TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА...
-
date post
21-Dec-2015 -
Category
Documents
-
view
225 -
download
1
Transcript of TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА...
![Page 1: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/1.jpg)
TALETALE-БЕЛКИ И -БЕЛКИ И PRDPRD/PAX/PAX-БЕЛКИ -БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА
ГОМЕОБЕЛКОВ:ГОМЕОБЕЛКОВ:АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА
ВЫРАВНИВАНИЯ И ВЫРАВНИВАНИЯ И ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ
СТРУКТУРЫСТРУКТУРЫ Работу выполнили: А. Ю. Кузнецова Работу выполнили: А. Ю. Кузнецова
Е. В. МостовенкоЕ. В. МостовенкоРуководители: Андрей Владимирович АлексеевскийРуководители: Андрей Владимирович Алексеевский
Сергей Александрович СпиринСергей Александрович Спирин
![Page 2: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/2.jpg)
Гомеобелки - это большой класс белков, в Гомеобелки - это большой класс белков, в составе которых есть гомеодомен, один из составе которых есть гомеодомен, один из видов ДНК-узнающих доменов эукариот. видов ДНК-узнающих доменов эукариот.
![Page 3: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/3.jpg)
Пространственное расположение Пространственное расположение гомеодомена и ДНКгомеодомена и ДНК
![Page 4: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/4.jpg)
Гомеодомен получил своё название от Гомеодомен получил своё название от кодирующей его консервативной кодирующей его консервативной нуклеотидной последовательности - нуклеотидной последовательности - гомеобокса, обнаруженной в гомеобокса, обнаруженной в гомеозисных генах гомеозисных генах Drosophila Drosophila melanogastermelanogaster. .
Типичные гомеодомены состоят из 60 Типичные гомеодомены состоят из 60 аминокислотных остатков.аминокислотных остатков.
![Page 5: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/5.jpg)
Многие гомеобелки являются важными Многие гомеобелки являются важными факторами транскрипции эукариотфакторами транскрипции эукариот
In vivoIn vivo образуются комплексы, образуются комплексы, состоящие из гомеобелков и других состоящие из гомеобелков и других транскрипционных факторовтранскрипционных факторов
![Page 6: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/6.jpg)
Гомеодомены представлены у эукариот в Гомеодомены представлены у эукариот в сотнях генов генома, у прокариот не сотнях генов генома, у прокариот не идентифицированыидентифицированы
Выделяют от 8 до 25 семейств гомеодоменовВыделяют от 8 до 25 семейств гомеодоменов
![Page 7: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/7.jpg)
Цель работыЦель работы
выявление особенностей выявление особенностей последовательности и структуры последовательности и структуры гомеодоменов надсемейства гомеодоменов надсемейства TALETALE семействсемействаа PRD/PAXPRD/PAX
сравнительнсравнительнаяая характеристик характеристикаа этих этих группгрупп
составление профиля надсемейства составление профиля надсемейства TALETALE
![Page 8: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/8.jpg)
Гомеодомены надсемейства Гомеодомены надсемейства TALETALE характеризуются наличием трёх характеризуются наличием трёх дополнительных аминокислотных дополнительных аминокислотных остатков между первой и второй альфа-остатков между первой и второй альфа-спиралямиспиралями
Отсюда их название - Отсюда их название - Three Amino acid Three Amino acid Loop ExtensionLoop Extension
![Page 9: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/9.jpg)
Вставка из трёх аминокислотных Вставка из трёх аминокислотных остатков в надсемействе остатков в надсемействе TALETALE
![Page 10: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/10.jpg)
Белки семейства Белки семейства PRD/PAX PRD/PAX используют используют для контакта с ДНК два ДНК-для контакта с ДНК два ДНК-связывающих доменасвязывающих домена
