TogoTable （事例紹介）ms-bio.info/images/171126BH1711_kawano.pdf · Music Brainz (zitgist)...

Licensed under CC-BY 4.0 ©2016 YOUR NAME(DBCLS)Licensed under CC-BY 4.0 ©2017 SHIN KAWANO (DBCLS/NBDC)

TogoTable （事例紹介）

情報・システム研究機構　データサイエンス共同利用基盤施設　ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）科学技術振興機構　バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

河野　信

©2013 Shin Kawano Licensed Under CC 表示 2.1 日本

TogoTable

RDFでつながったデータから様々なアノテーションを取得して表に追加

2

http://togotable.dbcls.jp/

As of September 2011

MusicBrainz

(zitgist)

P20

Turismo de

Zaragoza

yovisto

Yahoo! Geo

Planet

YAGO

World Fact-book

El ViajeroTourism

WordNet (W3C)

WordNet (VUA)

VIVO UF

VIVO Indiana

VIVO Cornell

VIAF

URIBurner

Sussex Reading

Lists

Plymouth Reading

Lists

UniRef

UniProt

UMBEL

UK Post-codes

legislationdata.gov.uk

Uberblic

UB Mann-heim

TWC LOGD

Twarql

transportdata.gov.

uk

Traffic Scotland

theses.fr

Thesau-rus W

totl.net

Tele-graphis

TCMGeneDIT

TaxonConcept

Open Library (Talis)

tags2con delicious

t4gminfo

Swedish Open

Cultural Heritage

Surge Radio

Sudoc

STW

RAMEAU SH

statisticsdata.gov.

uk

St. Andrews Resource

Lists

ECS South-ampton EPrints

SSW Thesaur

us

SmartLink

Slideshare2RDF

semanticweb.org

SemanticTweet

Semantic XBRL

SWDog Food

Source Code Ecosystem Linked Data

US SEC (rdfabout)

Sears

Scotland Geo-

graphy

ScotlandPupils &Exams

Scholaro-meter

WordNet (RKB

Explorer)

Wiki

UN/LOCODE

Ulm

ECS (RKB

Explorer)

Roma

RISKS

RESEX

RAE2001

Pisa

OS

OAI

NSF

New-castle

LAASKISTI

JISC

IRIT

IEEE

IBM

Eurécom

ERA

ePrints dotAC

DEPLOY

DBLP (RKB

Explorer)

Crime Reports

UK

Course-ware

CORDIS (RKB

Explorer)CiteSeer

Budapest

ACM

riese

Revyu

researchdata.gov.

ukRen. Energy Genera-

tors

referencedata.gov.

uk

Recht-spraak.

nl

RDFohloh

Last.FM (rdfize)

RDF Book

Mashup

Rådata nå!

PSH

Product Types

Ontology

ProductDB

PBAC

Poké-pédia

patentsdata.go

v.uk

OxPoints

Ord-nance Survey

Openly Local

Open Library

OpenCyc

Open Corpo-rates

OpenCalais

OpenEI

Open Election

Data Project

OpenData

Thesau-rus

Ontos News Portal

OGOLOD

JanusAMP

Ocean Drilling Codices

New York

Times

NVD

ntnusc

NTU Resource

Lists

Norwe-gian

MeSH

NDL subjects

ndlna

myExperi-ment

Italian Museums

medu-cator

MARC Codes List

Man-chester Reading

Lists

Lotico

Weather Stations

London Gazette

LOIUS

Linked Open Colors

lobidResources

lobidOrgani-sations

LEM

LinkedMDB

LinkedLCCN

LinkedGeoData

LinkedCT

LinkedUser

FeedbackLOV

Linked Open

Numbers

LODE

Eurostat (OntologyCentral)

Linked EDGAR

(OntologyCentral)

Linked Crunch-

base

lingvoj

Lichfield Spen-ding

LIBRIS

Lexvo

LCSH

DBLP (L3S)

Linked Sensor Data (Kno.e.sis)

Klapp-stuhl-club

Good-win

Family

National Radio-activity

JP

Jamendo (DBtune)

Italian public

schools

ISTAT Immi-gration

iServe

IdRef Sudoc

NSZL Catalog

Hellenic PD

Hellenic FBD

PiedmontAccomo-dations

GovTrack

GovWILD

GoogleArt

wrapper

gnoss

GESIS

GeoWordNet

GeoSpecies

GeoNames

GeoLinkedData

GEMET

GTAA

STITCH

SIDER

Project Guten-berg

MediCare

Euro-stat

(FUB)

EURES

DrugBank

Disea-some

DBLP (FU

Berlin)

DailyMed

CORDIS(FUB)

Freebase

flickr wrappr

Fishes of Texas

Finnish Munici-palities

ChEMBL

FanHubz

EventMedia

EUTC Produc-

tions

Eurostat

Europeana

EUNIS

EU Insti-

tutions

ESD stan-dards

EARTh

Enipedia

Popula-tion (En-AKTing)

