Transcriptoma diferencial entre células-tronco mesenquimais ...
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RENORBIO
Programa de Pós-graduação em Biotecnologia
Transcriptoma diferencial entre células-tronco
mesenquimais humanas jovens e senescentes
Joana Cristina Medeiros Tavares
Natal – RN
2013
ii
Joana Cristina Medeiros Tavares
Transcriptoma diferencial entre células-tronco
mesenquimais humanas jovens e senescentes
Tese de Doutorado apresentada ao
Programa de Pós-Graduação em
Biotecnologia – RENORBIO, como parte
dos requisitos necessários para a
obtenção do título de Doutora em
Biotecnologia.
Área de concentração: Biotecnologia em
Saúde.
Orientadora: Profa. Dra. Silvia Regina
Batistuzzo de Medeiros.
Natal – RN
2013
iii
AGRADECIMENTOS
Aos meus pais por todo amor e ensinamentos dedicados a mim que me fizeram
ser quem sou.
Ao meu irmão, André Tavares, por ter feito as escolhas de sua vida sempre
pensando em como contribuir para meus estudos.
A toda minha família, por fazer parte do alicerce para a edificação deste sonho,
especialmente, à minha prima, Ana Carolina, por sua confiança e apoio na
realização dos meus objetivos.
À professora Dra. Silvia Regina Batistuzzo de Medeiros, pela oportunidade
dada à minha formação desde a iniciação científica, por ter permitido que eu
continuasse desenvolvendo o doutorado após a minha aprovação em concurso
para docente na UFRN/FACISA e por confiar na minha capacidade de
desenvolver este trabalho.
À UFRN pela estrutura física e pela oportunidade de ter estudado
gratuitamente com ensino de alta qualidade durante toda à minha vida
acadêmica.
Ao Ministério da Ciência e Tecnologia – MCT, por intermédio do Conselho
Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq e do Ministério
da Saúde - MS, por intermédio do Departamento de Ciência e Tecnologia da
Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos - DECIT/SCTIE -
Edital CT-Saúde/MS/SCTIE/DECIT/MCT/CNPq Nº 17/2008, pelo apoio
financeiro.
À minha grande amiga, companheira e colega de doutorado Déborah Afonso,
por seu incentivo, por sua ajuda, por seu carinho, por sua amizade, pelos seus
conselhos, por sua paciência, por sua alegria contagiante, e por toda sua
contribuição em todas as etapas dessa jornada, contribuindo fortemente para a
sua conclusão de maneira eficiente e prazerosa.
iv
A Isabella que foi uma grande companheira na realização de todas as etapas
experimentais deste trabalho, por sua companhia agradável e inteligente, e por
sua amizade verdadeira.
À professora Dra. Vivian Silbiger e ao professor Dr. André Luchessi , pela ajuda
nas análises dos dados de microarranjos e de RT-PCR em tempo real, e por
suas agradáveis companhias.
À pesquisadora Maria Eugênia do Laboratório de Microarranjos (LMA) – LNBio
- Laboratório Nacional de Luz Síncroton –Campinas/SP, por todo seu auxílio
técnico nas etapas de hibridização e aquisição dos dados de microarranjos.
Ao Laboratório Nacional de Luz Síncroton – Campinas/SP pela acomodação do
alojamento e toda a estrutura física disponível.
À minha grande amiga Adriana Brito, por todo seu apoio para que eu pudesse
conciliar o meu trabalho na FACISA com o meu doutorado, compartilhando
disciplinas, projetos, reuniões, orientações, e até casa e refeições em Santa
Cruz-SC. Obrigada também pelos momentos de descontração na praça
Tequinha Farias-SC, por sua ajuda nesta etapa final de organização de tese e,
principalmente, por sua sincera amizade.
A Pedro Henrique, pelo seu carinho, companherismo, incentivo e pelos
momentos de alegria vividos. Obrigada também à sua família, pela sua
receptividade sempre aconchegante e carinhosa, me proporcionando muita paz
e descanso.
Aos meus amigos constituintes de minha turma de biologia, especialmente,
Aurizângela, Daiane, Denise, Jefferson e Jule, que me proporcionaram muitos
momentos de alegria, compartilharam sonhos pessoais e profissionais, e por
continuarem dedicando seu carinho e amizade que contribuem para a
realização deste trabalho.
A todos os colegas do LBMG pela boa convivência, especialmente, a Daniel e
Fábio, por proporcionar dias de trabalho mais suaves e feliz, pela ajuda nas
análises de biologia de sistemas, pelo carinho e amizade.
v
A todos os companheiros e divertidos amigos do LAMA, Jana Dara, Felipe,
Nilmara, pelas músicas, danças, risadas e, principalmente, pela amizade e
companheirismo verdadeiro.
Ao meu amigo e colega de doutorado, Leonam, pelo seu contagiante otimismo
nos experimentos e em sua vida, pelos seus entusiasmantes planos do tipo
“cebolinha”, e por sua grande e inestimável amizade.
A toda família Pichorim pelo conforto de sua receptividade, atenção e apoio.
A Mayara e Giselle por todo seu apoio técnico e por sua convivência afável.
Aos alunos de iniciação científica, Guillermo Ortiz Brasil, Isabella Tannus Meira,
Luiza Xavier e Thais Pimentel, que contribuíram para realização dos
experimentos deste trabalho.
A Guillermo Ortiz, por sua amizade e pelo seu exemplo de perseverança,
dedicação e paciência.
A toda família Santos, por todo seu apoio, carinho e incentivo ao longo de toda
minha vida acadêmica.
Ao professor Dr. Geraldo Cavalcanti Júnior pela ajuda na realização dos
experimentos de citometria de fluxo.
À direção da FACISA/UFRN, por ter me liberado de algumas atividades de
docente, nestes dois últimos anos, em alguns momentos mais críticos para a
conclusão do doutorado.
vi
LISTA DE FIGURAS
FIGURA 1 Imagens das CTMH jovens e senescentes............................ 48
FIGURA 2 Imagens das diferenciações osteogênica, adipogência e
condrogênica das CTMH........................................................ 49
FIGURA 3 Gráfico mostrando que a comparação entre as CTMH/inv
senescentes e CTMH/inv jovens resultou em maior número
de genes diferencialmente expresso do que na comparação
entre as CTMH/n senescentes e CTMH/n jovens................... 50
FIGURA 4 Classificação funcional dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/n senescentes comparadas às
CTMH/n jovens....................................................................... 52
FIGURA 5 Rede de interações formada pelos genes diferencialmente
expressos em CTMH/n senescentes comparadas às
CTMH/n jovens....................................................................... 53
FIGURA 6 Rede de interações formada pelos genes diferencialmente
expressos em CTMH/n senescentes comparadas às
CTMH/n jovens no contexto genômico................................... 54
FIGURA 7 Classificação funcional dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às
CTMH/inv jovens..................................................................... 55
FIGURA 8 Rede de interações formada pelos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às
CTMH/inv jovens..................................................................... 57
FIGURA 9 Rede de interações formada pelos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às
CTMH/inv jovens no contexto genômico................................ 58
FIGURA 10 Sub-rede da figura 9a, destacando as moléculas que
interage diretamente como gene EGF................................... 59
FIGURA 11 Diagrama de Venn construído a partir das listas dos genes
das comparações CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens 60
vii
e CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens.......................
FIGURA 12 Classificação funcional dos 30 genes comuns às duas listas
de comparações CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens
e CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens...................... 61
FIGURA 13 Diagrama de Venn para identificação dos genes
diferencialmente expressos em ambas as comparações,
CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv
senescentes vs CTMH/n senescentes.................................... 62
FIGURA 14 Cluster hierárquico de todas as probsets diferencialmente
expressas em ambas as comparações CTMH/inv jovens vs
CTMH/n jovens e entre as CTMH/inv senescentes vs
CTMH/n senescentes............................................................. 64
FIGURA 15 Genes mais expressos em CTMH/inv jovens se tornaram
ainda mais expressos em CTMH/inv senescentes................. 65
FIGURA 16 Genes menos expressos em CTMH/inv jovens se tornaram
ainda menos expressos em CTMH/inv senescentes.............. 66
FIGURA 17 Cariótipo parcial das CTMH/inv mostrando a
inv(3)(p13p25~26) e seu
ideograma............................................................................... 68
FIGURA 18 Representação dos genes diferencialmente expressos em
CTMH/inv jovens comparadas as CTMH/n Jovens nas
categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity............. 70
FIGURA 19 Redes de interações formadas pela lista dos genes
diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv
jovens vs CTMH/n jovens....................................................... 71
FIGURA 20 Redes de interações formadas pela lista dos genes
diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv
jovens vs CTMH/n jovens no contexto genômico.................. 72
FIGURA 21 Representação dos genes diferencialmente expressos em
CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n jovens nas
categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity.............. 74
FIGURA 22 Redes de interações formadas pela lista dos genes
diferencialmente expressos apenas na comparação 76
viii
CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes...................
FIGURA 23 Sub-rede de interações da figura 22. Esta rede evidencia os
nós que se conectam ao bottleneck EGF.............................. 77
FIGURA 24 Sub-rede de interações da figura 12. Esta rede evidencia
somente os genes que se ligam diretamente a EGF ou aos
genes localizados em Inv (3): CNTN3, PDZRN3, LMCD1 e
BHLHE40........................................................................... 78
FIGURA 25 Rede de interações formada pela lista dos genes
diferencialmente expressos apenas na comparação
CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes inserida no
contexto genômico.................................................................. 79
FIGURA 26 Sub-rede da figura 25, destacando os nós conectados
diretamente ao gene EGF e os gene localizados na região
da Inv (3)................................................................................. 80
FIGURA 27 Gráfico mostrando as categorias funcionais mais
enriquecidas (com valor de p˂ 0,05 e somente aquelas com
representação superior à 5%) em ambas as comparações
CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv
senescentes vs CTMH/n senescentes.................................... 82
FIGURA 28 Rede de interações formada pela união entre os genes
diferencialmente expressos em ambas as comparações
(CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv
senescentes vs CTMH/n senescentes) e os exclusivamente
diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv vs
CTMH/n senescentes............................................................. 84
ix
SUMÁRIO
Lista de Figuras........................................................................................... vi
Resumo........................................................................................................ xii
Abstract........................................................................................................ Xv
1.0. Introdução......................................................................................... 17
2.0. Revisão Bibliográfica
2.1. Células-tronco mesenquimais humanas.................................. 20
2.2. Cordão umbilical como fonte de CTMH................................... 23
2.3. Senescência celular................................................................. 26
2.4. Estabilidade genômica das CTMH ao longo tempo de
cultivo....................................................................................... 29
2.5. Microarranjos e estudos de exprssão gênica em CTMH......................................................................................
32
3.0. Objetivos........................................................................................... 36
4.0. Material e Métodos........................................................................... 37
4.1. Isolamento e caracterização das CTMH.................................. 37
4.2. Condições de cultura das CTMH para análise do perfil de
expressão gênica..................................................................... 38
4.3. Caracterização das CTMH senescentes................................. 39
4.4. Extração de RNA..................................................................... 39
4.5. Preparação do RNA, hibridização e captura de imagem dos microarranjos...........................................................................
41
4.6. Análise dos dados de microarranjos........................................ 41
4.7. Avaliação da expressão diferencial por RT-PCR em tempo
real........................................................................................... 42
4.8. Classificação funcional dos genes diferencialmente
expressos................................................................................ 44
4.9. Análise de biologia de sistemas.............................................. 44
5.0. Resultados
5.1. Caracterização das CTMH jovens e senescentes................... 46
5.2. A senescência in vitro afeta o perfil de expressão das
CTMH...................................................................................... 50
5.3. Classificação funcional e rede de interações dos genes
diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes vs
CTMH/n jovens....................................................................... 51
5.4. Classificação funcional dos genes diferencialmente
expressos CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens......... 55
5.5. Há um perfil de expressão gênica comum entre as
CTMH/inv senescentes e as CTMH/n senescentes............. 60
x
5.6. As CTMH/inv tem o transcriptoma distinto das CTMH/n......... 62
5.7. Alguns genes localizados na região próxima aos pontos de
quebra da inversão em CTMH/inv foram diferencialmente
expressos em CTMH/inv......................................................... 66
5.8. Classificação funcional e redes de interações dos genes
diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens
comparadas às CTMH/n jovens.............................................. 68
5.9. Classificação funcional e redes de interações dos genes
diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes
comparadas às CTMH/n senescentes..................................... 73
5.10. Análise de interpretação biológica dos genes
diferencialmente expressos nas comparações CTMH/inv
jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv senescentes vs
CTMH/n senescentes.............................................................. 80
5.11. Análise da expressão gênica das CTMH por RT-PRC em
tempo real................................................................................ 85
6.0. Discussão.......................................................................................... 86
7.0. Conclusão......................................................................................... 116
8.0. Referências Bibliográficas.............................................................. 118
9.0. Apêndices........................................................................................ 147
A. Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes na comparação CTMH/n senescentes vs CTMH/n Jovens................................................................................................
147
B. Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes na comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv Jovens................................................................................................
151
C. Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens.................................................................................................
162
D. Tabela de Anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor valor de p dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n Jovens................................................................................................
163
E. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens.................................................................................................
167
F. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto genômico formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às mesmas jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.
169
G. Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às mesmas jovens.................................................................................................
174
H. Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos genes diferencialmente
175
xi
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens.................................................................................................
I. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens.................................................................................................
195
J. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens com a adição de 50 genes do genoma humano................................................................................
200
K. Tabela da lista de genes da intersecção entre as duas listas das comparações senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.........
207
L. Tabela da classificação funcional da lista dos 30 genes comuns em ambas as listas das comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv..........................................................................
209
M. Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos 30 genes comuns em ambas as listas das comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv............................................................................................
210
N. Tabela de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens na comparação entre as CTMH/inv vs CTMH/n jovens, ranqueados do maior para o menor Fold Change.................................................
214
O. Tabela da lista de genes diferencialmente expressos entre CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes..............................
218
P. Tabela da lista dos genes diferencialmente expressos da intersecção entre as comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e entre as CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.
235
Q. Tabela dos genes localizados próximo à região da inversão que tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv...................................
237
R. Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens..................................................
238
S. Tabela da anotação funcional das cinco categorias com menores valor de p representadas pelos genes diferencialmente expressos da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens........................
239
T. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens por meio do pluggin BINGO do Cytosacape............
249
U. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens no contexto genômico por meio do pluggin BINGO do Cytosacape...................................................................................
251
V. Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv Senescentes da comparação CTMH/inv vs CTMH/n Senescentes..............................
253
W. Tabela dos genes classificados nas cinco categorias funcionais com menores p-valor da comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.........................................................................
254
X. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede 270
xii
de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano................................................................................
Y. Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano................................................................................
278
Z. Tabela da comparação dos valores de Fold Change obtidos por análise de Microarray e de qPCR......................................................
284
10.0. Anexos............................................................................................. 286
1. Lista dos genes localizados próximo à região da inversão cromossômica (inv3p13-25~26) constituinte das CTMH/inv.........
286
xiii
RESUMO
Células-tronco mesenquimais humanas (CTMH) são muito úteis na terapia
celular. O longo período de cultivo pode resultar em senescência replicativa ou
estar relacionado com o aparecimento de alterações cromossômicas
responsáveis pela aquisição de um caráter tumorigênico in vitro . Neste estudo,
foi comparado o transcriptoma de CTMH jovens e senescentes obtidas de
diferentes doadores. Além disso, pela primeira vez, o perfil de expressão de
CTMH com uma inversão cromossômica paracêntrica (CTMH/inv) foi
comparado ao de CTMH que possuem cariótipo normal (CTMH/n) em
passagens jovens e senescentes de cultivo in vitro . As CTMH utilizadas neste
estudo foram isoladas da veia do cordão umbilical de três dadores, dois
CTMH/n e de um CTMH/inv. Após a criopreservação, elas foram expandidas in
vitro até alcançarem a senescência. O RNA total foi extraído utilizando o
RNeasy mini kit (Qiagen), marcado, purificado e fragmentado com o ® 3
'GeneChip IVT expresso Kit (Affymetrix, Inc.). Subsequentemente, o RNA
fragmentado foi hibridado no microarranjo Affymetrix Human Genome U133
Plus 2.0 (Affymetrix, Inc.). A análise estatística da expressão diferencial foi
realizada usando o Partek Suite Software Genomic, versão 6.4 (Partek, Inc.).
Foram consideradas estatisticamente significativas as diferenças na expressão
com valor de P ˂0.01 corrigido com Bonferroni. Apenas os sinais com fold
change ˃3.0 foram incluídos na lista de diferencialmente expressos. Diferenças
na expressão gênica observadas no estudo dos microarranjos foram
confirmadas por resultados de RT-PCR em tempo real. Para a interpretação
biológica dos dados foram utilizados: IPA (Ingenuity Systems) para análise de
enriquecimento de funções; STRING 9,0 para a construção de redes de
interações; Cytoscape 2,8 para a visualização das redes e análises de gargalos
com o auxílio do software GraphPad Prism 5.0. O pluggin BiNGO do Cytoscape
foi utilizado para avaliar a representação de categorias funcionais no Gene
Ontology nas redes biológicas. A comparação entre senescentes e jovens em
cada grupo de CTMH mostrou que há uma diferença no perfil de expressão,
sendo maior nas senescentes do grupo CTMH/inv. Os resultados também
mostraram que há diferença nos perfis de expressão entre as CTMH/inv e
CTMH/n, sendo maior a diferença quando as células estão senescentes. Novas
xiv
redes foram identificadas para genes relacionados com a resposta ao longo do
tempo de cultivo nos dois grupos de CTMH. Foram identificados genes que
podem coordenar funções importantes mais enriquecidas nas redes, como por
exemplo, CXCL12, SFRP1, EGF, SPP1, MMP1 e THBS1. A interpretação
biológica destes dados sugere que a população de células CTMH/inv tem
diferentes características constitucionais, relacionadas com o seu potencial de
proliferação, diferenciação e resposta a estímulos, responsáveis por um
processo de senescência replicativa em CTMH/inv distinto das CTMH/n. Os
genes identificados neste estudo são candidatos a marcadores da senescência
celular em CTMH, mas a sua relevância funcional neste processo deve ser
testada em experiências adicionais in vitro e/ou in vivo.
xv
ABSTRACT
Human mesenchymal stem cells (MSC) are powerful sources for cell therapy in
regenerative medicine. The long time cultivation can result in replicative
senescence or can be related to the emergence of chromosomal alterations
responsible for the acquisition of tumorigenesis features in vitro. In this study,
for the first time, the expression profile of MSC with a paracentric chromosomal
inversion (MSC/inv) was compared to normal karyotype (MSC/n) in early and
late passages. Furthermore, we compared the transcriptome of each MSC in
early passages with late passages. MSC used in this study were obtained from
the umbilical vein of three donors, two MSC/n and one MSC/inv. After their
cryopreservation, they have been expanded in vitro until reached senescence.
Total RNA was extracted using the RNeasy mini kit (Qiagen) and marked with
the GeneChip ® 3 'IVT Express Kit (Affymetrix Inc.). Subsequently, the
fragmented aRNA was hybridized on the microarranjo Affymetrix Human
Genome U133 Plus 2.0 arrays (Affymetrix Inc.). The statistical analysis of
differential gene expression was performed between groups MSC by the Partek
Genomic Suite software, version 6.4 (Partek Inc.). Was considered statistically
significant differences in expression to p-value Bonferroni correction ˂.01. Only
signals with fold change ˃ 3.0 were included in the list of differentially
expressed. Differences in gene expression data obtained from microarrays
were confirmed by Real Time RT-PCR. For the interpretation of biological
expression data were used: IPA (Ingenuity Systems) for analysis enrichment
functions, the STRING 9.0 for construction of network interactions; Cytoscape
2.8 to the network visualization and analysis bottlenecks with the aid of the
GraphPad Prism 5.0 software. BiNGO Cytoscape pluggin was used to access
overrepresentation of Gene Ontology categories in Biological Networks. The
comparison between senescent and young at each group of MSC has shown
that there is a difference in the expression parttern, being higher in the
senescent MSC/inv group. The results also showed difference in expression
profiles between the MSC/inv versus MSC/n, being greater when they are
senescent. New networks were identified for genes related to the response of
two of MSC over cultivation time. Were also identified genes that can coordinate
functional categories over represented at networks, such as CXCL12, SFRP1,
xvi
EGF, SPP1, MMP1 e THBS1. The biological interpretation of these data
suggests that the population of MSC/inv has different constitutional
characteristics, related to their potential for differentiation, proliferation and
response to stimuli, responsible for a distinct process of replicative senescence
in MSC/inv compared to MSC/n. The genes identified in this study are
candidates for biomarkers of cellular senescence in MSC, but their functional
relevance in this process should be evaluated in additional in vitro and/or in vivo
assays.
17
1.0. INTRODUÇÃO
As células-tronco mesenquimais humanas (CTMH) são células
multipotentes, caracterizadas pela sua capacidade de aderência ao plástico,
diferenciação em osteoblastos, adipócitos e condrócitos, apresentam
expressão dos marcadores CD105, CD90, CD73 e ausência da expressão de
CD45, CD34, CD14, CD11b, CD79α ou CD19 e HLA-DR (Reagan e Kaplan,
2011). As CTMH têm sido consideradas como uma importante alternativa para
a terapia celular devido à sua facilidade de obtenção e expansão in vitro, à sua
plasticidade funcional, e mais recentemente, por secretar moléculas bioativas
com papel na imunomodulação, quimioatração, com efeitos tróficos,
neuroproteção, entre outras que auxiliam o reparo tecidual (Eyal Ben-Ami et al.,
2011; Honmou et al., 2012; Youwei Wang et al., 2012).
Há evidências de que as células-tronco sofrem senescência celular in vivo
que pode ser responsável pelo declínio de suas funções e pela origem das
doenças metabólicas, degenerativas, câncer e o envelhecimento dos indivíduos
(Revisado por Rodríguez-Rodero, et al. 2011). Esta proposição está em
conformidade com a observação de que o envelhecimento afeta a renovação e
a capacidade de diferenciação de CTMH residentes no tecido adiposo e na MO
de indivíduos mais velhos (Alt et al., 2012; Kretlow et al., 2008; Chen et al.,
2009).
O longo tempo de cultivo pode resultar na senescência replicativa ou
estar relacionado ao surgimento de uma instabilidade genética que seria
responsável por uma possível aquisição espontânea de um potencial
tumorigênico das CTMH. A senescência celular é caracterizada por uma série
de alterações que envolvem uma complexa reprogramação de transdução de
sinais, tais como o encurtamento dos telômeros, estresse celular, danos no
DNA e ativação em oncogenes, que resultam em alterações em processos
celulares, não somente no ciclo celular, mas na morfologia, na função da célula
e na aquisição de um perfil de expressão de moléculas inflamatórias
secretadas (revisado por Sikora et al., 2012). O secretoma inflamatório
produzido pelas células senescentes pode criar um ambiente favorável para o
18
próprio processo de senescência, ou por outro lado propiciar o
desenvolvimento de câncer e de outras doenças relacionadas à idade como
aterosclerose e diabetes (Cichowski e Hahn, 2008; revisado por Sikora et al.,
2012).
Várias alterações cromossômicas adquiridas durante o cultivo já foram
descritas em diferentes tipos de células-tronco, embrionárias (Baker et al.,
2007; Mayshar et al., 2010), pluripotentes induzidas, CTMH e neurais (Ben
David et al., 2011) que parecem conferir vantagens seletivas e podem
aumentar a tumorigenicidade das células, e alterar a sua capacidade de
diferenciação (Harrison et al., 2007; Mayshar et al., 2010; Ben-David e
Benvenisty, 2011). Por outro lado, há relatos que algumas alterações
desaparecem na cultura e não conferem vantagem seletiva (Sensebé et al.,
2012; Hussein et al., 2011). A presença de aneuploidia em várias preparações
de CTMH da MO depois de cultivo in vitro foi documentada, mas foi associada
somente à senescência e não à tumorigenese (Tarte et al., 2010).
Recentemente Duarte e colaboradores (2012) identificaram uma alteração
cromossômica constitucional, cariótipo 46,XY,inv(3)(p13p25~26), em CTMH
obtidas do endotélio da veia do cordão umbilical de um doador, que são as
MSC/inv utilizadas no presente trabalho. As inversões paracêntricas são
consideradas como heteromorfismos que não causam problemas à saúde do
portador. No entanto, pessoas que a possuem têm maior probabilidade de
originar rearranjos não balanceados na sua descendência, e apresentam uma
frequência mais elevada de aborto espontâneo em relação à população em
geral (Grati et al., 2008). Contudo, nada se sabe sobre o efeito desta alteração
cromossômica nas células após sua expansão in vitro, e nem tão pouco sobre
o seu comportamento no organismo de um possível receptor. Considerando
que a região da inversão (3p25~26) contém vários genes de grande
importância biológica, como genes envolvidos com o reparo de DNA e outros
responsáveis pelo desenvolvimento de tumores, tais células podem ser mais
propensas à transformação espontânea in vitro.
Neste contexto, uma análise molecular de larga escala por microarranjos
pode oferecer uma compreensão mais detalhada da complexidade subjacente
19
à biologia das CTMH cultivadas até a sua senescência, possibilitando
predições importantes sobre o processo de senescência celular das CTMH e
sobre o impacto de alterações cromossômicas nesse processo celular. Os
estudos de transcriptoma em CTMH têm focado na diferença de expressão
gênica entre as CTMH obtidas de fontes distintas (Jansen et al., 2010; Miranda
et al., 2012; Panepucci et al., 2004; Secco et al., 2009; Tsai et al., 2007; Weng
et al., 2011; Kim et al., 2011) e no processo de diferenciação (Kock et al.,
2011; Menssen et al., 2011; Roobrouck et al., 2011; Yoo et al., 2011). Muito
pouco se sabe sobre expressão gênica durante a senescência das CTMH e
sobre o efeito do longo tempo de cultivo em CTMH que apresenta uma
alteração cromossômica constitucional.
20
2.0. REVISÃO BIBLIOGRÁFICA
2.1. Células-tronco mesenquimais humanas
O termo células-tronco mesenquimais humanas (CTMH) foi introduzido
por Caplan, em 1991. As primeiras células-tronco mesenquimais foram
isoladas da medula óssea (MO) de roedores e coelhos por Friedenstein e
colaboradores (1976), e identificadas como unidades formadoras de colônias
semelhantes a fibroblastos, sendo consideradas como células precursoras de
fibroblastos. Posteriormente, foi observado que elas tinham a capacidade de se
diferenciar em células com características de osteoblastos, condrócitos e
adipócitos. Em concomitância a esta descoberta, foi identificada uma
população de células aderentes necessárias para o estabelecimento das
células estaminais hematopoiéticas não aderentes, em um estudo sobre a
hematopoese in vitro desenvolvido por Dexter e colaboradores (1977). A partir
deste momento, em referência à sua localização anatômica, um novo termo foi
estabelecido, células estromais da MO. Em analogia ao modelo de
hematopoese, o termo CTMH foi introduzido para designar uma população de
células específicas do estroma da MO - células aderentes que originam os
diferentes tipos de tecidos mesenquimais, ósseo, cartilagem e músculos
(Revisado por Meirelles e Nardi , 2009). Desde então, células com
características semelhantes às CTMH foram isoladas de diferentes tecidos
adultos, tais como, tecido adiposo, pele, osso, músculo, cérebro, fígado, rins,
pâncreas, placenta, glândulas salivares, polpa dentária, ligamento periodontal,
folículo capilar, linfonodos, baço, timo e até menorreia (Revisado por Momin et
al., 2010; Ding et al., 2011). Elas também podem ser obtidas a partir de tecidos
perinatais, como do cordão umbilical, fluido e membrana amniótica, e córion
(Bieback e Brinkmann, 2010; Ding et al., 2011; Hass et al., 2011; Roubelakis et
al., 2012).
Em virtude das CTMH serem isoladas de diversos tecidos e cultivadas
em diferentes laboratórios por diversos métodos, a sociedade internacional de
padronização para terapia celular (The International Society for Cellular
Therapy Position Statement) formulou três critérios mínimos exigidos para
21
identificação de CTMH: capacidade de adesão ao plástico de cultura; fenótipo
positivo para os marcadores de superfície CD105, CD73 e CD90, e negativo
para CD45, CD34, CD14 ou CD11b, CD79a ou CD19e HLA-DR; e se
diferenciar in vitro em osteoblastos, adipócitos e condrócitos (Dominici et al.,
2006).
Em 2008, Crisan e colaboradores documentaram uma subpopulação de
células perivasculares humanas que expressam marcadores in situ para ambos
os tipos celulares, CTMH e pericitos. Este e outros estudos, que compararam o
fenótipo das CTMH obtidas de diferentes fontes com os pericitos, sugerem
fortemente que as CTMH sejam pericitos (Revisado por Caplan, 2008), e que
sua natureza pleiotrópica seja responsável pelo seu papel na renovação dos
tecidos mesenquimais in vivo (Revisado por Singer e Caplan, 2011). Contudo,
não há nenhuma confirmação definitiva de que a origem de CTMH do tecido
adiposo (ASC) seja de pericitos. Tornando o quadro mais complexo, dados
recentes indicam que as CTMH em vários tecidos humanos podem originar-se
não só de pericitos (CD146 + CD34-CD31-CD45-), mas também a partir de um
subconjunto fenotipicamente distinto de células adventícias (CD34+CD146-
CD31-CD45-) que residem na camada mais externa da parede de vasos
maiores. Foi identificado que elas nativamente expressam marcadores de
superfície de CTMH (tal como CD90) e comportam-se de maneira semelhante
às CTMH após longo tempo de cultura in vitro (Revisado por Strioga et al.,
2012).
A diversidade de fontes para obtenção das CTMH, a sua capacidade de
renovação, seu potencial de se diferenciar em múltiplas linhagens, aliados aos
avanços nas pesquisas sobre as suas propriedades biológicas, posicionaram
as CTMH como as células-tronco adultas mais promissoras na utilização em
protocolos de terapia celular. Vários estudos mostram que as CTMH se
diferenciam in vitro em osso, cartilagem, tecido adiposo, cardiomiócitos, células
endoteliais e células neuronais (Ohnishi et al., 2007; Fraser et al., 2006; Fu et
al., 2004; Fu et al., 2006, Karaoz et al. 2011). Uma característica bastante
atraente está relacionada ao seu efeito parácrino de moléculas bioativas que
exercem várias funções importantes no reparo tecidual. Os principais efeitos
incluem: imunossupressão por meio da modulação da proliferação das células
22
T, B e NK (Natural killer), e da alteração da secreção de citocinas inflamatórias,
de imunoglobulinas; secreção de fatores anti-apoptóticos, anti-cicatrizantes,
quimioatraentes, neuroprotetores, neurogênicos e angiogênicos; favorecimento
do crescimento e da diferenciação local de células-tronco e progenitoras;
(Revisado por Singer e Caplan, A.I, 2011; Revisado por Soleymaninejadia et
al., 2012; Revisado por Honmou, O. et al., 2012). As CTMH também
apresentam baixa expressão de MHC de classe I, MHC de classe II e das
moléculas coestimuladoras B7-1/B7-2 (CD80/CD86), conferindo um
imunoprivilégio que propicia seu uso em transplantes alogênicos e em doenças
auto-imunes (Revisado por Singer e Caplan, 2011; Bem-Ami et al., 2011;
Miguel et al., 2012).
Outra característica interessante é que as CTMH podem modular a
progressão do tumor e a sensibilidade a fármacos. Muitas evidências
demonstram que elas apresentam tropismo para região do tumor, promovem a
proliferação das células tumorais e conferem um fenótipo de resistência a
fármacos. No entanto, alguns estudos verificaram inibição de crescimento
tumoral em leucemias e hepatomas, por exemplo. Ainda não estão elucidados
os fatores que definem o papel das CTMH na progressão ou inibição tumoral.
Porém, acredita-se que seu tropismo pode favorecer o uso destas células como
veículo de fármacos para uma terapia anti-tumoral mais eficiente (Revisado por
Houthuijzen et al., 2012).
Um total de 225 estudos clínicos utilizando as CTMH para tratamento de
diferentes doenças está registrado no banco de dados do Instituto Nacional de
Saúde dos Estados Unidos
(http://www.clinicaltrials.gov/ct2/results?term=stem+cell+mesenchymal&no_unk
=Y, acessado no dia 27 de agosto de 2012). Este número é ainda subestimado
considerando que há muitos estudos em andamento que não são registrados
em bancos de dados. Ambas as pesquisas clínicas em andamento e a
plasticidade funcional das CTMH descrita acima demostram seu potencial de
utilização na terapia celular de várias doenças, tais como: cardiopatias,
doenças imunológicas, doença de Crohn, angiogênese, diabetes, esclerose
múltipla, injúrias cerebrais isquêmicas e terapia contra o câncer (Meirelles e
Nardi, 2009; Ciccocioppo et al., 2011;
23
http://www.clinicaltrials.gov/ct2/results?term=stem+cell+mesenchymal&no_unk
=Y, acessado no dia 27 de agosto de 2012).
A fonte mais comum para obtenção de CTMH é a medula óssea (MO-
CTMH) (Pittenger et al.,1999; Jiang et al.,2002). Apesar da identificação de um
novo método (seleção negativa pelo sorteamento magnético seguido pelo
FACS - fluorochrome activated cell sorting para a depleção de linhagens
hematopoiéticas e endoteliais) de isolar populações mais enriquecidas em
células progenitoras mesenquimais/osteoblásticas (Mödder et al., 2012), ainda
existe uma necessidade de conhecer mais sobre fontes alternativas de CTMH
devido à existência de um número limitado de MO-CTMH disponíveis para
utilização autóloga. Há outros problemas em se utilizar MO-CTMH, como o
procedimento invasivo de aspiração deste tecido, e a diminuição significativa
da frequência e potencial de diferenciação das MO-CTMH com o aumento da
idade do doador (Kretlow et al., 2008; Chen et al., 2009).
2.2. Cordão umbilical como fonte de CTMH
O cordão umbilical humano é um anexo fetal originado de um
mesoderma extra-embrionário, importante durante a gravidez e que é
descartado após o nascimento. Descrita em 1977 por Nanaev e colaboradores,
sua arquitetura interna é constituída por vasos sanguíneos, uma veia e duas
artérias, envoltos por um tecido conectivo, também chamado de geleia de
Wharton, delimitado pelo epitélio umbilical. A geleia é composta por uma matriz
esponjosa, rica em fibras de colágenos e proteoglicanas, embebidas por
células estromais responsáveis pela síntese dos componentes da matriz
(Revisado por Fan et al., 2011). Este tecido conectivo é importante por prevenir
a compressão, torção, e o enrolamento dos vasos que realizam fluxo
sanguíneo bidirecional entre o feto e a mãe (Can e Karahuseyinoglu, 2007).
São várias as razões pelo crescente interesse em obtenção de CTMH do
cordão umbilical, estas incluem: fonte de células-tronco prematuras, com o
potencial de diferenciação intermediário entre as CTMH de outros tecidos
adultos e as células-tronco embrionárias (CTE); o uso do cordão não envolve
implicações éticas, políticas ou religiosas como as CTE e ao contrário destas,
as CTMH apresentam capacidade proliferativa finita e não formam teratomas
24
(Revisado por Troyer, e Weiss, 2008; Fan et al., 2011); derivam de tecidos que
são descartados após o nascimento; maior acessibilidade, não há a
necessidade de procedimentos invasivos como ocorre na obtenção de MO e
tecido adiposo; menor risco de infecção devido à presença da barreira
placentária (revisado por Yang et al., 2012); é possível a obtenção de maior
número de CMTH que possuem grande potencial proliferativo ao longo tempo
do cultivo comparadas às originadas da MO de idosos (Petsa et al., 2009;
Revisado por Fan et al., 2011); são hipoimunogênicas, enquanto as CTE
podem provocar uma resposta imunológica depois do transplante (Revisado
por Bieback e Brinkmann, 2010).
As vantagens descritas acima colocaram as CTMH do cordão como uma
importante fonte alternativa de células para uso na terapia celular. Vários
estudos já demonstram seu potencial em regeneração cutânea (Revisado Yang
et al., 2012), cardiomiogênico (Roura et al., 2010; Bai et al. 2012), em reparo
de danos neurológicos (Lu et al., 2012; Dalous et al., 2012, Koh et al.,2008).
Em uma consulta ao banco de dados do Instituto Nacional de Saúde dos
Estados Unidos (http://www.clinicaltrials.gov), utilizando os termos Umbilical
Cord e Mesenchymal Stem Cell, acessado no dia 30 de agosto de 2012, foram
encontrados 43 estudos clínicos registrados, incluindo: hepatite auto imune;
cirrose biliar primária, reconstituição imunológica de pacientes com HIV; cirrose
hepática; doença de Alzheimer; displasia broncopulmonar; esclerose lateral
amiotrófica; nefrite lúpica; colite ulcerativa; diabetes tipo 1; cardiopatia dilatada
idiopática; ataxia hereditária; esclerose múltipla e neuromielite óptica; distrofia
muscular de Duchene; artrite reumatoide e queimadura aguda.
As CTMH podem ser obtidas de vários constituintes do cordão: sangue
do cordão umbilical, da geleia de Wharton, região perivascular, e do endotélio
da veia (Troyer e Weiss, 2008). Em 2009, também foram isoladas das artérias
(Ishige et al., 2009). Desde 1998 o sangue do cordão umbilical tem sido
utilizado para transplante de células-tronco hematopoiéticas. Em 2000, foi
identificada a presença de CTMH no sangue do cordão umbilical (Erices et al.,
2000). Posteriormente, outros estudos apontaram o sangue como fonte dessas
células (Lee et al., 2004; Goodwin et al., 2001; Bieback et al., 2004). No
entanto, em 2001, Mareschi e colaboradores tentaram isolar CTMH da MO e do
25
sangue do cordão, obtendo sucesso apenas com a MO. Outros estudos
também falharam ou tiverem uma eficiência de isolamento muito baixa (Wexler
et al., 2003; Romanov et al., 2003). Tais resultados motivaram pesquisas por
novas fontes de CTMH, levando à descoberta da presença de CTMH no
endotélio da veia do cordão (Romanov et al., 2003; Covas et al., 2003) e da
geleia de Wharton (Wang et al., 2004; Fong et al.; 2007). Posteriormente,
outros pesquisadores documentaram a presença de CTMH numa região que
fica ao redor dos vasos umbilicais (Baksh et al., 2007; Sarugaser et al., 2005).
Apesar de muitas partes do cordão serem fontes de CTMH com
fenótipos muito semelhantes, algumas diferenças têm sido documentadas em
relação à sua eficiência de isolamento, capacidade de expansão e de
diferenciação. Um estudo comparando a eficiência de obtenção de CTMH a
partir do sangue e de todo o tecido do cordão revelou que o sucesso de
isolamento do primeiro é muito baixo, ao contrário da eficiência de 100% obtida
a partir do segundo. Os autores sugeriram que nos bancos de cordão deveriam
ser estocados tanto o sangue como o tecido (Secco et al., 2008). A baixa
quantidade de células e taxa de crescimento das CTMH do UCB são
considerados fatores limitantes para seu uso na medicina regenerativa (Musina
et al., 2007). Fong e colaboradores (2010) também identificaram o tecido do
cordão como ma fonte mais rica em CTMH e que sua capacidade proliferativa
é maior do que as do sangue do cordão. No entanto, um novo método de
obtenção das CTMH do sangue do cordão foi mais eficiente e sugere que esta
fonte ainda possa se constituir em uma alternativa importante (Hussein et al.,
2012). Outro estudo também concluiu que a capacidade de expansão das
células estromais da geleia de Wharton é maior do que as obtidas dos vasos
do cordão (Karahusevinoglu et al., 2007). O tempo necessário para dobrar a
população (PDT) das CMTH dos vasos do cordão é de até 60 horas (Sarugaser
et al., 2005), enquanto o PDT das obtidas dos vasos do cordão é de 24 a 25
horas (Fong et al., 2010). Alguns pesquisadores demonstraram que CTMH
derivadas dos vasos do cordão umbilical compartilham morfologia, marcadores
imunofenotípicos e capacidade de diferenciação similares àquelas da MO
(Romanov et al., 2003; Covas et al., 2003; Kim et al., 2004; Panepucci et al.,
2004; Kadivar et al., 2006; Ishige et al., 2009; Li et al., 2010).
26
As diferenças citadas acima podem ocorrer devido à aplicação de
metodologias distintas de isolamento e condições de cultura, à própria
identidade biológica dos doadores, ou por outro lado, sugerir potencialidades
distintas para estas populações celulares. Apesar de existirem vários trabalhos
sobre CTMH isoladas de tecidos umbilicais, o conhecimento biológico e
genético sobre elas ainda é insuficiente para que o seu potencial terapêutico
seja explorado com segurança e eficácia, sobretudo no que diz respeito às
CTMH isoladas da veia do cordão umbilical humano. Além disso, o uso dessas
células na clínica depende de seu isolamento e expansão in vitro. Portanto,
informações sobre as propriedades biológicas dessas células após um longo
período de cultivo pode auxiliar na elaboração de novas estratégias que
assegurem e monitorem a manutenção do fenótipo de célula-tronco,
oferecendo maior garantia e segurança para seu uso nos tratamentos clínicos.
2.3. Senescência celular
O processo de senescência celular foi originalmente caracterizado pela
capacidade limitada de divisão celular de fibroblastos humanos in vitro por
Leonard Hayflick e Paul Moorhead (1961), sendo chamada de senescência
replicativa. Posteriormente, esta condição foi atribuída à diminuição do
comprimento dos telômeros e à ausência da telomerase. Adicionalmente,
muitas células somáticas humanas sofrem senescência replicativa in vitro
(revisado Chen et al., 2007). Um estudo desenvolvido por Takubo e
colaboradores (2010) demonstra que o envelhecimento dos tecidos in vivo
também deve estar relacionado ao encurtamento dos telômeros. Estes
pesquisadores observaram que, com poucas exceções, principalmente cérebro
e miocárdio, a taxa de redução do telômero (pb/ano) é muito semelhante em
mais de duas dezenas de tecidos retirados de pacientes humanos na faixa
etária de recém-nascido até 100 anos. Estudos adicionais demonstraram que o
telômero encurtado se constitui como um sítio de lesão no DNA e que este
ativa uma resposta ao dano no DNA (DDR – DNA damage response))
envolvida com a senescência replicativa (revisado Chen et al., 2007). O
desgaste acelerado do telômero está implicado com várias doenças humanas
relacionadas à idade como, aumento de risco ao desenvolvimento de câncer,
doença de Alzheimer, síndromes progeróides (por exemplo, Werner e Bloom),
27
Diabete Mellitus, osteoartrite, aterosclerose, diminuição da cicatrização de
feridas e da resposta imune (revisado por Bekaert et al., 2005).
Além do encurtamento dos telômeros, outros fatores estão associados à
senescência celular, tais como estresse oxidativo (Toussaint et al., 2000);
senescência prematura induzida por estresse (Serrano e Blasco, 2001;
Toussaint et al., 2000); ativação de oncogenes (revisados por Prieur e Peeper,
2008); e ativação da DDR (revisado por d‟Adda di Fagagna, 2008).
Resumidamente, o mecanismo de senescência celular pode ser explicado da
seguinte maneira: danos no DNA (causados por vários tipos de estresse como,
disfunção telomérica; quebras de dupla fita; estresse oxidativo; e ativação de
oncogenes) resultam na ativação da DDR promovendo a parada no ciclo
celular de forma irreversível, mesmo na presença de fatores de crescimento
(revisado por Magalhães, 2004).
Alguns estudos tem contribuído para uma contribuição na compreensão
de mecanismos moleculares à senescência envolvidos com a parada do ciclo
celular. Genes como CCNA2, que promovem a proliferação celular, podem ter
sua expressão inibida. Alguns trabalhos demonstram que genes supressores
tumorais, como P16/RB e P53/p21, podem levar à formação de SAHF. Estes
genes fazem parte da via DDR relacionada à senescência (Revisado por Sikora
et al., 2011). Também foi observado que nas células senescentes são
formados focos de heterocromatina (SAHF- senescence-associated
heterochromatic foci), que podem contribuir para a natureza irreversível da
senescência.
Assim, basicamente, em virtude de uma célula senescente sofrer uma
parada no ciclo celular de forma irreversível, este processo é considerado
como uma proteção contra o desenvolvimento do câncer (Braig et al., 2005;
Chen et al., 2005; Collado et al., 2005; Courtois-Cox et al., 2006; Michaloglou et
al., 2005). No entanto, as células senescentes não sofrem apenas parada do
ciclo celular, estas sofrem alterações no seu fenótipo, afetando sua morfologia
e função (Campisied‟Adda di Fagagna, 2007). Elas adquirem aumento do seu
tamanho, numerosos grânulos no seu citoplasma e aumento da atividade de
beta galoctosidase. Outra característica é que células senescentes exibem
instabilidade cromossômica (Arendt et al., 2009; MosieniakeSikora, 2010;
28
Wojda et al., 2006) e adquirem um fenótipo secretoma característico, chamado
de fenótipo secretório associado à senescência (SASP - senescent-associated
secretory phenotype). Ele compreende o aumento no nível de liberação de
mais de 40 fatores que atuam na sinalização celular, fatores de crescimento,
proteases, entre outros (Revisado por Davalos et al., 2010). Foi proposto que o
SASP contribui para a manutenção da senescência no tecido e para o
desenvolvimento de doenças relacionadas à idade e dá suporte à
carcinogênese (Revisado por Sikora et al., 2011). Contudo, detalhes
moleculares das redes de interações de vias relacionadas ao processo de
senescência celular ainda precisam ser elucidados para uma melhor
compreensão sobre a sua ligação com o envelhecimento in vivo, com o
surgimento de doenças e com o câncer.
No indivíduo adulto, a homeostasia do tecido se dá por meio da
renovação e diferenciação de células-tronco somáticas, específicas de cada
tecido. Durante o envelhecimento, fatores ambientais, o genótipo do indíviduo e
fatores estocásticos podem induzir gradualmente alterações genéticas e
epigenéticas que causam um declínio das funções de células-tronco que pode
ser a origem das doenças metabólicas, degenerativas, câncer e o
envelhecimento dos indivíduos (Revisado por Rodríguez-Rodero, et al. 2011).
Esta proposição está em conformidade com a observação de que o
envelhecimento afeta a renovação e a capacidade de diferenciação de CTMH
residentes no tecido adiposo e na MO de indivíduos mais velhos (Alt et al.,
2012; Kretlow et al., 2008; Chen et al., 2009), bem como a morfologia das
CTMH obtidas da MO em indivíduos idosos (Zaim et al., 2012). As vias
envolvidas com as alterações na sequência do DNA no envelhecimento das
células-tronco somáticas não são claras, mas alguns estudos sugerem que o
comprimento do telômero ou deficiências no reparo possam fazer parte destas
rotas (Revisado por Rodríguez-Rodero et al., 2011).
Algumas características de senescência replicativa já foram descritas em
CTMH cultivadas após longo tempo in vitro. Wagner e colaboradores (2008)
estudaram o efeito da senescência replicativa de MO-CTMH, comparando as
células na passagem 7 e na passagem 12. Os resultados deste trabalho
demonstraram que as MO-CTMH na passagem mais tardia apresentaram uma
capacidade finita de divisão celular; alterações na sua morfologia, tornaram-se
29
maiores; declínio na expressão de marcadores moleculares específicos, bem
como, diminuição de seu potencial de diferenciação adipogênico e aumento do
osteogênico. Outros autores demonstram que as MO-CTMH perdem
gradualmente sua capacidade progenitora (Banfi et al.,2000). Além destas
consequências funcionais, o co-cultivo de CTMH com HSC evidenciou que
quando foi utilizado CTMH de passagens tardias houve um aumento da
proliferação de células progenitoras hematopoiéticas enquanto que com CTMH
de passagens iniciais as HSC mantiveram um fenótipo mais primitivo (Walenda
et al., 2009). Como já foi descrito que a secreção de fatores de crescimento e
citocinas por fibroblasto pode ser influenciada pelo tempo de cultura (Coppe et
al. 2008), uma sugestão é que as funções imunomoduladoras de CTMH
possam ser alteradas durante a expansão na cultura por alteração no seu perfil
secretório.
Os estudos de senescência celular têm utilizado o número de
passagens, o tempo para duplicação da população (PD- Population doublings);
e a detecção da β-galactosidase (SA-β-gal), para identificar as células
senescentes após sua expansão. O número de passagens representa o
número de vezes que a cultura foi expandida. O tempo requerido para isto
depende do número de células semeadas inicialmente, o qual afeta o momento
em que elas alcançam a confluência, e, consequentemente, a frequência da
passagem. Portanto, podem haver diferenças laboratoriais produzindo artefatos
no estudo da senescência. O PD é o quociente entre o número de células
colhidas dividido pelo número de células que foram inicialmente semeadas. No
entanto, este número expressa apenas o número cumulativo de divisões
celulares de toda a cultura, independentemente de células individuais; algumas
células podem ser perdidas durante a lavagem; e já é documentado que há
diferenças entre PD sob mesma condição de cultura entre doadores. O ensaio
da enzima SA-β-gal é um método bem estabelecido que pode ser aplicado em
preparações de CTMH. Embora ele não facilite a quantificação absoluta de
células senescentes, a enzima é ativa apenas em senescentes e não em
quiescentes, pré-senescentes, ou diferenciadas (Revisado por Wagner et al.,
2010). Entretanto, em culturas confluentes pode ocorrer a coloração com a SA-
β-gal que é aumentada pela inibição por contato (Gary e Kindell, 2005).
30
2.4. Estabilidade genômica das CTMH ao longo tempo de cultivo
A proliferação das células em cultivo é usualmente maior do que in vivo,
com isso elas estão sujeitas a acumular mais danos no DNA quando
expandidas in vitro. Diversos estudos relatam que o tempo de cultivo pode
levar à aquisição de alterações cromossômicas em CTMH humanas (Bochkov
et al., 2007; Maitra et al., 2005; Sareen et al., 2009; Stephenson et al., 2010;
Ueyama et al., 2011;). O mais recente e maior estudo de estabilidade genômica
em células-tronco adultas utilizou 400 amostras isoladas de diferentes tecidos
(de MO, tecido adiposo, cordão umbilical e tecidos fetais) e nove amostras de
CTMH derivadas de CT embrionárias. Estes autores encontraram nove
alterações em seis das 144 amostras de CTMH analisadas, uma frequência de
4%, menor do que a encontrada em CT neurais e CT pluripotentes induzidas,
ambas apresentaram cerca de 9%. Eles demonstraram que a presença de
alterações cromossômicas é uma característica comum de células-tronco
propagadas in vitro, e sugeriram que cada tipo de célula-tronco tem uma
predisposição a adquirir um conjunto particular de alterações cromossômicas.
Em CTMH foi identificada uma tendência ao surgimento de monossomia, uma
delas foi do cromossomo 13. Tal alteração é relacionada com tumores
mesenquimais, frequente em tumores de tecidos moles e osso (lipomas,
condrossarcomas e osteossarcomas) (Ben David et al., 2011). Além disso, em
modelos animais, CTMH expandidas in vitro apresentam uma alta
susceptibilidade à transformação maligna (Miura et al., 2006; Tolar et al., 2007;
Ren et al., 2011).
No entanto, há também alguns estudos que não encontraram
aberrações cromossômicas em MO-CTMH após sua expansão in vitro (Zhang
et al., 2007; Choumerianou et al., 2008; Spees et al., 2004; Bernardo et al.,
2007 a, b). CTMH isoladas de líquido amniótico e da vilosidade coriônica,
expandidas até chegar à senescência, apresentaram cariótipo normal,
indicando que as CTMH fetais são estáveis e podem ser usadas na medicina
regenerativa (Poloni et al., 2011). Descrições de transformação espontânea in
vitro em CTMH humanas (Rubio et al., 2005; Rosland et al., 2009), foram
desvalidadas pela retratação destes trabalhos, afirmando que os resultados de
31
transformação encontrados foram originados de contaminação cruzada (de La
Fuente et al., 2010; Torsvik et al., 2010). Contudo, a presença de aneuploidia
em várias preparações de MO-CTMH para aplicação clínica foi observada
depois de seu cultivo. No entanto, como valores de expressão de genes
relacionados à transformação estavam normais, os autores sugeriram que
aneuploidia poderia aparecer durante a expansão, mas isso não significaria
uma transformação, e sim uma senescência celular (Tarte et al., 2010). Depois
disso, as pesquisas clínicas com CTMH na França foram liberadas, mesmo
sendo identificadas aneuploidias.
A inexistência de alterações cromossômicas também foi relatada em
CTMH do cordão umbilical expandidas in vitro (Spees et al., 2004). Um estudo
com infusão de CTMH em modelos animais revelou que em nenhum dos
camundongos tratados com CTMH da geleia de Wharton houve o
aparecimento de doença e nem reações inflamatórias (Fong et al., 2010;
Gauthaman et al., 2012). Estes estudos indicam que as CTMH do cordão
umbilical são hipoimunogênicas e não tumorigênicas, com grande potencial
para o uso seguro na terapia celular. Nekanti e colaboradores (2010)
observaram cariótipos normais de CTMH da geleia de Wharton expandidas até
a passagem 20. Duarte e colaboradores (2012) encontraram um grande
número de alterações cromossômicas após a criopreservação das UV-CTMH
de um dos cordões, entretanto, nenhuma alteração clonal foi observada.
Apesar da maioria dos achados apontarem para uma maior estabilidade
das CTMH comparadas aos outros tipos de células-tronco, embrionárias e
pluripotentes induzidas, os relatos do surgimento de alterações cromossômicas
em cultura merecem atenção, uma vez que estas podem estar relacionadas
com os eventos de insucesso da terapia celular, ou de carcinogênese. O efeito
de alterações cromossômicas na biologia das CTMH expandidas in vitro deve
ser estudado por uma investigação mais detalhada que forneça conhecimentos
moleculares dos processos celulares afetados.
32
2.5. Microarranjos e Estudos de expressão gênica em CTMH
Uma maneira de conhecer a função dos genes é por monitoramento da
expressão de milhares de genes em uma amostra sobre uma determinada
condição. O conjunto de moléculas de RNA transcritas de um genoma é
chamado de transcriptoma. O método mais comum para sua avaliação é o de
microarranjos (Auer et al., 2009; Hey e Pepper, 2009). Eles são um conjunto de
sequências de DNA (DNA complementar ou oligonucleotídeo) construídas
artificialmente, complementares aos transcritos dos genes que se deseja
interrogar a expressão, e distribuídas em sítios específicos (spots ou probe cell)
em uma superfície sólida. Cada spot contém centenas de cópias das
sequências de desoxirribunucleotídeos complementares a um único RNA alvo
(Revisado por Bute, 2002).
Na pesquisa médica, o estudo do perfil de expressão por microarranjos
surge como uma ferramenta útil para melhor compreensão de doenças,
identificação de novos alvos terapêuticos, e subclassificação de doenças para
identificar estratégias mais individualizadas de tratamento (Revisado por Auer
et al., 2009). Em outras pesquisas básicas e aplicadas, sua análise tem como
objetivo acessar o perfil molecular de uma dada amostra; descobrir novos
biomarcadores; ou fornecer informações para fazer novas anotações do
genoma. As duas análises principais deste método consistem em testar genes
diferencialmente expressos entre duas ou mais condições, e identificar as
categorias funcionais mais representadas pelos genes diferencialmente
expressos em um estudo (Revisado por Kauffmann e Huber, 2010).
Na ultima década, os avanços nesta tecnologia, bem como o
desenvolvimento de programas para a análise dos seus dados, aumentaram a
confiabilidade, sensibilidade e reprodutibilidade desta técnica, por exemplo, por
meio de um melhor controle da qualidade de dados (Revisado por Kauffmann e
Huber et al., 2010; Revisado por Sánchez-Pla et al., 2012). Dentre as várias
plataformas de microarranjos disponíveis, GeneChips Affymetrix são os mais
frequentemente usados para analisar perfil de expressão, mais de 3000
publicações científicas descreveram resultados com esta tecnologia (Auer et
al., 2009). Estes microarranjos consistem numa matriz de alta densidade de
oligonucleotídeos, e cada transcrito é detectado por um grupo particular de
33
sequências de sondas com 25 nucleotídeos, conhecidos como um conjunto de
sonda (probe set). O agrupamento das intensidades em várias sondas resulta
em uma medida única de expressão de um gene. Um dos microarranjos da
affymetrix, é o GeneChip® Human Genome U133 plus 2.0 Array (HG U133
Plus 2.0). Neste há 1.300.000 oligonucleotídeos únicos cobrindo mais de
47.000 transcritos e variantes (acessado em:
http://media.affymetrix.com/support/technical/datasheets/hgu133arrays_datash
eet.pdf, no dia 08 de setembro de 2012).
