Toma de muestras
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HOSPITAL DE INFECTOLOGÍA CMN “LA RAZA”
CURSO DE ANTIBIÓTICOS E INFECCIONES
TEMA: TOMA DE MUESTRAS
Gustavo Leal R3MI HECMNRMéxico, D.F. - 15 Diciembre 2015
Introducción
Laboratorio de microbiología
Aislamiento, identificación y
determinación de sensibilidad a
antimicrobianos de microorganismos
causales de enfermedades
Detección de anticuerpos, antígenos y
ácidos nucleicos de diversas muestras
Diagnóstico precoz
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Consecuencias de una muestra mal tomada
Fracaso de aislamiento
Aislamiento de
contaminantes no
relacionados a infección
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Información clínica útil para procesamiento
■ Tipo de muestra (centrifugación, homogeneización=■ Medios de cultivo primarios■ Microorganismos sospechados (Medios de cultivo infrecuentes o
específicos)
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Técnicas de diagnóstico rápido
■ Antígenos■ Ácidos nucleicos■ Inmunofluorescencia directa■ Aglutinación en látex■ Enzimoinmunoensayo■ Inmunocromatografía■ Anticuerpos
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Toma de muestras
Hemocultivos
■ Desinfectar botellas con alcohol isopropílico al 70%, limpiar sitio de punción con alcohol – clorhexidina
■ Adultos 10-20cc por cada juego de hemocultivos■ Dividir en aerobios y anaerobios, 2 o 3 frascos por episodio séptico■ Infección de torrente sanguíneo confirmada
– 1 cultivo positivo por venopunción– Microorganismos de piel: >2 hemocultivos tomados en ocasiones
separadas para el mismo oranismo y síntomas clínicos
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Infecciones asociadas a catéter
■ Tomar un juego por el dispositivo y uno por venopunción■ Ambos deben ser positivos para el mismo microorganismo■ Sin otro sitio de infección■ Criterios
– Diferencia de crecimiento >2 horas– Razón >5:1 de línea central contra periférico– Alternativa: Tomar uno por el dispositivo y otro por punción para
cultivos de rutina
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Consideraciones en hemocultivos
■ La presencia de fiebre no es sensible o específica para la presencia de bacteremia
■ Tiempo uno tras otro en sitios separados■ Volumen óptimo: 20 mL■ Porcentaje de detección
– 1 tubo: 73-80%– 2 tubos: 80-89%– 3 tubos: 95-98%– 5 tubos: 99-100%
J Clin Microbiol. 2007;45(11):3546.J Clin Microbiol. 2008;46(4):1381.
Consideraciones en hemocultivos
■ Medio de cultivo con resinas, agentes líticos o sustancias neutralizantes: Bacteremias en pacientes con antibiótico
■ Hongos filamentosos y dimórficos (Histoplasma capsulatum), micobacterias (M. Avium, M. Tuberculosis) detectados con sistema de centrifugación y lisis
■ BACTEC: Micobacterias■ Tiempo de incubación: 48 horas■ Fungemia: 24 a 48 horas adicionales■ HACEK (Haemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Eikenella
corrodens, Kingella): 5 días de incubación
Blood cultures for the detection of bacteremia: UpToDate 2015
Hemocultivos de seguimiento
■ Bacteremia por S. Aureus■ Endocarditis■ Fiebre, leucocitosis o signos de infección 72 horas después de inicio
de antibiótico■ Sitio de infección con poca penetración de antibiótico ■ Infecciones abdominales, SNC■ Presencia de prótesis valvulares, líneas intravasculares, o marcapasos■ Patógenos resistentes■ Sitio de bacteremia inicial desconocido
Blood cultures for the detection of bacteremia: UpToDate 2015
Punta de catéter
■ Remover de maner aséptica un segmento ~4 cm de la punta y almacenar en contenedor estéril
■ Transportar y prevenir que se seque■ Rodar punta en placa de agar: >15 colonias de microorganismo
aislado de cultivo periférico con signos y síntomas (y sin otra infección): CR-BSI
■ No se recomienda realizar de manera rutinaria
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Absceso o herida
■ Limpiar superficie con alcohol al 70% y secar■ Aspirar pus o fluido de ser posible■ Transporte en jeringa o vial para anaerobios■ Solicitar tinción Gram■ Heridas crónicas: Biopsia o cultivo de tejido profundo
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Esputo
■ No comida 1 a 2 horas previo■ Enjuague bucal del paciente para remover exceso de flora■ Tos profunda en contenedor estéril■ Inoculación inmediata■ Examen citológico (>10 células epiteliales escamosas): Nueva
muestra■ Tinción Gram
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Clin Infect Dis. 1994;18(4):501.
Indicaciones de Gram y cultivo previo a tratamiento
■ Admisión a UCI■ Falla de antibióticos en paciente externo■ Lesiones cavitadas■ Abuso de alcohol■ Enfermedad pulmonar crónica■ Antígeno urinario positivo para S. Pneumoniae o Legionella■ Derrame pleural■ Neumonía nosocomial
Clin Infect Dis. 2007;44 Suppl 2:S27.
