.*Examinar distribuciones entre especies. *Interactuar con otras bases de datos. *Ver estructuras de proteinas conocidas.
![Page 104: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/104.jpg)
PRINTS
PRINTS es compendio de huellas de proteínas. Una huella es un grupo de motivos o secuencias conservadasusadas para caracterizar a una familia de proteínas.
![Page 105: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/105.jpg)
ProDom
ProDom es un compendio de familias de dominiosprotéicos generados automaticamente de las bases de secuencias SWISS-PROT y TrEMBL .
![Page 106: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/106.jpg)
Rfam
Rfam es una colección de alineamientosmultiples de secuencias y modelos de covariancia, de familias de RNA no codificante.
Veer y bajar alineamientos multiples de secuencias.
Determinar familias. Examinar distribución de especies en miembros de la familia.
![Page 107: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/107.jpg)
InterProDataflow scheme
![Page 108: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/108.jpg)
![Page 109: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/109.jpg)
![Page 110: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/110.jpg)
![Page 111: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/111.jpg)
![Page 112: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/112.jpg)
![Page 113: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/113.jpg)
![Page 114: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/114.jpg)
![Page 115: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/115.jpg)
![Page 116: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/116.jpg)
ABC transporters en Escherichia coli K-12 M1655
![Page 117: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/117.jpg)
ABC transporters en Pseudomonas aeruginosa
![Page 118: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/118.jpg)
Two-component system - Escherichia coli K-12 MG1655
![Page 119: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/119.jpg)
Two-component system - Bacillus subtilis
![Page 120: “UN MODELO DE SEÑALES INTRACELULARES … · de carbono. Localización de los receptores • Receptores membranales ... ecuaciones diferenciales. Modelos continuos Paton et al.,](https://reader030.fdocument.pub/reader030/viewer/2022021805/5bad4cc409d3f23f0d8d136c/html5/thumbnails/120.jpg)