Embora ainda haja algumas limitações na técnica de microarranjos,
como sua incapacidade de descoberta de novos RNA mensageiros, ela é
considerada uma tecnologia consolidada para análise de transcriptoma
utilizada a mais de uma década. Mais recentemente, muita atenção tem sido
dada ao sequenciamento de RNA (RNA-seq). Esta nova abordagem, uma das
técnicas de sequenciamento de última geração (next-generation sequencing –
NGS), supera as limitações da primeira. No entanto, acredita-se que sua
existência não extinguirá a utilização dos microarranjoss. A escolha deverá se
dar pelo custo, disponibilidade, e a necessidade de cada pesquisa (Revisado
por Sánchez-Pla et al., 2012).
Recentemente, um banco de dados denominado Stem Base
(http://www.stembase.ca/?path=/) foi desenvolvido com o propósito de oferecer
uma interface entre os dados gerados pela Rede Canadense de Células-
tronco, para facilitar a descoberta de funções de genes relevantes no controle e
diferenciação celular. Este banco disponibiliza três opções para seu uso:
pesquisa por experimentos, busca por amostras ou sondas, e análises de
dados de expressão do banco a partir de uma lista de genes de interesse do
usuário. Dados de Microarranjos da Affymetrix de 50 amostras de células-
tronco humanas foram depositados no Stem Base. Dentre estas, a maioria é de
células-tronco hematopoiéticas e não há nenhuma amostra de CTMH humana,
apenas 18 de célula-tronco mesenquimal de camundongo (Sandie et al., 2009).
Os estudos de análise de expressão gênica global em CTMH têm
focado, basicamente, em dois aspectos: no processo de diferenciação celular
(Kock et al., 2011; Menssen et al., 2011; Roobrouck et al., 2011; Yoo et al.,
2011) e nas diferenças entre CTMH de fontes distintas (Jansen et al., 2010;
Miranda et al., 2012; Panepucci et al., 2004; Secco et al., 2009; Tsai et al.,
34
2007; Weng et al., 2011; Kim et al., 2011). CTMH isoladas a partir da veia do
cordão são funcionalmente semelhantes às MO-CTMH, mas genes
diferencialmente expressos podem refletir as diferenças relacionadas aos seus
locais de origem: MO-CTMH seriam mais comprometidas com a osteogênese,
enquanto CTMH do cordão seriam mais comprometidas com a angiogênese
(Panepucci et al., 2004). Uma comparação, mais recente, de dados de
transcriptoma e proteômica entre CTMH da veia do cordão e MO-CTMH,
encontrou alguns genes/proteínas diferencialmente expressos, mas que
participam de funções celulares semelhantes (Miranda et al., 2012).
Os estudos descritos acima mostram que CTMH residentes em locais
distintos guardam muitas semelhanças, sugerindo uma origem comum, e
diferenças que possivelmente refletem distintas propriedades biológicas
adquiridas pelo seu nicho natural (tais como, potenciais de proliferação e
diferenciação), que, talvez, possam ser modificadas com a escolha adequada
das condições de cultivo. Por exemplo, a substituição do meio de cultivo de
CTMH pelo de MAPC (Multipotent Adult Progenitor Cells), tornou as CTMH
capazes de se diferenciar em células semelhantes às endoteliais e aumentou a
expressão de cinco transcritos endoteliais (CD34, VWF, FLK1, FLT1, TIE2)
(Roobrouck et al., 2011).
Alguns trabalhos sugerem que o tempo de cultivo afeta a expressão
gênica. MO-CTMH na passagem 10, cultivadas em Soro Fetal Bovino (SBF),
que tiveram diversos transcritos regulados positivamente, incluindo alguns
envolvidos com a inibição do ciclo celular. Enquanto, que MO-CTMH na mesma
passagem cultivadas com soro autólogo, mantiveram uma expressão estável
(Shahdadfar et al., 2005). Um estudo, utilizando um arranjo de baixa densidade
(Human Stem Cell Pluripotency Low Density), contendo marcadores de células-
tronco indiferenciadas e alguns de linhagens no estágio inicial de diferenciação,
verificou que a expressão de alguns marcadores de células indiferenciadas
diminuiu em CTMH da geleia de Wharton e MO-CTMH nas passagens tardias
(P15-p20), sendo observada uma maior diminuição em MO-CTMH, sugerindo
uma manutenção do fenótipo de célula-tronco mais forte em CTMH da geleia
de Wharton comparadas ás MO-CTMH após expansão in vitro (Nekanti et al.,
2010). O transcriptoma de MO-CTMH e ASC humanas, na passagem 20 (P20)
e 30 (P30), respectivamente, não foi afetado de maneira significativa. No
35
entanto, esse mesmo estudo detectou diminuição na quantidade da proteína
p53 em ASC em P30. O estudo ainda comparou estas linhagens com as
mesmas obtidas de macaco Rhesus em passagens iguais, sendo observada
uma alteração significativa no perfil de expressão de genes envolvidos com o
ciclo celular, resposta ao dano e reparo do DNA, tais como TP53. A diminuição
da expressão da p53 pode estar relacionada com a menor taxa de apoptose
nas ASC humanas e de células-tronco mesenquimais de MO de Rhesus na
passagem 30, bem como é associada com o fato de que estas últimas
puderam ser cultivadas além da passagem 30 (Izadpanah et al., 2008).
Uma análise de expressão gênica, por meio de proteômica, de CTMH da
geleia de Wharton depois da expansão in vitro até a 12º passagem, revelou
que diversas proteínas, incluindo Shootin1, Adenilatoquinase 5 isoenzima e
inibidor do ativador do plasminogénio-2 já não são expressas após a passagem
2, sugerindo que a potência proliferativa destas células é reduzida após a sua
fase inicial de crescimento in vitro. Este estudo também observou que na última
passagem analisada, houve o surgimento de novas proteínas, incluindo, ERO1-
alfa, aspartil-tRNA sintetase e prolil-4-hidroxilase, indicando que estas
proteínas estejam envolvidas na dificuldade de sobrevivência e diferenciação
celular após o tempo de cultivo (Angelucci et al., 2010). O perfil de expressão
gênica de CTMH de diferentes origens (líquido amniótico, membrana amniótica,
sangue do cordão, e MO) permaneceu estável entre as passagens 3 e 6,
durante a cultura in vitro , e depois da criopreservação (Tsai et al., 2007).
36
3.0. OBJETIVOS
O presente trabalho teve como objetivo geral analisar o efeito da
senescência no perfil de expressão gênica das CTMH/inv, que têm a inversão
cromossômica (inv(3)(p13p25~26), e das CTMH/n, que apresentam cariótipo
constitucional normal, sob as mesmas condições de cultivo, bem como
comparar, pela primeira vez, o perfil de expressão gênica de CTMH/inv com o
perfil de CTMH/n jovens e senescentes.
Objetivos específicos:
Identificar o número de passagens in vitro necessário para
obtenção de uma cultura celular senescente;
Verificar se há diferença entre o perfil de expressão de
senescentes vs jovens em cada CTMH/inv e CTMH/n;
Verificar se há diferença entre o perfil de expressão de CTMH/inv
vs CTMH/n, jovens e senescentes;
Verificar se a expressão diferencial de genes identificados na
análise de microarranjos é corroborada por PCR em tempo real;
Identificar as categorias funcionais mais representadas pelos
genes diferencialmente expressos para cada comparação;
Construir redes de interação gênica e identificar gargalos destas
redes para auxiliar na interpretação biológica dos processos
afetados.
37
4.0. MATERIAL E MÉTODOS
4.1. Isolamento e Caracterização das CTMH
No presente trabalho, foram utilizadas CTMH obtidas do endotélio da
veia do cordão umbilical de três doadores. Os cordões foram coletados na
maternidade Januário Cicco da Universidade Federal do Rio Grande do Norte
(UFRN). Todas as mães que doaram os cordões assinaram o termo de
consentimento livre e esclarecido de acordo com aprovação do Comitê de
Ética em Pesquisa da UFRN sob o protocolo n°. FR132464. Os procedimentos
realizados para a coleta de todos os cordões, bem como o isolamento, a
caracterização imunofenotípica por citometria de fluxo, as diferenciações
adipogênica, osteogênica e condrogênica, e a análise citogenética das CTMH
do endotélio da veia do cordão seguiram os protocolos realizados por Duarte et
al. (2012).
As CTMH isoladas dos três cordões umbilicais foram caracterizadas
citogeneticamente por Cornélio (2012), Um dos cordões tem uma alteração
cromossômica constitucional: inversão paracêntrica no braço curto do
cromossomo 3, cariótipo: 46,XY,inv(3)(p13p25~26) (Duarte et al. 2012), esta
linhagem é aqui denominada como CTMH/inv. Muitas células CTMH/inv
senescentes apresentaram instabilidade genética, caracterizada pelo
surgimento de alterações cromossômicas, especialmente, associações
teloméricas (tas) e ganho de material genético do cromossomo 20, que são
alterações características de tumor ósseo de células gigantes (TCG). Os outros
dois cordões possuem cariótipo constitucional normal, portanto, no presente
trabalho as CTMH isoladas de tais cordões serão denominadas CTMH/n.
38
4.2. Condições de cultura das CTMH para análise do seu perfil de
expressão gênica
As células recuperadas da criopreservação, conforme protocolo de
Duarte et al. (2012), foram plaqueadas em frascos T25 com meio alfa-MEM
(Gibco), suplementadas com 10% de SFB (Gibco) e 1% de solução de
antibiótico (penicilina e estreptomicina – Sigma ou Gibco) e mantidas à 37 ºC
em incubadora umidificada com 5% de CO2. Ao atingir a confluência de 60-
70%, as células foram expandidas utilizando 1mL de 0,25% de tripsina/EDTA
(Invitrogen). Depois de contadas em hemocitômetro com azul de tripan (Gibco),
as células foram plaqueadas novamente em uma concentração de 4000
células/cm2 em diferentes frascos de cultura, este procedimento caracteriza
uma passagem (P) celular. As células foram monitoradas em microscópio
invertido (CKX 41, OLYMPUS) e a troca de meio foi realizada a cada 72 horas
ou quando o meio ficava amarelado, indicativo de mudança de pH.
A expansão teve continuidade até a passagem 18 para obtenção das
amostras para análise de expressão gênica das CTMH obtidas de dois cordões
(cordão 10 – cariótipo normal - com 9 replicatas experimentais e cordão 04 –
inv(3)(p13-25~26) - com 6 replicatas experimentais), e até a 9º passagem para
CTMH do outro cordão (cordão 12 – cariótipo normal – com 3 replicatas
experimentais), seguindo as mesmas condições de cultivo descritas acima.
Portanto, as passagens de cultura utilizadas para as análises do perfil de
expressão gênica foram:
a) Passagem 9 – consideradas como CTMH jovens isoladas do cordão
com inversão (grupo CTMH/inv) e de dois cordões com cariótipo
constitucional normal (grupo CTMH/n).
b) Passagem 18 – consideradas como CTMH senescentes isoladas do
cordão com inversão (grupo CTMH/inv) e de um cordão com cariótipo
constitucional normal (grupo CTMH/n).
Após a passagem 18, as células foram expandidas até o momento
em que não foi possível realizar um novo subcultivo, isto ocorreu na passagem
39
24. Nessa última passagem, as células foram mantidas em cultivo com trocas
de meio e monitoradas diariamente pela observação em microscópio invertido.
4.3. Caracterização das CTMH senescentes
As células foram definidas como senescentes ao se visualizar em
microscópio invertido (CKX 41, OLYMPUS) as seguintes características:
aumento do tamanho celular, alteração na morfologia, aumento na presença de
células vacuolizadas, diminuição da capacidade proliferativa e maior proporção
de células flutuantes no meio de cultura.
Além disso, foi realizado o ensaio para detecção da atividade da β-
galactosidase em pH 6,0, utilizando o Kit Senescence β- galactosidase da Cell
Signaling Technology, conforme as instruções do fabricante (Chemicon, USA)
Resumidamente, as células foram fixadas durante 5 min à temperatura
ambiente em solução fixadora 1X, em seguida, foram lavadas e incubadas
durante a noite à 37 º C com solução de coloração SA-β-gal. Posteriormente,
as células foram lavadas com PBS e visualizadas utilizando um microscópio de
luz. As células que apresentaram coloração verde foram consideradas
senescentes. Para evitar a interferência da confluência celular, o ensaio foi
realizado em culturas com 60% de confluência em triplicatas experimentais.
4.4. Extração de RNA
O RNA total foi extraído de 1x106 células (~90% de confluência) em dois
momentos: na passagem 9, caracterizadas como células jovens das CTMH/inv
(obtidas do cordão 04) e CTMH/n (obtidas dos cordões 10 e 12); e na
passagem 18, caracterizadas como senescentes das CTMH/inv (obtidas do
cordão 04) e CTMH/n (obtidas do cordão 10).
O protocolo da extração seguiu as instruções contidas no manual do
RNeasy mini kit (Qiagen). O RNA extraído foi mantido à -80 ºC até sua
utilização nos ensaios de expressão gênica. A sua avaliação quanto à
integridade e quantidade foi, respectivamente, realizada por ensaios utilizando
o Agilent 2100 Bioanalyzer RNA (Agilent Technologies) e o espectrofotômetro
NANODROP (Nano Drop Technologies Inc.), seguindo as instruções dos
manuais dos mesmos. Todos os parâmetros exigidos para publicação
40
utilizando o método de reação em cadeia de polimerase com transcriptase
reversa (RT-PCR) em tempo real foram devidamente avaliados conforme
descritos por Bustin e colaboradores em 2009. Todas as amotras de RNA
utilizadas para os ensaios de microarranjos e de RT-PCR em tempo real
apresentaram RIN ˃ 9,0 e razão 260/280 próxima ao valor 2,0.
41
4.5. Preparação do RNA, Hibridização e Captura da imagem do
Microarranjos.
Do RNA total extraído de cada replicata de todas as CTMH/n e
CTMH/inv, jovens e senescentes, 100 ng foi utilizado para a marcação
utilizando o GeneChip® 3’ IVT Express Kit (Affymetrix Inc.) de acordo com as
instruções do mesmo. Resumidamente, a primeira fita cDNA foi sintetizada
pela transcrição reversa utilizando um primer oligo dT etiquetado com um
promotor T7 a partir do RNA total à 42 °C por 2 horas. Este cDNA foi então
convertido em dupla fita utilizando a complementariedade do promotor T7 da
primeira fita do cDNA à 16 °C por 1 hora. Posteriormente, foi realizada uma
transcrição in vitro para sintetizar RNA marcado (aRNA) por meio da
incorporação de nucleotídeos conjugados com biotina à 40 °C por 16 horas. O
aRNA foi então purificado por microesferas magnéticas e 15 μg deste foi
fragmentado à 94 °C por 35 minutos. O aRNA purificado e fragmentado foi
mantido à -20 ºC até sua hibridização no Laboratório Nacional de Luz Síncroton
(LNLS) em Campinas-SP. Depois, 12,5 μg do aRNA fragmentado foi
hibridizado no microarranjo Affymetrix Human Genome U133 plus 2.0 arrays,
juntamente com os controles e a solução de hibridização conforme indicado
pelo Hybridization, Wash, and Stain Kit (Affymetrix Inc). Em seguida, os
microarranjos foram mantidos em uma incubadora, Genechip Hybridization
Oven-640 (Affymetrix Inc), com rotação de 60rpm à 45ºC por 16 horas. Depois,
os microarranjos foram lavados na estação de lavagem, Genechip Fluidics
Station-450 (Affymetrix Inc), e corados para amplificação do sinal com o
Hybridization, Wash, and Stain Kit (Affymetrix Inc), como indicado pelo manual
do fabricante. Os microarranjos foram escaneados com o Affymetrix Gene-Chip
Scanner-3000-7G (Affymetrix Inc). A qualidade da hibridização foi avaliada pelo
Affymetrix GCOS software seguindo as instruções do fabricante.
4.6. Análises dos dados de microarranjos
Os dados obtidos da hibridização foram monitorados quanto à sua
qualidade inserindo os arquivos CEL no programa Expression Console Version
1.1 (Affymetrix) utilizando o padrão do algorítimos RMA (Robust Multi-array
Analysis). Foram observados todos os parâmetros de qualidade conforme
42
recomendado pelo fabricante. Subsequentemente, os arquivos CEL foram
importados para o programa Partek Genomic Suite (version 6.4; Partek Inc.,
St. Louis, MO) utilizando o algorítimo RMA para sumarização e normalização
com correção de background CG. O sinal de cada transcrito foi calculado
utilizando a média das intensidades de cada probset correspondente ao
mesmo transcrito. A correspondência entre as replicatas experimentais foi
realizada utilizando análise de componente principal e de correlação de
Pearson. Posteriormente, para identificação dos genes diferencialmente
expressos foi aplicado o teste ANOVA (one-way analysis of variance) com
correção Bonferroni. Foi considerado estatisticamente significativo os genes
com o valor de p ˂0,001 com correção Bonferroni e com o fold change ˃3,0. Os
perfis de expressão gênica comparados foram:
a) CTMH/n senescentes (replicatas do cordão 10) vs CTMH/n jovens
(replicatas do cordão 10);
b) CTMH/inv senescentes (replicatas do cordão 04) vs CTMH/inv
jovens (replicatas do cordão 04);
c) CTMH/inv jovens (replicatas do cordão 04) vs CTMH/n jovens
(replicatas do cordão 10 e 12);
d) CTMH/inv senescentes (replicatas do cordão 04) vs CTMH/n
senescentes (replicatas do cordão 10).
4.7. Avaliação da expressão diferencial por RT-PCR em tempo Real
Para verificar se o perfil de expressão diferencial identificado por
microarranjos é reproduzido por outra técnica, alguns genes de cada
comparação foram selecionados para análise de expressão por RT-PCR em
tempo Real (qPCR). Para tanto, 1µg do RNA total extraído de todas as
amostras foi utilizado para a síntese de cDNA conforme recomendações do
fabricante do High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits (Applied
Biosystems). O cDNA foi mantido à -20ºC até a sua amplificação. 200ng do
cDNA foi amplificado utilizando os ensaios TaqMan® Gene Expression Assays
(Applied Biosystems) seguindo os procedimentos conforme sugerido pelo
fabricante. A análise de expressão gênica foi realizada com o método de
43
quantificação relativa, utilizando o gene YWHAZ como referência endógena, o
qual já foi identificado como melhor endógeno para CTMH de cordão umbilical
por Wang et al. (2010). O gene foi eleito como endógeno para o qPCR por
meio de análise de variação de seus valores de expressão nos microarranjos.
A análise estatística foi feita utilizando o programa geNorm M. O valor de M
para YWHAZ foi de 0,142, demonstrando uma expressão estável para este
gene.
Para realização do qPCR foram selecionados 11 genes (Tabela 1) a
partir da lista do genes diferencialmentes expressos em ambas as
comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e em CTMH/inv
senescentes vs CTMH/n senescentes. Foram eleitos conforme seu padrão de
expressão, bem como pela sua relevância biológica sugerida pelo Igenuity
Analysis Pathway (IPA) (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA). Todos
os ensaios foram sintetizados pelo serviço sondas inventoriadas com
marcação FAM (Applied Biosystems).
Os genes ANKRD1 e MMP1 também foram utilizados para comparação
entre as CTMH/n (cordão 10) senescentes vs CTMH/n (cordão 10) jovens. Os
genes SFRP1, G0S2, ANKRD1 e NDN foram utilizados para a comparação
entre as CTMH/inv (cordão 04) senescentes vs CTMH/inv (cordão 04) jovens.
Assim, ao total foram 28 comparações de expressão gênica entre os dados de
microarranjos e de qPCR.
Gene ID do ensaio
LAMC2 Hs01043711_m1
ANKRD1 Hs00173317_m1
KYNU Hs00187560_m1
MMP1 Hs00899658_m1
MAB21L1 Hs00366575_s1
SFRP1 Hs00610060_m1
NDN Hs00267349_s1
ADORAB2 Hs00386497_m1
CCL7 Hs00171147_m1
G0s2 Hs00274783_s1
ALDH1A1 Hs00946916_m1
YWHAZ Hs03044281_g1
Tabela 1. Ensaios utilizados para o qPCR.
44
4.8. Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos
Os genes diferencialmente expressos foram submetidos à analise
biológica utilizando o programa Igenuity Patway analysis (IPA) – (Ingenuity
Systems, Redwood City, CA, USA) – para identificar as categorias funcionais
mais representadas pelos genes diferencialmente expressos. Os paramêtros
selecionados para esta análise no programa, foram: Reference set – Igenuity
Knowlodge Base; Relationship to include – Direta and indirect; Includes
Endogenous Chemicall; Filter – consider only molecules and/or relationships
where species = human.
4.9. Análises de biologia de sistemas
As redes de interações foram construídas utilizando o software STRING
versão 9.0 (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)
(Szklarczyk et al., 2012). Para cada lista de genes diferencialmente expressos
foram construídas duas redes: uma incluindo somente os genes da lista e outra
incluindo genes do genoma humano com o limite de 50 genes. Os parâmetros
para construção aplicados foram: organismo, homo sapiens; confidência média;
e outros presentes no „default‟ do programa. Todos os métodos de predição
foram ativos: Neighborhood, Gene Fusion, Cooccurrence, Co-expression,
Experiments, Databases e Textmining. Posteriormente, o arquivo txt
sumarizado gerado pelo STRING foi utilizado para exportar para o programa
Cytoscape 2.8.2 (Smooth et al., 2010), e subsequentemente, analisado. Para
categorização funcional dos genes constituintes da rede foi utilizado pelo
pluggin BiNGO 2.44 (Maere et al., 2005). Neste foi utilizado distribuição
hipergeométrica, correção de testes múltiplos por meio do algoritmo de False
Discovery Rate (FDR) com nível de significância para valor de P < 0.05. O
organismo selecionado para a análise foi Homo sapiens.
A pesquisa por gargalos foi realizada com plugin CestiScaPe 1.21 para
identificar os valores de Betweenness e Node Degree dos nós presentes nas
redes. Tais valores foram exportados para o software graph pad para
construção do gráfico Betweenness (eixo X) X Node Degree (eixo Y), por meio
do teste colum statistic. Betweenness indica a extensão em que um nó
específico está entre todos os outros nós dentro de uma rede e, em geral,
45
mostra a influência de um nó sobre a propagação da informação dentro da rede
(Newman, 2005; Feltes et al., 2011). Node Degree corresponde à quantidade
de conexões que um nó específico faz com outros nós adjacentes, aqueles que
apresentam alto valor para este, são denominados “hubs” (Yu et al., 2007). Já
aqueles que apresentam maiores valores para ambos betweenness e node
degree representam um gargalo da rede, ou seja, uma proteína que interliga
muitos processos biológicos (Feltes et al., 2011).
46
5.0. RESULTADOS
5.1. Caracterização das CTMH jovens e senescentes
Ambas as CTMH/inv e CTMH/n foram isoladas e expandidas com
sucesso conforme descrito por Cornélio (2012). Na 9º passagem, em frascos
subconfluentes, não foi detectada nenhuma célula com características de
células senescentes. Nesta passagem, foi possível identificar muitas células se
dividindo e com morfologia típica de CTMH. Portanto, tal cultura foi
considerada jovem (Figura 1a). Já na 18º passagem, também em frasco
subconfluente, foi possível detectar pouquíssimas células se dividindo, a
maioria delas foi marcada com β-galactosidase, apresentando maior tamanho
citoplasmático com vacúolos e acúmulo de grânulos. Então, esta cultura foi
chamada de senescente (Figura 1b). Além disso, tanto as células jovens
quanto as senescentes de ambas CTMH apresentaram os marcadores de
superfície celular específicos de CTMH (CD73, CD90 e CD105) e foram
capazes de se diferenciar em adipócitos e osteoblastoss (Figura 2a e b). As
células jovens de ambas as CTMH foram capazes de se diferenciar em
condrócitos (Figura 2c). No entanto, as CTMH/inv sofreram bastante com o
processo de senescência in vitro e quando células senescentes apareceram no
cultivo, foi difícil expandi-las em número celular suficiente para repetir o
experimento de citometria de fluxo com todos os marcadores de linhagem
hematopoiética.
Foi identificado que a partir da 16º passagem, em ambas CTMH/inv e
CTMH/n, é possível visualizar células senescentes em cultura, no entanto, elas
são muito poucas e ainda não comprometem a expansão in vitro. Somente na
18º passagem foram observadas predominância de células senescentes no
cultivo, diminuindo a cinética do subcultivo, sendo que após este momento foi
mais difícil obter células suficientes para fazer a extração de RNA.
Após a passagem 18º, células expandidas a partir de ambas CTMH/inv e
CTMH/n utilizadas para extração de RNA foram mantidas em cultura até a 24ª
passagem. Neste momento foi observado que não havia células se dividindo,
portanto não foi possível expandir a cultura novamente. Mesmo assim, as
células na 24ª passagem permaneceram vivas por dois meses, sendo
47
monitoradas diariamente, com troca de meio a cada 72 horas. Durante este
período, as células progressivamente foram desprendendo-se dos frascos de
cultivo e morreram espontaneamente.
48
Figura 1: a) Cultura jovem. População celular com morfologia fibroblastóide e muitas células se dividindo indicadas
pelas setas (objetiva de 20X); b) Cultura senescente. População celular com tamanho maior com um baixo índice de
divisão mitótica (objetiva de 20x). c) Cultura senescente. Células coradas em verde pelo teste por β-galactosidase,
com formatos poligonais (objetiva de 20x). d) Célula senescente com formato poligonal, vacuolada e citoplasma rico
em grânulos e corada em verde pelo teste β-galatosidase (objetiva de 40X).
a) b)
c) d)
49
Figura 2. A) Diferenciação das CTMH após 21 dias de indução osteogênica, matriz corada com vermelho de alizarina (objetiva de
20x). B) Diferenciação adipogênica após 21 dias de indução, vacuólos adiposos corados por Oil Red O indicados pelas setas
(objetiva 40x). C) Diferenciação condrogênica, matriz extracelular corada em azul celeste pelo corante Alcian Blue (objetiva de
20X).
A B C
54
5.2. A senescência in vitro afeta o perfil de expressão das CTMH
Para verificar se a senescência in vitro afeta a expressão gênica das
CTMH/inv e das CTMH/n, foram feitas comparações entre as células
senescentes e jovens de cada grupo: CTMH/n senescentes versus CTMH/n
jovens e CTMH/inv senescentes versus CTMH/inv jovens.
Foram identificados 73 genes diferencialmente expressos, 47 mais e 26
menos expressos em CTMH/n senescentes na comparação CTMH/n
senescentes vs CTMH/n jovens (APÊNDICE A).
A comparação entre o perfil de expressão senescentes vs jovens das
CTMH/inv resultou em 279 genes diferencialmente expressos identificados, 119
mais e 160 menos expressos em CTMH/inv senescentes (APÊNDICE B).
Portanto, a diferença encontrada no perfil de expressão gênica entre as células
senescentes e jovens é maior no grupo CTMH/inv do que nas CTMH/n (Figura
3).
Figura 3. Gráfico mostra que a comparação entre as CTMH/inv senescentes e
CTMH/inv jovens resultou em maior número de genes diferencialmente
expressos (279) do que na comparação entre as CTMH/n senescentes e
CTMH/n jovens.
0
50
100
150
200
250
300
CTMH/n senescentes vsCTMH/n jovens
CTMH/inv senescentes vsCTMH/inv jovens
73
279
51
5.3. Classificação funcional e rede de interações dos genes
diferencialmente expressos CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens
A análise de categoria funcional demonstrou que dentre os 73 genes
identificados diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes vs as
mesmas jovens, 48 foram agrupados em 15 categorias funcionais com valor
de p ˂0.05 e com uma representação biológica ≥ 5% de moléculas (APÊNDICE
C). As categorias de maior enriquecimento de acordo com o valor de p foram
metabolismo de carboidrato, pequenas moléculas bioquímicas, movimento
celular, sinalização e interação célula-célula e ciclo celular (Figura 4 e
APÊNDICE D).
Uma análise mais detalhada dos processos biológicos representados em
cada uma destas categorias funcionais revela que as categorias funcionais de
metabolismo de carbohidrato e pequenas moléculas bioquímicas são
predominantemente representadas por genes que estão envolvidos com a
síntese de componentes da matriz extra-celular, tais como genes envolvidos na
síntese de glicosaminoglicanos (ANGPT1, GALNT5, HAS3, XYLT1). Dentro da
categoria funcional de movimento celular, processos celulares relacionados à
mobilidade de células progenitoras (ANGPT1 e GFBP3), endoteliais (ANGPT1,
HAS3, IGFBP3 e THBS1) e tumorais (CADM1, SCUBE3 e MMP1) foram mais
representados. Na categoria funcional de sinalização e interação célula-célula,
a função de adesão celular em células tumorais representada pelos genes
IGFBP3, OXTR, THBS1, HAS3, THBS1, e a função de ativação de células
tumorais representada pelos genes CADM1, MMP1, THBS1 foram mais
representadas. Na categoria funcional ciclo celular, observa-se
predominantemente genes envolvidos com a mitogênese de tumores (IGFBP3,
IGFBP5, THBS1, KRT19 e RUNX1T1).
52
Os 73 genes formaram uma rede constituída de 31 nós e 41 interações.
Foram identificados MMP1 e THBS1 como gargalos desta rede (Figura 5). A
análise de classificação funcional das moléculas presentes nesta rede revelou
um maior enriquecimento em processos multi-organismo, regulação de
localização e migração celular e, regulação de componentes celulares
(APÊNDICE E).
No contexto genômico, uma rede contendo 103 nós e 656 ligações foi
formada (Figura 6a), MMP1 e THBS1 não foram identificados como gargalos.
Todos os gargalos identificados não estão entre os genes que foram
diferencialmente expressos (Figura 6b). Os processos biológicos mais
enriquecidos nesta rede foram: regulação de processos biológicos, resposta a
estímulos, desenvolvimento e sinalização (APÊNDICE F).
Figura 4: Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes
comparadas às CTMH/n jovens. Estão respresentadas apenas as categorias com os menores p
valores de p ˂0.05 indicado em parêntese.
53
a)
b)
Figura 5: Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens. As
cores vermelhas e verdes representam, respectivamente, genes mais e menos expressos em CTMH/n senescentes. Os nós em forma de triângulo
simboliza genes identificados como bottlenecks da rede, THSB1 e MMP1. b) Gráfico demonstrando que THBS1 e MMP1 apresentaram maior node
degree betweeness.
54
Figura 6: Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens no
contexto genômico. As cores vermelhas e verdes representam, respectivamente, genes mais e menos expressos em CTMH/n senescentes. A cor
rosa representa os genes do genoma humano que não foram diferencialmente expressos neste estudo. Os nós em forma de triângulo simbolizam
genes identificados como gargalos da rede, TP53, TNF e INS. b) Gráfico demonstrando os genes que apresentaram maior node degree e
betweeness presente na rede não estão entre os diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes.
a) b)
55
5.4. Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos
CTMH/inv senescentes vs as CMTH/inv jovens
Os 279 genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes vs
as CTMH/inv jovens foram classificados em 20 categorias funcionais com valor
de p ˂0.05 e com uma representação biológica ≥ 5% de moléculas (APÊNDICE
G). As categorias funcionais de maior enriquecimento de acordo com o valor de
p foram movimento celular, proliferação e crescimento celular, morte celular,
desenvolvimento e sinalização celular (Figura 7 e APÊNDICE H).
Uma análise mais detalhada dos processos celulares inseridos nas
categorias funcionais mais representadas pode ser vista no APÊNDICE H. A
categoria funcional de proliferação e crescimento celular teve como processo
celular mais representado a proliferação celular, onde foram identificados 82
genes envolvidos com este processo, tais como CXCL12, EGF, ENO1, FGF1,
MMP2 e OXTR. E ainda, foi predito que a proliferação celular está diminuída
em CTMH/inv senescentes. O segundo processo celular mais enriquecido foi o
de proliferação celular de linhagens tumorais, com 48 genes envolvidos, tais
como CXCL12, EGF, ENO1, FGF1 e OXTR. Um outro estado de ativação que
foi predito como diminuído foi o de formação de colônia de linhagem de câncer
de mama. Na categoria de morte celular, observou-se uma maior
representação de apoptose celular (57 genes, incluindo, por exemplo, os genes
ANKRD1, BHLHE40, CXCL12, EGF, ENO1, NDN e G0S2), sendo que a
Figura 7: Classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes
comparadas às mesmas jovens. Estão respresentadas as cinco categorias com menores valor de P.
56
maioria destes são envolvidos com apoptose de linhagens tumorais (42
genes). Além disso, o processo de viabilidade celular (33 genes, dentre estes
CASP1, CXCL12, EGF, FGF1, SFRP1, THBS1 e TNFRSF9) contém 20 genes
especificamente envolvidos com viabilidade de células tumorais na categoria
de morte celular. Dentro da categoria de desenvolvimento celular, proliferação
celular (48 genes) e diferenciação (29 genes) de células de linhagens tumorais
foram mais represendadas. Genes envolvidos com a proliferação de células-
tronco embrionárias (CCDC8, DIRAS3, FGF1, HGF, OXTR, SCUBE3 e
UNC5B) e a transição epitélio-mesenquimal (EGF, HGF, NOG, NRP1 e
SCUBE3) também foram identificados. Os processos celulares mais
representados dentro da categoria de movimento celular foram relacionados à
invasão e migração de células tumorais, representados, por exemplo, pelos
genes CXCL12, EGF, MMP16, MMP2 e SFRP1. Também foram representados
o processo de quimiotaxia de células-tronco embrionárias pelos genes AGTR1,
CXCL12, EGF, L1CAM. Adesão e ativação celular de linhagens de células
tumorais também foram os mais representadas na categoria de interação e
sinalização celular, incluindo os genes EGF e THBS1.
Quanto à análise de biologia de sistemas, a lista de 279 genes formou
uma rede composta por 227 nós e 1.153 ligações entre eles, sendo EGF o nó
identificado como bottleneck, o qual perfaz 462 interações com 82 moléculas
desta rede (Figura 8).
No contexto genômico, foi formada uma rede composta por 287 nós e
2.908 ligações, onde EFG se manteve como gargalo, cuja sua sub-rede
constitui 119 nós e 1.455 interações (Figura 9).
A classificação funcional das redes mostrou um enriquecimento nas
funções relacionadas ao desenvolvimento, sinalização e proliferação celular em
ambas as redes (APÊNCIDE I e APÊNDICE J). Funções relacionadas ao
tamanho celular e migração celular foram enriquecidas somente na rede de
contexto genômico e nas sub-redes de EGF, respectivamente. Assim, EGF
parece ter um importante papel na senescência in vitro das células CTMH/inv
coordenando as funções mais enriquecidas da rede.
57
Figura 8: a) Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens. b) gráfico mostrando a
identificação do nó com maior node degree e betweeness, EGF. C) sub-rede da figura „a‟, destacando as moléculas que interage diretamente com EGF. As cores
vermelha e verde representam, respectivamente, mais e menos expresso em CTMH/inv senescentes. Nó em forma de triângulo simboliza o gargalo da rede (EGF); nó
em forma de paralelograma indica que o gene localiza-se na região da inv (3), PDZRN3 e BHLHE40.
58
a)
Figura 9: a) Rede de interações formada pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens
no contexto genômico. b) gráfico mostrando a identificação do nó com maior node degree e betweeness, EGF. As cores vermelha e verde
representam, respectivamente, mais e menos expresso em CTMH/inv senescentes. A cor rosa simboliza os genes do genoma humano não
diferencialmente expressos. Nó em forma de triângulo simboliza o gargalo da rede (EGF); nó em forma de paralelograma indica que o gene
localiza-se na região da inv (3), PDZRN3 e BHLE40.
b)
59
Figura 10: Sub-rede da figura 9, destacando as moléculas que interage diretamente
com EGF. As cores, vermelha e verde representam, respectivamente, mais e menos
expresso em CTMH/inv senescentes. Nó em forma de triângulo simboliza o gargalo
da rede (EGF).
60
5.5. Há um perfil de expressão gênica comum entre as CTMH/inv
e CTMH/n senescentes
Para identificar se há genes diferencialmente expressos em ambas as
CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens e CTMH/n
senescentes vs CTMH/n jovens, foi feito um diagrama de Venn das duas
listas dos genes diferencialmente expressos obtidas das comparações entre as
CTMH senescentes versus as jovens (Figura 11). A intersecção do diagrama
de Venn representa os genes que foram comumente diferencialmente
expressos em ambas as comparações. A lista de genes dessa intersecção
compõe 30 genes diferencialmente expressos identificados. Destes, 18 foram
mais expressos em ambas CTMH/n senescentes e CTMH/inv senescentes
comparadas às CTMH/n jovens e CTMH/inv jovens, nesta ordem. Estes foram:
LOC730755, DIO2, IGFBP5, SERPINB2, THBS1, MRVI1, SYNPO2, KRTAP1-
5, FOXE1, NTN4, ANKRD1, OXTR, KRT19, PLCB4, SCUBE3, HAS3, KRT34 e
GALNT5. Dos 30 genes diferencialmente expressos, 11 genes foram menos
expressos (ST6GALNAC3, PTPRD, LOC100127983, PTGFRN, PLXDC2,
TNFRSF9, GPAT2, PHGDH, RUNX1T, RBP1 e SGCG) em ambas as CTMH/n
senescentes e CTMH/inv senescentes comparadas às respectivas, CTMH/n
jovens e CTMH/inv jovens. Somente um gene teve regulação oposta, STMN2
(stathmin-like 2), menos expresso em CTMH/inv senescentes e mais expresso
em CTMH/n senescentes (APÊNDICE K).
Figura 11: Diagrama de venn construído a partir das listas dos genes das comparações
Senescentes vs Jovens de CTMH/n e CTMH/inv. 30 genes foram comuns as duas listas.
61
Dos 30 genes, 24 foram classificados em 17 categorias funcionais com
valor de p ˂ 0.05 e com uma representação acima de 5% (APÊNDICE L). As
cinco categorias funcionais mais enriquecidas por menor valor de p foram
morte celular, sinalização e interação celular, desenvolvimento embrionário,
proliferação e crescimento celular, e movimento celular (Figura 12 e
APÊNDICE M).
Uma análise mais detalhada das cinco categorias funcionais com menor
valor de P pode ser vista no APÊNDICE M. Dentre as funções celulares
inseridas em morte celular, destacam-se genes envolvidos com apoptose, tais
como THBS1, TNFRSF9, SERPINB2 e com viabilidade celular, tais como
NTN4,THBS1, RUNX1T1,TNFRSF9. Na categoria de sinalização celular, a
função de adesão celular de linhagens tumorais foi mais representada,
incluindo os genes HAS3, OXTR, IGFBP5, SERPINB2, THBS1. Estes 5 genes
e RUNXT1 também foram inseridos na função de proliferação de células
tumorais que foi a mais representada dentro da categoria desenvolvimento
celular. IGFBP5, RUNXT1, SERPINB2 foram classificados também na função
de diferenciação de células tumorais. As funções de migração de células
endoteliais (NTN4,THBS1), epiteliais (NTN4,THBS1), musculares
(IGFBP5,THBS1), fibroblastos (THBS1), e tumorais (SCUBE3 e HAS) foram
predominantemente representadas na categoria de movimento celular.
Figura 12: Classificação funcional dos 30 genes comuns às duas listas de comparações
Senescentes vs Jovens de CTMH/n e CTMH/inv, sendo demonstrada apenas as cinco
categorias funcionais com menores valor de p.
62
63
5.6. As CTMH/inv têm o transcriptoma distinto das CTMH/n
Considerando que: a) as CTMH/inv utilizadas neste trabalho tem uma
inversão cromossômica constitucional (3p13-p25~26), e na região 3p25~26 há
genes relacionados ao reparo de DNA e envolvidos com tumorigênese (Duarte
et al., 2012); b) a análise citogenética realizada nestas células revelou a
ocorrência de alterações cromossômicas que são características de tumor
ósseo de células gigantes em CTMH/inv senescentes, mas não em CTMH/n
senescentes (Cornélio, 2012), uma análise comparativa entre os transcriptoma
de CTMH/inv vs CTMH/n, tanto jovens quanto senescentes, foi realizada.
Foram identificados 93 genes diferencialmente expressos em CTMH/inv
jovens comparadas às CTMH/n jovens, 68 foram mais e 25 menos expressos
em CTMH/inv jovens (APÊNDICE N).
Quando as CTMH/inv senescentes foram comparadas às CTMH/n
senescentes, um total de 425 genes foram diferencialmente expressos, 157
mais expressos e 268 menos expressos em CTMH/inv senescentes
(APÊNDICE O). Portanto, as CTMH/inv apresentam um perfil de expressão
gênica mais distinto, quantitativamente, das CTMH/n quando são senescentes.
Para identificar se há genes comuns entre as duas listas de genes
diferencialmente expressos das comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n
jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes foi feito um diagrama
de Venn com as duas listas obtidas dessas comparações (Figura 13). Foram
identificados 41 genes (APÊNDICE P) que eram diferencialmente expressos
em CTMH/inv jovens comparadas às CMTH/n jovens e se mantiveram
diferentes entre as mesmas senescentes, representados na intersecção do
diagrama de Venn.
Figura 13: Diagrama de Venn para identificação dos genes diferencialmente expressos
em ambas as comparações, CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv
senescentes vs CTMH/n senescentes.
64
Um agrupamento hierárquico dos 41 genes da intersecção mostra a
distribuição dos grupos de CTMH, um grupo formado pelas CTMH/inv
senescentes e jovens e o outro com as CTMH/n senescentes e jovens (Figura
14). Pode ser observado ainda que CTMH/n obtidas de diferentes doadores,
dos cordões 10 e 12 os quais apresentam cariótipo normal, foram inseridas no
mesmo grupo apesar das diverenças individuais. O cálculo de r2 para cada par
de comparações foi feito com a lista dos genes da intersecção. Os valores de r2
corroboram com a distribuição dos grupos no agrupamento hierárquico (Tabela
2), pois não há correlação significante entre as CTMH/inv e as CTMH/n jovens
ou entre as mesmas senescentes. Enquanto que, nas comparações entre
jovens e senescentes dentro do mesmo grupo de CTMH, houve uma forte
correlação no padrão de expressão entre esses genes. Portanto, estes dados
demonstram que os 41 genes apresentam valores de expressão muito distintos
entre as CTMH/inv e as CTMH/n. Além disso, analisando os valores de Fold
change desses genes foi observado que a maioria dos 41 genes da interseção
teve sua expressão mais afetada quando as CTMH/inv são senescentes, 18
genes dentre os 27 genes mais expressos tiveram valores de expressão
maiores em CTMH/inv senescentes (Figura 15), comportamento semelhante foi
observado entre os 14 genes menos expressos, desses 11 tiveram valores
menores em CTMH/inv senescentes (Figura 16).
65
Figura 14. Cluster hierárquico de todas as probsets diferencialmente expressas em ambas as comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e entre as
CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes. Estão representadas neste agrupamento 59 probsets que incluem os 41 genes únicos da intersecção.
66
Tabela 2: Coeficiente de correlação (r2) da expressão dos 41 genes diferencialmente
expressos em ambas as comparações CTMH/invjovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv
senescentes vs CTMH/n senescentes.
Figura 15: Genes mais expressos em CTMH/inv jovens se tornaram ainda mais
expressos em CTMH/inv senescentes.
Comparações r2 valor de P
CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens 0.186 0.197
CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes 0.189 0.189
CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens 0.894 0.000
CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens 0.869 0.000
0102030405060708090
100
MM
P1
ALD
H1A
1
SFR
P1
LOC
7307
55
LAM
C2
HH
IP
HO
TAIR
HO
XC1
0
LOC
7286
13
AN
KR
D1
DN
AJC
6
CX
AD
R
NTN
4
TNFR
SF21
TM4
SF1
IGF2
///
INS-
IGF2
PLA
T
CTMH/inv vs CTMH/n Jovens
CTMH/inv vs CTMH/nsenescentes
67
Figura 16: Genes menos expressos em CTMH/inv jovens se tornaram ainda menos
expressos em CTMH/inv senescentes.
5.7. Alguns genes localizados na região próxima aos pontos de
quebra da inversão em CTMH/inv foram diferencialmente expressos em
CTMH/inv
Para verificar se genes localizados na inversão no cromossom 3 tiveram
sua expressão afetada, uma lista completa dos genes localizados nas
extremidades da inversão cromossômica (inv3p13-25~26) constituinte da
CTMH/inv (ANEXO 1) foi obtida do banco de dados do Genoma humano no
NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/maps.cgi?TAXID=9606&CHR=3
&MAPS=ideogr,cntgr,regions,ugHs,genes[1.00%3A198022430.00]&CMD=TXT
#2). Embora nenhum dos genes localizados na região da inversão esteja entre
aqueles 41 genes identificados na intersecção do diagrama de Venn, alguns
tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv jovens e senescentes (Figura 17).
Dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens
comparadas às CTMH/n jovens apenas um, o gene OXTR (receptor de
ocitocina), localizado em 3p25, teve sua expressão afetada em CTMH/inv
-30
-25
-20
-15
-10
-5
0
CTMH/inv vs CTMH/n Jovens
CTMH/inv vs CTMH/nsenescentes
68
jovens. O OXTR foi menos expresso em CTMH/inv jovens, com o valor de p de
1,54E-08 e FC igual a -3,71.
Entre os genes diferencialmente expressos nas CTMH/inv senescentes
comparadas às CTMH/n senescentes, quatro genes da região da inversão,
tiveram sua expressão afetada. O gene CNTN3 (contactin 3 plasmacytoma
associated)) foi mais expresso em CTMH/inv senescentes, três genes
BHLHE40 (basic helix-loop-helix family, member e40); PDZRN3 (PDZ domain
containing ring finger 3); LMCD1 (LIM and cysteine-rich domains 1) foram
menos expressos em CTMH/inv senescentes (APÊNDICE Q). Esses dados
sugerem que tais genes possam apresentar correlações funcionais com os
demais genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens
desencandeando a maior diferença de expressão nas CTMH/inv senescentes.
69
Figura 17. Cariótipo parcial das CTMH/inv mostrando a inv(3)(p13p25~26) e seu ideograma.
Cromossomo 3 normal à esquerda, o inv(3), à direita (Duarte et al., 2012). Caixas mostrando os
genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens (OXTR) e senescentes (BHLHE40,
LMCD1, PDZRN3, e CNTN3) comparadas às CTMH/n jovens e senescentes, respectivamente.
FC= Fold Change. Entre parênteses está a localização cromossômica.
5.8. Classificação funcional e redes de interações dos genes
diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n
jovens
Uma análise de classificação de categorias funcionais dos genes
diferencialmentes expressos em CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n
jovens foi realizada. Da lista de 93 genes diferencialmente expressos em
CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens, 69 foram classificados em 17 categorias
funcionais de função celular e molecular com valor de p ≤0.05 com
representação biológica acima de 5% (APÊNDICE R).
As cinco categorias mais enriquecidas com maior significância estatística
foram as de movimento celular, sinalização e interação célula-célula,
desenvolvimento celular, proliferação e crescimento celular e apresentação de
antígeno (Figura 18 e APÊNDICE S).
Nota-se que a maioria dos genes inseridos na categoria de movimento
celular são classificados em migração de células de linhagens tumorais, tais
70
como CCL20, CCL7, CXCL12, DCBLD2, IGF2, LAMC2, NREP e SPP1. Alguns
desses genes também foram inseridos em quimiotaxia de fagócitos e e células
dentríticas (CCL20, CCL7, CXADR, CXCL12 e SPP1), quimiotaxia de
neutrófilos (CCL7, CXADR, CXCL12 e SPP1), linfócitos (CCL20, CXCL12 e
SPP1) e movimento de células mielóides (CCL20,CCL7,CXCL12) e
embrionárias (CCL20,DOCK4,IGF2). A anotação invasão de células tumorais
foi predita ser ativa em CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n jovens.
Na categoria de interação e sinalização celular observa-se uma maior
representação na função de adesão celular de linhagens tumorais, incluindo,
CXADR,CXCL12, IGF2, OXTR e SPP1. O gene CCL20 foi inserido na função
de adesão celular de células da MO e de célulabs-tronco mesenquimais. Os
genes CXCL12 e IGF2 também foram classificados em ativação de
osteoclastos.
A maioria dos genes constituintes da categoria de desenvolvimento
celular e da proliferação e crescimento celular foram inseridos em proliferação
de linhagens tumorais, tais como ADORA2B, ALDH1A1, CCL20, CXADR,
CXCL12, DUSP4, GATA4, IGF2, MEG3, NDN, OXTR, PLAT, SPP1 e
SULT1E1. Alguns destes genes também foram classificados em proliferação de
fibroblastos (IGF2,SFRP1,TNFRSF11B), osteoblastos (IGF2,SFRP1), células-
tronco (CCL20,CXCL12) e células embrionárias (IGF2,OXTR,SCUBE3). A
anotação proliferação de linhagens tumorais foi predita estar ativa em
CTMH/inv jovens comparadas às CTMH/n jovens. OXTR foi classificado na
categoria funcional de crescimento e proliferação celular, que é a categoria que
apresenta um maior número de moléculas.
71
.
Quanto à análise de biologia de sistemas, dos 93 genes, 55 formaram
uma rede constituída por 55 nós e 86 ligações entre eles (Figura 19a). Dentre
as funções indentificadas na rede com significância estatística (valor de p
˂0,05), as mais enriquecidas foram as envolvidas com o desenvolvimento,
sinalização e adesão celular (APÊNDICE T). Nesta rede, os genes SPP1,
CXCL12, SFRP1 e NCAM1 foram identificados como gargalos (Figura 19b e c).
A expansão desta rede no contexto genômico resultou em uma rede contendo
120 nós e 538 interações (Figura 20a), onde SPP1 e ENO1 foram identificados
como gargalos (Figura 20b e c). Nesta rede, as funções mais enriquecidas
foram as de desenvolvimento, respostas aos estímulos e elongação da
tradução (APÊNDICE U). O gene OXTR, localizado na região da inversão em
CTMH/inv, embora não interaja diretamente com nenhum dos gargalos está
presente em ambas as redes (de 55 e 120 nós).
Figura 18: Representação dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens comparadas
as CTMH/n Jovens nas categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity. Estão representadas
somente as cinco categorias funcionais com menores valor de p.
72
a) b) c)
Figura 19: a) Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens. b) O gráfico mostra que os genes com maiores node degree e betweenness foram identificados como gargalos da rede. c) rede
formada por somente os genes que se conectam diretamente com os gargalos. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv. Os triângulos simbolizam os gargalos.
73
a) b)
c)
Figura 20: a) Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens no contexto genômico. b) O gráfico mostra que os genes com maiores node degree e betweenness foram identificados como bottlenecks da rede (ENO1 e SPP1), os genes CXCL12 e NCAM1 estão entre aqueles com node degrees elevados. c) rede
formada por somente os genes que se conectam diretamente com os gargalos. A cor verde representa os genes menos expressos e a vermelha representa os menos expressos em CTMH/inv. Os triângulos simbolizam os gargalos.
74
5.9. Classificação funcional e redes de interações dos genes
diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às
CTMH/n senescentes
Dos 425 genes diferencialmente expressos em CTMH/inv comparadas
às CTMH/n senescentes, foram utilizados para análise funcional apenas os 384
genes que foram exclusivamente diferencialmente expressos na comparação
CTMH/inv comparadas às CTMH/n senescentes. Destes, 262 foram
classificados em 17 categorias funcionais com valor de p ≤0.05 e
representação biológica acima de 5% (APÊNDICE V). As cinco categorias
funcionais com maior significância estatística foram ciclo celular, organização e
associação celular, replicação, recombinação e reparo do DNA, proliferação e
crescimento celular e movimento celular (Figura 21 e APÊNDICE W). Além
disso, foi identificado que a função de atraso de mitose e a de incorporação de
timidina foram preditas como aumentadas em CTMH/inv senescentes.
Enquanto que, em CTMH/n senescentes, as funções de mitogênese e
incorporação de timidina foram preditas como diminuídas.
Alguns genes foram inseridos em eventos mais específicos relacionados
ao ciclo celular, tais como segregação de cromossomos (BUB1, CCNA2,
CCNB1, CCNB2, CENPF, CENPW, KIF2C, NCAPG, NDC80, NEK2, NUSAP1,
SPC25 e TOP2A) e citocinese (BIRC5, CCNB1, CDC20, CEP55, KIF14,
KIF20A, KIF4A, NEDD4L, NUSAP1, PRC1,TM4SF1,TOP2A).
Outras anotações presentes na categoria do ciclo celular envolvendo
tumorigênese também foram representadas, tais como mitose de linhagem
tumoral (BIRC5, CCNB1,CDC20, CDK1, DLGAP5, FOXM1, SPC25 TOP2A,
TTK), sendo alguns destes genes representantes das fases M, S, citocinese e
da anotação atraso em mitose. Outras anotações funcionais presentes nestas
categoria do ciclo celular incluem genes envolvidos com ponto de checagem do
ciclo celular (CDC2, NDC80) e do fuso mitótico (BIRC5, BUB1, DLGAP5, TTK),
parada do ciclo celular (CCNA2, CCNB1, CDK1, EGF, FOXM1, IGFBP5),
endoreduplicação (KIF14) e poliploidização de células (BIRC5, SCIN, TOP2A)
e de linhagens tumorais (SCIN, TOP2A).
75
Na categoria de organização e associação celular e na categoria de
replicação, recombinação e reparo do DNA, observa-se uma maior
representação nas anotações envolvidas com a segregação dos cromossomos
e formação do fuso mitótico. Também foi observado que dano no DNA (BIRC5,
OLR1, PBK, RRM2, RUNX1, RUNX1T1, TOP2A) foi representado na categoria
de replicação, recombinação e reparo do DNA.
Na categoria de proliferação celular, a maioria dos genes foram inseridos
na anotação de proliferação de linhagens tumorais (56 dos 104 genes desta
categoria). Alguns desses genes também se inseriram em proliferação de
células embrionárias (BIRC5, DIRAS3, DLGAP5, FGF1,HGF,QPCT,UNC5B),
mesenquimais (EGF e FGF7) e outras linhagens teciduais.
Muitos genes representantes da categoria movimento celular foram
inseridos na anotação de migração de linhagens tumorais, incluindo EGF e
L1CAM que também são inseridos em quimiotaxia de células embrionárias,
AGTR1 foi incluído apenas na quimiotaxia de células embrionárias e não de
tumor.
Figura 21: Representação dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens
comparadas as CTMH/n Jovens nas categorias funcionais de acordo com o IPA Igenuity. Estão
representadas somente as cinco categorias funcionais com menore valor de p.
76
A análise da rede de interações entre as moléculas da lista dos 390
genes resultou em uma rede contendo 318 nós e 2.597 conexões (Figura 22).
Foi identificado que EGF é gargalo dessas interações, perfazendo um
total de 606 conexões e 97 nós (Figura 23). Os quatros genes que se localizam
na região da inversão e que tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv
senescentes, CNTN3, BHLHE40, LMCD1 e PDZRN3 fazem parte desta rede
de interações e, interessantemente, CNTN3 interage diretamente com o
gargalo EGF (Figura 24).
Os processos biológicos mais enriquecidos nas redes de interações
foram relacionados ao ciclo celular, proliferação e desenvolvimento do
organismo (APÊNDICE X). Com a expansão da lista dos 390 genes para o
contexto genômico com o limite de adição de 50 moléculas do banco do
genoma humano foi formada uma rede com 372 nós e 4.496 interações (Figura
25a). Ainda neste contexto do genoma humano, EGF se manteve como um
gargalo (Figura 25b), somente PDZRN3 não faz parte desta rede de interações
e CNTN3 permaneceu interagindo diretamente com EGF (Figura 26).
Os processos biológicos com maior representação na rede no contexto
genômico foram muito semelhante àqueles da primeira rede, tendo como
funções mais enriquecidas as de ciclo celular, proliferação celular e
desenvolvimento (APÊNDICE Y).
77
Figura 22: Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos apenas na comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv senescentes. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os genes localizados próximos da inv(3).
