Thermo Fisher Connect Omics Comparator マニュアル...3 Omics Comparator とPathway...
Transcript of Thermo Fisher Connect Omics Comparator マニュアル...3 Omics Comparator とPathway...
The world leader in serving science
Thermo Fisher Connect Omics Comparator &Pathway Over-representation マニュアル
2
•各アプリケーションでできること
• Omics Comparator
→最大五つのベン図を簡単に作成
→目的のマージデータの抽出とGOヒストグラムの作成
• Pathway Over-representation
→遺伝子またはタンパク質のList(Accession No.群)を用いた
Pathway解析、ParhwayごとのProtein/Gene Listの取得
※GO(Gene Ontology)
Omics Comparator とPathway Over-representationについて
Omics ComparatorとPathway Over-representationの活用
①遺伝子またはタンパク質のAccession No.データでベン図を作成
②ベン図のマージデータ内でPathway解析が実行可能
3
Omics Comparator とPathway Over-representationのはじめ方
Thermo Fisher Connectのホーム画面で「Omics
Comparator 」 or「Pathway Over-representation」を選択
※ホーム画面:Thermo Fisher Connectにサインインして最初に表示される画面のこと
4
Omics Comparatorの使い方
5
使用規約を確認後、「Accept」をクリック
6
Omics Comparator - Add New List -
Accession No.を入力するだけ
(Protein: Uniprot accession
NCBI protein sequence GI number
Ensembl Protein ID
Gene: NCBI Entrez Gene ID が使用可能)
※コピー&ペーストで入力する他、
txt, csv形式でimportも可能
①「Add New List」をクリック後、②~④の項目を入力、
最後に「Confirm」をクリック
②List name
①Add New List
③Description
④Accession No.
最後に「Confirm」をクリック!
※目的のList Typeを選択!!
Protein or Gene
7
Omics Comparator - Compare -
①Ctrl Keyを押しながらクリックでListを複数選択
(選択されたListは青色で表示される)
※注意!
異なるTypeのListでは比較はできない。
(Protein ListとGene Listの比較は×)
比較したいList(最大五つまで)を選択し、「Compare」をクリック
②Compare
8
Omics Comparator – ベン図 -
ベン図内の数値をクリックすることで、
該当のProtein/Gene Listを展開できる
下記の様に簡単にベン図を作成できます
9
Omics Comparator - Protein/Gene List -
前ページで選択した該当のProtein/Gene Listがこちらです
「Export」をクリックし、
CSV形式でリストを出力可能
10
Omics Comparator - GO ヒストグラム -
GOヒストグラムに切り替え、表示が可能
「Histogram」をクリックするとGOヒストグラムが表示されます
「Histogram」
11
Pathway Over-representationの使い方
12
使用規約を確認後、「Accept」をクリック
13
Pathway Over-representation - Add -
Accession No.を入力するだけ
(Protein: Uniprot accession
NCBI protein sequence GI number
Ensembl Protein ID
Gene: NCBI Entrez Gene ID が使用可能)
Omic comparatorの様に「①+Add 」をクリック後、
②~④の項目を入力、最後に「Create」をクリック
最後に「Create」をクリック!
①「+Add 」をクリック
②List name
③Description
④Accession No.
※目的のList Typeを選択!!
Protein or Gene
14
Pathway Over-representation - Open -
List Nameをクリックし、解析結果を開く
15
Pathway Over-representation - Pathways -
↑List内のProtein/Geneに関わるPathwayが表示される
Countをクリックすることで、
PathwayごとのProtein/Gene Listを展開
※発現が上昇している(Over-representation)または低下している
(Under-representation)Pathway一覧の切り替え、表示が可能
16
Pathway Over-representation - Protein/Gene in Pathway -
「Export」をクリックすることで、CSV形式でリストを出力可能
展開されたPathwayごとのProtein/Gene List
17
Pathway Over-representation - GO Histgram -
「Histogram」をクリックすることで
GOヒストグラムに切り替え、表示が可能
18
Thermo Fisher Connect Powered by Thermo Fisher Cloud
※各アプリケーションの最新情報は、随時Webサイトに掲載予定。