Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet...
Transcript of Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet...
![Page 1: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/1.jpg)
Två år med direkt-PCR Maria Rotzén Östlund
Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, virus, Solna, Karolinska
universitetssjukhuset
![Page 2: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/2.jpg)
När får vi svaret?
Två år med direkt-PCR
![Page 3: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/3.jpg)
Två år med direkt-PCR
När får vi svaret?
Bild: Gotland.se samt sr.se
![Page 4: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/4.jpg)
Tidigare snabba metoder
Somliga okänsliga (t ex vissa immunkromatografiska
tester)
Somliga passade inte för stora flöden
(immunofluorescens)
Två år med direkt-PCR
![Page 5: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/5.jpg)
Tidigare känsliga metoder
Oflexibla med batchkörningar (som ”vanlig” PCR)
Två år med direkt-PCR
![Page 6: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/6.jpg)
Två år med direkt-PCR
![Page 7: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/7.jpg)
Omvärldsanalys
Ny teknik, nya
möjligheter.
Snabba
molekylärbiologiska
metoder.
Två år med direkt-PCR
![Page 8: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/8.jpg)
Upphandling, några krav:
Kontinuerlig analys och utsvarning
Nukleinsyraextraktion & nukleinsyrapåvisning i samma instrument
Enkelt handhavande
Rikttid: 1-2 timmar från primärrör till svar
Två år med direkt-PCR
![Page 9: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/9.jpg)
Upphandling, instrument och agens
Fyra olika analyser/analyspaket
• Clostridium difficile (feces)
• Norovirus (feces och kräkning)
• Influensa & RS-virus (luftvägsprover)
• Herpes simplex 1 & 2 (csv)
Två år med direkt-PCR
![Page 10: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/10.jpg)
Upphandling, volymer
Fyra olika analyser/analyspaket
• Clostridium difficile (feces), ca 12 000 prov/år
• Norovirus (feces och kräkning), ca 6 500 prov/år
• Influensa & RS-virus (luftvägsprover), ca 8 000 prov/år
• Herpes simplex 1 & 2 (csv), ca 3 000 prov/år
Två år med direkt-PCR
![Page 11: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/11.jpg)
Vilka blev det?
Två år med direkt-PCR
![Page 12: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/12.jpg)
Focus Simplexa (Triolab)
Influensa A och B, RSV
Två år med direkt-PCR
![Page 13: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/13.jpg)
Norovirus
GeneXpert (Cepheid- Diagentec)
Två år med direkt-PCR
![Page 14: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/14.jpg)
Abacus (Triolab)
C difficile-toxin
Två år med direkt-PCR
![Page 15: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/15.jpg)
Focus Simplexa (Triolab)
Herpes simplex 1 och 2, likvor
Två år med direkt-PCR
![Page 16: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/16.jpg)
Gemensamt för alla instrument
Kontinuerlig analys och utsvarning
Nukleinsyraextraktion & nukleinsyrapåvisning i samma
instrument
Rikttid: 1-2 timmar från primärrör till svar
Enkelt handhavande
Två år med direkt-PCR
![Page 17: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/17.jpg)
Två år med direkt-PCR
Provflöden i Direkt-PCR labbet
Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet
C. difficile 12 000
2+2 4 prov/körning och instrument
Norovirus 6500
1+1 16 moduler/instrument
Influensa & RSV 8000
8 prov/körning och instrument
HSV 1 & 2 3 000
2+2
![Page 18: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/18.jpg)
Säsongen 2014-2015
Start oktober 2014
Två år med direkt-PCR
![Page 19: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/19.jpg)
Mikrobiologen
Solna Huddinge
Två år med direkt-PCR
![Page 20: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/20.jpg)
Team direkt-PCR första säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
![Page 21: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/21.jpg)
Team direkt-PCR första säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
Alla från
Klinisk
mikrobiologi
![Page 22: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/22.jpg)
Erfarenheter
Tekniskt
Svarstider
Arbetsmiljö
Kundperspektiv
Två år med direkt-PCR
![Page 23: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/23.jpg)
Erfarenheter - teknik (2014-15)
Tekniskt fungerat tämligen väl, förutom:
En kontamination
En del instrumentproblem
Två år med direkt-PCR
![Page 24: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/24.jpg)
Två år med direkt-PCR
![Page 25: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/25.jpg)
Erfarenheter -kund
I början:
”Är svaret redan klart?”
I mitten:
”Åh, så bra med svar hela julhelgen” ”Kan vi akutmärka och få
ännu snabbare svar?”
I slutet:
”Varför har ni så oacceptabelt långa svarstider på kvällar och
helger, patienterna kan ju inte vänta på akuten så länge?”
Två år med direkt-PCR
![Page 26: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/26.jpg)
Erfarenheter – arbetsmiljö (samverkan)
Molekylären har förstärkts med två personer per site. Provflödet fungerar bra. Svaren är
fortfarande inte tillräckligt snabba så vi har inte fått färre samtal till
kundtjänst. Det har blivit mindre stress under
högsäsong vilket är positivt och det upplevs som
lugnare på alla placeringar.