78
Figura 23: a) Sub-rede de interações da figura 22. a) Redes de interações formadas pela lista dos genes diferencialmente expressos apenas na comparação
CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em
CTMH/inv senescentes. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os genes localizados próximos da
inv(3). b) O gráfico mostra que o gene com maior node degree e betweennes foi EGF.
a) b)
79
Figura 24: a) Sub-rede de interações da figura 22. Esta rede evidencia somente os genes diferencialmente expressos apenas na comparação CTMH/inv
senescentes vs CMTH/n senescentes que se ligam diretamente a EGF (em forma de triângulo) ou aos genes localizados em Inv (3): CNTN3, PDZRN3, LMCD1 e
BHLHE40 (em forma de paralelograma) As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv
senescentes. b) sub-rede da figura 14ª, destacando as moléculas que conectam-se diretamente com CNTN3 e EGF.
a) b)
80
Figura 25: a) Rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos apenas na comparação CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes inserida no
contexto genômico com limite de adição de 50 nós. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv
senescentes. A cor rosa, os genes do genoma humano que foram acrescidos à rede. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma
simbolizam os genes localizados próximos da inv(3). b) O gráfico mostra que o gene com maior node degree e betweennes foi EGF.
a) b)
81
Figura 26: Sub-rede da figura 25, destacando as moléculas que conectam-se com EGF e os genes da Inv (3)
(LMCD1, CNTN3 e BHLHE40). As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos
expressos e mais expressos em CTMH/inv senescentes. A cor rosa, os genes do genoma humano acrescidos a
rede. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os
genes localizados próximos da inv(3). b) O gráfico mostra que o gene com maior node degree e betweennes foi
EGF.
82
5.10. Análise de interpretação biológica dos genes diferencialmente
expressos nas comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e
CTMH/inv senescentes vs CTMH/n jovens
Uma análise comparativa entre as categorias funcionais representadas
pelos genes diferencialmente expressos nas comparações CTMH/inv jovens vs
CTMH/n jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n jovens mostra que das
17 categorias funcionais da comparação entre estas células jovens, 15 se
mantiveram entre as funções com representação acima de 5% e duas
categorias só apareceram na comparação entre as senescentes.
As funções que estavam entre as mais enriquecidas na comparação
entre as células jovens foram movimento celular, sinalização e interação célula-
célula, desenvolvimento celular, proliferação e crescimento celular, essas
funções tornaram-se ainda mais enriquecidas nas senescentes (Figura 27). Já
as categorias de ciclo celular e replicação, recombinação e reparo do DNA, que
estavam entre as menos enriquecidas (inferior a 5%) na comparação entre as
jovens, se classificaram entre as mais enriquecidas nas senescentes. Tais
observações demonstram que os processos moleculares mais enriquecidos
nas senescentes já eram representados pelos genes diferencialmente
expressos nas CTMH/inv jovens.
83
Figura 27: Gráfico mostrando as categorias funcionais mais enriquecidas (com valor de p˂ 0,05 e
para CTMH/inv senescentes somente aquelas com representação superior à 5%) em ambas as
comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.
O eixo Y corresponde ao número de genes presente em cada categoria.
84
Para verificar se os genes diferencialmente expressos nas CTMH/inv
jovens quando comparadas às CTMH/n jovens contribuíram para uma maior
representação nas categorias funcionais identificadas nas CTMH/inv
senescentes comparadas às CTMH/n senescentes, a rede de interações dos
genes da lista da intersecção e a rede de interações dos genes da lista dos
exclusivamente diferencialmente expressos na comparação entre as CTMH/inv
e CTMH/n senescentes foram sobrepostas, resultando em uma única rede
composta por 340 nós e 2627 ligações. Quinze genes da intersecção se
conectaram com genes da comparação CTMH/inv vs CTMH/n senescentes.
Observa-se a formação de dois grupos que são conectados por alguns nós,
especialmente, TNFRSF21, LAMA 5 e JAG1 (Figura 28). A análise das
categorias funcionais das moléculas conectadas diretamente a esses três nós
revelou um enriquecimento nas funções envolvidas com regulação da
proliferação celular e desenvolvimento, sugerindo uma relação funcional entre
alguns genes que foram diferencialmente expressos entre as CTMH/inv e
CTMH/n jovens e aqueles da comparação entre as mesmas senescentes.
85
Figura 28: Rede de interações formada pela união entre os genes diferencialmente expressos em ambas as comparações (CTMH/inv jovens vs CTMH/n
jovens e CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes e os exclusivamente diferencialmente expressos na comparação CTMH/inv vs CTMH/n
senescentes. As cores verde e vermelha representam, respectivamente, os genes menos expressos e mais expressos em CTMH/inv senecentes. As
cores roxo e amarelo representam, respectivamente, mais e menos expressos em ambas CTMH/inv jovens e senescentes. A cor rosa, os genes do
genoma humano que foram acrescidos à rede. O nó em forma de triângulo simboliza o gargalo, EGF. Os nós em forma de paralelograma simbolizam os
genes localizados próximos da inv(3).
86
5.11. Análise da expressão gênica das CTMH por PCR em tempo
real
As diferenças de expressão gênica detectadas pela análise de
microarranjos foram confirmadas com o PCR em tempo real (qPCR; Taqman
Real time, PCR master mix, Appied Biosystem) para um total de 11 genes
representativos das comparações realizadas.
De 28 comparações que apresentavam diferenças de expressão, 22
tiveram a expressão diferencial observada pelos microarranjos corroborada
pela análise por qPCR com significância estatística (valor de p ˂0,05),
perfazendo 78.5% de conformidade entre essas análises (APÊNDICE Z). Dos
11 genes utilizados para ambas as comparações CTMH/n jovens vs CTMH/inv
jovens e CTHM/n senescentes vs CTMH/inv senescentes, 8 genes (ADORA2B,
SFRP1, KYNU, LAMC2, G0S2, ALDH1A1, MAB21L1 e NDN) tiveram sua
expressão diferencial identificada pela análise por microarranjos corroborada
pelo método qPCR na comparação CTMH/n jovens vs CTMH/inv jovens, e 10
genes (ADORA2B, CCL7, SFRP1, ANKRD1, MMP1, KYNU, LAMC2, G0S2,
MAB21L1 e NDN) tiveram sua expressão diferencial identificada pela análise
por microarranjos corroborada pelo método qPCR na comparação CTMH/n
jovens vs CTMH/inv jovens. Os dois genes selecionados ANKRD1 e MMP1
para a comparação CTMH/n jovens vs CTMH/n senescentes tiveram
correlação entre os dados de expressão obtidos pelo microarranjos e pelo
qPCR. Dentre os quatro genes selecionados para a comparação CTMH/inv
jovens vs CTMH/inv senescentes SFRP1, ANKRD1, G0S2 e NDN, os dois
primeiros tiveram sua expressão diferencial indentificada pelo microarranjo
corroborada pelo qPCR. Embora não tenha apresentado correlação com
significância estatística entre os dados de expressão dos genes G0S2 e NDN
de ambas os métodos de análise, observou-se que a expressão destes genes
na comparação entre as CTMH/inv jovens vs CTMH/inv senescentes foi maior
em CTMH/inv jovens com significância estatística em ambas as análises,
micoarranjos (valor de p ˂0,01) e qPCR ( valor de p ˂ 0,05).
87
6.0. DISCUSSÃO
No presente trabalho foi possível isolar, expandir e caracterizar
fenotipicamente ambas as CTMH/inv e CTMH/n conforme descrito por Duarte
et al. (2012). Após a 16º passagem foi possível detectar células senescentes
em cultivo, no entanto, a predominância de células senescentes foi vista
apenas na passagem 18. Após a passagem 18 a cinética de divisão celular foi
diminuindo progresssivamenta até não ser possível realizar a expansão do
cultivo após a passagem 24. As características observadas no presente
trabalho de uma célula senescente, bem como o tempo de cultivo necessário
para se obter uma cultura senescente foram semelhantes ao descrito para
outras CTMH obtidas de diferentes fontes (Kim et al., 2012; Schllenber et al.,
2011; Nekanti et al., 2010; Ryu et al., 2008).
Células jovens de ambas CTMH/inv e CTMH/n foram capazes de se
diferenciar em osteoblastos, adipócitos e condrócitos. Já para as células
senescentes só foi possível realizar dois tipos de diferenciações: osteogênica e
adipogênica. Devido ao número reduzido de células disponíveis para os
ensaios, não foi realizada a indução da diferenciação condrogênica durante a
senescência. Estes resultados estão em concordância com aqueles descritos
em CTMH obtidas de diferentes fontes (Kim et al., 2012; Schllenber et al.,
2011; Nekanti et al., 2010). Como as CTMH/inv sofreram bastante com o
processo de senescência in vitro, quando as células senescentes apareceram
no cultivo, foi difícil expandi-las em número celular suficiente para repetir o
experimento de citometria de fluxo com todos os marcadores de linhagem
hematopoiética (Cornélio, 2012).
Mesmo após 2 meses de cultivo na passagem 24 (após alcançarem a
senescência), não foi observada transformação espontânea de CTMH em
ambas CTMH/inv e CTMH/n. Estas observações estão de acordo com outras
pesquisas sobre CTMH de diferentes fontes (Bernardo et al., 2007; Poloni et
al., 2010). Considerando que a senescência celular é uma proteção contra o
câncer (Braig et al., 2005; Chen et al., 2005; Collado et al., 2005; Courtois-Cox
et al., 2006; Michaloglou et al., 2005), estes resultados favorecem o uso
terapêutico das CTMH. No entanto, muitos fatores, além do controle do ciclo
88
celular, estão associados à senescência, tais como aumento da instabilidade
cromossômica, alterações na morfologia e aquisição de um perfil de secretoma
característico que pode favorecer à senescência ou ao desenvolvimento de
doenças relacionadas à idade, tais como o câncer (revisado por Sikora et al.,
2012).
Há evidências de que as células-tronco sofrem senescência celular in
vivo que pode ser responsável pelo declínio de suas funções e pela origem das
doenças metabólicas, degenerativas, câncer e o envelhecimento dos indivíduos
(Revisado por Rodríguez-Rodero et al., 2011). Esta proposição está em
conformidade com a observação de que o envelhecimento afeta a renovação e
a capacidade de diferenciação de CTMH residentes no tecido adiposo e na MO
de indivíduos mais velhos (Alt et al., 2012; Kretlow et al., 2008; Chen et al.,
2009; Zaim et al., 2012). Zaim e colaboradores (2012) observaram que CTMH
obtidas da MO de crianças, adultos e idosos, perderam suas caracaterísticas
morfológicas e seu potencial de diferenciação mais precocemente em cultivo
quanto mais velho foi o doador. Além disso, Alves e colaboradores (2012)
identificaram seis genes diferencialmente expressos em ambas senescência in
vitro e in vivo de CTMH obtidas da MO. Assim, parece haver uma correlação
entre a senescência replicativa in vitro e a senescência in vivo. Portanto,
estudos moleculares sobre a senescência in vitro podem oferecer
conhecimentos importantes para uma melhor compreensão da senescência in
vivo das CTMH, bem como subsidiar pesquisas que possam identificar
melhores condições de cultivo para a expansão de CTMH a fim de preservar
suas características de células-tronco.
No presente trabalho, pela primeira vez, foi comparado o transcriptoma
de CTMH senescentes com o de CTMH jovens obtidas da veia do cordão
umbilical. Além disso, foi avaliado se CTMH com uma inversão cromossômica
(CTMH/inv) têm uma resposta diferencial das CTMH com o cariótipo normal
(CTMH/n) durante a expansão in vitro. Para tanto, as CTMH foram expandidas
até a sua senescência (passagem 18), e os seus transcriptomas foram
comparados em passagens iniciais (jovens) e em passagens tardias
(senescentes).
89
Este estudo foi pioneiro uma vez que há apenas três estudos de
transcritos em larga escala de CTMH em passagem mais tardias. Um deles
analisou a expressão somente de marcadores de células-tronco indiferenciadas
e de linhagens no estágio inicial de diferenciação em CTMH da geleia de
Wharton e MO-CTMH em passagens tardias (P15-p20), observando uma
diminuição de alguns desses marcadores em ambas as linhagens, havendo
uma maior diminuição em MO-CTMH, sugerindo uma manutenção do fenótipo
de célula-tronco mais forte em CTMH da geleia de Wharton comparadas as
MO-CTMH, após expansão in vitro (Nekanti et al., 2010). O outro, estudou o
transcriptoma, utilizando Affymetrix human GeneChip (U133A 2.0), de MO-
CTMH na passagem 20 e ASC na passagem 30. No entanto, os autores não
encontraram diferenças significativas no perfil de expressão das passagens
tardias comparadas com as iniciais para ambas as linhagens (Izadpanah et al.,
2008). Já Ryu e colaboradores (2008) identificaram 338 genes associados à
senescência de CTMH isoaladas de MO comparando a 15ª com a 7ª
passagem.
A comparação entre as CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens
resultou em 73 genes diferencialmentes expressos. Já na comparação entre as
CTMH/inv senescentes vs as CTMH/inv jovens foram identificados 279 genes
diferencialmente expressos. Assim, uma maior diferença de expressão foi
observada em CTMH/inv senescentes. A comparação entre os transcriptomas
de CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens resultou em uma lista de 93 genes
diferencialmente expressos. Na comparação entre CTMH/inv senescentes vs
CTMH/n senescentes foram encontrados 425 genes diferencialmente
expressos. Estes dados mostram que a CTMH/inv deve ter sofrido um
processo de senescência replicativa distinto das CTMH/n, tornando-as mais
diferentes das CTMH/n quando elas são senescentes.
Esses dados relacionados ao processo de senescência ficam mais
interessantes ao se detectar que a análise citogenética das CTMH/inv
senescentes realizada por Cornélio (2012), do mesmo pool de células
utilizadas no presente trabalho, demonstrou a presença de associações
teloméricas (tas) e de alterações recorrentes envolvendo o braço longo do
90
cromossomo 20. Tais alterações citogenéticas são características de TCG
(Gebre-Melin et al., 2009).
Tumor de célula gigante do osso (TCG) é uma neoplasia, geralmente
benigna, mas localmente agressiva e que pode originar metástases (1-2% dos
casos) em outros tecidos como, pulmão, mama, coração, pele e nodos
linfáticos. TCG é constituído por uma população heterogênea de células,
formada por células gigantes multinucleadas semelhantes a osteoclastos (as
mais abundantes - por este motivo recebeu o seu nome), monócitos e células
estromais. As últimas podem estar relacionadas com a alta taxa de recorrência
do tumor depois da remoção cirúrgica (Revisado por Cowan e Singh, 2012). A
origem exata do tumor é desconhecida, mas há fortes evidências de que as
células estromais do TCG devem se originar de CTMH. Alguns autores já
preferem chamá-lo de “tumor de células estromais”, porque demonstra mais
precisamente que a célula estromal é que é neoplásica (Forsyth e Hogendoorn,
2003; Kim et al., 2012). Foi visto que as células estromais de TCG exibem
marcadores de superfícies de CTMH incluindo, CD105, CD73, (Wulling et al.,
2003) e FGFR-3, um receptor de fator de crescimento de fibroblasto (Robinson
et al., 2002), bem como marcadores de início da diferenciação osteoblástica
(CD166, Strol) (Wulling et al., 2003). Também foi observado que as células
estromais do TCG podem se diferenciar em osteoblastos, adipócitos e
condrócitos sob diferentes condições de cultura (Wulling et al., 2003). Lan e
colaboradores (2012) demonstraram a existência de uma subpopulação de
células estromais do tumor de células gigantes que são positivas para Stro1 e
outros marcadores de células-tronco mesequimais (CD73, CD90 e CD105),
com capacidade de renovação celular e de diferenciação em adipócitos e
osteoblastos. Estas células também exibem um alto potencial proliferativo, são
mais restitentes a cisplatina e tem expressão elevada de ABCG2. Tais
características, levaram ao autores concluírem que há uma célula-tronco
tumoral de origem mesenquimal que é responsável pela neoplasia do TCG.
Recentemente, foi feito um estudo por Lau e colaboradores (2013) com
objetivo de estudar o papel de p63 na regulação do ciclo celular das células
estromais. Eles verificaram que esta proteína promove progressão do TCG por
meio da inativação de p53. No entanto, ainda existem muitas questões sem
91
repostas sobre o mecanismo molecular da tumorigênese de TCG relacionada a
sua origem de CTMH.
Dentre os 73 genes diferencialemente expressos entre CTMH/n
senescentes e as CTMH/n jovens, nove (ANKRD1, IFIT1, KIAA1324L, NTN4,
OXTR, PLXDC2, SERPINB2, SYNPO2 e THBS1) já foram identificados como
relacionados à senescência in vitro (Ryu et al., 2008) das CTMH obtidas da
MO, sendo que o gene ANKRD1 também já foi relacionado à senescência in
vivo (Alves et al., 2012), e SERPINB2 está entre os genes associados ao TCG
de acordo com http://www.avivasysbio.com/ecamp/disease.php?did=429.
As categorias funcionais mais representadas pelos 73 genes
diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n
jovens foram metabolismo de carboidrato, pequenas moléculas bioquímicas,
movimento celular, sinalização e interação célula-célula e ciclo celular. Uma
análise das anotações funcionais mais representadas dentro destas categorias,
revela que a maioria dos genes codificam proteínas que se localizam na região
extracelular, desempenhando as funções de síntese de matriz (ANGPT1,
GALNT5, HAS3, XYLT1), adesão celular (IGFBP3, OXTR, THBS1, HAS3,
THBS1) e migração celular (ANGPT1, HAS3, IGFBP3, THBS1, CADM1,
SCUBE3 e MMP1) em células normais teciduais, progenitoras e,
especialmente em células tumorais. Também pode ser observado
representação de genes, como a de citoesqueleto (KRT19, KRT34, KRTAP1-5,
LOC730755 e SYNM) e mitogênese de tumores (IGFBP3, IGFBP5, THBS1,
KRT19 e RUNX1T1). Estes resultados parecem estar de acordo com as
alterações celulares que caracterizaram as células senescentes identificadas
no presente trabalho, como diminuição da divisão celular e alterações em sua
morfologia. Esses resultados também estão em concordância com estas e
outras alterações descritas na literatura associadas com células senescentes,
tais como alteração em sua morfologia, ciclo celular e aquisição de um perfil de
secretoma característico de células senescentes (revisado por Sikora 2012).
Além disso, CTMH senescentes obtidas de outras fontes também sofrem
alterações em sua morfologia, potencial de renovação e diferenciação celular
(Alt et al., 2012, Kretlow et al., 2008; Chen et al., 2009; Zaim et al., 2012).
92
Os 73 genes da comparação CTMH/n senescente vs CTMH/n jovens
formaram uma rede de interações em que os genes MMP1 e THBS1 foram
identificados como gargalos.
MMP1, uma metaloproteinase de matriz extracelular, é uma colagenase
produzida por células que iniciam a degradação do colágeno fibrilar (Poulalhon
et al., 2006), foi mais expressa em CTMH/n senescentes comparadas às
mesmas jovens. Este resultado está de acordo com outro estudo que observou
um aumento da expressão de MMP1 em células-tronco derivadas de tecido
adiposo nas passagens P10, P15 e P20 comparadas às P5 por meio de PCR
em tempo real (Safwani et al., 2012). A secreção de remodeladores da matrix
extracelular, fatores de crescimento, citocinas inflamatórias e quimiocinas
ocorre durante a senescência e tem grande importância na definição do papel
da senescência na indução da homeostase tecidual e de câncer (revisado por
Ohtani e Hara, 2013). Altos níveis de expressão de MMP1 têm sido associados
à maior invasidade e migração de tumores (Liu et al., 2012; Revisado por
Cowan e Singh, 2012). Um estudo verificou expressão elevada de MMP1 em
todos os 19 casos de TCG estudados (Si et al., 2003).
THBS1, trombospondin 1, proteína secretada componente da matriz
extra-celular, tem papel na interação célula-matriz e pode desempenhar
múltiplas funções celulares. Ela inibe a diferenciação osteogênica de CTMH
derivadas de tecido adiposo por meio da ativação de TGF-β (Dubose et al.,
2012). THBS1 foi mais expresso em CTMH/n senescentes comparadas às
mesmas jovens. Corroborando com este dado, um aumento da expressão de
THBS1 é observado em células-tronco mesequimais derivadas de adipócitos
de camundongos mais velhos (Efimenko et al., 2011), e em CTMH que
alcançaram senescência in vitro obtidas da MO (Ryu et al., 2008). Por outro
lado, a super-expressão de THBS1 em miofibroblastos estromais é associada
ao crescimento do tumor e metástase nodal em carcinoma gástrico (LIn et al.,
2012).
Na lista do genes diferencialmente expressos na comparação entre as
CTMH/inv senescentes e as CTMH/inv jovens, dos 279 genes diferencialmente
expressos, 22 (AGTR1, ANK2, ANKRD1, BACE2, DAB2, HGF, JAM2, LTBP2,
93
MOCOS, NMI, NRP1, NTN4, OXTR, PLXDC2, SERPINB2, SERPINE1,
SNCAIP, SPOCD1, ST6GAL1, SYNPO2, THBS1, TM4SF1) já foram
identificados como relacionados à senescência in vitro (Ryu et al., 2008) das
CTMH obtidas da MO, e 10 genes (RGS4, ANKRD1, NRXN3, DDIT4, C1R,
PDE4DIP, GAS1, CXCL12, FST, C1S) também já foram relacionados ao
envelhecimento in vivo (Alves et al., 2012), e, interessantemente cinco genes,
SERPINB2, GEM, KRT7, CXCL12 e MMP2 são listados no site
http://www.avivasysbio.com/ecamp/disease.php?did=429 como genes
associados ao TCG.
Os 279 genes diferencialmentes expressos na comparação entres as
CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens foram classificados nas categorias
mais enriquecidas de movimento celular, proliferação e crescimento celular,
morte celular, desenvolvimento, e sinalização celular. A anotação proliferação
celular foi a mais representada. Foi predito que as anotações de proliferação
celular e de formação de colônia de linhagem de câncer de mama estão
diminuídas em CTMH/inv senescentes. Estes resultados estão de acordo com
o fenótipo associado às CTMH/inv senescentes descrito no presente trabalho,
tais como diminuição da divisão celular e a ausência de transformação
espontânea in vitro. Além disso, genes envolvidos com a proliferação de
células-tronco embrionárias (CCDC8, DIRAS3, FGF1, HGF, OXTR, SCUBE3 e
UNC5B), a transição epitélio-mesenquimal (EGF, HGF, NOG, NRP1 e
SCUBE3) e processo de quimiotaxia de células-tronco embrionárias (AGTR1,
CXCL12, EGF, L1CAM) também foram representados. No entanto, de um
modo geral, observa-se que numerosos genes foram inseridos em anotações
funcionais relacionadas a tumores, tais como apoptose, viabilidade proliferação
celular (48 genes), diferenciação (29 genes), invasão e migração (ex. CXCL12,
EGF, MMP16, MMP2 e SFRP1), adesão e ativação celular de linhagens de
células tumorais (EGF e THBS1). Esta representação de funções relacionadas
a tumor pode demonstrar que genes que são regulados durante a senescência
são importantes na tumorigênese.
Os genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes
comparadas às mesmas jovens formaram uma rede de interações em que EGF
foi identificado como bottleneck.
94
EGF (epidermal growth factor) foi mais expresso em CTMH/inv
senescentes comparadas às mesmas jovens. Em contraste com estes
resultados, CTMH obtidas de MO de ratos mais velhos expressam níveis
baixos de VEGF, EGF, IGF e G-CSF, as quais exibiram capacidades
proliferativas e de diferenciação menores (Asumda e Chase, 2011). No
entanto, aparentemente a via de sinalização induzida por EGF parece ter sido
ativada em CTMH/inv senescentes, pois dos 341 genes transcricionalmente
responsivos à indução de EGF em células HeLa (Brankatschk et al., 2012), 30
foram diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às
mesmas jovens (ARID5B, ASNS, BHLHE40, CDCP1, CTH, CYP1B1, DCLK1,
DDIT3, DDIT4, DUSP5, EDN1, EREG, F3, FST, GDF15, GEM, GPRC5A,
HBEGF, KLF4, KRT34, NRP1, PICALM, PSAT1, PTPRE, SERPINE1, SESN2,
SOCS2, THBS1, TRIB3 e WARS). Assim, a nova rede de interações
identificada no presente trabalho pode auxiliar em estudos sobre essa via de
sinalização em CTMH senescentes. A análise de enriquecimento de função
realizada no presente trabalho, sugere que EGF pode modular as funções de
ciclo celular, desenvolvimento, sinalização e migração celular em CTMH/inv
senescentes. Tendo em vista que as CTMH/inv senescentes foram capazes de
se diferenciar em osteoblastos e adipócitos, e não sofreram transformação
espontânea, uma expressão elevada de EGF pode estar relacionada à
manutenção da capacidade de diferenciação em CTMH senescentes. Esta
hipótese é suportada pela observação de que CTMH estimuladas com EGF
solúvel induzem a sinalização EGRF e promove a proliferação e migração
celular sem afetar a sua pluripotência (Tamama et al., 2006). Consistentemente
com esses dados, foi observado que EGF induz a proliferação celular sem
induzir a diferenciação em MO-CTMH (Krampera et al., 2005).
Há fortes evidências de que aumento da expressão de EGF também
pode estar relacionado à tumorigênese de CTMH. A liberação de EGF por
CTMH foi associado ao desenvolvimento de câncer de mama (Yan et al.,
2012). A expressão mais elevada de EGF e de seu receptor também foi
observada em TCG e associada à malignidade do tumor (Balla et al., 2011).
CTMH crescidas sobre a superfície de um biomaterial com EGF tiveram
aumento na sua capacidade de adesão e sobrevivência, conferindo resistência
95
à morte celular pela sinalização EFG/EGFR, ativando a via ERK (FAN et al.,
2007). MO-CTMH co-cultivadas com células de câncer de mama adquiriram
fenótipo de fibroblastos associados a tumor (TAF) e aumentaram a expressão
de vários genes relacionados à TAF, entre estes EGF. Porém, curiosamente, o
mesmo co-cultivo foi realizado com CTMH da geleia de Wharton, estas não
sofreram tal transformação e não houve aumento da expressão de EGF
(Subramanian et al., 2012). No presente trabalho, apesar de ocorrer aumento
da expressão de EGF nas CTMH/inv, não foi observada transformação maligna
espontânea em cultura. Os dados da literatura somados aos resultados
encontrados no presente trabalho, sugerem que, possivelmente, a explicação
para uma expressão elevada de EGF na senescência celular pode estar
relacionada à progressiva aquisição de um fenótipo tumorigênico, o qual não foi
atingido no presente trabalho. Talvez outros componentes moleculares
necessários para tal indução ainda não estavam suficientemente presentes nas
células CTMH/inv senescentes. No entanto, como genes responsivos à EGF
foram diferencialmente expressos em CTMH/inv, sugere-se que EFG esteja
atuando via sinalização autócrina e/ou parácrina em CTMH/inv regulando a
expressão de vários genes em CTMH/inv senescentes.
As funções celulares afetadas durante a senescência foram
semelhantes em ambas as CTMH/inv e CTMH/n senescentes, e apesar de
existirem muitos genes distintos implicados com a senescência de cada uma
delas, foi possível identificar alguns genes que estão relacionados à
senescência de ambas CTMH/n e CTMH/inv obtidas da veia do cordão
indepentemente de suas diferenças individuais. Dentre os 30 genes desta lista,
7 genes (ANKRD1, NTN4, OXTR, PLXDC2, SERPINB2, SYNPO2 e THBS1) já
foram relacionados à senescência de CTMH de MO in vitro (Ryu et al., 2008),
ANKRD1 já foi relacionado à senescência de CTMH de MO in vivo (Alves et al.,
2012), e SERPINB2 está associado à TCG
(http://www.avivasysbio.com/ecamp/disease.php?did=429). Assim, foram
identificados 22 novos candidatos a marcadores de senescência de CTMH.
THBS1 foi um dos genes mais expresso em ambos os grupos de
células senescentes comparadas às mesmas jovens. Corroborando com este
dado, um aumento da expressão de THBS1 é observado em células-tronco
96
mesenquimais derivadas de adipócitos de camundongos mais velhos
(Efimenko et al., 2011). Por outro lado, assim como SERPINB2 está
relacionada ao TCG, a super-expressão de THBS1 em miofibroblastos
estromais é associada ao crescimento do tumor e metástase nodal em
carcinoma gástrico (LIn et al., 2012). É importante ressaltar que apesar de
THBS1 estar mais expresso em ambas CTMH/inv e CTMH/n, considerando
que há muitos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes
que não estão nas CTMH/n senescentes, os genes que se conectam a ele nas
redes de interações para cada uma das células são distintos. Assim, visto que
o contexto molecular em que THBS1 está inserido é diferente nas CTMH/inv e
CTMH/n, este gene pode levar a uma resposta celular completamente distinta
nas células senescentes CTMH/inv e CTMH/n.
Apesar das células senescentes CTMH/inv e CTMH/n terem sido
capazes de se diferenciar e não terem se transformado espontaneamente in
vitro, não se deve ignorar que houve uma grande incidência de alterações
cromossômicas observadas nas células senescentes, especialmente, nas
CTMH/inv senescentes, as quais foram mais instáveis geneticamente e
apresentaram alterações cromossômicas características de TCG (Cornélio,
2012). Tais observações aliadas às diferenças de expressão gênica
observadas no presente trabalho demonstram que o processo de senescência
das CTMH/inv e CTMH/n foram distintos, de modo a conferir uma maior
instabilidade genética nas CTMH/inv senescentes.
A comparação entre as CTMH/inv jovens e CTMH/n jovens mostrou que
os seus transcriptomas são distintos quando jovens (93 genes diferencialmente
expressos) e mais distintos quando senescentes (425 genes diferencialmente
expressos). Destes, 41 genes tiveram sua expressão afetada em ambas as
comparações, sendo mais diferencialmente expressos quando as células
tornaram-se senescentes. Estes resultados corroboram com a maior diferença
de expressão entre as CTMH/inv senescentes e as CTMH/inv jovens do que na
comparação CTMH/n senescentes vs CTMH/n jovens.
Os resultados das análises de interpretação biológica dos genes
diferencialmente expressos entre CTMH/inv e CTMH/n jovens mostraram que
97
as funções mais enriquecidas foram movimento celular, desenvolvimento,
sinalização e interação celular, e reposta aos estímulos. Dentre estas,
estiveram entre as funções mais representadas na rede de interações as
funções de desenvolvimento, sinalização e adesão celular. Os genes
identificados como bottlenecks da rede em CTMH/inv foram CXCL12
((chemokine (C-X-C motif) ligand 12); FC = 4,5; valor de p = 1,01E-09), SFRP1
((Secreted Frizzled-Related Protein-1); FC = 19,1; valor de p= 2,00E-29),
NCAM1 ((neural cell adhesion molecule 1) FC = 4,13; valor de p < 2,35E-19)
e, no contexto genômico, SPP1 ((secreted phosphoprotein 1); FC = 3,2; valor
de p= 2,68E-03) e ENO1 ((enolase α); FC = -3,50; valor de p < 4,26E-06 ).
Tais genes, de acordo com a análise de biologia de sistemas deste trabalho,
podem ser considerados candidatos a modularem as funções mais
enriquecidas na rede.
A expressão de CXCL12, ou fator derivado de célula estromal (SDF-1α),
foi maior nas CTMH/inv jovens quando comparadas com as CMTH/n jovens.
CXCL12 é expresso em células estromais da MO, tendo maior expressão em
populações de células estromais mais imaturas (Kortesidis et al., 2005), em
concordância com a expressão identificada em CTMH/inv no presente trabalho.
No entanto, sua expressão não é específica de células estromais, visto que já
foi identificada em células endoteliais de vários órgãos, incluindo MO, músculo
esquelético, fígado, cérebro e rim (revisado por Sharma et al., 2011), e em
algumas células tumorais (Kucia et al., 2005; Sun et al., 2010; Zhang et al.,
2012). Em concordância com funções mais representadas na rede de
interações de CXCL12 do presente trabalho, a sua participação nestas funções
celulares também foi sugerida por outros trabalhos utilizando modelos
experimentais in vitro e in vivo (Kortesidis et al., 2005; revisado por Sharma et
al., 2011). CXCL12 tem sido considerado como um importante quimioatraente
de células progenitoras hemotopoiéticas (HSPC) (revisado por Sharma et al.,
2011). Sugere-se também que tenha efeitos quimiotáticos em diferentes tipos
celulares que são positivas para seus receptores CXR4 ou CXCR7, atraindo
células mais indiferenciadas para os sítios de injúrias, tais como as CTMH
(Kortesidis et al., 2005; Brooke et al., 2008; Zhang et al., 2012). Recentemente,
foi demonstrado que a sinalização SDF-1α /CXCR4 em MO-CTMH tratadas
98
com SDF-1 promove um aumento da proliferação e sobrevivência celular por
meio da ativação das vias Akt e Erk, bem como a diminuição de apoptose
acompanhada de aumento da razão bcl-2/bax. Foi observado, também, que
SDF-1α promove o aumento do RNAm de SDF-1α em CTMH, sugerindo um
efeito de sinalização autócrina (Liu et al., 2011). Uma análise de microarranjos
identificou 30 genes diferencialmente expressos em MO-CTMH estimuladas
com CXCL12 comparadas a não estimuladas. Destes, 11 genes foram
associados a movimento celular. Outras funções celulares tais como
proliferação celular, adesão e resposta ao estresse celular também foram
representadas (Stich et al. 2009). As funções de movimento celular e adesão
estão entre as mais enriquecidas nos genes diferencialmente expressos em
CTMH/inv, evidenciando que CXCL12 possa modular essas funções em
CTMH. As funções relacionadas ao CXCL12 descritas acima, podem auxiliar
no reparo tecidual. Porém, já foi observado que CXCL12 pode aumentar a
migração de células tumorais (Ma et al., 2011; Kucia et al., 2005; Sun et al.,
2010; Zhang et al., 2012), e promover a atração de CTMH para locais de
tumores contribuindo para o desenvolvimento do tumor (Bhoopathi et al., 2011).
Por exemplo, CXCL12 é produzido pelas células estromais recrutando
monócitos precursores de osteoclastos e células-tronco hematopoiéticas para o
tumor de células gigantes ósseo (TCG) (Liao et al.,2005; Kim et al., 2012). Este
aparente paradigma de função fisiológica versus patológica para CXCL12 ainda
não foi resolvido, mas demonstra que uma melhor compressão de suas vias
moleculares pode auxiliar no desenvolvimento de alternativas para aumentar a
eficiência das terapias celulares.
SFRP1 teve uma expressão muito mais elevada em CTMH/inv
comparadas às CTMH/n jovens. Uma análise do perfil de expressão de genes
da via de sinalização de WNT em MO-CTMH mostrou que há um perfil de
expressão comum de vários genes que participam da via WNT em MO-CTMH
de diferentes doadores, dentre eles vários SFRP (2, 3 e 4), mas não de SFRP1
(Etheridge et al., 2004). Este resultado é consistente com o do presente
trabalho, considerando que CTMH/inv e CTMH/n foram obtidas de doadores
distintos.
99
A via WNT ativada protege a β-catenina da degradação proteolítica, a
qual pode promover a transcrição de genes alvos envolvidos com a proliferação
celular e outras respostas celulares. Portanto, esta via é indispensável para a
regulação do desenvolvimento e do potencial das células-tronco, pois regula
diversos processos celulares como proliferação celular, diferenciação,
migração, polaridade e divisão celular assimétrica (Revisado por Masuko Katoh
e Masaru Katoh, 2007; Revisado por J. Kühl e M. Kühl, 2012; revisado por
Yang, 2012). Esses dados se encontram em concordância com os resultados
da análise de enriquecimento de função da rede de interações neste estudo,
sugerindo SFRP1 como modulador das funções de proliferação, diferenciação
e migração celular. Adicionalmente, já foi demonstrado que a via de sinalização
WNT está ativa em MO-CTMH (Etheridge et al., 2004). Algumas vezes, SFRP1
é sugerido como regulador positivo e, em outras, como regulador negativo. Por
exemplo, MO-CTMH obtidas de murinos transfectadas com SFRP1, isto é,
superexpressando SFRP1, tem a capacidade angiogênica aumentada de
maneira dependente da via GSK3/WNT. Esta via induziu a migração de CTMH
para o redor dos vasos, promovendo a localização de b- catenina nas junções
célula-célula in vitro, e aumentando a maturação dos vasos in vivo (Dufourcq
et al., 2008). Por outro lado, GSK3 faz parte da via WNT/β-catenina, da qual
SFRP1 tem sido considerado como um modulador antagonista (Gaur et al.,
2005; Gaur et al., 2006; Kaur et al., 2012), culminando na degradação da β-
catenina citosólica (Kaur et al., 2012).
O papel de SFRP1 como modulador da via WNT na diferenciação
osteogênica também tem sido investigado, havendo controvérsias. Cho e
colaboradores (2008) observaram que SFRP1 não foi capaz de induzir a
diferenciação osteogênica em células progenitoras de camundongos, bem
como não teve efeito na apoptose de osteoblastoss. Já Gaur e colaboradores
(2005) mostraram que a indução osteogênica em CTMH ocorre quando a via
WNT está ativada e que esta é inibida na presença de SFRP1. Outro trabalho
atribuiu a diferença de concentração de SFRP1 como responsável pela
determinação de seu poder indutor ou inibidor da via WNT (Uren et al., 2000).
Também foi observado que SFRP1 é expresso em osteoblastos e foi capaz de
induzir maior proliferação em células-tronco hematopoiéticas ao passo que
100
promoveu a diminuição da sua potencialidade e capacidade de renovação
celular após duas semanas de tratamento, sugerindo que SFRP1 facilita a
diferenciação das células (Nakajima et al., 2009). Em virtude deste paradigma
funcional de SFRP1 como modulador da via WNT, possíveis mecanismos de
sinalização de SFRP1 de maneira antagônica ou sinérgica na via de
sinalização WNT, dependendo do contexto molecular, foram propostos.
Antagonicamente, proteínas SFRP, incluindo SFRP1, podem se ligar à proteína
WNT sequestrando-a, ou se ligar aos seus recepetores (Fz) bloqueando a
cascata de transdução do sinal. Sinergicamente, SFRP1 poderia se ligar
diretamente ao recepetor FZ e desencadear uma cascata de sinalização, ou
um de seus domínios se ligaria ao FZ e outro à WNT, potencializando seu sinal
(Revisado por Bovolenta et al., 2008).
Além do papel fisiológico de SFRP1 pela via WNT, a repressão de sua
expressão pelo silenciamento epigenético ativa a via WNT promovendo maior
crescimento e proliferação celular em hepatocarcinoma (Kaur et al., 2012). A
superativação da via WNT é observada em vários tipos de câncer (revisado por
Fodde e Brabletz, 2007; revisado por Masuko Katoh e Masaru Katoh, 2007;
Kaur et al., 2012). A inativação da via WNT pela inibição de seus receptores
resulta na diminuição do crescimento e proliferação de tumores humanos de
mama, pâncreas, cólon, pólipo adenomatoso e pulmão (Gurney et al., 2012). O
papel da via WNT na tumorigênese de TCG também tem sido proposto, visto
que células estromais de TCG têm uma maior quantidade de β-catenina e de
ciclina D1 localizada no núcleo (Matsubayashi et al., 2009). Uma análise de
transcriptoma de células tumorais de TCG revelou genes diferencialmente
expressos com um enriquecimento de genes relacionados às funções de
osteogênese e osteoclastogênese, e um modulador da via WNT, SFRP4
(Morgan et al., 2005).
Juntos, todos estes dados da literatura, corroboram com os resultados
do presente trabalho visto que as funções de sinalização e desenvolvimento
foram as mais enriquecidas, colocando SFRP1 como uma importante molécula
chave na sinalização autócrina e parácrina de CTMH regulando processos
celulares importantes que podem interferir no seu potencial para terapia celular.
A despeito do seu importante papel modulador pouco se sabe sobre as vias de
101
transdução de sinal envolvidas. A nova rede de interações presente nesse
trabalho revela novas conexões que podem ser importantes para uma melhor
compreensão da sinalização celular mediada por SFRP1 e as respostas
celulares desencadeadas.
NCAM1 (neural cell adhesion molecule 1), foi mais expresso em CTMH/
inv jovens e senescentes comparadas às CTMH/n. A expressão de NCAM1 já
foi detectada em CTMH (Bühring et al., 2009; Crigler et al., 2006), corroborando
com a expressão identificada no presente trabalho. Este gene também é
conhecido como CD56, codifica uma proteína que pertence à superfamília da
imunoglobulina (Jorgensen e Bock, 1974; Rutishauser et al., 1976). Ela é
importante para adesão célula-célula e célula-matriz durante o
desenvolvimento e diferenciação celular neural (Angata et al., 2004; Eckhardt
et al., 2000; Weinhold et al.,2005). NCAM1 é expresso em vários tecidos
adultos (Cavallaro e Christofori, 2004), e que pode desempenhar várias
funções celulares não relacionadas ao sistema nervoso. Estes dados
corroboram com a categoria funcional que NCAM1 foi inserido, a de adesão
celular, e mais especificamente, a de adesão de linhagens tumorais e
neuoblastoma.
Em virtude da presença de NCAM em CTMH e de sua possível
diversidade funcional, vários estudos têm se dedicado a conhecer mais sobre a
relevância funcional de NCAM1 em CTMH. Em 2007, Wagner e colaboradores
verificaram que uma maior expressão de NCAM1 em CTMH obtidas da MO e
do sangue do cordão umbilical comparadas às CTMH derivadas do tecido
adiposo, está associada à manutenção das propriedades de células-tronco.
Estes resultados estão em consonância com o presente estudo, visto que
ambas CTMH/inv e CTMH/n foram capazes de se diferenciar em adipócitos,
osteoblastos e condrócitos. Além disso, outros estudos correlacionam a
expressão de NCAM1 com o potencial de diferenciação de CTMH. Por
exemplo, CTMHs obtidas da membrana amniótica e do córion expressam mais
NCAM do que aquelas da MO, e têm maior capacidade de diferenciação
condrogênica (Jaramillo-Ferrada et al., 2012). Em paralelo a este estudo, e em
conformidade com seus resultados, NCAM1 atinge um pico de expressão em
102
MO-CTMH cultivadas por uma semana, e neste momento, o meio é
considerado mais favorável à indução da diferenciação condrogênica (Ghone e
Grayson, 2012). Além disso, foi demonstrado que CTMH nulas para NCAM1
são resistentes à insulina, impedindo a cascata de sinalização da insulina
dependente das vias insulina-IGF-1, PI3K–Akt e CREB, e apresentam potencial
adipogênico reduzido (Yang et al., 2011). Um estudo recente desenvolvido com
CTMH que não expressam NCAM1, revelou que ele favorece a migração de
CTMH por meio da via de sinalização MAPK/ERK e de maneira dependente de
FGFR (Fibroblast Growth Factor Receptor) (Shi et al.,2012). Adicionalmente,
um desequilíbrio na expressão de NCAM1 é correlacionado à tumorigênese de
vários tipos de tumores (revisado por Zecchini e Cavallaro, 2008). Células-
tronco do tumor de Wilms superexpressam NCAM e apresentam alta
clonogenicidade relacionada a um prognóstico ruim (Shakked et al., 2009). A
expressão de NCAM é correlacionada a maior capacidade de invasão
perineural e menor sobrevivência dos pacientes com tumores periampolares
(Aloysius et al., 2010). Também tem sido visto que NCAM1 promove a
progressão do melanoma, induzindo o crescimento, via sinalização beta-
catenina (Liu et al., 2011), a invasão e a metástase, via sinalização PI3K e
CAMP (Shi et al., 2011). O envolvimento de NCAM com a diferenciação celular,
sinalização, e a migração celular em CTMH é consistente com a análise de
enriquecimento funcional da nova rede de interações de NCAM identificada no
presente estudo. A correlação funcional entre os dados da literatura e a análise
de biologia de sistemas fortalece a utilização da biologia de sistemas na análise
de expressão gênica. O relacionamento de NCAM1 com o processo de
tumorigênese ressalta ainda mais a importância da nova rede de interações
produzida neste trabalho para auxiliar na prospecção de novos candidatos à
interação com NCAM fornecendo possíveis esclarecimentos sobre as vias
moleculares de sinalização e respostas celulares desencadeadas.
SPP1, também conhecida como osteopontina (OPN), foi mais expressa
nas CTMH/inv em passagens iniciais sem indução osteogênica. No entanto, a
sua expressão em CTMH é relacionada ao comprometimento osteogênico após
a indução da diferenciação (Hou et al., 2009; Boufker et al., 2010; Wen et al.,
2012). O aumento da expressão de SPP1 foi verificado em MO-CTMH isoladas
103
de pacientes idosos sem indução osteogênica (Jiang et al., 2011). Já foi
observado que MO-CTMH isoladas de pacientes idosos exibem uma menor
capacidade proliferativa (Petsa et al., 2009; Revisado por Fan et al., 2011) e
menor potencial de diferenciação in vitro (Kretlow et al., 2008; Chen et al.,
2009). Uma possível explicação para ter sido identificado o aumento da
expressão de SPP1 em CTMH/inv jovens e sem indução osteogênica é que a
análise de enriquecimento de função da sub-rede de SPP1 mostrou que além
de comprometimento osteogênico, esta proteína pode estar envolvida com
outros processos celulares. Sua participação na rede está relacionada com
sinalização e adesão celular, visto que estas funções foram as que
apresentaram um maior número de moléculas envolvidas depois da função de
desenvolvimento. Estes resultados sugerem novas funções para SPP1 na
biologia das CTMH. Dados da literatura são consistentes com tal sugestão.
Curiosamente, Z.Mi e colaboradores (2011) verificaram que CTMH tratadas
com SPP1, secretado por células de câncer de mama humano, tem a
expressão de CCL5 aumentada de maneira dependente da ligação de SPP1 ao
seu receptor integrina, com a ativação da transcrição de CCL5 via AP-1 c-jun.
Adicionalmente, estes autores observaram o aumento da expressão de
marcadores CAF (fibroblastos associados ao câncer), incluindo CXCL12 e
metaloproteinases (MMP2 e MMP9), dependentes de CCL5 e da indução por
SPP1, em CTMH retiradas dos sítios de metástases. Os autores desse trabalho
sugerem que SPP1 pode promover a metástase de câncer de mama por meio
da transformação de CTMH em CAF (Z.Mi et al., 2011). Além disso, alguns
estudos sugerem uma associação do aumento da expressão de SPP1 à
malignidade de vários tipos de tumores sólidos em células somáticas
(Rapkiewicz et al.,2004; Sun et al., 2010; Kim et al., 2009). Borrello e
colaboradores (2005) demonstraram que células de carcinoma papilar de
tireoide têm expressão elevada de SPP1, bem como de CXCL12, CCL20,
NCAM e MMP1, induzida pelo oncogene RET/PTC1. Interessantemente, tanto
SPP1 como as citocinas CXCL12 e CCL20, a molécula de adesão, NCAM, e a
metaloproteinase MMP1 não somente estão presentes na nova rede de
interações identificada no presente trabalho, bem como SPP1, CXCL12 e
NCAM foram identificados como gargalos e MMP1 um importante nó, e ainda,
104
todos eles foram mais expressos em CTMH/inv, sugerindo uma forte relação
funcional entre essas moléculas.
Numerosas metaloproteinases são expressas em células estromais de
TCG, incluindo MMP1 e MMP2 (Revisado por Cowan e Singh, 2012). MMP1 foi
mais expressa em CTMH/inv jovens (FC = 8,79 e valor de p = 7,99E-11) e
senescentes (FC = 96,6 e valor de p = 2,45E-25) comparadas as CTMH/n, já
MMP2 e MMP16 foram menos expressos apenas em CTMH/inv senescentes
(FC = -4,02 e valor de p = 1,70E-13). Um estudo verificou expressão elevada
de MMP1 em todos os 19 casos de TCG estudados, e MMP2 também foi
expresso, porém menos abundante (Si et al., 2003).
Adicionalmente, um aumento da expressão de SPP1, ALP e Runx2 por
meio da ativação da via ERK1/2 pela sinalização FGF-2/FGFR-2 foi observado
em células estromais de TCG tratadas com FGF2 (Singh et al., 2012). FGF2
não foi diferencialmente expresso em CTMH/inv, mas o gene FGF1 (fibroblast
growth factor 1 (acidic)) foi mais expresso em CTMH/inv (FC= 3,18 e valor de
p=2,47E-12). Considerando que FGF1 é considerado um ligante universal de
receptores de fatores de crescimento (FGFR) (Beenken et al., 2011), este pode
ter contribuído para o aumento da expressão de SPP1 em CTMH/inv. Estas
evidências de correlação do perfil de expressão da CTMH/inv com o perfil do
fenótipo CAF e de células estromais de GCT, suportam a hipótese de que
alguns tumores podem se originar de CTMH com fenótipo fibloblastóide. A
nova rede de interações produzida no presente trabalho poderá auxiliar em um
direcionamento para novos estudos sobre essa questão.
O gene ENO1, ou α-enolase, foi menos expresso em CTMH/inv com o
FC igual a -3,58. O único trabalho que verificou a expressão de ENO1 em
CTMH foi desenvolvido por Chiellini e colaboradores (2008). Eles observaram
que CTMH indiferenciadas e diferenciadas em osteoblastos e adipócitos
expressam ENO1 sem mudanças significativas. ENO1 é uma enzima
importante da via glicolítica, expressa na maioria dos tecidos (Pancholi, 2001).
Há apenas dois relatos de que expressão de ENO1 está associada à
diferenciação celular, relacionada ao processo de diferenciação glial (Deloulme
et al., 1997) e o outro à diferenciação e ativação de mastócitos derivados da
105
médula óssea (BMMC) (Ryu et al., 2012). Na sub-rede de ENO1, além da
função de metabolismo celular com seu envolvimento na via glicolítica, as
funções de tradução, movimento celular, e sinalização também estiveram entre
as mais enriquecidas. Estes achados corroboram com o fato de que a estrutura
desta enzima humana exibe vários sítios de interações, explicando sua
atividade multifuncional, incluindo sítios de ligação ao plasminogênio e sítio de
ligação ao DNA (Kang et al., 2008). Também conhecida como proteína de
ligação ao promotor (MBP-1), α-enolase pode se ligar ao promotor do gene c-
myc (Ray et al., 1997), e atuar como repressor transcricional (Feo et al., 2000).
Doolan e colaboradores (2010) observaram indução de crescimento de células
de hamster chinês (CHO) transfectadas com siRNA de ENO1. A introdução de
ENO1 em células de neuroblastomas produz efeito inibitório no crescimento
celular, sugerindo atividade supressora tumoral para ENO1 (Ejeskär et al.,
2005). Já a inibição de ENO1 por siRNA em células de câncer gástrico (SGC-
7901 cells) transfectadas com o gene GKN1(Gastrokine 1) bloqueia o efeito
inibitório de GKN1 no ciclo celular e leva à parada do ciclo celular (Yan et al.,
2011). Estas múltiplas funções de ENO1 demonstram que um melhor
entendimento dos eventos moleculares em que esta enzima participa pode
auxiliar numa melhor compreensão dos mecanismos que definem a capacidade
de renovação celular e de diferenciação das CTMH, bem como seu potencial
de transformação maligna.
OXTR (receptor de ocitocina) localiza-se em 3p25, foi menos expresso
em CTMH/inv, não foi identificado como gargalo, mas está presente na mesma
rede de interações enriquecida com moléculas que são envolvidas com
desenvolvimento de organismo, sinalização e migração celular. OXTR,
conhecido como um membro da família de receptores acoplados à proteína G,
é expresso em vários tipos de células, incluindo osteoblastos, adipócitos e
osteoclastos. Recentemente, têm sido documentados vários novos sítios de
expressão para OXTR, tais como sistema nervoso central, cardiomiócitos,
células endoteliais e várias células de carcinoma. Tais observações sugerem
que o papel de OXTR seja associado a outros processos celulares além
daquela tradicional função de contração muscular durante o parto (Revisado
por Hynie e Klenerová, 2009). No presente trabalho, a presença de OXTR na
106
rede de interações corrobora com essa sugestão de sua multifuncionalidade na
célula. Foi revelado que ocitocina, pela via sinalização de OXTR, tem um papel
importante na modulação da diferenciação de CTMH derivadas do tecido
adiposo e da MO, favorecendo a diferenciação em osteoblastos em detrimento
à diferenciação adipogênica (Elabd et al., 2008). Já no presente trabalho, a
despeito deste gene estar menos expresso em CTMH/inv, estas células foram
capazes de se diferenciar em ambas as linhagens, osteoblastoss e adipócitos.
No entanto, a análise realizada foi apenas qualitativa, nenhum método
quantitativo ou temporal foi aplicado.
O sistema ocitocinergico (oxitocina e OXTR) também é implicado com a
modulação de crescimento em vários tipos de células neoplásicas. Em alguns
tipos, tal modulação resulta em inibição do crescimento por meio do aumento
de cAMP/PKA, tais como em carcinomas ovarianos, adenocarcinoma
endometrial, células de câncer de mama, células estromais prostática,
neuroblastomas e glioblastoma. Já em outros, tem efeito ativador com aumento
citosólico de cálcio, tais como em linhagens de células trofoblásticas, de
coriocarcinomas, semelhantes a osteoblastoss, osteossarcomas, sarcoma de
Kaposi, e câncer de células pequenas de pulmão (Revisado por Hynie e
Klenerová, 2009). Além disso, OXTR promove migração de células de câncer
de próstata pelo mecanismo Gi dependente (Zhong et al., 2010). OXTR foi
mais expresso em todas as 11 amostras de tumor neuroendócrino de intestino
comparadas às amostras de tecido normal, mas em tumor neuroendócrino de
pâncreas não sofreu modulação da expressão (Carr et al.,2012). Oxitocina
favorece as propriedades invasivas das células de câncer endometrial por meio
do aumento de uma proteína inibidora de apoptose liga a X (XIAP), de matriz-
metaloproteinase 2 (MMP2) e matriz-metaloproteinase 14 (MMP14). Além
disso, OT medeia a invasão por meio de ambas, ciclooxigenase 1 (PTGS1) e
ciclo-oxigenase-2 (PTGS2) de maneira dependente da via fosfatidilinositol 3-
kinase/AKT (PIK3/AKT). Considerando que não houve transformação
espontânea de CTHM/inv nem de CTMH/n, uma expressão baixa de OXTR em
CTMH pode ter favorecido proteção contra a transformação in vitro.
A comparação do perfil de expressão das CTMH/inv senescentes vs
CTMH/n senescentes resultou em 431 genes diferencialmente expressos,
107
dentre estes, 390 foram exclusivos da comparação entres elas senescentes e
41 já apresentavam diferença de expressão entre estas células jovens. A
análise de enriquecimento funcional mostrou que as categorias mais
enriquecidas dos 390 genes foram as de ciclo celular, desenvolvimento,
sinalização e migração celular, sendo as primeiras, as mais enriquecidas
também na rede de interações. O gene EGF foi identificado como gargalo da
rede de interação.
EGF (epidermal growth factor) foi mais expresso em CTMH/inv
senescentes (FC= 9,3;valor de p= 6,99E-22) comparadas às CTMH/n
senescentes e também comparadas às CTMH/inv jovens. EGF foi identificado
como bottleneck na rede, das duas comparações. A maioria dos genes
constituintes das redes foram classificados nas funções de ciclo celular,
desenvolvimento, sinalização e migração celular.
Dos 341 genes transcricionalmente responsivos à indução de EGF
(Brankatschk et al., 2012), 20 genes foram encontrados na rede de interação
da lista dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes vs
CTMH/n senescentes, sugerindo que EFG esteja atuando via sinalização
autócrina e/ou parácrina em CTMH/inv regulando a expressão de vários genes
em CTMH/inv. Dentre estes, EDN1, IL11, HBEGF, GPRC5A, e TNFRSF21
foram mais expressos em CTMH/inv senescentes e EGR1, CYP1B1, EGR2,
FST, KLF4, BHLHE40, CDKN1A, PTPRE, AIM1, NRP1, GLIPR1, SEMA6D, e
METTL7A foram menos expressos em CTMH/inv senescentes.
Interessantemente, TNFRSF21 (tumor necrosis factor receptor superfamily) já
era mais expresso em CTMH/inv jovens, e, teve sua expressão aumentada em
CTMH/inv senescentes comparada a das CTMH/n, possivelmente, pela
sinalização EGF. Corroborando com esta ideia, TNFRSF21 interage
diretamente com EGF na rede de interações conectando as duas listas de
genes diferencialmente expressos em CTMH/inv, os que já estavam
diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens e os genes diferencialmente
expressos somente em CTMH/inv senescentes.
Estes dados somados ao conhecimento que se tem sobre as funções
desempenhadas por EGF, descritas na literatura e já discutidas anteriormente
108
neste trabalho, fortalecem a proposta aqui apresentada de que este gene tenha
um papel importante na senescência das CTMH/inv e possivelmente, esteja
relacionado à instabilidade genética identificada nestas células senescentes
por Conélio (2012). Assim, possivelmente, EGF tenha um papel no controle da
capacidade de renovação das CTMH e de seu potencial de diferenciação,
porém alterações na regulação de sua expressão podem implicar em um
descontrole de tais processos celulares em CTMH/inv.
