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Rapport annuel d'activité, année 2015
Laboratoire National de Référence
Listeria monocytogenes
Nom du responsable du LNR
Barre Léna
Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant précisez les
noms des unités associées au LNR
USEL
Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant précisez les
noms des laboratoires associés au LNR
LSAl
Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau
85
Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du
LNR (SA, SV et SSA)
Existence d'un LRUE pour Listeria monocytogenes
2
Les faits marquants de l'année
- Marché public pour la sélection d'un prestataire de service en vue de la préparation des
EILA du LNR Lm
- Sollicitation du LNR sur l’évolution de la validation des méthodes certifiées AFNOR suite à
des remontées terrain sur tests de détection/confirmation.
- Actions menée au sein de l’action 3 de l’UMT ARMADA
- Projet France Agrimer filière viande blanche pour le projet « Typage et persistance de
Listeria monocytogenes dans la filière porc.
1. Méthodes développées ou révisées
Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente
0
Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes
pour être proposées à l’autorité compétente au cours de l’année 2016
0
2. Matériels biologiques ou chimiques, échantillons et souches
d'intérêt
Information disponible auprès du LNR
3. Activités d'analyse
3.1. Analyses officielles de première intention
Nombre d'analyses officielles de première intention réalisées dans l'année (de
biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire...)
575
Détaillez ici par type d'analyse de première intention
En 2015, le LNR a réalisé :
- Le sérotypage conventionnel par agglutination de 171 souches
- Le sérotypage moléculaire de 201 souches
- Le typage moléculaire par PFGE avec deux enzymes de restriction de 203 souches
Ces analyses comprennent celles effectuées pour les 69 souches isolées des plans de
contrôle de la DGCCRF (sérotypage moléculaire et typage par PFGE).
3
3.2. Analyses officielles de confirmation
Nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées dans l'année (de
biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire...)
2
Détaillez ici par type d'analyse de confirmation
Sollicitation du LNR Listeria suite à l’alerte DGAl 2015/486. Analyses ayant abouti à la
transmission de 2 rapports émis par l’unité début août 2015 et présentant les résultats
d’analyses moléculaires
Taux de confirmations par type d'analyse (= nombre de résultats confirmés / nombre
d'analyses officielles de seconde intention réalisées)
sans objet
3.3. Autres analyses
Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec
le mandat de LNR
192
Détaillez ici par type d'autres analyses
En 2015, le LNR a effectué dans le cadre de ses activités de recherche :
Le sérotypage moléculaire de 50 souches
Le typage moléculaire par PFGE avec deux enzymes de restriction de 40 souches
Le typage moléculaire par MLST de 100 souches
2 analyses en microbiologie conventionnelle ont été effectuées
4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence
et de réactifs biologiques
Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs ?
Non
4
Le LNR fournit-il des matériaux de référence ?
Non
Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux ?
Non
5. Activités d'expertise scientifique et technique
5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique du ministère
(chargé de l’agriculture, santé, etc…) ou d’instances
communautaires et internationales qui concernent votre domaine
de compétence
Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année
22
Détaillez ici les demandes d'EST et les noms des mandataires
- Le LNR a répondu à 17 sollicitations du CNR des Listeria et de l’INVS pour l’interrogation
de sa base de données moléculaires dans le cadre d’un dépassement de seuil des cas de
listériose en France.
- Le LNR a également été sollicité une fois par le LRUE Lm dans le cadre d’une demande
officielle du LNR Allemand au réseau de LNRs.
- Le LNR a été sollicité deux fois par la DGAL pour des avis sur critère réglementaire (Reg.
2073/2005) "Listeria monocytogenes" dans les produits de la mer la (Rapport transmis en
juin 2015 à la DGAl-).
- Par ailleurs, une sollicitation a émané de la DGAl pour mener des investigations sur un
milieu de culture chromogène utilisé dans le cadre de méthodes alternatives. Aussi, le LNR
a conduit des essais pour vérifier le milieu de culture en question. En parallèle, il a été
convenu que le LNR Listeria monocytogenes élabore un questionnaire à destination des
laboratoires de contrôle officiel afin de faire un état des lieux des difficultés qu’ils peuvent
rencontrer dans le cadre de l’utilisation de méthodes de détection et dénombrement des Lm
dans les aliments . L’exploitation de ce questionnaire a été transmis à la Dgal.