Två år med direkt-PCR
![Page 27: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/27.jpg)
Svarstiderna?
Två år med direkt-PCR
![Page 28: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/28.jpg)
Influensa A och, RSV
Två år med direkt-PCR
0:00:00
4:48:00
9:36:00
14:24:00
19:12:00
24:00:00
28:48:00
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
2013 2014 2015
Tid
(h
:min
)
Medeltid
Mediantid
![Page 29: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/29.jpg)
Norovirus
Två år med direkt-PCR
0:00:00
4:48:00
9:36:00
14:24:00
19:12:00
24:00:00
28:48:00
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
2013 2014 2015
Tid
(h
:min
)
Medeltid
Mediantid
![Page 30: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/30.jpg)
C difficile-toxin
Två år med direkt-PCR
0:00:00
4:48:00
9:36:00
14:24:00
19:12:00
24:00:00
28:48:00
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
2013 2014 2015
Tid
(h
:min
)
Medeltid
Mediantid
![Page 31: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/31.jpg)
Sammanfattning säsong 2014-15
Genom att införa Direkt-PCR (”allt-i-ett”) på mikrobiologen har
tiden från primärrör ankommer till laboratoriet till svar minskat
från ca 24 timmar till ca tre timmar.
Framtiden:
För att ytterligare minska svarstiderna behöver vi öka
tillgängligheten, både vad gäller arbetstider och lokalisation.
Fler agens kan vara aktuella.
Två år med direkt-PCR
![Page 32: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/32.jpg)
Tillgänglighet
Två år med direkt-PCR
Öppet
Stängt
![Page 33: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/33.jpg)
Tillgänglighet
Två år med direkt-PCR
Öppet
Stängt
Kvällar
och nätter
Dagtid
![Page 34: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/34.jpg)
Karolinska universitetslaboratoriet
Två år med direkt-PCR
6 sjukhus
Ca 70 närlab
Service till:
Alla akutsjukhus utom St
Göran
Ungefär hälften av
primärvården
![Page 35: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/35.jpg)
24/7
Mikrobiologi alltid!
Eller
till kl 22? till kl 24?
från kl 6? från kl 7?
Lördag? Söndag?
Mikrobiologi överallt!
Eller
på mikro?
på gemensamma
24/7-lab?
på akuten?
Två år med direkt-PCR
![Page 36: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/36.jpg)
Vår vision:
Mikrobiologi på 24/7-laboratorier
Direkt-PCR, tex:
• C. difficile
• Norovirus
• Influensa
• RSV
Blododlingsskåp HIV/hepatit
Malaria
Biobank
Två år med direkt-PCR
![Page 37: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/37.jpg)
Vår vision:
Mikrobiologi på 24/7-laboratorier
Direkt-PCR, tex:
• C. difficile
• Norovirus
• Influensa
• RSV
Blododlingsskåp HIV/hepatit
Malaria
Biobank
Två år med direkt-PCR
![Page 38: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/38.jpg)
Syfte med införande, säsong två:
Behov av ännu snabbare diagnostik av
influensa-, RS- och norovirus
-Minska behovet av vård på enkelrum
-Vid mycket kort svarstid kan man erhålla ett bättre akut
omhändertagande av patienten
Två år med direkt-PCR
![Page 39: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/39.jpg)
Slutmål: Dygnet runt på de fyra största
akutsjukhusen
Två år med direkt-PCR
![Page 40: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/40.jpg)
Vision
Två år med direkt-PCR
SÖS
(kemi) DS
(kemi/trans)
KHu (kemi/trans)
KSo (kemi/trans)
Svar inom 4 h
![Page 41: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/41.jpg)
Steg 1 (delmål)
Införande på SÖS säsongen 2016
Steg 1) Steg 2)
Två år med direkt-PCR
Svar inom 4-10 h
SÖS (kemi)
KSo (mikro)
dag
KHu (mikro)
dag
SÖS
(kemi) DS
(kemi/trans)
KHu (kemi/trans)
KSo (kemi/trans)
Svar inom 4 h
![Page 42: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/42.jpg)
Start februari 2016
Två år med direkt-PCR
0
100
200
300
400
500
600
700
27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26
Vecka
Antal prover - luftvägsvirus
2011/2012
2012/2013
2013/2014
2014/2015
2015/2016
![Page 43: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/43.jpg)
Team direkt-PCR andra säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Transportansvariga
Lokalansvariga
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
![Page 44: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/44.jpg)
Team direkt-PCR andra säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Transportansvariga
Lokalansvariga
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
Klinisk kemi,
provmottagning
och klinisk
mikrobiologi
![Page 45: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/45.jpg)
Massiv utbildningsinsats
• Medicinsk
• ADBakt (mikrobiologens LIS) Smittskyddsanmälan!