Genes (CNTN3, BHLHE40, PDZRN3 e LMCD1) localizados próximo a
inv(3) foram diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes
comparadas às CTMH/n senescentes e estão inseridos na rede de interações
na qual EGF foi identificado como gargalo. Isto significa que diferença de
expressão que já existia quando as células eram jovens aumentou
significantemente quando elas tornaram-se senescentes, possivelmente devido
à inversão cromossômica ou a outro componente genético presente somente
nas CTMH/inv. Estes dados sugerem que EGF tem um papel importante nas
células CTMH/inv senescentes coordenando tais funções. Além disso, a
presença de BHLHE40, LMCD1, PDZRN3 e, especialmente, CNTN3, nas redes
de interações sugere que esses genes possam ter influência nas diferenças
encontradas no perfil de expressão gênica de CTMH/inv senescentes, afetando
as funções que foram mais enriquecidas nestas redes.
CNTN3 ou contactin-3 (plasmacytoma associated) localiza-se em
3p12.3, faz parte de um subgrupo de contactinas, glicoproteínas de membrana
pertencentes a famílias de imunoglobulinas. Sua expressão é abundante no
cérebro de adulto, exclusivamente restrita a subconjuntos de neurônios, tais
como células de Purkinje do cerebelo, as células granulares do hipocampo giro
denteado, e neurônios nas camadas superficiais do córtex cerebral (revisado
por Shimoda e Watanabe, 2009). Não há relatos de sua expressão em células-
tronco, e há pouco conhecimento sobre sua função celular. No presente
trabalho CNTN3 foi mais expresso em CTMH/inv, estabeleceu conexão direta
com EGF na rede de interações enriquecida nas categorias funcionais de
regulação de processos biológicos e ciclo celular. Esta classificação está em
concordância com outro estudo de bioinformática, onde CNTN3 também foi
inserido em regulação de processos biológicos com score alto para
109
proliferação, apoptose e ciclo celular. Neste mesmo estudo, também foi
observado que o microRNA hsa-miR-3675b pode causar diminuição
significativa da expressão do gene repórter 3‟-UTR de CNTN3 e inibir a
proliferação de células de carcinomas de mama (Wu et al., 2013), ou seja, o
que indica que ele promove a proliferação nesta situação biológica. Como as
CTMH/inv senescentes expressam mais CNTN3 em relação à CTMH/n, e
ambas não estavam mais se dividindo, talvez este gene regule negativamente
o ciclo celular em CTMH.
BHLHE40 (basic helix-loop-helix family, member e40), se localiza em
3p26 também conhecido como DEC1, HLHB2, BHLHB2, STRA13, Stra14,
SHARP-2, codifica uma proteína que atua como fator transcricional envolvida
com ritmo circadiano, proliferação celular, diferenciação, apoptose (Wu et al.,
2012; Wu et al., 2011), senescência celular e resposta a hipóxia (Chakrabarti
et al., 2004; Wang et al., 2010; Boudjelal et al., 1997; Shen et al., 1997; Iwata
et al., 2006; Shen et al., 2002 Guillaumond et al., 2008; Qian et al., 2008). Ela é
considerada um marcador de senescência in vivo e induz a senescência em
cultura de células (Qian et al., 2008; Sun e Taneja, 2000; Collado e Serrano,
2006). No entanto, ele foi menos expresso em CTMH/inv senescentes. Por
outro lado, em MO-CTMH, a sua expressão é aumentada após 5 dias de
indução osteogênica, alcançando um pico em 14 dias. A superexpressão de
BHLHE40 em CTMH favorece a diferenciação osteogênica e reprime a
diferenciação adipogênica no estágio inicial (Iwata et al., 2006). Visto que as
CTMH/inv e CTMH/n foram cultivadas sem a adição de meios indutores de
diferenciação, isto explicaria sua baixa expressão em CTMH. Embora sua
superexpressão já tenha sido implicada com parada do ciclo celular em células
em NIH3T3 (Sun e Tanuja, 2000), teve pouco efeito na proliferação de MO-
CTMH e de células ATDC5 (Shen et al., 2002), aumentou a proliferação de
linfócitos T em algumas situações (Sun et al., 2001), e é observada em
diversos tipos de tumores malignos, mama, estômago, colon, pulmão, fígado e
adenocarcinoma do ducto pancreático (Turley et al., 2004; Chakrabarti et al.,
2004; Zheng et al., 2009; Li et al., 2002; Giatromanolaki et al., 2003; Shi et al.,
2011; Wang et al., 2010). No entanto, a superexpressão de BHLHE40 induz a
senescência celular, inibe o crescimento celular e a formação de colônias, e
110
aumenta a sobrevivência de células de carcinoma esofágico escamoso, in vitro
(Xu et al., 2012). Tais achados demonstram que diferenças na expressão de
BHLHE40 podem ter implicações importantes na regulação do potencial de
renovação celular e de diferenciação das CTMH.
PDZRN3 (PDZ domain–containing RING finger) foi menos expresso em
CTMH/inv senescentes. Este gene está localizado em 3p13, é um membro da
família de proteínas RING finger com domínios PDZ. Há expressão de
PDZRN3 em vários tecidos, sendo mais abundante no coração, músculos
esqueléticos e fígado, e em menor quantidade no cérebro, colon, intestino,
placenta e pulmão. Além disso, sua expressão é regulada durante o
desenvolvimento, sendo observado um aumento da expressão de PDZRN3
associado à diferenciação de mioblasto em miotubos (Ko et al., 2006). Ele
também atua em feedback negativo regulando a diferenciação osteoblástica
induzida por BMP-2 por meio de inibição da sinalização WNT/β-catenina em
células progenitoras mesenquimais de camundongos (Honda et al., 2010).
Assim, a menor expressão de PDZRN3 em CTMH/inv pode implicar na
determinação de sua capacidade de diferenciação.
LMCD1 (LIM and cysteine-rich domains 1) localiza-se em 3p26–p24 e
codifica uma proteína que faz parte de um grupo de proteínas com dois
domínios LIM. Expresso em vários tecidos, especialmente em músculos e
coração (Bespalova e Burmeister, 2000). As proteínas com domínios LIM
geralmente atuam por meio de interação proteína-proteína e estão implicadas
com várias funções celulares, incluindo adesão celular, transdução de sinal,
diferenciação celular e tumorigênese (revisado por Järvinen e Laiho, 2012).
LMCD1 é um cofator transcricional envolvido com a diferenciação celular,
podendo atuar como co-ativador ou co-repressor. Foi verificado que LMCD1
interage com GATA6 por meio do seu domínio LIM, reprimindo a função de
GATA6 de regular a transcrição de vários genes implicados com o
desenvolvimento do coração e do pulmão (Rath, et al., 2005). Já em outro
estudo, ambos LMCD1 e GATA6 são requeridos para a expressão de
marcadores do fenótipo de mesoangioblastos, sendo LMCD1 um co-ativador
de GATA6 (Donati et al. 2011). Também foi observado que a superexpressão
de LMCD1 pode promover hipertrofia em cadiomiócitos in vitro e in vivo, por
111
meio de sua interação com calcineurina e provavelmente ativando a via de
sinalização/NFAT em resposta ao estimulo hipertrófico e então exarcebando a
hipertrofia (Bian et al., 2009). Não há estudos de expressão e de função de
LMCD1 em células-tronco. LMCD1 foi mais expresso em CTMH/inv
senescentes, sendo observado também uma maior expressão de GATA3 e
GATA4, mas não de GATA6. Estes dados sugerem que ele deve ter um papel
na regulação da determinação do destino celular e da regulação do ciclo celular
em CTMH possivelmente por meio de interação com GATA3 e GATA4, de
modo a influenciar na manutenção no potencial de renovação e de
diferenciação celular das CTMH. Sua menor expressão em CTMH/inv pode,
portanto, demostrar que modulações nesses processos celular estão ocorrendo
especificamente em CTMH/inv senescentes.
No presente trabalho, 41 genes foram diferencialemente expressos em
CTMH/inv vs CTMH/n em ambas as comparações, tanto quando jovens como
quando senescentes. Alguns destes genes foram classificados em categorias
funcionais que são as mais enriquecidas em ambas as comparações e
interagem com os genes que foram exclusivamente diferencialmente expressos
na comparação entre as CTMH/inv vs CTMH/n senescentes. LAMA5 e JAG1
foram mais expressos em CTMH/inv senescentes. Na rede de interações eles
interagiram com EGF e conectaram-se com genes que já estavam
diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens.
LAMA5, laminina α 5, codifica a cadeia α5, da laminina 511, que é uma
proteína heterotrimérica (α5β1γ1), pertencente à família das lamininas. Este
gene foi mais expresso em CTMH/inv senescentes comparadas as CTMH/n
senescentes. Sua expressão é observada em vários tecidos adultos, sendo
principal componente da membrana basal. LAMA5 proporciona a migração, a
adesão celular, e a organização de células durante o desenvolvimento
embrionário, pela interação com outros componentes da matriz extracelular
(revisado por Colognato e Yurchenco, 2000). A importância desta proteína para
o desenvolvimento embrionário é demonstrada pela letalidade e malformação
em vários tecidos de embriões de camundongos com ausência de LAMA5.
Células do tecido do intestino de camundongos knockout em LAMA5
apresentaram alteração na regulação da expressão de vários genes envolvidos
112
com regulação transcricional, adesão celular, sinalização e diferenciação (Ritie
et al., 2012), corroborando com as funções associadas a este gene na análise
de categoria funcional (proliferação celular) e de biologia de sistemas do
presente trabalho (desenvolvimento de organismo e sinalização célular).
Adicionalmente, foi observado que LAMA5 tem um papel crucial na
homeostase deste tecido pela inibição da via WNT e ativação da via PI3K/AKT
em células epiteliais e mesenquimais do intestino (Ritie et al., 2012). Também
tem sido proposto seu papel na osteogênese, visto que foi observado um
aumento da expressão de LAMA5 em células progenitoras (MC3T3-E1) em
estágio intermediário de diferenciação em osteoblastoss, junto com outras
proteínas que participam da via de sinalização de adesão focal (Hong et al.,
2010).
O gene LAMA5 localiza-se no cromossomo 20 (20q13.2- q13.3).
Interessantemente, a análise citogenética do mesmo pool de células CTMH/inv
jovens utilizadas para análise de expressão gênica no presente trabalho,
revelou ganho de material genético no braço longo do cromossomo 20
(cariótipo: 46,XY,inv(3)c, add(20)(q13.3)) em uma célula no tratamento com
partículas de titânio, na dose 50. Após a sua expansão em cultura, este
material adicional foi novamente observado em CTMH/inv senescentes no
controle e nos tratamentos com titânio na dose 50, 100 e 500 (Cornélio, 2012,
p. 83 e p. 91). Esses dados da citogenética sugerem que o aumento da
expressão de LAMA5 nas CTMH/inv senescentes pode ser devido ao ganho de
material genético (add(20)(q13.3)). Em virtude de este material adicional ter
sido observado pela citogenética em CTMH/inv jovens, supõe-se que LAMA5 já
esteja diferencialmente expresso em CTMH/inv jovens, mas não tenha sido
identificado nesta análise devido ao valor de fold change utilizado como corte
(3,0) e também porque, no cultivo inicial, foi detectada apenas uma célula com
esta alteração cromossômica o que não foi representativo na análise de
expressão gênica global. A análise de biologia de sistemas também aponta
para esta hipótese, pois LAMA5 interage com genes que já estavam
diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens.
A análise citogenética das CTMH/inv realizada por Cornélio (2012), do
mesmo pool de células utilizadas no presente trabalho, identificou uma
113
alteração cromossômica clonal nas CTMH/inv senescentes após 5 dias de
tratamento com partículas de titânio, na dose 50 e 100. Foi observada uma
associação telomérica (tas(13;20)(p13;q13.3)) com a inserção de uma região
homogeneamente corada (hsr(13;20)), que posteriormente foi comprovado por
FISH ser de origem do cromossomo 20. Apesar de não ter sido possível
observar esta associação telomérica nas CTMH/inv senescentes sem
tratamento com titânio, outras associações teloméricas envolvendo 20q13
foram identificadas nas CTMH/inv senescentes não tratadas com titânio,
havendo um aumento na sua frequência após o tratamento com o metal
(Cornélio, 2012, p. 91). Portanto, juntos o aumento da expressão de LAMA5,
sua interação com os genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens,
a presença de associação telomérica e de material adicional envolvendo a
região do gene LAMA5 do cromossomo 20, suportam a idéia de que um pool
de células iniciais de CTMH/inv jovens já poderia apresentar ganho de material
genético no cromossomo 20, podendo ser responsável pelo aumento da
expressão do gene LAMA5, e assim, contribuir para um desequilíbrio molecular
na biologia das CTMH/inv, ocasionando uma inclinação para a maior
instabilidade genética quando são senescentes.
Este trabalho e as alterações citogenéticas nas CTMH/inv descritas por
Cornélio (2012) apontam evidências de que provavelmente esteja ocorrendo o
início de um processo de transformação de CTMH em TCG. Alguns genes que
têm expressão afetada em células estromais de TCG também foram
diferencialmente expressos em CTMH/inv. GAS6 (growth arrest-specific 6),
IGFBP3 (insulin-like growth factor binding protein 3), IGFBP4 (insulin-like
growth factor binding protein 4), TGFBI (transforming growth factor, beta-
induced) são mais expressos em células estromais de GCT comparadas às
CTMH (Wuelling et al., 2004). Dentre estes, GAS6 (FC = 3,23 e valor de p =
2,71E-17), IGFBP5 (FC = 5,36 e valor de p = 9,05E-1) foram mais expressos e
TGFBI (FC = -4,78 e valor de p = 2,23E-25) foi menos expresso em CTMH/inv
senescentes.
GAS6 (growth arrest-specific 6) é uma proteína ligante de receptores
tirosina-quinases, incluindo Axl. O complexo GAS6/axl parece desencadear
sinalização para a proliferação celular, proteger contra a apoptose e promover
114
a sobrevivência celular, tanto em células normais quanto em câncer. GAS6
possui efeito proliferativo, anti-apoptótico e aumenta a sobrevivência de células
epiteliais do cristalino do olho humano (Valverde et al., 2004). GAS6, produzido
pelos osteoblastoss no nicho da MO, inibe a proliferação e aumenta a
sobrevivência de células de câncer de próstata no nicho da MO (Shiozawa et
al., 2010). GAS6 regula negativamente a diferenciação condrogênica de células
mesenquimais – linhagem C3H10T1/2 (Motomura et al., 2006). GAS6 é
expresso em células estromais e é responsável por dar suporte à
hematopoiese in vitro (Dormady et al., 2000). IGFBP5 ou IBP5 (insulin-like
growth factor binding protein 5) é uma proteína secretada, multifuncional,
importante para a formação óssea, diferenciação, proliferação e morte das
células, atuando tanto se ligando a IGF (insulin growth fator) como
independente dele (Lochrie et al., 2006;Tripathi, et al., 2009). Algumas
evidências sugerem que IGFBP5 seja um importante regulador da senescência
celular. Foi demonstrado que IGFBP5 tem sua expressão aumentada em
fibroblastos humanos senescentes (Yoon et al., 2004; Yang et al., 2010) e em
células endoteliais da veia umbilical senescentes de maneira dependente da
via p53 (Hampel et al., 2005; Kim et al., 2007). Observou-se que a regulação
negativa de IGFBP5 em fibroblastos humanos inibe a sua senescência induzida
por prostaglandina E2, demonstrando que o controle da senescência da
prostaglandina E2 é dependente de IGFBP5 (Yang et al., 2010). O aumento da
expressão de IGFBP5 inibe a proliferação celular, eleva a quantidade de
coloração por AS-b-gal e aumenta a atividade de IGFBP5 (Yang et al., 2010).
TGF-β1 (TGFBI), um fator de crescimento transformante, é mais
expresso em células estromais de TCG do que em CTMH (Wuelling et al.,
2004) e promove a quimiotaxia de osteoclastos (Pilkington et al., 2001),
podendo contribuir com a patogenicidade do TCG. Foi obervado também que
Ciclina D1 (CCND1) tem sua expressão aumentada em TCG (Matsubayash et
al., 2009). O gene de Ciclina D2 (CCND2) foi mais expresso nas CTMH/inv
senescentes (FC=3,79 e valor de p=3,60E-14). Assim como CCND1, CCND2
promove a passagem da fase G1 para a fase S do ciclo celular.
JAG1 localiza-se no cromossomo 20 (20p12.1-p11.23), foi mais
expresso em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/n senescentes.
115
Interessantemente, Jag 1 é três vezes mais expresso em MO-CTMH do que
em UVSC (Kaltz et al., 2010). A presença de tas e ganho de material genético
no cromossomo 20 em CTMH/inv senescentes observadas por Cornélio
(2012), sugere instabilidade genética para este cromossomo em CTMH/inv. O
cromossomo 20 também é comumente encontrado em alterações
cromossômicas de CT embrionárias (The International Stem Cell Initiative –
ISCI 2011) (Ben David et al., 2011). Sabe-se que expressão de JAG1 é
mediada pela via WNT e observada em células embrionárias, neurais, em
vários tipos de cânceres, incluindo pulmão, gástrico, pancreático, cólon, e
também em carcinoma espinocelular (CEC) de pele, cavidade oral, esôfago,
bem como cabeça e pescoço (Katoh, 2006). A elevada expressão de Jag1 é
relacionada ao potencial invasivo de osteossarcomas e maior capacidade de
metástase óssea do tumor de mama (Revisado por Zanotti e Canalis, 2012).
Jag1 é ligante de receptor notch em células-tronco. Ao se ligar a JAG1, o
receptor Notch sofre clivagem e o seu domínio intracelular é translocado para o
núcleo onde forma um complexo com a família CSL de reguladores
transcricionais atuando sobre genes alvos favorecendo a renovação celular em
células-tronco ou a diferenciação terminal em algumas células teciduais
(Revisado por Radtke e Raj, 2003). Recentemente, também foi demonstrado
que a via nocth ativada por Jag1 pode favorecer a adipogênese em células-
tronco derivadas do tecido adiposo (Ba et al., 2012). Considerando sua relação
com o câncer e sua localização no cromossomo 20, a sua expressão mais
elevada em CTMH/inv suporta a hipótese de que tais células sejam mais
propensas à instabilidade genética, podendo favorecer a tumorigenese quando
as mesmas alcançarem a senescência.
Estes resultados demonstram a importância da associação da análise
citogenética com os dados de expressão gênica para melhor compreensão dos
eventos envolvidos durante o cultivo in vitro de CTMH. Juntos eles sugerem
que as células CTMH/inv responderam diferentemente ao cultivo celular
quando eram jovens, e, provavelmente esta resposta permaneceu
influenciando a diferença de expressão de outros genes relacionados
funcionalmente ao longo do tempo de cultivo, muitos deles estando implicados
com processos celulares importantes que podem definir o potencial de
116
renovação celular, sua capacidade de diferenciação e, ainda, seu potencial
tumorigênico. Assim, apesar de ter sido observado por alguns autores que
células com alteração cromossômica não conferem fenótipo vantajoso
(Sensebé et al., 2012; Hussein et al., 2011; Tarte et al., 2010), e de não ter sido
observada transformação maligna em ambas CTMH/inv e CTMH/n, os
resultados deste trabalho aliados aos obtidos por Cornélio (2012) indicam um
risco para utilização das CTMH/inv em terapia celular. Pois mesmo possuindo
uma alteração cromossômica considerada balanceada, podemos supor que
quando as mesmas alcançarem a senescência in vivo, poderão adquirir um
fenótipo secretório que favoreça ao desenvolvimento de tumores.
Além disso, os dados de expressão e de citogenética parecem
demonstrar os processos iniciais da tumorigênese de um tumor de origem
mesenquimal o TCG. Isto demonstra que as análises genéticas realizadas em
conjunto podem auxiliar não somente o uso seguro de CTMH na terapia
celular, mas também podem ser utilizadas para desvendar os estágios
primordiais da carcinogênese de origem mesenquimal.
117
7.0 CONCLUSÃO
No presente trabalho, foi estabelecido que na p18 tem uma
predominância de células senescentes, portanto, faz parte de uma cultura
celular senescente.
Este trabalho foi pioneiro em investigar, em larga escala, genes
diferencialmente expressos em CTMH humanas com cariótipo constitucional
normal e alterado, sob longo tempo de cultivo.
Foi observado que há diferença de expressão entre as senescentes vs
as jovens nas CTMH/n e CTMH/inv, sendo maior nestas últimas, demonstrando
que o cultivo celular afetou a senescência in vitro das CTMH/inv e CTMH/n de
maneira distinta.
Apesar das diferenças da senescência entre as CTMH/n e CTMH/inv, foi
possível identificar novos genes associados ao fenótipo de senescência de
CTMH.
Foi verificado que há diferença no perfil de expressão das CTMH/inv e
CTMH/n tanto jovens quanto senescentes, havendo uma diferença maior
quando são senescentes.
Alguns genes localizados na inv(3) tiveram sua expressão afetada em
CTMH/inv senecentes.
Genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes foram
inseridos em anotações funcionais relacionadas à tumores corroborando com
as alterações cromossômicas identificadas por Cornélio (2012) que são
associadas ao tumor de célula gigante.
A expressão diferencial de 11 genes identificados na análise de
microarranjos foi corroborada por PCR em tempo real.
A análise das categorias funcionais dos genes diferencialmente
expressos para cada comparação possibilitou a prospecção de novas funções
de genes envolvidos em processos celulares importantes: renovação celular,
diferenciação celular, senescência celular e tumorigênese de origem
mesenquimal.
118
Foi possível construir novas redes de interação gênica dos genes e
identificar gargalos destas redes que se configuram como novos candidatos a
regulação dos processos celulares descritos acima.
A análise do transcriptoma aliada à biologia de sistema mostrou-se ser
uma abordagem eficiente para prospecção de genes moduladores de
processos celulares afetados pelo longo tempo de cultivo e por alterações
constitutivas do doador.
Estudos adicionais in vitro e in vivo devem ser realizados para investigar
a relevância funcional dos genes identificados neste trabalho com os processos
de senescência celular e tumorigênese em CTMH.
119
8.0. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS
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148
149
9.0. APÊNDICE
CTMH/n senescentes vs CMTH n jovens
Gene Symbol Gene Title p-value BF* Fold change
Mais expressos
KRTAP1-5 keratin associated protein 1-5 1,50E-08 11,57
ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,71E-05 11,22
WFDC1 WAP four-disulfide core domain 1 1,46E-04 10,99
PSG5 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 3,83E-08 10,55
LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,73E-10 10,35
SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 3,44E-08 9,92
FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 4,47E-13 9,19
STMN2 stathmin-like 2 7,91E-03 8,77
KRT34 keratin 34 5,46E-07 8,04
THBS1 thrombospondin 1 2,24E-08 7,33
SYNPO2 synaptopodin 2 7,32E-10 6,35
MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 5,08E-09 5,88
KCNN2 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, subfamily N, 1,32E-03 5,75
SYNPO2L synaptopodin 2-like 4,80E-05 5,70
HSD17B6 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 6 homolog (mouse) 3,17E-04 5,61
PDGFRL platelet-derived growth factor receptor-like 3,41E-11 5,59
PLCB4 phospholipase C, beta 4 3,50E-09 5,30
HAS3 hyaluronan synthase 3 2,40E-07 5,30
APÊNDICE A – Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes na comparação CTMH/n
senescentes vs CTMH/n Jovens.
150
SERPINB7 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 7 2,96E-08 5,15
OXTR oxytocin receptor 3,50E-06 5,00
KRT19 keratin 19 8,60E-06 4,91
NTN4 netrin 4 1,24E-04 4,81
LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 3,72E-07 4,67
GALNT5 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 9,84E-08 4,65
SERPINB2 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 2 6,63E-03 4,59
KDELR3 KDEL (Lys-Asp-Glu-Leu) endoplasmic reticulum protein retention receptor 3 4,54E-11 4,58
IFIT1 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 2,83E-03 4,29
SLC1A1 solute carrier family 1 (neuronal/epithelial high affinity glutamate transporter 1,37E-08 4,28
KIAA1324L KIAA1324-like 4,10E-06 4,12
PSG6 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 6 3,39E-04 4,04
DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II 1,77E-05 4,02
PSG9 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 9 1,70E-03 3,73
ITGBL1 Integrin, beta-like 1 (with EGF-like repeat domains) 6,41E-04 3,71
IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 1,74E-06 3,68
TMEM106A transmembrane protein 106A 3,57E-06 3,62
SYNM synemin, intermediate filament protein 1,03E-07 3,43
CLIC3 chloride intracellular channel 3 1,15E-03 3,33
TUBB2A tubulin, beta 2A 1,58E-04 3,33
XYLT1 xylosyltransferase I 1,21E-03 3,32
ANGPT1 angiopoietin 1 3,09E-06 3,28
GALNT3 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 3,52E-03 3,25
LIMCH1 LIM and calponin homology domains 1 1,06E-05 3,24
151
ENDOD1 endonuclease domain containing 1 7,38E-10 3,14
PSG3 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 3 2,20E-04 3,13
IGFBP3 insulin-like growth factor binding protein 3 2,19E-05 3,11
ARRDC4 arrestin domain containing 4 1,06E-04 3,09
FABP4 fatty acid binding protein 4, adipocyte 7,72E-07 3,03
Menos expressos
SLC25A37 solute carrier family 25, member 37 7,71E-03 -3,03
RBP1 retinol binding protein 1, cellular 2,00E-12 -8,74
PDPN Podoplanin 2,30E-10 -8,35
RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related) 2,41E-14 -6,85
SGCG sarcoglycan, gamma (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) 5,52E-07 -6,45
PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 3,55E-08 -5,57
PNMA2 paraneoplastic antigen MA2 1,10E-05 -4,53
MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) 1,96E-03 -4,34
CADM1 cell adhesion molecule 1 1,09E-07 -4,30
HOXD10 homeobox D10 1,88E-04 -4,29
C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58 6,05E-05 -4,08
KCNT2 potassium channel, subfamily T, member 2 2,01E-03 -3,99
PLXDC2 plexin domain containing 2 9,29E-05 -3,97
ST6GALNAC3 ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide 6,86E-05 -3,91
CPNE8 copine VIII 2,24E-06 -3,89
LOC644242 hypothetical LOC644242 2,60E-03 -3,55
LOC100127983 hypothetical protein LOC100127983 2,63E-04 -3,50
LOC100509635 hypothetical LOC100509635 2,15E-07 -3,48
TNFRSF9 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9 4,73E-03 -3,46
152
*valor de p com correção Bonferroni (ANOVA).
GPAT2 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial 2,07E-05 -3,44
SLC43A3 solute carrier family 43, member 3 1,25E-03 -3,41
PHGDH phosphoglycerate dehydrogenase 6,31E-03 -3,40
COL6A2 collagen, type VI, alpha 2 7,41E-08 -3,37
NFIB nuclear factor I/B 1,41E-06 -3,14
FRAS1 Fraser syndrome 1 3,93E-07 -3,06
PTPRD protein tyrosine phosphatase, receptor type, D 5,87E-06 -3,05
153
CTMH/inv senescentes vs CTMH/inv jovens
Gene Symbol Gene Title p-value BF* Fold change
Mais Expressos
NEFM neurofilament, medium polypeptide 7,66E-41 23,02
LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 2,21E-35 22,94
MAMDC2 MAM domain containing 2 2,98E-32 17,11
DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II 9,43E-31 15,25
KISS1 KiSS-1 metastasis-suppressor 0 11,48
IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 6,41E-37 11,27
SERPINB2 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 2 3,07E-20 10,07
THBS1 thrombospondin 1 4,76E-34 9,88
EHF ets homologous fator 7,63E-13 9,66
F3 coagulation factor III (thromboplastin, tissue factor) 0 9,53
SCN3A sodium channel, voltage-gated, type III, alpha subunit 4,71E-18 8,83
L1CAM L1 cell adhesion molecule 1,53E-40 8,75
EDN1 endothelin 1 8,04E-39 8,46
OLR1 oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1 3,63E-33 8,23
MYOCD Myocardin 2,13E-35 7,74
RGS5 regulator of G-protein signaling 5 5,86E-36 7,70
MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 1,55E-28 7,70
SYNPO2 synaptopodin 2 1,71E-28 7,70
ZPLD1 zona pellucida-like domain containing 1 1,59E-30 7,42
PLN Phospholamban 1,27E-22 7,35
NRK Nik related kinase 0 7,20
AK4 adenylate kinase 4 5,90E-39 7,00
EGF epidermal growth fator 4,39E-28 6,96
APÊNDICE B - Tabela da lista de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv senescentes na comparação CTMH/inv senescentes vs
CTMH/inv jovens.
154
NPPB natriuretic peptide B 1,90E-25 6,82
CHRM3 cholinergic receptor, muscarinic 3 4,70E-34 6,75
KRTAP1-5 keratin associated protein 1-5 6,81E-21 6,68
DNAJC6 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 6 2,64E-34 6,65
BEX1 brain expressed, X-linked 1 5,90E-39 6,58
FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 9,41E-28 6,28
SCD5 stearoyl-CoA desaturase 5 3,67E-38 6,08
NRG1 neuregulin 1 4,32E-17 5,70
GPRC5A G protein-coupled receptor, family C, group 5, member A 4,81E-38 5,32
NTN4 netrin 4 4,13E-19 5,29
SGIP1 SH3-domain GRB2-like (endophilin) interacting protein 1 1,21E-17 5,15
CCDC81 coiled-coil domain containing 81 6,26E-22 4,94
KCTD4 potassium channel tetramerisation domain containing 4 3,12E-29 4,90
RGS4 regulator of G-protein signaling 4 4,11E-22 4,86
C15orf54 chromosome 15 open reading frame 54 6,76E-35 4,86
PLAT plasminogen activator, tissue 1,30E-27 4,85
EREG Epiregulin 7,44E-19 4,84
FHL1 four and a half LIM domains 1 8,06E-18 4,84
GRP gastrin-releasing peptide 1,10E-19 4,76
TMEM171 transmembrane protein 171 2,10E-21 4,74
LMOD1 leiomodin 1 (smooth muscle) 6,26E-22 4,69
TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 4,55E-25 4,69
DLG1 Discs, large homolog 1 (Drosophila) 2,83E-13 4,68
SH3RF2 SH3 domain containing ring finger 2 1,00E-27 4,62
HIST1H2BC histone cluster 1, H2bc 2,07E-22 4,62
NOG Noggin 1,29E-09 4,59
CDH8 cadherin 8, type 2 1,93E-26 4,53
RGMB RGM domain family, member B 6,04E-21 4,50
155
SERPIND1 serpin peptidase inhibitor, clade D (heparin cofactor), member 1 2,01E-09 4,50
ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 6,78E-10 4,46
HBEGF heparin-binding EGF-like growth factor 2,36E-25 4,45
TRPC4 transient receptor potential cation channel, subfamily C, member 4
5,17E-21 4,41
HHIP hedgehog interacting protein 5,11E-27 4,38
NEFL neurofilament, light polypeptide 1,21E-18 4,37
PRICKLE1 prickle homolog 1 (Drosophila) 9,30E-28 4,32
CXADR coxsackie virus and adenovirus receptor 1,68E-29 4,30
OXTR oxytocin receptor 6,67E-13 4,29
TXNIP thioredoxin interacting protein 5,99E-16 4,27
SERPINE1 serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type
2,36E-10 4,25
KCTD20 potassium channel tetramerisation domain containing 20 4,77E-37 4,21
ATP2B4 ATPase, Ca++ transporting, plasma membrane 4 4,40E-35 4,17
SFRP1 secreted frizzled-related protein 1 1,44E-25 4,16
EPPK1 epiplakin 1 3,23E-23 4,11
WNT16 wingless-type MMTV integration site family, member 16 5,04E-23 4,10
KRT19 keratin 19 3,92E-24 4,04
CACNA1A calcium channel, voltage-dependent, P/Q type, alpha 1A subunit 8,06E-33 3,94
PLCB4 phospholipase C, beta 4 7,57E-18 3,91
CNTNAP3 contactin associated protein-like 3 1,75E-26 3,83
SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 1,11E-11 3,82
AGTR1 angiotensin II receptor, type 1 1,26E-24 3,80
CD274 CD274 molecule 7,42E-14 3,77
CALD1 caldesmon 1 6,60E-15 3,75
HAS3 hyaluronan synthase 3 3,05E-12 3,74
TIMP3 TIMP metallopeptidase inhibitor 3 5,81E-30 3,68
156
KRT34 keratin 34 7,17E-10 3,66
TSPAN2 tetraspanin 2 1,77E-14 3,65
ARHGAP29 Rho GTPase activating protein 29 9,67E-25 3,57
PDCD1LG2 programmed cell death 1 ligand 2 1,12E-22 3,54
SLC7A2 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 2
4,76E-13 3,51
OBFC2A oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold containing 2A 8,50E-20 3,51
SHROOM3 shroom family member 3 2,98E-25 3,49
LOC401093 hypothetical LOC401093 1,36E-18 3,49
NRXN3 neurexin 3 1,91E-21 3,48
ARSJ arylsulfatase family, member J 6,49E-31 3,48
ATP8A1 ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1
2,65E-28 3,40
CCND2 cyclin D2 1,61E-22 3,38
DAB2 disabled homolog 2, mitogen-responsive phosphoprotein (Drosophila)
9,94E-11 3,37
SUSD2 sushi domain containing 2 3,50E-22 3,36
HIST1H2BG histone cluster 1, H2bg 4,29E-18 3,30
CDH10 cadherin 10, type 2 (T2-cadherin) 9,30E-23 3,26
HIST1H2BD histone cluster 1, H2bd 9,50E-23 3,25
CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator 8,59E-33 3,24
SPOCD1 SPOC domain containing 1 7,28E-24 3,23
DUSP5 dual specificity phosphatase 5 4,16E-16 3,22
FGF1 fibroblast growth factor 1 (acidic) 5,90E-19 3,20
ARID5B AT rich interactive domain 5B (MRF1-like) 1,98E-14 3,20
WNT5B wingless-type MMTV integration site family, member 5B 2,63E-28 3,18
ACTB actin, beta 1,99E-07 3,17
157
GALNT5 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
2,10E-14 3,16
SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (monocarboxylic acid transporter 4)
1,10E-12 3,16
SOCS2 suppressor of cytokine signaling 2 6,40E-16 3,16
HIST2H2AA3 /// HIST2H2AA4 histone cluster 2, H2aa3 /// histone cluster 2, H2aa4 8,80E-19 3,16
JAM2 junctional adhesion molecule 2 2,12E-17 3,15
COL8A1 collagen, type VIII, alpha 1 2,69E-10 3,15
STYK1 serine/threonine/tyrosine kinase 1 2,50E-13 3,15
JPH2 junctophilin 2 3,12E-18 3,15
TNFRSF10D tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10d, decoy with truncated dea
2,38E-04 3,15
SLC2A1 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 1 2,22E-28 3,13
ENO1 enolase 1, (alpha) 6,83E-07 3,13
CDCP1 CUB domain containing protein 1 1,34E-12 3,12
NEAT1 nuclear paraspeckle assembly transcript 1 (non-protein coding) 9,25E-13 3,10
PHKA1 phosphorylase kinase, alpha 1 (muscle) 5,29E-21 3,09
FMN2 formin 2 6,37E-21 3,04
PICALM phosphatidylinositol binding clathrin assembly protein 2,43E-10 3,03
NEDD4L neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like
3,29E-27 3,01
GPR155 G protein-coupled receptor 155 4,13E-14 3,01
Menos expressos
SGCG sarcoglycan, gamma (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) 8,66E-39 -20,14
PTGIS prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase 3,06E-40 19,49
DOK5 docking protein 5 0 -17,62
RBP1 retinol binding protein 1, cellular 7,47E-38 -15,17
TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 2,50E-30 -14,13
158
SLC22A3 solute carrier family 22 (extraneuronal monoamine transporter), member 3
7,68E-26 -13,02
E2F7 E2F transcription factor 7 2,06E-28 -12,42
KLF4 Kruppel-like factor 4 (gut) 3,27E-20 -12,35
LAMP3 lysosomal-associated membrane protein 3 1,13E-12 -12,28
NUPR1 nuclear protein, transcriptional regulator, 1 1,33E-20 -11,54
LOC100132891 hypothetical LOC100132891 7,31E-34 -11,26
HGF hepatocyte growth factor (hepapoietin A; scatter factor) 2,76E-33 -10,56
EFEMP1 EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 1,05E-21 -10,15
RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related)
3,10E-27 -9,20
GXYLT2 glucoside xylosyltransferase 2 2,28E-32 -8,79
RUNX2 runt-related transcription factor 2 1,29E-33 -8,39
P4HA3 prolyl 4-hydroxylase, alpha polypeptide III 3,75E-35 -8,18
LOC401097 hypothetical protein LOC401097 1,70E-21 -7,84
SLITRK4 SLIT and NTRK-like family, member 4 2,26E-24 -7,53
FAM129A family with sequence similarity 129, member A 2,23E-15 -7,46
HTR2A 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2A 2,38E-35 -7,10
SCRG1 stimulator of chondrogenesis 1 1,19E-18 -7,08
DDIT4 DNA-damage-inducible transcript 4 8,96E-05 -6,93
TDO2 tryptophan 2,3-dioxygenase 1,73E-26 -6,93
FBXO32 F-box protein 32 6,82E-17 -6,75
PTPRG protein tyrosine phosphatase, receptor type, G 1,69E-33 -6,54
GPC6 glypican 6 2,96E-30 -6,39
ASNS asparagine synthetase (glutamine-hydrolyzing) 2,99E-08 -6,38
G0S2 G0/G1switch 2 3,45E-19 -6,37
DCLK1 doublecortin-like kinase 1 3,47E-22 -6,30
SULT1E1 sulfotransferase family 1E, estrogen-preferring, member 1 1,55E-33 -5,81
159
C1R complement component 1, r subcomponent 1,28E-24 -5,71
INHBE inhibin, beta E 1,19E-06 -5,64
LOC100505633 hypothetical LOC100505633 2,08E-22 -5,52
BEX2 brain expressed X-linked 2 4,59E-10 -5,48
HMOX1 heme oxygenase (decycling) 1 7,45E-16 -5,37
MN1 meningioma (disrupted in balanced translocation) 1 2,44E-31 -5,33
C4orf7 chromosome 4 open reading frame 7 4,66E-34 -5,31
PHGDH phosphoglycerate dehydrogenase 1,52E-17 -5,30
NDN necdin homolog (mouse) 1,76E-39 -5,27
CTH cystathionase (cystathionine gamma-lyase) 4,95E-10 -5,11
HSPBAP1 HSPB (heat shock 27kDa) associated protein 1 4,68E-17 -5,06
AFF3 AF4/FMR2 family, member 3 1,38E-22 -5,00
ABCA8 ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 8 2,04E-29 -4,94
MOCOS molybdenum cofactor sulfurase 2,04E-16 -4,91
GDF15 growth differentiation factor 15 4,78E-06 -4,84
VDR vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor 2,03E-23 -4,84
CARD16 caspase recruitment domain family, member 16 2,04E-29 -4,76
EBF1 early B-cell factor 1 4,70E-27 -4,76
GALNT12 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
2,29E-26 -4,73
SLC14A1 solute carrier family 14 (urea transporter), member 1 (Kidd blood group)
3,24E-26 -4,65
GAS2L3 Growth arrest-specific 2 like 3 1,04E-23 -4,61
ANGPTL1 angiopoietin-like 1 2,51E-12 -4,50
ST3GAL6 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 6 1,41E-19 -4,42
TRIB3 tribbles homolog 3 (Drosophila) 1,48E-05 -4,40
UNC5B unc-5 homolog B (C. elegans) 6,97E-20 -4,34
ALDH1L2 aldehyde dehydrogenase 1 family, member L2 3,90E-16 -4,32
160
ANK2 ankyrin 2, neuronal 2,34E-09 -4,30
DNAJC12 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12 4,80E-26 -4,30
GPAT2 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial 3,23E-25 -4,23
LOC100127983 hypothetical protein LOC100127983 3,22E-21 -4,22
TSLP thymic stromal lymphopoietin 7,76E-16 -4,21
GEM GTP binding protein overexpressed in skeletal muscle 2,47E-22 -4,20
DIRAS3 DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3 5,56E-13 -4,19
MXRA5 matrix-remodelling associated 5 1,99E-11 -4,12
ST6GAL2 ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 2 6,78E-22 -4,09
FRMD5 FERM domain containing 5 4,27E-19 -4,04
BACE2 beta-site APP-cleaving enzyme 2 9,51E-32 -4,04
TNFRSF9 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9 1,57E-18 -4,03
COL15A1 collagen, type XV, alpha 1 3,91E-28 -4,02
KRT7 keratin 7 1,92E-26 -4,01
CREG1 cellular repressor of E1A-stimulated genes 1 5,75E-24 -4,01
CCDC8 coiled-coil domain containing 8 1,35E-32 -3,99
PCK2 phosphoenolpyruvate carboxykinase 2 (mitochondrial) 6,98E-07 -3,98
LOC100507248 hypothetical LOC100507248 4,18E-20 -3,93
SLC12A8 solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 8
2,64E-19 -3,91
PDZRN3 PDZ domain containing ring finger 3 1,08E-14 -3,89
SULF2 sulfatase 2 2,03E-25 -3,88
KAL1 Kallmann syndrome 1 sequence 2,16E-17 -3,87
PDE4DIP phosphodiesterase 4D interacting protein 2,89E-28 -3,85
PTER phosphotriesterase related 3,86E-20 -3,84
ENPP1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 3,62E-26 -3,84
RAB27B RAB27B, member RAS oncogene family 3,70E-15 -3,82
ARL4C ADP-ribosylation factor-like 4C 4,25E-11 -3,80
161
BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 6,78E-15 -3,77
CPEB1 cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 2,75E-14 -3,77
PLXDC2 plexin domain containing 2 7,51E-25 -3,73
CHI3L1 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) 7,97E-03 -3,70
EPDR1 ependymin related protein 1 (zebrafish) 5,95E-27 -3,69
CASP1 caspase 1, apoptosis-related cysteine peptidase (interleukin 1, beta, convertase
2,31E-23 -3,67
ETV1 ets variant 1 4,73E-27 -3,66
HEPH Hephaestin 6,99E-29 -3,65
CYP1B1 cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1 3,63E-10 -3,62
FAM84B family with sequence similarity 84, member B 2,40E-10 -3,60
F2RL1 coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1 2,55E-09 -3,59
GOLM1 golgi membrane protein 1 0 -3,59
CRISPLD1 cysteine-rich secretory protein LCCL domain containing 1 5,46E-21 -3,58
SNCAIP synuclein, alpha interacting protein 9,30E-26 -3,57
DOCK11 dedicator of cytokinesis 11 9,18E-33 -3,56
PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 5,28E-19 -3,55
GAS1 growth arrest-specific 1 1,39E-14 -3,51
IL33 interleukin 33 1,18E-05 -3,49
ST6GAL1 ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 1 9,24E-14 -3,49
PSAT1 phosphoserine aminotransferase 1 4,48E-04 -3,48
OR51E2 olfactory receptor, family 51, subfamily E, member 2 3,02E-27 -3,47
CXCL12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 4,69E-14 -3,47
FST Follistatin 9,70E-29 -3,47
LOC100127983 hypothetical protein LOC100127983 3,32E-23 -3,45
LAMA1 laminin, alpha 1 7,99E-14 -3,43
C13orf33 chromosome 13 open reading frame 33 4,92E-19 -3,41
C1S complement component 1, s subcomponent 6,45E-15 -3,39
162
AKNA AT-hook transcription factor 1,21E-21 -3,36
PID1 phosphotyrosine interaction domain containing 1 6,66E-29 -3,35
WARS tryptophanyl-tRNA synthetase 4,09E-15 -3,33
MMP2 matrix metallopeptidase 2 (gelatinase A, 72kDa gelatinase, 72kDa type IV collage
7,65E-21 -3,33
ZNF521 zinc finger protein 521 3,87E-21 -3,33
RPS6KA2 ribosomal protein S6 kinase, 90kDa, polypeptide 2 3,73E-26 -3,33
C11orf75 chromosome 11 open reading frame 75 5,39E-23 -3,30
PBX1 pre-B-cell leukemia homeobox 1 7,21E-20 -3,29
SH3KBP1 SH3-domain kinase binding protein 1 1,49E-35 -3,29
PTPRE protein tyrosine phosphatase, receptor type, E 1,19E-16 -3,29
ZNF711 zinc finger protein 711 6,39E-22 -3,28
USP54 ubiquitin specific peptidase 54 1,03E-21 -3,28
ANXA10 annexin A10 8,41E-19 -3,27
NRP1 neuropilin 1 4,35E-30 -3,27
COL6A3 collagen, type VI, alpha 3 1,79E-26 -3,26
NMI N-myc (and STAT) interactor 1,05E-25 -3,24
CDKN1C cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) 2,78E-16 -3,22
MMP16 matrix metallopeptidase 16 (membrane-inserted) 1,65E-24 -3,21
ARHGEF6 Rac/Cdc42 guanine nucleotide exchange factor (GEF) 6 3,12E-22 -3,21
C3orf55 chromosome 3 open reading frame 55 5,93E-25 -3,21
KLHL24 kelch-like 24 (Drosophila) 8,40E-07 -3,20
LONRF1 LON peptidase N-terminal domain and ring finger 1 4,75E-15 -3,19
C9orf91 chromosome 9 open reading frame 91 2,21E-10 -3,19
MCTP1 multiple C2 domains, transmembrane 1 8,00E-08 -3,18
ATP2B1 ATPase, Ca++ transporting, plasma membrane 1 2,92E-18 -3,17
GPNMB glycoprotein (transmembrane) nmb 5,88E-07 -3,17
SESN2 sestrin 2 1,12E-04 -3,15
163
*valor de p com correção Bonferroni (ANOVA).
ADAM12 ADAM metallopeptidase domain 12 1,22E-16 -3,15
RHOU ras homolog gene family, member U 2,01E-21 -3,13
PTPRD protein tyrosine phosphatase, receptor type, D 3,28E-22 -3,12
IRAK1 interleukin-1 receptor-associated kinase 1 1,32E-32 -3,12
ST8SIA4 ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 4 5,11E-15 -3,10
RGS17 regulator of G-protein signaling 17 2,35E-16 -3,09
PAG1 phosphoprotein associated with glycosphingolipid microdomains 1 7,32E-15 -3,06
FBLN2 fibulin 2 8,84E-28 -3,06
GUCY1B3 guanylate cyclase 1, soluble, beta 3 7,15E-20 -3,05
DDIT3 DNA-damage-inducible transcript 3 4,42E-05 -3,05
C3orf14 chromosome 3 open reading frame 14 2,74E-28 -3,04
MFAP3L microfibrillar-associated protein 3-like 1,58E-18 -3,04
FAM38B family with sequence similarity 38, member B 5,84E-07 -3,04
ST6GALNAC3 ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide
2,83E-11 -3,04
LTBP2 latent transforming growth factor beta binding protein 2 9,66E-24 -3,03
ZNF618 zinc finger protein 618 2,12E-23 -3,02
EIF4EBP1 eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 1 4,51E-13 -3,02
HMGB3 high-mobility group box 3 1,49E-28 -3,01
CBLB Cas-Br-M (murine) ecotropic retroviral transforming sequence b 7,55E-15 -3,01
STMN2 stathmin-like 2 3,26E-07 -3,00
PABPC4L poly(A) binding protein, cytoplasmic 4-like 9,22E-14 -3,00
LRRC49 leucine rich repeat containing 49 2,20E-20 -3,00
164
CTMH/n senescentes vc CTMH/n jovens
Função celular e molecular Nº de Moléculas*
Cell Growth and proliferation cell 12
Cell Death 11
Small molecule Biochemistry 10
Cellular Movement 10
Cellular Development 10
Cell to cell signaling and interation 9
Cell morphology 8
Embrionic development 8
Cell cycle 7
Carbohydrate Metabolism 6
Molecular Transport 6
Cellular Assembly and Organization 4
Conective Tissue Development and Function 4
Lipid Metabolism 4
Protein Syntesis 4
APÊNDICE C - Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente expressos em
CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens
* Estão representadas as categorias com valor de p ˂0.05 e com uma representação biológica ≥
5% de moléculas.
165
APÊNDICE D - Tabela de Anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor valor de p dos genes diferencialmente expressos em
CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n Jovens.
CTMH/n senescentes vs CTMH/n Jovens
Anotação funcional Moléculas Nº de moléculas valor de p
Pequenas moléculas bioquímicas (10 moléculas)
Synthesis of glycosaminoglycan ANGPT1,GALNT5,HAS3,XYLT1 4 1,69E-05
Accumulation of cyclic gmp THBS1 1 4,61E-03
Binding of heparan sulfate proteoglycan THBS1 1 4,61E-03
Formation of retinyl ester RBP1 1 4,61E-03
Production of l-triiodothyronine DIO2 1 4,61E-03
Storage of retinyl ester RBP1 1 4,61E-03
Synthesis of heparina ANGPT1 1 4,61E-03
Aggregation of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03
Catabolism of androgen HSD17B6 1 9,19E-03
Metabolism of thyroid hormone DIO2 1 9,19E-03
Retention of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03
Uptake of myristic acid THBS1 1 9,19E-03
Accumulation of cholesterol FABP4 1 1,38E-02
Import of l-glutamic acid SLC1A1 1 1,38E-02
Quantity of chondroitin sulfate XYLT1 1 1,38E-02
Modification of hyaluronic acid THBS1 1 1,83E-02
Metabolism of hormone DIO2,HSD17B6 2 2,22E-02
Accumulation of triacylglycerol FABP4 1 2,28E-02
Oxidation of dihydrotestosterone HSD17B6 1 2,73E-02
Uptake of l-glutamic acid SLC1A1 1 2,73E-02
166
Binding of heparina THBS1 1 3,63E-02
Synthesis of hyaluronic acid HAS3 1 4,07E-02
Metabolism of vitamin a RBP1 1 4,51E-02
Secretion of 5-hydroxytryptamine THBS1 1 4,51E-02
Synthesis of chondroitin sulfate XYLT1 1 4,95E-02
Metabolismo de carboidrato (6 moléculas)
Synthesis of glycosaminoglycan ANGPT1,GALNT5,HAS3,XYLT1 4 1,69E-05
Synthesis of polysaccharide ANGPT1,GALNT5,HAS3,IGFBP3,XYLT1 5 1,79E-05
Binding of heparan sulfate proteoglycan THBS1 1 4,61E-03
Synthesis of heparina ANGPT1 1 4,61E-03
Aggregation of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03
Retention of hyaluronic acid HAS3 1 9,19E-03
Quantity of chondroitin sulfate XYLT1 1 1,38E-02
Modification of hyaluronic acid THBS1 1 1,83E-02
Binding of heparina THBS1 1 3,63E-02
Synthesis of hyaluronic acid HAS3 1 4,07E-02
Synthesis of chondroitin sulfate XYLT1 1 4,95E-02 Movimento celular (10 moléculas)
Mobility of carcinoma cell lines CADM1,SCUBE3 2 6,23E-05
Mobility of lung cancer cell lines CADM1,SCUBE3 2 6,23E-05
Cell movement of endothelial cell lines HOXD10,NTN4,THBS1 3 2,51E-03
Cell flattening of t lymphocytes THBS1 1 4,61E-03
Invasion of mammary cells MMP1 (includes EG:300339) 1 4,61E-03
Mobility of adenocarcinoma cell lines SCUBE3 1 4,61E-03
Mobilization of endothelial progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03
Recruitment of endothelial progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03
Recruitment of hematopoietic progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03
Migration of endothelial cells ANGPT1,HAS3,IGFBP3,THBS1 4 7,87E-03
Cell movement of skin cell lines NTN4,THBS1 2 8,35E-03
Chemotaxis of microvascular endothelial cells THBS1 1 1,38E-02
Migration of endothelial progenitor cells IGFBP3 1 1,38E-02
Migration of endothelial cell lines HOXD10, NTN4 2 1,67E-02
167
Migration of smooth muscle cells IGFBP5,THBS1 2 1,74E-02
Mobilization of hematopoietic progenitor cells ANGPT1 1 2,28E-02
Chemotaxis of smooth muscle cells THBS1 1 3,18E-02
Invasion of adenocarcinoma cell lines SCUBE3 1 3,18E-02
Chemotaxis of skin cell lines THBS1 1 3,63E-02
Sinalização e Interação célula-célula (9 moléculas)
Binding of breast cancer cell lines IGFBP3,OXTR,THBS1 3 1,16E-04 Activation of tumor cell lines CADM1,MMP1 (includes EG:300339),THBS1 3 2,51E-03
Binding of tumor cell lines HAS3,IGFBP3,OXTR,THBS1 4 4,31E-03
Stimulation of tumor cell lines IGFBP3,THBS1 2 4,54E-03
Adhesion of streptococcus pyogenes THBS1 1 4,61E-03
Adhesion of squamous cell carcinoma cell lines THBS1 1 4,61E-03
Association of fibroblastos IGFBP3 1 4,61E-03
Recruitment of endothelial progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03
Recruitment of hematopoietic progenitor cells ANGPT1 1 4,61E-03
Stimulation of prostate cancer cell lines IGFBP3 1 4,61E-03
Synaptogenesis of retinal ganglion cells THBS1 1 4,61E-03
Adhesion of endothelial cell lines NTN4,THBS1 2 4,96E-03
Activation of breast cancer cell lines MMP1 (includes EG:300339) 1 9,19E-03
Activation of lung cancer cell lines CADM1 1 9,19E-03
Binding of mammary tumor cells IGFBP5 1 9,19E-03
Stimulation of skin cancer cell lines THBS1 1 9,19E-03
Activation of carcinoma cell lines CADM1 1 1,38E-02
Phagocytosis of fibroblastos THBS1 1 1,38E-02
Binding of cells HAS3,IGFBP3,IGFBP5,OXTR,THBS1 5 1,49E-02
Activation of skin cancer cell lines THBS1 1 1,83E-02
Adhesion of melanoma cells THBS1 1 1,83E-02
Aggregation of kidney cell lines CADM1 1 1,83E-02 Activation of peripheral blood leukocytes CADM1 1 1,18E-02
dhesion of bone marrow cell lines THBS1 1 3,18E-02
Adhesion of skin cell lines NTN4 1 3,63E-02
Disassembly of focal adhesions THBS1 1 4,07E-02
Adhesion of microvascular endothelial cells THBS1 1 4,51E-02
168
Binding of fibroblastos IGFBP3 1 4,51E-02
Secretion of 5-hydroxytryptamine THBS1 1 4,51E-02
Ciclo celular (7 moléculas)
Mitogenesis of tumor cell lines IGFBP3,IGFBP5,THBS1 3 5,94E-04
S phase of endothelial cells ANGPT1 1 4,61E-03
Endomitosis of monocytes TNFRSF9 1 4,61E-03
Mitogenesis of skin cancer cell lines THBS1 1 9,19E-03
Mitogenesis of cervical cancer cell lines IGFBP5 1 1,83E-02
Mitogenesis of prostate cancer cell lines IGFBP3 1 2,73E-02
Cell cycle progression of tumor cell lines IGFBP3,KRT19 (human),RUNX1T1 3 4,73E-02
Arrest in g2/m phase of breast cancer cell lines IGFBP5 1 4,95E-02
169
GO-ID valor de p valor de p* x N X N Processo biológico1 Genes da rede de interações CTMH/n senescentes vs jovens
51704 2,55E-04 2,06E-02 8 784 32 14304 multi-organism process PSG9|KRT19|DIO2|PSG6|PSG5|PSG3|OXTR|MMP1
32879 9,39E-04 4,25E-02 7 727 32 14304 regulation of localization CADM1|PDPN|OXTR|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5
7565 6,69E-06 5,75E-03 5 121 32 14304 female pregnancy PSG9|PSG6|PSG5|PSG3|OXTR
30334 1,08E-04 1,73E-02 5 216 32 14304 regulation of cell migration PDPN|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5
48545 1,31E-04 1,73E-02 5 225 32 14304 response to steroid hormone stimulus
KRT19|FABP4|OXTR|ANGPT1|THBS1
51270 1,74E-04 1,73E-02 5 239 32 14304 regulation of cellular component movement
PDPN|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5
40012 1,81E-04 1,73E-02 5 241 32 14304 regulation of locomotion PDPN|ANGPT1|THBS1|IGFBP3|IGFBP5
70482 4,05E-04 2,49E-02 4 158 32 14304 response to oxygen levels PDPN|OXTR|ANGPT1|THBS1
30336 4,42E-04 2,53E-02 3 67 32 14304 negative regulation of cell migration
THBS1|IGFBP3|IGFBP5
40013 5,46E-04 2,76E-02 3 72 32 14304 negative regulation of locomotion
THBS1|IGFBP3|IGFBP5
51271 5,46E-04 2,76E-02 3 72 32 14304 negative regulation of cellular component movement
THBS1|IGFBP3|IGFBP5
APÊNDICE E - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/n senescentes comparadas às CTMH/n jovens.
