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GeneArtTM人工遺伝子合成 ご注文マニュアル

2017年8月版

Step 3_StringsTM DNA Fragmentsサービス

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目次

Strings DNA Fragmentsの特徴・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P3

Strings DNA Fragmentsの注意点・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P4

人工遺伝子合成サービス設定の開始・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P5

１．配列の入力・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P6

２．配列の編集・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P7

３．配列の最適化・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P17

配列の概要・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P24

設定終了・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・P28

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Strings DNA Fragmentsの特徴

① ご希望の配列を含む二本鎖DNAフラグメント（PCR産物）です。

② 弊社の人工遺伝子合成と同様の技術で合成します。

③ ダイレクトシークエンスでDNAプールがご希望の配列を表すことを確認します。

④ 最長3,000 bpまで製造可能です。

⑤ 人工遺伝子合成よりも安価で、納期が短いです。

⑥ Webポータルサイトで配列の編集・最適化を行うことができます。

⑦ 凍結乾燥DNA（200ng保証）を溶解して、すぐにご利用いただけます。

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Strings DNA Fragmentsの注意点

① 塩基配列の長さは150-3,000 bpのみです。150 bp未満、3,001 bp以上は対応しておりません。

② A/C/G/Tの4塩基のみ利用可能です。他のヌクレオチド（I、Uなど）や縮重塩基（Nなど）には対応

しておりません。

③ サブクローニング・変異導入など、他のサービスと組み合わせることはできません。ご希望の場

合は人工遺伝子合成で注文して下さい。

④ 合成難易度や危険遺伝子など配列内容によっては合成できないものもあります。

⑤ 納品物はオリゴヌクレオチドをアニーリング・連結・PCR増幅したものです。目的配列以外の断片

も含まれている可能性がありますので、クローニングし全塩基配列を確認したクローンを利用す

ることをお薦めします。

⑥ PCR産物の特性として、末端が削れることがありますので、ご注意ください。

⑦ 末端はリン酸基のない平滑末端です。TAクローニングをご希望の場合はdAを付加して下さい。

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Strings DNA Fragments設定の開始

Strings DNA Fragmentsの内容を設定するには、追加したアイコンをクリックして開始します。

クリックして

サービス内容の設定を開始します。

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配列情報を入力します。サンプル名、配列の種類、配列（塩基配列・アミノ酸配列）を入力します。

入力した配列を編集・最適化することなく、そのまま合成をご希望の方は配列の概要へ進み、内容を確認後、「保存」をクリックして下さい。

「*」で示されているのは必須入力項目です。

1. 配列の入力 必須項目

赤枠内の情報を入力します。配列の種類はDNAかアミノ酸配列のどちらか一種類を入力し、選択します。

塩基配列かアミノ酸配列の一種類を入力

サンプル名

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「ORF」では、コドン最適化の対象領域であるORFを選択します。自動処理により複数のORF候補が表示されます。ご希望のORFにチェックを入れて選択します。なお最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。

2. 配列の編集 ORF候補選択

チェックを入れた領域が水色で表示されます。

最適化を行うORF領域

にチェックを入れて選択します。

選択したORFは Feature Mapに表示されます。

ここをクリックすると、他のORF候補が表示されます。

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2. 配列の編集 任意のORF選択

右タブの「ORFの指定」をクリックすると、任意のORF領域を指定できます。

最適化を行わない場合はORFを選択する必要はありません。

クリックすると、任意のORF領域を指定できます。

最初と最後の位置を指定し、「適用」をクリッ

クします。

指定した領域が水色で表示されます。

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2. 配列の編集 5’付加配列 制限酵素配列（1）

5’側のクローニング用制限酵素認識配列や付加配列を指定します。すでに

付加してある場合、候補が自動的に表示されます。もし、ご希望のものが表示されていない場合は、「新規配列の付加」をクリックします。 新しい画面が現れます

候補がここに表示されます。本画面ではまだ付加されていないので、表示されません。

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2. 配列の編集 5’付加配列 制限酵素配列（2）

新しい画面で ドロップダウンリストをクリックします。制限酵素やatt配列のリストが開きます。ご希望のものを選択し、「配列の付加」をクリックします。

BamHIを選択し、開始コドンのAにあたる1番目の塩基の前に付加します。

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2. 配列の編集 5’付加配列 制限酵素配列（3）

付加したBamHIは黄色の背景と赤線で表示されます。最適化配列から自動

的に除外されます。また保護の設定がされるので、最適化を行っても配列は変更されません。

自動的に保護されます

赤線と黄色の背景で表示されます

自動的に除外されます

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リストにない任意の配列を付加する場合には、付加する位置と配列を入力し、「配列の付加」をクリックして下さい。