Pour finir : Avis de l’Anses concernant l’étude de l’évolution de Listeria monocytogenes dans
les fromages de type Cantal - Saisine n° 2014-SA-0149 (avis rendu le 22/05/2015)
5
5.2. Autres expertises
Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes:
CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de
normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est
consacré.
Annie BEAUFORT, Hélène BERGIS, membres de la Commission Afnor V01C « Hygiène »
et de son GT sur les tests de croissance et tests de vieillissement (10 j),
-Annie BEAUFORT, membre du WG 19 de l’ISO/TC 34/SC 9 « Guidelines for conducting
challenge tests » (10 j),
-Annie BEAUFORT, Hélène BERGIS, Laurent GUILLIER, Véronique NOEL, membres du
RMT «Maîtrise de la qualité microbiologique des aliments », (10j)
-Hélène BERGIS membre du WG 17 de l’ISO/TC 34 « Water activity » (6 j)
-Nathalie GNANOU-BESSE chef de projet pour la validation par essais interlaboratoires des
méthodes normalisées EN ISO 11290-1&2 en révision, dans le cadre du Mandat de la CE
au CEN, et animateur du groupe de travail CEN/ISO correspondant (TAG 17 du CEN/TC
275/WG 6). Participation au groupe miroir français de la Commission AFNOR V08B (20
jours)
-Participation de Bertrand LOMBARD aux structures chargées de la normalisation dans le
domaine de la microbiologie des aliments : Commission AFNOR V08B, ISO/TC 34/SC 9
(président), WG 2 « Statistiques » de l’ISO/TC 34/SC 9 (animateur), CEN/TC 275/WG 6 (20
jours)
- Lena BARRE: Nomination comme rapporteur du WG 17 de l’ ISO/TC 34/SC 9 "Sampling
techniques from surfaces of food/feed environment" (révision de la norme ISO 18593). (20
jours)
5.3. Dossiers de demande d'agrément
Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année
5
Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré.
En 2015, le LNR a poursuivi la conduite des audits auprès des laboratoires reconnus par la
DGAl pour la réalisation des tests de croissance de Listeria monocytogenes dans les
denrées alimentaires. Quatre audits initiaux ont été menés et un audit complémentaire a été
réalisé. En fin d’année 2015, les 12 laboratoires constituant le réseau étaient audités.
Lors de ces audits, le LNR a évalué l’aptitude de chaque laboratoire à prendre en compte
les données des producteurs et la compétence technique du laboratoire au regard de
l’application de 2 référentiels relatifs à la réalisation des tests de croissance
microbiologiques dans les aliments : la Norme Afnor NF V01-009 (2014) et le Guide
Technique du LRUE Lm (2014).
6
5.4. Activités de conseil aux professionnels
Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré
5 réponses e-mails à des sollicitations (demandes d’informations) du réseau de laboratoires
agréés (e mails)
Le laboratoire de l’ISAE (Institut Agro-environnement) dans le cadre de ses analyses de
typage a souhaité collaborer avec le LNR dans le cadre du projet Typelipo pour la
caractérisation par sérotypage moléculaire de ses souches de manière à définir la méthode
de typage de première intention à mettre en place dans leur centre. Ce travail est en cours
au LNR.
6. Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus
6.1. Organisation d'EILA
Précisez ici le nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année
0
Nom (s) et nombre(s) d'EILA que vous prévoyez d'organiser au cours de l’année 2016
- 2015 : rédaction d’un cahier des charges afin de sélectionner un sous-traitant pour appui
au LNR dans certaines étapes de l’organisation d’un 1er l’EILA dédié à la détection ou au
dénombrement de Listeria dans les aliments.
-2016 : 2 EILA
–1 EILA dans le domaine de la détection de Listeria monocytogenes dans les aliments.
L’EILA sera en partie sous-traité. Principe: sous-traitance partielle
• Sous-traitance : Préparation, caractérisation et envoi des échantillons, collecte et analyse
des résultats
• LNR: garde maîtrise du processus (programmation, suivi des labos non satisfaisants
(actions correctives))
- 1 EILA test de croissance de Lm pour le réseau de laboratoires reconnus pour la
réalisation des tests de croissance dans les denrées alimentaires. Ce 1er EILA sur la mise
en œuvre de ces tests de croissance portera sur la détermination du potentiel de croissance
de Lm dans une denrée alimentaire. Les 12 laboratoires constituant ce réseau seront tenus
de participer à cet EILA conformément à la note de service de la DGAL (N2013-8079).