170
6590 7,23E-05 1,73E-02 2 6 32 14304 thyroid hormone generation DIO2|FOXE1
14912 1,01E-04 1,73E-02 2 7 32 14304 negative regulation of smooth muscle cell migration
IGFBP3|IGFBP5
42403 1,73E-04 1,73E-02 2 9 32 14304 thyroid hormone metabolic process
DIO2|FOXE1
42447 1,73E-04 1,73E-02 2 9 32 14304 hormone catabolic process DIO2|HSD17B6
2040 2,63E-04 2,06E-02 2 11 32 14304 sprouting angiogenesis ANGPT1|THBS1
43536 3,72E-04 2,46E-02 2 13 32 14304 positive regulation of blood vessel endothelial cell migration
ANGPT1|THBS1
48662 3,72E-04 2,46E-02 2 13 32 14304 negative regulation of smooth muscle cell proliferation
IGFBP3|IGFBP5
14910 8,98E-04 4,25E-02 2 20 32 14304 regulation of smooth muscle cell migration
IGFBP3|IGFBP5
43535 1,09E-03 4,68E-02 2 22 32 14304 regulation of blood vessel endothelial cell migration
ANGPT1|THBS1
*valor de p corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X =
total do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um
total N; N= total de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology).
Estão listados somente os 20 processos que apresentaram valor de p ˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.
171
GO-ID p-value corr p-value* x n X N Processo biológico1 Genes da rede de interações CTMH/n senescentes vs jovens no contexto genômico
65007 7,20E-04 7,20E-03 62 6941 95 14301 biological regulation
ELF2|CADM1|MMP9|ANKRD1|PRKG1|HOXD10|CD47|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|ANGPT1|MX1|STMN2|PDPN|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGFALS|PLAUR|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|SERPINB2|WFDC1|TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|RBP1|OXT|RSAD2|OXTR|TIMP1|IGF1R|CD9|INS|TEK|HSD17B6|HRG|THBS1|RUNX1|ARL6IP5|FN1|NTN4|LMCD1|IGF1|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|DIO2|FOXE1|FABP4|IRF3|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2|NFIB
50789 4,82E-04 5,57E-03 60 6552 95 14301 regulation of biological process
ELF2|CADM1|MMP9|ANKRD1|PRKG1|HOXD10|CD47|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|ANGPT1|MX1|STMN2|PDPN|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGFALS|PLAUR|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|SERPINB2|WFDC1|TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|RBP1|OXT|RSAD2|OXTR|TIMP1|IGF1R|INS|TEK|HRG|RUNX1|THBS1|ARL6IP5|FN1|NTN4|LMCD1|IGF1|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|DIO2|FOXE1|FABP4|IRF3|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2|NFIB
APÊNDICE F - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto genômico formada pela lista dos genes
diferencialmente expressos em CTMH/n senescentes comparadas às mesmas jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.
172
50794 8,65E-04 8,18E-03 57 6223 95 14301 regulation of cellular process
ELF2|CADM1|MMP9|ANKRD1|PRKG1|HOXD10|CD47|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|ANGPT1|MX1|STMN2|PDPN|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGFALS|PLAUR|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|SERPINB2|WFDC1|TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|RBP1|OXT|OXTR|TIMP1|IGF1R|INS|TEK|HRG|RUNX1|THBS1|FN1|LMCD1|IGF1|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|DIO2|FOXE1|FABP4|IRF3|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2|NFIB
50896 1,05E-06 7,82E-05 46 3632 95 14301 response to stimulus
TNF|CCL2|CADM1|OXT|OXTR|RSAD2|OAS1|ANKRD1|HOXD10|CD9|IGF1R|FOS|ISG15|HSF1|INS|XYLT1|HSF2|COL6A2|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|FN1|BSG|PDPN|TP53|NTN4|IGF1|PSG3|IGF2|TNFSF9|PLG|ITPR1|PLAUR|PSG9|KRT19|CD36|DIO2|JUN|SERPINB2|WFDC1|FABP4|IRF3|LIPE|PLAU|IL2
32501 1,77E-03 1,34E-02 43 4375 95 14301 multicellular organismal process
TNF|CCL2|CADM1|TUBB2A|OXT|MMP9|OXTR|MMP1|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HSF2|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|SLC1A1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|TP53|NTN4|IGF1|IGF2|SSPN|PLG|ITPR1|PLAUR|KRT19|CD36|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|FABP4|PLAU|IGFBP5|IL2
23052 7,45E-06 2,83E-04 40 3130 95 14301 Signaling TRAF1|TRAF2|TNF|CCL2|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|CD9|IGF1R|CD47|FOS|ISG15|INS|TEK|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|SLC1A1|PTPRD|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|FGF23|IGFALS|IGF2|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5|IL2
173
32502 1,71E-05 4,85E-04 40 3235 95 14301 developmental process
CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|OXT|MMP9|OXTR|NEO1|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLG|ITPR1|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|FABP4|PLAU|IGFBP5|IL2
48518 2,17E-08 5,76E-06 37 2207 95 14301 positive regulation of biological process
TRAF1|TRAF2|TNF|CCL2|CADM1|OXT|MMP9|OXTR|HOXD10|TIMP1|IGF1R|CD47|FOS|HSF1|INS|TEK|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|RUNX1|PDPN|STMN2|LMCD1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLG|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|FOXE1|FABP4|IGFBP3|IL2
48856 2,63E-06 1,41E-04 37 2656 95 14301 anatomical structure development
CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|MMP9|OXT|OXTR|NEO1|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|IGF2|PLG|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2
7275 3,78E-05 8,46E-04 37 2972 95 14301 multicellular organismal development
CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|MMP9|OXT|OXTR|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|IGF2|PLG|ITPR1|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2
48522 5,93E-09 2,51E-06 36 2004 95 14301 positive regulation of cellular process
TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|CADM1|OXT|MMP9|OXTR|HOXD10|TIMP1|IGF1R|CD47|FOS|INS|TEK|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|RUNX1|PDPN|STMN2|LMCD1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLG|TNFRSF9|CD36|JUN|CD81|FOXE1|FABP4|IGFBP3|IL2
174
48731 8,10E-07 6,28E-05 36 2422 95 14301 system development CCL2|TNF|CADM1|TUBB2A|MMP9|OXT|OXTR|HOXD10|TIMP1|CD9|IGF1R|FOS|HSF1|XYLT1|HRG|ANGPT1|THBS1|RUNX1|FN1|BSG|PDPN|STMN2|NTN4|TP53|IGF1|IGF2|PLG|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2
60255 4,94E-03 2,67E-02 34 3377 95 14301 regulation of macromolecule metabolic process
TRAF1|TRAF2|ELF2|TNF|RBP1|ANKRD1|HOXD10|TIMP1|FOS|IGF1R|HSF1|INS|HSF2|ANGPT1|HRG|THBS1|RUNX1|LMCD1|RUNX1T1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLAUR|DIO2|JUN|CD81|FOXE1|IRF3|IGFBP3|NCOR1|IGFBP5|IL2|NFIB
80090 1,12E-02 4,52E-02 34 3554 95 14301 regulation of primary metabolic process
TRAF1|TRAF2|ELF2|TNF|RBP1|ANKRD1|HOXD10|TIMP1|FOS|IGF1R|HSF1|INS|HSF2|ANGPT1|HRG|THBS1|RUNX1|LMCD1|RUNX1T1|TP53|IGF1|FGF23|IGF2|PLAUR|DIO2|JUN|CD81|FOXE1|IRF3|IGFBP3|NCOR1|IGFBP5|IL2|NFIB
6950 1,98E-07 2,26E-05 31 1772 95 14301 response to stress
CCL2|TNF|OXT|RSAD2|OXTR|ANKRD1|CD9|FOS|HSF1|INS|XYLT1|HSF2|HRG|ANGPT1|THBS1|MX1|FN1|PDPN|NTN4|TP53|IGF1|PSG3|PLG|ITPR1|PLAUR|PSG9|CD36|DIO2|JUN|SERPINB2|PLAU
48519 1,04E-05 3,38E-04 30 2019 95 14301 negative regulation of biological process
CCL2|TNF|RBP1|OXT|TIMP1|IGF1R|HSF1|INS|XYLT1|ANGPT1|HRG|RUNX1|THBS1|ARL6IP5|STMN2|LMCD1|TP53|FGF23|IGF1|PLG|TNFRSF9|JUN|FOXE1|SERPINB2|WFDC1|IGFBP3|NCOR1|PLAU|IGFBP5|IL2
23060 3,77E-05 8,46E-04 30 2156 95 14301 signal transmission
TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|FOS|IGF1R|CD9|INS|TEK|ANGPT1|MX1|THBS1|SLC1A1|PDPN|TP53|IGF1|IGFALS|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5
175
23046 3,77E-05 8,46E-04 30 2156 95 14301 signaling process
TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|FOS|IGF1R|CD9|INS|TEK|ANGPT1|MX1|THBS1|SLC1A1|PDPN|TP53|IGF1|IGFALS|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5
48513 2,86E-06 1,48E-04 29 1792 95 14301 organ development CCL2|TNF|CADM1|MMP9|OXT|OXTR|HOXD10|TIMP1|IGF1R|HSF1|ANGPT1|HRG|RUNX1|THBS1|FN1|BSG|PDPN|TP53|IGF1|PLG|PLAUR|KRT19|SGCG|JUN|PHGDH|FOXE1|PLAU|IGFBP5|IL2
10556 1,03E-02 4,24E-02 29 2877 95 14301 regulation of macromolecule biosynthetic process
TRAF1|TRAF2|ELF2|TNF|RBP1|ANKRD1|HOXD10|FOS|IGF1R|HSF1|INS|HSF2|HRG|RUNX1|THBS1|LMCD1|RUNX1T1|TP53|FGF23|IGF1|IGF2|DIO2|JUN|FOXE1|IRF3|NCOR1|IGFBP5|IL2|NFIB
7165 2,14E-05 5,60E-04 28 1877 95 14301 signal transduction TRAF1|TRAF2|CCL2|TNF|OXT|OXTR|ANKRD1|PRKG1|FOS|IGF1R|INS|TEK|ANGPT1|MX1|THBS1|PDPN|TP53|IGFALS|IGF1|TNFSF9|ITPR1|PLAUR|CD36|JUN|CD81|IRF3|PLAU|IGFBP5
*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total
do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um total
N; N= total de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology).
Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor ˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.
176
CTMH/inv senescentes vs Jovens
Função celular e molecular Molecules
Cellular Movement 85
Cell Growth and proliferation cell 84
Cell Death 75
Cellular Development 74
Conective Tissue Development and Function 41
Cell cycle 38
Cell to cell signaling and interation 37
Small molecule Biochemistry 33
Embrionic development 30
Cell morphology 29
Cellular Function and Maintenance 27
Cell signaling 24
Molecular Transport 24
Carbohydrate Metabolism 21
Protein Syntesis 21
Vitamin and Mineral Metabolism 19
Cellular Assembly and Organization 18
Lipid Metabolism 18
Gene Expression 12
DNA replication, recombination and repair 11
APÊNDICE G – Tabela da classificação funcional dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às mesmas jovens
* Estão representadas as categorias com p-valor ˂0.05 e com uma representação biológica ≥ 5%
de moléculas.
177
APÊNDICE H - Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv
senescentes comparadas às CTMH/inv Jovens.
Anotação funcional Valor de P Predição do estado de ativação
Moléculas Números de moléculas
Proliferação de crescimento celular (84 moléculas)
Proliferation of cells 2,68e-08 Decreased ACTB,ADAM12,AK4,ANGPTL1,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CCND2,CD274,CDCP1,CDKN1C,CHRM3,COL6A3,CREG1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,CYP1B1,DAB2,DDIT3,DIRAS3,DLG1,DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,ENPP1,EREG,ETV1,F2RL1,F3,FBLN2,FGF1,FHL1 (INCLUDES EG:14199),FST,GDF15,GPNMB,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,LAMP3,MMP2,MYOCD,NDN,NOG,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OXTR,PDCD1LG2 (INCLUDES EG:309304),PLAT,PTPRG,RGS4,RGS5,RPS6KA2,RUNX1T1,RUNX2,SCUBE3,SERPINB2,SERPINE1,SFRP1,SLC2A1,SULT1E1,THBS1,TIMP3,TNFRSF9,TRPC4,TSLP,TXNIP,UNC5B,VDR,WARS,WNT16
82
Proliferation of tumor cell lines
2,23e-06 BEX2,CCND2,CDCP1,CDKN1C,CHRM3,COL6A3,CREG1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EREG,ETV1,F2RL1,FBLN2,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,MYOCD,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),OXTR,PLAT,PTPRG,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,SERPINE1,SLC2A1,SULT1E1,THBS1,TIMP3,TXNIP,VDR
48
Proliferation of prostate cancer cell lines
3,30e-07 CXADR,DAB2,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NRG1 (INCLUDES EG:112400),OXTR,VDR
17
178
Colony formation of cells
3,91e-05 ANKRD1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,EREG,HGF,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NUPR1,RUNX1T1,RUNX2,SFRP1
17
Proliferation of breast cancer cell lines
4,89e-04 BEX2,CCND2,COL6A3,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PTPRG,SULT1E1,VDR
16
Proliferation of endothelial cells
2,50e-07 ANGPTL1,DAB2,DLG1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HAS3,HGF,HMOX1,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,RUNX2,THBS1
15
Colony formation of tumor cell lines
5,97e-04 ANKRD1,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,ENO1,HGF,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NUPR1,RUNX2
12
Proliferation of connective tissue cells
2,97e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,FGF1,HGF,IGFBP5,NOG,SFRP1,VDR,WNT16
11
Proliferation of muscle cells
3,01e-06 Decreased EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NOG,SERPINE1,THBS1
10
Proliferation of ovarian cancer cell lines
3,01e-06 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),FST,GDF15,HAS3,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
10
Proliferation of epithelial cells
5,64e-05 CCND2,CDKN1C,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HBEGF,HGF,RGS4,SFRP1,VDR,WNT16
10
Proliferation of carcinoma cell lines
1,13e-02 CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FBLN2,GRP,HGF,HMOX1,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
10
Proliferation of smooth muscle cells
9,19e-06 Decreased EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,SERPINE1,THBS1
9
Arrest in growth of cells
1,43e-04 CDKN1C,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HMOX1,KLF4,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1
9
Proliferation of epithelial cell lines
1,65e-04 CCDC8,DAB2,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,TRPC4,UNC5B 9
Proliferation of tumor cells
2,68e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,FST,HGF,SFRP1,THBS1
9
Proliferation of colon cancer cell lines
1,11e-02 DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FST,GRP,KLF4,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
9
Proliferation of kidney 2,38e-04 CCDC8,DIRAS3,EGF (INCLUDES 8
179
cell lines EG:13645),FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B
Proliferation of cancer cells
3,59e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,HGF,SFRP1,THBS1
8
Proliferation of vascular endothelial cells
2,30e-04 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,THBS1
7
Proliferation of embryonic cell lines
3,54e-04 CCDC8,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B 7
Formation of cells 8,71e-04 ADAM12,EGF (INCLUDES EG:13645),IL33,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2,SERPINE1,THBS1
7
Proliferation of leukemia cell lines
1,73e-02 CDCP1,CDKN1C,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2,SERPINB2,TXNIP
7
Arrest in growth of tumor cell lines
3,09e-03 CDKN1C,DAB2,GDF15,HMOX1,KLF4,SERPINE1 6
Proliferation of keratinocytes
1,53e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HGF,VDR,WNT16 5
Colony formation of breast cancer cell lines
2,59e-03 Decreased DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NUPR1,RUNX2
5
Proliferation of endothelial cell lines
6,58e-03 CDKN1C,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 5
Proliferation of skin cell lines
5,43e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 4
Proliferation of stomach cancer cell lines
2,06e-03 F2RL1,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),TXNIP 4
Expansion of cells 1,51e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),RUNX1T1,TNFRSF9
4
Proliferation of sarcoma cell lines
2,86e-04 HGF,MYOCD,TIMP3 3
Proliferation of lymphatic endothelial cells
4,24e-04 EDN1,FGF1,HGF 3
Proliferation of lung cancer cells
5,98e-04 DDIT3,EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 3
Colony formation of cancer cells
1,37e-03 EIF4EBP1,HGF,SFRP1 3
180
Proliferation of osteoblasts
2,58e-03 HGF,IGFBP5,SFRP1 3
Proliferation of neuronal cells
3,66e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 3
Stimulation of tumor cell lines
6,56e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,THBS1 3
Proliferation of skin cancer cell lines
7,45e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,THBS1 3
Proliferation of sarcoma cells
1,05e-02 CASP1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 3
Proliferation of bladder cancer cell lines
1,70e-02 CXADR,HBEGF,PLAT 3
Stimulation of skin cancer cell lines
3,11e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 2
Colony formation of glioma cells
1,83e-03 HGF,SFRP1 2
Proliferation of small cell lung cancer cells
1,83e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 2
Formation of foam cells
3,01e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),IL33 2
Proliferation of neural stem cells
3,01e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Proliferation of embryonic cancer cell lines
4,46e-03 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Proliferation of nervous tissue cell lines
6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRP1 (INCLUDES EG:18186) 2
Proliferation of eye cell lines
8,13e-03 HGF,TRPC4 2
Proliferation of brain cells
1,03e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Proliferation of hepatic stellate cells
1,03e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1 2
Proliferation of leiomyoma cells
1,03e-02 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 2
181
Colony formation of melanoma cell lines
1,28e-02 EDN1,HGF 2
Arrest in growth of chondrocyte cell lines
1,77e-02 FGF1 1
Arrest in growth of nervous tissue cell lines
1,77e-02 NRP1 (INCLUDES EG:18186) 1
Morte celular (75 moléculas)
Cell death 6,04e-07 ADAM12,ANKRD1,ASNS,ATP2B1,BEX2,BHLHE40,CACNA1A,CASP1,CCDC8,CD274,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,DUSP5,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,F2RL1,F3,FBXO32,FGF1,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,IL33,IRAK1,KISS1,KLF4,KRT19 (HUMAN),NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OBFC2A,OLR1,PBX1,PLAT,PTGIS,PTPRG,RBP1,RGS4,RGS5,RPS6KA2,RUNX1T1,SERPINB2,SERPINE1,SFRP1,SLC22A3,SLC2A1,SNCAIP,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,TNFRSF10D,TNFRSF9,TRIB3,UNC5B,VDR,WNT16
74
Apoptosis 1,71e-06 ADAM12,ANKRD1,ASNS,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CD274,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,F3,FBXO32,FGF1,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OLR1,PLAT,PTGIS,RGS4,RGS5,RPS6KA2,RUNX1T1,SERPINE1,SFRP1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,TNFRSF10D,TNFRSF9,TRIB3,UNC5B,WNT16
57
Cell death of tumor cell lines
3,86e-06 ANKRD1,ASNS,ATP2B1,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,FBXO32,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES
46
182
EG:18186),NUPR1,OBFC2A,RUNX1T1,SFRP1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,TNFRSF10D,UNC5B,VDR,WNT16
Apoptosis of tumor cell lines
1,74e-06 ANKRD1,ASNS,BEX2,BHLHE40,CASP1,CCDC8,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DDIT3,DDIT4,DIRAS3,EDN1,EFEMP1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EIF4EBP1,ENO1,FBXO32,FST,G0S2,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NUPR1,RUNX1T1,SFRP1,ST6GAL1,TIMP3,TNFRSF10D,UNC5B,WNT16
42
Cell survival 7,91e-06 BEX2,CASP1,CDKN1C,CFLAR,CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DDIT3,DUSP5,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IL33,IRAK1,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OLR1,PBX1,PTPRG,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,SFRP1,SLC22A3,SLC2A1,THBS1,TNFRSF9,VDR
34
Cell viability 8,13e-06 BEX2,CASP1,CDKN1C,CFLAR,CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DDIT3,DUSP5,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IL33,IRAK1,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,NUPR1,OLR1,PBX1,PTPRG,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,SFRP1,SLC22A3,SLC2A1,THBS1,TNFRSF9
33
Cell viability of tumor cell lines
9,50e-03 BEX2,CASP1,CDKN1C,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DUSP5,EGF (INCLUDES EG:13645),GDF15,HBEGF,HGF,HMOX1,IRAK1,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NUPR1,PBX1,PTPRG,SERPINB2,SLC2A1
20
Cell death of prostate cancer cell lines
5,87e-05 CASP1,CFLAR,DDIT3,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FST,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5
12
Apoptosis of breast cancer cell lines
1,56e-03 BEX2,CASP1,CFLAR,DAB2,DDIT4,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),FBXO32,HGF,IGFBP5,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SFRP1
12
Cell death of colon cancer cell lines
1,56e-03 CASP1,CDKN1C,CFLAR,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),G0S2,GDF15,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),ST6GAL1,VDR
12
Cell death of epithelial 2,54e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,NRG1 12
183
cells (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,SFRP1,TIMP3,TRIB3,UNC5B
Cell death of kidney cell lines
2,83e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),F3,FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3,UNC5B
11
Apoptosis of prostate cancer cell lines
3,71e-04 CFLAR,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FST,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5
10
Apoptosis of kidney cell lines
8,52e-04 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),F3,FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3
10
Apoptosis of colon cancer cell lines
4,36e-03 CASP1,CDKN1C,CFLAR,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),G0S2,GDF15,NRG1 (INCLUDES EG:112400),ST6GAL1
10
Cell death of epithelial cell lines
5,83e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3,UNC5B
10
Cell death of endothelial cells
4,20e-05 CASP1,CFLAR,DDIT3,F2RL1,HGF,OLR1,PLAT,RGS5,THBS1 9
Apoptosis of epithelial cell lines
2,08e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3
9
Cell death of tumor cells
4,59e-03 ADAM12,CASP1,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DDIT3,ENO1,HBEGF,HMOX1,SFRP1
9
Cell death of embryonic cell lines
1,40e-02 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3,UNC5B
9
Apoptosis of endothelial cells
1,62e-04 CASP1,CFLAR,DDIT3,HGF,OLR1,PLAT,RGS5,THBS1 8
Inhibition of apoptosis 3,59e-03 CFLAR,F3,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINB2,SOCS2,THBS1,TNFRSF10D
8
Apoptosis of embryonic cell lines
5,86e-03 CASP1,CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),PTGIS,RGS4,TRIB3
8
Cell death of lung cancer cell lines
1,43e-02 CASP1,CDCP1,CDKN1C,CFLAR,DDIT3,EGF (INCLUDES EG:13645),G0S2,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
8
Cell death of vascular endothelial cells
1,31e-04 CASP1,CFLAR,DDIT3,F2RL1,HGF,RGS5,THBS1 7
Apoptosis of brain cancer cell lines
8,13e-04 CASP1,CDKN1C,CFLAR,EIF4EBP1,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),UNC5B
7
Apoptosis of tumor cells
1,27e-02 ADAM12,CASP1,CFLAR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DDIT3,ENO1,HBEGF
7
Cell viability of blood cells
4,66e-03 Increased CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,IL33,RUNX1T1,TNFRSF9
6
Cell death of ovarian 7,45e-03 CASP1,CFLAR,DAB2,DDIT3,DIRAS3,HGF 6
184
cancer cell lines
Cell viability of breast cancer cell lines
8,21e-03 BEX2,GDF15,HGF,KRT19 (HUMAN),NRG1 (INCLUDES EG:112400),PBX1
6
Apoptosis of bone cancer cell lines
1,45e-02 BHLHE40,CCDC8,CFLAR,IGFBP5,NDN,NUPR1 6
Cell viability of endothelial cells
2,26e-04 DAB2,DDIT3,FGF1,HGF,OLR1 5
Apoptosis of vascular endothelial cells
3,82e-03 CASP1,DDIT3,HGF,RGS5,THBS1 5
Cell viability of leukocytes
1,30e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,IL33,TNFRSF9
5
Cell viability of phagocytes
2,06e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,IL33,TNFRSF9 4
Cell viability of lymphoma cell lines
4,39e-03 CFLAR,HBEGF,HMOX1,IRAK1 4
Cell viability of mononuclear leukocytes
7,44e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,TNFRSF9
4
Apoptosis of muscle cells
8,70e-03 CASP1,EDN1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),TIMP3 4
Apoptosis of fibroblasts
1,61e-02 CFLAR,EGF (INCLUDES EG:13645),SFRP1,TIMP3 4
Cell death of pancreatic cancer cell lines
1,71e-02 ASNS,DDIT3,EFEMP1,HGF 4
Cell viability of skin cell lines
4,24e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),NTN4,THBS1 3
Cell viability of endothelial cell lines
1,72e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),NTN4,THBS1 3
Survival of hematopoietic cells
9,42e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),RUNX1T1 3
Apoptosis of dermal cells
1,05e-02 CFLAR,HGF,SFRP1 3
Cell viability of monocytes
3,01e-03 HGF,TNFRSF9 2
Apoptosis of dermal 4,46e-03 CFLAR,SFRP1 2
185
fibroblastos
Cell viability of vascular endothelial cells
4,46e-03 DAB2,DDIT3 2
Apoptosis of peripheral blood leukocytes
1,54e-02 CD274,KLF4 2
Apoptosis of hcaec cells
1,77e-02 OLR1 1
Apoptosis of embryonic stem cells
1,77e-02 NRP1 (INCLUDES EG:18186) 1
Desenvolvimento celular ( 74 moléculas)
Proliferation of tumor cell lines
2,23e-06 BEX2,CCND2,CDCP1,CDKN1C,CHRM3,COL6A3,CREG1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,EREG,ETV1,F2RL1,FBLN2,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,KISS1,KLF4,MYOCD,NDN,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),OXTR,PLAT,PTPRG,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,SERPINE1,SLC2A1,SULT1E1,THBS1,TIMP3,TXNIP,VDR
48
Differentiation of cells 2,93e-06 ANGPTL2,BHLHE40,CREG1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),ENO1,ENPP1,EREG,FGF1,FST,HBEGF,HGF,IGFBP5,KLF4,MYOCD,NOG,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RGS4,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,SFRP1,ST8SIA4,STMN2,TRIB3,TXNIP,UNC5B,VDR,WNT16
29
Proliferation of prostate cancer cell lines
3,30e-07 CXADR,DAB2,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),EHF,FGF1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NRG1 (INCLUDES EG:112400),OXTR,VDR
17
Endothelial cell development
1,81e-07 ANGPTL1,DAB2,DLG1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HAS3,HGF,HMOX1,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,RUNX2,THBS1
16
Proliferation of breast cancer cell lines
4,89e-04 BEX2,CCND2,COL6A3,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,GDF15,HBEGF,HGF,IGFBP5,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PTPRG,SULT1E1,VDR
16
Proliferation of 2,50e-07 ANGPTL1,DAB2,DLG1,EDN1,EGF (INCLUDES 15
186
endothelial cells EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HAS3,HGF,HMOX1,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,RUNX2,THBS1
Differentiation of tumor cell lines
3,16e-05 BHLHE40,CREG1,ENO1,FST,HGF,IGFBP5,KLF4,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2,ST8SIA4,VDR
13
Proliferation of muscle cells
3,01e-06 DECREASED EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,NOG,SERPINE1,THBS1
10
Proliferation of ovarian cancer cell lines
3,01e-06 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,DIRAS3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),FST,GDF15,HAS3,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
10
Proliferation of carcinoma cell lines
1,13e-02 CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),FBLN2,GRP,HGF,HMOX1,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
10
Proliferation of smooth muscle cells
9,19e-06 DECREASED EDN1,EREG,FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,SERPINE1,THBS1
9
Proliferation of epithelial cell lines
1,65e-04 CCDC8,DAB2,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,TRPC4,UNC5B 9
Proliferation of tumor cells
2,68e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,FST,HGF,SFRP1,THBS1
9
Proliferation of colon cancer cell lines
1,11e-02 DUSP5,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FST,GRP,KLF4,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
9
Proliferation of kidney cell lines
2,38e-04 CCDC8,DIRAS3,EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B
8
Proliferation of cancer cells
3,59e-03 CASP1,DDIT3,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EIF4EBP1,HGF,SFRP1,THBS1
8
Proliferation of vascular endothelial cells
2,30e-04 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),RGS5,THBS1
7
Proliferation of embryonic cell lines
3,54e-04 CCDC8,DIRAS3,FGF1,HGF,OXTR,SCUBE3,UNC5B 7
Proliferation of leukemia cell lines
1,73e-02 CDCP1,CDKN1C,HMOX1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2,SERPINB2,TXNIP
7
Arrest in growth of tumor cell lines
3,09e-03 CDKN1C,DAB2,GDF15,HMOX1,KLF4,SERPINE1 6
Differentiation of leukemia cell lines
8,21e-03 CREG1,ENO1,KLF4,RUNX1T1,RUNX2,SERPINB2 6
Tubulation of endothelial cells
9,23e-04 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,OLR1,TRPC4 5
187
Differentiation of keratinocytes
1,03e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,TXNIP,VDR,WNT16 5
Proliferation of keratinocytes
1,53e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HGF,VDR,WNT16 5
Epithelial-mesenchymal transition
3,04e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NOG,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SCUBE3
5
Proliferation of endothelial cell lines
6,58e-03 CDKN1C,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 5
Proliferation of skin cell lines
5,43e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 4
Differentiation of adipocytes
2,06e-03 ENPP1,FGF1,SFRP1,TRIB3 4
Proliferation of stomach cancer cell lines
2,06e-03 F2RL1,HBEGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),TXNIP 4
Branching of cells 4,39e-03 ANGPTL2,HGF,RGS4,UNC5B 4
Proliferation of sarcoma cell lines
2,86e-04 HGF,MYOCD,TIMP3 3
Proliferation of lymphatic endothelial cells
4,24e-04 EDN1,FGF1,HGF 3
Proliferation of lung cancer cells
5,98e-04 DDIT3,EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 3
Colony formation of cancer cells
1,37e-03 EIF4EBP1,HGF,SFRP1 3
Proliferation of osteoblasts
2,58e-03 HGF,IGFBP5,SFRP1 3
Proliferation of neuronal cells
3,66e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 3
Proliferation of skin cancer cell lines
7,45e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,THBS1 3
Branching of endothelial cells
9,42e-03 ANGPTL2,RGS4,UNC5B 3
Proliferation of sarcoma cells
1,05e-02 CASP1,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 3
188
Epithelial-mesenchymal transition of tumor cell lines
1,29e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),NRP1 (INCLUDES EG:18186),SCUBE3 3
Tubulation of vascular endothelial cells
1,29e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,TRPC4 3
Proliferation of bladder cancer cell lines
1,70e-02 CXADR,HBEGF,PLAT 3
Tubulation of lymphatic endothelial cells
9,23e-04 EDN1,HGF 2
Colony formation of glioma cells
1,83e-03 HGF,SFRP1 2
Proliferation of small cell lung cancer cells
1,83e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 2
Proliferation of neural stem cells
3,01e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Proliferation of embryonic cancer cell lines
4,46e-03 DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Differentiation of rhabdomyosarcoma cell lines
6,17e-03 FST,ST8SIA4 2
Differentiation of smooth muscle cells
6,17e-03 EREG,MYOCD 2
Proliferation of nervous tissue cell lines
6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRP1 (INCLUDES EG:18186) 2
Proliferation of hepatic stellate cells
1,03e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1 2
Proliferation of leiomyoma cells
1,03e-02 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Arrest in differentiation of granulocytes
1,77e-02 RUNX1T1 1
Arrest in differentiation of lymphoma cell lines
1,77e-02 RUNX1T1 1
189
Arrest in growth of nervous tissue cell lines
1,77e-02 NRP1 (INCLUDES EG:18186) 1
Movimento celular (55 moléculas)
Cell movement 2,34e-08 AGTR1,ANGPTL1,ARHGEF6,CDCP1,CHI3L1,CHRM3,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,F3,FGF1,FHL1 (INCLUDES EG:14199),GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,IL33,KAL1,KISS1,KLF4,KRT19 (HUMAN),L1CAM,LTBP2,MMP2,NPPB,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,OLR1,RGS4,RUNX2,SERPINE1,SFRP1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,WARS,WNT5B
47
Migration of cells 7,99e-08 ANGPTL1,ARHGEF6,CHI3L1,CHRM3,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,F3,FGF1,FHL1 (INCLUDES EG:14199),GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,IGFBP5,IL33,KISS1,KLF4,L1CAM,LTBP2,MMP2,NPPB,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),NTN4,OLR1,RGS4,RUNX2,SERPINE1,SFRP1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1,TIMP3,WARS,WNT5B
42
Invasion of cells 8,58e-07 CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),ETV1,FST,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,KISS1,KLF4,MMP16,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PLAT,RGS4,SCUBE3,SFRP1,SLC2A1,TIMP3,UNC5B
27
Cell movement of tumor cell lines
5,75e-05 CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FGF1,GDF15,GRP,HAS3,HGF,KISS1,KLF4,KRT19 (HUMAN),L1CAM,LTBP2,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),RUNX2,SERPINE1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1
26
Invasion of tumor cell lines
2,02e-06 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),ETV1,GDF15,GRP,HAS3,HBEGF,HGF,HMOX1,KISS1,KLF4,MMP16,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),PLAT,SCUBE3,SFRP1,SLC2A1,TIMP3,UNC5B
24
Migration of tumor cell lines
2,50e-05 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,F2RL1,FGF1,GRP,HAS3,HGF,KISS1,KLF4,L1CAM,LTB
23
190
P2,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),RUNX2,SERPINE1,SLC2A1,ST6GAL1,THBS1
Chemotaxis 2,30e-04 AGTR1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HBEGF,HGF,IL33,KAL1,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1,THBS1
16
Homing of cells 4,62e-04 AGTR1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1,THBS1
15
Chemotaxis of cells 1,15e-03 AGTR1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1,THBS1
14
Migration of endothelial cells
1,09e-05 ANGPTL1,ARHGEF6,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,FGF1,HAS3,HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),OLR1,SERPINE1,THBS1
13
Leukocyte migration 1,56e-02 CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,F2RL1,FGF1,HGF,HMOX1,IL33,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINE1,THBS1,TIMP3
12
Cell movement of breast cancer cell lines
3,96e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,KISS1,KRT19 (HUMAN),L1CAM,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1
11
Migration of breast cancer cell lines
1,46e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1,HGF,KISS1,MMP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1
9
Migration of tumor cells
1,07e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F3,HGF,L1CAM,MMP2,SFRP1
7
Cell movement of carcinoma cell lines
2,52e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HGF,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2
7
Cell movement of colon cancer cell lines
4,50e-04 CDCP1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,GRP,HGF,KLF4,ST6GAL1 7
Cell movement of ovarian cancer cell lines
2,13e-05 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),GDF15,HAS3,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
6
Invasion of colon cancer cell lines
2,96e-04 GRP,HAS3,HGF,KLF4,NRP1 (INCLUDES EG:18186),UNC5B 6
Cell movement of smooth muscle cells
3,29e-04 FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,HGF,IGFBP5,MMP2,THBS1 6
191
Migration of colon cancer cell lines
5,39e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,GRP,HGF,KLF4,ST6GAL1 6
Cell movement of tumor cells
5,92e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,L1CAM,MMP2,SFRP1
6
Migration of carcinoma cell lines
5,92e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HGF,KISS1,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2
6
Movement of vascular endothelial cells
3,93e-03 ARHGEF6,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF,THBS1
6
Cell movement of neurons
1,58e-05 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HBEGF,HGF,L1CAM
5
Migration of ovarian cancer cell lines
4,30e-05 EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),HAS3,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
5
Invasion of squamous cell carcinoma cell lines
2,63e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HBEGF,HGF
5
Migration of cervical cancer cell lines
1,53e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,EGF (INCLUDES EG:13645),EREG,HGF
5
Cell movement of cancer cells
1,68e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,L1CAM,MMP2,SFRP1 5
Cell movement of endothelial cell lines
3,82e-03 Decreased EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NTN4,THBS1
5
Cell movement of lung cancer cell lines
4,41e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2
5
Invasion of carcinoma cell lines
7,00e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HGF,SCUBE3,TIMP3 5
Cell movement of embryonic cell lines
1,11e-02 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,L1CAM
5
Migration of vascular endothelial cells
1,50e-02 ARHGEF6,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,HGF
5
Migration of neurons 8,31e-05 EGF (INCLUDES EG:13645),HBEGF,HGF,L1CAM 4
Migration of lymphatic system cells
3,00e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),FGF1,HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
4
Homing of embryonic cell lines
6,48e-04 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),L1CAM
4
Homing of epithelial cell lines
6,48e-04 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),L1CAM
4
192
Homing of kidney cell lines
1,05e-03 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),L1CAM
4
Invasion of ovarian cancer cell lines
1,05e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 4
Migration of melanoma cell lines
1,22e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),L1CAM,LTBP2,NRG1 (INCLUDES EG:112400)
4
Invasion of pancreatic cancer cell lines
1,40e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRP1 (INCLUDES EG:18186),PLAT 4
Cell movement of skin cell lines
1,82e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4,THBS1 4
Migration of hepatoma cell lines
1,82e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,SLC2A1
4
Migration of endothelial cell lines
6,86e-03 Decreased EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),NTN4 4
Migration of smooth muscle cells
7,44e-03 Decreased FHL1 (INCLUDES EG:14199),HBEGF,IGFBP5,THBS1 4
Cell movement of epithelial cells
8,05e-03 CHRM3,HBEGF,HGF,RGS4 4
Migration of lung cancer cell lines
9,38e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NRG1 (INCLUDES EG:112400),RUNX2 4
Cell movement of central nervous system cells
8,11e-04 CHI3L1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 3
Migration of neuroblastoma cell lines
8,11e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,SERPINE1 3
Cell movement of glioma cells
1,07e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,SFRP1 3
Mobility of cells 1,07e-03 NRG1 (INCLUDES EG:112400),SCUBE3,TM4SF1 3
Invasion of cervical cancer cell lines
2,12e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 3
Migration of keratinocyte cancer cell lines
2,58e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,SERPINE1 3
Scattering of tumor cell lines
2,58e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,L1CAM 3
193
Cell movement of lymphoma cell lines
3,66e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 3
Chemotaxis of embryonic cell lines
4,98e-03 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 3
Chemotaxis of epithelial cell lines
4,98e-03 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 3
Migration of skin cell lines
6,56e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,NTN4 3
Chemotaxis of endothelial cells
7,45e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,THBS1 3
Chemotaxis of kidney cell lines
7,45e-03 AGTR1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 3
Migration of fibrosarcoma cell lines
1,56e-02 DAB2,KISS1,SERPINE1 3
Migration of epithelial cells
1,70e-02 CHRM3,HBEGF,RGS4 3
Migration of haec cells 3,11e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 2
Scattering of stomach cancer cell lines
3,11e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 2
Invasion of sarcoma cell lines
9,23e-04 HGF,TIMP3 2
Migration of astrocytes 9,23e-04 CHI3L1,HGF 2
Mobility of lung cancer cell lines
9,23e-04 NRG1 (INCLUDES EG:112400),SCUBE3 2
Chemotaxis of cervical cancer cell lines
1,83e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Migration of progenitor cells
1,83e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 2
Mobility of carcinoma cell lines
3,01e-03 NRG1 (INCLUDES EG:112400),SCUBE3 2
Scattering of breast cancer cell lines
4,46e-03 HGF,L1CAM 2
Cell movement of brain cells
6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF 2
Chemotaxis of smooth muscle cells
6,17e-03 MMP2,THBS1 2
194
Invasion of trophoblast cells
6,17e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),FST 2
Migration of bone marrow precursor cells
6,17e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRG1 (INCLUDES EG:112400) 2
Migration of lymphatic endothelial cells
6,17e-03 FGF1,HGF 2
Invasion of thyroid tumor cell lines
8,13e-03 HGF,TIMP3 2
Migration of stem cells 8,13e-03 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),NRG1 (INCLUDES EG:112400) 2
Migration of thyroid tumor cell lines
8,13e-03 HGF,KISS1 2
Migration of lymphoma cell lines
1,03e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645) 2
Chemotaxis of vascular endothelial cells
1,28e-02 HGF,THBS1 2
Cell movement of lung cell lines
1,54e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),NRG1 (INCLUDES EG:112400) 2
Interação e sinalização célula-célula (37 moléculas)
Binding of cells 5,58e-05 ANGPTL1,CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F3,FGF1,HAS3,HGF,IGFBP5,MMP2,NPPB,NRP1 (INCLUDES EG:18186),OLR1,OXTR,SERPINE1,ST6GAL1,THBS1
17
Adhesion of tumor cell lines
1,55e-06 ADAM12,CD274,CDCP1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),CXCL2,DAB2,EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,HAS3,HGF,L1CAM,NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINB2,SERPINE1,ST6GAL1,THBS1
16
Activation of cells 6,83e-04 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EDN1,EGF (INCLUDES EG:13645),F2RL1,F3,FGF1,HBEGF,HGF,IL33,MMP2,PAG1,PLAT,SOCS2,THBS1,TSLP
15
Binding of tumor cell lines
1,08e-05 CXADR,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),EGF (INCLUDES EG:13645),F3,HAS3,HGF,MMP2,NRP1 (INCLUDES EG:18186),OXTR,SERPINE1,ST6GAL1,THBS1
12
Binding of breast cancer cell lines
1,25e-06 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,MMP2,OXTR,SERPINE1,THBS1 6
Binding of endothelial cells
1,26e-03 ANGPTL1,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),FGF1,HAS3,NRP1 (INCLUDES EG:18186),SERPINE1
6
195
Adhesion of endothelial cells
5,20e-03 CD274,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,L1CAM,OLR1,THBS1 6
Adhesion of breast cancer cell lines
2,01e-03 CDCP1,EGF (INCLUDES EG:13645),NRG1 (INCLUDES EG:112400),SERPINE1,THBS1
5
Adhesion of vascular endothelial cells
5,79e-03 CD274,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),HGF,L1CAM,THBS1 5
Cell-cell adhesion 8,88e-03 CD274,CXADR,DAB2,HGF,TIMP3 5
Adhesion of carcinoma cell lines
4,22e-05 ADAM12,CXCL12 (INCLUDES EG:20315),GRP,THBS1 4
Activation of vascular endothelial cells
1,47e-04 F2RL1,F3,HBEGF,HGF 4
Binding of prostate cancer cell lines
1,47e-04 Decreased EGF (INCLUDES EG:13645),F3,HAS3,NRP1 (INCLUDES EG:18186) 4
Adhesion of colon cancer cell lines
3,60e-03 CD274,EGF (INCLUDES EG:13645),GRP,ST6GAL1 4
Cell-cell adhesion of tumor cell lines
5,74e-03 CD274,DAB2,HGF 3
Secretion of neurotransmitter
5,74e-03 RAB27B,SNCAIP,THBS1 3
Stimulation of tumor cell lines
6,56e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF,THBS1 3
Adhesion of tumor cells
1,05e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315),F3,THBS1 3
Contact repulsion 3,11e-04 L1CAM,NRP1 (INCLUDES EG:18186) 2
Stimulation of skin cancer cell lines
3,11e-04 EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 2
Adhesion of muscle precursor cells
9,23e-04 ADAM12,SERPINE1 2
Activation of skin cancer cell lines
1,83e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),THBS1 2
Priming of cells 6,17e-03 EGF (INCLUDES EG:13645),FGF1 2
Disassembly of focal adhesions
1,03e-02 DAB2,THBS1 2
Secretion of 5-hydroxytryptamine
1,28e-02 RAB27B,THBS1 2
Signaling of tumor cell 1,28e-02 EGF (INCLUDES EG:13645),HGF 2
196
lines
Activation of stomach cancer cell lines
1,77e-02 EGF (INCLUDES EG:13645) 1
Adhesion of streptococcus pyogenes
1,77e-02 THBS1 1
Adhesion of basophils 1,77e-02 IL33 1
Adhesion of endothelial progenitor cells
1,77e-02 OLR1 1
Adhesion of small cell lung cancer cells
1,77e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315) 1
Adhesion of squamous cell carcinoma cell lines
1,77e-02 THBS1 1
Antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity of ovarian cancer cell lines
1,77e-02 HBEGF 1
Attraction of axons 1,77e-02 L1CAM 1
Binding of adrenocortical cells
1,77e-02 NPPB 1
Binding of endocrine cell lines
1,77e-02 HGF 1
Binding of rhabdomyosarcoma cell lines
1,77e-02 CXCL12 (INCLUDES EG:20315) 1
Binding of thyroid tumor cell lines
1,77e-02 HGF 1
197
APÊNDICE I - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações formada pela lista dos genes diferencialmente expressos em
CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens.
GO-ID1 p-value corr p-value* x n X N Description Genes in test set
32502 1,08E-09 3,03E-07 84 3232 202 14294 developmental process NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|HMOX1|CREG1|SERPINE1|HHIP|NRG1|CASP1|FGF1|SOCS2|NRXN3|STMN2|PTPRG|ARID5B|DDIT3|FMN2|KRT19|CHRM3|EREG|SGCG|DOK5|CCND2|F3|NPPB|ADAM12|WNT16|HMGB3|WNT5B|SHROOM3|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|EGF|THBS1|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|ST6GAL2|NTN4|COL15A1|AFF3|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|EBF1|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A
7275 1,60E-09 3,98E-07 79 2969 202 14294 multicellular organismal development
NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|HMOX1|CREG1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FGF1|NRXN3|PTPRG|STMN2|ARID5B|DDIT3|FMN2|KRT19|CHRM3|EREG|SGCG|DOK5|CCND2|NPPB|WNT16|HMGB3|SHROOM3|WNT5B|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|EGF|THBS1|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|ST6GAL2|NTN4|COL15A1|AFF3|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|EBF1|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5
48856 3,26E-10 1,27E-07 75 2653 202 14294 anatomical structure development
NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|CASP1|FGF1|NRXN3|PTPRG|STMN2|ARID5B|DDIT3|KRT19|CHRM3|SGCG|EREG|CC
198
ND2|DOK5|NPPB|ADAM12|WNT16|SHROOM3|WNT5B|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|EGF|THBS1|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|NTN4|COL15A1|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5
48519 3,52E-14 3,95E-11 71 2018 202 14294 negative regulation of biological process
NOG|NRP1|EDN1|FST|CXADR|WARS|EIF4EBP1|DAB2|PICALM|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|IRAK1|SOCS2|PTPRG|STMN2|ARID5B|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|BACE2|F3|SERPINB2|NPPB|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|THBS1|EGF|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|CFLAR|PTPRE|RGS17|GAS1|HGF|CDKN1C|CBLB|SFRP1|RGS4|PLN|RGS5|CD274|FOXE1|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A
48731 2,35E-10 1,27E-07 71 2419 202 14294 system development NOG|NRP1|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|CXADR|MMP2|AGTR1|UNC5B|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FGF1|NRXN3|PTPRG|STMN2|ARID5B|DDIT3|KRT19|CHRM3|SGCG|EREG|CCND2|DOK5|WNT16|SHROOM3|WNT5B|NDN|ENPP1|FHL1|BEX1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|TIMP3|VDR|KAL1|COL6A3|GPNMB|COL8A1|THBS1|EGF|NEFL|RUNX2|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|PLAT|COL15A1|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|CDKN1C|LAMA1|SFRP1|ST8SIA4|PLN|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|CACNA1A|KLF4|IGFBP5
48523 4,17E-15 9,36E-12 69 1842 202 14294 negative regulation of cellular process
NOG|NRP1|EDN1|FST|CXADR|WARS|EIF4EBP1|DAB2|PICALM|HMOX1|SERPINE1|HHIP|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|IRAK1|SOCS2|PTPRG|STMN2|ARID5B|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|
199
TNFRSF10D|BACE2|F3|SERPINB2|NPPB|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|THBS1|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|CFLAR|PTPRE|RGS17|GAS1|HGF|CDKN1C|CBLB|SFRP1|RGS4|RGS5|CD274|FOXE1|HBEGF|PBX1|KLF4|CACNA1A|IGFBP5|HTR2A
23033 1,80E-07 2,52E-05 58 2097 202 14294 signaling pathway NOG|LTBP2|EDN1|FST|F2RL1|L1CAM|CXCL12|RHOU|AGTR1|EIF4EBP1|DIRAS3|HMOX1|FGF1|RAB27B|NRG1|PAG1|IRAK1|SOCS2|PTPRG|STMN2|ARHGEF6|ARID5B|ARHGAP29|DDIT3|GRP|FMN2|CHRM3|EREG|DOK5|F3|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|WNT16|NMI|WNT5B|NDN|OXTR|VDR|RGMB|ANGPTL1|THBS1|EGF|TXNIP|PLAT|PTPRD|PTPRE|HGF|LAMA1|CBLB|SFRP1|RPS6KA2|RGS4|CD274|HBEGF|GDF15|CACNA1A|HTR2A
48513 2,13E-07 2,81E-05 52 1790 202 14294 organ development NOG|NRP1|EDN1|FST|CXADR|MMP2|AGTR1|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|HHIP|FGF1|NRG1|PTPRG|ARID5B|DDIT3|KRT19|SGCG|EREG|CCND2|WNT16|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|TIMP3|VDR|COL6A3|THBS1|EGF|COL8A1|GPNMB|DCLK1|TXNIP|PLAT|COL15A1|HGF|GAS1|KRT34|LAMA1|SFRP1|PLN|FOXE1|PHGDH|HBEGF|PBX1|KLF4|CACNA1A|IGFBP5
9653 1,45E-08 3,25E-06 43 1218 202 14294 anatomical structure morphogenesis
WNT16|NOG|NRP1|SHROOM3|NDN|FHL1|FST|EDN1|L1CAM|TIMP3|MMP2|VDR|AGTR1|DAB2|UNC5B|HMOX1|KAL1|SERPINE1|HHIP|COL8A1|CASP1|EGF|FGF1|THBS1|NEFL|DCLK1|ACTB|PLAT|NRXN3|ARID5B|COL15A1|GAS1|HGF|LAMA1|KRT19|SFRP1|EREG|FOXE1|NPPB|PBX1|ADAM12|CACNA1A|KLF4
51239 8,24E-10 2,64E-07 42 1064 202 14294 regulation of multicellular organismal process
NOG|NRP1|SNCAIP|ENPP1|FST|EDN1|F2RL1|OXTR|CPEB1|CXADR|WARS|VDR|AGTR1|MYOCD|HMOX1|
200
SERPINE1|BHLHE40|NRG1|CASP1|EGF|FGF1|THBS1|NEFL|NEFM|PLAT|STMN2|PTPRG|NTN4|HGF|GRP|LAMA1|CHRM3|SFRP1|EREG|CCND2|F3|PLN|NPPB|HBEGF|PBX1|CACNA1A|HTR2A
7166 4,48E-07 5,03E-05 41 1277 202 14294 cell surface receptor linked signaling pathway
WNT16|NOG|WNT5B|NDN|LTBP2|FST|EDN1|F2RL1|OXTR|L1CAM|CXCL12|AGTR1|RGMB|EIF4EBP1|ANGPTL1|NRG1|EGF|FGF1|TXNIP|PLAT|IRAK1|PTPRD|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|HGF|GRP|LAMA1|CBLB|CHRM3|SFRP1|EREG|DOK5|F3|CD274|NPPB|HBEGF|GDF15|CACNA1A|HTR2A
10646 8,13E-08 1,40E-05 40 1152 202 14294 regulation of cell communication
WNT16|NOG|SNCAIP|WNT5B|ENPP1|FST|EDN1|TRIB3|OXTR|L1CAM|CPEB1|VDR|HMOX1|SERPINE1|BHLHE40|HHIP|CASP1|EGF|THBS1|PLAT|IRAK1|CFLAR|PTPRE|SOCS2|ARHGEF6|RGS17|GAS1|HGF|DDIT4|CDKN1C|CBLB|SFRP1|EREG|RGS4|F3|RGS5|HBEGF|CACNA1A|IGFBP5|HTR2A
50793 3,40E-10 1,27E-07 36 788 202 14294 regulation of developmental process
NOG|NRP1|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|FST|EDN1|TRIB3|OXTR|CXADR|RHOU|WARS|AGTR1|VDR|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|NRG1|FGF1|THBS1|EGF|NEFL|NEFM|PTPRG|STMN2|NTN4|HGF|GRP|LAMA1|SFRP1|EREG|CCND2|F3|NPPB|PBX1|CACNA1A
42127 3,16E-07 3,94E-05 32 847 202 14294 regulation of cell proliferation
NOG|NRP1|NDN|EDN1|CXADR|AGTR1|VDR|WARS|HMOX1|SERPINE1|GPNMB|NRG1|FGF1|THBS1|EGF|TXNIP|GAS1|HGF|PDCD1LG2|CDKN1C|TNFRSF9|CTH|CBLB|SFRP1|EREG|CCND2|F3|CD274|PBX1|KLF4|IGFBP5|HTR2A
7167 1,78E-11 1,33E-08 25 344 202 14294 enzyme linked receptor protein signaling pathway
NOG|LTBP2|NDN|FST|EIF4EBP1|RGMB|ANGPTL1|FGF1|EGF|NRG1|PLAT|TXNIP|IRAK1|PTPRD|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|HGF|EREG|DOK5|HBEGF|NPPB|GDF15|CACNA1A
8285 4,15E-07 4,89E-05 20 378 202 14294 negative regulation of cell NOG|NDN|HGF|GAS1|CXADR|PDCD1LG2|CDKN1C|
201
proliferation TNFRSF9|WARS|VDR|CTH|CBLB|SFRP1|EREG|HMOX1|CD274|GPNMB|THBS1|KLF4|IGFBP5
22603 5,07E-08 1,03E-05 19 300 202 14294 regulation of anatomical structure morphogenesis
NOG|NRP1|SHROOM3|EDN1|NTN4|HGF|RHOU|WARS|VDR|SFRP1|HMOX1|F3|SERPINE1|NPPB|FGF1|THBS1|NEFL|NEFM|CACNA1A
90066 1,21E-07 1,81E-05 19 317 202 14294 regulation of anatomical structure size
NRP1|NDN|ENPP1|FHL1|EDN1|CXCL12|AGTR1|VDR|CTH|DAB2|NUPR1|NPPB|HBEGF|NRG1|NEFL|DCLK1|NEFM|CACNA1A|ENO1
32535 1,09E-07 1,74E-05 18 283 202 14294 regulation of cellular component size
NRP1|NDN|ENPP1|FHL1|EDN1|CXCL12|VDR|DAB2|CTH|NUPR1|NPPB|HBEGF|NRG1|NEFL|DCLK1|NEFM|CACNA1A|ENO1
7169 8,08E-08 1,40E-05 16 218 202 14294 transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway
TXNIP|PLAT|NDN|SOCS2|PTPRG|ARID5B|HGF|EIF4EBP1|EREG|DOK5|HBEGF|ANGPTL1|FGF1|EGF|NRG1|CACNA1A
8361 5,08E-07 5,43E-05 15 219 202 14294 regulation of cell size NRP1|ENPP1|NDN|FHL1|EDN1|VDR|DAB2|CTH|NUPR1|NPPB|HBEGF|NRG1|DCLK1|CACNA1A|ENO1
*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total do número de genes
constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um total N; N= total de genes do genoma humano
anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology). Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor
˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.
202
APÊNDICE J - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH/inv jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.
