PUBLISKAIS GADA PĀRSKATS - LU

1

VALSTS ZINĀTNISKAIS INSTITŪTS

ATVASINĀTA PUBLISKA PERSONA

LATVIJAS BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMU UN STUDIJU

CENTRS

PUBLISKAIS GADA PĀRSKATS

2018

APSTIPRINU

Direktors

_____________ J.Kloviņš

2019. gada 28. maijā

Rīga 2019

2

SATURS

1. PAMATINFORMĀCIJA .................................................................................................. 3

1.1. Juridiskais statuss un struktūra .................................................................................. 3

1.2. Galvenās funkcijas un uzdevumi ............................................................................... 5

1.3. Galvenie zinātnes virzieni ......................................................................................... 5

1.4. Stratēģiskie ilgtermiņa un vidējā termiņa mērķi ........................................................ 6

2. ZINĀTNISKĀS DARBĪBAS REZULTĀTI ..................................................................... 8

2.1. Īstenotie pētījumu projekti ......................................................................................... 8

2.1.1. LZP Fundamentālie un lietišķie pētījumu projekti ............................................ 8

2.1.2. Valsts pētījumu programmas projekti.............................................................. 10

2.1.3. Starptautiskie pētniecības un attīstības projekti, tai skaitā nacionālais

līdzfinansējums ................................................................................................................ 11

2.1.4. Valsts vai pašvaldības budžeta iestāžu finansētie projekti .............................. 14

2.1.5. ERAF projekti .................................................................................................. 14

2.1.6. Starptautiskie un vietējie pētniecības projektu līgumdarbi ............................. 21

2.2. Zinātniskās publikācijas .......................................................................................... 21

2.2.1. Zinātniskās publikācijas, kas iekļautas Web of Science vai SCOPUS ............ 21

2.2.2. Citas zinātniskās publikācijas ......................................................................... 28

2.3. Intelektuālā īpašuma aizsardzība ............................................................................. 28

2.3.1. Reģistrētie un uzturētie starptautiskie patenti ................................................. 28

2.3.2. Reģistrētie un uzturētie Latvijas patenti .......................................................... 28

2.3.3. Pieteiktie starptautiskie patenti ....................................................................... 29

2.3.4. Pieteiktie Latvijas patenti ................................................................................ 29

2.4. Dalība konferencēs .................................................................................................. 30

2.5. Akadēmisko un kvalifikācijas darbu izstrāde .......................................................... 37

2.5.1. Izstrādātie un aizstāvētie promocijas darbi ..................................................... 37

2.5.2. Izstrādātie un aizstāvētie maģistra darbi ........................................................ 37

2.5.3. Izstrādātie un aizstāvētie bakalaura darbi ...................................................... 37

2.6. Organizētās konferences, kursi, semināri un vieslektoru uzstāšanās BMC ............. 38

2.7. Cita institūtam būtiska informācija ......................................................................... 38

3. FINANŠU RESURSI UN TO IZLIETOJUMS ............................................................... 41

4. PERSONĀLS .................................................................................................................. 43

5. ATTĪSTĪBAS PERSPEKTĪVAS 2019.GADĀ ............................................................... 44

3

1. PAMATINFORMĀCIJA

1.1. Juridiskais statuss un struktūra

Valsts zinātniskais institūts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs

saskaņā ar 2006.gada 28.decembra MK noteikumiem Nr.1076 „Grozījumi Zinātniskās

darbības likumā” un LR IZM 2007.gada 10.janvāra lēmumu Nr.15.1-04/04 Valsts

aģentūra „Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs” kļuva par atvasinātu

publisku personu. BMC ir reģistrēts LR IZM Zinātnisko institūciju reģistrā ar

reģistrācijas Nr.181002 un atrodas LR IZM ministra pārraudzībā. BMC darbība

pamatojas uz Zinātniskās darbības likumu un BMC nolikumu, ar kuru saskaņā BMC

pārvalda zinātnieku koleģiāla institūcija – zinātniskā padome un direktors. Zinātnisko

padomi uz pieciem gadiem ievēlē BMC zinātnieku pilnsapulce, direktoru uz pieciem

gadiem ievēlē zinātniskā padome. Zinātniskās padomes priekšsēdētājs ir Dr.biol.

Andris Zeltiņš un BMC direktors ir Dr.biol. Jānis Kloviņš.

2018.gadā BMC struktūrā izmaiņas nav notikušas.

4

1.attēls BMC struktūra

Studentu padome

Zinātniskā padome

Direktors

Zinātniskais direktors

Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa

Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa

Molekulārās mikrobioloģijas grupa

Vēža šūnas bioloģijas grupa

Melanomas pētniecības grupa

Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa

Vēža gēnu terapijas grupa

Antibakteriālu un pretvēža līdzekļu atlases grupa

Ar G-proteīnu saistīto receptoru funkcionālās izpētes grupa

Vīrusu hepatīta grupa

Molekulārās virusoloģijas grupa

Strukturālās bioloģijas grupa

Augu virusoloģijas grupa

Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa

Studiju direktors

Servisa centri

Genoma centrs

Rekombinanto biotehnoloģiju servisa centrs

Šūnu kultūru un mikroskopijas servisa centrs

Laboratorijas dzīvnieku servisa centrs

IT un bioinformātikas servisa centrs

Direktora vietnieks finanšu un adminsitratīvajos

jautājumos

Projektu un attīstības daļa

Finanšu un grāmatvedības daļa

Saimnieciskā un tehniskā nodrošinājuma daļa

Iepirkumu un sagādes daļa

Lietvedība

Personāla un darba aizsardzības speciālists

Datorsistēmu un datortīklu administrators

Starptautiskā konsultatīvā padome

5

1.2. Galvenās funkcijas un uzdevumi

BMC savu darbību veic saskaņā ar BMC nolikumu, kurā ir definētas šādas BMC

funkcijas:

zinātniskās darbības īstenošanu molekulārajā bioloģijā, ģenētikā, bioķīmijā,

biomedicīnā, biotehnoloģijā un citās zinātņu nozarēs;

zinātnes un augstākās izglītības integrētas attīstības veicināšanu bioloģijas,

ķīmijas, medicīnas un citās zinātņu nozarēs;

pakalpojumu un līgumpētījumu nodrošināšanu Latvijas un ārvalstu

pasūtītājiem;

valsts un starptautisku pētījumu projektu un pētniecības programmu

sagatavošanu, pieteikšanu un īstenošanu;

priekšlikumu sagatavošanu un sniegšanu valsts prioritāšu veidošanā zinātnē,

augstākajā izglītībā un inovācijās;

zinātniskās ekspertīzes veikšanu un Latvijas interešu pārstāvēšanu

starptautiskajās institūcijās atbilstoši BMC kompetencei;

laboratoriskās diagnostikas pakalpojumu sniegšanu un jaunu diagnostikas

līdzekļu un individualizētas terapijas izstrādi.

Lai īstenotu noteiktās funkcijas, BMC veic šādus uzdevumus:

īsteno fundamentālos un lietišķos pētījumus, kas saistīti ar molekulāro

bioloģiju, ģenētiku, bioķīmiju, biomedicīnu, biotehnoloģiju un citām zinātņu

nozarēm;

iesaistās studiju procesā un nodrošina visu līmeņu studentu apmācību

sadarbībā ar Latvijas un ārvalstu augstskolām;

veicina zinātnisko pētījumu rezultātu praktisku izmantošanu, izstrādājot

jaunas tehnoloģijas un produktus, t.sk. bioloģiski aktīvas vielas,

biotehnoloģijas produktus un medicīniskos diagnostikas līdzekļus.

attīsta sadarbību ar citām zinātniskajām institūcijām, iesaistās organizācijās,

biedrībās un asociācijās;

izstrādā un īsteno programmas un pasākumus zinātniskās kvalifikācijas

celšanai;

organizē zinātniskas konferences, seminārus un lekcijas;

izdod informatīvus materiālus;

veido bioloģisko materiālu kolekcijas (biobankas), kā arī klīniskās un

ģenētiskās informācijas datu bāzes;

uztur un attīsta laboratorisko izmeklējumu metodoloģisko, materiāli tehnisko

bāzi un kvalitātes vadības sistēmas medicīnā un citās nozarēs, veic

laboratoriskās diagnostikas pakalpojumus;

veic citos zinātnisko darbību regulējošajos normatīvajos aktos noteiktos

uzdevumus.

1.3. Galvenie zinātnes virzieni

BMC Attīstības stratēģijā 2015.-2020.gadam ir definēti pieci galvenie

zinātniskie virzieni:

6

cilvēka ģenētika un slimību patoģenēzes mehānismi;

vēža izpēte;

biotehnoloģija un struktūrbioloģija;

molekulārā mikrobioloģija un virusoloģija;

molekulārā farmakoloģija.

Cilvēka ģenētikas un slimību patoģenēzes mehānismu virziens BMC ir relatīvi

jauns izpētes virziens, kurā darbojas trīs zinātniskās grupas, kuru darbības mērķis ir

veikt cilvēku ģenētikas pētījumus, ar slimību patoģenēzi asociēto mehānismu izpēti,

biomarķieru identifikāciju un molekulāri diagnostisko testu izstrādi. Būtiski panākumi

pēdējo gadu laikā ir sasniegti, izveidojot unikālu biobanku, Valsts Iedzīvotāju genoma

datubāzi (VIGDB), kas apkopo vairāk nekā 30 000 dalībniekus no Latvijas populācijas

un pacientus no dažādām slimību kohortām. Šī biobanka ir bijusi galvenais resurss

ģenētisko pētījumu ekspansijai BMC, kā arī bāze inovatīviem un integrētiem

pētījumiem.

Vēža izpēte ir viens no lielākajiem BMC pētījumu virzieniem, kurā pašlaik

darbojas piecas zinātniskās grupas. Šajā jomā BMC cenšas nodrošināt līdzsvaru starp

fundamentālajiem pētījumiem vēža bioloģijā un imunoloģijā, un praktiskas ievirzes

pētījumiem, kuru mērķis ir validēt identificētos potenciālos biomarķierus un zāļu

mērķus klīniskajos paraugos, izstrādāt biomarķieru testus un jaunas terapeitiskās

stratēģijas.

Biotehnoloģijas un struktūrbioloģijas virzienā darbojas četras BMC

zinātniskās grupas, kuras ir iesaistītas vīrusu un vīrusveidīgo daļiņu funkcionālos,

strukturālos un pielietojumpētījumus, kā arī uz struktūras balstīto zāļu dizainā.

Molekulārās biokrobioloģijas un virusoloģijas virzienā darbojas trīs

zinātnieku grupas, kuru darbības mērķis ir medicīniski svarīgu mikroorganismu dažādu

bioloģisko funkciju molekulāro mehānismu izpēte un pētījumu veikšana par RNS

saturošiem bakteriofāgiem, B un C hepatīta vīrusiem, poliomavīrusiem, alfavīrusiem,

augu vīrusiem u.c.

Molekulārās farmakoloģijas virzienā darbojas divas zinātnieku grupas, kuru

darbības mērķis ir veikt pētījumus šūnu receptoru balstītā zāļu mērķu identificēšanā,

veicot to detalizētu raksturojumu, izstrādāt un pielietot jaunu savienojumu bioloģiskās

testēšanas sistēmas, lai atklātu jaunus medikamentus.

1.4. Stratēģiskie ilgtermiņa un vidējā termiņa mērķi

BMC Attīstības stratēģijā 2015.-2020.gadam ir noteikti ilgtermiņa un vidējā

termiņa mērķi BMC pētniecības programmas, institucionālā attīstības plāna,

cilvēkresursu attīstības plāna, infrastruktūras un starpinstitucionālās sadarbības

attīstības plāna, izglītības un publicitātes plāna ietvaros.

Pētniecības programmas ietvaros tiks veikti zinātniski pētnieciskais darbs piecu

zinātnisko virzienu ietvaros, veicinot katra virziena attīstību un rezultativitāti.

Institucionālā attīstības plāna ietvaros plānots strādāt pie BMC:

starptautiskās konkurētspējas paaugstināšanas, veicinot starptautisku

sadarbības projektu skaita pieaugumu;

pasākumiem akadēmiskās integritātes un ētikas normu ievērošanai;

7

zināšanu pārneses un inovāciju procesa pilnveides, veicinot legālo

aspektu konsolidāciju sadarbības projektos un inovāciju kapacitātes

palielināšanu, t.sk. zinātnisko pētījumu rezultātu komerciālizāciju;

institucionālās pārvaldības efektivitātes uzlabošanu.

Cilvēkresursu attīstības plāna ietvaros plānots strādāt pie pasākumiem

cilvēkresursu piesaistei un mobilitātes veicināšanai, atbalstot jaunas zinātniskā

personāla paaudzes veidošanos no piesaistītajiem studentiem un ārvalstu zinātnieku

piesaisti.

Infrastruktūras un starpinstitucionālas sadarbības attīstības plāna ietvaros

plānots strādāt pie:

jau esošo infrastruktūras objektu attīstības, turpinot pētniecības servisu

centru pilnveidi gan attīstot to pārvaldības modeļus, gan cilvēkresursu

profesionālo pilnveidi, kā arī izveidojot atvērtās tipa laboratorijas;

jauno infrastruktūras objektu attīstības atbilstoši Latvijas Viedās

specializācijas prioritātēm, kas sevī ietver gan BMC laboratoriju

telpiskā plānojuma un pārvaldes koncepta izstrādi, gan radioloģijas

laboratoriju kompleksa izveidi, gan personalizētās medicīnas, inovatīvo

terapiju un diagnostikas kompleksa izstrādi;

starpinstitucionālās sadarbības stiprināšanā izveidojot un attīstot

Struktūrbioloģijas centru, personalizētās medicīnas konsorciju un

nacionālo biobankas tīklu, kā arī vienota un koordinēta zinātniskās

infrastruktūras attīstības stratēģijas izveides Latvijā.

Izglītības un publicitātes plāna ietvaros plānots strādāt pie:

BMC integrācijas apmācības procesa organizēšanā augstākās izglītības

iestādēs, veicinot sadarbību ar augstākās izglītības iestādēm gan

bakalaura, gan maģistra, gan doktora studiju programmu izstrādē,

īstenošanā un studējošo praktiskā apmācībā;

Starptautisku kursu un konferenču organizēšanas, kā arī publicitātes gan

vietējā, gan starptautiskā mērogā paplašināšanas.

8

2. ZINĀTNISKĀS DARBĪBAS REZULTĀTI

2.1. Īstenotie pētījumu projekti

BMC zinātniskās pētniecības darbība ir balstīta gan uz Latvijas, gan

starptautiska mēroga zinātniskās pētniecības projektu īstenošanu. 2018.gadā tika

uzsākts Horizon 2020 projekta, kā arī turpināta ERA-NET projektu īstenošana un

Latvijas-Lietuvas-Taivānas zinātniskās sadarbības atbalsta fonda projekta īstenošana.

No vietējā mēroga projektiem tika noslēgta Valsts pētījumu programas īstenošana, tika

uzsākta jaunu LZP Fundamentālo un lietišķo projektu īstenošana, tika turpināta ERAF

1.1.1.1.pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 1.kārtas projektu īstenošana,

1.1.1.2.pasākuma “Pēcdoktotorantūras pētniecības atbalsts” 1.kārtas projektu

īstenošana un jaunu 2.kārtas projektu uzsākšana. Kā arī tālāku finansējumu projekta

īstenošanai sānēma viens ERAF 1.2.1.2. pasākuma "Atbalsts tehnoloģiju pārneses

sistēmas pilnveidošanai" projekts.

2018.gadā tika uzsākta ERAF 1.1.1.5.pasākuma “Atbalsts starptautiskās

sadarbības projektiem pētniecībā un inovācijās” 2.kārtas projekts, sniedzot BMC

zinātniekiem atbalstu jaunu Horizon 2020 un tā apakšprogrammu projektu iesniegumu

sasgatavošanā, kā arī BMC dalībai divos Eiropas Pētniecības infrastruktūru stratēģiskā

foruma infrastruktūras objektos - Biobankas un biomolekulāro resursu pētniecības

infrastruktūras konsorcijā (BBMRI-ERIC) un Eiropas strukturālās bioloģijas integrētās

infrastruktūras konsorcijā (INSCTRUCT-ERIC).

2.1.1. LZP Fundamentālie un lietišķie pētījumu projekti

1. Projekts Nr. lzp-2018/1-0156 „Hemokīnu receptoru CCR1, CCR2 un EBV

infekcijas izpēte jaunu marķieru meklējumiem, kurus būtu iespējams pielietot

augsta progresijas riska hroniskas limfocitārās leikēmijas prognozēšanai”

Vadošais partneris – RSU

BMC projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. A.Leončiks

Īstenošanas laiks – 01.09.2018.-31.08.2021.