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Précisez le nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de
validation telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours
de l’année
0
Précisez le nombre d'EIL (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de
l’année 2016
0
6.2. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires
Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés
du réseau, organisées dans l'année
1
Détaillez ici ces activités et indiquez le nombre de participants par journée
Première réunion du réseau de laboratoires reconnus pour la réalisation des tests de
croissance dans les denrées alimentaires, le 23 janvier: échanges et présentations entre les
différents partenaires de ce réseau, montrant l’intérêt d’un tel dispositif. (16 participants)
Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux
méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année
13
Détaillez ici ces activités et indiquez la durée moyenne des sessions et le nombre de
participants par session
Le LNR a organisé en novembre 2015 (16-17 Novembre) une session de formation sur « La
durée de vie des aliments au regard de Lm ». Huit personnes provenant de 6 laboratoires
reconnus ont participé à ces 2 journées de formation. Le programme de cette formation
conciliait théorie et pratique :
# Cadre réglementaire et référentiels
# Prise en compte des données des producteurs
# Microbiologie prévisionnelle
# Tests de croissance relatifs au potentiel de croissance et au taux maximum de croissance
# Test de vieillissement
# Etude de cas
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L’appréciation des participants concernant cette formation était positive, jugeant tous « bon
» le fond et la forme du contenu du stage et apportant un jugement « satisfaisant » à « très
satisfaisant » sur la prestation des formateurs.
Le LNR dans le cadre de l’UMT ARMADA a assuré 4 sessions de formation téléphonique
sur l’utilisation des bases de données moléculaires auprès des trois centres techniques
impliqués dans l’UMT. Une session de formation de 3 jours sur la PFGE a été organisé
également pour deux techniciens du laboratoire d’ACTALIA La Roche-sur-Foron.
Le LNR dans le cadre de l’UMT ARMADA a assuré des sessions de formations à la base de
données auprès des centres techniques impliqués. Cinq sessions téléphoniques de
formation ont été organisées en 2014 et une journée et demi de formation à l’Ifip.
Encadrement d’un étudiant de Master II, Maillet A. (Décembre 2014 à Juillet 2015) Analyse
de la diversité génétique de souches «persistantes » de Listeria monocytogenes. Master 2
Diagnostic Microbiologique : Approches innovantes. Université Paul Sabatier, Toulouse III.
Encadrement d’un étudiant de Master II, Djouher Boussaid, Applicabilité de la norme NF EN
ISO 11290-1 pour la détection de nouvelles espèces de Listeria, et impact sur la détection
de Listeria monocytogenes, Master 2, Université de Rouen, 42p. (janv. – juil. 2015).
Encadrement d’un étudiant de Master II, Joséphine Jacques-André-Coquin, Impact de la
fréquence de désinfection sur la survie de Listeria monocytogenes dans les conditions
rencontrées dans les ateliers agro-alimentaires, Master 2, UPMC Sorbonne Universités,
30p. (janv. – juil. 2015).
Le LNR a participé dans le cadre du RMT « Durée de vie microbiologique des aliments» au
développement d’une mallette pédagogique dont le but est de former les inspecteurs et les
opérateurs du secteur agroalimentaire aux outils de détermination, de validation et de
vérification de la durée de vie microbiologique des aliments.
Il a contribué en 2015 aux activités du RMT «Maitrise de la qualité microbiologique des
aliments ».
6.3. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année
Détaillez les EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National;
UE ( EILA organisé par le LRUE); International
L’unité SEL a participé aux 2 EILA de détection et dénombrement de Lm organisés par le
RAEMA, ainsi qu’à l’EILA de dénombrement de Lm organisé par le LRUE : résultats
satisfaisants
Le LNR dans le cadre de l’UMT ARMADA a participé à un EILA organisé par l’IFIP 2015, sur
les trois méthodes de typage : sérotypage, sérotypage moléculaire et PFGE.
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Au cours du second semestre 2014, le LNR a participé à un EILA organisé par le LRUE sur
les trois méthodes de typage : sérotypage, sérotypage moléculaire et PFGE. L’ensemble
des résultats a été analysé et disponible en avril 2015
7. Participation aux activités de surveillance
7.1 PS/PC
Existe-t-il un ou plusieurs PS/PC élaboré(s) par l'autorité sanitaire dans le champ du
LNR?
Le LNR a reçu et analysé les souches des 4 PC DGCCRF.
7.2 Activités de surveillance hors PS/PC
7.2.1 Dispositif(s) hors PS/PC
Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance (hors PS/PC) ?