Слово “ Слово “pairedpaired” появилось из названия ” появилось из названия одного из генов одного из генов DrosophilaDrosophila – гена, – гена, «ответственного» за парную сегментацию«ответственного» за парную сегментацию
![Page 11: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/11.jpg)
К семейству гомеодоменов К семейству гомеодоменов PRD/PAXPRD/PAX относят также все гомеодомены, сходные относят также все гомеодомены, сходные по последовательности с гомеодоменом по последовательности с гомеодоменом PRDPRD
![Page 12: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/12.jpg)
Анализ выравниваний и Анализ выравниваний и пространственных структурпространственных структур
В каждом семействе выделены В каждом семействе выделены консервативные аминокислотные консервативные аминокислотные остаткиостатки
Исходя из пространственных структур Исходя из пространственных структур были определены функции этих остатковбыли определены функции этих остатков
Составлены таблицы Составлены таблицы характеристических для семейств характеристических для семейств консервативных остатковконсервативных остатков
![Page 13: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/13.jpg)
Сравнение консервативных позиций, Сравнение консервативных позиций, совпадающих в обоих семействахсовпадающих в обоих семействах
Общих консервативных позиций для Общих консервативных позиций для TALE TALE и и PRDPRD оказалось 16 оказалось 16..№№ TALETALE PRDPRD Различия возникают в:Различия возникают в:
аминокислоаминокислотный тный
остаток остаток
степень степень консерватиконсервати
вности вности
функциональфункциональная роль ная роль
аминокислотаминокислотный остаток ный остаток
степень степень консерваконсервативности тивности
функцифункциональнональн
ая ая роль роль
остатке (в том числе остатке (в том числе частичное частичное
несовпадение несовпадение набора остатков) набора остатков)
степени степени консерватиконсервати
вностивности
функцифункциональнональн
ой ой ролироли
1616 Leu/Cys/MetLeu/Cys/Met fcfc HFHF LeuLeu 100100 HFHF XX
2020 Phe/Leu/TrpPhe/Leu/Trp fcfc HFHF PhePhe 100100 HFHF XX
2828 Glu/Gln/LysGlu/Gln/Lys fcfc HPhil_outsideHPhil_outside Val/Ile/AlaVal/Ile/Ala fcfc WBrWBr xx XX
3131 Lys/ArgLys/Arg 95f95f HFHF Leu/ArgLeu/Arg fcfc HFHF XX xx
3434 LeuLeu 9595 HFHF Leu/Ile/ValLeu/Ile/Val 100f100f HFHF XX XX
3535 Ala/Val/LeuAla/Val/Leu fcfc HFHF Ala/SerAla/Ser fcfc HFHF xx
4040 Ile/Met/LeuIle/Met/Leu 95f95f HFHF Leu/Ile/Val/MetLeu/Ile/Val/Met 100f100f HFHF XX
4444 GlnGln 9595 DNADNA Arg/GlnArg/Gln fcfc HFHF XX
4545 Leu/ Ile/ValLeu/ Ile/Val 100f100f HFHF Leu/Ile/ValLeu/Ile/Val 100f100f HFHF
4747 Asn/Leu/ThrAsn/Leu/Thr fcfc DNADNA Leu/Ile/ValLeu/Ile/Val 95f95f DNADNA XX xx
4848 TrpTrp 100100 DNA/HFDNA/HF TrpTrp 100100 DNA/HFDNA/HF
4949 PhePhe 9595 HFHF PhePhe 9595 HFHF
5151 AsnAsn 9595 DNADNA AsnAsn 100100 DNADNA XX
5353 ArgArg 100100 DNA/Prot_contDNA/Prot_cont ArgArg 100100 DNADNA
5454 Lys/Arg/IleLys/Arg/Ile 95f95f DNADNA Ala/ArgAla/Arg FcFc WBrWBr xx xx
5555 Lys/ArgLys/Arg 95f95f DNADNA ArgArg//LysLys 100f100f otherother XX xx
![Page 14: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/14.jpg)
Водородная связь боковой цепи Водородная связь боковой цепи TrpTrp48 48 cc кислородом фосфатной кислородом фосфатной
группы ДНКгруппы ДНК
![Page 15: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/15.jpg)
Гидрофобное ядро гомеодоменовГидрофобное ядро гомеодоменов Аминокислотные Аминокислотные
остатки в позициях остатки в позициях 8, 16, 20, 26, 31, 34, 8, 16, 20, 26, 31, 34, 40, 44, 48, 52, 45, 40, 44, 48, 52, 45, 49 участвуют в 49 участвуют в образовании образовании консервативного консервативного гидрофобного ядра гидрофобного ядра всех гомеодоменоввсех гомеодоменов
![Page 16: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/16.jpg)
Характеристические аминокислотные остатки Характеристические аминокислотные остатки надсемейства надсемейства TALETALE (по отношению к семейству (по отношению к семейству