GO-ID p-value corr p-valor x n X N Description Genes in test set
48519 1,02E-21 2,99E-18 98 2018 259 14290 negative regulation of biological process
NOG|EDN1|SNCA|FST|VTN|SHH|DAB2|EIF4EBP1|MYD88|PICALM|SERPINE1|PAG1|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|BACE2|F3|VEGFA|FGFR1|WNT5B|ENPP1|RBP1|TIMP2|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|CFLAR|BMP2|GAS1|HGF|NTN1|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|RGS5|CD274|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|E2F7|CXADR|EDNRA|WARS|HMOX1|SEMA3A|HHIP|FAM129A|NRG1|DLG1|IRAK1|ARID5B|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|SERPINB2|NPPB|WNT16|NDN|TRIB3|ASNS|THBS1|GPNMB|NEFL|PIK3R2|ENO1|TXNIP|PTPRE|IGF1|RGS17|PARK2|PLG|PLN|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A
48523 4,91E-21 7,17E-18 92 1842 259 14290 negative regulation of cellular process
NOG|NRP1|E2F7|FST|SNCA|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|WARS|DAB2|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|HMOX1|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|PDCD1LG2|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|F3|BACE2|VEGFA|SERPINB2|NPPB|FGFR1|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|TRAF6|THBS1|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|NTN1|PLG|CDKN1C|CDKN1A|CBLB|SFRP1|RGS4|CD274|RGS5|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A
203
51239 4,19E-20 4,08E-17 67 1064 259 14290 regulation of multicellular organismal process
NOG|NRP1|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|VTN|CPEB1|CXADR|SHH|WARS|AGTR1|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|CASP1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|F7|GRP|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|ERBB4|ENPP1|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|BHLHE40|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|NEFM|PLAT|BMP4|BMP2|PELI1|NTN4|IGF1|PARK2|HGF|NTN1|PLG|LAMA1|ATP2A2|SFRP1|PLN|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|HTR2A
7167 2,01E-19 1,47E-16 38 344 259 14290 enzyme linked receptor protein signaling pathway
FGFR2|FGFR1|NOG|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|LTBP2|FST|RGMB|EIF4EBP1|ANGPTL1|NRG1|EGF|FGF1|SYK|TXNIP|PLAT|BMP4|EGFR|IRAK1|PTPRD|BMP2|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|CBL|HGF|KDR|EREG|DOK5|VEGFA|NPPB|HBEGF|GDF15|BMP7|CACNA1A
42127 4,88E-19 2,85E-16 58 847 259 14290 regulation of cell proliferation
NOG|NRP1|E2F7|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|AGTR1|WARS|HMOX1|SERPINE1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|RXRA|CDK4|PDCD1LG2|TNFRSF9|CTH|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|TIMP2|VDR|GPNMB|THBS1|TRAF6|EGF|TXNIP|BMP4|BMP2|PELI1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|SFRP1|CD274|PBX1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|IGFBP5|HTR2A
48731 1,24E-17 5,37E-15 101 2419 259 14290 system development
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|THBS1|GPNMB|COL8A1|NEFL|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|
204
IGFBP5
9653 1,29E-17 5,37E-15 68 1218 259 14290 anatomical structure morphogenesis
NOG|NRP1|FST|EDN1|L1CAM|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|DAB2|UNC5B|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|CASP1|FGF1|SYK|EGFR|NRXN3|ARID5B|RXRA|F7|GEM|KRT19|EREG|VEGFA|NPPB|ADAM12|FGFR1|WNT16|SHROOM3|NDN|ERBB4|FHL1|TIMP3|SRF|VDR|KAL1|COL8A1|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|DCLK1|ACTB|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|SFRP1|FOXE1|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4
48856 2,95E-17 1,08E-14 106 2653 259 14290 anatomical structure development
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|CASP1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5
205
10646 1,94E-16 6,30E-14 64 1152 259 14290 regulation of cell communication
NOG|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|L1CAM|VTN|CPEB1|MYD88|CXCR4|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|CASP1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|ARHGEF6|FADD|F7|RPTOR|DDIT4|EREG|F3|VEGFA|FGFR1|WNT16|WNT5B|ERBB4|ENPP1|OXTR|TRIB3|TIMP2|VDR|BHLHE40|THBS1|TRAF6|EGF|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|CDKN1C|TNFSF10|CBLB|SFRP1|RGS4|RGS5|HBEGF|MTOR|BMP7|CACNA1A|PLAU|IGFBP5|HTR2A
51240 4,16E-16 1,21E-13 31 278 259 14290 positive regulation of multicellular organismal process
FGFR1|NOG|ERBB4|EDN1|SNCA|FST|OXTR|SRF|SHH|VDR|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|CASP1|NRG1|TRAF6|THBS1|BMP4|EGFR|PELI1|BMP2|F7|HGF|PLG|CHRM3|EREG|F3|VEGFA|BMP7|HTR2A
50793 1,01E-15 2,67E-13 51 788 259 14290 regulation of developmental process
NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|RHOU|SHH|AGTR1|WARS|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|FGF1|NRG1|SYK|PTPRG|STMN2|RXRA|GRP|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|TRIB3|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|THBS1|TRAF6|EGF|NEFL|NEFM|BMP4|BMP2|NTN4|IGF1|HGF|NTN1|KDR|LAMA1|SFRP1|PBX1|BMP7|CACNA1A
7275 1,34E-15 3,04E-13 110 2968 259 14290 multicellular organismal development
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|FMN2|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5
206
32502 1,35E-15 3,04E-13 116 3231 259 14290 developmental process
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|F3|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|CASP1|NRG1|FGF1|NRXN3|ARID5B|FMN2|CHRM3|SGCG|EREG|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A
48518 2,60E-15 5,42E-13 91 2205 259 14290 positive regulation of biological process
NOG|NRP1|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|FHL1|OXTR|TRIB3|C1R|ASNS|EHF|C1S|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|CBLB|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A
10647 3,91E-15 7,61E-13 36 413 259 14290 positive regulation of cell communication
FGFR1|WNT16|ERBB4|SNCA|OXTR|L1CAM|VTN|VDR|MYD88|HMOX1|CASP8|CASP1|EGF|THBS1|TRAF6|SYK|BMP4|EGFR|CFLAR|BMP2|PELI1|IGF1|FADD|PARK2|GAS1|F7|HGF|RPTOR|CDKN1C|TNFSF10|EREG|F3|VEGFA|HBEGF|MTOR|BMP7
207
48522 6,40E-15 1,17E-12 85 2001 259 14290 positive regulation of cellular process
NOG|NRP1|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|OXTR|TRIB3|ASNS|EHF|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A
40007 7,22E-15 1,24E-12 26 208 259 14290 growth FGFR2|FGFR1|FGFR3|NDN|FHL1|TIMP3|SHH|SERPINE1|DCLK1|BMP4|BMP2|ST6GAL2|RXRA|ARID5B|IGF1|GAS1|PLG|EREG|NUPR1|INHBE|VEGFA|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|IGFBP5
48513 1,10E-14 1,78E-12 79 1790 259 14290 organ development
NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|KRT19|EREG|SGCG|CCND2|VEGFA|FGFR1|DHH|WNT16|WNT5B|SHROOM3|ERBB4|ENPP1|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|TIMP3|SRF|VDR|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|TRAF6|THBS1|DCLK1|TXNIP|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|KRT34|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4|IGFBP5
23033 3,26E-14 5,01E-12 86 2097 259 14290 signaling pathway
NOG|LTBP2|FST|EDN1|F2RL1|L1CAM|RHOU|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|CXCR4|HMOX1|NRG1|RAB27B|FGF1|PAG1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|ARHGEF6|ARHGAP29|GEM|DDIT3|GRP|FMN2|CHRM3|EREG|DOK5|F3|VEGFA|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|IL1R1|WNT5B|FGFR3|NMI|NDN|ERBB4|OXTR|VDR|RGMB|ANGPTL1|EGF|TRAF6|THBS1|TXNIP|PLAT|BMP4|GPR155|PTPRD|BMP2|PTPRE|CBL|MET|IGF1|HGF|KDR|LAMA1|CDKN1A|CBLB|SFRP1|ATP2A2|RPS6KA2|RGS4|CD274|HBEGF|
208
MTOR|GDF15|BMP7|CACNA1A|HTR2A
23052
5,91E-14 8,63E-12 110 3128 259 14290 signaling
NOG|LTBP2|EDN1|SNCA|FST|F2RL1|L1CAM|ANKRD1|CXCL12|SHH|AGTR1|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|ANK2|UNC5B|RAB27B|PAG1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|FADD|GEM|DDIT3|TNFAIP6|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|IL1R1|FGFR4|FGFR3|WNT5B|ERBB4|VDR|ANGPTL1|TRAF6|EGF|BMP4|PLAT|GPR155|BMP2|MET|NTN4|HGF|KDR|LAMA1|CBLB|TNFSF10|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|CD274|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|NRP1|RHOU|EDNRA|EDNRB|CXCR4|HMOX1|CNTNAP3|FGF1|NRG1|CASP1|DLG1|IRAK1|NRXN3|ARHGEF6|ARID5B|ARHGAP29|CDK4|GRP|FMN2|EREG|CHRM3|TNFRSF10D|DOK5|SH3KBP1|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|DHH|WNT16|NMI|NDN|OXTR|GPRC5A|RGMB|THBS1|PIK3R2|TXNIP|PTPRD|DLGAP1|PTPRE|CBL|COL15A1|IGF1|PARK2|RPS6KA2|HBEGF|GDF15|IGFBP5|HTR2A
*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total do número de genes
constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um total N; N= total de genes do genoma humano
anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology). Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor
˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.
209
APÊNDICE K - Tabela da lista de genes da intersecção entre as duas listas das comparações senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.
CTMH/n senescentes v jovens
CTMH/inv senescentes vs jovens
Probeset ID Gene Symbol Gene Title BF p-valor Fold change BF p-valor*
Fold change
Mais Expressos
1555673_at LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,73E-10 10,35 2,21E-35 22,94
203699_s_at DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II 1,77E-05 4,02 9,43E-31 15,25
1555997_s_at IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 1,74E-06 3,68 6,73E-36 10,96
204614_at SERPINB2 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 2 6,63E-03 4,59 3,07E-20 10,07
201107_s_at THBS1 thrombospondin 1 2,16E-06 4,21 4,76E-34 9,88
226047_at MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 3,30E-08 5,08 1,55E-28 7,70
225895_at SYNPO2 synaptopodin 2 7,32E-10 6,35 1,71E-28 7,70
233533_at KRTAP1-5 keratin associated protein 1-5 1,50E-08 11,57 6,81E-21 6,68
206912_at FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 4,47E-13 9,19 9,41E-28 6,28
223315_at NTN4 netrin 4 1,24E-04 4,81 4,13E-19 5,29
206029_at ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,71E-05 11,22 6,78E-10 4,46
206825_at OXTR oxytocin receptor 3,50E-06 5,00 6,67E-13 4,29
201650_at KRT19 keratin 19 8,60E-06 4,91 3,92E-24 4,04
203895_at PLCB4 phospholipase C, beta 4 3,50E-09 5,30 7,57E-18 3,91
228407_at SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 3,44E-08 9,92 1,11E-11 3,82
223541_at HAS3 hyaluronan synthase 3 2,40E-07 5,30 3,05E-12 3,74
206969_at KRT34 keratin 34 5,46E-07 8,04 7,17E-10 3,66
210
236129_at GALNT5 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
9,84E-08 4,65 2,10E-14 3,16
Menos expressos
203000_at STMN2 stathmin-like 2 7,91E-03 8,77 3,26E-07 -3,00
235334_at ST6GALNAC3 ST6 (alpha-N-acetyl-neuraminyl-2,3-beta-galactosyl-1,3)-N-acetylgalactosaminide
6,86E-05 -3,91 2,83E-11 -3,04
214043_at PTPRD protein tyrosine phosphatase, receptor type, D 5,87E-06 -3,05 3,28E-22 -3,12
228107_at LOC100127983 hypothetical protein LOC100127983 2,63E-04 -3,50 3,32E-23 -3,45
224937_at PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 3,55E-08 -5,57 5,28E-19 -3,55
227276_at PLXDC2 plexin domain containing 2 9,29E-05 -3,97 7,51E-25 -3,73
207536_s_at TNFRSF9 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9 4,73E-03 -3,46 1,57E-18 -4,03
235557_at GPAT2 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial 2,07E-05 -3,44 3,23E-25 -4,23
201397_at PHGDH phosphoglycerate dehydrogenase 6,31E-03 -3,40 1,52E-17 -5,30
228827_at RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related)
7,81E-11 -7,27 3,10E-27 -9,20
203423_at RBP1 retinol binding protein 1, cellular 2,00E-12 -8,74 7,47E-38 -15,17
207302_at SGCG sarcoglycan, gamma (35kDa dystrophin-associated glycoprotein)
5,52E-07 -6,45 8,66E-39 -20,14
*p-valores com correção Bonferroni (ANOVA).
211
Intersecção entre as comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e de CTMH/inv
Função celular e molecular Moléculas
Cell Growth and proliferation cell 10
Cellular Development 10
Cell Death 9
Embrionic development 8
Cell to cell signaling and interation 6
Conective Tissue Development and Function 6
Cellular Movement 5
Cell cycle 5
Small molecule Biochemistry 5
Protein Syntesis 4
Cell morphology 4
Cellular Function and Maintenance 4
Carbohydrate Metabolism 3
Cellular Assembly and Organization 3
Lipid Metabolism 2
Drug Metabolism 2
Cellular Compromise 2
APÊNDICE L – Tabela da classificação funcional da lista dos 30 genes comuns em ambas as
listas das comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.
212
APÊNDICE M - Tabela da anotação funcional das cinco categorias mais enriquecidas com menor p-valor dos 30 genes comuns em ambas as listas das
comparações Senescentes vs jovens de CTMH/n e CTMH/inv.
Functions annotation p-Value Molecules # Molecules
Cell death
Cell death 3,77E-02
ANKRD1,IGFBP5,KRT19 (human),NTN4,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1,TNFRSF9 9
Cell viability 8,54E-04
KRT19 (human),NTN4,RBP1,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1,TNFRSF9 7
Cell viability of skin cell lines 1,46E-04 NTN4,THBS1 2
Cell viability of endothelial cell lines 3,67E-04 NTN4,THBS1 2
Cell viability of blood cells 1,41E-02 RUNX1T1,TNFRSF9 2
Initiation of apoptosis 2,64E-02 THBS1,TNFRSF9 2
Inhibition of apoptosis 3,31E-02 SERPINB2,THBS1 2
Delay in apoptosis of lymphoma cell lines 4,12E-03 RUNX1T1 1
Cell viability of monocytes 1,03E-02 TNFRSF9 1
Cell viability of breast cell lines 1,64E-02 RBP1 1
Permeability of endothelial cell lines 2,85E-02 NTN4 1
Apoptosis of microvascular endothelial cells 4,45E-02 THBS1 1
Cell-to-cell signaling and interaction
Binding of cells 3,76E-03 HAS3,IGFBP5,OXTR,THBS1 4
Binding of tumor cell lines 3,14E-03 HAS3,OXTR,THBS1 3
Adhesion of tumor cell lines 9,79E-03 HAS3,SERPINB2,THBS1 3
Binding of breast cancer cell lines 8,40E-04 OXTR,THBS1 2
Adhesion of endothelial cell lines 1,01E-03 NTN4,THBS1 2
Adhesion of streptococcus pyogenes 2,06E-03 THBS1 1 Adhesion of squamous cell carcinoma cell lines 2,06E-03 THBS1 1
Synaptogenesis of retinal ganglion cells 2,06E-03 THBS1 1
Binding of mammary tumor cells 4,12E-03 IGFBP5 1
213
Stimulation of skin cancer cell lines 4,12E-03 THBS1 1
Phagocytosis of fibroblastos 6,18E-03 THBS1 1
Activation of skin cancer cell lines 8,23E-03 THBS1 1
Adhesion of melanoma cells 8,23E-03 THBS1 1
Adhesion of bone marrow cell lines 1,44E-02 THBS1 1
Adhesion of skin cell lines 1,64E-02 NTN4 1
Disassembly of focal adhesions 1,84E-02 THBS1 1
Adhesion of microvascular endothelial cells 2,05E-02 THBS1 1
Secretion of 5-hydroxytryptamine 2,05E-02 THBS1 1
Adhesion of carcinoma cell lines 2,45E-02 THBS1 1
Adhesion of lung cancer cell lines 2,65E-02 THBS1 1
Binding of prostate cancer cell lines 3,25E-02 HAS3 1
Activation of macrophages 4,65E-02 THBS1 1
Activation of blood platelets 4,84E-02 THBS1 1
Adhesion of prostate cancer cell lines 4,84E-02 HAS3 1
Cellular development
Proliferation of tumor cell lines 3,83E-02 HAS3,IGFBP5,OXTR,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1 6
Differentiation of cells 3,60E-02 IGFBP5,RUNX1T1,SERPINB2,STMN2 4
Differentiation of tumor cell lines 6,23E-03 IGFBP5,RUNX1T1,SERPINB2 3
Proliferation of prostate cancer cell lines 8,16E-03 HAS3,IGFBP5,OXTR 3
Proliferation of blood cells 1,79E-02 RUNX1T1,THBS1,TNFRSF9 3
Proliferation of skin cell lines 9,23E-04 NTN4,THBS1 2
Expansion of blood cells 3,51E-03 RUNX1T1,TNFRSF9 2
Proliferation of endothelial cell lines 8,11E-03 NTN4,THBS1 2
Proliferation of embryonic cell lines 9,84E-03 OXTR,SCUBE3 2
Proliferation of smooth muscle cells 1,06E-02 IGFBP5,THBS1 2
Proliferation of kidney cell lines 1,50E-02 OXTR,SCUBE3 2
Differentiation of leukemia cell lines 1,72E-02 RUNX1T1,SERPINB2 2
Proliferation of epithelial cell lines 2,11E-02 OXTR,SCUBE3 2
Proliferation of endothelial cells 4,42E-02 HAS3,THBS1 2
Proliferation of t lymphocytes 4,61E-02 THBS1,TNFRSF9 2
Arrest in differentiation of granulocytes 2,06E-03 RUNX1T1 1
Arrest in differentiation of lymphoma cell 2,06E-03 RUNX1T1 1
214
lines
Synaptogenesis of retinal ganglion cells 2,06E-03 THBS1 1
Expansion of erythroid cells 4,12E-03 RUNX1T1 1
Proliferation of small cell lung cancer cells 8,23E-03 THBS1 1 Epithelial-mesenchymal transition of lung cancer cell lines 1,03E-02 SCUBE3 1 Epithelial-mesenchymal transition of carcinoma cell lines 1,23E-02 SCUBE3 1
Proliferation of monocytes 1,23E-02 TNFRSF9 1
Differentiation of myeloid progenitor cells 1,64E-02 RUNX1T1 1
Proliferation of osteoblastos 3,25E-02 IGFBP5 1
Differentiation of neuroblastoma cell lines 4,05E-02 IGFBP5 1
Proliferation of skin cancer cell lines 4,65E-02 THBS1 1
Cellular growth and proliferation
Proliferation of tumor cell lines 3,83E-02 HAS3,IGFBP5,OXTR,RUNX1T1,SERPINB2,THBS1 6
Proliferation of prostate cancer cell lines 8,16E-03 HAS3,IGFBP5,OXTR 3
Proliferation of blood cells 1,79E-02 RUNX1T1,THBS1,TNFRSF9 3
Proliferation of skin cell lines 9,23E-04 NTN4,THBS1 2
Expansion of blood cells 3,51E-03 RUNX1T1,TNFRSF9 2
Proliferation of endothelial cell lines 8,11E-03 NTN4,THBS1 2
Proliferation of embryonic cell lines 9,84E-03 OXTR,SCUBE3 2
Proliferation of smooth muscle cells 1,06E-02 IGFBP5,THBS1 2
Proliferation of kidney cell lines 1,50E-02 OXTR,SCUBE3 2
Proliferation of epithelial cell lines 2,11E-02 OXTR,SCUBE3 2
Proliferation of endothelial cells 4,42E-02 HAS3,THBS1 2
Proliferation of t lymphocytes 4,61E-02 THBS1,TNFRSF9 2
Expansion of erythroid cells 4,12E-03 RUNX1T1 1
Formation of thyroid cells 4,12E-03 THBS1 1
Stimulation of skin cancer cell lines 4,12E-03 THBS1 1
Proliferation of small cell lung cancer cells 8,23E-03 THBS1 1
Proliferation of monocytes 1,23E-02 TNFRSF9 1
Colony formation of erythroid cells 1,44E-02 RUNX1T1 1
Colony formation of hepatoma cell lines 1,64E-02 ANKRD1 1
215
Proliferation of osteoblastos 3,25E-02 IGFBP5 1
Proliferation of skin cancer cell lines 4,65E-02 THBS1 1
Cellular movement
Cell movement of skin cell lines 1,72E-03 NTN4,THBS1 2
Migration of smooth muscle cells 3,68E-03 IGFBP5,THBS1 2
Cell movement of endothelial cell lines 6,52E-03 NTN4,THBS1 2
Migration of endothelial cells 4,81E-02 HAS3,THBS1 2
Cell flattening of t lymphocytes 2,06E-03 THBS1 1
Mobility of adenocarcinoma cell lines 2,06E-03 SCUBE3 1 Chemotaxis of microvascular endothelial cells 6,18E-03 THBS1 1
Mobility of carcinoma cell lines 6,18E-03 SCUBE3 1
Mobility of lung cancer cell lines 6,18E-03 SCUBE3 1
Chemotaxis of smooth muscle cells 1,44E-02 THBS1 1
Invasion of adenocarcinoma cell lines 1,44E-02 SCUBE3 1
Chemotaxis of skin cell lines 1,64E-02 THBS1 1
Migration of fibroblasts 2,45E-02 THBS1 1
Chemotaxis of endothelial cell lines 2,65E-02 THBS1 1
Migration of ovarian cancer cell lines 4,25E-02 HAS3 1
Migration of skin cell lines 4,45E-02 NTN4 1
216
APÊNDICE N – Tabela de genes diferencialmente expressos em CTMH/inv jovens na comparação entre as CTMH/inv vs CTMH/n
jovens, ranqueados do maior para o menor Fold Change.
CTMH/inv vs CTMH/n Jovens
Mais espressos
Entrez Gene Gene Symbol Gene Title p-value BF*
Fold Change
216 ALDH1A1 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 2,30E-21 26,1744
6422 SFRP1 secreted frizzled-related protein 1 2,00E-29 19,1773
3918 LAMC2 laminin, gamma 2 5,89E-32 14,4033
3113 HLA-DPA1 major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1 9,12E-27 10,2371
4312 MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) 7,99E-11 8,79661
27063 ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,07E-08 8,77528
260436 C4orf7 chromosome 4 open reading frame 7 1,72E-25 7,86496
2202 EFEMP1 EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 2,12E-14 7,53702
8076 MFAP5 microfibrillar associated protein 5 4,21E-17 7,38419
59277 NTN4 netrin 4 5,43E-13 7,1124
2304 FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 3,14E-18 7,04331
6364 CCL20 chemokine (C-C motif) ligand 20 2,06E-08 7,0294
3356 HTR2A 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2A 3,74E-21 6,86942
1846 DUSP4 dual specificity phosphatase 4 2,46E-14 6,69553
56256 SERTAD4 SERTA domain containing 4 1,32E-19 6,07955
64399 HHIP hedgehog interacting protein 1,63E-18 5,93659
2591 GALNT3 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1,51E-12 5,80196
26577 PCOLCE2 procollagen C-endopeptidase enhancer 2 2,39E-20 5,46642
6192 RPS4Y1 ribosomal protein S4, Y-linked 1 1,31E-31 5,461
730755 LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,41E-11 5,25427
217
130340 AP1S3 adaptor-related protein complex 1, sigma 3 subunit 4,72E-19 4,85569
3226 HOXC10 homeobox C10 1,81E-15 4,75863
1272 CNTN1 Contactin 1 1,94E-14 4,73638
6387 CXCL12 chemokine (C-X-C motif) ligand 12 1,01E-09 4,50266
8653 DDX3Y DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 3, Y-linked 2,22E-25 4,41384
2167 FABP4 fatty acid binding protein 4, adipocyte 9,37E-16 4,3772
222663 SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 4,89E-07 4,3245
574036 C1orf133 chromosome 1 open reading frame 133 7,49E-20 4,30805
22829 NLGN4Y neuroligin 4, Y-linked 2,20E-17 4,25777
27242 TNFRSF21 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 21 6,51E-16 4,18942
4684 NCAM1 neural cell adhesion molecule 1 2,35E-19 4,13071
9086 EIF1AY eukaryotic translation initiation factor 1A, Y-linked 3,11E-26 4,05634
149111 CNIH3 cornichon homolog 3 (Drosophila) 1,78E-07 4,04554
644246 LOC644246 hypothetical LOC644246 7,50E-15 4,02313
139065 SLITRK4 SLIT and NTRK-like family, member 4 3,30E-07 4,01924
164781 WDR69 WD repeat domain 69 5,58E-11 4,00103
7035 TFPI tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) 3,23E-12 3,89511
56911 C21orf7 chromosome 21 open reading frame 7 6,41E-13 3,87198
8671 SLC4A4 solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 4 1,95E-17 3,80072
1525 CXADR coxsackie virus and adenovirus receptor 8,19E-10 3,75833
4982 TNFRSF11B tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b 6,38E-12 3,65423
728613 LOC728613 programmed cell death 6 pseudogene 9,82E-15 3,65123
92949 ADAMTSL1 ADAMTS-like 1 6,84E-13 3,61217
1306 COL15A1 collagen, type XV, alpha 1 7,31E-14 3,61213
5327 PLAT plasminogen activator, tissue 2,18E-18 3,59714
54879 ST7L suppression of tumorigenicity 7 like 1,10E-15 3,47925
1288 COL4A6 collagen, type IV, alpha 6 3,63E-13 3,41602
6783 SULT1E1 sulfotransferase family 1E, estrogen-preferring, member 1 2,48E-15 3,40958
218
400713 ZNF880 zinc finger protein 880 7,70E-15 3,38601
10586 MAB21L2 mab-21-like 2 (C. elegans) 4,73E-16 3,36096
6857 SYT1 synaptotagmin I 6,21E-08 3,32606
6696 SPP1 secreted phosphoprotein 1 2,68E-03 3,28384
9076 CLDN1 claudin 1 9,25E-04 3,27211
4071 TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 1,14E-10 3,23899 3481 /// 723961
IGF2 /// INS-IGF2 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) /// INS-IGF2 readthrough transcript 3,82E-10 3,20307
7851 MALL mal, T-cell differentiation protein-like 2,99E-10 3,20126
3075 /// 3078 CFH /// CFHR1 complement factor H /// complement factor H-related 1 8,96E-12 3,1965
9760 TOX thymocyte selection-associated high mobility group box 1,68E-08 3,16503
9829 DNAJC6 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 6 6,67E-12 3,16467
85480 TSLP thymic stromal lymphopoietin 6,33E-06 3,14111
87769 A2LD1 AIG2-like domain 1 7,00E-18 3,13836
22822 PHLDA1 pleckstrin homology-like domain, family A, member 1 3,65E-12 3,13348
1346 COX7A1 cytochrome c oxidase subunit VIIa polypeptide 1 (muscle) 5,89E-18 3,08291
100124700 HOTAIR hox transcript antisense RNA (non-protein coding) 1,75E-14 3,08021
56479 KCNQ5 potassium voltage-gated channel, KQT-like subfamily, member 5 7,42E-08 3,06021
9732 DOCK4 dedicator of cytokinesis 4 1,46E-10 3,01686
50863 NTM Neurotrimin 2,17E-08 3,01287
131566 DCBLD2 Discoidin, CUB and LCCL domain containing 2 2,61E-12 3,00745
Menos expressos
7503 XIST X (inactive)-specific transcript (non-protein coding) 1,02E-34 -7,04289
4692 NDN necdin homolog (mouse) 4,83E-28 -6,29509
55859 BEX1 brain expressed, X-linked 1 2,45E-24 -6,10636
4081 MAB21L1 mab-21-like 1 (C. elegans) 4,64E-17 -5,26257
54898 ELOVL2 elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)-like 2 2,55E-10 -4,88942
8942 KYNU kynureninase (L-kynurenine hydrolase) 1,07E-14 -4,88697
219
10335 MRVI1 murine retrovirus integration site 1 homolog 1,50E-14 -4,34172
136 ADORA2B adenosine A2b receptor 2,43E-24 -4,2307
6228 RPS23 ribosomal protein S23 5,52E-15 -4,17474
6354 CCL7 chemokine (C-C motif) ligand 7 1,36E-08 -4,1251
56271 BEX4 brain expressed, X-linked 4 2,58E-14 -3,98833
59 ACTA2 Actin, alpha 2, smooth muscle, aorta 3,89E-07 -3,84535
9315 C5orf13 chromosome 5 open reading frame 13 2,87E-19 -3,78505
5021 OXTR oxytocin receptor 1,54E-08 -3,71503
399491 LOC399491 GPS, PLAT and transmembrane domain-containing protein 2,09E-12 -3,59603
2023 ENO1 enolase 1, (alpha) 2,79E-03 -3,58285
55384 MEG3 maternally expressed 3 (non-protein coding) 4,26E-06 -3,49976
57718 PPP4R4 protein phosphatase 4, regulatory subunit 4 2,03E-12 -3,4238
2626 GATA4 GATA binding protein 4 2,81E-07 -3,32781
171024 SYNPO2 synaptopodin 2 4,02E-06 -3,26304
83857 TMTC1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 1 2,89E-06 -3,22966
2560 GABRB1 gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, beta 1 2,08E-07 -3,2186
50486 G0S2 G0/G1switch 2 2,76E-03 -3,16497
1513 CTSK cathepsin K 1,03E-08 -3,16065
9643 MORF4L2 Mortality factor 4 like 2 2,08E-05 -3,01646 *p-valor corrigidos por Bonferroni (ANOVA).
220
APÊNDICE O – Tabela da lista de genes diferencialmente expressos entre CTMH/inv senescentes vs CTMH/n senescentes.
CTMH/inv vs CTMH Senescentes
Entrez Gene Gene Symbol Gene Title p-value BF* Fold change
Mais expressos
4312 MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) 2,45E-25 96,6301
216 ALDH1A1 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 7,30E-26 56,2836
6422 SFRP1 secreted frizzled-related protein 1 2,62E-34 39,0669
730755 LOC730755 keratin associated protein 2-4-like 1,05E-23 22,0128
3897 L1CAM L1 cell adhesion molecule 8,32E-31 21,3267
4879 NPPB natriuretic peptide B 1,37E-22 20,6459
6328 SCN3A sodium channel, voltage-gated, type III, alpha subunit 1,04E-25 20,1669
5067 CNTN3 contactin 3 (plasmacytoma associated) 3,41E-32 19,5117
3918 LAMC2 laminin, gamma 2 1,75E-33 17,3405
256691 MAMDC2 MAM domain containing 2 2,29E-21 16,9176
1404 HAPLN1 hyaluronan and proteoglycan link protein 1 6,00E-16 16,7884
389336 C5orf46 chromosome 5 open reading frame 46 9,86E-25 16,3464
64399 HHIP hedgehog interacting protein 9,92E-30 16,3091
100124700 HOTAIR hox transcript antisense RNA (non-protein coding) 1,25E-33 16,1935
3226 HOXC10 homeobox C10 1,85E-27 16,1698
205 AK4 adenylate kinase 4 5,66E-30 16,0519
728613 LOC728613 programmed cell death 6 pseudogene 1,79E-29 13,8879
4741 NEFM neurofilament, medium polypeptide 4,81E-25 13,7263
27063 ANKRD1 ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) 1,32E-11 13,4826
3814 KISS1 KiSS-1 metastasis-suppressor 5,22E-25 13,2696
5350 PLN Phospholamban 1,56E-15 13,0404
84293 C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58 2,02E-16 12,5807
221
6542 SLC7A2 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 2
3,33E-19 12,1714
9829 DNAJC6 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 6 3,03E-27 11,93
1525 CXADR coxsackie virus and adenovirus receptor 1,68E-21 11,8676
203447 NRK Nik related kinase 4,21E-32 11,6697
400043 LOC400043 hypothetical LOC400043 2,92E-16 11,5853
59277 NTN4 netrin 4 4,41E-17 11,4886
23705 CADM1 cell adhesion molecule 1 5,44E-24 10,9342
29126 CD274 CD274 molecule 1,17E-16 10,4025
343450 KCNT2 potassium channel, subfamily T, member 2 6,05E-21 9,65584
1950 EGF epidermal growth fator 6,99E-22 9,31693
285704 RGMB RGM domain family, member B 1,39E-17 9,01317
55711 FAR2 Fatty acyl CoA reductase 2 4,89E-27 8,60828
7164 TPD52L1 tumor protein D52-like 1 1,11E-20 8,45075
1284 COL4A2 collagen, type IV, alpha 2 5,28E-14 8,33256
4973 OLR1 oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1 1,51E-20 7,72385
2591 GALNT3 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
2,83E-15 7,7065
27242 TNFRSF21 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 21 6,49E-23 7,57155
2922 GRP gastrin-releasing peptide 4,93E-14 7,50514
3983 ABLIM1 actin binding LIM protein 1 5,80E-24 7,33942
1410 CRYAB crystallin, alpha B 4,61E-14 6,88616
5999 RGS4 regulator of G-protein signaling 4 2,50E-14 6,68146
8490 RGS5 regulator of G-protein signaling 5 6,41E-22 6,66255
57419 SLC24A3 solute carrier family 24 (sodium/potassium/calcium exchanger), member 3 1,76E-23 6,57076
590 BCHE Butyrylcholinesterase 3,28E-19 6,51377
654433 LOC654433 hypothetical LOC654433 5,01E-25 6,42081
1839 HBEGF heparin-binding EGF-like growth factor 1,14E-22 6,39469
222
56241 SUSD2 sushi domain containing 2 7,69E-21 6,33222
1006 CDH8 cadherin 8, type 2 1,09E-25 6,32761
7163 TPD52 tumor protein D52 4,19E-18 6,29187
1906 EDN1 endothelin 1 5,62E-22 6,19263
84159 ARID5B AT rich interactive domain 5B (MRF1-like) 7,85E-18 6,02746
144165 PRICKLE1 prickle homolog 1 (Drosophila) 4,83E-25 5,97265
9241 NOG Noggin 8,91E-10 5,69388
4071 TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 2,46E-14 5,63546
9411 ARHGAP29 Rho GTPase activating protein 29 2,81E-19 5,57186
90102 PHLDB2 pleckstrin homology-like domain, family B, member 2 1,22E-08 5,46833
1131 CHRM3 cholinergic receptor, muscarinic 3 2,18E-16 5,45051
84570 COL25A1 collagen, type XXV, alpha 1 3,84E-13 5,44825
3488 IGFBP5 insulin-like growth factor binding protein 5 9,05E-13 5,3603
2304 FOXE1 forkhead box E1 (thyroid transcription factor 2) 3,92E-15 5,27988
2953 GSTT2 glutathione S-transferase theta 2 1,13E-20 5,25695
5738 PTGFRN prostaglandin F2 receptor negative regulator 1,37E-13 5,18247
4982 TNFRSF11B tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b 3,43E-16 5,14099
8076 MFAP5 microfibrillar associated protein 5 2,90E-13 5,10198
28638 /// 28639 TRBC1 /// TRBC2 T cell receptor beta constant 1 /// T cell receptor beta constant 2 4,47E-14 5,08197
1824 DSC2 desmocollin 2 2,40E-18 5,0543
8745 ADAM23 ADAM metallopeptidase domain 23 3,08E-21 5,05061
3481 /// 723961 IGF2 /// INS-IGF2 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) /// INS-IGF2 readthrough transcript
1,05E-15 4,92893
185 AGTR1 angiotensin II receptor, type 1 6,94E-15 4,90909
10396 ATP8A1 ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1 3,62E-21 4,85526
9052 GPRC5A G protein-coupled receptor, family C, group 5, member A 1,71E-20 4,78254
1739 DLG1 discs, large homolog 1 (Drosophila) 1,48E-10 4,75775
80380 PDCD1LG2 programmed cell death 1 ligand 2 2,99E-13 4,74131
223
7042 TGFB2 transforming growth factor, beta 2 1,60E-12 4,65836
153769 SH3RF2 SH3 domain containing ring finger 2 4,00E-17 4,64978
56256 SERTAD4 SERTA domain containing 4 2,38E-16 4,6266
58494 JAM2 junctional adhesion molecule 2 1,79E-12 4,58682
83481 EPPK1 epiplakin 1 5,20E-17 4,57703
100505470 /// 646576
LOC100505470 /// LOC646576
hypothetical LOC100505470 /// hypothetical LOC646576 2,92E-14 4,53172
131368 ZPLD1 zona pellucida-like domain containing 1 1,67E-12 4,52553
116984 ARAP2 ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 2,47E-14 4,49183
5327 PLAT plasminogen activator, tissue 1,41E-21 4,46367
222663 SCUBE3 signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 2,47E-07 4,46227
2321 FLT1 fms-related tyrosine kinase 1 (vascular endothelial growth factor/vascular permea
5,52E-10 4,46141
6160 RPL31 ribosomal protein L31 2,09E-18 4,44763
26577 PCOLCE2 procollagen C-endopeptidase enhancer 2 1,15E-17 4,42416
400360 C15orf54 chromosome 15 open reading frame 54 5,76E-17 4,41239
79966 SCD5 stearoyl-CoA desaturase 5 1,20E-18 4,3752
1272 CNTN1 Contactin 1 1,98E-13 4,35623
3113 HLA-DPA1 major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1 3,94E-17 4,33503
79937 CNTNAP3 contactin associated protein-like 3 9,55E-15 4,31896
5255 PHKA1 phosphorylase kinase, alpha 1 (muscle) 3,20E-18 4,2578
222658 KCTD20 potassium channel tetramerisation domain containing 20 1,21E-22 4,24464
285628 LOC285628 hypothetical protein LOC285628 1,69E-06 4,19179
5552 SRGN Serglycin 5,18E-17 4,16015
10085 EDIL3 EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3 7,94E-08 4,14482
23327 NEDD4L neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like 4,91E-15 4,13967
60494 CCDC81 coiled-coil domain containing 81 3,30E-11 4,04453
171024 SYNPO2 synaptopodin 2 3,08E-13 3,99263
224
2273 FHL1 four and a half LIM domains 1 5,78E-10 3,93926
8793 TNFRSF10D tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10d, decoy with truncated deat
4,74E-17 3,87082
353322 ANKRD37 ankyrin repeat domain 37 6,64E-15 3,83403
3589 IL11 interleukin 11 3,35E-12 3,81313
10100 TSPAN2 tetraspanin 2 1,74E-12 3,79212
894 CCND2 cyclin D2 3,60E-14 3,79202
130576 LYPD6B LY6/PLAUR domain containing 6B 2,28E-16 3,78424
358 AQP1 aquaporin 1 (Colton blood group) 1,35E-13 3,77163
4162 MCAM melanoma cell adhesion molecule 3,40E-20 3,76729
157638 FAM84B family with sequence similarity 84, member B 9,44E-07 3,75514
10586 MAB21L2 mab-21-like 2 (C. elegans) 1,06E-17 3,74137
1827 RCAN1 regulator of calcineurin 1 1,79E-08 3,73659
540 ATP7B ATPase, Cu++ transporting, beta polypeptide 6,84E-19 3,73335
182 JAG1 jagged 1 1,10E-13 3,70545
55861 /// 767557 /// 90196
DBNDD2 /// SYS1 /// SYS1-DBNDD2
dysbindin (dystrobrevin binding protein 1) domain containing 2 /// SYS1 Golgi-loc
2,98E-20 3,6737
861 RUNX1 runt-related transcription factor 1 1,47E-18 3,65248
3059 HCLS1 hematopoietic cell-specific Lyn substrate 1 1,07E-16 3,65028
386618 KCTD4 potassium channel tetramerisation domain containing 4 6,75E-12 3,61333
800 CALD1 caldesmon 1 3,80E-05 3,59851
5357 PLS1 plastin 1 1,63E-15 3,59025
2892 GRIA3 glutamate receptor, ionotrophic, AMPA 3 8,95E-15 3,58865
79642 ARSJ arylsulfatase family, member J 4,56E-22 3,58483
143098 MPP7 membrane protein, palmitoylated 7 (MAGUK p55 subfamily member 7) 9,50E-16 3,55506
9843 HEPH Hephaestin 1,67E-16 3,5293
4781 NFIB nuclear factor I/B 9,50E-12 3,5117
3371 TNC tenascin C 6,79E-17 3,50049
225
9508 ADAMTS3 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 3 5,58E-10 3,45227
1008 CDH10 cadherin 10, type 2 (T2-cadherin) 2,65E-15 3,44412
64283 RGNEF 190 kDa guanine nucleotide exchange factor 1,60E-08 3,40782
773 CACNA1A calcium channel, voltage-dependent, P/Q type, alpha 1A subunit 8,17E-15 3,39945
1825 DSC3 desmocollin 3 3,55E-18 3,32568
1948 EFNB2 ephrin-B2 8,30E-13 3,30776
25797 QPCT glutaminyl-peptide cyclotransferase 1,43E-11 3,29213
158038 LINGO2 leucine rich repeat and Ig domain containing 2 4,99E-11 3,27479
3911 LAMA5 laminin, alpha 5 1,23E-16 3,2475
1295 COL8A1 collagen, type VIII, alpha 1 9,83E-05 3,24208
2621 GAS6 growth arrest-specific 6 2,71E-17 3,23332
6444 SGCD sarcoglycan, delta (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) 2,82E-08 3,22708
9123 SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (monocarboxylic acid transporter 4) 3,69E-05 3,22673
152573 SHISA3 shisa homolog 3 (Xenopus laevis) 1,72E-18 3,20652
11010 GLIPR1 GLI pathogenesis-related 1 2,64E-22 3,20296
1601 DAB2 disabled homolog 2, mitogen-responsive phosphoprotein (Drosophila) 0,001301156 3,20156
80177 MYCT1 myc target 1 1,83E-08 3,19443
2042 EPHA3 EPH receptor A3 2,86E-11 3,1912
50804 MYEF2 myelin expression factor 2 4,30E-14 3,18606
2246 FGF1 fibroblast growth factor 1 (acidic) 2,47E-12 3,18361
10580 SORBS1 sorbin and SH3 domain containing 1 1,08E-14 3,15278
64866 CDCP1 CUB domain containing protein 1 1,50E-08 3,14719
5332 PLCB4 phospholipase C, beta 4 3,12E-06 3,14375
64750 SMURF2 SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2 9,86E-09 3,10896
51384 WNT16 wingless-type MMTV integration site family, member 16 1,73E-09 3,09481
100130967 C6orf99 chromosome 6 open reading frame 99 1,68E-11 3,08793
51700 CYB5R2 cytochrome b5 reductase 2 6,32E-18 3,07171
54873 PALMD Palmdelphin 7,69E-18 3,04127
226
4345 CD200 CD200 molecule 1,99E-08 3,02666
2357 FPR1 formyl peptide receptor 1 2,96E-11 3,01313
1832 DSP Desmoplakin 2,47E-06 3,00967
Menos expressos
3082 HGF hepatocyte growth factor (hepapoietin A; scatter factor) 2,37E-31 -37,7134
90865 IL33 interleukin 33 8,66E-20 -36,865
50486 G0S2 G0/G1switch 2 2,01E-27 -28,6178
55816 DOK5 docking protein 5 2,00E-26 -27,8488
8942 KYNU kynureninase (L-kynurenine hydrolase) 2,15E-28 -21,6892
7130 TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 4,26E-23 -18,5556
4692 NDN necdin homolog (mouse) 5,67E-38 -17,2732
9358 ITGBL1 integrin, beta-like 1 (with EGF-like repeat domains) 3,93E-22 -15,9321
10234 LRRC17 leucine rich repeat containing 17 7,51E-26 -15,1663
1116 CHI3L1 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) 1,86E-09 -14,5364
2150 F2RL1 coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1 7,91E-19 -14,3471
2625 GATA3 GATA binding protein 3 6,13E-28 -13,6379
114769 CARD16 caspase recruitment domain family, member 16 4,98E-26 -13,4806
100132891 LOC100132891 hypothetical LOC100132891 5,67E-23 -12,0172
83857 TMTC1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 1 1,08E-17 -11,8544
5648 MASP1 mannan-binding lectin serine peptidase 1 (C4/C2 activating component of Ra-reacti
6,81E-28 -11,6694
8673 VAMP8 vesicle-associated membrane protein 8 (endobrevin) 8,49E-27 -11,6281
10788 IQGAP2 IQ motif containing GTPase activating protein 2 1,17E-15 -10,6731
11075 STMN2 stathmin-like 2 5,21E-12 -10,6187
10457 GPNMB glycoprotein (transmembrane) nmb 1,13E-08 -10,5814
715 C1R complement component 1, r subcomponent 7,07E-21 -10,4225
4675 NAP1L3 nucleosome assembly protein 1-like 3 1,70E-23 -10,1453
3437 IFIT3 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 9,78E-12 -9,91912
227
1545 CYP1B1 cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1 2,33E-09 -9,05579
26471 NUPR1 nuclear protein, transcriptional regulator, 1 2,84E-13 -8,98737
144455 E2F7 E2F transcription factor 7 8,10E-20 -8,9307
834 CASP1 caspase 1, apoptosis-related cysteine peptidase (interleukin 1, beta, convertase)
2,74E-22 -8,73738
6354 CCL7 chemokine (C-C motif) ligand 7 1,04E-15 -8,538
29995 LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 2,12E-23 -8,22886
9582 APOBEC3B apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3B 1,88E-12 -7,87537
10194 TSHZ1 teashirt zinc finger homeobox 1 5,25E-19 -7,66108
10468 FST Follistatin 1,06E-26 -7,51366
727936 GXYLT2 glucoside xylosyltransferase 2 4,67E-25 -7,46392
3434 IFIT1 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 4,50E-05 -7,40654
115207 KCTD12 potassium channel tetramerisation domain containing 12 2,78E-21 -7,33004
136 ADORA2B adenosine A2b receptor 3,12E-31 -7,17501
55075 UACA uveal autoantigen with coiled-coil domains and ankyrin repeats 5,64E-33 -7,11174
284217 LAMA1 laminin, alpha 1 6,52E-12 -6,7933
5740 PTGIS prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase 1,48E-16 -6,52039
3357 HTR2B 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2B 2,18E-08 -6,49987
10082 GPC6 glypican 6 8,42E-17 -6,42502
85477 SCIN Scinderin 4,71E-06 -6,35289
4311 MME membrane metallo-endopeptidase 3,54E-20 -6,35099
860 RUNX2 runt-related transcription factor 2 1,05E-17 -6,24807
79695 GALNT12 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
6,34E-20 -6,22537
55089 SLC38A4 solute carrier family 38, member 4 1,09E-14 -6,14599
94240 EPSTI1 epithelial stromal interaction 1 (breast) 1,39E-11 -6,10991
25893 TRIM58 tripartite motif-containing 58 1,24E-14 -6,08121
54898 ELOVL2 elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)-like 2 1,70E-12 -6,08066
228
1959 EGR2 early growth response 2 1,15E-05 -6,03208
1123 CHN1 chimerin (chimaerin) 1 2,53E-28 -6,02721
57194 ATP10A ATPase, class V, type 10A 4,23E-18 -5,93013
2294 FOXF1 forkhead box F1 1,37E-27 -5,91731
3161 HMMR hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) 1,74E-10 -5,91415
23024 PDZRN3 PDZ domain containing ring finger 3 1,98E-12 -5,90235
389834 LOC389834 ankyrin repeat domain 57 pseudogene 2,90E-21 -5,85378
56271 BEX4 brain expressed, X-linked 4 4,90E-19 -5,845
10516 FBLN5 fibulin 5 4,89E-14 -5,80767
23421 ITGB3BP integrin beta 3 binding protein (beta3-endonexin) 8,24E-17 -5,80648
27346 TMEM97 transmembrane protein 97 9,68E-21 -5,71228
55824 PAG1 phosphoprotein associated with glycosphingolipid microdomains 1 1,21E-13 -5,6985
9077 DIRAS3 DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3 2,27E-09 -5,66888
1033 CDKN3 cyclin-dependent kinase inhibitor 3 1,14E-05 -5,62609
84620 ST6GAL2 ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 2 9,79E-17 -5,59987
283208 P4HA3 prolyl 4-hydroxylase, alpha polypeptide III 1,29E-17 -5,57949
5793 PTPRG protein tyrosine phosphatase, receptor type, G 1,76E-18 -5,54889
2626 GATA4 GATA binding protein 4 7,02E-13 -5,51422
84561 SLC12A8 solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 8 4,38E-15 -5,51033
25840 METTL7A methyltransferase like 7ª 5,19E-14 -5,4539
83716 CRISPLD2 cysteine-rich secretory protein LCCL domain containing 2 4,82E-17 -5,43596
58189 WFDC1 WAP four-disulfide core domain 1 1,43E-06 -5,42781
5673 PSG5 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 1,07E-05 -5,39071
9314 KLF4 Kruppel-like factor 4 (gut) 1,57E-07 -5,36634
6563 SLC14A1 solute carrier family 14 (urea transporter), member 1 (Kidd blood group) 8,05E-12 -5,34307
2669 GEM GTP binding protein overexpressed in skeletal muscle 9,55E-17 -5,27515
80031 SEMA6D sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D
4,40E-17 -5,2369
229
3294 HSD17B2 hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 2 4,12E-12 -5,2137
10112 KIF20A kinesin family member 20ª 4,18E-07 -5,03822
5698 PSMB9 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 9 (large multifunctional pept
5,39E-15 -5,03317
401494 PTPLAD2 protein tyrosine phosphatase-like A domain containing 2 8,46E-22 -4,93447
25878 MXRA5 matrix-remodelling associated 5 3,11E-06 -4,91685
716 C1S complement component 1, s subcomponent 5,32E-12 -4,91257
3638 INSIG1 insulin induced gene 1 2,33E-10 -4,89585
6943 TCF21 transcription factor 21 6,56E-14 -4,8901
54331 GNG2 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 2,64E-20 -4,89005
4685 NCAM2 neural cell adhesion molecule 2 7,05E-15 -4,87759
7045 TGFBI transforming growth factor, beta-induced, 68kDa 2,23E-25 -4,78415
83666 PARP9 poly (ADP-ribose) polymerase family, member 9 1,57E-10 -4,73708
991 CDC20 cell division cycle 20 homolog (S. cerevisiae) 1,13E-05 -4,73213
91607 SLFN11 schlafen family member 11 8,15E-18 -4,70239
1958 EGR1 Early growth response 1 8,55E-13 -4,70173
890 CCNA2 cyclin A2 8,29E-06 -4,61152
339803 LOC339803 hypothetical LOC339803 3,73E-16 -4,60033
4651 MYO10 myosin X 2,70E-17 -4,595
9787 DLGAP5 discs, large (Drosophila) homolog-associated protein 5 3,02E-06 -4,59105
5732 PTGER2 prostaglandin E receptor 2 (subtype EP2), 53kDa 4,13E-13 -4,57138
55635 DEPDC1 DEP domain containing 1 1,52E-07 -4,50164
5167 ENPP1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 1,26E-18 -4,49543
84419 C15orf48 chromosome 15 open reading frame 48 1,83E-08 -4,45311
80017 C14orf159 chromosome 14 open reading frame 159 4,28E-18 -4,44824
387758 FIBIN fin bud initiation factor homolog (zebrafish) 5,66E-08 -4,43361
64135 IFIH1 interferon induced with helicase C domain 1 6,82E-05 -4,41344
5376 PMP22 peripheral myelin protein 22 3,69E-22 -4,32681
230
116496 FAM129A family with sequence similarity 129, member A 5,91E-07 -4,32492
8519 IFITM1 interferon induced transmembrane protein 1 (9-27) 0,000101921 -4,31422
55084 SOBP sine oculis binding protein homolog (Drosophila) 3,14E-17 -4,30636
132430 PABPC4L poly(A) binding protein, cytoplasmic 4-like 4,75E-11 -4,24978
2252 /// 387628 /// 654466
FGF7 /// KGFLP1 /// KGFLP2
fibroblast growth factor 7 /// keratinocyte growth factor-like protein 1 /// kera
1,59E-13 -4,22881
219699 UNC5B unc-5 homolog B (C. elegans) 0,000674055 -4,22445
222235 FBXL13 F-box and leucine-rich repeat protein 13 1,45E-11 -4,21712
10964 IFI44L interferon-induced protein 44-like 0,007287139 -4,19432
11274 USP18 ubiquitin specific peptidase 18 3,11E-09 -4,17771
100507248 LOC100507248 hypothetical LOC100507248 3,99E-16 -4,17489
1513 CTSK cathepsin K 3,36E-12 -4,15889
79682 MLF1IP MLF1 interacting protein 1,34E-05 -4,15837
8804 CREG1 cellular repressor of E1A-stimulated genes 1 6,43E-13 -4,1447
55034 MOCOS molybdenum cofactor sulfurase 3,60E-10 -4,13521
7351 UCP2 uncoupling protein 2 (mitochondrial, proton carrier) 9,05E-11 -4,13469
3908 LAMA2 laminin, alpha 2 4,35E-16 -4,12406
983 CDK1 cyclin-dependent kinase 1 7,54E-06 -4,11829
699 BUB1 budding uninhibited by benzimidazoles 1 homolog (yeast) 3,47E-08 -4,10745
2115 ETV1 ets variant 1 2,49E-15 -4,10111
9068 ANGPTL1 angiopoietin-like 1 3,36E-05 -4,09003
115908 CTHRC1 collagen triple helix repeat containing 1 6,40E-19 -4,07901
4751 NEK2 NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 2 4,09E-07 -4,06013
4001 LMNB1 lamin B1 5,13E-06 -4,05173
7421 VDR vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor 7,09E-10 -4,04766
55872 PBK PDZ binding kinase 0,000369304 -4,04753
8989 TRPA1 transient receptor potential cation channel, subfamily A, member 1 1,32E-07 -4,04513
23767 FLRT3 fibronectin leucine rich transmembrane protein 3 5,74E-09 -4,03218
231
4313 MMP2 matrix metallopeptidase 2 (gelatinase A, 72kDa gelatinase, 72kDa type IV collagen
1,70E-13 -4,02033
54739 XAF1 XIAP associated factor 1 8,76E-07 -4,01909
80210 ARMC9 armadillo repeat containing 9 8,25E-13 -4,01562
9133 CCNB2 cyclin B2 3,27E-06 -4,01482
7306 TYRP1 tyrosinase-related protein 1 1,40E-10 -4,01
64798 DEPDC6 DEP domain containing 6 3,04E-09 -4,00584
9246 UBE2L6 ubiquitin-conjugating enzyme E2L 6 1,13E-12 -4,00047
9659 PDE4DIP phosphodiesterase 4D interacting protein 3,23E-18 -3,99946
9315 C5orf13 chromosome 5 open reading frame 13 4,57E-22 -3,95788
139818 DOCK11 dedicator of cytokinesis 11 1,95E-22 -3,93755
152078 C3orf55 chromosome 3 open reading frame 55 2,99E-15 -3,93043
84856 LOC84856 hypothetical LOC84856 1,58E-17 -3,92014
1031 CDKN2C cyclin-dependent kinase inhibitor 2C (p18, inhibits CDK4) 9,12E-06 -3,90454
6518 SLC2A5 solute carrier family 2 (facilitated glucose/fructose transporter), member 5 1,69E-05 -3,89166
7272 TTK TTK protein kinase 1,21E-05 -3,87651
5087 PBX1 pre-B-cell leukemia homeobox 1 9,56E-08 -3,8454
360 AQP3 aquaporin 3 (Gill blood group) 7,29E-10 -3,82385
1293 COL6A3 collagen, type VI, alpha 3 9,86E-29 -3,75557
6041 RNASEL ribonuclease L (2',5'-oligoisoadenylate synthetase-dependent) 1,79E-13 -3,75461
51514 DTL denticleless homolog (Drosophila) 7,43E-05 -3,75155
4081 MAB21L1 mab-21-like 1 (C. elegans) 8,58E-13 -3,7473
11199 ANXA10 annexin A10 6,34E-11 -3,73476
332 BIRC5 baculoviral IAP repeat-containing 5 0,000426607 -3,72975
10403 NDC80 NDC80 homolog, kinetochore complex component (S. cerevisiae) 8,73E-07 -3,71959
29108 PYCARD PYD and CARD domain containing 1,50E-11 -3,71463
5359 PLSCR1 phospholipid scramblase 1 5,74E-08 -3,71378
55008 HERC6 hect domain and RLD 6 0,002330642 -3,68698
232
100288525 LOC100288525 hypothetical protein LOC100288525 4,36E-14 -3,68092
8605 PLA2G4C phospholipase A2, group IVC (cytosolic, calcium-independent) 0,000225915 -3,68043
100113384 /// 100505806
LOC100505806 /// SNORD123
hypothetical LOC100505806 /// small nucleolar RNA, C/D box 123 1,83E-22 -3,67826
54908 CCDC99 coiled-coil domain containing 99 2,24E-15 -3,67021
11339 OIP5 Opa interacting protein 5 2,59E-05 -3,66804
6999 TDO2 tryptophan 2,3-dioxygenase 2,49E-09 -3,66345
114800 CCDC85A coiled-coil domain containing 85A 2,76E-11 -3,65155
202 AIM1 absent in melanoma 1 3,69E-09 -3,64767
7153 TOP2A topoisomerase (DNA) II alpha 170kDa 2,04E-05 -3,64281
5156 PDGFRA platelet-derived growth factor receptor, alpha polypeptide 4,60E-22 -3,64262
10417 SPON2 spondin 2, extracellular matrix protein 4,45E-15 -3,57526
23475 QPRT quinolinate phosphoribosyltransferase 4,77E-13 -3,56413
5557 PRIM1 primase, DNA, polypeptide 1 (49kDa) 2,61E-06 -3,56049
79411 GLB1L galactosidase, beta 1-like 7,04E-14 -3,56044
91057 CCDC34 coiled-coil domain containing 34 6,42E-07 -3,55579
51280 GOLM1 golgi membrane protein 1 3,62E-25 -3,55237
55601 DDX60 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 60 7,95E-05 -3,5506
64131 XYLT1 xylosyltransferase I 4,07E-09 -3,54685
219285 SAMD9L sterile alpha motif domain containing 9-like 1,39E-08 -3,54388
57718 PPP4R4 protein phosphatase 4, regulatory subunit 4 6,95E-13 -3,53832
51512 GTSE1 G-2 and S-phase expressed 1 0,000109177 -3,52728
2683 B4GALT1 UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4- galactosyltransferase, polypeptide 1 1,06E-18 -3,52293
91461 PKDCC protein kinase domain containing, cytoplasmic homolog (mouse) 3,45E-18 -3,51663
283431 GAS2L3 Growth arrest-specific 2 like 3 1,24E-10 -3,50095
3209 HOXA13 homeobox A13 2,54E-07 -3,49793
387103 CENPW centromere protein W 6,44E-06 -3,4832
11118 BTN3A2 butyrophilin, subfamily 3, member A2 3,08E-15 -3,4621
233
51203 NUSAP1 nucleolar and spindle associated protein 1 0,000269251 -3,43256
220002 CYBASC3 cytochrome b, ascorbate dependent 3 3,16E-17 -3,40248
10402 ST3GAL6 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 6 3,52E-07 -3,3875
130502 TTC32 tetratricopeptide repeat domain 32 2,75E-12 -3,38312
54510 PCDH18 protocadherin 18 2,98E-11 -3,38303
3433 IFIT2 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 0,000177099 -3,38292
51659 GINS2 GINS complex subunit 2 (Psf2 homolog) 0,000359429 -3,37794
57082 CASC5 cancer susceptibility candidate 5 1,65E-05 -3,37287
55603 FAM46A family with sequence similarity 46, member A 1,17E-22 -3,36927
1058 CENPA centromere protein A 1,67E-05 -3,36698
6241 RRM2 ribonucleotide reductase M2 0,006178712 -3,33791
8111 GPR68 G protein-coupled receptor 68 3,40E-05 -3,33688
5791 PTPRE protein tyrosine phosphatase, receptor type, E 4,66E-08 -3,33306
56935 C11orf75 chromosome 11 open reading frame 75 1,28E-15 -3,32169
8644 AKR1C3 aldo-keto reductase family 1, member C3 (3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase, ty
2,62E-10 -3,31104
8553 BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 1,88E-09 -3,29618
11004 KIF2C kinesin family member 2C 4,79E-05 -3,29249
1063 CENPF centromere protein F, 350/400kDa (mitosin) 3,14E-07 -3,28957
221178 SPATA13 spermatogenesis associated 13 3,83E-11 -3,28658
55893 ZNF395 zinc finger protein 395 9,95E-13 -3,27395
91351 DDX60L DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 60-like 5,76E-07 -3,27196
84171 LOXL4 lysyl oxidase-like 4 2,90E-08 -3,26588
8844 KSR1 kinase suppressor of ras 1 1,26E-16 -3,25837
58480 RHOU ras homolog gene family, member U 1,92E-11 -3,2481
3431 SP110 SP110 nuclear body protein 1,07E-05 -3,24077
55007 FAM118A family with sequence similarity 118, member A 3,62E-12 -3,23806
7499 XG Xg blood group 2,00E-14 -3,23796
234
91612 CHURC1 churchill domain containing 1 9,95E-27 -3,23249
55165 CEP55 centrosomal protein 55kDa 0,001758518 -3,23153
144406 WDR66 WD repeat domain 66 1,79E-15 -3,22967
554282 /// 653820 /// 728833 /// 729533
FAM72A /// FAM72B /// FAM72C /// FAM72D
family with sequence similarity 72, member A /// family with sequence similarity 1,55E-06 -3,22815