Projekts tika uzsākts 2018.gada septembrī un šobrīd ir savākta daļa analīzēm

paredzētā materiāla, lai izdalītu šūnu RNS, kura tālāk tiks pielietota PCR amplifikācijā

ar nolūku iegūt IGHV gēna atsevišķu DNS rajonu segmentus, kurus paredzēts

sekvencēt, lai noskaidrotu gēnu mutāciju statusu un iespējamo lomu hroniskas

limfocitārās leikēmijas progresijā.

2. Projekts Nr. lzp-2018/1-0180 „Mitohondriālās DNS mutāciju un variantu ar

nezināmu efektu raksturošana un analīze, izmantojot transmitohondriālos

citoplazmatiskos hibrīdu šūnu modeļus”

Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. I.Iņaškina


2018. gada laikā veikti darbi visu projekta uzdevumu sasniegšanai. Tika iesaistīti

jaunie mitohondriālo slimību pacienti. Tiem bija veikta pilna garuma mtDNS analize

un citi ģenētiskie testi. Vairākiem pacientiem tika atklātās patoloģiskas mutācijas vai

varianti ar nezināmu nozīmi. Turpinājās darbs pie jauno cibrīdu šūnu līniju

9

izveidošanas (kā patoloģisko mutāciju, tā ari kontroles haplogrupu saturošas). Cibrīdu

šūnu līnijas tika analizētas ar OXPHOS proteīnu kompleksu aktivitāšu noteikšanas un

augstas izšķirtspējas respirometrijas, izmantojot Oxygraph-2k, metodēm.

Kā arī tika uzsākti darbi cilvēka fibroblastu iegūšanai un kultivēšanai, cibridu šūnu

līniju RNS ekspresijas profilu analīzei, kā arī uzsākta pacientu atlase gēnu

paneļa/eksoma analīzei.

Par iepriekšējā perioda iegūtiem rezultātiem ir nopublicēts raksts „Complete

mtDNA sequencing reveals mutations m.9185T>C and m.13513G>A in three patients

with Leigh syndrome” žurnālā Mitochondrial DNA, A DNA Mapp Seq Anal.

3. Projekts Nr. lzp-2018/1-0208 „Audzēju makrofāgu funkcionālā

programmēšana ar vīrusu imūnterapijas vektoriem krūts vēža modelī”

Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. A.Zajakina


Projekta ietvaros tika izstrādāts protokols audzēju 3D heterotipisko sferoidu

veidošanai no peļu audzēju šūnām (4T1), fibroblastiem (3T3) un M1 makrofāgiem,

iegūtiem no peļu kaula smadzenēm un aktivētiem ar SFV/IFNgamma vīrusu.

4. Projekts Nr. lzp-2018/1-0269 „Prostatas vēža šūnu producētās ekstracelulārās

vezikulas kā šķidrās biopsijas un terapijas mērķi”

Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē

Sadarbības partneris - RSU


Projekta ietvaros tika iesākts darbs pie magnētisko nanaodaļiņu konjugēšanas ar

anti-PSMA antivielu. Šī nanodaļiņas paredzēts izmantot PSMA-pozitīvo EV izolēšanai

no organisma šķidrumiem. Iesākts darbs pie EV virsmas marķieru identificēšanas,

izmantojot kamieļu “nanobodies” raugu displeja bibliotēku.

5. Projekts Nr. lzp-2018/1-0395 „Dzimte, dzimums un statuss dzelzs laikmetā

Latvijas teritorijā (7. – 12. gadsimts)”

Vadošais partneris – LU

BMC projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. R.Ranka


Uzsākta projekta uzdevumiem atbilstošo arheoloģisko paraugu atlase un to analīze.

6. Projekts Nr. lzp-2018/2-0059 „Ārvides un ģenētisko faktoru mijiedarbība

vairogdziedzera autoimūno slimību imunoloģiskās attīstības mehānismos”

Vadošais partneris – RSU

BMC projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. V.Rovīte


2018.gada nogalē tika uzsākts darbs pie projekta īstenošanas, kura pētījuma mērķis

ir analizēt vairogdziedzera autoimūno slimību ģenētiskās jutības variantus Hašimoto un

Greivsa slimības pacientiem, atbilstoši precīzijas medicīnas nostādnēm, lai pētītu

mijiedarbību starp noteiktiem ārvides faktoriem (selēna uzņemšanu un statusu, stresu,

dzīvesveidu un citiem faktoriem), kas varētu veicināt atšķirīgu T helperu un citokīnu

signālceļu darbību.

10

7. Projekts Nr. lzp-2018/2-0088 „Farmakokinētikas matemātiskais modelis

metformīna terapijas personalizētai optimizācijai”

Projekta vadītājs - vadošā pētnieka v.i. Dr.sc.ing. E.Stalidzāns

Sadarbības patneris - LU


2018.gada nogalē tika uzsākts darbs pie projekta īstenošanas, kur projekta ideja ir

apvienot vairāk nekā desmit gadu ilgu medicīnisko un ģenētisko pētījumu pieredzi ar

datorzinātņu un informācijas tehnoloģiju speciālistu vairāk nekā desmit gadu pieredzi

ar parasto diferenciālo vienādojumu sistēmām, kuru pamatā ir bio-procesu dinamiskā

modelēšana.

8. Projekts Nr. lzp-2018/2-0171 „Ētiski un sociāli atbildīga pētniecības biobanku

pārvaldība Latvijā: sabiedrības, donoru un zinātnieku viedokļu analīze”

Vadošais partneris – LU

BMC projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. V.Rovīte


2018.gada nogalē uzsākts darbs pie projekta īstenošanas, kura mērķis ir sniegt

pienesumu ētiski un sociāli atbildīgai pētniecības biobanku pārvaldībai Latvijā,

analizējot vispārējās sabiedrības, donoru un pētnieku viedokļus, bažas un vajadzības.

2.1.2. Valsts pētījumu programmas projekti

2018.gadā noslēdzās VPP 2014.-2017.gada programmas „Biomedicīna

sabiedrības veselībai (BIOMEDICINE)” (programmas vadītājs - Dr.med. V.Pīrāgs)

projekti.

1. Projekts Nr.2 „Diabēta un kardiovaskulāro komplikāciju molekulārie

mehānismi, farmakoģenētika un jauni ārstniecības līdzekļi”

Projekta vadītājs - Dr.chem. I.Kalviņš (OSI)

Apakšprojekts Nr.2.1., apakšprojekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. K.Tārs

Īstenošanas laiks – 2014.-2018.gads

Projekta ietvaros ir publicēts raksts par trimetilamīnu producējošā enzīma –

karnitīna oksigenāzes īpašībām un substrātu specifiskumu [11]. Pēc finansējuma

beigšanās, darbs pie projekta tiek turpināts cita trimetilamīnu producējošā enzīma -

holīna liāzes bakteriālo mikrokompartmentu izpētes jomā. No bakteriālajiem

mikrokompartmentiem Čehijā, Brno ir savākti krio-EM dati un aprēķināta struktūra.

Iegūtie rezultāti drīzumā tiks iesniegti publicēšanai prestižā starptautiskā izdevumā.

Apakšprojekts Nr.2.8., apakšprojekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol.

J.Kloviņš


Pabeigta NGS bāzētu gēnu ekspresijas analīze papildus 4 veseliem

nediabētiskiem indivīdiem, lai noskaidrotu metformīna izraisītās gēnu eksprsijas

izmaiņas mRNS līmenī. Veikta diferenciāli ekspresēto gēnu signālceļu bagātināšanas

analīze, lai noskaidrotu metformīna globālo ietekmi uz šūnas funkcijām.

2. Projekts Nr.3. „Jaunu pretvēža zāļu un imunoterapijas līdzekļu izstrāde”

Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē

11

Apakšprojekts Nr.3.6., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē


Sagatavota un iesniegta publikācija.

Apakšprojekts Nr.3.7., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol.

D.Pjanova


Projekta ietvaros salīdzināta bakteriofāga izcelsmes dsRNS (Larifāna) un

sintētiskās dsRNS (poli (I:C)) ietekme uz cilvēka ex vivo kultivētiem limfocītiem. Abu

molekulu ietekme uz cilvēka limfocītiem ir līdzīga ar nelielām atšķirībām. Abas

molekulas ierosina limfocītu aktivācijas marķiera CD38, kā arī intracellulārā IFN-

pieaugumu citotoksiskajos limfocītos un NK šūnās, kā arī CD95 marķiera ekspresijas

pieaugumu uz galvenajām limfocītu subpopulācijām (T, B un NK šūnām). Poli (I:C)

gadījumā pieaug IL-6 un IL-1 citokīnu, kā arī CCL4 hemokīna sintēze, savukārt,

Larifāna gadījumā IFN-α2, CXCL10 un CCL17 hemokīnu sintēze, kas iespējams var

izskaidrot abu minēto dsRNS atšķirības nevēlamo blakņu izraisīšanā klīnikā.

Pārbaudīta arī Larifāna spēja ietekmēt melanomas metastazēšanās procesu peļu B16

melanomas modelī. Atrast, ka Larifāna klātbūtnē melanomas metastāžu veidošanās

plaušās tiek kavēta (p=0.037).

Apakšprojekts Nr.3.10., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece

D.biol.A.Zajakina


Izpētīta alfavīrusu vektoru ietekme uz audzēju mikrovidi, stimulējot pretvēža

makrofāgu polarizāciju. Sagatavota un iesniegta publikācija.

2.1.3. Starptautiskie pētniecības un attīstības projekti, tai skaitā nacionālais

līdzfinansējums

1. Horizon 2020 projekts Nr. 676550 „ADOPT – BBMRI-ERIC pielietošana un

izmantošana veselības uzlabošanai” (ADOPT BBMRI-ERIC), sadarbības

projekts

Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.biol. J.Kloviņš

Īstenošanas laiks – 2015.gada 1.oktobris-2019.gada 31.marts

ADOPT BBMRI-ERIC projekts ir vērst uz to, lai paaugstinātu un paātrinātu

BBMRI-ERIC un saistīto servisu izmantošanu un pielietošanu. Galvenais sagaidāmais

rezultāts ir kopējo servisa centru un pētniecības infrastruktūras izveide un pielietošana,

kā tas ir norādīts Eiropas Pētniecības Infrastruktūras Stratēģijas Foruma (ESFRI)

projektos atspoguļojot Eiropas Pētniecības Telpas (ERA) mērķus. Viens no

izaicinājumiem post-genomikas ērā ir komplekso slimību, kā piemēram audzēji, diabēts

vai Alcheimera slimības pētījumi. Šo slimību izpēte ir atkarīga no liela apjoma cilvēku

bioloģiskā materiāla izpētes, gan pacientu, gan veselu indivīdu. ES populācijas

novecošanās sekmēs šādu pacientu skaita pieaugumu un palielinās medicīnas aprūpes

izdevumus vecākā gada gājuma cilvēkiem. Šī projekta realizācija ir ārkārtīgi būtiska,

lai tiktu nodrošināti visi priekšnoteikumi cilvēku slimību diversitātes izpratnei,

bioloģisko materiālu un datu pētniecībai, kas ir nepieciešams jebkuras jaunas terapijas

12

vai diagnostikas izstrādē, tādējādi, būtiski veicinot veselības izpēti un personalizētās

medicīnas attīstību. BBMRI-ERIC nodrošinās piekļuvi bioloģisko materiālu

kolekcijām Eiropas Pētniecības Telpai, zināšanas un servisus, kā rezultātu ADOPT

BBMRI-ERIC projektam.

2. Horizon 2020 projekts Nr. 819129 „European Researchers Night in Latvia

2018-2019”

Projekta vadītājs – zinātniskā asistente Mg.biol. I.Elbere

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 1.maijs-2019.gada 31.decembris

Projekta mērķi ir veicināt sabiedrības, īpaši jauniešu, interesi un informētību par

zinātni un zinātnieka profesiju, iepazīstināt sabiedrību ar dažādu zinātnes jomu ietekmi

uz ikdienas dzīvi, kā arī nodrošināt iespēju iepazīt zinātnieku darbību un darba vidi

klātienē. Projekta izpildes ietvaros tiks organizēta virkne interaktīvu un izglītojošu

aktivitāšu Rīgā un vairākās citās Latvijas pilsētās, tostarp Latvijas Biomedicīnas

pētījumu un studiju centrā (turpmāk – BMC). BMC apmeklētājiem būs iespēja

Zinātnieku nakts pasākuma laikā iziet izglītojošu un interaktīvu aktivitāšu kopumu –

kvestu. Tā ietvaros varēs izmēģināt “Escape room” spēles unikālo bioloģijas versiju

“Izlaušanās no šūnas”, atklāt un izzināt ģenētisko mantojumu, iepazīt mātes cilts spēku,

izzināt mūsu senču mantojumu (izmeklējot kaulus no pagātnes), redzēt un audzēt

proteīnu kristālus, radīt katram pašam savu varavīksni mēģenē un piedalīties daudzās

citās interaktīvās un izglītojošās aktivitātēs kopā ar zinošajiem un atsaucīgajiem BMC

zinātniekiem.

3. Hubert Curien partnerības programmā “OSMOZE” projekts „Pie

vīrusveidīgajām daļiņām piesaistīto antigēnu strukturālie pētījumi ar cietās fāzes

KMR”

Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.biol. K.Tārs

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 1.janvāris-2019.gada 22.novembris

Projekta mērķis ir izstrādāt metodi proteīna struktūras integritātes apstiprināšanā

pēc tā piesaistes VLP. Sadarbībā ar Francijas un OSI kolēģiem ir savākti cietās fāzes

KMR dati VLP no ķīmiski piesaistīta gripas vīrusa hemaglutinīna stalka peptīdu.

Sadarbībā ar Francijas kolēģiem ir arī pilnveidota metode VLP struktūras noteikšanai

ar cietās fāzes KMR metodi.

4. ERA-NET projekts „Melanomas metastāžu un sekundāro audzēju attīstības

ģenētiskie marķieri (GENMEL)”, sadarbības projekts

Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.D.Pjanova

Īstenošanas ilgums – 2015.gada 1.maijs-2018.gada 30.aprīlis

Eksomu sekvenēšanā tika parādīts, ka vidēji vienā melanomas audu paraugā ir 967

mutācijas un mutāciju skaits atkarībā no parauga svārstās robežās no 168 līdz 17501

mutācijām uz paraugu. Tika sastādīts biežāko mutāciju skarto gēnu saraksts, kur TOP

50 gēnu saraksta augšgalā bija BRAF, NRAS, CDKN2A un TERT gēni, kas parādījās

kā biežāk mutāciju skarties gēni arī validācijas posmā. Pretēji iepriekš uzskatītajam, ka

BRAF un NRAS mutācijas ir viena otru izslēdzošas, nelielā daļā melanomas audu tika

detektētas mutācijas abos gēnos vienlaicīgi. Ņemot vērā telomēru lomu audzēju

13

attīstībā un izmaiņas TERT gēnā, tika analizēts telomēru garums pacientiem ar I un II

stadijas melanomām. Tika novērots, ka telomēru saīsināšanās ir saistīta ar sliktāku

dzīvildzes prognozi atsevišķās melanomas pacientu apakšgrupās. Proti, gados jauniem

melanomas pacientiem, vecumā zem 30 gadiem un vecumā starp 30 un 40 gadiem,

saīsinātas telomēras būtiski ietekmēja to dzīvildzi un bija saistītas ar sliktāku prognozi.

5. ERA-NET projekts „Exploitation of extracellular vesicles for precision

diagnostics of prostate cancer (PROSCANEXO)”, sadarbības projekts

Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.A.Linē

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 1.janvāris-2020.gada 31.decembris

Iegūta RAKUS medicīnas ētikas komisijas atļauja pacientu paraugu vākšanai

un uzsākta pacientu iesaistīšana pētījumā.

Veikts pilotpētījums, kurā salīdzināti dažādi urīna paraugu uzglabāšanas un

apstrādes apstākļi, kā arī EV un RNS izolēšanas metodes.

Iesākts darbs pie EV izolēšanas no PC pacientu urīna paraugiem un RT-qPCR

testu izstrādes RNS biomarķieru kvantificēšanai.

Izolētas EVs no PC3 un LNCaP šūnām un nosūtītas sadarbības partneriem uz

CIBER-BBN biosensora izstrādei.