PRD/PAXPRD/PAX))№№ аминокислотный аминокислотный
остаток остаток степень степень
консервативности консервативности функциональная функциональная
роль роль
1919 TyrTyr//TrpTrp//HisHis 9595ff HFHF
2424 ProPro 9595 Prot_contProt_cont
2525 TyrTyr 100100 Prot_contProt_cont
2626 ProPro 9595 HFHF
2727 Thr/SerThr/Ser 95f95f HB-Ala30.NHB-Ala30.N
3838 Thr/CysThr/Cys fcfc HFHF
5050 Gly/Ala/IleGly/Ala/Ile fcfc WBrWBr
![Page 17: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/17.jpg)
Характеристические аминокислотные остатки семейства Характеристические аминокислотные остатки семейства PRD/PAXPRD/PAX (по отношению к надсемейству (по отношению к надсемейству TALETALE))
№№ аминокислотный аминокислотный остаток остаток
степень консервативностистепень консервативности функциональная рольфункциональная роль
55 ArgArg 100100 DNADNA
66 ThrThr 9595 DNADNA
88 PhePhe 100100 HFHF
1212 GlnGln 100100 HFHF
1414 Ile/Leu/Lys/ArgIle/Leu/Lys/Arg fcfc otherother
1717 GluGlu 100100 HFHF
1818 Arg/Lys/GlnArg/Lys/Gln fcfc otherother
2222 Arg/Lys/GlnArg/Lys/Gln fcfc HFHF
2323 Ser/Thr/Ala/GlySer/Thr/Ala/Gly fcfc HFHF
3232 Glu/AlaGlu/Ala fcfc HPhil_outsideHPhil_outside
4242 Thr/GluThr/Glu fcfc HFHF
4646 Gln/LysGln/Lys fcfc WBrWBr
5252 Arg/LysArg/Lys 95f95f HFHF
5757 Arg/LysArg/Lys 100f100f DNADNA
![Page 18: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/18.jpg)
Построение профиляПостроение профиля Созданы профили надсемейства Созданы профили надсемейства TALETALE
CCходство входной последовательности с ходство входной последовательности с данным семейством оценивается числом данным семейством оценивается числом NscoreNscore. .
При выбранном пороге При выбранном пороге T T
последовательности, для которых последовательности, для которых NscoreNscore>>TT, считаются принадлежащими , считаются принадлежащими семейству, а при семейству, а при NscoreNscore≤≤TT – не – не принадлежащими семейству.принадлежащими семейству.
![Page 19: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/19.jpg)
После первой итерации оказалось После первой итерации оказалось целесообразным разделить целесообразным разделить надсемейство надсемейство TALE TALE нана семействасемейства MatαMatα2 2 и собственнои собственно TALETALE
Причина – бПричина – бóóльшая консервативность льшая консервативность аминокислотных остатков в пределах аминокислотных остатков в пределах семейства семейства MatαMatα22 и собственно и собственно TALETALE
![Page 20: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/20.jpg)
Результаты скрининга банка Результаты скрининга банка SwissProtSwissProt::
профиль семейства собственнопрофиль семейства собственно TALETALE отнес к нему 356 последовательностей отнес к нему 356 последовательностей из банка SwissProtиз банка SwissProt
не найдено ни одной ошибкине найдено ни одной ошибки
![Page 21: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/21.jpg)
профиль семейства профиль семейства MatαMatα22 отнес к нему 38 отнес к нему 38 последовательностейпоследовательностей
ошибкиошибки:: • одна последовательность, аннотированная как одна последовательность, аннотированная как
MatαMatα22, имела , имела Nscore<TNscore<T• для двух последовательностей гомеодоменов для двух последовательностей гомеодоменов
аннотация не позволила идентифицировать аннотация не позволила идентифицировать принадлежностьпринадлежность//не принадлежность не принадлежность семейству семейству
![Page 22: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/22.jpg)
Распределение Распределение NscoreNscore последовательностей последовательностей по результатам по результатам поиска с помощью поиска с помощью профиля по БД профиля по БД SwissProtSwissProt для для семейства собственно семейства собственно TALETALE ( (TT=19)=19)
![Page 23: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/23.jpg)
