Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê,...
-
Upload
malu-regueira-oliveira -
Category
Documents
-
view
227 -
download
4
Transcript of Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê,...
![Page 1: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/1.jpg)
Taís Herig
Marcelo Carazzolle
Ana Deckmann
![Page 2: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/2.jpg)
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos DadosProjetos
1 -
2 -
3 -
4 -
![Page 3: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/3.jpg)
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?O experimento
Análise dos DadosProjetos
1 -
2 -
3 -
4 -
![Page 4: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/4.jpg)
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
DNA-Microarray = Genechip
Microarray
●
●
Técnica Anos 90 Suporte sólido para fixação ordenada
![Page 5: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/5.jpg)
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
Padrões de expressão gênicaIdentificação de função de genes
Identificação de genes envolvidos com doenças
●
●
●
● Interação entre genes
Pra quê ?
![Page 6: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/6.jpg)
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
Milhares de genes simultaneamenteEspaço pequeno
●
●
Por quê ?
![Page 7: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/7.jpg)
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos DadosProjetos
1 -
2 -
3 -
4 -
![Page 8: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/8.jpg)
O experimento
Parte 1
Parte 2
Parte 3
- Fixação de genes Microarray
- Hibridização
- Scanner●
●
●
![Page 9: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/9.jpg)
O experimento
Parte 1: Microarray
Isolar genes de interesse
Gerar inúmeras cópias
Fixação no microarray
●
●
●
![Page 10: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/10.jpg)
O experimento
Parte 2: Hibridização
Células desejadas
mRNA
Formar cDNA marcado
●
●
●
●
●
Hibridização
Limpeza
![Page 11: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/11.jpg)
O experimento
Parte 3: Scanner
“Scannear” o microarray
Obtenção de dados - Intensidades
●
●
![Page 12: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/12.jpg)
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos Dados
Projetos
1 -
2 -
3 -
4 -
![Page 13: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/13.jpg)
Análise dos Dados
Como eram tratados os dados ?
Agora
●
- Manualmente Muito tempo
Muito esforço Pequenas mudanças Muito trabalho
●
![Page 14: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/14.jpg)
Análise dos Dados -
Automatizar a análise dos dadosDiferentes formatos
●
●
GeneTAC (LGE) ScanArray (Ludwig) CodeLink NimbleGen (Futuro)
Objetivo do Programa
![Page 15: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/15.jpg)
Variável de acordo com o formatoPossibilita a criação de diferentes projetos
●
●
●
●
●
●
Características do Programa
Estruturado por etapas
Linguagens: cgi, R (análise estatística)Banco de dados: MySql
Análise dos Dados -
Português e Inglês
![Page 16: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/16.jpg)
Banco de Dados
Análise dos Dados -
![Page 17: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/17.jpg)
Estrutura do Programa
Submissão dos Arquivos da Lâmina
Seleção de Dados
Normalização
Análises Estatísticas
Definição de um Projeto
Configuração da LâminaLGE e Ludwig
CodeLink
Análise dos Dados -
![Page 18: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/18.jpg)
Criar / Selecionar um projeto
Definir o padrão
●
●
Estrutura do Programa: Definição do Projeto
Número de Placas funcionais
Análise dos Dados -
![Page 19: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/19.jpg)
Estrutura do Programa: Definição do Projeto
Análise dos Dados -
![Page 20: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/20.jpg)
LGE e Ludwig
Adequar a configuração
●
●
Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina
96
Placa Funcional
Placa Array
Microarray
1-12A|H
96 96
96
384
1 - 16
A
|
P
1 - 4A
|
H
Análise dos Dados -
32 grids
![Page 21: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/21.jpg)
Estrutura do Programa: Configuração da Lâmina