例として、開始コドンのAの前に、GCCACCを付加します。

2. 配列の編集 5’付加配列 任意の配列の付加

付加配列（GCCACC)と付加部位（開始コドンのA）を入力し、「配列の付加」ボタンをクリックします。

開始コドンの前にGCCACCが挿入されます

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2. 配列の編集 3’付加配列

3’側の付加配列を選択し、挿入します。方法は5’付加配列と同じです。例として、Eco RIを616番目の塩基の前に挿入します。

赤線と黄色の背景で表示されます

自動的に保護されます 自動的に除外されます

EcoRIを選択し、ストップコドンの直後になる616番目の前に付加します

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左のタブは塩基の挿入です。ご希望の配列を挿入します。なお赤線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。

修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押さないで下さい。画面が消えてしまいます。

2. 配列の編集 配列の挿入

挿入位置と挿入用の塩基配列を入力し、「挿入」をクリックします。

ここに挿入配列を入力します

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2. 配列の編集 配列の削除

中央のタブは塩基の削除です。ご希望の範囲を指定し、削除します。なお赤線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。

修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押さないで下さい。画面が消えてしまいます。

削除する範囲を入力し、「削除」をクリックします。

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2. 配列の編集 コドンとアミノ酸の置換

右のタブはコドンとアミノ酸置換用の画面です。希望のアミノ酸部位を指定し、ドロップダウンリストから選択します。なお赤線で示されている付加配列は修正できません。修正する場合は設定した画面に戻って行って下さい。

修正後にUndoのやり直しはできません。さらに修正時にBackSpaceキーを押さないで下さい。画面が消えてしまいます。

リストから候補を選択し、「置換」をクリックします。

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3. 配列の最適化 制限酵素認識配列の保護

最適化で保護する配列を選択します。保護する塩基配列は最適化後も変更ありません。検出されたものが自動的に表示されます。

候補配列が表示されない場合は「+表示範囲を広げる」をクリックして下さい。

リストに表示されない配列を保護する場合は、「任意の配列の保護」をクリックして下さい。

チェックを入れて選択します。

保護する配列は、Feature Mapに表

示されます。

保護した制限酵素認識配列は、赤線で

表示されます。

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3. 配列の最適化 任意の配列の保護

最適化で任意の配列を保護する場合は、その範囲を入力し、「保護」をクリックします。保護した範囲の塩基配列は最適化後も変更ありません。

保護した範囲の配列は、Feature Mapに表示され

ます。

保護した範囲の配列は、赤線で表示されます。

最初と最後の位置を入力し、「保護」をクリックします。

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3. 配列の最適化 除外する制限酵素配列

最適化後の配列中に含めたくない配列を、リストの中から選択します。

リストは部分表示されています。全表示するには一番下にある「+表示範囲を広げる」をクリックして下さい。

リストにない任意の配列を除外する場合は、右タブの「任意の配列」をクリックして下さい。

チェックを入れて選択します。 除外する配列は、

Feature Mapに表示されます。

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3. 配列の最適化 除外する任意の配列

最適化後に含みたくない任意の配列を指定します。配列の名前と配列を入力し、「除外する」をクリックします。除外した配列は最適化後の配列には含まれません。

除外する配列は、Feature Mapに表

示されます。 配列の名前と配列を入力し、「除外する」をクリックします

。

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最適化タブを開き、コドン最適化用生物種のドロップダウンリストから、ご希望の生物種を選択します。ご希望のものがない場合は、一番下にある「Request Other」を選択します。専用入力枠が現れるので、そこに学名を入力します。最適化を希望しない場合は「Non optimized」を選択します。生物種を選択し、「最適化」をクリックすると、自動的に開始します。

3. 配列の最適化 生物種の選択と最適化の実行

ご希望の生物種を選択します

最適化タブを開き、コドン最適化用生物種のリストを

開きます。 青くなった「最適化」ボタンをクリックして最適化を開始します

。 生物種によってはコザック配

列を付加できます。

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リストにある生物種の一般名と付加できるコザック配列は下記の表を参照して下さい（次のページにもあります）。