Oui
En dehors du dispositif PS/PC de la DGAl préciser si le LNR est intégré à un autre
dispositif (Résapath, Salmonella, Resabeille, ...)
Le LNR reçoit des souches en provenance de laboratoires d’analyses vétérinaires et agro-
alimentaires publics ou privés. L’envoi de ces souches se fait sur la base du volontariat,
excepté pour les souches « alerte-produit DGAl», qui doivent obligatoirement être
adressées au CNR des Listeria (Institut Pasteur) qui les retransmet ensuite au LNR.
Ainsi, compte-tenu du système mis en place, il n’est pas possible de réaliser un bilan de
surveillance des isolats de façon fiable et exhaustive.
Le LNR ainsi que la mission "Alertes et Vigilances" de l’Anses/DER, participent à la Cellule
Listeria, chargée de la coordination de la surveillance nationale des cas humains de
listériose. En particulier, le LNR peut être interrogé par l’InVS et/ou le CNR sur les données
dont il dispose en situation d’investigation de cas groupés de listériose, lorsque le véhicule
alimentaire n’est pas identifié. Le LNR reçoit régulièrement en provenance du CNR toutes
les informations concernant les cas groupés de listériose et leur profil PFGE associé. Le
LNR effectue une comparaison régulière des profils PFGE des souches « alerte produit
DGAl » avec ceux des cas groupés humains investigués sur la même période.
10
La base de données du LNR peut être interrogée en situation d’investigation de cas groupés
de listériose, lorsque les données du CNR sont insuffisantes. Le CNR doit nous
retransmettre régulièrement le profil PFGE des cas groupés si celui-ci est nouveau et
différent de ceux déjà observés. Dans ce cas, le LNR lance une recherche dans sa base
pour identifier d’éventuelles souches présentant le même profil. En 2015, nous avons été
sollicités dans le cadre de 17 signalements différents.
Dans le cadre de l’UMT Armada, la base de données du LNR a été modifiée afin de pouvoir
être ouverte aux centres techniques français impliqués dans la surveillance de souches de
Lm isolées de filières alimentaires spécifiques. Une plateforme informatique a été mise en
place et est opérationnelle depuis fin mai 2013 (http://moleculartyping-db.anses.fr). Pour
anticiper l’ouverture de la future base de données de surveillance moléculaire Européenne
de l’EFSA, la base de données du LNR. En 2015, a été connectée au pilote de la base de
données EFSA. Un premier test de soumission de 45 profils moléculaire a été réalisé, ainsi
que le développement d’un script de conversion des données françaises dans le langage de
la base de données EFSA Foodex 2. Ce travail permettra de potentiellement soumettre sur
les bases de données de surveillance Européenne (Base de données EFSA), toutes les
données moléculaires collectées par le LNR. L’EFSA a envoyé dans le cadre du lancement
de sa base de données une demande officielle aux autorités françaises pour permettre la
soumission des données de surveillance nationales. Une réunion de présentation du
système de base de données EFSA et du système mis en place par le LNR à été faite à la
DGAl, la DGS et la DGCCRF le 17 Septembre 2015.
Trois réunions téléphoniques individuelles ont été effectuées avec l’ADRIA développement
de Quimper, pour former ce centre technique à l’utilisation de la base de données de typage
du LNR ainsi que la réalisation d’une feuille de route pour l’intégration de cet outil dans leur
processus d’analyse PFGE. Tous les centres techniques de l’UMT ont été contactés par un
mail circulaire, pour participer aux sessions de formation. En 2015 trois centres techniques
étaient formés, l’IFIP, ACTALIA la Roche sur Foron et ADRIA développement.
Depuis 2012 et encore en 2015, des données issues de la base de données du LNR ont
alimenté la base de données européenne du LRUE Lm. En 2015 cette base de données a
été utilisée pour la préparation des LNR Européen y compris le LNR Français. La base de
données du LRUE Lm cessera de fonctionner lors de l’entrée en production de la base de
données lancée depuis 2015 par l’EFSA. Le système de base de données développé par le
LRUE Lm est décrit dans l’article : Pulse Field Gel Electrophoresis Methods and Protocols,
K.J.M. Dalmasso, ed. (Springer Protocols, Humana Pres), pp. 9-28).
Le LNR a été sollicitée à plusieurs reprises au cours de l’année 2015 pour rechercher des
profils moléculaires similaires à ceux de souches humaines qui ont fait l’objet d’alertes ou
d’investigations, en France (cf ci-dessus), en Europe et au niveau international.