NHS(En-

AKTing) Mortality(En-

AKTing)

Energy (En-

AKTing)

Crime(En-

AKTing)

CO2 Emission

(En-AKTing)

EEA

SISVU

education.data.g

ov.uk

ECS South-ampton

ECCO-TCP

GND

Didactalia

DDC Deutsche Bio-

graphie

datadcs

MusicBrainz

(DBTune)

Magna-tune

John Peel

(DBTune)

Classical (DB

Tune)

AudioScrobbler (DBTune)

Last.FM artists

(DBTune)

DBTropes

Portu-guese

DBpedia

dbpedia lite

Greek DBpedia

DBpedia

data-open-ac-uk

SMCJournals

Pokedex

Airports

NASA (Data Incu-bator)

MusicBrainz(Data

Incubator)

Moseley Folk

Metoffice Weather Forecasts

Discogs (Data

Incubator)

Climbing

data.gov.uk intervals

Data Gov.ie

databnf.fr

Cornetto

reegle

Chronic-ling

America

Chem2Bio2RDF

Calames

businessdata.gov.

uk

Bricklink

Brazilian Poli-

ticians

BNB

UniSTS

UniPathway

UniParc

Taxonomy

UniProt(Bio2RDF)

SGD

Reactome

PubMedPub

Chem

PRO-SITE

ProDom

Pfam

PDB

OMIMMGI

KEGG Reaction

KEGG Pathway

KEGG Glycan

KEGG Enzyme

KEGG Drug

KEGG Com-pound

InterPro

HomoloGene

HGNC

Gene Ontology

GeneID

Affy-metrix

bible ontology

BibBase

FTS

BBC Wildlife Finder

BBC Program

mes BBC Music

Alpine Ski

Austria

LOCAH

Amster-dam

Museum

AGROVOC

AEMET

US Census (rdfabout)

Media

Geographic

Publications

Government

Cross-domain

Life sciences

User-generated content

http://togotable.dbcls.jp/


プロテオームデータの標準化とデータベースの世界動向

情報・システム研究機構　データサイエンス共同利用基盤施設　ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）科学技術振興機構　バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

河野　信


NGS vs MS

NGS MS

生データ FASTQ .raw/.wiff/.baf …

解析ソフトウェアマルチプラットフォームオープンなものが多い

中にはWindows専用のものもようやくオープンスースなものがポツ

ポツと

TopHat/Bowtie/Cufflinks/GATKMascot/X! tandem/ProteinPilot/

MaxQuant/Skyline…

解析データフォーマット SAM/BAM/VCF mzML/mzIdentML/mzQuantML


Proteomics Standards Initiative


HUPO-PSI standards

jmzML

jmzIdenML

jmzQuantML

jmzTab

Software/Tools


再解析データ登録ガイドライン


Universal Spectral Identifier

・データセット中の個々のスペクトルデータを指し示すためのIDを設計・ペプチド同定結果をスペクトルにさかのぼって確認する・Spectral Libraryを作成した際のスペクトルを指定する

mzspec:<collection>:<subfolder>:<msRun>:<indexType>:<scanNumber>

mzspec:PXD000561:Control01:Adult_Frontalcortex_bRP_Elite_85_f09:scan:17555


Controlled Vocabulary (CV)

PSI-MS • Controlled Vocabularyであってオントロジーではない

• OBOに登録されてはいるが、Class/Property/Entity等の関係が整理されていない → ただひたすらに語彙が追加されるのみ

PSI-MOD • 更新停止中

• やる人がいないから • UNI-MODの利用を推奨


ProteogenomicsProteogenomics file format • ProBAM/ProBED

• IGV等ゲノミクス分野で作られているビューワーにプロテオームデータを表示させる

• 基本的にBAM/BEDの拡張 • ProVCFは難しそう？

Proteogenomics 解析パイプライン • ProteoAnnotator、他多数 • 解析対象が多様

• がんプロテオーム • 新規生物のアノテーション／アノテーションの高度化

• メタプロテオミクス


OmicsDI• Omics Discovery Index

• ゲノム/トランスクリプトーム/プロテオーム/メタボロームレポジトリからメタデータを収集 • オミクスDBをまたいで似たデータセットを見つける • RDF化

Genome EnsemblENA

Transcriptome ArrayExpressExpressionAtlas

Proteome GPMDBMassIVEPeptideAtlasPRIDE jPOST

Metabolome GNPSMetaboLightsMetabolomeExpressMetabolomics Workbench

TogoTable （事例紹介）ms-bio.info/images/171126BH1711_kawano.pdf · Music Brainz (zitgist)...

Documents

Transcript of TogoTable （事例紹介）ms-bio.info/images/171126BH1711_kawano.pdf · Music Brainz (zitgist)...