Interpretación
■ Semicuantitativo (1+ a 4+)■ Patógenos reales: 3+■ Hemocultivo y cultivo de expectoración iguales: sugiere etiología■ Broncoscopia: Puede q los microorganismos no sobrevivan
– Transporte prolongado– Solución salina bacteriostática
N Engl J Med. 1973;289(15):794.Sputum cultures for the evaluation of bacterial pneumonia. UpToDate 2015
Aspirado Traqueal
■ No requiere citológico■ Realizar tinción Gram y cultivos de rutina
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Lavado broncoalveolar
■ Obtenido por broncoscopia o mini BAL■ Transporte rápido a procesamiento■ No se acepta para cultivos anaerobios■ De preferencia líquido concentrado para tinciones y cultivos■ Cultivos >100 UFC se consideran significativos
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Broncoscopia
■ Mycobacterium tuberculosis■ P. Jirovecii■ Hongos■ Virus■ Malignidad
Clin Infect Dis. 1998;26(3):742.
Transporte y recolecciónMuestra Método Volumen Temperatura ComentariosExpectoración Contenedor
estéril25°C Lavar boca,
tinción GramBroncoscopia Contenedor
estéril25°C
Nasal Insertar torunda humectada en narinas, inocular
25 °C Detección de S. Aureus o estreptococo grupo A
Nasofaringe Torunda nasofaringe posterior, inocular
25°C
Garganta Faringe posterior y amígdalas
25°C Informar si se encuentra N. gonorrhoeae
Boruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate 2015
Orina
■ Chorro medio– Mujeres: Separar labios, colectar chorro medio en contenedor
estéril– Hombres: Retraer prepucio, colectar chorro medio en contenedor
estéril■ Cateterizados
– Recientes: Aspiración aséptica desde puerto de catéter urinario– Largo plazo: Cambio de sonda, punción aséptica de puerto
■ Transporte: Refrigerar a 4°C, en caso de retraso almacenar en tubo con ácido bórico
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Tiras de orina
■ Sensibilidad y especificidad de 75 y 66% en mujeres de 17 – 70 años atención primaria
■ Nitritos, esterasa, eritrocitos, y síntomas■ VPN: 67%, VPP: 82%■ Mejora el diagnóstico de ITU, pero no descarta infección
Br J Gen Pract. 2010;60(576):495.
Health Technol Assess. 2009;13(19):iii.
Piuria
■ Pacientes infectados (>10 leucocitos/microL, o 10,000/mL)■ Punto de corte: 8 células/microlitro corresponde a 2-5 leucocitos por
campo en análisis de sedimento urinario■ Bacteriuria en ausencia de piruria: sugiere contaminación de muestra
Sampling and evaluation of voided urine in the diagnosis of UTI in adults: UpToDate 2015
Piuria estéril
■ Contaminación con solución esterilizante (limpieza meato)■ Contaminación con leucocitos vaginales■ Nefritis intersticial crónica■ Litiasis renal■ Tumor uroepitelial■ Proceso inflamatorio abdominal■ Microorganismos atípicos
Sampling and evaluation of voided urine in the diagnosis of UTI in adults: UpToDate 2015
Indicaciones urocultivo
■ Sospecha de ITU, excepto mujeres jóvenes no embarazadas con síntomas de cistitis
■ En dichos casos se indica en estas situaciones:– Sospecha de infección complicada– Síntomas atípicos– Sospecha de pielonefritis– Falla a tratamiento inicial– Síntomas recurrentes a menos de un mes de tratamiento
Sampling and evaluation of voided urine in the diagnosis of UTI in adults: UpToDate 2015
Transporte y conservación
■ Recipiente estéril■ Para toma de muestra de sonda desinfectar con alcohol, remover 5 a
10 mL■ Más de 1 mL para cultivo de rutina■ >20 mL para cultivo de hongos o micobacterias■ 4°C
Boruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate 2015
Criterios para interpretación de resultados■ Recuentos significativos: 105 unidades formadoras de colonias por mililitro■ Recuentos inferiores:
– Orinas obtenidas por punción suprapúbica o procedentes del riñón: Cualquier recuento indica infección
– Mujeres jóvenes con síndrome miccional y leucocituria: >102 ufc/mL– Varones recuentos de 103 ufc/mL– Orinas obtenidas por sondaje vesical recuentos >103 ufc/mL de
cualquier microorganismo en cultivo puro■ Recuentos bajos <104 ufc/mL de microorganismos de piel o genitales
externos/internos: contaminantes
Andreu Domingo A et al. Diagnóstico microbiológico de las ITU. SEIMC 2010
Andreu Domingo A et al. Diagnóstico microbiológico de las ITU. SEIMC 2010
Transporte y conservaciónMuestra Método Volumen Temperatura ComentariosFluidos (Endomertrial, pélvico)
Contenedor anaerobio estéril
1 a 10 mL 4°C Apropiado para especímenes que no atraviesen áreas colonizadas
Chlamydia, Neisseria gonorrhoeae
Torunda o transporte chlamydia
4°C EIA, amplificación molecular
N. Gonorrhoeae Inoculado selectivo o kit de transporte
25°C Transporte de CO2
Herpes simplex Transporte de virus
4°C Depende de método
Vaginal “Swab” 4°C Trichomonas, candida, etc.