Análise dos Dados -
![Page 22: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/22.jpg)
Submissão dos arquivos
Definição dos grupos
●
●
●
Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina
Definição dos canais
Análise dos Dados -
![Page 23: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/23.jpg)
Estrutura do Programa: Arquivos da Lâmina
Análise dos Dados -
![Page 24: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/24.jpg)
Exclusão de spots indesejados●
Estrutura do Programa: Seleção dos Dados
Diferentes formas de exibir os dados Diferentes filtros Imagens
Análise dos Dados -
![Page 25: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/25.jpg)
Estrutura do Programa: Seleção dos Dados
Análise dos Dados -
![Page 26: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/26.jpg)
Métodos diferentes●
●
●
Estrutura do Programa: Normalização
Opções
Visualização
Análise dos Dados -
![Page 27: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/27.jpg)
Estrutura do Programa: Normalização
Análise dos Dados -
![Page 28: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/28.jpg)
●
●
Estrutura do Programa: Análises estatísticas
Análise dos Dados -
Fold Change
Pvalue
![Page 29: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/29.jpg)
Estrutura do Programa: Análises estatísticas
Análise dos Dados -
![Page 30: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/30.jpg)
Gráficos: Lâmina
Análise dos Dados -
(Fonte: Leandra Scarpari)
Grid
![Page 31: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/31.jpg)
Gráficos: M vs A plot
Análise dos Dados -
M = log2(R/G)A = ½ log2(RG)
(Fonte: Leandra Scarpari)
![Page 32: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/32.jpg)
Gráficos: M vs A plot
Análise dos Dados -
(Fonte: Ana Deckmann)
![Page 33: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/33.jpg)
Gráficos: Density
Análise dos Dados -
(Fonte: Leandra Scarpari)
![Page 34: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/34.jpg)
Gráficos: Boxplot
Análise dos Dados -
Outliers: diferencialmente expressos (Fonte: Leandra
Scarpari)
![Page 35: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/35.jpg)
Gráficos: Plot lam1 vs lam2
Análise dos Dados -
Comparação entre duas lâminas(Fonte: Leandra Scarpari)
![Page 36: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/36.jpg)
Gráficos: VolcanoPlot
Análise dos Dados -
Fold Change: Escala de comparação entre as razõesPvalue: Reprodução dos dados
(Quanto maior o módulo, mais diferencialmente expresso)
(Quanto menor, mais estão se reproduzindo os dados)(Fonte: Leandra Scarpari, Ana Deckmann)
![Page 37: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/37.jpg)
Gráficos: Clustering
Análise dos Dados -
Busca de padrões
(Fonte: Ana Deckmann)
![Page 38: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/38.jpg)
Tópicos da Apresentação
O quê, Quando, Pra quê, Por quê ?
O experimento
Análise dos Dados
Projetos
1 -
2 -
3 -
4 -
![Page 39: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/39.jpg)
Projetos
Implementação no LGE
Publicação
●
●
● Implementação para o NimbleGen
![Page 40: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/40.jpg)
... (um pouquinho sobre o NimbleGen)
![Page 41: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/41.jpg)
NimbleGen
●
●
●
Microarray de alta densidade Mais de 380.000 oligos / array 6 – 20 probes / gene
Mais de 38.000 genes
Tamanho do probe: 24 – 70 mer
![Page 42: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/42.jpg)
NimbleGen
MAS – Maskless photolithographic process
![Page 43: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/43.jpg)
NimbleGen
● Procedimento Seleção / Montagem do Array Envio de cDNA / mRNA Experimento (NimbleGen)
RNA $760cDNA $665
+ $1900(<10 Arrays)
![Page 44: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/44.jpg)
NimbleGen
● Resultados Dados brutos Dados normalizados Imagens do Array (Dados brutos)
(Fonte: http://www.nimblegen.com)
![Page 45: Taís Herig Marcelo Carazzolle Ana Deckmann. Tópicos da Apresentação O quê, Quando, Pra quê, Por quê ? O experimento Análise dos Dados Projetos 1 - 2 -](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022051005/5706386f1a28abb823906b70/html5/thumbnails/45.jpg)
Fim