RÉUNION DE RENTRÉE2020-2021 MASTER … · 2020. 9. 4. · Déroulement de l’année 1 er...
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RÉUNION DE RENTRÉE 2020-2021
MASTER BIOLOGIE STRUCTURALE, GÉNOMIQUE
OUTILS DE COMMUNICATIONS
� Personnes à contacter :
� Responsable du M2 : Christophe BORDI [email protected]
� Sécretariat Pédagogique Patricia VIOLLAND [email protected] (absente)
MARCHETTI Audrey [email protected]
� Mode de comunication:
� Mailing List -> consulter regulierement votre Mail etudiant
� Délégué d’Amphi
� Lieux incontournables
� L’environnement numérique de travail ENT
� Le site web du master: https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
Site web de la formation
https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
Page Master 2
https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
Page Master 2
https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
Planning des
enseignement
Pas a jours
Page Master 2
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Liste des stages
Page Master 2
https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
Description des
enseignements
Page Master 2
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Choix des
options Que les étudiants
du parcours GAD
Page Master 2
https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
Choix des
options EU PRO
Déroulement de l’année1
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Tronc communProject bibliographique en anglais (6 crédits)
Enseignement professionnel (3 crédits)
Déroulement de l’année1
er
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Tronc communProject bibliographique en anglais (6 crédits)
Enseignement professionnel (3 crédits)
Parcours biochimie structurale (BS) • Résolution des structures (9 ECTS)
• Dynamique fonctionnelle (6 ECTS)
• Biologie structurale intégrative (3 ECTS)
• Diversité des Macromolécules (3 ECTS)
Parcours génomique et analyse des données (GAD)• De la génomique à la biologie des systèmes (6 ECTS)
Options : 15 ECTS à choisir parmi :• Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques
des variations génomiques (6 ECTS)
• Atelier de génomique et transcriptomique (6 ECTS)
• Biostatistiques approfondies (3 ECTS)
• Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS)
• Génomique comparative et évolutive (3 ECTS)
Déroulement de l’année1
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sem
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re
Stage en Laboratoire ou en Entreprise (30 crédit)
Mémoire & Oral
Tronc communProject bibliographique en anglais (6 crédits)
Enseignement professionnel (3 crédits)
Parcours biochimie structurale (BS) • Résolution des structures (9 ECTS)
• Dynamique fonctionnelle (6 ECTS)
• Biologie structurale intégrative (3 ECTS)
• Diversité des Macromolécules (3 ECTS)
Parcours génomique et analyse des données (GAD)• De la génomique à la biologie des systèmes (6 ECTS)
Options : 15 ECTS à choisir parmi :• Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques
des variations génomiques (6 ECTS)
• Atelier de génomique et transcriptomique (6 ECTS)
• Biostatistiques approfondies (3 ECTS)
• Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS)
• Génomique comparative et évolutive (3 ECTS)
2 e
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Calendrier de l’année 2020-2021
� Enseignements: � du 7 septembre au 04 décembre 2020
� Révisions/Examens� du 9 décembre au 18 décembre 2020
� Vacances: � du 18 décembre 2020 au 4 Janvier 2021
� Stage: � du 4 Janvier au alentour 15 Juin 2021
Emploi du temps sur ADE
Conditions de réussite du Master 2
� Pas de compensation des semestres
� Une UE avec une note < 6/20 est ELMININATOIRE
o Réussir chacun des semestres avec une moyenne minima l de 10/20
o Réussir chacun des semestres sans aucune UE avec un e note < 6/20 et < 10/20 en PBA
o Il n’y a pas de session de rattrapage en Master 2
o Il n’y a pas redoublement automatique en Master 2 ( décision d’une commission)
� Une note < 10/20 au stage est ELMININATOIRE
o Se présenter à tous les examens et rendre l’ensembl e des travaux
o Valider au minimum 60 crédits
Déroulement de l’année1
er
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Stage en Laboratoire ou en Entreprise (30 crédit)
Mémoire & Oral
Tronc communProject bibliographique en anglais (6 crédits)
Enseignement professionnel (3 crédits)
Parcours biochimie structurale (BS) • Résolution des structures (9 ECTS)