Распределение Распределение NscoreNscore последовательноспоследовательностей по тей по результатам результатам поиска с поиска с помощью помощью профиля по БД профиля по БД SwissProtSwissProt для для семейства семейства MatαMatα22 ((TT=15)=15)
![Page 24: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/24.jpg)
Филогенетическое деревоФилогенетическое дерево
![Page 25: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/25.jpg)
Анализ вставки и ее возможные роли в Анализ вставки и ее возможные роли в гомеодоменах надсемейства гомеодоменах надсемейства TALETALE
ГруппаГруппа Аминокислотные остатоки вставкиАминокислотные остатоки вставки
IroquoisIroquois Arg-Lys-AsnArg-Lys-Asn
PBXPBX Leu-Ser-AsnLeu-Ser-Asn
Leu- Asn –AsnLeu- Asn –Asn
Ile-Asn-HisIle-Asn-His
TGIFTGIF Arg-Tyr-AsnArg-Tyr-Asn
Arg-Phe-LysArg-Phe-Lys
Arg-Phe-ArgArg-Phe-Arg
KNOXKNOX [Tyr/Ser/Ile/Cys/Arg]-[Arg/Lys]-Trp[Tyr/Ser/Ile/Cys/Arg]-[Arg/Lys]-Trp
MEISMEIS Leu-[Ser/Thr]-HisLeu-[Ser/Thr]-His
Matα2Matα2 Ile-Glu-AsnIle-Glu-Asn
![Page 26: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/26.jpg)
Контакт между Контакт между лейцином из лейцином из вставки (позиция вставки (позиция 23А) и пролином 23А) и пролином
другого гомеобелкадругого гомеобелка
Остатки вставки нумерованы как 23А, 23В, 23СОстатки вставки нумерованы как 23А, 23В, 23С
![Page 27: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/27.jpg)
Помимо вставки между первой и второй Помимо вставки между первой и второй альфа-спиралями характерен мотив альфа-спиралями характерен мотив ProPro--TyrTyr--ProPro (позиции 24-25-26). (позиции 24-25-26).
Мотив следует сразу за вставкой. Этот Мотив следует сразу за вставкой. Этот мотив также участвует во мотив также участвует во взаимодействии с другим белком – взаимодействии с другим белком – гомеодоменом семейства гомеодоменом семейства HOXHOX
![Page 28: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/28.jpg)
Структура вставки и мотива Структура вставки и мотива ProPro--TyrTyr--ProPro а) а) б) б) в) в)
а)а) Гидрофобные контакты: аланин (30 позиция) - пролин Гидрофобные контакты: аланин (30 позиция) - пролин (26 позиция) и лейцин (позиция 23А)- пролин (24 позиция).(26 позиция) и лейцин (позиция 23А)- пролин (24 позиция).
б) Гидрофобный контакт тирозин (25 позиция) - б) Гидрофобный контакт тирозин (25 позиция) - аспарагин (позиция 23С). аспарагин (позиция 23С).
в) Водородная связь между серином (27 позиция) и в) Водородная связь между серином (27 позиция) и аланином (30 позиция).аланином (30 позиция).
![Page 29: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/29.jpg)
ВыводыВыводы Выявлены консервативные Выявлены консервативные
аминокислотные остатки в двух аминокислотные остатки в двух семействах гомеодоменов, и семействах гомеодоменов, и описана их вероятная описана их вероятная функциональная роль функциональная роль
Выдвинута гипотеза, позволяющая Выдвинута гипотеза, позволяющая объяснить консервативность объяснить консервативность мотива мотива Pro-Tyr-Pro Pro-Tyr-Pro в в надсемействе надсемействе TALETALE
![Page 30: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/30.jpg)
Построены профили, позволяющие Построены профили, позволяющие детектировать на принадлежность к детектировать на принадлежность к семействам собственно семействам собственно TALETALE или или MatαMatα2 2 входной последовательности.входной последовательности.
Построено филогенетическое дерево, Построено филогенетическое дерево, отображающее дивергенцию семейств отображающее дивергенцию семейств собственно собственно TALETALE и и MatαMatα2 2
![Page 31: TALE-БЕЛКИ И PRD/PAX-БЕЛКИ -ПРЕДСТАВИТЕЛИ СЕМЕЙСТВА ГОМЕОБЕЛКОВ: АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫРАВНИВАНИЯ И](https://reader036.fdocument.pub/reader036/viewer/2022062421/56649d6a5503460f94a485d2/html5/thumbnails/31.jpg)
СПАСИБО ЗА СПАСИБО ЗА ВНИМАНИЕ!ВНИМАНИЕ!