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7.2.2 Gestionnaire du dispositif
Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif de surveillance
Décrit précédemment
7.2.3 unités intégrées dans le dispositif
Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos
cotés
Oui
Lesquelles ?
La mission "Alertes et Vigilances" de l’Anses/LRUELm
7.2.4 Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance
Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) :
INVS, CNRS, EFSA, DGAl
7.2.5 Modalités de surveillance
Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) :
Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des acteurs de
terrain)
Sur des modalités de surveillance programmées (active)
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8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence
8.1. Recherches méthodologiques pour la référence
Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année :
objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à
projets...
Les différents projets de recherche cités ci-dessous ont pour but de développer des
approches moléculaires innovantes afin d’évaluer la diversité génétique des souches
alimentaires de Listeria monocytogenes.
Partenariat nationaux
Partenariat LNR /Ifip
Dans la continuité du travail réalisé en 2014, un projet intitulé « Typage et persistance de
Listeria monocytogenes dans la filière porc » (juillet 2015-Décembre 2016) a été soumis et a
remporté l’appel d’offre de France –Agrimer en Septembre 2015. L’objectif de ce projet est
de mieux connaître les propriétés des souches persistantes dans les ateliers de
transformation de viande de porc. Pour cela, nous proposons de (1) caractériser la diversité
génétique des souches, isolées de la filière porc, ces vingt dernières années par PFGE et
MLST et (2) d’identifier des marqueurs génétiques associés aux souches persistantes dans
les ateliers. La base de données développée dans le cadre de l’UMT Armada sera utilisée
ici. L’ensemble des résultats obtenus permettra aux professionnels de mieux appréhender le
risque sanitaire lié à L. monocytogenes dans la filière porc, en offrant de nouvelles
perspectives pour le suivi et l’élimination des souches persistantes. A terme, ce travail
permettra le développement de tests moléculaires rapides ciblant ces marqueurs d’intérêt.
Ce projet regroupe l’IFIP partenaire principal du projet et neuf laboratoires collaborateurs
dont deux laboratoires français l’ISAE et Aérial. Le projet prévoit l’analyse du génome de
souches issues de 11 lignées de souches persistantes dans un environnement industriel de
transformation de la viande de porc. L’analyse de ces souches persistantes se fera au
regard de la diversité génétique de plus de 500 souches issues d’aliments à base de viande
de porc collectées par le LNR.
Partenariat LNR/ laboratoires Européens
-Projet de recherche Doctorat européen
Un projet de thèse intitulé « Genomics and Phenomics of Listeria monocytogenes strains of
food origin “est porté par le LNR, depuis Décembre 2013. Pour cela, le LNR a developpé un
partenariat avec deux chercheurs de l’Université Technique du Danemark (DTU)°(Dr
F.Aarestrup, Dr R. Hendriksen). Ces chercheurs font partie du « National Food institute » et
en particulier de la «Division of Bacterial Genomics and Epidemiology ». La thèse, conduite
sous label Européen, est financée par l’Anses. Dans ce cadre presque deux cent souches
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du LNR appartenant à des complexes clonaux d’intérêt ont été entièrement séquencées.
Les analyses sont en cours, menées en étroite collaboration entre notre laboratoire, le DTU.
Les analyses sur la structure des populations de souches alimentaires de Listeria
monocytogenes, ont mené à la rédaction d’un article qui sera soumis très prochainement
dans Applied and Environnemental Microbiology. Ce travail est prolongé par le séquençage
du génome de 204 souches qui permettront d’approfondir au niveau génétiques les
variations observé au sein des populations de souches alimentaires. Les objectifs principaux
de ce travail sont : la détection de marqueurs génétiques expliquant la différence de
répartition des groupes génétiques des souches isolées d’aliments et de cas cliniques.
- Projets de recherche inscrits dans le programme de travail LRUE
Dans un proche avenir, l'utilisation à large échelle de la technique du séquençage du
génome entier (Whole genome sequencing, WGS) est certainement amenée à supplanter la
PFGE. Cette technique a été utilisée avec succès comme outil d’analyse épidémiologique
de souches de L. monocytogenes (Orsi et al., 2008 ; Gilmour et al., 2010).
Le LRUE a débuté en 2015 un travail de validation des méthodes de séquençage
disponibles à ce jour en comparaison avec la méthode de référence, la PFGE. Ce projet
nécessite de regrouper une diversité importantes de souches reliées épidemiologiquement.
Le LNR a pris part à cette étude ainsi que d’autres laboratoires nationaux et Européens.