• Dynamique fonctionnelle (6 ECTS)
• Biologie structurale intégrative (3 ECTS)
• Diversité des Macromolécules (3 ECTS)
Parcours génomique et analyse des données (GAD)• De la génomique à la biologie des systèmes (6 ECTS)
Options : 15 ECTS à choisir parmi :• Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques
des variations génomiques (6 ECTS)
• Atelier de génomique et transcriptomique (6 ECTS)
• Biostatistiques approfondies (3 ECTS)
• Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS)
• Génomique comparative et évolutive (3 ECTS)
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Description des EUs
Project bibliographique en anglais (PBA) (6 crédits)
Objectif de l’UE : Découverte des notions et outils élémentaires en bioinformatique
Contenu :
Ecrire une revue bibliographique de 5 pages en anglais sur un sujet défini soit avec le maitre de stage soit avec le responsable de l’UE
Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Présentation oral+ revue
Responsables de l’UE : Christophe BORDI
Note seuil : 10/20
Unité d'enseignement de professionnalisation (3 crédits)
Objectif de l’UE: Ensemble UEs dédiées à l’insertion professionnelle afin de se former au monde de l’entreprise
Choisir une UE par les 3 suivantes
◦ UE 1 : Droit du travail, Propriété Intellectuelle, Ethique Professionnelle
◦ UE 2 : Qualité, Sécurité et risques professionnels
◦ UE 3 : Management de projets et ressources humaines
Modalité de contrôle des connaissances: Voir l'enseignant de l'option
Responsables de l’UE : Valérie Derys
Parcours Biochimie Structurale
Parcours Biochimie Structurale
• Résolution des structures (9 ECTS) Responsable Garron [email protected]
• Dynamique fonctionnelle (6 ECTS) Responsable Jean-pierre [email protected]
• Biologie structurale intégrative (3 ECTS) Responsable Eric [email protected]
• Diversité des Macromolécules (3 ECTS) Responsable James [email protected]
Résolution de structure
Objectifs/Contenu de l’UE:
Etudes des des 2 techniques principales de résolution de structure à un niveau atomique :
- Cristallographie et diffraction des rayons X
- Résonance Magnétique Nucléaire
Ce cours reprendra les bases vues en M1 et proposera un approfondissement de ces bases. Le but est que l’étudiantsoit capable d’appréhender les techniques et de comprendre des articles scientifiques utilisant cette technique.
Modalités de contrôle des connaissances:
Note finale = 80% Examen terminal + 20% Oral Analyse Articles
60h CM, 30h TD (9 ECTS)
Responsable: Garron Marie-Line- Intervenants principaux: Latifa Elantak et Marie-Line Garron
Dynamique fonctionnelle
Objectifs/Contenu de l’UE:
Dynamique des réseaux d'interactions moléculaires : - Approches biochimiques - Co-évolutions et approches théoriques
Dynamique enzymatique : - Réaction à 2 substrats (enz. Formelle) - Etat prestationnaire (Stop flow et temp. Jump,relaxation cinétique) - Effets isotopiques (y compris mécanismes) - Régulation
Dynamique et thermodynamique : - FRAP, FCS - EPR et marquage de spin
Simulations : - Relation structure-dynamique fonction - Champs de forces - Principes et mise en œuvre - TP de simulationde dynamique moléculaire
Modalités de contrôle des connaissances:
Note finale = 65% Examen terminal + 10% TP + 25% Oral Analyse Articles
40h CM, 20H TD/TP (6 ECTS)
Responsable: Jean-Pierre Duneau - Intervenants: James Sturgis, Corinne Kreuzer, Eric Pilet, Gilles Breuzard et Marlène
Martinho
•Diversité des Macromolécules
Objectifs/Contenu de l’UE:
Modalités de contrôle des connaissances:
20h CM, 10H TD (3 ECTS)
Responsable: James Sturgis
Cryo-Microscopie Electronique
Objectifs/Contenu de l’UE:
• Comprendre le rôle intégratif de la cryo-EM dans la biologie structurale: présentation des différentes disciplines,résolution de structure en cryo-EM, cryo-tomographie...
• Comprendre le fonctionnement du microscope: anatomie d’un microscope électronique, formation de l’image en TEM,préparation des échantillions, contraste d’amplitude vs contraste de phase, analyse de particule isolée vs tomographie,coloration négative vs vitrification.
• Préparation des échantillons et imagerie (TP): coloration négative et & vitrification, congélation à haute pression & coupescryo, microscopie électronique à balayage (SEM).
• De la formation de l’image à la reconstruction 3D: analyse de particule isolée (SPA), traitement des données,interprétation des cartes de densité électronique, logiciels...