6. ERA-NET projekts „Uz alfavīrusiem basltīta hitināzei līdzīgā proteīna gēna

piegāde makrofāgu pretaudzēja programmēšanai (AlphaChit)”, sadarbības

projekts

Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.A.Zajakina

Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2018.gada 30.jūnijs

Tika izpētīta alfavīrusu kodējošā SI-CLP proteīna ietekme uz audzēju

makrofāgiem TS/A peļu krūts vēža modelī. Galvenie secinājumi: (i) intratumorālā

alfavīrusu atkarīga SI-CLP ekspresija inhibē makrofāgu infiltrāciju audzējā; (ii)

intratumorālā alfavīrusu atkarīga SI-CLP ekspresija neietekmē audzēja augšanu,

salīdzinot ar identisku vektoru, kas producē luciferāzes marķiergēnu, kaut ar SI-CLP

stabīli transficētas audzēju šūnas demonstrēja ievērojamu audzēja augšanas

samazināšanās. Rezultāti daļēji iekļauti iesniegtajā publikācijā “SI-CLP inhibits the

growth of mouse mammary adenocarcinoma by preventing recruitment of tumor-

associated macrophages. Shuiping Yin1, Nan Wang2, Vladimir Riabov, Anna

Zajakina, Olga Trofimova, Elisabeth Kremmer, Andrew Flatley, Kai Schledzewski,

Alexei Gratchev, Sergij Goerdt, Julia Kzhyshkowska. International Journal of Cancer,

2018, Sept. Tika izpētīta alfavīrusu kodējošo citokīnu (IL12, IFNgamma, TNFalpha)

ietekme uz 4T1 peļu audzēju augšanu un imūnšūnu kompozīciju pēc vīrusa

intratumorālās injekcijas subkutānos un ortotopiskajos modeļos. Galvenie secinājumi:

(i) alfavīrusu producētais IL12 un IFNgamma ievērojami (2-3 reizēs) samazina audzēju

augšanu ortotopiskajā modelī, salīdzinot ar identisku vektoru, kas producē luciferāzes

marķiergēnu; (ii) subkutānu modelī tika novērota liela rezultātu variabilitāte vienas

grupas ietvaros; (iii) tika novērotas makrofāgu, granulocītu, monocītu, un limfocītu

daudzuma izmaiņas pēc vīrusu injekcijas (FACS dati ir apstrādes procesā).

14

7. Zviedrijas institūta Baltijas jūras reģiona projekts Nr. 19806/2016 “Baltic

platform for the innovative immunotherapies (INNOVIMMUNE)”, sadarbības

projekts

Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.I.Sominska

Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.novembris-2018.gada 31.marts

Projekta mērķis ir uzlabot Baltijas jūras reģiona (BJR) globālo konkurētspēju

prioritārās sabiedrības veselības nozarēs, izmantojot (1) pēcdiploma izglītību

biomedicīnas un biotehnoloģijas nozarēs, lai nodrošinātu plašu aktuālo zināšanu

izplatīšanas; (2) aktīvi veicināt jauno pētnieku statusa, darbības rādītājus un

konkurētspējas paaugstināšanas; (3) atsevišķo iesaistīto partneru/valstu kapacitāšu

apvienošana kopīgai postošo cilvēku slimību imūnās terapijas inovatīvo pieeju

izstrādāšanai.

2.1.4. Valsts vai pašvaldības budžeta iestāžu finansētie projekti

1. Iedzīvotāju genoma datubāzes projekta īstenošana

Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. J.Kloviņš


Periodā no 01.01.2018. līdz 31.12.2018. kopumā VIGDB tika iegūti bioloģiskie

paraugi no 2375 gēnu donoriem.

Ievākto audu paraugu un fenotipiskās informācijas sadalījums pa medicīnas

iestādēm:

Paula Stradiņa Klīniskā universitātes slimnīca 517

Rīgas Austrumu klīniskā universitātes slimnīca 1788

Citas ārstniecības iestādes 70

Audu paraugu un fenotipiskās informācijas ievākšanai VIGDB vajadzībām laika

posmā no 01.01.2018. līdz 31.12.2018. ir spēkā esoši 50 uzņēmuma līgumi ar medicīnas

darbiniekiem par projekta koordināciju, paraugu un fenotipiskās informācijas vākšanu

un paraugu transportēšanu, kā arī par specifisku paraugu pirmreizējo apstrādi.

2018.gadā izstrādāta nepieciešamā dokumentācija un veikta pētījuma dizaina

izstrāde reto slimību pacientu iesaistei. Uzsākta pacientu iesaiste.

2018.gadā veikta detalizēta iegūto otrā tipa cukura diabēta pacientu medicīniskās

informācijas apstrāde un analīze.

2.1.5. ERAF projekti

1. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/044 “Babezioze Latvijā: epidemioloģiskie un

diagnostiskie pētījumi riska novērtēšanai”

Projekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol. R.Ranka

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.februāris-2020.gada 31.janvāris

Ir veikta ērču un klīnisko paraugu (kas ir ievākti 2018. gadā) DNS izdalīšana ar

sekojošu molekulāro analīzi, lai noteiktu Babesia, Anaplasma un Borrelia klātbūtni

izmantojot PCR amplifikacijas metodi dažādos Latvijas reģionos. DNS analīze

izmantojot 18S rRNS gena PCR amplifikacijas metodi uzrādīja ievērojamu Babesia

15

patogēnu klātbūtni ērcēs, kas ir noņemtas no suņiem. Ir identificētas četras dazādas

Babesia sugas, ieskaitot dzīvnieku- un cilvēku- patogēnās sugas. Līdz šim brīdim, B.

canis canis bija vienīgā suga, kas tika identificēta klīniskos paraugos. Vairāku klīniski

nozīmīgu Babesia sugu cirkulācija Ixodes un Dermacentor ērcēs Latvijā norāda uz lielu

inficēšanas risku. Rezultāti ir prezentēti starptautiskajā konferencē.

2. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/054 “Gripas vīrusa hemaglutinīna stalka peptīda

diagnostiskais un imunoprotektīvais potenciāls: jaunu vakcīnu prototipu

izstrāde”

Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. A.Kazāks

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.aprīlis-2020.gada 31.marts

Projektā ir paredzēts izmantot RNS fāgu VLP kā nesējus hemaglutinīna stalka

peptīda piesaistei nolūkā iegūt universālu pretgripas vakcīnu. 2018. gadā PlosOne

publicētjā rakstā [1] ir noskaidrota stalka peptīda trīsdimensionālā struktūra, kā arī

parādīts, ka peptīdu ir iespējams izmantot diagnostikā, lai atšķirtu I un II tipa influenzas

vīrusus.

3. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/044 “Orfāno ar G-proteīnu saistīto receptoru, peptīdu

dabas ligandu skrīnēšanas sistēmas izstrāde”

Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. D.Fridmanis


Šī projekta ietvaros 2018. gadā tika veikti eksperimenti, kuru rezultātā tika

izstrādāta uz humanizēta rauga Saccharomyces cerevisiae balstīta ar G- proteīnu saistīto

receptoru ligandu selekcijas sistēma, kā arī metodika selektēto ligandu kodējošo

sekvenču nolasīšanai un kvantifikācijai. Paralēli šiem darbiem tika izstrādāta arī jauna

metodika, kuru pielietojot var randomizēt vai ievietot randomizētu fragmentu faktiski

jebkurā – brīvi izvēlētā ekspresijas plazmīdas reģionā.

4. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/066 “Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes

adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes

prognozēšanai”



Veikta pacientu iesaistīšana bioloģisko materiālu ieguve un klīnisko datu

apkopošana. Veikta iegūto audzēja eksomu sekvencēšanas datu analīze un izveidots

pētījuma dizains atklāto mutāciju funkcionālās lomas izpētei. Pabeigta analīze,

salīdzinot primāro un recidīvu audzēju somatisko mutāciju spektru, un uzsākta

publikācijas sagatavošana. Audzēja šūnu izpētes jomā veikta ģenētisko un molekulāro

marķieru identifikācija no audzēja materiāla atvasinātās šūnu sfērās un veikta šo sfēru

profilu raksturošana. Analizēta brīvi cirkulējošā plazmas DNS saistība ar hipofīzes

adenomu raksturojošiem parametriem. Veikti RNS saistītie eksperimenti gan miRNS,

gan RNS profilēšanas ziņā.

16

5. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/091 “Metformīna terapijas ietekmējošo faktoru

savstarpējās mijiedarbības izpēte 2.tipa cukura diabēta ārstēšanas

efektivitātes prognozēšanai”



Projekta ietvaros veikta zarnu mikrobioma taksonomiskā un funkcionālā profila

analīze longitudinālā dizainā arī jaundiagnosticētiem 2TD pacientiem, salīdzinot

paraugu pirms terapijas uzsākšanas un paraugu pēc aptuveni 7 dienu ilgas metformīna

terapijas. Pirmie rezultāti norāda uz pacientu apakšgrupu specifisku (piemēram,

indivīdiem ar vecumu virs 64 gadiem, vai indivīdiem ar būtiski paaugstinātu BMI)

mikrobioma atbildes reakciju uz terapiju, gan taksonomiskā sastāva kontekstā, gan

daudzveidību raksturojošu rādītāju izmaiņās.

6. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/101 “Apbedījuma vides mikrobioma nozīme

biomolekulārajā arheoloģijā un senās tuberkulozes izpētes procesos”

Projekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol. R.Ranka

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.marts-2020.gada 29.februāris

Sadarbības partneris – Latvijas Universitāte

Veicot 15- 18 gadsimta antropoloģiskā materiāla paleopatoloģisko izpēti ir

identificēti indivīdi, kura morfoloģiskās pazīmes liecina, ka viņš/viņa dzīves laikā ir

slimojis ar Mycobacterium izraisītām saslimšanām. Ir veikta šo senās DNS paraugu

biomolekulāra analīze. Paralēli ir veikta iegūto 16S rRNA sekvenēšanas datu analīze

paraugiem, kur ir pieejams kauls - zeme paraugu pāris. Rezultāti uzrādīja mikrobioma

16S rRNA datu grupēšanos atkarībā no parauga dabas: kauls/zobs/zeme. Tas liecina,

ka arheoloģiskie paraugi tomēr satur arī savu unikālo mikrobioma "printu", kas nav

absolūts apkārtējās augsnes mikrobioms. Tāpat citos kaulu paraugos ir konstatēta

iespējami patogēnu mikroorganismu klātbūtne un ir sākti darbi līdzīgu mikroorganismu

DNS fragmentu meklēšanai atbilstošos zemes paraugos. Rezultāti prezentēti

zinātniskās konferencēs.

7. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/104 “Jaunu RNS fāgu vīrusveidīgo daļiņu iegūšana un

raksturošana”

Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. K.Tārs

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.aprīlis-2020.gada 31.marts

Projekta mērķis ir iegūt jaunu RNS fāgu VLP dažādiem turpmākiem

pielietojumiem, tajā skaitā vakcīnu radīšanai. Projektā ir uzproducēti 115 RNS fāgu

apvalku proteīni, 70 no kuriem veido VLP. Šobrīd jau 10 VLP ir noteiktas

trīsdimensionālās struktūras, kā arī lieākajai daļai no 70 iegūtajām VLP izpētītas

iespējas tās ģenētiski un ķīmiski modificēt. Šobrīd ir sagatavots raksts par VLP

producēšanu, kā arī iegūti dati vēl 2 rakstiem par VLP struktūrām un VLP

modificēšanu.

Par zinātniski radniecīgu tēmu – RNS fāgu proteīnu-RNS mijiedarbībām ir

uzrakstīta grāmatas nodaļa Springer izdevniecības “Subcellular Biochemistry” sērijā.

17

8. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/107 “Jaunu antimikrobiālu līdzekļu atlase pret

grampozitīvo baktēriju sortāzi A”

Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. A.Leončiks

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.jūnijs-2020.gada 31.maijs

Projekta vajadzībām ir izveidoti pavisam sešu grampozitīvo mikroorganismu

sortāzes A (SrtA) ģenētiskie konstrukti, kuri tiek izmantoti rekombinanto enzīmu

ekspresijai un attīrīšanai preparatīvos daudzumus, lai varētu veikt vielu bibliotēku

skrīningu, struktūras analīzi un analizēt vielu mijiedarbības mehānismus. Pavisam ir

izanalizēta 8000 savienojumu bibliotēka un atlasīti vairāki simti labāko inhibitoro

savienojumu, lai tālāk tos raksturotu dažādās bioloģisko testu sistēmās nosakot vielu

citotoksiskumu, minimālo inhibitoro koncentrāciju dažādiem mikroorganismiem,

enzīma inhibēšanas spēju IC50 un citus raksturlielumus. SrtA enzīmu struktūras un

enzīma-inhibitora modeļu izpētes rezultātā ir izdevies iegūt un detalizēti aprakstīt virkni

potenciālu inhibitoro savienojumu ar augstu nekovalento, kā arī kovalentu iedarbības

mehānismu. Visiem labākajiem savienojumiem, apkopojot iegūtos mijiedarbības

rezultātus, tiek veiktas papildus ķīmiskās modificēšanas ar nolūku uzlabot to inhibitoro

potenciālu un saistīšanās spējas.

9. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/211 Jaunu luminiscentu savienojumu molekulārais

dizains diagnostikas mērķiem

Projekta vadošais partneris – Daugavpils Universitāte

BMC projekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol. D.Pjanova


Projekta ietvaros testētas vairākas jāuzsintezētas fluorescentas krāsvielas, kā arī

iepriekš sintezētā ABM zonde. Projekta ietvaros analizēta šo krāsvielu lokalizācija

šūnā, kā arī spektrālās atšķirības starp normālām (fibroblasti, limfocīti) un melanomas

šūnām t.sk. dažādu šūnas kompartamentu (plazmatiskā membrāna, citoplazma) līmenī.

Visām analizētajām krāsvielām (ABM, P9, AM423, AM2223) piemīt spēcīga

fluorescence, tās nav toksiskas šūnām un iekrāso plazmatisko membrānu un šūnas

citoplazmu. Tā kā tās ir lipofīlas (saistās ar liposomām), tad iekrāsotās struktūras

visdrīzāk ir dažādas membrānu struktūras. ABM un AM423 zondēm parādītas

spektrālās atšķirības starp fibroblastu un melanomas šūnu plazmatiskajām membrānām.

Lai izvērtētu plazmatiskās membrānas rigiditātes lomu audzēja šūnu migrācijas

procesos un krāsvielu jutību attiecībā uz membrānas rigiditāti, izveidotas 24 primārās

kultūras no melanomas operāciju materiāliem. Apstiprinātām melanomas šūnām

noteikta to migrācijas spēja.

10. ERAF Nr. 1.1.1.1/16/A/272 “H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz

zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta

spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai feču paraugos”

Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. D.Fridmanis


Sadarbības partneris – Latvijas Universitāte

Šī projekta ietvaros 2018. gadā tika pabeigta 120 paraugu ievākšana no 60

pacientiem, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu,

18

kā arī veikta visu šo paraugu ģenētiskā materiāla izdalīšana un visu paraugos esošo 16S

rRNS gēnu V3 reģionu sekvencēšana. Uz doto brīdi norit visu iegūto datu taksonomiskā

un statistiskā analīze. Šajā gadā tika pabeigta arī ESBL gēnu amplifikācijas paneļa

izstrāde un iesākti darbi pie tā darbības efektivitātes novērtēšanas. Paralēli šīm

aktivitātēm žurnālā “Gut” tika nopublicēts ziņojums, kas atspoguļoja projekta

iepriekšējā gadā iegūtos rezultātus par paraugu mikrobiomisko stabilitāti FIT paraugu

ievākšanas iekārtās.

11. ERAF Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/135 “sRNAflow - rīks mazo RNS sekvenēšanas

datu analīzei bioloģiskajos šķidrumos”

Projekta vadītājs - pētnieks Dr.biol. P.Zajakins

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.septembris-2020.gada 31.augusts

Izstraādāta "alfa" versija sRNAflow – programmatūras rīka mazo RNS analīzei

bioloģiskajos šķidrumos. Rīks ietvers īpaši izstrādātus jaunus algoritmus: BLAST

reitinga sortēšanas algoritms komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo

RNS identificēšanai bioparaugos, tam izveidota visualizacijas procedura balstita uz

Krone un ekspresēto RNS tipu katalogs izveidošana. Turkāt rīka iebuveti arī parauga

kartēšana pret pilna cilveka genoma (Ensembl databāzes, miRBase, piRBase,

piRNAdb, piRNAbank, GtRNAdb, lncipedia, jaunas tRNA un tRFs cilvēka genoma

anotācijas), alignmentus pārpozicionēšana, ņemot vērā lokālo pārklājumu ar ShortStack

algoritmu, un diferenciālās ekspresijas analīze visiem klasificētiem ekspresētiem RNS

tipiem. Izstrādāts ekspresēto RNS tipu prioritāšu kataloga buvēšanas princips, kas ļauj

atrisināt problēmu ar anotācijas pārklājumu. Programmatūras rīka “alfa” versija jau tiek

izmantota trīs sinerģiskajos projektos (divas publikācijas sagatavošanā un viens jauns

projekts sākts 2019. gadā).

12. ERAF Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/144 “Laima slimības ierosinātāja Borrelia

burgdorferi ārējo virsmas proteīnu strukturālie un funkcionālie pētījumi, lai

noteiktu patoģenēzes mehānismus ar nolūku izveidot jaunu vakcīnu”

Projekta vadītājs - pētnieks Dr.biol. K.Brangulis


2018. gadā ir publicēts raksts par komplementa kaskādes proteīnu inhibitora,

Borrelia bavariensis proteīna BGA71 trīsdimensionālo struktūru.

