RNA ve miRNA

Merve YÜRÜKERCİYES ÜNİVERSİTESİ

PARAZİTOLOJİ AD.

Post-transkripsiyonel kontrrol mekanizması:

interferens RNA

Kodlanan RNAKodlanmayan RNA (ncRNA)

Non-Coding RNA: önceleri hurda diye bilinirdi!!!

siRNA nedir?

• Küçük kodlama yapmayan , çift zincirli RNA• 20-25 nt uzunluğunda• 3’ uçta 2 nt’ lik çıkıntı• Virüslerde bulunur, memeliler için eksojen

kaynaklı• Primer siRNA, sekonder siRNA, tasiRNA,

natsiRNA

miRNA nedir?

Küçük kodlama yapmayan , çift zincirli shRNA19-20 nt uzunluğundaKomplementeri olan iplikle aktifleşme Omurgalı ve omurgasızlar arasında

korunmuşlardırKurt, mantar, bitki ve memeli….

miRNA ile siRNA arasındaki fark?

miRNA siRNAHairpin ssRNA dsRNA orjinli

Endojen Eksojen

Yerli RNA Yabancı RNA

Mükemmel uyum Tam uyum

Translasyonel represyon RNA kesimi

miRNA avantaj ve dezavantajlarıAvantajlar:– RNA ile çalışmaya gerek yoktur– DNA taşıma ve dağıtım yöntemleri iyi bilinmektedir– Geçici veya sabit ifade– Uzun vadeli denemeler için uygun maliyetli– İndüklenebilir ekspresyon sistemleri mevcuttur– havuz taramak mümkündür

Dezavantajlar:– Klonlama ve doğrulama eklemeye ihtiyaç duyar – Vektör hazırlama ve transfeksiyon deney sürecinde zaman gerektirir– genom içine entegrasyon kısımları içerir

siRNA avantaj ve dezavantajlarıAvantajları:– Kullanmak için hazır reaktifler mevcuttur,araştırmacılar için fazla zaman

tutmaz,spesifik bir geni knock down etmenin en hızlı yoludur– siRNAs etiketli olabilir– genellikle oldukça kolay transfeksiyon– vektör ile sürüm yaklaşımına göre siRNA miktarının kontrolü daha doğru ve kesindir– hedef dışı ve nonspesifik etkiler minimize edilmiştir– kimyasal değişimlerle stabiliteyi arttırmak mümkündür

Dezavantajları:– Daha büyük deneyler için pahalıdır– İndüklenemeyen ifade– Sadece kısa dönem, geçici knock down – Uzun süreli çalışmalar için kullanışlı değildir

Mekanizmayı uyaran nedir?

• Birincil miRNA nükleusta ifade edilir ve genellikle birkaç kb uzunluğunda,

• 5’ cap ve poli A kuyruğu işlenmiştir.

Pri-miRNA

•Nükleusta Drocha enzimi ile kesilerek 70 nt lik saç tokası transkriptleri oluşturulur.

Dicer enziminin domain yapısı

1. Nükleusta 2. sitoplasmada

Tanınmayı sağlayan uçlar

Argonaute proteininin domain yapısı

• N terminal,• PAZ; domaini rehber zincirin 3´ ucuna bağlanmada

• MID; stabil olan zincirin tanınması

• PIWI; hedef mRNA’nın kesiminde

Argonaute proteininin domain yapısı

Gen ifadesinin engellenmesi

Sonuç olarak;RNA interferans, transkripsiyon sonrası gen

ekspresyonunun susturulması/baskılanması için etkili bir metotdur.

Bu mekanizma doğada var olan bir mekanizma olup, aynı zamanda moleküler biyolojide gen-protein işlevi analizinde, fonksiyonel genomik araştırmalarında ve

Gen tedavisinde geniş bir uygulama alanına

sahiptir.

Teşekkürler…