Modalités de contrôle des connaissances:
Note finale = 50% examen terminal + 50% participation orale durant le cours + TP
14h CM, 16h TP (3 ECTS)
Responsable: Eric Durand- Intervenants: Adeline Goulet et Artemis Kosta
Parcours Génomique
Parcours Génomique
• De la génomique à la biologie des systèmes (6 Crédits)Responsable Pascal Rihet
• Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques
des variations génomiques (6 Crédits)
Responsable Pascal [email protected]
• Atelier de génomique et transcriptomique (6 Crédits) Responsable Christophe [email protected]
• Génomique des Organismes Modèles (3 Crédits) Responsable Laurence [email protected]
• Génomique comparative et évolutive (3 Crédits)
• Biostatistiques approfondies (3 Crédits)
Responsable Emmanuel Tallaemmanuel.talla @univ-amu.fr
Responsable Aitor [email protected]
De la génomique à la biologie des systèmes (6 Crédits)
Objectif de l’UE: Etude du génome, du transcriptome, du protéome, de l’interactome
Contenu: Le génome, transcriptome, le protéome, et les réseaux seront abordés. L’idéeest notamment de montrer comment on peut chercher à expliquer les variationsphénotypiques au niveau de la cellule, des tissus, des organismes et des populationssur la base d’une recherche ciblée sur les variations des séquences d’ADN, du tauxd’ARN ou de la quantité des protéines, et sur une meilleure connaissance des réseaux(ADN-ARN, ADN-protéines, protéines-protéines, protéine-ARN). Différents concepts etprocédures d’analyse et d’interprétation des données liés à la bioinformatique serontabordés. Les approches téchnologiques les plus récentes de la génomique ainsi que desapplications dans les domaines de la santé, de la microbiologie, de l'environnement, del'agronomie seront présentées.
Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Examen terminal + Note Tp
Responsables de l’UE : Pascal Rihet
Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques des variations génomiques (6 Crédits)
Objectif de l’UE: Apprendre les notions fondamentales à la base des études du des polymorphismes
Contenu:Le module inclus un atelier expérimental visant à identifier des variants génétiques et un atelier pratique pour l'analyse statistique (liaison génétique, association génétique, déséquilibre de liaison génétique) et bioinformatique (exploration des bases de données etc) des variations génomiques (identification des variants, effet fonctionnel, eQTLs etc).
Cours magistraux et Travaux dirigés: ◦ Savoir utiliser des ressources et outils bioinformatiques pour l’étude des SNPs
◦ Savoir évaluer une liaison génétique d’une part et l’association génétique entre des polymorphismes et des phénotypes
Travaux Pratiques: ◦ Samples preparation
◦ Detection of polymorphism (RFLP, sequencing)
◦ Analysis of microsatellites markers
Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Examen terminal + Note Tp
Responsables de l’UE : Pascal Rihet et Lydie Pradel
Atelier de génomique et transcriptomique (6 Crédits)
Objectif de l’UE: Réaliser en pratique des expériences de transcriptome et de CHip-seq et utiliser un séquenceur NGS
Contenu: L’objectif de cet atelier est de permettre aux étudiants de réaliser l’étude du transcriptome d’un organisme procaryote en réponse à une modification de son environnement et d’etudier la fixation d’un marqueur épigénétique de type histone par Chip-seq.
Travaux Pratiques: ◦ Etude du transcriptome bactérien
◦ Extraction des ARN bactérien
◦ Construction d'un Banque d'ADNc
◦ Sequençage sur illimuna Myseq
◦ Analyse des données avec Galaxie
◦ Etude De fixation d'une protéine par CHip-seq◦ Sample preparation (fixation, sonication)
◦ Immunoprecipitation
◦ Controls (Bioanalyzer)
◦ Sequencing (Illumina NextSeq 500)
Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Examen terminal + Note Tp
Responsables de l’UE : Christophe BORDI
Génomique des Organismes Modèles (3 Crédits)
Objectif de l’UE: Cours de statistique avancé pour les approches de génomique
Contenu: Apport des approches de génomique pour l’analyse fonctionnelle de l’ensembledes gènes chez différents systèmes modèles animaux. Compréhension des mécanismesgénétiques et moléculaires à la base des maladies humaines grâce à l’utilisation de modèlesanimaux. Seront en particulier abordées dans ce module les notions d’organismes modèlesen physiologie animale (modèle animaux eucaryotes : souris, nématode, drosophile,levure), modèles animaux transgéniques, techniques de transgénèse, stratégies à grandeéchelle: inactivation génique, expression ectopique de gène,recherche de gènesmodificateurs, crible de molécule chimique , « drug discovery »…
Modalité de contrôle des connaissances: Oral
Responsables de l’UE : Laurence Roder
Génomique comparative et évolutive (GECO)
Objectifs/Contenu de l’UE:
Ce module s’inscrit à la suite des modules de M1 intitulés « Phylogénie et évolution moléculaire » et « Plasticité des génomes ».
L' objectif principal du module est d'approfondir les concepts de génomique et les applications dans l'analyse comparée desgénomes (ex. Pan/Core génome, co-occurence des gènes, classification COG, profils phylogénétiques, reconstruction du génomeancestral, ...).