13. ERAF Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/203 “Ekstracelulāro vezikulu modificēšana

tumorsuppresoro miRNS nogādāšanai vēža šūnās”

Projekta vadītājs - pētnieks Dr.biol. A.Ābols


Šī projekta ietvaros 2018. gadā tika uzdizainēti trīs hibrīdproteīnu gēni un

ievietoti lentivīrusu vektoros. Šie gēni ļaus piesaistīt cilmes šūnu vezikulām antivielas

un mērķēt tās pret noteiktiem vēža antigēniem. Izmantojot lentivīrusu sistēmu tika

izveidotas trīs stabili - ģenētiski modificētas cilmes šūnu līnijas, kas ekspresē attiecīgos

hibrīdproteīnus to sekretētās vezikulās. Projekta ietvaros divi bioloģijas fakultātes

studenti uzsāka sava bakalaura darba tēmas izstrādi. Kā arī tika veiktas

19

populārzinātniskas aktivitātes, kā piemēram, zinātniski pētniecisko darbu vadīšana,

zinātnieku nakts organizēšana un vadīšana, ēnu dienu vadīšana, lekciju lasīšana

skolniekiem un skolnieku ekskursiju organizēšana BMC ar mērķi veicināt projekta

tēmas atpazīstamību.

14. ERAF Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/128 “Uzturā lietoto kūpinājumu ietekme uz

zarnu mikrobiomu”

Projekta vadītājs - pētniece Dr.biol. I.Kalniņa


Projekta mērķis ir izvērtēt kūpinājumu ietekmi uz cilvēka zarnu mikrobiomu. Tiek

sagaidīts, ka papildus dotais diētas maiņas pētījums sniegs jaunu informāciju par zarnu

mikrobioma mijiedarbību ar citiem ikdienas diētā plaši lietotiem pārtikas produktiem.

Kūpinājumu ietekmes uz cilvēka zarnu mikrobiomu izvērtēšanai diētas maiņas

pētījumā piedalījās 24 dalībnieki. Diētas maiņas nedēļās pārmaiņus uzturā tika iekļautas

zivis (lasis, izsniegts svaigā veidā, pagatavots mājās pēc dalībnieka izvēles), kūpināts

lasis un kūpināta gaļa (kūpināti ar cietkoksnes malkas dūmiem). Pētījuma laikā

dalībnieki pierakstīja ikdienas diētu un sniedza informāciju par lietotajiem uztura

bagātinātājiem un medikamentiem, kā arī nodeva asins analīzes bioķīmiskajiem

mērījumiem (pilna asins aina, lipīdu profils, iekaisuma marķieri) un paraugus zarnu

mikrobioma analīzei. Projekta pirmās daļas noslēdzošajā fāzē ir pabeigta paraugu

apstrāde materiāla iegūšanai zarnu mikrobioma kompozīcijas analīzei. Pētījuma

dalībnieki tika lūgti nodot asins paraugus bioķīmiskajiem mērījumiem un zarnu

mikrobioma paraugus saskaņā ar astoņu vizīšu grafiku. No 24 dalībniekiem visus

nepieciešamos paraugus nodeva 21 dalībnieks. Mikrobiālā DNS netika iegūta no

diviem paraugiem, tālākajai analīzei ar lielapjoma paralēlo sekvencēšanu nodrošinot

180 paraugus. Paralēli ir apkopoti pētījuma laikā ar anketēšanas pieeju iegūtie dati par

ikdienas diētu, fizisko aktivitāti un lietotajiem medikamentiem, kas sniedz papildus

informāciju par faktoriem, kuriem raksturīga mijiedarbība ar zarnu mikrobiomu.

15. ERAF Nr. 1.1.1.2/VIAA/2/18/292 “Dabīgo galētājšūnu nozīme onkolītisko

masalu vīrusu terapijas efektivitātē”

Projekta vadītājs - pētniece Dr.rer.nat. R.Veinalde

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 1.oktobris-2021.gada 30.septembris

Projekta sākuma fāzē BMC pieejamā primāro melanomas šūnu līniju kolekcija (11

šūnu līnijas) ir tikusi validēta uz melanomai specifisku marķieru ekspresiju mRNS

līmenī ar RT-PCR metodi. Validētajām šūnu līnijām tikusi novērtēta onkolītiskā masalu

vīrusa (oMV) permisivitāte izmantojot fluorescences mikroskopiju. Tajās pašās

melanomas šūnu līnijās ar kolorimetrisku šūnu dzīvotspējas testu novērtēta oMV

citotoksicitāte. Balstoties uz šiem rezultātiem, divas no melanomas šūnu līnijām

izvēlētas turpmākajiem eksperimentiem. Izstrādāti un pārbaudīti arī protokoli cilvēka

dabīgo galētājšūnu (NK šūnu) izdalīšanai no asinīm un šo šūnu kultivēšanai in vitro. Ar

laktātdehidrogenāzes citotoksicitātes testu parādīts, ka divas iepriekš izvēlētās

melanomas šūnu līnijas ir jutīgas pret ar IL-2 aktivētu NK šūnu citotoksisko aktivitāti

in vitro. Vēl BMC uzsākta laboratorijas tīrības pakāpes oMV produkcija, kas

nepieciešami turpmākajiem eksperimentiem.

20

16. ERAF Nr.1.1.1.5/18/I/006 “Atbalsts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un

studiju centra integrācijai Eiropas Pētniecības telpā un infrastruktūras

objektos”

Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 1.jūlijs-2022.gada 31.decembris

2018.gadā BMC darbiniekiem notika informatīvais seminārs par atvērtajiem un

gaidāmajiem uzsaukumiem Horizon 2020 pamatprogrammas vai citos starptautiskos

projektu konkursos. Kā arī šī informācija regulāri tiek aktualizēta un nosūtīta BMC

darbiniekiem. Aktuālajiem projektu uzsaukumiem tiek ievietoti partnerības

piedāvājumi Eiropas Komisijas Pētniecības un inovācijas dalībnieku portālā. 2018.gadā

kopumā ir sagatavoti 19 projektu iesniegumi dažādos uzsaukumos, no kuriem 4 ir

piešķirts finansējums projekta īstenošanai, savukārt vēl 3 ir novērtēti virs kvalitātes

sliekšņa.

BBMRI-ERIC ietvaros nacionālā mezgla pārstāvji ir apmeklējuši starptautisko

biobanku konferenci “European Biobank Week”, kā arī BBMRI-ERIC vadības

komitejas sanāksmi. 2018.gada nogalē tika organizēts nacionālais seminārs "Datu

izmantošana medicīnas pētījumos Latvijā: Pieredze un nākotnes izaicinājumi", kurā

pulcējās vairāk kā 50 interesenti (pētnieki, valsts pārvaldes iestāžu pārstāvji, ētikas un

likumdošanas eksperti), kuri dalījās savā pieredzē un diskutēja par datu izmantošanas

iespējām zinātniskos pētījumos Latvijā. Kā arī uzsāktas sarunas par Nacionālā

biobanku tīkla BBMRI.LV savstarpējās partnerības hartas noslēgšanu.

BMC sadarbībā ar IZM ir sagatavojuši pieteikumi Latvijas dalībai Instruct-ERIC

un 2018.gada nogalē Instruct-ERIC oficilāli apstiprināja Latvijas dalību sākot ar

2019.gada 1.janvāri.

17. ERAF Nr.1.1.1.4/17/I/009 “Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra

infrastruktūras attīstība pētniecības un tehnoloģiju pārneses kapacitātes

stiprināšanai biomedicīnas un biotehnoloģijas jomās”

Projekta vadītājs – direktors Dr.biol. Jānis Kloviņš

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 1.oktobris-2021.gada 30.septembris

2018.gadā Šūnu kultūru un mikroskopijas servisa centrs un Rekombinanto

biotehnoloģiju servisa centrs tika papildināts ar jaunu zinātnisko aparatūru. Kā arī tika

uzsākta pārejas izbūve starp BMC ēkām.

18. ERAF Nr. KC-PI-2017/23 “Personalizēts krūts vēža molekulārās diagnostikas

tests zāļu izvēlei un slimības gaitas novērošanai”

Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē

Īstenošanas ilgums – 2017.gada 19.jūlijs-2021.gada 30.septembris

2018.gadā projekta ietvaros tika sagatavota komercializācijas stratēģija un projekts

saņēma atbalstu tā 2.kārtas finansēšanai. Tika iesākts darbs pie Mutāciju-zāļu datubāzes

veidošanas un mērķētā amplikonu paneļa izstrādes.

19. ERAF Nr. KC-PI-2017/83 “Vakcīnu tehnoloģiskā platforma uz augu vīrusu

bāzes”

Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.biol. A.Zeltiņš

21

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 30.janvāris-2018.gada 29.jūlijs

Projekta mērķis ir izveidot augu vīrusiem līdzīgo daļiņu (VLP) platformu, kura

kalpos par galveno komponentu dažādu profilaktisko un terapeitisko vakcīnu radīšanai.

2018.gadā projekta ietvaros tika sagatavota komercializācijas stratēģija, bet projekts

nesaņēma atbalstu tā 2.kārtas finansēšanai.

20. ERAF Nr. KC-PI-2017/84 “Pret-Laimas slimības vakcīnas kandidāta attīstība”

Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.biol. K.Tārs

Īstenošanas ilgums – 2018.gada 30.janvāris-2018.gada 29.jūlijs

Projekta mērķis ir pret-Laimas slimības vakcīnas kandidāta attīstība. Iepriekšējo

projektu gaitā BMC pētnieki ar izstrādājuši pret-Laimas slimības vakcīnas kandidātu,

kura efektivitāte ir parādīta uz baktēriju preparātiem un dzīvnieku modelī. 2018.gadā

projekta ietvaros tika sagatavota komercializācijas stratēģija, bet projekts nesaņēma

atbalstu tā 2.kārtas finansēšanai.

2.1.6. Starptautiskie un vietējie pētniecības projektu līgumdarbi

1. Līgumi par pētniecības pakalpojumiem, pasūtītājs – SAIBA GmbH.

2. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – Allergy Therapeutics GmbH.

3. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – ViroGen Corporation.

4. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – Helmholtz Zentrum Munchen,

Deutsches Forschungszentrum fur Gesundheit und Umvelt (Gmbh).

5. Līgumi par pētniecības pakalpojumiem, pasūtītājs – HYPOPET AG.

6. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – Dundee Universitet.

7. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – TargEDys SA.

8. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – University of Tartu.

9. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – SIA RECOLO.

10. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – SIA BIOTECHA Latvia.

11. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – SIA Latvijas Augu aizsardzības

pētniecības centrs.

12. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – Latvijas Lauksaimniecības

universitāte.

2.2. Zinātniskās publikācijas

2.2.1. Zinātniskās publikācijas, kas iekļautas Web of Science vai SCOPUS

1. Jaudzems, K., Bertarello, A., Chaudhari, S.R., Pica, A., Cala-De Paepe, D., Barbet-

Massin, E., Pell, A.J., Akopjana, I., Kotelovica, S., Gajan, D., Ouari, O., Tars, K.,

Pintacuda, G., Lesage, A. Dynamic Nuclear Polarization-Enhanced Biomolecular

NMR Spectroscopy at High Magnetic Field with Fast Magic-Angle Spinning (2018)

Angewandte Chemie - International Edition, 57 (25), pp. 7458-7462. PMID:

29566299

2. Balke, I., Reseviča, G., Zeltins, A. Isolation and characterization of two distinct

types of unmodified spherical plant sobemovirus-like particles for diagnostic and

technical uses (2018) Methods in Molecular Biology, 1776, pp. 19-34. PMID:

29869232

22

3. Rūmnieks, J., Tārs, K. Protein-RNA interactions in the single-stranded RNA

bacteriophages (2018) Subcellular Biochemistry, 88, pp. 281-303. PMID: 29900502

4. Zeltins, A. Protein complexes and virus-like particle technology (2018) Subcellular

Biochemistry, 88, pp. 379-405. PMID: 29900505

5. Sguassero, A., Artiga, Á., Morasso, C., Jimenez, R.R., Rapún, R.M., Mancuso, R.,

Agostini, S., Hernis, A., Abols, A., Linē, A., Gualerzi, A., Picciolini, S., Bedoni, M.,

Rovaris, M., Gramatica, F., de la Fuente, J.M., Vanna, R. A simple and universal

enzyme-free approach for the detection of multiple microRNAs using a single

nanostructured enhancer of surface plasmon resonance imaging (2018) Analytical

and Bioanalytical Chemistry, . Article in Press. PMID: 30155701

6. Adriaenssens, E.M., Wittmann, J., Kuhn, J.H., Turner, D., Sullivan, M.B., Dutilh,

B.E., Jang, H.B., van Zyl, L.J., Klumpp, J., Lobocka, M., Moreno Switt, A.I.,

Rumnieks, J., Edwards, R.A., Uchiyama, J., Alfenas-Zerbini, P., Petty, N.K.,

Kropinski, A.M., Barylski, J., Gillis, A., Clokie, M.R.C., Prangishvili, D., Lavigne,

R., Aziz, R.K., Duffy, S., Krupovic, M., Poranen, M.M., Knezevic, P., Enault, F.,

Tong, Y., Oksanen, H.M., Rodney Brister, J. Taxonomy of prokaryotic viruses: 2017

update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee (2018)

Archives of Virology, pp. 1-5. [Article in Press.] PMID: 29356990

7. Zole E, Ranka R. Mitochondria, its DNA and telomeres in ageing and human

population. (2018) Biogerontology, Feb 28. doi: 10.1007/s10522 018-9748-6. [Epub

ahead of print] Review. PMID: 29488130

8. Kuznecovs, J., Vorona, M., Domraceva, I., Kanepe-Lapsa, I., Petrova, M., Liepins,

E., Belyakov, S., Leonchiks, A., Veinberg, G. Synthesis and study of new 5-

substituted 1-acetyl-4-phenyl-3-pyrrolin-2-ones as potential antitumor agents (2018)

Chemistry of Heterocyclic Compounds, 54 (5), pp. 514-519.

9. Balke, I., Zeltins, A. Use of plant viruses and virus-like particles for the creation of

novel vaccines (2018) Advanced Drug Delivery Reviews, . Article in Press. PMID:

30172923

10. Ni, G., Moser, G., Ripke, S., Neale, … Klovins, J., … Wray, N.R., Lee, S.H.,

Psychosis Endophenotypes International Consortium, Wellcome Trust Case-Control

Consortium. Estimation of Genetic Correlation via Linkage Disequilibrium Score

Regression and Genomic Restricted Maximum Likelihood (2018) American Journal

of Human Genetics, 102 (6), pp. 1185-1194. PMID: 29754766

11. Gul, H.I., Yamali, C., Sakagami, H., Angeli, A., Leitans, J., Kazaks, A., Tars, K.,

Ozgun, D.O., Supuran, C.T. New anticancer drug candidates sulfonamides as

selective hCA IX or hCA XII inhibitors (2018) Bioorganic Chemistry, 77, pp. 411-

419. PMID: 29427856

12. Buğday, N., Küçükbay, F.Z., Küçükbay, H., Bua, S., Bartolucci, G., Leitans, J.,

Kazaks, A., Tars, K., Supuran, C.T. Synthesis of novel dipeptide sulfonamide

conjugates with effective carbonic anhydrase I, II, IX, and XII inhibitory properties

(2018) Bioorganic Chemistry, 81, pp. 311-318.

13. Rasina, D., Stakanovs, G., Borysov, O.V., Pantelejevs, T., Bobrovs, R., Kanepe-

Lapsa, I., Tars, K., Jaudzems, K., Jirgensons, A. 2-Aminoquinazolin-4(3H)-one

based plasmepsin inhibitors with improved hydrophilicity and selectivity (2018)

Bioorganic and Medicinal Chemistry, . Article in Press. PMID: 29636223

23

14. Ruderfer, D.M., Ripke, S., McQuillin, A., … Klovins, J., … Genomic Dissection of

Bipolar Disorder and Schizophrenia, Including 28 Subphenotypes (2018) Cell, 173

(7), pp. 1705-1715.e16. PMID: 29906448

15. Bachmann, M.F., Zeltins, A., Kalnins, G., Balke, I., Fischer, N., Rostaher, A., Tars,

K., Favrot, C. Vaccination against IL-31 for the treatment of atopic dermatitis in

dogs (2018) Journal of Allergy and Clinical Immunology, 142 (1), pp. 279-281.e1.

PMID: 29627081

16. Fettelschoss-Gabriel, A., Fettelschoss, V., Thoms, F., Giese, C., Daniel, M.,

Olomski, F., Kamarachev, J., Birkmann, K., Bühler, M., Kummer, M., Zeltins, A.,

Marti, E., Kündig, T.M., Bachmann, M.F. Treating insect-bite hypersensitivity in

horses with active vaccination against IL-5 (2018) The Journal of allergy and clinical

immunology, 142 (4), pp. 1194-1205. PMID: 29627082

17. Osseman Q, Gallucci L, Au S, Cazenave C, Berdance E, Blondot ML, Cassany

A,Bégu D, Ragues J, Aknin C, Sominskaya I, Dishlers A, Rabe B, Anderson F,

Panté N, Kann M. The chaperone dynein LL1 mediates cytoplasmic transport of

empty and mature hepatitis B virus capsids. (2017) J Hepatol., Nov 4. [Epub ahead

of print] PMID: 29113909

18. Ozola, A., Ruklisa, D., Pjanova, D. Association of the 16q24.3 region gene variants

rs1805007 and rs4785763 with heightened risk of melanoma in Latvian population

(2018) Meta Gene, 18, pp. 87-92.