Próstata Masage prostático, contenedor estéril
1 a 5 mL última orina
4°C
Boruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate 2015
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Heces fecales
■ Colectar en contenedor estéril■ 3 días posterior a hospitalización: Considerar C. Difficile■ Un espécimen por día■ No se recomienda procesar heces formadas
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Clostridium DifficileReacción en cadena de polimerasa
• Gen tcdB: Toxina B
Inmunoensayo enzimático para glutamato deshidrogenasa• No distingue entre cepas toxigénicas y no toxigénicas
Inmunoensayo enzimático para toxinas A y B• Citotóxica: Toxina B• Sensibilidad 75%, especificidad 99%
Cultivo de citotoxicidad celular• Estándar de oro• Heces a células: Efecto citopático de C. Difficile
Cultivo anaerobio
Lamont JT, Clostridium difficile infection in adults: Clinical manifestations and diagnosis. Uptodate 2015
Transporte y recolecciónMuestra Método Volumen Almacenamie
ntoComentarios
HecesCultivo de rutina
Contenedor estéril o medio de transporte de heces
>2 gramos 4°C (25°C si se utiliza sistema entérico)
No enviar a cultivo muestras de pacientes hospitalizados >3 días
Toxina C. Difficile
Contenedor estéril
>5mL 5°C por <24 hrs-20°C por >24 hrs
Diarrea >3 días hospitalizado
Huevos y parásitos
Medio estéril 25°C Muestras frescas: Examen inmediatoBoruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate
2015
Muestras gastrointestinales
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Líquido cefalorraquídeo
■ Obtener previo a antimicrobiano■ Meningitis: Obtener de 2 a 4 hemocultivos■ Bacterias: 1-2 mL, micobacterias u hongos: 5-10 mL■ Evaluación inicial (glucosa, recuento celular con diferencial, protéinas,
tinción Gram, cultivo de bacterias)■ Muestra adicional para estudios adicionales después de evaluación
inicial■ Tubo inicial: Mayor probabilidad de contaminación con flora cutánea,
no se recomienda para tinciones, cultivo, frotis, o estudios moleculares
Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html
Jo Baron E, Miller M, et al. IDSA Guidelines 2013
Líquido cefalorraquídeo■ Enterovirus (Echovirus y coxsackievirus): Ensayos moleculares■ Sensibilidad tinción Gram
– Sin antibióticos: 60-80%– Con antibióticos: 40-60%
■ Micobacterias: 5 mL– Sensibilidad cultivo: 25-70%– Amplificación ácidos nucleicos: baja sensibilidad
■ Criptococos– Tinta china: >90% sensibilidad y especificidad
■ Coccidioides – Fijación de complemento
Jo Baron E, Miller M, et al. IDSA Guidelines 2013
Diagnóstico microbiológicoAgente Procedimiento Muestra óptima TransporteStreptococcus pneumoniae
Neisseria meningitidis
Listeria monocytogenes
Streptococus agalactiae
Haemophilus influenzae
Escherichia coli
Enterobacteriaceae
Elizabethkingia meningoséptica
Tinción Gram
Cultivo aerobios
LCR, sangre Contenedor estéril
Cultivos aerobios
Jo B
aron
E, M
iller M
, et a
l. ID
SA G
uide
lines
201
3
Diagnóstico microbiológicoAgente Procedimiento Muestra óptima TransporteMycobacterium tuberculosis
Tinción ZNCultivo micobacteriasAAN
LCR >5mL Contenedor estéril en 2 hrs
Treponema pallidum
VDRL, FTA ABS LCR Contenedor estéril
Cryptococcus neoformans, gattil
Prueba antígenoTinción chinaCultivo de hongos
LCR Contenedor estéril cerrado 2 hrs
EnterovirusParaechovirusVaricella Zoster
AAN LCR Contenedor cerrado 2 horas
Jo Baron E, Miller M, et al. IDSA Guidelines 2013
Cavidades estériles
Muestra Método Volumen Temperatura ComentariosPeritonealPericárdicoSinovialPleural
Contenedor estéril o inoculación en frascos de hemocultivo
De 1 a 10 mL 4°C No enviar en fluido
Especificar sospecha de artritis gonocócica
Boruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate 2015
Piel y Tejidos Blandos
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003
Huesos y articulaciones
■ Artritis: Líquido sinovial■ Osteomielitis: Biopsia ósea o exudado
Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003