-Projet EFSA OC/EFSA/BIOCONTAM/2014/01
De plus, le LNR participe actuellement à un projet Européen de comparaison des données
de séquençage génomique, obtenues par WGS, de souches de L.monocytogenes
prélevées dans différents compartiments de la chaîne alimentaire ou isolées de cas
humains (OC/EFSA/BIOCONTAM/2014/01). Ce projet d’une durée de deux ans a
commencé en octobre 2014. Il s’inscrit dans la continuité d’une enquête européenne
précédemment menée pour estimer la prévalence et les niveaux de contamination dans
trois aliments prêts à consommer: poisson fumé ou mariné, produits de viande et fromages
à pâte molle ou semi-molle. Les données de WGS seront analysées à partir de mars 2015,
au Public Health England (PHE, UK), partenaire de ce projet. Le séquençage de 1156
souches de ce projet a été réalisé. Une base de données regroupant la description
épidémiologique des 818 souches alimentaires et 338 souches cliniques a été constituée.
Le projet est maintenant la phase d’analyse des données obtenues. Il mènera à la rédaction
d’un article dans une revue scientifique internationale à comité de lecture.
-Projet « COMPARE“-Horizon 2020”
De plus, le LNR participe au 8ème programme cadre recherche et développement pour la
période 2014-2020 (Horizon H2020 : « Improving the control of infectious epidemics and
foodborne outbreaks through rapid identification of pathogens ») par le biais du projet
COMPARE. Ce projet, d’une durée de 5 ans est coordonné par le DTU et implique 29
partenaires européens. Ce projet collaboratif COMPARE a pour objectif la mise en place
d’une infrastructure d’échanges d’informations au niveau européen pour la gestion des
épidémies humaines ou animales. Le LNR s’implique dans ce projet, en développant et
validant de nouvelles méthodes de caractérisation utilisables pour l’épidémiologie
moléculaire. Listeria a été retenu parmi les pathogènes transmissibles par les aliments qui
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doivent faire l’objet d’une étude pilote, avant d’élargir à l’ensemble des bactéries, virus et
parasites, représentant un risque dans la chaine alimentaire.
La première étape de ce projet porte sur l’évaluation de la diversité génétique connues de
chaque pathogènes et le récemment des génomes de référence disponibles.
-Influence des modalités de prise d’essai sur l’incertitude de mesure, et optimisation de la
prise d’essai pour assurer une meilleure représentativité de la contamination de l’échantillon
pour laboratoire
En particulier, l’hétérogénéité de la contamination des matrices alimentaires par Lm a été
étudiée sur différentes catégories d’aliments.
-Etude l’applicabilité de la norme EN ISO 11290 aux nouvelles espèces de listeria.
Récemment, de nouvelles espèces du genre Listeria ont été isolées à partir d'aliments et
d'autres niches environnementales. Les normes en cours de révision incluront à présent
dans leur domaine d’application Listeria spp. car elles peuvent être utilisées comme
indicateurs d’une contamination potentielle par L. monocytogenes.
Dans le cadre de la révision de la norme, il a été nécessaire de vérifier la capacité des
méthodes à récupérer et à détecter les espèces de Listeria nouvellement identifiées. En
particulier, certaines de leur caractéristiques restaient inconnues, telles que: leurs
caractéristiques de croissance et l’aspect des colonies sur géloses d'isolement sélectif, leurs
réactions aux tests biochimiques utilisés pour la confirmation, leur interférence possible
avec la détection de L. monocytogenes.
-Etude de l’impact du poolage sur la détection de Listeria monocytogenes, selon la norme
11290-1
-Evaluation de techniques d’inoculation de matrices solides
-Synthèse bibliographique sur les techniques de confirmation
- Suivi du devenir de Listeria monocytogenes soumise aux stress rencontrés dans les
ateliers agro-alimentaires réfrigérés et étude du transcriptome après application de ces
stress.