19. Ni, G., Gratten, J., Wray, N.R., ... Klovins, J., ... Nikitina-Zake, L., ... M.J.,

Sullivan, P.F., O'donovan, M.C. Age at first birth in women is genetically

associated with increased risk of schizophrenia (2018) Scientific Reports, 8 (1), art.

no. 10168. PMID: 29977057

20. Rachakonda, S., Srinivas, N., Mahmoudpour, S.H., Garcia-Casado, Z., Requena,

C., Traves, V., Soriano, V., Cardelli, M., Pajnova, D., Molven, A., Gruis, N.,

Nagore, E., Kumar, R. Telomere length and survival in primary cutaneous

melanoma patients (2018) Scientific Reports, 8 (1), art. no. 10947. PMID:

30026606

21. Brangulis, K., Akopjana, I., Petrovskis, I., Kazaks, A., Kraiczy, P., Tars, K. Crystal

structure of the membrane attack complex assembly inhibitor BGA71 from the

Lyme disease agent Borrelia bavariensis (2018) Scientific Reports, 8 (1), art. no.

11286. PMID: 30050126

22. Kryshtafovych, A., Albrecht, R., Baslé, A., Bule, P., Caputo, A.T., Carvalho, A.L.,

Chao, K.L., Diskin, R., Fidelis, K., Fontes, C.M.G.A., Fredslund, F., Gilbert, H.J.,

Goulding, C.W., Hartmann, M.D., Hayes, C.S., Herzberg, O., Hill, J.C.,

Joachimiak, A., Kohring, G.-W., Koning, R.I., Lo Leggio, L., Mangiagalli, M.,

Michalska, K., Moult, J., Najmudin, S., Nardini, M., Nardone, V., Ndeh, D.,

Nguyen, T.-H., Pintacuda, G., Postel, S., van Raaij, M.J., Roversi, P., Shimon, A.,

Singh, A.K., Sundberg, E.J., Tars, K., Zitzmann, N., Schwede, T. Target highlights

from the first post-PSI CASP experiment (CASP12, May–August 2016) (2018)

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 86, pp. 27-50. PMID: 28960539

23. Grube, M., Shvirksts, K., Krafft, C., Kokorevicha, S., Zandberga, E., Abols, A.,

Line, A., Kalnenieks, U. Miniature diamond-anvil cells for FTIR-

microspectroscopy of small quantities of biosamples (2018) Analyst, 143 (15), pp.

3595-3599. PMID: 29961798

24

24. Baryshev M, Inashkina I, Salmina K, Huna A, Jackson TR, Erenpreisa J. DNA

methylation of the Oct4A enhancers in embryonal carcinoma cells after etoposide

treatment is associated with alternative splicing and altered pluripotency in

reversibly senescent cells. (2018) Cell Cycle, Mar 19:1-5. doi:

10.1080/15384101.2018.1426412. [Epub ahead of print] PMID: 29372665

25. Erenpreisa J, Krigerts J, Salmina K, Selga T, Sorokins H, Freivalds T. Differential

staining of peripheral nuclear chromatin with Acridine orange implies an A-form

epichromatin conformation of the DNA (2018) Nucleus. Jan 1;9(1):171-181. doi:

10.1080/19491034.2018.1431081. PMID: 29363398

26. Théry, C., Witwer, K.W., Aikawa, E., ... Linē, A., ...., Zimmermann, P., Zivkovic,

A.M., Zocco, D., Zuba-Surma, E.K. Minimal information for studies of

extracellular vesicles 2018 (MISEV2018): a position statement of the International

Society for Extracellular Vesicles and update of the MISEV2014 guidelines (2018)

Journal of Extracellular Vesicles, 8 (1), art. no. 1535750, PMID: 30637094

27. Delaunay, T., Violland, M., Boisgerault, N., Dutoit, S., Vignard, V., Münz, C.,

Gannage, M., Dréno, B., Vaivode, K., Pjanova, D., Labarrière, N., Wang, Y.,

Chiocca, E.A., Boeuf, F.L., Bell, J.C., Erbs, P., Tangy, F., Grégoire, M., Fonteneau,

J.-F. Oncolytic viruses sensitize human tumor cells for NY-ESO-1 tumor antigen

recognition by CD4+ effector T cells (2018) OncoImmunology, 7 (3), art. no.

e1407897. PMID: 29399408

28. Pelnena, D., Burnyte, B., Jankevics, E., Lace, B., Dagyte, E., Grigalioniene, K.,

Utkus, A., Krumina, Z., Rozentale, J., Adomaitiene, I., Stavusis, J., Pliss, L.,

Inashkina, I. Complete mtDNA sequencing reveals mutations m.9185T>C and

m.13513G>A in three patients with Leigh syndrome (2017) Mitochondrial DNA

Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis, pp. 1-6. PMID: 29228836

29. Mishnev, A., Bisenieks, E., Mandrika, I., Petrovska, R., Kalme, Z., Bruvere, I.,

Duburs, G. Crystal structure and metabolic activity of 4-(thien-2-yl)-2 methyl-5-

oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydroquinoline-3-carboxylic acid ethoxycarbonylphenyl-

methylester (2018) Acta Crystallographica Section E: Crystallographic

Communications, 74, pp. 1577-1579. PMID: 30443384

30. Anttila, V., Bulik-Sullivan, ... Klovins, J., … Corvin, A., Neale, B.M. Analysis of

shared heritability in common disorders of the brain (2018) Science, 360 (6395),

art. no. 8757. PMID: 29930110

31. Nazarkina, Z.K., Zajakina, A., Laktionov, P.P. Maturation and Antigen Loading

Protocols Influence Activity of Anticancer Dendritic Cells (2018) Molecular

Biology, 52 (2), pp. 222-231. PMID: 29695694

32. Gudra, D., Shoaie, S., Fridmanis, D., Klovins, J., Wefer, H., Silamikelis, I., Peculis,

R., Kalnina, I., Elbere, I., Radovica-Spalvina, I., Hultcrantz, R., Skenders, G., Leja,

M., Engstrand, L. A widely used sampling device in colorectal cancer screening

programmes allows for large-scale microbiome studies (2018) Gut, . Article in

Press. PMID: 30242040

33. Silina, K., Soltermann, A., Attar, F.M., Casanova, R., Uckeley, Z.M., Thut, H.,

Wandres, M., Isajevs, S., Cheng, P., Curioni-Fontecedro, A., Foukas, P., Levesque,

M.P., Moch, H., Line, A., Van Den Broek, M. Germinal centers determine the

prognostic relevance of tertiary lymphoid structures and are impaired by

corticosteroids in lung squamous cell carcinoma (2018) Cancer Research, 78 (5),

pp. 1308-1320

25

34. Lu, Y., Beeghly-Fadiel, A., ...Nikitina-Zake, L., ..., Zheng, W., Long, J. A

transcriptome-wide association study among 97,898 women to identify candidate

susceptibility genes for epithelial ovarian cancer risk (2018) Cancer Research, 78

(18), pp. 5419-5430. PMID: 30054336

35. LeBlanc, M., Zuber, V., Thompson, W.K., Andreassen, O.A., … Klovins, J., …

McIntosh, A., Breuer, R., Steffens, M., Treutlein, J. A correction for sample

overlap in genome-wide association studies in a polygenic pleiotropy-informed

framework (2018) BMC Genomics, 19 (1), art. no. 494. PMID: 29940862

36. Kalnins G, Sevostjanovs E, Hartmane D, Grinberga S, Tars K. CntA oxygenase

substrate profile comparison and oxygen dependency of TMA production in

Providencia rettgeri. (2018, e-pub 2017) Journal of Basic Microbiology, 58 (1), pp.

52-59. PMID: 29110324

37. Popěna, I., Abols, A., Saulite, L., Pleiko, K., Zandberga, E., Jěkabsons, K.,

Endzeliņš, E., Llorente, A., Lině, A., Riekstiņa, U. Effect of colorectal cancer-

derived extracellular vesicles on the immunophenotype and cytokine secretion

profile of monocytes and macrophages (2018) Cell Communication and Signaling,

16 (1), art. no. 17. PMID: 29690889

38. Tambets, K., Yunusbayev, B., Hudjashov, G., Ilumäe, A.-M., Rootsi, S., Honkola,

T., Vesakoski, O., Atkinson, Q., Skoglund, P., Kushniarevich, A., Litvinov, S.,

Reidla, M., Metspalu, E., Saag, L., Rantanen, T., Karmin, M., Parik, J., Zhadanov,

S.I., Gubina, M., Damba, L.D., Bermisheva, M., Reisberg, T., Dibirova, K.,

Evseeva, I., Nelis, M., Klovins, J., Metspalu, A., Esko, T., Balanovsky, O.,

Balanovska, E., Khusnutdinova, E.K., Osipova, L.P., Voevoda, M., Villems, R.,

Kivisild, T., Metspalu, M. Genes reveal traces of common recent demographic

history for most of the Uralic-speaking populations (2018) Genome Biology, 19 (1),

art. no. 139. PMID: 30241495

39. Elbere I, Silamikelis I, Ustinova M, Kalnina I, Zaharenko L, Peculis R, Konrade I,

Ciuculete DM, Zhukovsky C, Gudra D, Radovica-Spalvina I, Fridmanis D, Pirags

V, Schiöth HB, Klovins J. Significantly altered peripheral blood cell DNA

methylation profile as a result of immediate effect of metformin use in healthy

individuals. (2018) Clinical Epigenetics, 10 (1), art. no. 156, PMID: 30545422

40. Celmina, M., Micule, I., Inashkina, I., Audere, M., Kuske, S., Pereca, J., Stavusis,

J., Pelnena, D., Strautmanis, J. EAST/SeSAME syndrome: Review of the literature

and introduction of four new Latvian patients (e-pub 2018) (2019) Clinical Genetics,

95 (1), pp. 63-78. PMID: 29722015

41. Mandrika, I., Tilgase, A., Petrovska, R., Klovins, J. Hydroxycarboxylic acid receptor

ligands modulate proinflammatory cytokine expression in human macrophages and

adipocytes without affecting adipose differentiation (2018) Biological and

Pharmaceutical Bulletin, 41 (10), pp. 1574-1580. PMID: 30270326

42. Elbere, I., Kalnina, I., Silamikelis, I., Konrade, I., Zaharenko, L., Sekace, K.,

Radovica-Spalvina, I., Fridmanis, D., Gudra, D., Pirags, V., Klovins, J. Association

of metformin administration with gut microbiome dysbiosis in healthy volunteers

(2018) PLoS ONE, 13 (9), art. no. e0204317. PMID: 30261008

43. Lu, I.-N., Kirsteina, A., Farinelle, S., Willieme, S., Tars, K., Muller, C.P., Kazaks,

A. Structure and applications of novel influenza HA tri-stalk protein for evaluation

of HA stemspecific immunity (2018) PLoS ONE, 13 (9), art. no. E0204776. PMID:

30261065

26

44. Zepa, J., Buliņa, I., Lavrentjevs, V., Vinkalna, I., Ņikitina-Zaķe, L., Andersone, D.,

Lejnieks, A. The impact of body mass index on disease progression in ankylosing

spondylitis (2018) Proceedings of the Latvian Academy of Sciences, Section B:

Natural, Exact, and Applied Sciences, 72 (1), pp. 23-28.

45. Falch, C.M., Sundaram, A.Y.M., Øystese, K.A., Normann, K.R., Lekva, T.,

Silamikelis, I., Eieland, A.K., Andersen, M., Bollerslev, J., Olarescu, N.C. Gene

expression profiling of fast- and slow-growing non-functioning gonadotroph

pituitary adenomas (2018) European journal of endocrinology, 178 (3), pp. 295-307.

PMID: 29259037

46. Hurmach, Y., Rudyk, M., Svyatetska, V., Senchylo, N., Skachkova, O., Pjanova, D.,

Vaivode, K., Skivka, L. The effect of intranasally administered tlr3 agonist larifan

on metabolic profile of microglial cells in rat with c6 glioma (2018) Ukrainian

Biochemical Journal, 90 (6), pp. 110-119.

47. Sadovska L, Zandberga E, Sagini K, Jēkabsons K, Riekstiņa U, Kalniņa Z, Llorente

A, Linē A. A novel 3D heterotypic spheroid model for studying extracellular vesicle-

mediated tumour and immune cell communication. Biochem Biophys Res Commun.

(2018, e-pub 2017) Dec 14. PMID: 29248729

48. Kazokaite, J., Niemans, R., Dudutiene, V., Becker, H.M., Leitans, J., Zubriene, A.,

Baranauskiene, L., Gondi, G., Zeidler, R., Matuliene, J., Tars, K., Yaromina, A.,

Lambin, P., Dubois, L.J., Matulis, D. Novel fluorinated carbonic anhydrase IX

inhibitors reduce hypoxia-induced acidification and clonogenic survival of cancer

cells (2018) Oncotarget, 9 (42), pp. 26800-26816. PMID: 29928486

49. Fettelschoss-Gabriel, A., Fettelschoss, V., Olomski, F., Birkmann, K., Thoms, F.,

Bühler, M., Kummer, M., Zeltins, A., Kündig, T.M., Bachmann, M.F. Active

vaccination against interleukin-5 as long-term treatment for insect-bite

hypersensitivity in horses (e-pub 2018) European Journal of Allergy and Clinical

Immunology, 74 (3), pp. 572-582. PMID: 30402930

50. Igumnova, V., Veidemane, L., Vīksna, A., Capligina, V., Zole, E., & Ranka, R. (e-

pub 2018). The prevalence of mitochondrial mutations associated with

aminoglycoside-induced deafness in ethnic Latvian population: the appraisal of the

evidence. Journal of Human Genetics. PMID: 30523288

51. Endzeliņs, E., Abols, A., Bušs, A., Zandberga, E., Palviainen, M., Siljander, P., Line,

A. Extracellular vesicles derived from hypoxic colorectal cancer cells confer

metastatic phenotype to non-metastatic cancer cells (2018) Anticancer Research, 38

(9), pp. 5139-5147. PMID: 30194161

52. Rovite V, Wolff-Sagi Y, Zaharenko L, Nikitina-Zake L, Grens E, Klovins J. Genome

Database of the Latvian Population (LGDB): Design, Goals, and Primary Results. J

Epidemiol. 2018 Mar 24. doi: 10.2188/jea.JE20170079. [Epub ahead of print]

PubMed PMID: 29576601

53. Berziņš, U., Matise-Vanhoutana, I., Petersone, I., Duritis, I., Ņikuļšins, S.,

Bogdanova-Jatniece, A., Kalis, M., Svirskis, Š., Skrastiņa, D., Ezerta, A.,

Kozlovska, T. Characterisation and in Vivo Safety of Canine Adipose-Derived Stem

Cells (2018) Proceedings of the Latvian Academy of Sciences, Section B: Natural,

Exact, and Applied Sciences, 72 (3), pp. 160-171.

54. Krumiņa, A., Pliss, L., Zariņa, G., Puzuka, A., Zariņa, A., Lace, B., Elferts, D.,

Khrunin, A., Limborska, S., Kloviņš, J., Gailite Piekuse, L. Population Genetics of

Latvians in the Context of Admixture between North-Eastern European Ethnic

27

Groups (2018) Proceedings of the Latvian Academy of Sciences, Section B: Natural,

Exact, and Applied Sciences, 72 (3), pp. 131-151.

55. Moisejevs, G., Gailite, L., Isajevs, S., Nikitina-Zaķe, L., Kempa, I., Jančiauskas, D.,

Kikuste, I., Siviņš, A., Ancans, G., Leja, M. Lack of Association between

Rs2067474 Polymorphism in the Histamine Receptor H2 Gene and Gastric Cancer

in Latvian Population (2018) Proceedings of the Latvian Academy of Sciences,

Section B: Natural, Exact, and Applied Sciences, 72 (6), pp. 307-312.