Les cours seront ponctués par l'utilisation en TP des outils et programmes d'analyses comparatives des génomes.
Les étudiants (en binôme) effectuent de manière autonome une analyse d’article de leur choix (dans une sélection d’articles) etqui fera l’objet d’une présentation orale.
Modalités de contrôle des connaissances:
Note finale = 50% Examen terminal + 25% TP + 25% Oral Analyse Articles
14h CM, 16h TP (3 ECTS)
Responsable: Emmanuel Talla - Intervenants: François Coulier et André Gilles
Biostatistiques approfondies (3 Crédits)
Responsables de l’UE : Aitor Gonzales
ObjectifConnaître les méthodes d’apprentissage et pouvoir les mettre en
place un systèmes d’apprentissage
Contenu de l’UE:Systèmes d’apprentissage automatique
Ajustement de courbe polynomiale, régression linaire et logistique
Méthodes basés sur des arbres de décision, réseaux neuronales
PCA
Modalités de contrôle des connaissances:Note seuil : 5/20
Note finale : 50% Examen terminal + 50% M
Comment choisir mes option
A renvoyez par mail à
Madame MARCHETTI Audrey
avant le 18 septembre 2020
Télécharger le formulaire sur le site du master
Stage (30 Crédits)
� Stage: � du 4 Janvier au alentour 15 Juin 2021
Responsables de l’UE : Christophe BORDI
Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Présentation oral+ rapport
note seuil <10/20
Contenu: stage en laboratoire de recherche ou en entreprise (pro)
� https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique
25 stages actuellement publiés
Concours de l’école doctorale
• Condition d'admissibilité a participer au concours de l’école doctorale
� Avoir une mention minimum d’Assez Bien (moyenne >= 12)
� Être dans le 1/3 supérieur de la promotion (GAD+BS)
• Concours de l’EDT
� Oral de 15 min
� Questions durant 20 min
Crise sanitaire: Port du Masque
Le port du masque est OBLIGATOIRE dans tous les bâtiments de l’université tel que :
•Les couloirs, les ascenseurs,
•Les salles de réunions,
•Les salles de cours, de TD, de TP, les amphithéâtres,
•Les bureaux partagés,
Le port du masque est OBLIGATOIRE à l’extérieur des bâtiments dans l’enceinte des sitesLes lieux de convivialité disposant d’une aération naturelle peuvent être utilisés avec la possibilité d’y enlever temporairement son masque, à condition :•D’aménager la salle afin que les agents ne déjeunent pas en face à face
•De limiter le nombre de personnes en pause-déjeuner en fonction de la superficie de la salle afin de limiter le risque
de transmission du virus.
•De respecter la distanciation physique d’1 mètre minimum entre deux personnes.
Rappel : le port du masque ne remplace pas les autres gestes barrières (distanciation physique, lavage régulier des mains….). Il ajoute une barrière physique supplémentaire lorsque vous êtes en contact avec une ou plusieurs personnes.
Masque (appariteur) et gels (scolarité)
En cas de suspicion ou de cas avéré de COVID-19 chez les étudiants AMUTous les étudiant(e)s présentant des symptômes sont encouragés à ne pas se rendre en cours, à appeler leur médecin, à fournir un certificat médical et à suivre les consignes suivantes :•J’informe la scolarité
•Je me rends chez un médecin. S’il me délivre un certificat médical d’arrêt, ce dernier doit être
envoyé à mon service de scolarité pour justifier de mon absence.
•Je réalise le test de dépistage suivant les consignes données par mon médecin
•Vous trouverez la liste des centres de dépistages proche de chez vous à l’adresse suivante :
https://sante.fr/recherche/trouver/DepistageCovid)
Crise sanitaire : Si je pense être malade
Dès la réception du résultat du test, j’informe le service scolarité du résultat du test•Si le résultat est négatif : je reviens en cours
•Si le résultat est positif : Si je ne l’ai pas déjà fait, je transmets le certificat médical et je reste en
quatorzaine à domicile en protégeant mes proches.
Le service de la scolarité :•Informe la direction de la composante qui effectuera, en lien avec le référent universitaire Covid-
19 ([email protected]) un suivi pour identifier l’émergence éventuelle d’un cluster (soit
plus de 4 cas de Covid-19 positifs).
Crise sanitaire: Si je suis malade
TOUTES LES INFOS SUR LE SITE DU MASTER et sur le site https://www.univ-amu.fr/node/4402
Crise sanitaire: toute les infoshttps://www.univ-amu.fr/node/4402
Bonne rentrée à tous