L’objectif général du projet est d’utiliser la déshumidification de l’air pour empêcher la
persistance de Listeria monocytogenes dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés tout en
réduisant l’impact environnemental des opérations d’hygiène. Pour cela, nous cherchons la
stratégie de déshydratation la plus destructrice et évaluons le retard de croissance des
cellules survivantes. Des efforts sont ensuite portés sur la compréhension des mécanismes
moléculaires impliqués dans la réponse de la bactérie au stress hydrique mais également
aux autres stress (chimique, salin, etc.) rencontrés dans les ateliers. Il est question
d’identifier des marqueurs de viabilité afin de développer un outil permettant de détecter,
dans les environnements industriels, les cellules non détectables par les méthodes
culturales actuelles (les cellules viables non cultivables ou VNC). Les travaux sur la
recherche des conditions de séchage optimale pour la destruction de L. monocytogenes ont
montré que les principaux facteurs qui affectent la survie est l’amplitude de séchage et la
cinétique de réhydratation. Dans le cas de L. monocytogenes, un séchage à 68% d’humidité
relative suivi d’une réhydratation cellulaire rapide est la condition la plus destructrice. De
15
plus, nous avons montré que le séchage permet une optimisation de l’opération d’hygiène
lorsqu’il est couplé à une étape de nettoyage et désinfection, en réduisant plus fortement la
viabilité des cellules sur les surfaces.
8.2. Recherches associées
Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année:
participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections
expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...
sans objet
9. Relations avec le CNR
Existence d'un CNR
Oui
Intitulé du CNR
CNR des Listeria
Organisme porteur du CNR
Institut Pasteur
Collaboration dans le cadre de la surveillance, détailler:
Cf ci-dessus
Collaboration dans le cadre de projets de recherche, détailler:
sans objet
Autres collaborations, le cas échéant détailler:
sans objet
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10. Autres mandats
Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de
compétences
Oui
Précisez :
LRUE Listeria monocytogenes
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Annexes
PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES INTERNATIONALES
Barre L, Brasseur E, Doux C, Lombard B, Gnounou Besse N. Food Microbiology. 48:171-7
2015. Sensitive enumeration of Listeria monocytogenes and other Listeria species in various naturally
contaminated matrices using a membrane filtration method.
- Lardeux AL., Guillier L., Brasseur E., Doux C., Gautier J., Gnanou-Besse N. 2015. Impact of the contamination level and the background microflora on the growth of Listeria monocytogenes in ready-to-eat diced poultry. Letters in Applied Microbiology (article in press) doi:10.1111/lam.12395
- D. Michelon, A. Leclercq, G. Garric, L. Guillier, A. Beaufort and H. Bergis, 2015. Growth potential assessment of Listeria in milk fat products by challenge testing. Journal of food safety (in press), doi: 10.1111/jfs.12239
Felix B, Roussel S and Pot, B. 2015. Harmonization of PFGE profile analysis by using bioinformatics tools: example of the Listeria monocytogenes European Union Reference Laboratory. In Pulse Field Gel Electrophoresis Methods and Protocols, K.J.M. Dalmasso, ed. (Springer Protocols, Humana Press), pp. 9-28.
Michelon, D., Felix, B., Vingadassalon, N., Mariet, J.F., Larsson, J.T., Moller-Nielsen, E., and Roussel, S. (2015). PFGE Standard Operating Procedures for Listeria monocytogenes: Harmonizing the Typing of Food and Clinical Strains in Europe. Foodborne Pathog Dis.
COMMUNICATIONS NATIONALES
Firmesse, O., 2015. Améliorer l'hygiène dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés : déshumidifier l'air pour lutter contre la persistance microbienne. Revue Générale du Froid & du conditionnement d'air 1153, 19-22.
Firmesse, O., 2015. Ecosec optimise les paramètres de séchage. Process Alimentaire.
Firmesse, O., 2015. La déshumidification de l’air pour éliminer les bactéries dans les ateliers. Revue Laitière Française.
Roussel, S., 2015. Mémoire HDR – Diversité Génétique des souches alimentaires de Listeria monocytogenes. Université Paris XII Val de Marne.
COMMUNICATIONS INTERNATIONALES
Felix, B., Roussel, S., Pot, B. 2015. Harmonization of PFGE profile analysis by using bioinformatics tools: example of the Listeria monocytogenes European Union Reference Laboratory network, In: Methods in Molecular Biology. 9-28.
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COMMUNICATIONS AFFICHÉES
Félix B, M.D., Mariet JF, Dao TT, Roussel S, Feurer C 2015. A molecular Listeria monocytogenes database to centralize and share typing data from strains isolated from the pork sector in France. Paper presented at: Safe Pork (Porto, Portugal).
Henri C,, Plouchart D, Mariet JF, Dao TT, Lailler R, Feurer C, Roussel S 2015. Genetic diversity of Listeria monocytogenes strains isolated from pork products. Paper presented at: Safe Pork (Porto, Portugal).