56. Marcnkiewicz, A.L., Lieknina, I., Kotelovica, S., Yang, X., Kraiczy, P., Pal, U., Lin,

Y.-P., Tars, K. Eliminating factor H-Binding activity of Borrelia burgdorferi CspZ

combined with virus-like particle conjugation enhances its efficacy as a Lyme

disease vaccine (2018) Frontiers in Immunology, 9 (FEB), art. no. 181. PMID:

29472926

57. Garaud, S., Zayakin, P., Buisseret, L., Rulle, U., Silina, K., De Wind, A., Van Den

Eyden, G., Larsimont, D., Willard-Gallo, K., Line, A. Antigen specificity and

clinical significance of IgG and IgA autoantibodies produced in situby tumor-

infiltrating b cells in breast cancer (2018) Frontiers in Immunology, 9 (NOV), art.

no. 2660. PMID: 30515157

58. Herranz, M., Pole, I., Ozere, I., Chiner-Oms, Á., Martínez-Lirola, M., Pérez-García,

F., Gijón, P., Serrano, M.J.R., Romero, L.C., Cuevas, O., Comas, I., Bouza, E.,

Pérez-Lago, L., García-de-Viedma, D. Mycobacterium tuberculosis acquires limited

genetic diversity in prolonged infections, reactivations and transmissions involving

multiple hosts (2018) Frontiers in Microbiology, 8 (JAN), art. no. 2661. PMID:

29403447

59. Apsite, G., Timofejeva, I., Vezane, A., Vigante, B., Rucins, M., Sobolev, A.,

Plotniece, M., Pajuste, K., Kozlovska, T., Plotniece, A. Synthesis and comparative

evaluation of novel cationic amphiphile C12-Man-Q as an efficient DNA delivery

agent in vitro (2018) Molecules, 23 (7), art. no. 1540. PMID: 29949910

60. Kozireva, S., Rudevica, Z., Baryshev, M., Leonciks, A., Kashuba, E., Kholodnyuk,

I. Upregulation of the chemokine receptor CCR2B in Epstein-Barr Virus-positive

Burkitt lymphoma cell lines with the latency III program (2018) Viruses, 10 (5), art.

no. 239. PMID: 29751565

61. Nakurte I, Jekabsons K, Zandberga E, Abols A, Line A and Muceniece R. Proteome

Analysis of Colorectal Cancer Cell Line SW480 Released Extracellular Vesicles

(2018) Key Engineering Materials, Vol. 762, pp 3-7., PMID: 30396929

62. Zepa, J., Silamiķele, L., Bulina, I., Lavrentjevs, V., Trapina, I., Klovins, J.,

Andersone, D., Lejnieks, A., Nikitina-Zake, L. CD40 rs4810485 T>G

polymorphism and susceptibility to ankylosing spondylitis in the latvian population

(2018) Genetics and Molecular Research, 17 (3), art. no. gmr18081.

63. Zole, E., Zadinane, K., Pliss, L., Ranka, R. Linkage between mitochondrial genome

alterations, telomere length and aging population (2017) Mitochondrial DNA Part

A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis, pp. 1-8. PMID: 28340313

64. Pashkevych Y, Rudyk M, Hurmach Y, Svyatetska V, Senchylo N, Pjanova D,

Feldmane G, Skivka L. Bacteriophage-derived dsRNA of natural origin alters

functional profile of rat microglial cells exposed to hypoxia in vitro: Evaluation of

metabolic and phenotypic markers (2018) Meta Gene, Volume 17, Supplement 1,

Page S22.

28

2.2.2. Citas zinātniskās publikācijas

1. Erenpreisa J, Giuliani A, Vinogradov AE, Anatskaya OV, Vazquez-Martin A,

Salmina K, Cragg MS. Stress-induced polyploidy shifts somatic cells towards a pro-

tumourogenic unicellular gene transcription network . Cancer Hypotheses 2018, 1,

1, 1-20.

2. Anatskaya OV, Erenpreisa JA, Salmina KA, Vazquez- Martin A, Huna A, Nikolsky

NN, Vinogradov AE. Polyploidy activates biological pathways related to

morphogenesis in mammalian tissues. Mini-review. MOJ Immunol. - MedCrave

2018;6:90‒93.

2.3. Intelektuālā īpašuma aizsardzība

2018. gadā ir turpināta jau esošu Latvijas un starptautisko patentu uzturēšana,

kā ari turpinājās iepriekšējos gados iesniegto patentu pieteikumu lietvedības process.

Jauni patentu pieteikumi 2018.gadā netika iesniegti.

2.3.1. Reģistrētie un uzturētie starptautiskie patenti

1. European Patent EP3091083, A kit for detecting mutation or polymorphism in the

human mitochondrial DNA. Inventors: Jankevics E., Inaskina I., Pelnena D.,

Stavusis J., Pliss L. Uzturēts līdz: 05.2019.

2.3.2. Reģistrētie un uzturētie Latvijas patenti

1. Latvijas patents Nr.14204, Heterologas proteīnu sekvences eksponējošu kartupeļu

vīrusam PVY līdzīgo daļiņu iegūšana un izmantošana, Zeltiņš A., Kalniciema I.,

Skrastiņa D., Ose V., Pumpēns P., uzturēts 2011.-2020.

2. Latvijas patents Nr.14884, 1,4-Dihidropiridīn-4-il-piridīnija atvasinājumi kā jauni

adenozīna A2A receptora agoallostēriskie modulatori, Duburs G., Kloviņš J.,

Brūvere I., Petrovska R., Mandrika I., Ignatoviča V., Bisenieks E., Uldriķis J.,

Poikāns J., Vīgante B, iesniegts 17.01.2013., uzturēts 2014.-2020.

3. Latvijas patents Nr.14945, Ekspresijas sistēma HBc-preS1 vīrusveidīgo daļiņu

iegūšanai, Dišlers A., Petrovskis I., Liekniņa I., Bērza I, Bogans J., Akopjana I.,

Sominska I., Pumpēns P., iesniegts 21.06.2013., uzturēts 2015.-2020.

4. Latvijas patents Nr.14982, 3’-Aril- un heterilaizvietotās 2-akrilamidocikloheks-1-

ēn-karbonskābes kā hidroksikarbonskābju receptoru saimes (HCA2) jauna ligandu

grupa, Loža E., Bobiļeva O., Bokaldere R., Gailīte V., Kaula I., Ikaunieks M.,

Mandrika I., Petrauska R, Kloviņš J., Duburs G., Bisenieks E., iesniegts

10.10.2013., uzturēts 2015.-2019.

5. Latvijas patens Nr.15002, Heterociklā aizvietoti[(2-karboksi vai

metoksikarbonil)fenilkarbamoil-metil-(vai trimetilēn)]piridīnija vai izohinolīnija

bromīdi kā hidroksikarbonskābju receptoru saimes(HCA2) jauna ligandu klase,

Vīgante B., Luntēna I., Kalme Z., Bisenieks E., Poikāns J., Petrauska R., Mandrika

I., Kloviņš J., Loža E., Brūvere I., Duburs G., Uldriķis J., iesniegts 29.10.2013.,

uzturēts 2015.-2019.

6. Latvijas patents Nr.15004, 5-(4-Hlorobutil)-pirano[2,3-d]pirimidīn-

2,4,7(3H)trions un 5-alkil-2-tiokso-1H-pirano[2,3-d]pirimidīn-4,7-dioni kā

29

niacīna receptoru saimes (HCA2 un HCA3)jauni ligandi un sintoni jaunu ligandu

iegūšanai, Vīgante B., Brūvere I., Bisenieks E., Mandrika I., Petrauska R., Kloviņš

J., Poikāns J., Uldriķis J., Duburs G., iesniegts 08.11.2013., uzturēts 2015.-2019.

7. Latvijas patents Nr.15007, Kartupeļu vīrusam PVM līdzīgo daļiņu iegūšana, Zeltiņš

A., Kalnciema I., Ose-Klinklāva V, Baļķe I., iesniegts 22.10.2013., uzturēts 2015.-

2020.

8. Latvijas patents Nr.15006, Daudzziedu airenes raibuma vīrusam līdzīgo daļiņu

iegūšana, A.Zeltiņš, I. Baļķe, G. Reseviča, V. Ose-Klinklāva, A.Kazāks,

J.Freivalds, iesniegts 02.08.2013., uzturēts 2015.-2020.

9. Latvijas patents Nr.15018, Upeņu reversijas vīrusa antigēnu iegūšana, A.Zeltiņš,

I.Baļķe, J.Šaripo, I. Moročko-Bičevska, D.Skrastiņa, iesniegts 09.12.2013., uzturēts

2015.-2020.

10. Latvijas patents Nr.15033, Paņēmiens izvēlēta materiāla piešūšanai HBV core

proteīna veidotajām nanodaļiņām, R. Renhofa, A. Kazāks, A.Dišlers, L.Jackeviča,

V. Ose-Klinklāva, P. Pumpēns, iesniegts 01.2014., uzturēts 2015.-2020.

11. Latvijas patents Nr.15034, Modificēti HBV core nanokonteineri kā universāla

platforma bioloģiska materiāla eksponēšanai, R. Renhofa, I. Cielēns, A. Strods, G.

Kalniņš, D.Priede, V. Ose-Klinklāva, P. Pumpēns, iesniegts 01.2014., uzturēts

2015.-2020.

12. Latvijas patents Nr.14987, Anti-HCV individuālas terapeitiskas vakcīnas prototips,

I. Sominska, J.Jansons, P.Pumpēns, I.Petrovskis, D.Skrastiņa, G.Sudmale, iesniegts

25.09.2013., uzturēts 2015-2020.

13. Latvijas patents Nr.15035, Rekombinanta himēriska polipeptīda kDNS, kas satur

melanokortīna otrā tipa receptora (MC2R) un melanokortīnu receptoru

palīgproteīna (MRAP) secības, un tās izmantošana aktīvo vielu testēšanai un

terapeitiskiem mērķiem, D.Fridmanis, J.Kloviņš, I.Mandrika, R.Petrovska, A.Roga,

iesniegts 27.12.2013., uzturēts 2015.-2020.

14. Latvijas patents Nr.15022, Viena nukleotīda polimorfismu komplekts paaugstināta

vai pazemināta augsta blīvuma lipoproteīna holesterola līmeņa asinīs ģenētiskās

predisponētības noteikšanai, I.Radoviča, D.Fridmanis, L.Ņikitina-Zaķe, J.Kloviņš,

iesniegts 12.12.2013., uzturēts 2015.-2020.

15. Latvijas patents Nr.15190, Paņēmiens tukšu un ar nukleīnskābēm pildītu hepatīta

B vīrusa core-proteīna kapsīdu iegūšanai, Liekniņa I., Petrovskis I., Sominska I.,

Bogans J., Akopjana I., Pumpēns P., Dišlers A., iesniegts 31.07.2015., uzturēts

2020.

2.3.3. Pieteiktie starptautiskie patenti

2018.gadā netika pieteikti jauni starptautiskie patenti.

2.3.4. Pieteiktie Latvijas patenti

2018.gadā netika pieteikti jauni Latvijas patenti.

30

2.4. Dalība konferencēs

Nr.

p.k. Prezentācijas/ stenda referāta autori Prezentācijas/ stenda referāta nosaukums Konferences nosaukums

Konferences

vieta

Konferences

datums

1. Ērenpreisa J. Epichromatin: DNA B-A transition,

supranucleosomal packaging, and nuclear traffic

Workshop „Biophysics of

Epigenetics and Chromatin

Dynamics

Edinburga,

Lielbritānij

a

16.04.2018.

-

17.04.2018

2. Ērenpreisa J., Krīgerts J., Salmiņa

K.

Nuclear lamins, peripheral chromatin, nucleolus,

centrosome, and degrading systems: Are they united

by a putative gear-chain transmission mechanism?

EUROCOST CA15214

EuroCellNet Meeting

Brisele,

Beļģija

30.05.2018.

-

31.05.2018.

3.

Erenpreisa Je, Krigerts J., Salmina

K, Tchuchiya M, Freivalds T,

Yoshikawa K.

The sharp splitting of the chromocentres containing

repressive pericentric hetero-chromatin in two parts

coincides with unfolding of active euchromatin and a

critical sandpile enhancement of the global

transcription in MCF7-heregulin treated cells

COST EuroCellNet CA15214

Workshop “Chromatin

epigenetics”

Sofija,

Bulgārija

21.04.2018.

-

24.04.2018

4.

Krigerts J, Salmina K, Tchuchiya M,

Freivalds T, Yoshikawa K, Giuliani

A, Erenpreisa Je.

Image analysis of the relationship between repressive

heterochromatin and activated euchromatin in MCF-7

heregulin model


Workshop

Rīga,

Latvija

04.07.2018.

-

05.07.2018.

5.

Erenpreisa J, Krigerts J

Gerashchenko BI, Kurg R, Salmina

K.

The principles of the genome positional information,

large-scale chromatin organization, nuclear network,

and dynamics of its components in transcription


Workshop

Rīga,

Latvija

04.07.2018.

-

05.07.2018.

6. Erenpreisa J, Krigerts J, Selga T,

Salmina K, Freivalds

The nuclear envelope-associated epichromatin:

secondary DNA structure, packaging, traffic,

communication with the nucleolus, nuclear cleansing


Workshop

Rīga,

Latvija

04.07.2018.

-

05.07.2018.

7. Salmina K, Huna A, Belyayev A,

Inashkina I, Erenpreisa J.

The nuclear protection or destruction in genotoxically

treated cancer cells is mediated by a nucleolus in

coordination with degrading systems

2nd NORDIC AUTOPHAGY

SOCIETY CONFERENCE

Rīga,

Latvija

29.08.2018.

-

31.08.2018.

8.

Erenpreisa J, Bojko A, Scherthan H,

Kucharewicz K, Ewa Sikora,

Salmina K.

A cross-talk between PML- and p62/SQSTM1-

mediated processing of DNA double strand breaks in

2nd NORDIC AUTOPHAGY

SOCIETY CONFERENCE

Rīga,

Latvija

29.08.2018.

-

31.08.2018.

31

doxorubicin-treated mt TP53 breast cancer cells:

initial observations

9.

Salmina K, Belyayev A, Inashkina I,

Baryshev M, Geraschchenko B,

Erenpreisa J.

Activation, clustering, and release from cell nuclei of

Alu elements in genotoxically challenged by

Etoposide embryonal carcinoma cells PA1, at the

brink of survival

9th Central Europe Meeting

in Genome Stability and

Dynamics

Varšava,

Polija

13.09.2018.

-

14.09.2018.

10.

Erenpreisa Je, Jackson TR,

Baryshev M, Huna A, Salmina K,

Inashkina I.

TP53 safeguards the genome and self-renewal fidelity

by modulation of Oct4 and p21CIP1 expression in

DNA damage response of embryonal carcinoma cells

9th Central Europe Meeting

in Genome Stability and

Dynamics

Varšava,

Polija

13.09.2018.

-

14.09.2018.

11.

Erenpreisa J, Inashkina I. Jackson

T.R , Huna A., Salmina K, Baryshev

M.

p53-DEPENDENT CONTROL OF CELLULAR

SENESCENCE BY OCT4 IN EMBRYONAL

CARCINOMA INVOLVES METHYLATION OF

ENHANCERS, ALTERNATIVE SPLICING,

DISCONNECTION FROM CHROMATIN AND

MODULATION OF p21/CIP1

XVIII Int. Symposium „Cell

Nucleus structure and

Function’St-Petersb

Sanktpēterb

urga,

Krievija

16.10.2018.

-

18.10.2018.

12.

Erenpreisa J, Salmina K,

Vinogradov A.E., Anatskaya O.V.,

Vazquez-Martin, Giuliani A, Cragg

M.S.

Amoeboid features of metastatic tumour cells are

associated with evolutionary polyploidy

XVIII Int. Symposium „Cell

Nucleus structure and

Function’St-Petersb

Sanktpēterb

urga,

Krievija

16.10.2018.

-

18.10.2018.

13. Vainshelbaum NM, Klein R,

Ērenpreisa J.

Karyotype analysis of male tumours points towards an

association between extra X-chromosome acquisition

and para-triploidy

VII Baltic Genetics Congress Rīga,

Latvija

24.10.2018.

-

27.10.2018.

14.

Gudra D., Shoaie S., Fridmanis D.,

Klovins J., Wefer H., Silamikelis I.,

Peculis R., Kalnina I., Elbere I.,

Radovica-Spalvina I., Hultcrantz R.,

Skenders G., Leja M., Engstrand L.

FIT test-systems for mega-scale gut microbiome

testing

XXXIst International

Workshop on Helicobacter &

Microbiota in Inflammation

& Cancer

Kauņa,

Lietuva 15.09.2018.

32

15.

Gudra D., Fridmanis D., Klovins J.,

Skenders G., Silamikelis I.,

Radovica-Spalvina I., Peculis R.,

Kalnina I., Elbere I., Hultcrantz R.,

Leja M., Engstrand L.

FIT test-systems for megascale gut microbiome

testing

19th World Congress on

Gastrointestinal Cancer

Barselona,

Spānija

28.06.2018.

-

01.07.2018.

16. Gudra D., Skenders G., Fridmanis

D.

OC-Sensor buffered faecal samples for microbiome

testing

International Gastric cancer

prevention research forum

Rīga,

Latvija 21.02.2018.

17.

Tauriņa G, Mūrmane D, Mičule I,

Grīnfelde I, Mālniece I, Krūmiņa Z,

Lāce B, Dzalbs A, Daneberga Z,

Bērziņa D, Miklaševičs E, Iņaškina

I, Korņejeva L.