9111 NMI N-myc (and STAT) interactor 3,45E-16 -3,22392
9768 KIAA0101 KIAA0101 0,000971618 -3,2216
8829 NRP1 neuropilin 1 1,59E-16 -3,20814
26575 RGS17 regulator of G-protein signaling 17 1,49E-09 -3,20135
51704 GPRC5B G protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 1,41E-14 -3,20129
24137 KIF4A kinesin family member 4ª 4,79E-05 -3,19168
5101 PCDH9 protocadherin 9 2,88E-10 -3,18255
862 RUNX1T1 runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related) 5,64E-05 -3,17382
57405 SPC25 SPC25, NDC80 kinetochore complex component, homolog (S. cerevisiae) 0,003240959 -3,16986
150864 FAM117B family with sequence similarity 117, member B 1,90E-07 -3,15937
150468 CKAP2L cytoskeleton associated protein 2-like 1,67E-06 -3,15845
1512 CTSH cathepsin H 3,34E-08 -3,15245
22998 LIMCH1 LIM and calponin homology domains 1 3,33E-11 -3,14955
891 CCNB1 cyclin B1 0,000146697 -3,14949
151246 SGOL2 shugoshin-like 2 (S. pombe) 2,42E-06 -3,14736
642946 NCRNA00292 non-protein coding RNA 292 6,40E-13 -3,14712
84269 CHCHD5 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 5 6,54E-07 -3,1365
2305 FOXM1 forkhead box M1 0,000274555 -3,12747
586 BCAT1 branched chain amino-acid transaminase 1, cytosolic 2,65E-14 -3,12529
54502 RBM47 RNA binding motif protein 47 2,55E-16 -3,12484
2710 GK glycerol kinase 3,72E-10 -3,11966
235
4493 MT1E metallothionein 1E 7,75E-20 -3,11191
624 BDKRB2 bradykinin receptor B2 6,90E-11 -3,11006
5742 PTGS1 prostaglandin-endoperoxide synthase 1 (prostaglandin G/H synthase and cyclooxygen
3,96E-09 -3,10799
5874 RAB27B RAB27B, member RAS oncogene family 1,39E-07 -3,10551
83468 GLT8D2 glycosyltransferase 8 domain containing 2 6,34E-16 -3,10384
9055 PRC1 protein regulator of cytokinesis 1 0,003304218 -3,10338
26053 AUTS2 autism susceptibility candidate 2 9,81E-15 -3,10127
7083 TK1 thymidine kinase 1, soluble 2,85E-06 -3,10117
57458 TMCC3 transmembrane and coiled-coil domain family 3 9,64E-09 -3,09912
83461 CDCA3 cell division cycle associated 3 0,001887769 -3,08631
84952 CGNL1 cingulin-like 1 1,55E-10 -3,08158
3157 HMGCS1 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 1 (soluble) 0,000901596 -3,08125
81620 CDT1 Chromatin licensing and DNA replication factor 1 0,000121188 -3,07599
1854 DUT deoxyuridine triphosphatase 1,90E-10 -3,07589
114134 SLC2A13 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 13 3,67E-07 -3,07449
57520 HECW2 HECT, C2 and WW domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 6,69E-06 -3,06562
11213 IRAK3 interleukin-1 receptor-associated kinase 3 8,46E-06 -3,06147
4884 NPTX1 neuronal pentraxin I 8,16E-09 -3,05538
56521 DNAJC12 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 12 2,60E-12 -3,05431
79801 SHCBP1 SHC SH2-domain binding protein 1 0,006907148 -3,04857
8714 ABCC3 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 3 4,35E-10 -3,04821
64151 NCAPG non-SMC condensin I complex, subunit G 0,000305705 -3,04366
81610 FAM83D family with sequence similarity 83, member D 0,004436854 -3,04291
6355 CCL8 chemokine (C-C motif) ligand 8 0,000241425 -3,03965
3910 LAMA4 laminin, alpha 4 0,000470671 -3,0371
9928 KIF14 kinesin family member 14 1,71E-05 -3,01314
284273 ZADH2 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 2,06E-09 -3,01065
236
9473 C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38 3,89E-07 -3,01033
84455 EFCAB7 EF-hand calcium binding domain 7 3,21E-11 -3,00967
83852 SETDB2 SET domain, bifurcated 2 1,46E-08 -3,00707
84057 MND1 meiotic nuclear divisions 1 homolog (S. cerevisiae) 0,00758386 -3,0029
56986 DTWD1 DTW domain containing 1 3,84E-17 -3,00269 *p-valores corrigidos por Bonferroni (ANOVA).
237
Comparações
CTMH/inv vs CTMH/n:
Jovens Senescentes
Probeset ID Gene Symbol p-value BF* Fold change p-value BF* Fold Change
Mais Expressos
204475_at MMP1 7,99E-11 8,79661 2,45E-25 96,6301
212224_at ALDH1A1 2,30E-21 26,1744 7,30E-26 56,2836
202037_s_at SFRP1 2,00E-29 19,1773 2,62E-34 39,0669
1555673_at LOC730755 1,41E-11 5,25427 1,05E-23 22,0128
202267_at LAMC2 5,89E-32 14,4033 1,75E-33 17,3405
230135_at HHIP 1,48E-19 5,69198 9,92E-30 16,3091
239153_at HOTAIR 1,75E-14 3,08021 1,25E-33 16,1935
218959_at HOXC10 1,81E-15 4,75863 1,85E-27 16,1698
1569110_x_at LOC728613 9,82E-15 3,65123 1,79E-29 13,8879
206029_at ANKRD1 1,07E-08 8,77528 1,32E-11 13,4826
204720_s_at DNAJC6 6,67E-12 3,16467 3,03E-27 11,93
203917_at CXADR 8,19E-10 3,75833 1,68E-21 11,8676
223315_at NTN4 5,43E-13 7,1124 4,41E-17 11,4886
203397_s_at GALNT3 1,51E-12 5,80196 2,83E-15 7,7065
218856_at TNFRSF21 6,51E-16 4,18942 6,49E-23 7,57155
206912_at FOXE1 3,14E-18 7,04331 3,92E-15 5,27988
204933_s_at TNFRSF11B 6,38E-12 3,65423 3,43E-16 5,14099
215034_s_at TM4SF1 1,14E-10 3,23899 3,03E-16 4,97288
202409_at IGF2 /// INS-IGF2 3,82E-10 3,20307 1,05E-15 4,92893
229674_at SERTAD4 1,32E-19 6,07955 2,38E-16 4,6266
201860_s_at PLAT 2,18E-18 3,59714 1,41E-21 4,46367
228407_at SCUBE3 4,89E-07 4,3245 2,47E-07 4,46227
APÊNDICE P – Tabela da lista dos genes diferencialmente expressos da intersecção entre as
comparações CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens e entre as CTMH/inv senescentes vs
CTMH/n Senescentes.
238
219295_s_at PCOLCE2 2,39E-20 5,46642 1,15E-17 4,42416
227209_at CNTN1 1,94E-14 4,73638 1,98E-13 4,35623
211990_at HLA-DPA1 9,12E-27 10,2371 3,94E-17 4,33503
209758_s_at MFAP5 1,79E-16 4,32819 8,29E-15 3,82716
210302_s_at MAB21L2 4,73E-16 3,36096 1,06E-17 3,74137
Menos Expressos
213524_s_at G0S2 2,76E-07 3,16497 2,01E-27 -28,6178
217388_s_at KYNU 1,07E-14 4,88697 2,15E-28 -21,6892
209550_at NDN 4,83E-28 6,29509 5,67E-38 -17,2732
226322_at TMTC1 7,70E-08 4,06282 1,08E-17 -11,8544
208075_s_at CCL7 1,36E-08 4,1251 1,04E-15 -8,538
205891_at ADORA2B 2,43E-24 4,2307 3,12E-31 -7,17501
213712_at ELOVL2 2,55E-10 4,88942 1,70E-12 -6,08066
215440_s_at BEX4 2,58E-14 3,98833 4,90E-19 -5,845
205517_at GATA4 2,81E-07 3,32781 7,02E-13 -5,51422
201309_x_at C5orf13 2,87E-19 3,78505 2,67E-21 -4,34646
202450_s_at CTSK 1,03E-08 3,16065 3,36E-12 -4,15889
206163_at MAB21L1 4,64E-17 5,26257 8,58E-13 -3,7473
233002_at PPP4R4 2,03E-12 3,4238 6,95E-13 -3,53832
*p-valores corrigidos por Bonferroni (ANOVA).
239
CTMH/inv vs CTMH/n Senescentes
Entrez Gene
Gene Symbol Gene Title P-valor BF Fold Change Localização cromossomo
5067 CNTN3 contactin 3 (plasmacytoma associated) 3,41E-32 19,5117 3p12.3
8553 BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 1,88E-09 -3,29618 3p26
23024 PDZRN3 PDZ domain containing ring finger 3 1,98E-12 -5,90235 3p13
29995 LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 2,12E-23 -8,22886 3p26-p24
CTMH/inv vs CTMH/n Jovens
5021 OXTR oxytocin receptor 1,54E-08 -3,71503 3p25 *p-valores com correção Bonferroni (ANOVA).
APÊNDICE Q - Tabela dos genes localizados próximo à região da inversão que tiveram sua expressão afetada em CTMH/inv.
240
CTMH/inv Jovens vs CTMH/n Jovens
Categorias funcionais* Nº Genes
Cellular Growth and Proliferation 27
Cellular Development 21
Cellular Movement 18
Cell Death 17
cel to cell Signaling and interaction 15
Embryonic Development 12
Cell Signaling 10
Vitamin and Mineral Metabolism 9
Cellular Function and Maintenance 8
Small Molecule Biochemistry 8
Cell Morphology 7
Cellular Assembly and Organization 7
Antigen presentation 6
Lipid Metabolism 6
Molecular transport 6
Carbohydrate Metabolism 5
Cellular compromise 4
APÊNDICE R - Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente expressos em CTMH/inv
jovens da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens.
241
*Somente as categorias com enriquecimento superior à 5% com p-valor˂0,05 foram listadas na tabela.
APÊNDICE S - Tabela da anotação funcional das cinco categorias com menores valor de p representadas pelos genes diferencialmente expressos da
comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n jovens.
Anotação funcional valor de p Moléculas Total de Moléculas
Movimento celular (21 moléculas)
Migration of cells 1,67E-02 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,DOCK4,IGF2,LAMC2,NREP,NTN4,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750)
12
Invasion of cells 1,31E-02 CTSK,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,MMP1 (includes EG:300339),PLAT,SCUBE3,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750)
8
Cell movement of tumor cell lines 3,81E-02 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,IGF2,LAMC2,NREP,SPP1 (includes EG:20750)
8
Invasion of tumor cell lines 1,78E-02 CTSK,CXCL12 (includes EG:20315),MMP1 (includes EG:300339),PLAT,SCUBE3,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750)
7
Migration of tumor cell lines 2,98E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,IGF2,LAMC2,NREP,SPP1 (includes EG:20750)
7
Chemotaxis of phagocytes 2,56E-03 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750)
5
Cell movement of myeloid cells 9,75E-03 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750)
5
Chemotaxis of neutrophils 1,01E-03 CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4
Cell movement of embryonic cell lines
1,37E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DOCK4,IGF2 4
Chemotaxis of mononuclear leukocytes
7,10E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4
242
Migration of mononuclear leukocytes
1,59E-02 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4
Cell movement of glioma cells 3,93E-05 CXCL12 (includes EG:20315),SFRP1,SPP1 (includes EG:20750) 3
Invasion of hepatoma cell lines 5,77E-04 CXCL12 (includes EG:20315),MMP1 (includes EG:300339),SPP1 (includes EG:20750)
3
Cell movement of pbmcs 8,00E-04 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3
Chemotaxis of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3
Migration of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3
Adhesion of t lymphocytes 2,21E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 3
Chemotaxis of t lymphocytes 3,68E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 3
Migration of monocytes 3,90E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3
Migration of embryonic cell lines 5,92E-03 CCL20,DOCK4,IGF2 3
Cell movement of epithelial cell lines
9,57E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DOCK4 3
Cell movement of kidney cell lines 1,84E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),DOCK4 3
Transmigration of peripheral blood leukocytes
2,37E-04 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Cell movement of rhabdomyosarcoma cell lines
5,88E-04 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2
Transmigration of dendritic cells 1,09E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Migration of lymphoma cell lines 1,39E-03 CXCL12 (includes EG:20315),LAMC2 2
Mobility of cells 1,39E-03 SCUBE3,TM4SF1 2
Chemotaxis of b lymphocytes 2,52E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Migration of pbmcs 2,52E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Cell movement of embryonic cells 3,97E-03 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2
Chemotaxis of pbmcs 3,97E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Migration of hematopoietic progenitor cells
7,74E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Recruitment of leukocytes 7,74E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Migration of hepatoma cell lines 1,17E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2
Invasion of squamous cell carcinoma cell lines
1,64E-02 CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 2
Transmigration of mononuclear leukocytes
2,07E-02 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
243
Cell movement of eosinophils 2,78E-02 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Migration of cervical cancer cell lines
3,72E-02 CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2 2
Migration of epithelial cell lines 3,72E-02 CCL20,DOCK4 2
Chemotaxis of leukemia cell lines 4,16E-02 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Invasion of prostate cancer cell lines
4,76E-02 MMP1 (includes EG:300339),SPP1 (includes EG:20750) 2
Migration of brain cancer cell lines 4,76E-02 CXCL12 (includes EG:20315),NREP 2
Migration of colon cancer cell lines 4,92E-02 CCL20,IGF2 2
Adhesion of th17 cells 6,35E-03 CCL20 1
Chemotaxis of acute lymphoblastic leukemia cells
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of glioma cells 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of granule cell precursors
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of megakaryocytes 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Invasion of mammary cells 6,35E-03 MMP1 (includes EG:300339) 1
Invasion of smooth muscle cells 6,35E-03 SPP1 (includes EG:20750) 1
Locomotion of rhabdomyosarcoma cell lines
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of th17 cells 6,35E-03 CCL20 1
Migration of blood-derived mast cells
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Mobility of adenocarcinoma cell lines
6,35E-03 SCUBE3 1
Transmigration of neural stem cells 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemoattraction of langerhans cells
1,27E-02 CCL20 1
Chemotaxis of th1 cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of th2 cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of bone marrow cell lines
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of natural killer t lymphocytes
1,27E-02 CCL20 1
Chemotaxis of plasmacytoid 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
244
dendritic cells
Chemotaxis of pro-b lymphocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Extravasation of hepatoma cell lines
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Invasion of hybrid cells 1,27E-02 SPP1 (includes EG:20750) 1
Migration of b-lymphocyte derived cell lines
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of haec cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of cholangiocarcinoma cell lines
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of rhabdomyosarcoma cell lines
1,27E-02 IGF2 1
Mobilization of osteoclasts 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Recruitment of inflammatory leukocytes
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Adhesion of memory t lymphocytes 1,89E-02 CCL20 1
Beat of cilia 1,89E-02 ADORA2B 1
Chemotaxis of naive t lymphocytes 1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of langerhans cell precursors
1,89E-02 CCL20 1
Migration of megakaryocytes 1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Mobility of carcinoma cell lines 1,89E-02 SCUBE3 1
Mobility of lung cancer cell lines 1,89E-02 SCUBE3 1
Mobilization of colony-forming granulocyte-macrophages
1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Mobilization of stem cells 1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of cervical cancer cell lines
2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of melanoma cell lines 2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of peripheral blood lymphocytes
2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of rhabdomyosarcoma cell lines
2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of peripheral t lymphocyte
2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
245
Migration of plasmacytoid dendritic cells
2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of progenitor cells 2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of blood-derived mast cells
3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of lymphoblasts 3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of b lymphocytes 3,75E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of germ cell tumor cell lines
4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of lymphoma cell lines 4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of monocyte-derived dendritic cells
4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Invasion of adenocarcinoma cell lines
4,36E-02 SCUBE3 1
Invasion of kidney cancer cell lines 4,36E-02 SFRP1 1
Migration of bone marrow precursor cells
4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of thymocytes 4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Nk cell migration 4,97E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of peripheral blood monocytes
4,97E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of skin cancer cell lines 4,97E-02 LAMC2 1
Migration of trophoblast cells 4,97E-02 IGF2 1
Interação e sinalização celular (15 moléculas)
Adhesion of bone marrow cells 2,37E-04 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Activation of osteoclasts 1,39E-03 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2 2
Binding of tumor cell lines 2,20E-03 CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,OXTR,SPP1 (includes EG:20750)
5
Adhesion of t lymphocytes 2,21E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 3
Activation of trophoblast cells 6,35E-03 IGF2 1
Adhesion of th17 cells 6,35E-03 CCL20 1
Adhesion of cell surfasse 6,35E-03 NCAM1 1
Adhesion of mesenchymal stem cells
6,35E-03 CCL20 1
Adhesion of small cell lung cancer 6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
246
cells
Binding of granulosa cells 6,35E-03 IGF2 1
Binding of rhabdomyosarcoma cell lines
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Long-term potentiation of hippocampus
6,35E-03 PLAT 1
Reassembly of tight junctions 6,35E-03 CLDN1 1
Retention of cell-associated matrix 6,35E-03 SPP1 (includes EG:20750) 1
Structural integrity of tight junctions 6,35E-03 CXADR 1
Binding of breast cancer cell lines 7,74E-03 OXTR,SPP1 (includes EG:20750) 2
Recruitment of leukocytes 7,74E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Activation of breast cancer cell lines
1,27E-02 MMP1 (includes EG:300339) 1
Activation of smooth muscle cell lines
1,27E-02 TSLP 1
Adhesion of pro-b lymphocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Binding of th1 cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Binding of bladder cancer cell lines 1,27E-02 CXADR 1
Chemoattraction of langerhans cells
1,27E-02 CCL20 1
Fusion of thymocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Recruitment of inflammatory leukocytes
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Binding of cells 1,51E-02 CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,OXTR,SPP1 (includes EG:20750)
6
Adhesion of bone marrow stromal cells
1,89E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Adhesion of memory t lymphocytes 1,89E-02 CCL20 1
Adhesion of osteoblastos 1,89E-02 TNFRSF11B 1
Recognition of neurons 1,89E-02 NTM 1
Adhesion of connective tissue cells 2,42E-02 CXCL12 (includes EG:20315),TNFRSF11B 2
Activation of micróglia 2,52E-02 PLAT 1
Activation of myeloid dendritic cells 2,52E-02 TSLP 1
Binding of megakaryocytes 2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
247
Binding of ovarian cancer cell lines 2,52E-02 IGF2 1
Release of acetylcholine 2,52E-02 IGF2 1
Binding of lymphocytes 3,04E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Adhesion of peripheral blood lymphocytes
4,97E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Adhesion of skin cell lines 4,97E-02 NTN4 1
Desenvolvimento celular (21 moléculas)
Proliferation of tumor cell lines 2,47E-02 ADORA2B,ALDH1A1,CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DUSP4,GATA4,IGF2,MEG3,NDN,OXTR,PLAT,SPP1 (includes EG:20750),SULT1E1
14
Proliferation of immune cells 1,82E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP
5
Proliferation of t lymphocytes 2,16E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP 4
Differentiation of tumor cell lines 2,95E-02 CTSK,ENO1,IGF2,NCAM1 4
Proliferation of prostate cancer cell lines
4,01E-02 ALDH1A1,CXADR,IGF2,OXTR 4
Proliferation of bladder cancer cell lines
6,47E-04 CXADR,IGF2,PLAT 3
Proliferation of embryonic cell lines 1,12E-02 IGF2,OXTR,SCUBE3 3
Proliferation of ovarian cancer cell lines
1,73E-02 CXCL12 (includes EG:20315),GATA4,IGF2 3
Proliferation of fibroblastos 1,79E-02 IGF2,SFRP1,TNFRSF11B 3
Proliferation of hepatoma cell lines 3,28E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750) 3
Proliferation of osteoblastos 4,51E-03 IGF2,SFRP1 2
Differentiation of neuroblastoma cell lines
7,03E-03 IGF2,NCAM1 2
Proliferation of stem cells 1,35E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Differentiation of adipocytes 1,45E-02 SFRP1,SPP1 (includes EG:20750) 2
Proliferation of hematopoietic progenitor cells
3,87E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Formation of myoblasts 6,35E-03 IGF2 1
Proliferation of granule cell precursors
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Sprouting of microvessel 6,35E-03 IGF2 1
Formation of myotube 1,27E-02 IGF2 1
248
Proliferation of oval cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Proliferation of neuroblastoma cells 1,89E-02 IGF2 1
Colony formation of glioma cells 2,52E-02 SFRP1 1
Epithelial-mesenchymal transition of lung cancer cell lines
3,14E-02 SCUBE3 1
Proliferation of neural stem cells 3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Epithelial-mesenchymal transition of carcinoma cell lines
3,75E-02 SCUBE3 1
Proliferation of myeloid progenitor cells
3,75E-02 CCL20 1
Proliferation of nervous tissue cell lines
4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Differentiation of adipoblasts 4,97E-02 SPP1 (includes EG:20750) 1
Osteoclastogenesis of pbmcs 4,97E-02 TNFRSF11B 1
Proliferation of multilineage progenitor cells
4,97E-02 CCL20 1
Proliferação e crescimento celular (27 moléculas)
Proliferation of cells 4,55E-03 ADORA2B,ALDH1A1,CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DCBLD2,DUSP4,EIF1AY,ENO1,FABP4,GATA4,HOXC10,IGF2,MEG3,NDN,NTN4,OXTR,PHLDA1,PLAT,SCUBE3,SFRP1,SPP1 (includes EG:20750),SULT1E1,TNFRSF11B,TNFRSF21,TSLP
26
Proliferation of tumor cell lines 2,47E-02 ADORA2B,ALDH1A1,CCL20,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),DUSP4,GATA4,IGF2,MEG3,NDN,OXTR,PLAT,SPP1 (includes EG:20750),SULT1E1
14
Colony formation of cells 3,08E-03 ALDH1A1,ANKRD1,CXCL12 (includes EG:20315),ENO1,NDN,PHLDA1,SFRP1
7
Proliferation of immune cells 1,82E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP
5
Proliferation of t lymphocytes 2,16E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750),TSLP 4
Proliferation of connective tissue cells
2,38E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SFRP1,TNFRSF11B 4
Proliferation of prostate cancer cell lines
4,01E-02 ALDH1A1,CXADR,IGF2,OXTR 4
Colony formation of tumor cell lines 4,78E-02 ALDH1A1,ANKRD1,ENO1,NDN 4
Proliferation of embryonic cell lines 1,12E-02 IGF2,OXTR,SCUBE3 3
249
Proliferation of ovarian cancer cell lines
1,73E-02 CXCL12 (includes EG:20315),GATA4,IGF2 3
Proliferation of fibroblastos 1,79E-02 IGF2,SFRP1,TNFRSF11B 3
Proliferation of bladder cancer cell lines
6,47E-04 CXADR,IGF2,PLAT 3
Proliferation of hepatoma cell lines 3,28E-02 CXCL12 (includes EG:20315),IGF2,SPP1 (includes EG:20750) 3
Colony formation of leukemia cell lines
3,97E-03 ALDH1A1,ENO1 2
Proliferation of osteoblastos 4,51E-03 IGF2,SFRP1 2
Proliferation of stem cells 1,35E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Proliferation of hematopoietic progenitor cells
3,87E-02 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Formation of myoblasts 6,35E-03 IGF2 1
Proliferation of granule cell precursors
6,35E-03 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Formation of myotube 1,27E-02 IGF2 1
Proliferation of oval cells 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Proliferation of stromal cell lines 1,27E-02 IGF2 1
Cloning of cells 1,89E-02 PHLDA1 1
Proliferation of neuroblastoma cells 1,89E-02 IGF2 1
Colony formation of glioma cells 2,52E-02 SFRP1 1
Proliferation of neural stem cells 3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Proliferation of myeloid progenitor cells
3,75E-02 CCL20 1
Proliferation of nervous tissue cell lines
4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Colony formation of hepatoma cell lines
4,97E-02 ANKRD1 1
Proliferation of multilineage progenitor cells
4,97E-02 CCL20 1
Apresentação de antígeno (6 moléculas)
Chemotaxis of phagocytes 2,56E-03 CCL20,CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750)
5
Chemotaxis of neutrophils 1,01E-03 CCL7,CXADR,CXCL12 (includes EG:20315),SPP1 (includes EG:20750) 4
Chemotaxis of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3
250
Migration of dendritic cells 1,40E-03 CCL20,CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 3
Transmigration of dendritic cells 1,09E-03 CCL7,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Chemotaxis of b lymphocytes 2,52E-03 CCL20,CXCL12 (includes EG:20315) 2
Chemoattraction of langerhans cells
1,27E-02 CCL20 1
Chemotaxis of plasmacytoid dendritic cells
1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of pro-b lymphocytes 1,27E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Migration of langerhans cell precursors
1,89E-02 CCL20 1
Activation of myeloid dendritic cells 2,52E-02 TSLP 1
Migration of plasmacytoid dendritic cells
2,52E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of blood-derived mast cells
3,14E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
Chemotaxis of monocyte-derived dendritic cells
4,36E-02 CXCL12 (includes EG:20315) 1
251
APÊNDICE T – Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n
jovens por meio do pluggin BINGO do Cytosacape.
GO-ID Valor de p
Valor de p corrigido x n X N Processos biológicos (GO) 1 Genes constituintes da rede de interações
32501 1,43E-06 7,19E-04 29 4376 44 14303 multicellular organismal process
SYT1|ADORA2B|NDN|BEX1|OXTR|CXADR|CXCL12|MMP1|TNFRSF11B|GATA4|HHIP|SPP1|PLAT|ACTA2|EFEMP1|NTN4|COL15A1|HOXC10|CTSK|SFRP1|FOXE1|TFPI|CLDN1|FABP4|RPS4Y1|LAMC2|MAB21L1|NTM|HTR2A
32502 4,18E-06 1,40E-03 24 3235 44 14303 developmental process
PLAT|ADORA2B|NDN|ACTA2|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|FABP4|RPS4Y1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|HTR2A|SPP1
7275 1,56E-05 3,14E-03 22 2972 44 14303 multicellular organismal development
PLAT|ADORA2B|NDN|ACTA2|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|RPS4Y1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|SPP1
48856 9,90E-06 2,50E-03 21 2656 44 14303 anatomical structure development
PLAT|ADORA2B|NDN|ACTA2|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|SPP1
23052 4,24E-04 2,25E-02 20 3131 44 14303 Signaling PLAT|DCBLD2|SYT1|TNFRSF21|ADORA2B|NDN|COL15A1|NTN4|OXTR|ANKRD1|CXCL12|CCL7|NCAM1|TNFRSF11B|SFRP1|CCL20|GATA4|CLDN1|CNTN1|HTR2A
48731 3,90E-05 4,70E-03 19 2422 44 14303 system development PLAT|NDN|COL15A1|NTN4|BEX1|OXTR|CXADR|HOXC10|TNFRSF11B|CTSK|SFRP1|GATA4|FOXE1|CLDN1|LAMC2|HHIP|MAB21L1|NTM|SPP1
65008 1,31E-06 7,19E-04 17 1542 44 14303 regulation of biological quality PLAT|DCBLD2|SYT1|ADORA2B|NDN|ACTA2|OXTR|CXCL12|CCL7|CTSK|FOXE1|CLDN1|TFPI|FABP4|HTR2A|ENO1|SPP1
252
7155 4,61E-05 4,70E-03 10 711 44 14303 cell adhesion DCBLD2|NCAM1|COL15A1|CLDN1|CNTN1|LAMC2|CXADR|CXCL12|NTM|SPP1
22610 4,66E-05 4,70E-03 10 712 44 14303 biological adhesion DCBLD2|NCAM1|COL15A1|CLDN1|CNTN1|LAMC2|CXADR|CXCL12|NTM|SPP1
7154 1,40E-04 1,01E-02 10 812 44 14303 cell communication PLAT|SYT1|CCL20|ADORA2B|GATA4|NTN4|CLDN1|OXTR|CCL7|HTR2A
51704 5,39E-04 2,59E-02 9 785 44 14303 multi-organism process CCL20|ACTA2|CLDN1|OXTR|CXADR|CXCL12|MMP1|ENO1|SPP1
90066 4,66E-05 4,70E-03 7 317 44 14303 regulation of anatomical structure size DCBLD2|NDN|ADORA2B|ACTA2|CXCL12|ENO1|SPP1
48545 6,07E-05 5,56E-03 6 225 44 14303 response to steroid hormone stimulus PLAT|TNFRSF11B|GATA4|FABP4|OXTR|SPP1
22603 2,98E-04 1,84E-02 6 301 44 14303 regulation of anatomical structure morphogenesis TNFRSF11B|SFRP1|ADORA2B|GATA4|NTN4|SPP1
50433 7,55E-05 6,34E-03 3 27 44 14303 regulation of catecholamine secretion ADORA2B|OXTR|HTR2A
51952 2,13E-04 1,43E-02 3 38 44 14303 regulation of amine transport ADORA2B|OXTR|HTR2A
48638 4,81E-04 2,43E-02 3 50 44 14303 regulation of developmental growth GATA4|CXADR|SPP1
10701 2,77E-05 4,65E-03 2 3 44 14303 positive regulation of norepinephrine secretion ADORA2B|OXTR
70371 1,38E-04 1,01E-02 2 6 44 14303 ERK1 and ERK2 cascade OXTR|HTR2A
30431 3,28E-04 1,84E-02 2 9 44 14303 Sleep OXTR|HTR2A *p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X =
total do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processos biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de
um total N; N= tota de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO
(gene ontology). Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor ˂0,05 com correção FDR mais enriquecidos, ordenados de processos mais
representados para os de menor.
253
APÊNCIDE U - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações obtida a partir da comparação CTMH/inv jovens vs CTMH/n
jovens no contexto genômico por meio do pluggin BINGO do Cytosacape.
GO-ID p-valor corr p-valor x n X N Processos biológicos (GO) 1 Genes constituintes da rede de interações
32502 1,41E-04 3,83E-02 50 3235 105 14302 developmental process
E2F1|CXADR|GDNF|SHH|TNFRSF11B|GATA4|SERPINE1|HHIP|IHH|SATB1|BSG|ACTA2|HOXC10|SLITRK4|CTSK|IGF2R|CLDN1|RPS4Y1|LAMC2|ZFPM2|NGFR|DHH|ADORA2B|NDN|OXT|BEX1|OXTR|ST8SIA2|IGF2BP3|TIMP1|IGF1R|NKX2-5|SNAP25|SPP1|PLAT|NTN4|COL15A1|IGF2|TJP1|TNFSF11|SFRP1|LAMA5|FYN|ST8SIA4|FOXE1|FABP4|GFRA1|MAB21L1|NTM|HTR2A
48856 5,93E-06 2,83E-03 47 2656 105 14302 anatomical structure development
E2F1|DHH|NDN|ADORA2B|OXT|BEX1|OXTR|IGF2BP3|ST8SIA2|CXADR|GDNF|SHH|TIMP1|IGF1R|TNFRSF11B|SERPINE1|GATA4|HHIP|SNAP25|NKX2-5|IHH|SPP1|PLAT|SATB1|BSG|ACTA2|COL15A1|NTN4|IGF2|HOXC10|TJP1|CTSK|SLITRK4|TNFSF11|SFRP1|FYN|LAMA5|IGF2R|ST8SIA4|FOXE1|CLDN1|GFRA1|ZFPM2|LAMC2|NGFR|MAB21L1|NTM
48731 4,71E-05 1,50E-02 43 2422 105 14302 system development
E2F1|DHH|NDN|OXT|BEX1|OXTR|ST8SIA2|CXADR|GDNF|SHH|TIMP1|IGF1R|TNFRSF11B|SERPINE1|GATA4|HHIP|SNAP25|NKX2-5|SPP1|IHH|PLAT|SATB1|BSG|COL15A1|NTN4|IGF2|HOXC10|CTSK|SLITRK4|TNFSF11|SFRP1|FYN|LAMA5|IGF2R|ST8SIA4|FOXE1|CLDN1|GFRA1|ZFPM2|LAMC2|NGFR|MAB21L1|NTM
65008 2,20E-07
4,21E-04
37 1542 105 14302 regulation of biological
quality
DCBLD2|DHH|SYT1|NDN|ADORA2B|CCR1|OXT|OXTR|CXCL12|SH
H|CCL7|TIMP1|MALL|CXCR4|SERPINE1|HAAO|SULT1E1|SNAP25|
ENO1|SPP1|PLAT|STX1A|F10|ACTA2|RPS5|CTSK|CCR6|CCR5|FYN
254
|RPS17|CCR3|CCR2|FOXE1|CLDN1|TFPI|FABP4|HTR2A
42221 4,81E-06 2,83E-03 34 1465 105 14302 response to chemical
stimulus
E2F1|SYT1|DHH|KYNU|OXT|CCR1|OXTR|CXCL12|CCL7|SHH|IGF1
R|TNFRSF11B|CCL20|CXCR4|SERPINE1|GATA4|HAAO|NKX2-
5|SPP1|IHH|PLAT|BSG|IGF2|DUSP4|CCR6|TNFSF11|CCR5|FYN|CC
R3|IGF2R|CCR2|FABP4|LIPE|HTR2A
9605 2,74E-05 1,05E-02 20 551 105 14302 response to external
stimulus
SATB1|KYNU|ADORA2B|CCR1|OXT|CXCL12|SHH|CCL7|IGF1R|TNF
RSF11B|CCR6|TNFSF11|CCL20|CCR5|FYN|IGF2R|CCR3|CCR2|NGF
R|SPP1
6414 1,15E-06 1,10E-03 11 97 105 14302 translational elongation RPL30|RPS29|RPS16|RPS17|RPS15|RPS4Y1|RPS10|RPS20|RPS5|R
PS23|RPS3
*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total
do número de genes constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um
total N; N= total de genes do genoma humano anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene
ontology). Estão listados somente os 10 processos que apresentaram p-valor ˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.
255
CTMH/inv vs CTMH/n senescentes
Categoria funcional Nº genes
Cellular Growth and Proliferation 104
Cell Death 92
Cellular Development 86
Cellular Movement 70
Cell Cycle 55
Cellular Assembly and Organization 47
DNA replication, recombinatin and repair 45
Small Molecule Biochemistry 41
Cel-To-cell Signaling and interacion 34
Embryonic Development 30
Carbohydrate Metabolism 29
Lipid Metabolism 26
Cell Morphology 24
Molecular Transport 20
Cellular Function and Maintenance 17
Cell Signaling 15
*Somente as categorias com enriquecimento superior à 5% com p-valor˂0,05 foram listadas na tabela.
APÊNDICE V - Tabela das categorias funcionais representadas pelos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv Senescentes da comparação CTMH/inv vs CTMH/n Senescentes.
256
APÊNDICE W - Tabela dos genes classificados nas cinco categorias funcionais com menores p-valor da comparação CTMH/inv senescentes
vs CTMH/n senescentes.
Anotação funcional
valor de p Moléculas Total de Moléculas
Ciclo celular (55 moléculas)
Cell cycle progression
1,54E-05 BHLHE40,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,CDKN2C,CDKN3,CENPA,CENPF,CHRM3,DLG1,DLGAP5,DTL,EDN1,EGF (includes EG:13645),FLT1,FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,IL11,KIF2C,KIF4A,NDC80,NEK2,NUSAP1,PDCD1LG2 (includes EG:309304),RUNX1,RUNX1T1,SPC25 (includes EG:100144563),TGFB2,TM4SF1,TNC (includes EG:116640),TOP2A,TTK
37
Mitosis 1,59E-08 BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,CENPA,CENPF,DLG1,DLGAP5,EDN1,EGF (includes EG:13645),FLT1,FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,IL11,KIF2C,KIF4A,NDC80,NEK2,NUSAP1,SPC25 (includes EG:100144563),TNC (includes EG:116640),TOP2A,TTK
26
Interphase 7,98E-03 BCAT1,BHLHE40,BIRC5,CCNA2,CCNB1,CCND2,CDK1,CDKN2C,CDKN3,CENPF,CREG1,CYP1B1,DTL,EGF (includes EG:13645),FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,KLF4,PBX1,RUNX2,TPD52L1
22
M phase 8,05E-07 BIRC5,CCDC99,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,CENPF,CEP55,DLGAP5,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,NUSAP1,PRC1 (includes EG:233406),TM4SF1,TOP2A
16
Segregation of chromosomes
7,23E-09 BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCNB1,CCNB2,CENPF,CENPW,KIF2C,NCAPG,NDC80,NEK2,NUSAP1,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A
13
Cytokinesis 6,87E-06 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,NUSAP1,PRC1 (includes EG:233406),TM4SF1,TOP2A
12
G2 phase 3,86E-03 BIRC5,CCNA2,CCNB1,CDK1,CENPF,DTL,EGF (includes EG:13645),FOXM1,IGFBP5,RUNX2,TPD52L1
11
G2/m phase 1,68E-03 BIRC5,CCNA2,CCNB1,CDK1,DTL,EGF (includes EG:13645),FOXM1,IGFBP5,RUNX2,TPD52L1
10
Mitosis of tumor cell lines
2,19E-04 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,DLGAP5,FOXM1,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A,TTK
9
G1/s phase 4,60E-03 BCAT1,BIRC5,CDKN2C,CDKN3,CREG1,EGF (includes 9
257
EG:13645),FOXM1,HGF,KLF4
Mitogenesis 4,78E-04 EDN1,EGF (includes EG:13645),FLT1,HBEGF,HGF,IGFBP5,IL11,TNC (includes EG:116640)
8
Mitosis of cervical cancer cell lines
3,07E-04 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),DLGAP5,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A,TTK
7
M phase of cervical cancer cell lines
4,43E-04 CCDC99,CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,TOP2A 7
G2/m phase transition
9,49E-04 BIRC5,CCNA2,CCNB1,CDK1,EGF (includes EG:13645),FOXM1,TPD52L1 7
S phase of tumor cell lines
8,89E-03 BHLHE40,CCNA2,CCND2,CDK1,EGF (includes EG:13645),FOXM1,PBX1 7
Delay in mitosis 2,02E-06 CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,DLGAP5,FOXM1,TOP2A 6
Cytokinesis of tumor cell lines
1,08E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,TOP2A 6
Entry into interphase
1,08E-02 BHLHE40,EGF (includes EG:13645),FOXM1,HBEGF,PBX1,RUNX2 6
Arrest in g2 phase of tumor cell lines
1,97E-02 CCNA2,CCNB1,CDK1,EGF (includes EG:13645),FOXM1,IGFBP5 6
Delay in mitosis of tumor cell lines
2,00E-05 CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CDK1,DLGAP5,TOP2A 5
Cytokinesis of cervical cancer cell lines
2,07E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L 5
Ploidy 2,18E-02 BIRC5,EDN1,NEK2,SCIN,TOP2A 5
Mitogenesis of connective tissue cells
8,68E-05 EDN1,EGF (includes EG:13645),HBEGF,IL11 4
Delay in mitosis of cervical cancer cell lines
1,34E-04 CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),DLGAP5,TOP2A 4
Spindle checkpoint of cells
1,07E-03 BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),DLGAP5,TTK 4
Arrest in g2/m phase transition of tumor cell lines
5,10E-03 CCNA2,CCNB1,CDK1,EGF (includes EG:13645) 4
Formation of mitotic 1,71E-02 BIRC5,KIF2C,KIF4A,NEK2 4
258
spindle
Mitogenesis of fibroblasts
5,82E-04 EGF (includes EG:13645),HBEGF,IL11 3
Mitogenesis of smooth muscle cells
9,13E-04 EDN1,EGF (includes EG:13645),HBEGF 3
Polyploidization of cells
1,88E-03 BIRC5,SCIN,TOP2A
3
Segregation of sister chromatids
3,32E-03 CCNA2,NDC80,NUSAP1 3
Delay in initiation of m phase
6,47E-03 BIRC5,CCNB1,TOP2A 3
Checkpoint control of mitotic spindle
6,89E-04 CDC20 (includes EG:107995),NDC80 2
Mitogenesis of pancreatic cancer cell lines
2,03E-03 EGF (includes EG:13645),HGF 2
Mitogenesis of cervical cancer cell lines
3,99E-03 EGF (includes EG:13645),IGFBP5 2
Senescence of vascular endothelial cells
6,53E-03 FLT1,TM4SF1 2
Mitotic exit 9,63E-03 BIRC5,CDC20 (includes EG:107995) 2
Polyploidization of tumor cell lines
9,63E-03 SCIN,TOP2A 2
Mitosis of bone cancer cell lines
1,32E-02 CDK1,FOXM1 2
Arrest in g2 phase of endothelial cell lines
2,63E-02 FOXM1 1
Arrest in s phase of ovarian cancer cell lines
2,63E-02 CDK1 1
Arrest in spindle checkpoint of cervical cancer cell
2,63E-02 DLGAP5 1
259
lines
Arrest in sub-g1 phase of endometrial cancer cell lines
2,63E-02 CYP1B1 1
Cell division of gonadal cell lines
2,63E-02 CHRM3 1
Cytokinesis of fibrosarcoma cell lines
2,63E-02 TOP2A 1
Delay in g1/s phase transition of germ cell tumor cell lines
2,63E-02 CREG1 1
Delay in initiation of mitotic exit of cervical cancer cell lines
2,63E-02 CDC20 (includes EG:107995) 1
Delay in segregation of sister chromatids
2,63E-02 CCNA2 1
Endoreduplication of cervical cancer cell lines
2,63E-02 KIF14 1
Entry into g2/m phase of endothelial cells
2,63E-02 RUNX2 1
Entry into cell cycle progression of gonadal cell lines
2,63E-02 CHRM3 1
Exit from g2/m phase of endothelial cells
2,63E-02 RUNX2 1
Exit from m phase 2,63E-02 CDC20 (includes EG:107995) 1
Hypodiploidy of prostate cancer cell lines
2,63E-02 BIRC5 1
260
Initiation of mitosis 2,63E-02 CDK1 1
Organização e associação celular (47 moléculas)
Segregation of chromosomes
7,23E-09 BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCNB1,CCNB2,CENPF,CENPW,KIF2C,NCAPG,NDC80,NEK2,NUSAP1,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A
13
Formation of filaments
1,49E-02 CHRM3,DLGAP5,EGF (includes EG:13645),FOXM1,GNG2,HGF,KISS1,MME,STMN2,TGFBI
10
Alignment of chromosomes
3,12E-07 BIRC5,CCNA2,DLGAP5,KIF14,KIF2C,NCAPG,TTK 7
Growth of neurites 4,04E-03 EFNB2,EGF (includes EG:13645),HGF,L1CAM,MMP2,TNC (includes EG:116640) 6
Chromosomal congression of chromosomes
3,02E-05 KIF14,KIF2C,NDC80,SGOL2 4
Formation of mitotic spindle
1,71E-02 BIRC5,KIF2C,KIF4A,NEK2 4
Formation of lamellipodia
2,39E-02 EGF (includes EG:13645),GRP,HGF,SPATA13 4
Organization of nucleus
2,59E-02 KIF4A,NDC80,SPC25 (includes EG:100144563),TTK 4
Segregation of sister chromatids
3,32E-03 CCNA2,NDC80,NUSAP1 3
Formation of nucleus
7,81E-03 CDK1,EGF (includes EG:13645),LMNB1 3
Polymerization of microtubules
1,28E-02 DLGAP5,FOXM1,STMN2 3
Organization of mitotic spindle
2,16E-02 NDC80,SPC25 (includes EG:100144563),TTK 3
Depolymerization of filaments
2,42E-02 F2RL1,KIF2C,STMN2 3
Function of tight junctions
6,89E-04 DLG1,MPP7 2
Structural integrity of plasma membrane
6,89E-04 CXADR,DLG1 2
Formation of nuclear envelope
2,03E-03 CDK1,EGF (includes EG:13645) 2
261
Alignment of sister chromatids
3,99E-03 NDC80,TOP2A 2
Elongation of mitotic spindle
3,99E-03 PRC1 (includes EG:233406),SPC25 (includes EG:100144563) 2
Attachment of spindle fibers
1,74E-02 CASC5,NDC80 2
Disruption of microtubules
1,74E-02 EGF (includes EG:13645),STMN2 2
Formation of tight junctions
1,74E-02 DLG1,MPP7 2
Destabilization of microtubules
2,19E-02 KIF2C,STMN2 2
Missegregation of chromosomes
2,19E-02 CENPA,KIF4A 2
Association of kinetochores
2,63E-02 BIRC5 1
Binding of myosin filaments
2,63E-02 FHL1 (includes EG:14199) 1
Communication of gap junctions
2,63E-02 MCAM 1
Delay in alignment of chromosomes
2,63E-02 CCNA2 1
Delay in segregation of sister chromatids
2,63E-02 CCNA2 1
Dispersal of centrosome
2,63E-02 NEK2 1
Formation of clathrin-coated pits
2,63E-02 EGF (includes EG:13645) 1
Formation of gap junction plaques
2,63E-02 EDN1 1
Formation of midzone
2,63E-02 KIF4A 1
Formation of sarcomere
2,63E-02 HBEGF 1
Proliferação e crescimento celular (104 moléculas)
262
Proliferation of cells 2,42E-06 AK4,AKR1C3,ANGPTL1,AQP1,BCAT1,BDKRB2,BHLHE40,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CASP1,CCNA2,CCND2,CD274,CDCP1,CDK1,CDKN2C,CDKN3,CDT1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),COL6A3,CREG1,CXADR,CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DLG1,DLGAP5,DSP,DTL,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,EGR2,ENPP1,ETV1,F2RL1,FGF1,FGF7,FHL1 (includes EG:14199),FLT1,FOXM1,FST,GAS6,GPNMB,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,HTR2B,IFIT3,IFITM1,IGFBP5,IL11,INSIG1,JAG1,KIAA0101,KIF20A,KIF2C,KISS1,KLF4,LAMA2,LAMA5,MCAM,MMP2,NCAPG,NEK2,NOG,NRP1 (includes EG:18186),NUPR1,PBK,PDCD1LG2 (includes EG:309304),PDGFRA,PMP22,PTGER2,PTGS1,PTPRG,QPCT,RGS4,RGS5,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,RUNX2,SCIN,TGFB2,TGFBI,TNFRSF21,TOP2A,TPD52,TTK,TYRP1,UBE2L6,UNC5B,USP18,VAMP8,VDR,WISP1,WNT16
100
Proliferation of tumor cell lines
4,46E-05 AKR1C3,BDKRB2,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCND2,CDCP1,CDK1,CDT1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),COL6A3,CREG1,CXADR,CYP1B1,DAB2,DIRAS3,DTL,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,EGR2,ETV1,F2RL1,FGF1,FGF7,FLT1,FOXM1,FST,GAS6,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,IGFBP5,IL11,JAG1,KIAA0101,KIF20A,KISS1,KLF4,NCAPG,NEK2,NRP1 (includes EG:18186),PBK,PDGFRA,PTGER2,PTPRG,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,RUNX2,TPD52,USP18,VDR,WISP1
56
Proliferation of breast cancer cell lines
1,39E-03 BDKRB2,BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),CCND2,CDK1,COL6A3,DAB2,EGF (includes EG:13645),FGF1,FGF7,FOXM1,HBEGF,HGF,IGFBP5,KISS1,NRP1 (includes EG:18186),PBK,PTPRG,VDR
19
Colony formation of cells
1,10E-03 BIRC5,CADM1,DIRAS3,EDN1,EGF (includes EG:13645),HGF,IFIH1,IL11,KLF4,LOXL4,NUPR1,PBK,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,RUNX2,TGFB2,TPD52
18
Proliferation of endothelial cells
2,56E-05 ANGPTL1,COL4A2 (includes EG:12827),DAB2,DLG1,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FGF1,FLT1,HGF,HTR2B,NRP1 (includes EG:18186),RGS5,RUNX2
15
Proliferation of prostate cancer cell lines
3,06E-04 BIRC5,CXADR,DAB2,DIRAS3,EGF (includes EG:13645),FGF1,FGF7,FST,GRP,HBEGF,HGF,IGFBP5,PDGFRA,TPD52,VDR
15
Proliferation of 1,79E-04 AQP1,EDN1,EGF (includes 14
263
connective tissue cells
EG:13645),FGF1,FGF7,GAS6,HGF,IGFBP5,NOG,PDGFRA,TGFB2,VDR,WISP1,WNT16
Proliferation of carcinoma cell lines
8,95E-03 BIRC5,CDCP1,DAB2,EGF (includes EG:13645),FGF7,FOXM1,GAS6,GRP,HGF,KISS1,NEK2,PDGFRA
12
Colony formation of tumor cell lines
1,14E-02 CADM1,DIRAS3,EDN1,EGF (includes EG:13645),HGF,KLF4,LOXL4,NUPR1,PBK,RRM2,RUNX2,TPD52
12
Proliferation of colon cancer cell lines
1,51E-02 BIRC5,CDK1,CDT1,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR2,F2RL1,FST,GRP,KLF4,RRM2
11
Proliferation of epithelial cells
1,16E-03 CCND2,EGF (includes EG:13645),FGF7,HBEGF,HGF,IL11,RGS4,TGFB2,VDR,WNT16
10
Proliferation of tumor cells
1,05E-02 CASP1,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,FOXM1,FST,HGF,JAG1,MCAM,TGFB2
10
Proliferation of kidney cell lines
6,33E-04 BIRC5,DIRAS3,DLGAP5,EGF (includes EG:13645),FGF1,HGF,PMP22,QPCT,UNC5B
9
Proliferation of epithelial cell lines
2,28E-03 BIRC5,DAB2,DIRAS3,DLGAP5,EGR1,FGF1,HGF,QPCT,UNC5B 9
Proliferation of vascular endothelial cells
3,53E-04 DAB2,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,HGF,NRP1 (includes EG:18186),RGS5
8
Proliferation of hepatoma cell lines
8,42E-03 BIRC5,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FGF7,GRP,HGF,NCAPG,RRM2 8
Proliferation of pancreatic cancer cell lines
1,53E-03 EGF (includes EG:13645),FOXM1,HBEGF,HGF,KIAA0101,KIF20A,RRM2 7
Proliferation of embryonic cell lines
3,00E-03 BIRC5,DIRAS3,DLGAP5,FGF1,HGF,QPCT,UNC5B 7
Proliferation of ovarian cancer cell lines
7,41E-03 DAB2,DIRAS3,EDN1,EGF (includes EG:13645),FST,HBEGF,PDGFRA 7
Arrest in growth of cells
2,26E-02 DAB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,FGF1,KLF4,NRP1 (includes EG:18186),RUNX1
7
Proliferation of brain cancer cell lines
2,48E-02 BIRC5,DTL,EGF (includes EG:13645),EGR1,HGF,JAG1,PDGFRA 7
Proliferation of keratinocytes
1,22E-03 EGF (includes EG:13645),FGF7,HGF,TGFB2,VDR,WNT16 6
264
Proliferation of muscle cells
2,43E-02 EDN1,FHL1 (includes EG:14199),HBEGF,HGF,IGFBP5,NOG 6
Proliferation of lymphatic system cells
7,55E-03 BIRC5,EDN1,FGF1,HGF,TGFB2 5
Colony formation of breast cancer cell lines
1,34E-02 DIRAS3,EGF (includes EG:13645),NUPR1,PBK,RUNX2 5
Proliferation of lymphatic endothelial cells
1,34E-03 EDN1,FGF1,HGF 3
Proliferation of neuronal cells
1,09E-02 EGF (includes EG:13645),HGF,JAG1 3
Proliferation of skin cancer cell lines
2,16E-02 EGF (includes EG:13645),HGF,PTGER2 3
Proliferation of embryonic cells
2,42E-02 EGF (includes EG:13645),FGF7,JAG1 3
Expansion of erythroid cells
6,89E-04 RUNX1,RUNX1T1 2
Colony formation of glioma cells
3,99E-03 HGF,TGFB2 2
Formation of foam cells
6,53E-03 EGF (includes EG:13645),IL33 2
Proliferation of heart cells
6,53E-03 NOG,WISP1 2
Proliferation of embryonic cancer cell lines
9,63E-03 DAB2,EGF (includes EG:13645) 2
Proliferation of exocrine cells
9,63E-03 FGF1,FGF7 2
Colony formation of erythroid cells
1,32E-02 RUNX1,RUNX1T1 2
Colony formation of melanoma cell lines
1,32E-02 EDN1,HGF 2
Proliferation of mesenchymal cells
1,32E-02 EGF (includes EG:13645),FGF7 2
265
Proliferation of neurosphere cells
1,32E-02 EGF (includes EG:13645),JAG1 2
Proliferation of leiomyoma cells
2,19E-02 EDN1,EGF (includes EG:13645) 2
Arrest in growth of chondrocyte cell lines
2,63E-02 FGF1 1
Arrest in growth of nervous tissue cell lines
2,63E-02 NRP1 (includes EG:18186) 1
Colony formation of sarcoma cell lines
2,63E-02 HGF 1
Expansion of dopaminergic neurons
2,63E-02 EGF (includes EG:13645) 1
Expansion of mesencephalic neurons
2,63E-02 EGF (includes EG:13645) 1
Formation of breast cell lines
2,63E-02 RUNX2 1
Formation of megakaryoblasts
2,63E-02 IL11 1
Growth of luminal epithelial cells
2,63E-02 HGF 1
Induction of hepatoma cell lines
2,63E-02 HGF 1
Inhibition of skin cancer cell lines
2,63E-02 EGF (includes EG:13645) 1
Movimento celular (70 moléculas)
Cell movement 7,53E-05 AGTR1,ANGPTL1,CCL8,CDCP1,CDK1,CHI3L1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),CXADR,DAB2,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FHL1 (includes EG:14199),FLT1,FOXM1,FPR1,GATA3,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,HOXD10,IGFBP5,IL11,IL33,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NPPB,NREP,NRP1 (includes EG:18186),OLR1,PARP9,PBK,PDGFRA,PMP22,RGS4,RUNX2,SPATA13,TGFB2,TNC (includes EG:116640),WISP1
50
266
Migration of cells 4,12E-05 ANGPTL1,CCL8,CDK1,CHI3L1,CHRM3,COL4A2 (includes EG:12827),CXADR,DAB2,EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FHL1 (includes EG:14199),FLT1,FOXM1,FPR1,GATA3,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,HOXD10,IGFBP5,IL11,IL33,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NPPB,NREP,NRP1 (includes EG:18186),OLR1,PARP9,PDGFRA,PMP22,RGS4,RUNX2,SPATA13,TGFB2,TNC (includes EG:116640)
46
Cell movement of tumor cell lines
1,73E-02 CDCP1,DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FLT1,FOXM1,GRP,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NREP,NRP1 (includes EG:18186),PBK,RUNX2,TNC (includes EG:116640),WISP1
25
Invasion of cells 2,91E-03 CHI3L1,CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),ETV1,FBLN5,FLT1,FOXM1,FST,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,MCAM,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PTGER2,RGS4,RRM2,UNC5B,WISP1
24
Migration of tumor cell lines
1,29E-02 DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,FBLN5,FGF1,FGF7,FOXM1,GRP,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,L1CAM,MMP2,MYO10,NREP,NRP1 (includes EG:18186),RUNX2,TNC (includes EG:116640)
21
Invasion of tumor cell lines
1,63E-02 CYP1B1,DAB2,EDN1,EGF (includes EG:13645),ETV1,FBLN5,FOXM1,GRP,HBEGF,HGF,HMMR,KISS1,KLF4,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PTGER2,RRM2,UNC5B,WISP1
19
Chemotaxis 5,22E-03 AGTR1,CCL8,CXADR,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,FPR1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PDGFRA,TGFB2
17
Homing of cells 7,95E-03 AGTR1,CCL8,CXADR,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,FPR1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,L1CAM,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PDGFRA,TGFB2
16
Chemotaxis of cells 1,46E-02 AGTR1,CCL8,CXADR,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FLT1,FPR1,HBEGF,HGF,IL33,KISS1,MMP2,NRP1 (includes EG:18186),PDGFRA,TGFB2
15
Cytokinesis 6,87E-06 BIRC5,CCNB1,CDC20 (includes EG:107995),CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,NUSAP1,PRC1 (includes EG:233406),TM4SF1,TOP2A
12
Migration of endothelial cells
1,87E-03 ANGPTL1,COL4A2 (includes EG:12827),EDN1,EFNB2,EGF (includes EG:13645),F2RL1,FGF1,FLT1,GATA3,HGF,NRP1 (includes EG:18186),OLR1
12
Cell movement of 1,84E-05 CDK1,EGF (includes EG:13645),FLT1,HGF,HMMR,L1CAM,MMP2,PARP9,TGFB2 9
267
tumor cells
Cell movement of cancer cells
3,15E-05 CDK1,FLT1,HGF,HMMR,L1CAM,MMP2,PARP9,TGFB2 8
Cell movement of colon cancer cell lines
3,49E-03 CDCP1,EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,GRP,HGF,KLF4 7
Cell movement of epithelial cells
1,08E-03 CHRM3,FGF7,HBEGF,HGF,PMP22,RGS4 6
Cytokinesis of tumor cell lines
1,08E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L,TOP2A 6
Migration of colon cancer cell lines
3,38E-03 EGF (includes EG:13645),EGR1,F2RL1,GRP,HGF,KLF4 6
Cell movement of carcinoma cell lines
9,41E-03 EGF (includes EG:13645),GRP,HGF,KISS1,RUNX2,WISP1 6
Invasion of pancreatic cancer cell lines
7,27E-04 EGF (includes EG:13645),FOXM1,HGF,NRP1 (includes EG:18186),RRM2 5
Migration of epithelial cells
1,18E-03 CHRM3,FGF7,HBEGF,PMP22,RGS4 5
Cytokinesis of cervical cancer cell lines
2,07E-03 CEP55,KIF14,KIF20A,KIF4A,NEDD4L 5
Invasion of colon cancer cell lines
1,06E-02 GRP,HGF,KLF4,NRP1 (includes EG:18186),UNC5B 5
Cell movement of smooth muscle cells
1,24E-02 FHL1 (includes EG:14199),HBEGF,HGF,IGFBP5,MMP2 5
Migration of carcinoma cell lines
1,67E-02 EGF (includes EG:13645),GRP,HGF,KISS1,RUNX2 5
Migration of neurons
3,81E-04 EGF (includes EG:13645),HBEGF,HGF,L1CAM 4
Invasion of squamous cell carcinoma cell lines
8,42E-03 EGF (includes EG:13645),GRP,HBEGF,HGF 4
Migration of neuroglia
5,82E-04 CHI3L1,HGF,TGFB2 3
Migration of 6,47E-03 EGF (includes EG:13645),FGF7,HGF 3
268
keratinocyte cancer cell lines Migration of fibroblast cell lines
7,81E-03 EGF (includes EG:13645),HBEGF,PDGFRA 3
Scattering of tumor cell lines
7,81E-03 EGF (includes EG:13645),HGF,L1CAM 3
Migration of lymphatic system cells
1,28E-02 FGF1,HGF,PDGFRA 3
Migration of pancreatic cancer cell lines
1,28E-02 EGF (includes EG:13645),FOXM1,HGF 3
Migration of keratinocytes
1,47E-02 CHRM3,FGF7,HBEGF 3
Invasion of fibrosarcoma cell lines
1,68E-02 FBLN5,KISS1,MMP2 3
Migration of ovarian cancer cell lines
1,68E-02 EDN1,EGF (includes EG:13645),HGF 3
Migration of skin cell lines
1,91E-02 EGF (includes EG:13645),HGF,PDGFRA 3
Homing of embryonic cell lines
2,16E-02 AGTR1,EGF (includes EG:13645),L1CAM 3
Homing of epithelial cell lines
2,16E-02 AGTR1,EGF (includes EG:13645),L1CAM 3
Scattering of stomach cancer cell lines
6,89E-04 EGF (includes EG:13645),HGF 2
Chemorepulsion of brain cancer cell lines
2,03E-03 FLT1,NRP1 (includes EG:18186) 2
Migration of astrocytes
2,03E-03 CHI3L1,HGF 2
Migration of sarcoma cell lines
2,03E-03 EGR1,HGF 2
Chemotaxis of 3,99E-03 EGF (includes EG:13645),PDGFRA 2
269
fibroblast cell lines
Migration of extravillous trophoblast cells
6,53E-03 CCL8,IL11 2
Scattering of breast cancer cell lines
9,63E-03 HGF,L1CAM 2
Chemotaxis of gonadal cell lines
1,32E-02 FPR1,KISS1 2
Invasion of trophoblast cells
1,32E-02 EGF (includes EG:13645),FST 2
Migration of lymphatic endothelial cells
1,32E-02 FGF1,HGF 2
Cell movement of leukemia cells
1,74E-02 FLT1,HMMR 2
Migration of glioma cells
1,74E-02 HGF,TGFB2 2
Migration of thyroid tumor cell lines
1,74E-02 HGF,KISS1 2
Mobility of cells 2,19E-02 CADM1,TM4SF1 2
Cell movement of chronic lymphocytic leukemia cells
2,63E-02 HMMR 1
Cell movement of colon carcinoma cells
2,63E-02 L1CAM 1
Cell movement of luminal epithelial cells
2,63E-02 HGF 1
Cell movement of myoepithelial cells
2,63E-02 HGF 1
Cell movement of progenitor cells
2,63E-02 HGF 1
Contact repulsion of axons
2,63E-02 L1CAM 1
Cytokinesis of 2,63E-02 TOP2A 1
270
fibrosarcoma cell lines Invasion of astrocytes
2,63E-02 CHI3L1 1
Invasion of melanocytes
2,63E-02 HGF 1
Replicação, recombinação e reparo de dna (45 moléculas)
Synthesis of dna 6,71E-05 BIRC5,CCNA2,CDKN2C,CDT1,CHRM3,EDN1,EGF (includes EG:13645),FBLN5,FGF1,FLT1,HBEGF,HGF,IGFBP5,PDGFRA,RGS4,TGFB2,TNC (includes EG:116640)
17
Segregation of chromosomes
7,23E-09 BUB1 (includes EG:100307076),CCNA2,CCNB1,CCNB2,CENPF,CENPW,KIF2C,NCAPG,NDC80,NEK2,NUSAP1,SPC25 (includes EG:100144563),TOP2A
13
Alignment of chromosomes
3,12E-07 BIRC5,CCNA2,DLGAP5,KIF14,KIF2C,NCAPG,TTK 7
Dna damage 3,24E-03 BIRC5,OLR1,PBK,RRM2,RUNX1,RUNX1T1,TOP2A 7
Chromosomal congression of chromosomes
3,02E-05 KIF14,KIF2C,NDC80,SGOL2 4
Condensation of chromosomes
8,50E-04 KIF4A,NCAPG,NUSAP1,TOP2A 4
Spindle checkpoint of cells
1,07E-03 BIRC5,BUB1 (includes EG:100307076),DLGAP5,TTK 4
Incorporation of thymidine
1,56E-02 EDN1,EGF (includes EG:13645),HBEGF,IGFBP5 4
Formation of mitotic spindle
1,71E-02 BIRC5,KIF2C,KIF4A,NEK2 4
Hydrolysis of nucleotide
2,21E-02 ATP7B,CDK1,IQGAP2,RGS4 4
Segregation of sister chromatids
3,32E-03 CCNA2,NDC80,NUSAP1 3
Hydrolysis of gtp 1,91E-02 CDK1,IQGAP2,RGS4 3
Organization of mitotic spindle
2,16E-02 NDC80,SPC25 (includes EG:100144563),TTK 3
Checkpoint control of mitotic spindle
6,89E-04 CDC20 (includes EG:107995),NDC80 2
271
Formation of nuclear envelope
2,03E-03 CDK1,EGF (includes EG:13645) 2
Alignment of sister chromatids
3,99E-03 NDC80,TOP2A 2
Elongation of mitotic spindle
3,99E-03 PRC1 (includes EG:233406),SPC25 (includes EG:100144563) 2
Arrest in spindle checkpoint of cervical cancer cell lines
2,63E-02 DLGAP5 1
Cleavage of pbr322 plasmid
2,63E-02 TOP2A 1
Deamination of deoxycytidine
2,63E-02 APOBEC3G 1
Deamination of deoxyuridine
2,63E-02 APOBEC3G 1
Delay in alignment of chromosomes
2,63E-02 CCNA2 1
Delay in segregation of sister chromatids
2,63E-02 CCNA2 1
Hydroxylation of dna
2,63E-02 EGF (includes EG:13645) 1
Hypercondensation of chromosomes
2,63E-02 KIF4A 1
Ligation of pbr322 plasmid
2,63E-02 TOP2A 1
272
APÊNDICE X- Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.