• Metodologisk
• Superanvändare på kemi
• Teoretisk och praktisk utbildning på aktuella instrument, med all
personal på kemi SÖS (ca 30 stycken)
Två år med direkt-PCR
![Page 46: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/46.jpg)
Ett ”nytt” lab
Säkerhetsbänk
Uppkoppling mot mikrobiologens LIS
Instrument
Två år med direkt-PCR
![Page 47: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/47.jpg)
Detaljer - Organisation
EN person kontaktväg in till Klinisk mikrobiologi ->
namngiven molekylärbiolog
Medicinskt ansvarig – >
namngiven läkare på klinisk mikrobiologi
Två år med direkt-PCR
![Page 48: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/48.jpg)
Detaljer - märkning
SÖS använder rak märkning
Två år med direkt-PCR
![Page 49: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/49.jpg)
Detaljer - Dokument
Nya lathundar:
För analyserna
För utsortering
Två år med direkt-PCR
![Page 50: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/50.jpg)
Detaljer - Behörigheter
Behörighet
• Tekniskt ansvarig molekylärbiolog, Klinisk mikrobiologi
Behörighet • Områdesansvarig BMA, Klinisk kemi
Behörighet
• Personal Klinisk kemi
Två år med direkt-PCR
![Page 51: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/51.jpg)
Detaljer – Sortering av prov jourtid
Två år med direkt-PCR
Danderyd Huddinge Solna
Utförare: Kemi, DS Mikro, H Kemi, H Mikro, S Kemi, S
Mån-fre Hela dygnet Fram till 19 Kvällar och
nätter
Fram till 19 Kvällar och
nätter
Lör-sön,
helg Hela dygnet Till tidig em Kvällar och
nätter
Till tidig em Kvällar och
nätter
![Page 52: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/52.jpg)
Detljer - Transporter från DS → Solna →
Huddinge →SÖS
Två år med direkt-PCR
Danderyd Solna Huddinge Till SÖS
Mån-fre: 19:00 19:45 20:15
21:30 22:00 22:45 23:15
01:00 01:30 02:15 02:45
Lör-sön, helg: 16:00 16:30 17:15 17:45
18:30 19:00 19:45 20:15
21:30 22:00 22:45 23:15
01:00 01:30 02:15 02:45
![Page 53: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/53.jpg)
Detaljer – kompletterande analyser och
biobank
SÖS skickar (”tillbaka”) analyserade prov till mikrobiologen för
utvidgad diagnostik samt biobankning
Två år med direkt-PCR
![Page 54: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/54.jpg)
Start
Två år med direkt-PCR
SÖS v 7 2016
• Med stöd av mikrobiologens personal dygnet runt
• Endast SÖS prov analyseras
• Upplärning av kemis personal skedde parallellt med drift
Karolinska och Danderyd släpptes på v 8 2016
• Stöd av mikro dagtid och kvällstid
![Page 55: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/55.jpg)
Hur går det??
Två år med direkt-PCR
![Page 56: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/56.jpg)
En hel del upptäckter vid inkörning de första veckorna
Justering när mikro måste sluta köra prov för dagen
Justering av arbetstider
Första helgens ”återtransport” av prov till mikro – logistik
Två år med direkt-PCR
![Page 57: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/57.jpg)
Två år med direkt-PCR
0:00
12:00
24:00
36:00
48:00
60:00
72:00
84:00 Influensa A RNA TAT till prel svar
Medel, ankomst LNP till prelsvar
Median, ankomst LNP till prelsvar
Ankomst LNP till prelsvar 90%
![Page 58: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/58.jpg)
Två år med direkt-PCR
0:00
12:00
24:00
36:00
48:00
60:00
72:00
84:00
96:00
108:00
jan 2
013
feb 2
013
mar
2013
apr
2013
maj 2
013
jun 2
013
jul 2013
aug 2
013
sep 2
013
okt 2013
nov 2
013
dec 2
013
jan 2
014
feb 2
014
mar
2014
apr
2014
maj 2
014
jun 2
014
jul 2014
aug 2
014
sep 2
014
okt 2014
nov 2
014
dec 2
014
jan 2
015
feb 2
015
mar
2015
apr
2015
maj 2
015
jun 2
015
jul 2015
aug 2
015
sep 2
015
okt 2015
nov 2
015
dec 2
015
jan 2
016
feb 2
016
mar
2016
Tid (h:min)
Norovirus RNA, TAT, efter införande på SÖS
![Page 59: Två år med direkt-PCR - equalis.se · Två år med direkt-PCR Provflöden i Direkt-PCR labbet Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet C. difficile 12 000 2+2 4 prov/körning](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022012921/5c7869c009d3f268558bb153/html5/thumbnails/59.jpg)
En första sammanfattning av direkt-PCR
på SÖS, klinisk kemi
Genom att införa Direkt-PCR (”allt-i-ett”) på kvällar och nätter på
klinisk kemi på SÖS har svarstiden minskat än mer jämfört med
tidigare säsong. Ses fr a på de prov där svarstiden tidigare var
lång, t ex i samband med helger.
Framtiden:
För att ytterligare minska svarstiderna behöver vi öka
tillgängligheten, vad gäller lokalisation.
Fler agens kan vara aktuella.
Två år med direkt-PCR