Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki...
Transcript of Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki...
![Page 1: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/1.jpg)
Sinteza RNA - transkripcija
RNA polimeraza je encimski kompleks, ki katalizira sintezo RNA na osnovi DNA matrice –sinteza RNA, ki jo usmerja DNA.
Pomnoževanje poteka v 5‘ proti 3‘ smeri. Matrična veriga DNA je komplementarna kodirajočiverigi, tako da ima RNA prepis enako zaporedje kot kodirajoča veriga.
transkripcijski mehurček
![Page 2: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/2.jpg)
Prokariontska RNA polimeraza
![Page 3: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/3.jpg)
Prokariontska RNA polimeraza
a podenoti – stabilizirata kompleks, interagirata z DNA in vežeta regulatorne elementeb podenoti – vsebujeta aktivno mestos podenota – omogoči vezavo na promoter, kasneje oddisociira s kompleksaw podenota – stabilizira kompleks
RNApol apoencim (a2bb‘w) + s podenota RNApol holoencim
osrednji encim
![Page 4: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/4.jpg)
Evkariontske RNA polimeraze
So večje in bolj kompleksno zgrajene ter regulirane kot prokariontska.
RNApol I – prepisuje rRNA
RNApol II – prepisuje gene, ki kodirajo za proteine
RNApol III – prepisuje tRNA in druge manjše tRNA
Mehanizem delovanja je analogen prokariontski.
![Page 5: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/5.jpg)
Potek transkripcije
![Page 6: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/6.jpg)
Iniciacija transkripcije
Prokarionti
Evkarionti
promotor (70 – 100 bp)
![Page 7: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/7.jpg)
Potek transkripcije
![Page 8: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/8.jpg)
Terminacija transkripcije
Prepisovanje se lahko konča na dva načina: s proteinom r ali preko tvorbe lasnične zanke v RNA.
Prepisovanje se konča nadoločenem zaporedju DNA,ki označuje konec.
![Page 9: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/9.jpg)
Terminacija transkripcije
terminacija z lasnično zanko terminacija s proteinom r
![Page 10: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/10.jpg)
Inhibitorji transkripcije
Aktinomicin D iz talnih bakterij roduStreptomyces inhibira transkripcijo,tako da se vrine v DNA. Uporablja sekot antibiotik in za kemoterapijo.
a-amanitin iz mušnice je inhibitor RNApol II.
Amanita phalloides
![Page 11: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/11.jpg)
RNA prepis
RNA prepis, ki ga dobimo kot produkt translacije, odražajo strukturo oz. organiziranost zapisa na DNA.Prepisi RNA niso nujno končna funkcionalna oblika. Najbolj izrazito je to pri prepisih, ki kodirajo zaproteine, katerih je največ.
Pri prokariontih se pogosto hkrati prepiše več genov, ki kodirajo za proteine s sorodnimi funkcijami.Zaporedju genov pod kontrolo skupnega promotorja rečemo operon. mRNA, ki kodira za več proteinovhkrati, rečemo policistronska.
Primer: lac operon E. coli kodira za proteine, ki omogočajo uporabo laktoze kot vira energije.
![Page 12: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/12.jpg)
RNA prepis
RNA prepis, ki ga dobimo kot produkt translacije, odražajo strukturo oz. organiziranost zapisa na DNA.Prepisi RNA niso nujno končna funkcionalna oblika. Najbolj izrazito je to pri prepisih, ki kodirajo zaproteine, katerih je največ.
Pri evkariontih so geni sestavljeni iz alternirajočih kodirajočih delov – eksonov in nekodirajočih delov –intronov. Slednji so lahko dolgi 10 do 100.000 nt. V RNA se prepiše celoten gen in se nato preuredi tekomzorenja RNA.
![Page 13: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/13.jpg)
Zorenje mRNA
Pri prokariontih se lahko RNA prepis direktno prevede v protein(e).
prosta trifosfatna skupina na 5‘ koncu
![Page 14: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/14.jpg)
Zorenje mRNA
Pri evkariontih se RNA prepis v jedru modificira preden se izvozi v citoplazmo in prevede.
1. Dodajanje 5‘ kape
2. Izrezovanje intronov
3. Poliadenilacija 3‘ konca
![Page 15: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/15.jpg)
Zorenje mRNA
Struktura 5‘ kape:
Dodajanje 7mG-kape na 5‘ konec RNA je prva modifikacija, ki poteče na nastajajoči RNA (ko je dolžina nastajajoče verige okoli 25 nt).
![Page 16: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/16.jpg)
Zorenje mRNA
Izrezovanje intronov – splicing:
Introni se izrezujejo na točno določenih mestih:
Y = C ali UR = A ali G
![Page 17: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/17.jpg)
Zorenje mRNA
Izrezovanje intronov – splicing:
Kompleks snRNA in proteinov, ki katalizirajo izrezovanje intronov, imenujemo spliceosom.
![Page 18: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/18.jpg)
Zorenje mRNA
Poliadenilacija 3‘ konca:
![Page 19: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/19.jpg)
Zorenje RNA
Podobno kot mRNA se posttranskripcijskomodificirajo tudi molekule tRNA in rRNA,in sicer tako pri evkariontih kot tudi priprokariontih.
![Page 20: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/20.jpg)
Prevajanje RNA
Prevajanje RNA v proteine poteka v citosolu na ribosomih.
Kako ribosom bere mRNA? Kako sintetizira protein?