Felix, B., Mariet, J.F., Maillet, A., Firmesse, O., Laurent, G., Radomski, N., Felten, A., Touzain, F., Feurer, C., Roussel, S. 2015. Genomic insight into the persistence of Listeria monocytogenes in processing environments of pork products. In Safe Pork, Vieiro-Pinto, M., ed. (Porto, Portugal).
Félix, B., Feurer, C. 2015. Listeria monocytogenes: une base de données nationale partagée pour la surveillance et l’amélioration des connaissances. In Colloque UMT ARMADA (Maisons-Alfort).
Michelon, D., Felix, B., Mariet, J.F., Lombard, B., Roussel, S. 2015. Update on activities of European Union Reference Laboratory for Listeria monocytogenes: a road-map toward European harmonization of typing food and clinical strains. In InFORM: Integrated Foodborne Outbreak Response and Management Conference, Laboratories, A.P.H., ed. (Phoenix, United States of America).
L. Barre, N. Gnanou Besse, E. Brasseur, A. Chamoin, B. Lombard Measurement uncertainty for Listeria monocytogenes enumeration: trials on influence of sub-sampling test portion., 11e congrès National de la Société Française de Microbiologie, Institut Pasteur Paris, 24-25 mars 2015. Communication affichée A reçu le prix poster SFM 2015
Gnanou Besse, N., Rollier, P., Guillier L, François, D., Romero, K., Pierru, S., Bouhier, L., Lombard, B. 2015. Validation of EN ISO 11290-1&2 Standard methods for detection and enumeration of L. monocytogenes. In IAFP European Symposium on Food Safety (Cardiff (RU)).
Gnanou Besse, N., Rollier, P., Guillier L, François, D., Romero, K., Pierru, S., Bouhier, L., Lombard, B. 2015. Validation of EN ISO 11290-1&2 Standard methods for detection and enumeration of L. monocytogenes. In 11e congrès National de la Société Française de Microbiologie (Paris)
Overney, A., Jacques‐André‐Coquin, J., Ng, P., Guillier, L., Carpentier, B., Firmesse, O. 2015. Etude de paramètres influençant la persistance de Listeria monocytogenes dans les ateliers agro‐alimentaires réfrigérés. In 7ème Colloque du Réseau National Biofilms (Toulouse).
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CONFÉRENCES SUR INVITATION
Felix, B., Michelon, D., Mariet, J.F., Lombard, B., Roussel, S. 2015. Update on activities of European
Union Reference Laboratory for listeria monocytogenes: a road-map toward European
harmonization of typing food and clinical strains. In Days of Veterinary Pendovski, P.L., ed.
(Struga, Macedonia).
Felix, B., Cadel Six, S., Cherchame, E., Michelon, D., Mariet, J.F., Dao, T.T., Lailler, R., Roussel, S.,
Feurer, C. 2015. Molecular Listeria monocytogenes & Salmonella databases to share typing
data from strains isolated from the pork sector in France. In Journée de restitution des
travaux de l’UMT ARMADA, IFIP, A.-. ed. (Maisons - Alfort, France).
Roussel, S., Henri, C., Felix, B., Michelon, D., Mariet, JF., Guillier, L., Felten, A., Touzain F.,
Radomski, N., Lombard, B., Mistou, MY., Lailler, R. 2015. Characterization of Listeria
monocytogenes strains by Whole Genome Sequencing. MEDVETNET Workshop :
Wednesday 7 October 2015.
Michelon, D., Felix, B., Roussel, S. 2015. EURL Lm PFGE Database Experience Collaboration with
EFSA. Working group on Microbiological Criteria Brussels, October 30th, 2015.
Firmesse, O. 2015. Persistance de Listeria monocytogenes dans les conditions de stress rencontrées sur les surfaces des ateliers agro-alimentaires réfrigérés. In: 11e congrès National de la Société Française de Microbiologie, Institut Pasteur Paris, 24-25 mars 2015.
Lailler, R., Feurer, C. 2015. Epidémio-surveillance de Listeria monocytogenes et Salmonella enterica:
intérêt, structuration et évolution. In Colloque UMT ARMADA (Maisons-Alfort, Fr). Roussel, S., Henri, C., Felix, B., Michelon, D., Mariet, JF., Guillier, L., Felten, A., Touzain F.,
Radomski, N., Lombard, B., Mistou, MY., Lailler, R. 2015. Characterization of Listeria
monocytogenes strains by Whole Genome Sequencing. MEDVETNET Workshop:
Wednesday 7 October 2015.