Salīdzinošās genoma hibridizācijas analīžu rezultāti

Latvijā 2016. un 2017. gadā RSU zinātniska konference

Rīga,

Latvija

22.03.2018.-

23.03.2018.

18. Pelnēna D, Makrecka-Kūka M,

Stāvusis J, Lāce B, Iņaškina I.

Lī sindroma mutācijas m.9185T>C un m.13513G>A

saturošu citoplazmatisko hibrīdu šūnu līniju

raksturošana

76. LU konference Rīga,

Latvija 02.02.2018.

19. Pelnena D, Makrecka-Kuka M,

Stavusis J., Lace B, Inashkina I.

Characterization of the oxidative phosphorylation

system in the cytoplasmic hybrid cells harboring

mutations m.9185T>C and m.13513G>A

MITOEST 2018 Tallina,

Igaunija

24.04.2018.-

25.04.2018.

20.

Inashkina I, Makrecka-Kuka M,

Stavusis J, Lace B, Liou CW,

Pelnena D.

Altered OXPHOS system efficiency in the

cytoplasmic hybrid cells harbouring mutations

m.9185T>C and m.13513G>A

Mitochondrial medicine

2018, Welcome Genome

Campus

Hinkstona,

Lielbritānij

a

08.05.2018.-

11.05.2018.

21.

Kidere D, Makrecka-Kuka M,

Stavusis J, Lace B, Liou CW,

Inashkina I.

Cytoplasmic hybrid cells as a model to characterize

the effect of the mtDNA mutations on the OXPHOS

system

13th Conference on

Mitochondrial Physiology:

the role of mitochondria in

health, disease and drug

discovery – COST

MitoEAGLE perspectives

and MitoEAGLE WG and

MC Meeting

Jūrmala,

Latvija

18.09.2018.-

21.09.2018.

33

22. Kidere D, Makrecka-Kuka M,

Stavusis J, Lace B, Inashkina I.

Cytoplasmic hybrid cells as a model to characterize

the OXPHOS system: control sample with glutamate

metabolism defect

11th MitoEAGLE Training

School - MiPschool 2018.

From basics of mitochondrial

physiology to cardiovascular

health and disease

Bergena,

Norvēģija

20.10.2018.-

24.10.2018.

23.

I. Elbere, I. Kalnina, I. Silamikelis,

I. I. Dindune, L. Gulbinska, L.

Zaharenko, I. Radovica-Spalvina, D.

Gudra, D. Fridmanis, I. Konrade, V.

Pirags, J. Klovins

Metformin induced changes in gut microbiome

composition in healthy individuals and newly-

diagnosed type 2 diabetes patients

European Human Genetics

Conference 2018

Milāna,

Itālija

16.06.2018.-

19.06.2018.

24. V.Rovite, L.Zaharenko,

E.Aladyeva, D.Fridmanis, J.Klovins

Latvian cohort of Type Two Diabetes patients -

personalized medicine and improvement of health care

system

Europe Biobank Week Antverpene,

Beļģija

04.09.2018.-

07.09.2018.

25. E.Aladyeva, L.Zaharenko,

V.Rovite, D.Fridmanis, J.Klovins

Integration of Online Analytical Processing system in

biobank Europe Biobank Week

Antverpene,

Beļģija

04.09.2018.-

07.09.2018.

26. H.Niedra, R.Pečulis, V.Rovīte,

J.Kloviņš

Use of circulating cell-free DNA of human pituitary

adenoma.

The VII Baltic Genetics

Congress

Rīga,

Latvija

24.10.2018.-

27.10.2018.

27.

R.Pečulis, I.Mandrika, R. Petrovska,

V.Rovīte, O.Caune, I.Balcere, J.

Stuķēns, I.Konrāde, V.Pīrāgs,

J.Kloviņš

Genome of cultured pituispheres represents genome of

pituitary adenoma


Congress

Rīga,

Latvija

24.10.2018.-

27.10.2018.

28.

R.Pečulis, I.Mandrika, R. Petrovska,

V.Rovīte, O.Caune, I.Balcere, J.

Stuķēns, I.Konrāde, V.Pīrāgs,

J.Kloviņš

Genome of pituispheres represents genome of

pituitary adenoma

Genomic Medicine

Cambridge 2018

Kebridža,

Lielbritānija

05.12.2018.-

06.12.2018.

29.

M.Ustinova, I.Silamiķelis, I. Elbere,

I. Kalniņa, L. Zaharenko, R. Pečulis,

I. Konrāde, V. Pīrāgs, J. Kloviņš

Metformin induces alterations in transcriptome profile

of helathy individuals

European Human Genetics

Conference 2018

Milāna,

Itālija

16.06.2018.-

19.06.2018.

34

30.

M.Ustinova, I. Silamiķelis, I.

Elbere, I. Kalniņa, L. Zaharenko, R.

Pečulis, I. Konrāde, V. Pīrāgs, J.

Kloviņš

Metformin-induced alterations in transcriptome

profile of helathy individuals

54th EASD Annual Meeting

2018

Berlīne,

Vācija

01.10.2018.-

05.10.2018.

31. J.Klovins

Combining the cohort based biobank and health care

system resources for effective study of

pharmacogenomics of type 2 diabetes


Congress

Rīga,

Latvija

24.10.2018.-

27.10.2018.

32. J.Klovins BBMRI.LV: path to establish the integrative

biomedical research system in Latvia Polish Biobank conference

Vroclava,

Polija

33. P.Zalizko, J.Stefanovics, R.Erts,

V.Rovite, J.Klovins, A.Pukitis

TPMT genotype polymorphism of selected IBD

population in Latvia

World Gastroenterology

Organisation GASTRO 2018

Congress "Global Perspective

in Gastroenterology"

Bankoka,

Taizeme

05.12.2018.-

08.12.2018.

34.

C.Bajo-Santos, V. Melne, K.

Soboļevska, P. Zayakin, A. Ābols,

V. Lietuvietis, A. Llorente, A. Linē.

Profiling of smallRNA cargo from blood and urinary

Prostate Cancer derived EVs, correlates with Prostate

Cancer matching tumor

25th Biennial Congress of the

European

Association for Cancer

Research

Amsterdama

, Nīderlande

30.06.2018.-

03.07.2018.

35.

A.Ozola, U.Krūmiņa, I.

Verhovcova, D.Pjanova

Melanomas pacientu analīze Latvijā, izmantojot

HaloPlexTM melanomas riska gēnu paneli un Ion

TorrentTM sekvenēšanu

Latvijas Universitātes 76.

konference Rīga, Latvija 02.02.2018.

36. D.Pjanova

Melanoma predisposition genetics and use of

HaloPlex platform to assess mutations in high risk

genes in Latvian population

XIV Baltic Congress of

Laboratory Medicine

Viļņa,

Lietuva

10.05.2018.-

12.05.2018.

37. Z.Simsone

Modeļsistēmas izveide šūnu migrācijas spēju un

ļaundabīguma izvērtēšanai

Informatīvais seminārs par

projektu „Jaunu luminiscentu

savienojumu molekulārais

dizains diagnostikas

mērķiem”

Daugavpils,

Latvija

23.05.2018.-

25.05.2018.

38. D.Pjanova, I.Leve

ABM zondes spektrālās atšķirības normālos cilvēka

fibroblastos un melanomas šūnās

Informatīvais seminārs par

projektu „Jaunu luminiscentu

Daugavpils,

Latvija

23.05.2018.-

25.05.2018.

35

savienojumu molekulārais

dizains diagnostikas

mērķiem”

39. D.Pjanova

Melanoma epidemiology and BRAF, NRAS, and

TERT mutations in melanoma tissues

TRANSCAN GENMEL

konsorcija sanāksme

Ankona,

Itālija 16.10.2018.

40. A.Ozola, I.Verhovcova, D.Pjanova Multiplex germline testing of melanoma cases in

Latvia suspected to genetic predisposition

2018 Society of Melanoma

Research Congress

Mančestera,

Lielbritānija

23.10.2018.-

27.10.2018.

41.

Kivrāne A, Namiņa A, Čapligina V,

Akopjana S, Selezņova M, Ranka

R., 2018.

Molecular identification of Babesia canis canis in

Latvian domestic dogs and relationship between B.

canis genotype and clinical manifestations

RSU International Student

Conference Rīga, Latvija

16.03.2018.-

17.03.2018.

42.

Aļeiņikova D, Bormane A,

Čapligina V, Ranka R.

Identification of Borrelia species co-infections in

Ixodes ricinus and Ixodes persulcatus ticks in Latvia



16.03.2018.-

17.03.2018.

43. Baumane B, Strucinska L, Grava L,

Zole E, Ranka R.

Mitochondrial DNA amount in age-related macular

degeneration patients



16.03.2018.-

17.03.2018.

44.

Zole E, Baumane B, Baumane K,

Ranka R.

Mitohondriālā DNS daudzuma izmaiņas pacientos ar

dažādām redzes problēmām



45.

Silamiķelis I, Ranka R, Pole I,

Mokrousov I, Kloviņš J, Fridmanis

D.

Ar nākamās paaudzes sekvencēšanu noteikto variantu

atlase filoģenētikas rekonstrukcijai



46.

Kazarina A, Gerhards G, Pētersone-

Gordina E, Ļeonova V, Pole I,

Igumnova V, Ķimsis J, Čapligina V,

Ranka R.

16S rRNS gēnu sekvenēšanas metodes būtiskie

izaicinājumi arheoloģisko cilvēku paraugu

mikrobioma pētījumos



47.

I. Pole, S. Markovska, I. Ozere, V.

Riekstiņa, V. Igumnova, I. Norvaiša,

R. Ranka

Latgales reģionā izolēto Mycobacterium tuberculosis

celmu molekulāri bioloģiskais raksturojums RSU Zinātniskā konference Rīga, Latvija

22.03.2018.-

23.03.2018.

36

48. V. Igumnova, L. Veidemane, I. Pole,

A. Vīksna, D. Bandere, R. Ranka

Allele Genotyping of Arylamine N-acetyltransferase 2

Gene in Latvian Population: Comparison of Two

Methods

RSU Zinātniskā konference Rīga, Latvija 22.03.2018.-

23.03.2018.

49. E. Zole, S. Zālīte, D. Gakute, K.

Baumane, R. Ranka

MtDNS daudzuma izmaiņas asins šūnās mtDNS

T4216C pozitīviem slimniekiem ar redzes

traucējumiem

RSU Zinātniskā konference Rīga, Latvija 22.03.2018.-

23.03.2018.

50.

A.Kivrāne, A.Namiņa, M.

Selezņova, R.Krūmiņš, S.Akopjana,

V. Čapligina, R.Ranka

Molecular characterisation of Babesia pathogens in

Latvian domestic dogs: searching for a link to clinical

disease

The second NordTick

conference

Mariehamna,

Olande

10.04.2018.-

12.04.2018.

51. Zole E, Baumane K, Baumane B,

Ranka R.

Changes of leukocyte mtDNA copy number in

glaucoma patients and different age groups of healthy

individuals


Congress

Rīga,

Latvija

24.10.2018.-

27.10.2018.

52. R.Ranka, I.Pole, S.Markovska, I.

Ozere, V.Riekstina, I.Norvaisa Molecular epidemiology of tuberculosis in Latvia

2nd St.Petersburg

Symposium on Tuberculosis

and Mycobacteria: Molecular

Approach

Sanktpēterbu

rga, Krievija

05.12.2018.-

06.12.2018.

53. I.Pole, I.Ozere, I.Norvaisa, R.Ranka

The implementation of next-generation sequencing for

epidemiological studies and drug resistance

investigations in micro-epidemics involving pediatric

tuberculosis patients

2nd St.Petersburg

Symposium on Tuberculosis

and Mycobacteria: Molecular

Approach

Sanktpēterbu

rga, Krievija

05.12.2018.-

06.12.2018.

54.

K.Tars, I.Lieknina,

A.Marcinkiewicz, S. Kotelovica,

M.Shishovs, X.Yang, U.Pal and Yi-

Pin Li

Virus-like particles of ssRNA phages: tools in vaccine

development against Lyme disease

Ninth International Virus

Assembly Symposium

Madeira,

Portugāle

06.05.2018.-

10.05.2018.

55. O. Trofimova, A. Zajakina Anti-tumor effect of oncolytic Sindbis virus vectors in

mouse breast cancer model RSU Zinātniskā konference Rīga, Latvija

22.03.2018.-

23.03.2018.

37

2.5. Akadēmisko un kvalifikācijas darbu izstrāde

2.5.1. Izstrādātie un aizstāvētie promocijas darbi

1. Raitis Pečulis “Jauni ģenētiskie riska faktori asociēti ar trīs multifaktoriālām

pazīmēm un to īpašībām Latvijas populācijā”, zinātniskais vadītājs – Dr.biol.

J.Kloviņš.

2. Egija Zole “Mitohondriālās DNS un telomēru garuma izmaiņas un to saistība

cilvēka populācijai novecojot”, zinātniskā vadītāja - Dr.biol. R.Ranka.

2.5.2. Izstrādātie un aizstāvētie maģistra darbi

1. L.Mandrika „ Dažāda garuma bakteriofāgu izcelsmes dsRNS ietekme perifēro

asiņu mononukleāro šūnu aktivācijā”, darba vadītājs – Dr.biol. D.Pjanova.

2. R.Dortāne „ Hipofīzes adenomu šūnu raksturojums”, darba vadītājs – Dr.biol.

V.Rovīte.

3. I.Barkovska „ Augu vīrusu strukturālo proteīnu domēni antigēnu multimerizācijai”,

darba vadītājs – Dr.biol. A.Zeltiņš, Dr.biol I.Baļķe.

4. A.Ogriņa “Modificētas Lopbarības pupiņas raibuma vīrusam līdzīgās daļiņas

vakcīnu konstruēšanai”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Zeltiņš, Dr.biol I.Baļķe.

5. U.N.Dubova “Heteroarildihidropirimidīnu ietekmes uz HBV kapsīdu savākšanos

pētījumi zīdītāju šūnu kultūrās”, darba vadītājs – Dr.biol.K.Spunde.

6. J.Pjalkovskis “Hepatīta B serdes antigēna vīrusveidīgajās daļiņās spontāni iepakoto

RNS noteikšana un raksturošana dažādu E. coli producentu celmos”, darba vadītājs

– Dr.biol. I.Petrovskis.

7. A.Linārs “N-galā ieviestas hemaglutinīna iezīmes ietekme uz melanokortīnu

receptoru daudzumu šūnas membrānā”, darba vadītājs – Dr.biol. D.Fridmanis.

2.5.3. Izstrādātie un aizstāvētie bakalaura darbi

1. V.Orlova „ Ogļskābes anhidrāzes IX ietekme uz imūnšūnu infiltrāciju krūts vēža

audos un crispr/cas 9 sistēmas izmantošana tās izslēgšanai 4t1 peļu krūts vēža

šūnās”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Linē.

2. Z.Alsberga „ Jaunu RNS bakteriofāgu vīrusveidīgo daļiņu modificēšana vakcīnu

kandidātu iegūšanai”, darba vadītājs – Mg.biol. I.Liekniņa.

3. A.Rudņiciha „Plazmas miRNS kā multiplās sklerozes biomarķieri”, darba vadītājs

– Mg.biol. A.Berger.

4. G.Boikmanis „Borrelia spielmanii ārējās virsmas proteīna BSPA64 iegūšana,

attīrīšana, kristalizēšana un struktūras iegūšana”, darba vadītājs – Dr.biol.

K.Brangulis.

5. L.Veidemane „MtDNS mutāciju, kas ir saistītas ar antibiotiku inducētu

nesindromisku kurlumu, noteikšana etnisku latviešu populācijā”, darba vadītājs –

Mg.pharm. V.Igumnova.

6. E.Tarasovs „Borrelia spielmanii ārējās virsmas proteīna BSE31 ekspresija un

attīrīšana, kristalizācija un struktūras analīze”, darba vadītājs – Dr.biol.

K.Brangulis.

38

7. L.Gulbinska “Taksonomiskās izmaiņas zarnu mikrobioma sastāvā, lietojot

metformīnu, pacientiem ar 2.tipa cukura diabētu”, darba vadītājs – Dr.biol.

I.Kalniņa, Mg.biol. I.Elbere.

8. Ņ.Zrelovs “Trīs jaunu Siphoviridae dzimtai piederošu bakteriofāgu genoma un

proteoma raksturošana”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Dišlers.

9. A.Bušs “Hipoksijas ietekme uz miRNS šķirošanu pakošanai ekstracelulārajās

vezikulās”, darba vadītājs – Mg.biol. E.Endzeliņš.

10. E.E.Česle “Ar holīna liāzi saistīto bakteriālo mikrokompartmentu raksturojums”,

darba vadītājs – Mg.biol. G.Kalniņš.

11. I.I.Dindune “Antidiabētiskā medikamenta metformīna ietekme uz cilvēka zarnu

mikrobioma funkcionālo profilu”, darba vadītājs – Mg.biol. I.Elbere.