![Page 21: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/21.jpg)
Genetski kod
RNA se prevaja skladno z genetskim kodom. Kodon je kombinacija treh baz, ki kodira za točnodoločen aminokislinski ostanek.
Prevajanje se začne pri prvem AUG kodonu in nato dalje po tripletih (kodonih) do stop kodona.
Degeneriranost = več kodonov za isto AK
Univerzalnost =genetski kod jepri vseh organi-zmih enak
![Page 22: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/22.jpg)
Ribosom se veže na vezavno mesto in potuje po mRNA v smeri od 5‘ proti 3‘ koncu. Sintezaproteina se začne pri prvem AUG kodonu in se nadaljuje v istem bralnem okvirju do STOPkodona. Sinteza poteka v smeri od N-konca proti C-koncu proteina.
Pri bakterijah je prva AK vedno formil-Met.
Bralni okvirji
5‘-CUUUAAGAAGGAGAUAUACCAUGGGCAGCAGCCAUCAUCAUCAU
MetGlySerSerHisHisHisHis
CAUCACAGCAGCGGCUGAGAUCCGGCUGCUAACAAA-3‘
HisHisSerSerGlySTP
![Page 23: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/23.jpg)
Bralni okvirji
5‘-CUUUAAGAAGGAGAUAUACCAUGGGCAGCAGCCAUCAUCAUCAU
LeuArgArgArgTyrThrMetGlySerSerHisHisHisHis
PheLysLysGluIleTyrHisGlyGlnGlnProSerSerSer
LeuSTPGluGlyAspIleProTrpAlaAlaAlaIleIleIle
CAUCACAGCAGCGGCUGAGAUCCGGCUGCUAACAAA-3‘
HisHisSerSerGlySTPAspProAlaAlaAsnLys
SerSerGlnGlnArgLeuArgSerGlyCysSTPGln
IleIleThrAlaAlaAlaGluIleArgLeuLeuThr
Ribosom se veže na vezavno mesto in potuje po mRNA v smeri od 5‘ proti 3‘ koncu. Sintezaproteina se začne pri prvem AUG kodonu in se nadaljuje v istem bralnem okvirju do STOPkodona.
Odprt bralni okvir – zaporedje, ki se začne se z Met in konča s stop kodonom
![Page 24: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/24.jpg)
Aminokisline za sintezo proteinov so v obliki molekul aminoacil-tRNA.
Aminoacil-tRNA
Tretja pozicija antikodona je lahko degenerirana
![Page 25: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/25.jpg)
Sinteza aminoacil-tRNA molekul:
Aminoacil-tRNA
Večina organizmov jih ima 20.
![Page 26: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/26.jpg)
Potek translacije - iniciacija
IF = iniciacijski faktor
fMet-tRNA je posebna tRNA, za interne Met obstaja Met-tRNA
![Page 27: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/27.jpg)
Potek translacije – iniciacija elongacija
elongacija
![Page 28: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/28.jpg)
Potek translacije – elongacija
Pri elongaciji sodelujejo elongacijski faktorji
![Page 29: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/29.jpg)
Potek translacije – elongacija
STOP
![Page 30: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/30.jpg)
Potek translacije – terminacija
![Page 31: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/31.jpg)
Tvorba peptidne vezi
![Page 32: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/32.jpg)
Energijska bilanca sinteze proteinov
![Page 33: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/33.jpg)
Inhibitorji sinteze proteinov
Puromicin je antibitik iz bakterijrodu Streptomyces. Veže se na Amesto ribosoma in povzročiprezgodnjo terminacijotranslacije.
![Page 34: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/34.jpg)
Inhibitorji sinteze proteinov
Kot inhibitorji sinteze proteinov delujejo tudi nekateri drugi antibiotiki.
![Page 35: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/35.jpg)
Inhibitorji sinteze proteinov
Ricin iz kloščevca (Ricinus communis)
B veriga se veže na sladkorne ostanke na površini celic.
A veriga proteina je rRNA N-glikozidaza, ki odcepi bazoA4324 v 28S rRNA velike podenote ribosoma.
Ena molekula ricina lahko ubije celico.
LD50 je 22 mg na kg telesne teže.
A veriga
B veriga
![Page 36: Sinteza RNA - transkripcija · Sinteza RNA - transkripcija ... RNApol II –prepisuje gene, ki kodirajo za proteine RNApol III –prepisuje tRNA in druge manjše tRNA Mehanizem delovanja](https://reader031.fdocument.pub/reader031/viewer/2022021702/5dd1464fd6be591ccb650ef5/html5/thumbnails/36.jpg)
Inhibitorji sinteze proteinov
Corynebacterium diphtheriae je povzročitelj davice, bolezni ki okuži zgornje dihalne poti. Izločaeksotoksin, ki s svojim delovanjem uničuje tkivo gostitelja ter povzroča nalaganje trde „membrane“iz fibrina, levkocitov in odmrlih epitelijskih celic. Povzroča tudi sistemske težave, zlasti srčne innevrološke (poškodba mielinske ovojnice).
Zapis za eksotoksin kodira gen tox, ki je na bakteriofagu β,ki živi znotraj C. diphtheriae. Le sevi, ki vsebujejo lizogenfag so toksični. Toksin se internalizira v celico prekogangliozidnih receptorjev in zavira sintezo proteinov. Enamolekula toksina lahko ubije celico.
Diphtheria toksin ADP-ribozilira elongacijski faktor EF2 in ga s tem inaktivira.