GO-ID p-value corr p-value
x n X N Description Genes in test set
278 1,03E-13 2,62E-10 34 380 279 14291 mitotic cell cycle
BCAT1|CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|FAM83D|KIF2C|SPC25|CENPA|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|PSMB9|AIM1|CCNB1|CCNB2
51239 4,89E-13 6,22E-10 58 1064 279 14291 regulation of multicellular organismal process
NOG|FGF7|NRP1|CADM1|PTGS1|FST|EDN1|F2RL1|LRRC17|JAG1|CXADR|AQP3|TGFB2|AGTR1|XYLT1|FGF1|CASP1|EGR1|CDK1|EGR2|PTPRG|STMN2|GRP|NCAM2|CHRM3|CCND2|C5ORF13|NPPB|CTSH|ENPP1|TNC|BDKRB2|IRAK3|VDR|BCHE|PYCARD|BHLHE40|RUNX1|EGF|NEFM|SRGN|B4GALT1|COL4A2|FLT1|LMCD1|CENPF|CDC20|HGF|CCNB1|LAMA2|LAMA1|LAMA4|LAMA5|PLN|HBEGF|PBX1|HTR2B|CACNA1A
273
22403 4,85E-12 4,11E-09 34 435 279 14291 cell cycle phase
BCAT1|CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|FAM83D|KIF2C|SPC25|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|SGOL2|CENPF|NUSAP1|CASC5|MND1|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|AIM1|CCNB1|CCNB2
22402 1,37E-11 8,68E-09 39 582 279 14291 cell cycle process
BCAT1|GAS2L3|CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|TGFB2|FAM83D|KIF2C|VDR|SPC25|CENPA|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|SGOL2|CENPF|NUSAP1|CASC5|MND1|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|PSMB9|AIM1|CCNB1|CCNB2
280 2,59E-11 1,10E-08 24 232 279 14291 nuclear division CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3
7067 2,59E-11 1,10E-08 24 232 279 14291 mitosis CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3
274
87 4,86E-11 1,77E-08 24 239 279 14291 M phase of mitotic cell cycle
CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3
48285 5,79E-11 1,84E-08 24 241 279 14291 organelle fission CDK1|CCDC99|NEK2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|CDC20|NDC80|BIRC5|CEP55|PBK|HGF|AIM1|FAM83D|CCNB1|KIF2C|SPC25|CCNB2|OIP5|NCAPG|BUB1|CCNA2|CDCA3
279 2,63E-10 7,44E-08 28 351 279 14291 M phase
CCDC99|PRC1|NEK2|TTK|CEP55|FAM83D|SPC25|KIF2C|NCAPG|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|DLGAP5|SGOL2|CENPF|NUSAP1|MND1|CASC5|BIRC5|NDC80|CDC20|PBK|HGF|AIM1|CCNB1|CCNB2
42127 7,42E-10 1,89E-07 45 848 279 14291 regulation of cell proliferation
NOG|NRP1|FGF7|IFITM1|FOXM1|E2F7|EDN1|PTGS1|TTK|MME|SP110|JAG1|BDKRB2|CXADR|TGFB2|IL11|VDR|AGTR1|CDKN2C|FOXF1|GPNMB|EGF|FGF1|CCNA2|B4GALT1|CDK1|PTGER2|FLT1|DTL|HCLS1|CDC20|HGF|CDKN3|PDCD1LG2|CCNB1|LAMA5|CCND2|CD274|PDGFRA|WFDC1|PBX1|HTR2B|PMP22|KLF4|IGFBP5
275
7049 1,01E-09 2,33E-07 43 794 279 14291 cell cycle
BCAT1|GAS2L3|CCDC99|PRC1|NEK2|FOXM1|E2F7|TTK|CEP55|RHOU|GTSE1|CDT1|TGFB2|FAM83D|KIF2C|VDR|SPC25|CENPA|NCAPG|CDKN2C|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|SGOL2|DLGAP5|CENPF|NUSAP1|CASC5|MND1|MPP7|TPD52L1|NDC80|CDC20|BIRC5|PBK|HGF|CDKN3|PSMB9|AIM1|CCNB1|CCNB2
48856 2,00E-09 4,24E-07 93 2652 279 14291 anatomical structure development
NOG|NRP1|FGF7|TSPAN2|CADM1|FST|EDN1|SOBP|L1CAM|LRRC17|JAG1|CXADR|TPD52|MMP2|HOXD10|AQP3|TGFB2|IL11|AGTR1|DAB2|UNC5B|CDKN2C|XYLT1|GATA3|FOXF1|CASP1|SPON2|FGF1|CCNA2|EGR1|CDK1|EGR2|STMN2|CRYAB|PTPRG|EFNB2|PCDH9|NCAM2|CHRM3|CCND2|DOK5|C5ORF13|PDGFRA|HSD11B1|DSP|NPPB|SGCD|CNTN3|PMP22|CTSH|ABLIM1|WNT16|ENPP1|HOXA13|TNC|C1S|SP110|VDR|TCF21|NPTX1|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|RUNX1|RUNX2|NEFM|SRGN|B4GALT1|FLT1|ADAM23|HCLS1|CENPF|CASC5|CDC20|HGF|MCAM|PCDH18|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|CCNB2|SEMA6D|LAMA5|PLN|HBEGF|PBX1|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|ATP7B
276
48731 2,47E-09 4,44E-07 87 2418 279 14291 system development
NOG|NRP1|FGF7|CADM1|TSPAN2|FST|EDN1|SOBP|L1CAM|LRRC17|JAG1|CXADR|TPD52|MMP2|HOXD10|AQP3|TGFB2|IL11|AGTR1|UNC5B|CDKN2C|XYLT1|FOXF1|SPON2|FGF1|CCNA2|EGR1|CDK1|EGR2|STMN2|CRYAB|PTPRG|EFNB2|PCDH9|NCAM2|CHRM3|CCND2|DOK5|C5ORF13|PDGFRA|HSD11B1|DSP|SGCD|CNTN3|PMP22|CTSH|ABLIM1|WNT16|ENPP1|HOXA13|TNC|C1S|SP110|VDR|TCF21|NPTX1|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|RUNX1|RUNX2|NEFM|SRGN|B4GALT1|FLT1|ADAM23|HCLS1|CENPF|CDC20|HGF|PCDH18|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|CCNB2|SEMA6D|LAMA5|PLN|HBEGF|PBX1|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|ATP7B
50793 2,61E-09 4,44E-07 42 788 279 14291 regulation of developmental process
NOG|NRP1|FGF7|ENPP1|EDN1|FST|LRRC17|PALMD|JAG1|CXADR|RHOU|AQP3|TGFB2|VDR|AGTR1|XYLT1|FOXF1|EGF|RUNX1|FGF1|NEFM|SRGN|B4GALT1|CDK1|COL4A2|EGR2|STMN2|PTPRG|CENPF|CDC20|HGF|GRP|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|LAMA5|CCND2|C5ORF13|NPPB|PBX1|CACNA1A
277
51301 2,62E-09 4,44E-07 25 314 279 14291 cell division CCDC99|PRC1|NEK2|CEP55|TGFB2|FAM83D|SPC25|KIF2C|NCAPG|OIP5|BUB1|CCNA2|CDCA3|CDK1|SGOL2|CENPF|CASC5|NUSAP1|BIRC5|NDC80|CDC20|AIM1|CCNB1|CCNB2|CCND2
48519 5,48E-09 8,70E-07 76 2019 279 14291 negative regulation of biological process
GAS2L3|NOG|NRP1|MASP1|E2F7|PTGS1|FST|EDN1|TTK|LRRC17|APOBEC3G|JAG1|CXADR|CDT1|IL11|TGFB2|DAB2|XYLT1|CDKN2C|FOXF1|TGFBI|PAG1|DLG1|EGR1|DEPDC6|CDK1|PTPRG|CRYAB|STMN2|DTL|PDCD1LG2|GRP|TNFRSF10D|WFDC1|NPPB|PMP22|WNT16|ENPP1|IFITM1|FOXM1|SP110|BDKRB2|VDR|IRAK3|TCF21|BCHE|BUB1|BHLHE40|GPNMB|EGF|RUNX1|RUNX2|SRGN|B4GALT1|COL4A2|PTPRE|LMCD1|CENPF|CDC20|BIRC5|RGS17|HGF|CDKN3|PSMB9|CCNB1|PLN|CD274|RGS5|HBEGF|SMURF2|PBX1|GK|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5
7059 7,07E-09 1,06E-06 13 83 279 14291 chromosome segregation
CCDC99|NEK2|DLGAP5|SGOL2|CENPF|CASC5|NUSAP1|NDC80|BIRC5|CCNB1|SPC25|NCAPG|TOP2A
278
48523 8,04E-09 1,14E-06 71 1843 279 14291 negative regulation of cellular process
GAS2L3|NOG|NRP1|E2F7|PTGS1|FST|EDN1|TTK|LRRC17|JAG1|CXADR|CDT1|IL11|TGFB2|DAB2|XYLT1|CDKN2C|FOXF1|TGFBI|PAG1|DLG1|EGR1|DEPDC6|CDK1|PTPRG|CRYAB|STMN2|DTL|PDCD1LG2|GRP|TNFRSF10D|WFDC1|NPPB|PMP22|WNT16|ENPP1|IFITM1|FOXM1|BDKRB2|SP110|TCF21|IRAK3|VDR|BCHE|BUB1|BHLHE40|GPNMB|RUNX1|RUNX2|SRGN|B4GALT1|PTPRE|LMCD1|CENPF|CDC20|BIRC5|RGS17|HGF|CDKN3|PSMB9|CCNB1|CD274|RGS5|HBEGF|SMURF2|PBX1|GK|HTR2B|CACNA1A|KLF4|IGFBP5
32879 8,70E-09 1,16E-06 39 727 279 14291 regulation of localization
NRP1|FGF7|ENPP1|CADM1|TNC|EDN1|FST|PTGS1|F2RL1|JAG1|TGFB2|IL11|AGTR1|SORBS1|FOXF1|PYCARD|NEDD4L|CASP1|EGF|RAB27B|SRGN|B4GALT1|CDK1|FLT1|CRYAB|HGF|LAMA2|CCNB1|LAMA1|LAMA4|LAMA5|PLN|PDGFRA|HBEGF|GK|HTR2B|CTSH|CACNA1A|IGFBP5
279
9653 2,05E-08 2,61E-06 53 1218 279 14291 anatomical structure morphogenesis
NOG|FGF7|NRP1|FST|EDN1|SOBP|L1CAM|JAG1|TPD52|MMP2|HOXD10|AQP3|TGFB2|AGTR1|DAB2|UNC5B|FOXF1|GATA3|FGF1|SPON2|CASP1|CCNA2|CDK1|EGR2|CRYAB|EFNB2|C5ORF13|PDGFRA|NPPB|DSP|PMP22|CTSH|ABLIM1|WNT16|HOXA13|TNC|SP110|TCF21|VDR|COL8A1|EGF|B4GALT1|FLT1|CASC5|HGF|MCAM|CCNB1|LAMA1|LAMA5|PBX1|HTR2B|KLF4|CACNA1A
7155 4,64E-08 5,56E-06 37 710 279 14291 cell adhesion
ITGB3BP|C1ORF38|NRP1|CADM1|TNC|L1CAM|EDIL3|CXADR|ITGBL1|CDH8|RGMB|SORBS1|FOXF1|COL6A3|CNTNAP3|COL8A1|GPNMB|SPON2|DLG1|FLRT3|B4GALT1|HAPLN1|OLR1|ADAM23|PCDH9|MCAM|PCDH18|TNFAIP6|NCAM2|LAMA5|FBLN5|DSC3|DSC2|DSP|CNTN3|JAM2|CDH10
280
APÊNDICE Y - Tabela da classificação funcional dos genes constituintes da rede de interações no contexto formada pela lista dos genes diferencialmente
expressos em CTMH/inv senescentes comparadas às CTMH jovens com a adição de 50 genes do genoma humano.
GO-ID p-value corr p-valor x n X N Description Genes in test set
48519 1,02E-21 2,99E-18 98 2018 259 14290 negative regulation of biological process
NOG|EDN1|SNCA|FST|VTN|SHH|DAB2|EIF4EBP1|MYD88|PICALM|SERPINE1|PAG1|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|PDCD1LG2|DDIT3|DDIT4|BACE2|F3|VEGFA|FGFR1|WNT5B|ENPP1|RBP1|TIMP2|SESN2|TIMP3|VDR|BHLHE40|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|CFLAR|BMP2|GAS1|HGF|NTN1|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|RGS5|CD274|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|E2F7|CXADR|EDNRA|WARS|HMOX1|SEMA3A|HHIP|FAM129A|NRG1|DLG1|IRAK1|ARID5B|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|SERPINB2|NPPB|WNT16|NDN|TRIB3|ASNS|THBS1|GPNMB|NEFL|PIK3R2|ENO1|TXNIP|PTPRE|IGF1|RGS17|PARK2|PLG|PLN|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A
48523 4,91E-21 7,17E-18 92 1842 259 14290 negative regulation of cellular process
NOG|NRP1|E2F7|FST|SNCA|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|WARS|DAB2|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|HMOX1|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FAM129A|PAG1|DLG1|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|PDCD1LG2|DDIT4|GRP|TNFRSF9|CTH|EREG|TNFRSF10D|F3|BACE2|VEGFA|SERPINB2|NPPB|FGFR1|WNT16|WNT5B|NDN|RBP1|ENPP1|TRIB3|ASNS|SESN2|TIMP2|TIMP3|VDR|BHLHE40|GPNMB|TRAF6|THBS1|NEFL|RUNX2|ENO1|TXNIP|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|NTN1|PLG|CDKN1C|CDKN1A|CBLB|SFRP1|RGS4|CD274|RGS5|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|CACNA1A|KLF4|IGFBP5|HTR2A
281
51239 4,19E-20 4,08E-17 67 1064 259 14290 regulation of multicellular organismal process
NOG|NRP1|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|VTN|CPEB1|CXADR|SHH|WARS|AGTR1|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|CASP1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|F7|GRP|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|ERBB4|ENPP1|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|BHLHE40|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|NEFM|PLAT|BMP4|BMP2|PELI1|NTN4|IGF1|PARK2|HGF|NTN1|PLG|LAMA1|ATP2A2|SFRP1|PLN|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|HTR2A
7167 2,01E-19 1,47E-16 38 344 259 14290 enzyme linked receptor protein signaling pathway
FGFR2|FGFR1|NOG|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|LTBP2|FST|RGMB|EIF4EBP1|ANGPTL1|NRG1|EGF|FGF1|SYK|TXNIP|PLAT|BMP4|EGFR|IRAK1|PTPRD|BMP2|PTPRE|SOCS2|PTPRG|ARID5B|CBL|HGF|KDR|EREG|DOK5|VEGFA|NPPB|HBEGF|GDF15|BMP7|CACNA1A
42127 4,88E-19 2,85E-16 58 847 259 14290 regulation of cell proliferation
NOG|NRP1|E2F7|EDN1|CXADR|SHH|EDNRA|AGTR1|WARS|HMOX1|SERPINE1|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|RXRA|CDK4|PDCD1LG2|TNFRSF9|CTH|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|FGFR4|FGFR3|NDN|ERBB4|TIMP2|VDR|GPNMB|THBS1|TRAF6|EGF|TXNIP|BMP4|BMP2|PELI1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|CBLB|CDKN1A|SFRP1|CD274|PBX1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|IGFBP5|HTR2A
48731 1,24E-17 5,37E-15 101 2419 259 14290 system development
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|THBS1|GPNMB|COL8A1|NEFL|DCLK1|NEFM|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|
282
IGFBP5
9653 1,29E-17 5,37E-15 68 1218 259 14290 anatomical structure morphogenesis
NOG|NRP1|FST|EDN1|L1CAM|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|DAB2|UNC5B|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|CASP1|FGF1|SYK|EGFR|NRXN3|ARID5B|RXRA|F7|GEM|KRT19|EREG|VEGFA|NPPB|ADAM12|FGFR1|WNT16|SHROOM3|NDN|ERBB4|FHL1|TIMP3|SRF|VDR|KAL1|COL8A1|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|DCLK1|ACTB|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|SFRP1|FOXE1|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4
48856 2,95E-17 1,08E-14 106 2653 259 14290 anatomical structure development
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|CASP1|NRXN3|ARID5B|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|EHF|ASNS|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5
283
10646 1,94E-16 6,30E-14 64 1152 259 14290 regulation of cell communication
NOG|SNCAIP|FST|SNCA|EDN1|L1CAM|VTN|CPEB1|MYD88|CXCR4|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|CASP1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|ARHGEF6|FADD|F7|RPTOR|DDIT4|EREG|F3|VEGFA|FGFR1|WNT16|WNT5B|ERBB4|ENPP1|OXTR|TRIB3|TIMP2|VDR|BHLHE40|THBS1|TRAF6|EGF|PLAT|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|PTPRE|IGF1|PARK2|RGS17|HGF|GAS1|CDKN1C|TNFSF10|CBLB|SFRP1|RGS4|RGS5|HBEGF|MTOR|BMP7|CACNA1A|PLAU|IGFBP5|HTR2A
51240 4,16E-16 1,21E-13 31 278 259 14290 positive regulation of multicellular organismal process
FGFR1|NOG|ERBB4|EDN1|SNCA|FST|OXTR|SRF|SHH|VDR|MYD88|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|CASP1|NRG1|TRAF6|THBS1|BMP4|EGFR|PELI1|BMP2|F7|HGF|PLG|CHRM3|EREG|F3|VEGFA|BMP7|HTR2A
50793 1,01E-15 2,67E-13 51 788 259 14290 regulation of developmental process
NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|RHOU|SHH|AGTR1|WARS|MYOCD|HMOX1|SERPINE1|SEMA3A|FGF1|NRG1|SYK|PTPRG|STMN2|RXRA|GRP|EREG|CCND2|F3|VEGFA|NPPB|FGFR1|SHROOM3|WNT5B|ENPP1|TRIB3|OXTR|TIMP2|SRF|VDR|THBS1|TRAF6|EGF|NEFL|NEFM|BMP4|BMP2|NTN4|IGF1|HGF|NTN1|KDR|LAMA1|SFRP1|PBX1|BMP7|CACNA1A
7275 1,34E-15 3,04E-13 110 2968 259 14290 multicellular organismal development
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|FGF1|NRG1|NRXN3|ARID5B|FMN2|SGCG|EREG|CHRM3|DOK5|CCND2|NPPB|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5
284
32502 1,35E-15 3,04E-13 116 3231 259 14290 developmental process
NOG|LTBP2|TSPAN2|EDN1|FST|L1CAM|MMP2|SHH|AGTR1|DAB2|UNC5B|MYOCD|SERPINE1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|GEM|F7|DDIT3|KRT19|F3|VEGFA|FGFR1|FGFR3|WNT5B|HMGB3|ENPP1|ERBB4|BEX1|TIMP2|SRF|TIMP3|VDR|KAL1|TRAF6|EGF|RUNX2|BMP4|PLAT|BMP2|ST6GAL2|MET|NTN4|GAS1|HGF|KRT34|NTN1|KDR|CDKN1C|LAMA1|CDKN1A|HOXB1|ATP2A2|SFRP1|ST8SIA4|EBF1|MTOR|BMP7|KLF4|PLAU|CACNA1A|NRP1|CXADR|EDNRA|EDNRB|HMOX1|CREG1|CASP8|SEMA3A|HHIP|CASP1|NRG1|FGF1|NRXN3|ARID5B|FMN2|CHRM3|SGCG|EREG|DOK5|CCND2|NPPB|ADAM12|DHH|WNT16|SHROOM3|NDN|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|C1S|COL6A3|COL8A1|GPNMB|THBS1|NEFL|NEFM|DCLK1|TXNIP|ACTB|COL15A1|IGF1|AFF3|PARK2|PLG|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|IGFBP5|HTR2A
48518 2,60E-15 5,42E-13 91 2205 259 14290 positive regulation of biological process
NOG|NRP1|FST|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|CHRM3|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|FHL1|OXTR|TRIB3|C1R|ASNS|EHF|C1S|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|CBLB|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A
10647 3,91E-15 7,61E-13 36 413 259 14290 positive regulation of cell communication
FGFR1|WNT16|ERBB4|SNCA|OXTR|L1CAM|VTN|VDR|MYD88|HMOX1|CASP8|CASP1|EGF|THBS1|TRAF6|SYK|BMP4|EGFR|CFLAR|BMP2|PELI1|IGF1|FADD|PARK2|GAS1|F7|HGF|RPTOR|CDKN1C|TNFSF10|EREG|F3|VEGFA|HBEGF|MTOR|BMP7
285
48522 6,40E-15 1,17E-12 85 2001 259 14290 positive regulation of cellular process
NOG|NRP1|SNCA|EDN1|F2RL1|L1CAM|VTN|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|NLRC4|EIF4EBP1|PICALM|MYD88|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|CASP1|NRG1|FAM129A|FGF1|SYK|EGFR|IRAK1|STMN2|RXRA|ARHGEF6|FADD|F7|CDK4|DDIT3|PDCD1LG2|RPTOR|TNFRSF9|EREG|CCND2|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|WNT5B|FGFR3|ERBB4|OXTR|TRIB3|ASNS|EHF|SRF|VDR|RGMB|NEDD4L|EGF|TRAF6|THBS1|NEFL|TXNIP|BMP4|CFLAR|BMP2|PELI1|CBL|IGF1|PARK2|HGF|GAS1|NTN1|PLG|KDR|CDKN1C|HOXB1|CDKN1A|TNFSF10|EIF4E|NUPR1|EBF1|FOXE1|HBEGF|PBX1|MTOR|BMP7|HTR2A
40007 7,22E-15 1,24E-12 26 208 259 14290 growth FGFR2|FGFR1|FGFR3|NDN|FHL1|TIMP3|SHH|SERPINE1|DCLK1|BMP4|BMP2|ST6GAL2|RXRA|ARID5B|IGF1|GAS1|PLG|EREG|NUPR1|INHBE|VEGFA|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|IGFBP5
48513 1,10E-14 1,78E-12 79 1790 259 14290 organ development
NOG|NRP1|FST|EDN1|CXADR|MMP2|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|MYOCD|HMOX1|CASP8|SERPINE1|HHIP|SEMA3A|NRG1|FGF1|SYK|EGFR|PTPRG|ARID5B|RXRA|F7|GEM|DDIT3|KRT19|EREG|SGCG|CCND2|VEGFA|FGFR1|DHH|WNT16|WNT5B|SHROOM3|ERBB4|ENPP1|FHL1|OXTR|ASNS|EHF|TIMP3|SRF|VDR|COL6A3|COL8A1|GPNMB|EGF|TRAF6|THBS1|DCLK1|TXNIP|PLAT|BMP4|BMP2|COL15A1|IGF1|HGF|GAS1|KRT34|NTN1|PLG|KDR|LAMA1|HOXB1|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|PLN|PHGDH|FOXE1|HBEGF|PBX1|BMP7|CACNA1A|PLAU|KLF4|IGFBP5
23033 3,26E-14 5,01E-12 86 2097 259 14290 signaling pathway
NOG|LTBP2|FST|EDN1|F2RL1|L1CAM|RHOU|CXCL12|SHH|EDNRA|AGTR1|EDNRB|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|CXCR4|HMOX1|NRG1|RAB27B|FGF1|PAG1|SYK|EGFR|IRAK1|SOCS2|STMN2|PTPRG|ARID5B|RXRA|ARHGEF6|ARHGAP29|GEM|DDIT3|GRP|FMN2|CHRM3|EREG|DOK5|F3|VEGFA|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|FGFR2|FGFR1|WNT16|FGFR4|IL1R1|WNT5B|FGFR3|NMI|NDN|ERBB4|OXTR|VDR|RGMB|ANGPTL1|EGF|TRAF6|THBS1|TXNIP|PLAT|BMP4|GPR155|PTPRD|BMP2|PTPRE|CBL|MET|IGF1|HGF|KDR|LAMA1|CDKN1A|CBLB|SFRP1|ATP2A2|RPS6KA2|RGS4|CD274|HBEGF|
286
MTOR|GDF15|BMP7|CACNA1A|HTR2A
23052
5,91E-14 8,63E-12 110 3128 259 14290 signaling
NOG|LTBP2|EDN1|SNCA|FST|F2RL1|L1CAM|ANKRD1|CXCL12|SHH|AGTR1|EIF4EBP1|MYD88|DIRAS3|ANK2|UNC5B|RAB27B|PAG1|SYK|EGFR|SOCS2|PTPRG|STMN2|RXRA|FADD|GEM|DDIT3|TNFAIP6|F3|VEGFA|FGFR2|FGFR1|IL1R1|FGFR4|FGFR3|WNT5B|ERBB4|VDR|ANGPTL1|TRAF6|EGF|BMP4|PLAT|GPR155|BMP2|MET|NTN4|HGF|KDR|LAMA1|CBLB|TNFSF10|CDKN1A|ATP2A2|SFRP1|RGS4|CD274|MTOR|BMP7|PLAU|CACNA1A|NRP1|RHOU|EDNRA|EDNRB|CXCR4|HMOX1|CNTNAP3|FGF1|NRG1|CASP1|DLG1|IRAK1|NRXN3|ARHGEF6|ARID5B|ARHGAP29|CDK4|GRP|FMN2|EREG|CHRM3|TNFRSF10D|DOK5|SH3KBP1|NPPB|GUCY1B3|ARL4C|DHH|WNT16|NMI|NDN|OXTR|GPRC5A|RGMB|THBS1|PIK3R2|TXNIP|PTPRD|DLGAP1|PTPRE|CBL|COL15A1|IGF1|PARK2|RPS6KA2|HBEGF|GDF15|IGFBP5|HTR2A
*p-valor corrigido por Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR). x = o número de genes constituintes da rede, classificados no processo biológico do total X; X = total do número de genes
constituintes da rede que se inseriu em algum processo biológico; n= número de genes do genoma humano envolvido com o processo biológico de um total N; N= total de genes do genoma humano
anotados em processos biológicos sengundo o BINGO. 1 processos biológicos classificados de acordo com o GO (gene ontology). Estão listados somente os 20 processos que apresentaram p-valor
˂0,05 com correção FDR, ordenados do mais representados para os menos.
287
APÊNDICE Z - Tabela da comparação dos valores de Fold Change obtidos por análise de Microarray e de qPCR.
Fold Change por ADORA2B CCL7 SFRP1 KYNU ANKRD1 MMP1 LAMC2 G0S2 ALDH1A1 MAB21L1 NDN YWHAZ
CTMH/n_jovens vs CMTH/n Senescentes
Microarranjos ND ND ND ND -11,2205 4,34315 ND ND ND ND ND 1
qPCR 0,816735 4,241349 0,953098 0,732824 0,092066 4,6585 1,139223 1,466246 0,103725 0,917549 2,039583 1
valor de P
0,003 0,0173 CTMH/inv_jovens vs CTMH/inv Senescentes
Microarranjos ND ND -3,57804 ND -4,46141 ND ND 6,36868 ND ND 5,27179 1
qPCR 8,38413 1,84346 0,271548 0,575128 0,212635 0,621564 0,833506 45,71479 1,343754 0,399078 13,57535 1
valor de P 0,01 <0.001 0,052 0,078
CTMH/n jovens vs CTMH/inv Jovens
Microarranjos 4,2307 4,1251 -19,1773 4,88697 -8,77528 -8,79661 -14,4033 3,16497 -26,1744 5,26257 6,29509 1
qPCR 0,561207 13,8286 0,095798 17,35176 0,396335 0,55391 0,05942 9,59623 0,139944 1,876331 2,820094 1
valor de P 0,029 0,099 <0.001 0,023 0,8 0,23 0,021 0,048 <0.001 0,001 0,015 CTMH/n senescentes vs CTMH/inv Senescentes
Microarranjos 7,17501 8,538 -39,0604 21,6892 -13,4826 -96,6301 -17,3405 28,6178 -56,2836 3,7473 17,2732 1
qPCR 8,0109 8,947832 0,023669 18,11707 0,117488 0,010657 0,010294 419,3468 4,269237 2,044939 15,15871 1
valor de P 0,001 0,036 0,003 <0.001 <0.001 0,003 <0.001 <0.001 0,258 0,01 <0.001 *indica os valores de Fold Change entre Microarray corroboraram com significância estatística (Teste T). ND = genes não diferencialmente expressos pela análise de microarranjos.
288
10. ANEXOS
Localização nucleotídica
Gene Symbol Localização cromossômica Descrição Início Fim
70174019 70175807 LOC654340 3p13 RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 3 pseudogene
70189368 70189639 LOC100128448 3p13 ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein pseudogene 4
70800218 70800623 LOC100289131 3p13 cytochrome c oxidase subunit VIc pseudogene
71820806 71834357 PROK2 3p13 prokineticin 2
72136041 72136811 CCDC137P 3p13 coiled-coil domain containing 137 pseudogene
72423744 72495774 RYBP 3p13 RING1 and YY1 binding protein
72798428 72897598 SHQ1 3p13 SHQ1 homolog (S. cerevisiae)
72937385 73024525 GXYLT2 3p13 glucoside xylosyltransferase 2
73046119 73115011 PPP4R2 3p13 protein phosphatase 4, regulatory subunit 2
73110810 73112488 EBLN2 3p13 endogenous Bornavirus-like nucleoprotein 2
73231455 73232558 CCDC75P1 3p13 coiled-coil domain containing 75 pseudogene 1
73431652 73674072 PDZRN3 3p13 PDZ domain containing ring finger 3
74150457 74152906 HSP90AB5P 3p13 heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class B member 5, pseudogene
75377699 75388223 MYLKP 3p13 myosin light chain kinase pseudogene 1
75397394 75397915 OR7E66P 3p13 olfactory receptor, family 7, subfamily E, member 66 pseudogene
75405636 75406661 OR7E22P 3p13 olfactory receptor, family 7, subfamily E, member 22 pseudogene
1,54E+08 154042286 DHX36 3p13-q23 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 36
16628299 16647006 DAZL 3p24.3 deleted in azoospermia-like
16734255 16734939 LOC100132260 3p24.3 chromodomain protein, Y-like pseudogene
16926452 17132098 PLCL2 3p24.3 phospholipase C-like 2
17198654 17784240 TBC1D5 3p24.3 TBC1 domain family, member 5
17506623 17507040 RPL31P19 3p24.3 ribosomal protein L31 pseudogene 19
17706459 17706516 RNU7-10P 3p24.3 RNA, U7 small nuclear 10 pseudogene
ANEXO 1 – Lista dos genes localizados próximo a região da inversão cromossômica (inv3p13-25~26) constituinte das CTMH/inv
289
17741392 17741464 TRNAC31P 3p24.3 transfer RNA cysteine 31 (anticodon GCA) pseudogene
17912909 17914193 PP1P 3p24.3 pyrophosphatase (inorganic) 1 pseudogene
17918758 17919688 LOC100132683 3p24.3 phosducin-like 3 pseudogene
18580165 18581388 LOC131185 3p24.3 RAD23 homolog B (S. cerevisiae) pseudogene
19190017 19577135 KCNH8 3p24.3 potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8
19920964 19975706 EFHB 3p24.3 EF-hand domain family, member B
19981758 19988477 LOC402125 3p24.3 heat shock cognate 71 kDa protein-like
20021453 20053765 PP2D1 3p24.3 protein phosphatase 2C-like domain containing 1
20053895 20054293 RPL39P18 3p24.3 ribosomal protein L39 pseudogene 18
20202085 20227724 SGOL1 3p24.3 shugoshin-like 1 (S. pombe)
21447218 21448200 VENTXP7 3p24.3 VENT homeobox pseudogene 7
21462490 21792816 ZNF385D 3p24.3 zinc finger protein 385D
23031314 23033070 LOC100130785 3p24.3 sal-like 4 (Drosophila) pseudogene 5
23175810 23176358 RPL24P7 3p24.3 ribosomal protein L24 pseudogene 7
49726990 49758962 RNF123 3p24.3 ring finger protein 123
69103881 69129524 UBA3 3p24.3-p13 ubiquitin-like modifier activating enzyme 3
19988572 20026667 RAB5A 3p24-p22 RAB5A, member RAS oncogene family
14530619 14583588 GRIP2 3p24-p23 glutamate receptor-interacting protein 2
29322803 30051886 RBMS3 3p24-p23 RNA binding motif, single stranded interacting protein 3
8775486 8788451 CAV3 3p25 caveolin 3
8792094 8811300 OXTR 3p25 oxytocin receptor
11178779 11304939 HRH1 3p25 histamine receptor H1
12045862 12233532 SYN2 3p25 synapsin II
12194568 12200851 TIMP4 3p25 OTTHUMP00000160184
12329349 12475855 PPARG 3p25 peroxisome proliferator-activated receptor gamma
12598594 12625212 MKRN2 3p25 makorin ring finger protein 2
12625100 12705700 RAF1 3p25 v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog 1
12881811 12881949 SNORA7A 3p25 small nucleolar RNA, H/ACA box 7A
290
13860082 13921618 WNT7A 3p25 proto-oncogene Wnt7a protein
14186647 14220172 XPC 3p25 xeroderma pigmentosum, complementation group C
14989236 15090780 NR2C2 3p25 nuclear receptor subfamily 2, group C, member 2
15090019 15106816 MRPS25 3p25 mitochondrial ribosomal protein S25
15173343 15173710 RPS24P10 3p25 ribosomal protein S24 pseudogene 10
15491640 15563258 COLQ 3p25 collagen-like tail subunit (single strand of homotrimer) of asymmetric acetylcholinesterase
15643255 15687325 BTD 3p25 biotinidase
3168600 3190707 TRNT1 3p25.1 tRNA nucleotidyl transferase, CCA-adding, 1
12948885 12949492 UNQ6487 3p25.1 LMNE6487
13094274 13094682 RPL39P17 3p25.1 ribosomal protein L39 pseudogene 17
13357737 13461809 NUP210 3p25.1 nucleoporin 210kDa
13501791 13514100 LOC100128772 3p25.1 proline-rich protein 3-like
13521715 13547924 HDAC11 3p25.1 histone deacetylase 11
13590625 13679922 FBLN2 3p25.1 fibulin 2
13692221 13788132 LOC285375 3p25.1 hypothetical LOC285375
13968358 13969257 VN1R20P 3p25.1 vomeronasal 1 receptor 20 pseudogene
13974553 13978444 LOC100132526 3p25.1 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5 pseudogene
13978807 14107484 TPRXL 3p25.1 tetra-peptide repeat homeobox-like
14130553 14131358 VN1R21P 3p25.1 vomeronasal 1 receptor 21 pseudogene
14153577 14166371 CHCHD4 3p25.1 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 4
14166440 14185180 TMEM43 3p25.1 transmembrane protein 43
14220228 14239869 LSM3 3p25.1 LSM3 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)
14614359 14616299 LOC131973 3p25.1 rhomboid 5 homolog 1 (Drosophila) pseudogene
14693253 14714166 C3orf19 3p25.1 chromosome 3 open reading frame 19
14716606 14814543 C3orf20 3p25.1 chromosome 3 open reading frame 20
14860469 14976072 FGD5 3p25.1 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5
15111580 15140655 ZFYVE20 3p25.1 zinc finger, FYVE domain containing 20
291
15182863 15183711 LOC100287512 3p25.1 ribosomal protein S3A pseudogene
15206869 15247466 DVWA 3p25.1 collagen, type VI, alpha 4 pseudogene 1
15415760 15417267 HMGN2L7 3p25.1 high mobility group nucleosomal binding domain 2 pseudogene 7
15451377 15469042 METTL6 3p25.1 methyltransferase like 6
15469064 15484120 EAF1 3p25.1 ELL associated factor 1
15602239 15643130 HACL1 3p25.1 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
15708743 15901053 ANKRD28 3p25.1 ankyrin repeat domain 28
15915278 15915356 MIR563 3p25.1 microRNA 563
15919457 15921802 IMPDH1P8 3p25.1 IMP (inosine monophosphate) dehydrogenase 1 pseudogene 8
16216184 16271253 GALNTL2 3p25.1 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase-like 2
16298568 16306496 DPH3 3p25.1 DPH3, KTI11 homolog (S. cerevisiae)
9932271 9936033 JAGN1 3p25.2 jagunal homolog 1 (Drosophila)
11602886 11605949 LOC100133039 3p25.2 hypothetical LOC100133039
11831919 11888352 TAMM41 3p25.2 TAM41, mitochondrial translocator assembly and maintenance protein, homolog (S. cerevisiae)
11920291 11920594 CYCSP12 3p25.2 cytochrome c, somatic pseudogene 12
11941485 11942719 NUP210P2 3p25.2 nucleoporin 210kDa pseudogene 2
12298875 12299981 GSTM5P1 3p25.2 glutathione S-transferase mu 5 pseudogene 1
12525931 12574820 TSEN2 3p25.2 tRNA splicing endonuclease 2 homolog (S. cerevisiae)
12581280 12586963 LOC100129480 3p25.2 hypothetical protein LOC100129480
12775392 12800808 TMEM40 3p25.2 transmembrane protein 40
12828834 12830219 KRT18P17 3p25.2 keratin 18 pseudogene 17
12838171 12876313 CAND2 3p25.2 cullin-associated and neddylation-dissociated 2 (putative)
12938719 13114617 IQSEC1 3p25.2 IQ motif and Sec7 domain 1
5488662 5488789 MRPS35P1 3p25.3 mitochondrial ribosomal protein S35 pseudogene 1
6814724 6815033 MRPS36P1 3p25.3 mitochondrial ribosomal protein S36 pseudogene 1
8613468 8615580 LINC00312 3p25.3 long intergenic non-protein coding RNA 312
292
8729920 8730840 OR7E122P 3p25.3 olfactory receptor, family 7, subfamily E, member 122 pseudogene
9022278 9291311 SRGAP3 3p25.3 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 3
9258579 9260213 SRGAP3-AS3 3p25.3 SRGAP3 antisense RNA 3 (non-protein coding)
9390127 9390873 PGAM1P4 3p25.3 phosphoglycerate mutase 1 pseudogene 4
9404717 9428475 THUMPD3 3p25.3 THUMP domain containing 3
9430537 9439174 LOC440944 3p25.3 hypothetical LOC440944
9439403 9519838 SETD5 3p25.3 SET domain containing 5
9540045 9595486 LHFPL4 3p25.3 lipoma HMGIC fusion partner-like 4
9643378 9644409 LOC643459 3p25.3 dual specificity phosphatase 5 pseudogene
9745510 9771592 CPNE9 3p25.3 copine family member IX
9799029 9811668 CAMK1 3p25.3 calcium/calmodulin-dependent protein kinase I
9821651 9834420 TADA3 3p25.3 transcriptional adaptor 3
9834179 9848789 ARPC4 3p25.3 actin related protein 2/3 complex, subunit 4, 20kDa
9851644 9878040 TTLL3 3p25.3 tubulin tyrosine ligase-like family, member 3
9879533 9885702 RPUSD3 3p25.3 RNA pseudouridylate synthase domain containing 3
9908394 9921938 CIDEC 3p25.3 cell death-inducing DFFA-like effector c
9944296 9958086 IL17RE 3p25.3 interleukin 17 receptor E
9958758 9975305 IL17RC 3p25.3 interleukin 17 receptor C
9975524 9987097 CRELD1 3p25.3 cysteine-rich with EGF-like domains 1
9987226 9994078 PRRT3 3p25.3 proline-rich transmembrane protein 3
10005636 10028522 TMEM111 3p25.3 transmembrane protein 111
10028595 10046944 LOC442075 3p25.3 hypothetical LOC442075
10042324 10042631 CYCSP10 3p25.3 cytochrome c, somatic pseudogene 10
10048102 10052779 LOC401052 3p25.3 hypothetical LOC401052
10059237 10067820 CIDECP 3p25.3 cell death-inducing DFFA-like effector c pseudogene
10099246 10100140 CYCSP11 3p25.3 cytochrome c, somatic pseudogene 11
10123004 10149915 C3orf24 3p25.3 chromosome 3 open reading frame 24
10157333 10168874 BRK1 3p25.3 BRICK1, SCAR/WAVE actin-nucleating complex subunit
293
10183319 10195354 VHL 3p25.3 von Hippel-Lindau tumor suppressor
10206563 10285427 IRAK2 3p25.3 interleukin-1 receptor-associated kinase 2
10290177 10322906 TATDN2 3p25.3 TatD DNase domain containing 2
10326103 10327430 GHRLOS2 3p25.3 ghrelin opposite strand RNA 2 (non-protein coding)
10327438 10335133 GHRLOS 3p25.3 ghrelin opposite strand RNA (non-protein coding)
10365707 10547268 ATP2B2 3p25.3 ATPase, Ca++ transporting, plasma membrane 2
10436173 10436246 MIR885 3p25.3 microRNA 885
10801169 10805877 LOC285370 3p25.3 hypothetical LOC285370
10857917 10980146 SLC6A11 3p25.3 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, GABA), member 11
11275939 11276366 LOC728143 3p25.3 mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40-like
11314010 11599139 ATG7 3p25.3 ATG7 autophagy related 7 homolog (S. cerevisiae)
11597544 11762220 VGLL4 3p25.3 vestigial like 4 (Drosophila)
8918880 9005159 RAD18 3p25-p24 RAD18 homolog (S. cerevisiae)
10342615 10362858 SEC13 3p25-p24 SEC13 homolog (S. cerevisiae)
11034420 11080935 SLC6A1 3p25-p24 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, GABA), member 1
12876444 12883081 RPL32 3p25-p24 ribosomal protein L32
14444106 14530857 SLC6A6 3p25-p24 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, taurine), member 6
16306667 16347594 OXNAD1 3p25-p24 oxidoreductase NAD-binding domain containing 1
4456244 4456647 MRPS10P2 3p26 mitochondrial ribosomal protein S10 pseudogene 2
4939910 4948186 LOC100507582 3p26 hypothetical LOC100507582
5021097 5026866 BHLHE40 3p26 basic helix-loop-helix family, member e40
9691117 9744078 MTMR14 3p26 myotubularin related protein 14
10068113 10143614 FANCD2 3p26 Fanconi anemia, complementation group D2
74311722 74570343 CNTN3 3p12.3 (3p26) contactin 3 (plasmacytoma associated)
238650 451098 CHL1 3p26.1 cell adhesion molecule with homology to L1CAM (close homolog of L1)
350400 351002 RPS8P6 3p26.1 ribosomal protein S8 pseudogene 6
4024407 4025979 LOC100288506 3p26.1 polyribonucleotide nucleotidyltransferase pseudogene
4344988 4358949 SETMAR 3p26.1 SET domain and mariner transposase fusion gene
294
4402829 4508966 SUMF1 3p26.1 sulfatase modifying factor 1
4535032 4889524 ITPR1 3p26.1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1
4790876 4793274 EGOT 3p26.1 eosinophil granule ontogeny transcript (non-protein coding)
5121263 5126193 LOC643182 3p26.1 upstream binding transcription factor, RNA polymerase I pseudogene
5163930 5222601 ARL8B 3p26.1 ADP-ribosylation factor-like 8B
5229359 5261650 EDEM1 3p26.1 ER degradation enhancer, mannosidase alpha-like 1
8262834 8543344 LOC100288428 3p26.1 hypothetical LOC100288428
8661317 8693737 C3orf32 3p26.1 chromosome 3 open reading frame 32
6902802 7783218 GRM7 3p26.1-p25.1 glutamate receptor, metabotropic 7
3191317 3221401 CRBN 3p26.2 cereblon
3841121 3889387 LRRN1 3p26.2 leucine rich repeat neuronal 1
9791628 9808353 OGG1 3p26.2 8-oxoguanine DNA glycosylase
237441 239090 CHL1-AS2 3p26.3 CHL1 antisense RNA 2 (non-protein coding)
659472 660040 RPSAP32 3p26.3 ribosomal protein SA pseudogene 32
1637421 1637929 RPL23AP38 3p26.3 ribosomal protein L23a pseudogene 38
1771738 1772158 RPL23AP39 3p26.3 ribosomal protein L23a pseudogene 39
1947332 1947853 RPL21P17 3p26.3 ribosomal protein L21 pseudogene 17
2140550 3099645 CNTN4 3p26.3 contactin 4
3111401 3152058 IL5RA 3p26-p24 interleukin 5 receptor, alpha
8543511 8609806 LMCD1 3p26-p24 OTTHUMP00000207035
1134629 1445278 CNTN6 3p26-p25 contactin 6
9773434 9789699 BRPF1 3p26-p25 bromodomain and PHD finger containing, 1
10327434 10334631 GHRL 3p26-p25 ghrelin/obestatin prepropeptide