12. B.Brūmele “Singēna ortotopiska prostatas audzēja modeļa izveide

imūnkompetentās pelēs vēža šūnu producēto ekstracelulāro vezikulu pato-

fizioloģiskās lomas pētījumiem in vivo”, darba vadītājs – Dr.biol. Z.Kalniņa.

2.6. Organizētās konferences, kursi, semināri un vieslektoru uzstāšanās BMC

1. Studentu padomes organizēts semināts “Farmako-bioloģija”, 24.01.2018.

2. Seminārs “Latvijas nacionālais biobanku tīkls - BBMRI.LV”, 16.03.2018.

3. Konference “Nuclear lamins, nuclear organization and transcription”,

04.07.2018.-05.07.2018.

4. Taivānas – Latvijas – Lietuvas sadarbības projekta seminārs “Dažāda garuma

bakteriofāga izcelsmes dsRNS imūnmodulatorās īpašības un to pielietojums

vakcīnās”, 21.09.2018.

2.7. Cita institūtam būtiska informācija

2018.gada 1.martā Melngalvju

namā BMC atzīmēja savu 25 gadu

jubileju, kuru apmeklēja Izglītības un

zinātnes ministrijas, Valsts izglītības un

attīstības aģentūras pārstāvji, ilggadējie

sadarbības partneri no Latvijas

Universitātes, Rīgas Tehniskās

universitātes, Rīgas Stradiņa

universitātes, Latvijas Lauksaimnīecības

universitātes, Latvijas Organiskā sintēzes

institūta, Dārzkopības institūta, LU

Cietvielu fizikas institūta un citām

sadarbības iestādēm.

2018.gada 30.jūnija BMC piedalījās

sarunu festivālā “LAMPA” ar divām

diskusijām: “Cilvēks – superorganisms” jeb

stāsti par mikrobiomu un “Biobanka –

kāpēc piedalīties?”.

39

2018.gada BMC kļuva par vienu no EURAXESS Latvijas kontaktpunktu tīkla

dalībniekiem. EURAXESS Latvija Kontaktpunktu tīkla galvenais uzdevums ir

informēt un konsultēt ārvalstu zinātniekus par zinātniskās karjeras iespējām Latvijā, kā

arī sniegt praktisku atbalstu mobilitātē esošajiem ārvalstu zinātniekiem un to ģimenes

locekļiem, kuri vēlas strādāt un dzīvot Latvijā. EURAXESS Latvija Kontaktpunktu

tīkls nodrošinās informāciju un kontaktus atbalsta saņemšanai ārvalstīs tiem

zinātniekiem, kas plāno doties mobilitātē.

2018.gada 27.septembrī tika

noslēgta sadarbības memoranda starp

BMC un un pasaulē lielākā sekvencēšanas

centra BGI uzņēmumu SIA Latvia MGI

Tech par turpmāku sadarbību

sekvencēšanas platformas izveidē, cilvēka

ģenētikas izpētē, zinātnes projektu

īstenošanā biomedicīnā, zinātnisko

publikāciju sagatavošanā, ekspertu

piesaistē un zinātnisko rezultātu

komercializācijā. Noslēgtais sadarbības

memorands sekmēs Latvijas biomedicīnas

jomas attīstību dodot iespēju pētīt cilvēka genomu un tā ietekmi uz dažādām slimībām

ar vismodernākajām iekārtām un metodēm pasaulē. BMC jau ir izvietots jaunākais

BGI sekvenators, kas ir pirmā šāda veida iekārta Latvijā.

Kā jau ik gadu ieraksts, arī

2018.gada 28.septmembrī BMC

norizinājās Zinātnieku nakts pasākumi.

Šajā gadā Zinātieku nakts norisinājās

Eiropas Savienības pētniecības un

inovāciju programmas finansēta

Apvārsnis 2020 projekta NIGHTLV-

2018-2019 (granta līguma nr.819129)

ietvaros. Šogad Eiropas Zinātnieku nakti

Latvijas Biomedicīnas studiju un

pētījumu centrā apmeklēja vairāk nekā 1200 dalībnieki, kas ir lielākais apmeklētāju

skaits, kopš tiek rīkots šāds pasākums BMC. Īpaši priecīgi esam par lielo atsaucību no

Latvijas skolām, kas rada iespēju atbraukt un piedalīties. Dalībniekiem bija iespēja

izmēģināt Escape room spēles bioloģijas versiju “Izlaušanās no šūnas”, atklāt un izzināt

ģenētisko mantojumu un iepazīt mātes cilts

spēku, izzināt mūsu senču mantojumu,

izmeklējot kaulus no pagātnes, redzēt un

audzēt proteīnu kristālus, iziet kvestu un radīt

katram pašam savu varavīksni mēģenē.

2018.gada 29.novembrī par Latvijas

Zinātņu akadēmijas korepsondētājlocekli tika

ievēlēta BMC vadošā pētniece Dr.biol. Dace

Pjanova.

40

2018.gada 11.decembrī

sadarbībā ar UNESCO Latvijas

Nacionālā komisiju norisinājās

seminārs “Cilvēktiesību un bioētikas

aspekti izglītībā. Kā meklēt un atrast

atbildes uz bioētikas jautājumiem

skolā?. Semināra laikā Latvijas

Biomedicīnas pētījumu un studiju

centra zinātnieki iepazīstinās

semināra dalībniekus ar centra darbu,

laboratorijām un pētījumiem. Īpaša uzmanība tiks pievērsta Valsts iedzīvotāju genoma

datubāzes darbībai un ar to saistītajiem ētiskajiem un cilvēktiesību aspektiem. Latvijas

Universitātes asociētā profesore Signe Mežinska, kas ir Latvijas pārstāve UNESCO

Starptautiskajā bioētikas komitejā, sniegs ieskatu UNESCO dokumentos deklarētajos

bioētikas principos, kā arī piedāvās praktiskas idejas, kā iesaistīt bioētikas tēmas dažādu

mācību priekšmetu stundās.

BMC zinātnieki visa gada garumā piedalījās dažādos TV un radio pasākumos,

piemēram, Latvijas Radio 1 raidījumos “Zināmais nezināmajā” un “Monopols”,

Latvijas Televīzijas raidījumā “4.studija”, raksti žurnālos “Veselība” un “Patiesā

dzīve”, tādējādi poplarizējot BMC pētījumus un to lietderību sabiedrībai kopumā.

2018.gadā tika uzsākta aktīva jaunākās sabiedrības daļas, kas ir skolēni un

studenti, informēšana par BMC pētījumiem un iespēja tajos pašiem piedalīties

prakstiski uz vietas BMC telpās. Kopumā gada otrajā pusē šo iespēju izmantoja ap 140

skolēni un studenti.

41

3. FINANŠU RESURSI UN TO IZLIETOJUMS

2018. gadā lielākais finanšu ieņēmumu avots ir ES struktūrfondu finansējums,

savukārt otrs lielākais ienākumu avots bija piešķirtais zinātniskās bāzes finansējums.

Tam seko pārējais valsts budžeta finansējums, kā ERA-NET projektu finansējums,

Latvijas-Lietuvas-Taivānas sadarbības fonda projektu finansējums, Valsts iedzīvotāju

genoma datu bāzes īstenošana, LZP Fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu

finansējums, kā arī Valsts pētījuma programmas finansējums, kā arī ieņēmumi no

līgumpētījumiem vietējiem sadarbības partneriem un telpu nomas. Starptautisko

finansējumu veido Horizon 2020 pamatprogrammas projektu ieņēmumi, kā arī

līgumpētījumi starptautiskajiem sadarbības partneriem. Sīkāku finansējuma sadalījumu

pa finansējuma avotiem var aplūkot 1.tabulā.

1. tabula BMC zinātniskās darbības finansējums, EUR

Ieņēmumu veids

Gads

2015 2016 2017 2018

Finansējums (kopā) 4909.9 3486.5 4991.8 5649.3

Valsts budžeta finansējums (kopā) 4271.0 3193.7 4572.0 5429.0

Eiropas Savienības struktūrfondu finansējums

zinātniskajai darbībai (kopā) 1890.5 609.6 2379.4 3689.4

ES 2007-2013: ESF 1.1.1.2.0. aktivitāte 450.5 0 0 0

ES 2007-2013: ERAF 2.1.1.1.0. aktivitāte 1094.8 0.2 0 0

ES 2007-2013: ERAF 2.1.1.2.0. aktivitāte 45 0 0 0

ES 2007-2013: ERAF 2.1.1.3.1. aktivitāte 0 501.7 0 0

ES 2007-2013: ERAF 2.1.1.3.3. aktivitāte 300.2 107.7 0 0

ES 2014-2020: ERAF 1.1.1.1.pasākums 0 0 1437.7 1757.4

ES 2014-2020: ERAF 1.1.1.2.pasākums 0 0 101.7 235.9

ES 2014-2020: ERAF 1.1.1.4.pasākums 0 0 840.0 1497.8

ES 2014-2020: ERAF 1.1.1.5.pasākums 0 0 0 54.3

ES 2014-2020: ERAF 1.2.1.2.pasākums 0 0 0 144.0

NFI projektu finansējums 357 358.2 172.1 0

LZP granti un cits LZP finansējums 450.1 450.1 149.4 429.1

Zinātniskās darbības bāzes finansējums 1030.3 1151.3 1147.2 1062.3

Valsts pētījumu programmu finansējums 253.6 262.5 282.3 50.0

Pārējais valsts budžeta finansējums 289.5 362.0 441.6 198.2

Finansējums no starptautiskiem avotiem (kopā) 442.9 207.6 332.10 130.7

7.IP, Horizon 2020 un cits starptautiskais finansējums 125.6 24.4 126.7 20.7

Ieņēmumi no līgumdarbiem ar ārvalstu juridiskām

personām 317.3 183.2 205.4 110.0

Ieņēmumi no līgumdarbiem ar Latvijas Republikas

juridiskām personām 86.5 23.2 46.5 49.6

Cits finansējums zinātniskai darbībai (kopā) 109.5 62.0 41.2 40.0

Ieņēmumi no citām saimnieciskām darbībām 109.5 62.0 41.2 40.0

42

2.tabulā var aplūkot BMC finansējuma izlietojumu.

2. tabula BMC finansējuma izlietojums, EUR

Nr.p.k. Finansiālie rādītāji

Iepriekšējā

gadā (faktiskā

izpilde)

Pārskata gadā

(faktiskā

izpilde)

1. Finanšu resursi izdevumu segšanai (kopā) 4 991 894 5 649 396

1.1. Dotācijas 4 571 840 5 429 246

1.2. Maksas pakalpojumi un citi pašu ieņēmumi 314 129 217 697

1.3. Ārvalstu finanšu palīdzība 105 925 2 453

1.4. Ziedojumi un dāvinājumi 0 0

2. Izdevumi (kopā) 4 242 863 4 800 210

2.1 Uzturēšanas izdevumi (kopā) 3 293 897 3 626 167

2.1.1. Kārtējie izdevumi 3 126 187 3 399 238

2.1.2. Procentu izdevumi 0 0

2.1.3. Subsīdijas, dotācijas un sociālie pabalsti 0 0

2.1.4. Kārtējie maksājumi Eiropas Kopienas budžetā un

straptautiskā sadarbība

0 0

2.1.5. Uzturēšanas izdevumu transferti 167 710 226 929

2.2. Izdevumi kapitālieguldījumiem 948 966 1 174 043

43

4. PERSONĀLS

2018.gadā nodarbināti darbinieki 114,72 PLE apjomā, no kuriem vēlētais

zinātniskais personāls - 71,93 PLE, zinātiskā personāla v.i. – 0,31 PLE, zinātnes

teniskais personāls – 22,47 PLE un zinātni apkalpojošais personāls – 20,01 PLE.

Vēlēto zinātisko personālu sastāda 24 vadošie pētnieki, 24 pētnieki un 55

zinātniskie asistenti. Vēlētā zinātniskā personāla sastāvā ir 43 darbinieki ar doktora

zinātnisko grādu.

Zinātniskā personāla vidējais vecums ir 40,33 gadi, zinātnes tehniskā personāla

vidējais vecums ir 30,39 gadi un zinātnes apkalpojošā personāla vidējais vecums ir

48,46 gadi.

44

5. ATTĪSTĪBAS PERSPEKTĪVAS 2019.GADĀ

2019.gadā tiks turpināts mērķtiecīgs darbs pie BMC Attīstības stratēģijas 2015.-

2020.gadam īstenošanas.

1. Pētniecības programmas īstenošana

2019. gadā saskaņā ar BMC Starptautiskās konsultatīvās padomes ieteikumiem

tks veiktas izmaiņas BMC zinātniskās pētniecības virzienos. Līdzšinējo piecu

pētniecības virzienu vietā tiks veidoti trīs pētniecības virzieni – cilvēka ģenētika un

slimību patoģenēzes mehānismi; vēža izpēte; strukturālā bioloģija, biotehnoloģija un

virusoloģija.

BMC zinātniskajās grupās tiks turpināti iepriekšējos gados uzsāktie zinātniskie

projekti ERAF 1.1.1.1.pasākuma “Prakstiskas ievirzes pētījumi”, ERAF

1.1.1.2.pasākuma “Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts”, ERAF 1.2.1.2.pasākuma

“Atbalsts tehnoloģiju pārneses sistēmas pilnveidošanai”, LZP Fundamentālo un lietišķo

pētījumu, ERA-NET ietvaros.

2019.gadā tiks izsākta septiņu ERAF 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes

pētījumi” 2.kārtas projektu īstenošana, trīs ERAF 1.1.1.2.pasākuma “Pēcdoktorantūras

pētniecības atbalsts” projektu īstenošana, divu ERA-NET projektu īstenošana, kā arī

viena Horizon 2020 projekta īstenošana.

2019.gadā plānotas arī vairāki jauni vietēja mēroga projekta konkursi, kuros

BMC plāno iesniegt jaunus projektu iesniegumus - gan ERAF 1.1.1.2.pasākuma

“Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts” 2,kārtas projektu konkurss, gan LZP

Fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu 2019.gada konkurss.

2019. gadā tiks turpināts darbs arī pie jaunu starptautisko projektu pieteikumu

sagatavošanas, tai skaitā Horizon 2020 un citu grantu shēmās. Šim mērķim plānots

izmantot ERAF 1.1.1.5.pasākuma “Atbalsts starptautiskās sadarbības projektiem

pētniecībā un inovācijās” 2.kārtas finanšu līdzekļus.

2. Institucionālā attīstība

2019.gada plānots attīstīt un stiprināt BMC zinātnisko ekselenci, balstoties uz

iepriekšējos gados apstiprināto projektu tēmām.

Administratīvās pārvaldības efektivitātes uzlabošanai 2018.gadā plānots

turpināt darbu pie BMC sabiedriskā tēla uzlabošanas un atpazīstamības veidošanas.

Starptautiskās konkurētspējas paaugstināšanai plānots turpināt un attīstīt

sadarbību ar vietējiem un ārzemju partneriem, lai nodrošinātu precīzu līgumdarbu

izpildi.

3. Cilvēkresursu attīstība

Jauna zinātniskā personāla piesaistei plānots turpināt atbalstīt perspektīvos

studentus, nodarbinot tos BMC īstenotajos pētniecības projektos, spējīgāko atalgošanai

paredzot finansējumu no BMC pieejamajiem finanšu līdzekļiem.

Starptautiskā zinātniskā personāla un diasporas zinātnieku peisaitei plānots

sagatavot kopīgus projektu iesniegumus ERAF 1.1.1.2.pasākuma “Pēcdoktorantūras

pētniecības atbalsts” 2.kārtas projektu konkursu ietvaros.

4. Infrastruktūras un starpinstitucionālās sadarbības attīstība

2019.gadā BMC turpinās īstenot ERAF 1.1.1.4.pasākuma “P&A infrastruktūras

attīstīšana viedās specializācijas jomās un zinātnisko institūciju institucionālās

45

kapacitātes stiprināšana” projektu, kura ietvaros tiks uzsākts darbs pie Genoma centra

intrastruktūras attīstības, izstrādājot jaunu telpu izbūves projektu, kā arī tiks pabeigta

pārejas būvniecība strap abām BMC ēkām, atvieglojot BMC zinātniskā personāla

ikdienas pārvietošanos.

2019.gadā BMC kā Latvijas pārstāvis uzsāks dalību Integrētajā struktūrālās

bioloģijas infrastruktūrā (Instruct-ERIC - Integrated Structural Biology Infrastructure).

Kā arī tiks turpināta aktīva dalība Biobanku un biomolekulāro resursu pētiecības

infrastruktūras (BBMRI-ERIC) konsorcijā.

5. Izglītība un publicitāte

2019. gadā paredzēts turpināt bakalauru, maģistratūras un doktorantūras

studentu zinātnisko darbu izstrādes nodrošināšanu BMC speciālistu vadībā.

PUBLISKAIS GADA PĀRSKATS - LU

Documents

Transcript of PUBLISKAIS GADA PĀRSKATS - LU