3. 配列の最適化 コドン最適化用生物種表1

学名 一般名 +コザック配列 Non optimized 最適化なし なし

Arabidopsis thaliana シロイヌナズナ なし

Bacillus subtilis 枯草菌 なし

Bos taurus 牛、ウシ GCCACC

Brassica napus セイヨウアブラナ なし

Caenorhabditis elegans 線虫（C.elegans) なし

Caulobacter crescentus CB15 C. crescentus CB15株 なし

Chlamydomonas reinharditii クラミドモナス（Engineering Kits, A14258） なし

Cricetulus griseus チャイニーズハムスター、CHO細胞 GCCACC

Drosophila melanogaster キイロショウジョウバエ GCCACC

Escherichia coli 大腸菌 なし

Glycine max 大豆 なし

Homo sapiens 人、ヒト GCCACC

Hordeum vulgare 大麦 なし

Lycopersicon esculentum トマト なし

Mus musculs ネズミ、マウス GCCACC

Nicotiana benthamiana ベンサミアナタバコ なし

Nicotiana tabacum タバコ なし

Olyctolagus cuniculus ウサギ GCCACC

Oryza sativa 稲、イネ なし

Pichia pastoris ピキア酵母の一種 AAAA

Saccharomyces cerevisiae 出芽酵母 AAAA

Schizosaccharomyces pombe 分裂酵母 AAAA

Spodoptera frugiperda ヨトウガ、Sf9細胞、Sf21細胞 GCCACC

Synechococcus elongatus シアノバクテリア（Engineering Kits, A14259） なし

Vaccinia virus ワクシニアウイルス なし

Zea mays トウモロコシ なし

Request other その他 なし

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3. 配列の最適化 コドン最適化用生物種表2

学名 一般名 +コザック配列 Non optimized 最適化なし なし

Aspergillus niger 黒色麹菌、黒麹カビ、クロコウジカビ

Aspergillus oryzae 日本麹カビ、ニホンコウジカビ

Canis familiaris 犬、イヌ GCCACC

Clostridium acetobutylicum クロストリジウム・アセトブチリクム

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032

コリネバクテリウム・グルタミクム ATCC13032株

Danio rerio ゼブラフィッシュ GCCACC

Gallus gallus 鶏、ニワトリ GCCACC

Hypocrea jecorina (Trichoderma reesei)

トリコデルマ・リーゼイ

Kluyveromyces lactis 0406 クルイウェロマイセス酵母

Lactobacillus casei ATCC 334 ラクトバチルス・カゼイ乳酸菌 ATCC 334株

Lactococcus lactis ラクトコッカス・ラクティス、ラクチス乳酸菌、ラクチス菌

Leishmania tarentolae 原生動物リーシュマニアの一種

Macaca mulatta 赤毛猿、アカゲザル

Pichia angusta (Hansenula polymorpha)

ピキア酵母の一種 AAAA

Plasmodium falciparum 熱帯マラリア原虫

Pseudomonas putida シュードモナス・プチダ

Rattus norvegicus ラット GCCACC

Streptomyces coelicolor 放線菌の一種

Streptomyces lividans 放線菌の一種

Sus scrofa イノシシ・豚・ブタ GCCACC

Trichoplusia ni イラクサギンウワバ、High Five™細胞 GCCACC

Triticum aestivum パン小麦

Xenopus laevis アフリカツメガエル GCCACC

Yarrowia lipolytica ヤロウイア酵母

Request other その他 なし

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配列の概要 合成予定配列の確認

配列の概要で、合成予定配列の内容と解析結果を確認できます。最適化した場合は最適化配列が表示されます。また解析結果と塩基配列をダウンロードできます。解析結果はCodon Quality Distribution、Codon Quality Plot、GC Contentが示されます。問題がなければ「保存」をクリックして下さい。

解析結果、合成予定塩基配列をダウンロードできます。

クリック！

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配列の概要 最適化後の解析結果(1)

青：最適化前 黄：最適化後

「Codon Quality Distribution」 では、コドンクオリティーに基づくコドンの割合が

示されています。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も使用頻度の高いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に設定したものです。青が最適化前で黄色が最適化後です。

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配列の概要 最適化後の解析結果(2)

青：最適化前 黄：最適化後

「Codon Quality Plot」では、塩基配列の各ポジションにおけるコドンクオリティ

ーを示してます。コドンクオリティーの値は、各アミノ酸で最も使用頻度の高いコドンを100に設定し、他のコドンをそれに応じて相対的に設定したものです。青が最適化前で黄色が最適化後です。

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配列の概要 最適化後の解析結果(3)

青：最適化前 黄：最適化後

「GC Content」では、各ポジションの前後20bpから成る40bpのGC含量を示してます。青が最適化前で黄色が最適化後です。

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Strings DNA Fragmentsの設定終了

Strings DNA Fragmentsの設定が終了しました。アイコン内の緑色のチェックマークは、必要な情報が全て入力されたことを表しています。