Protei̇nleri̇n Üst Yapi Düzeyleri̇

8/18/2019 Proteıṅlerıṅ Üst Yapi Düzeylerı ̇

1/35

LOGO

HETEROPOLİSAKKARİTLER

FEYZA ÇUBUK


2/35

LOGO

Heteropolisakkaritler; glikozi!a"lar# ile !a"la$%#&%o$osakkaritler 'e %o$osakkarit

t(re'leri$i$ )a$#$a s(l*at+ *os*atgi!i !az# ek gr,plar i-ere$ )(ksek%olek(l a"#rl#kl# poli%erlerir.


3/35

LOGO

Heteropolisakkaritleri$s#$#*la$#r#l%alar#

Glikozaminoglikanlar/

Proteoglikanlar

Glikoproteinler

Glikolipitler

0

1

2


4/35

LOGO

Ko$*or%as)o$

Her bir atomun bir moleküldekiuzaysal durumunu gösterir.

Değiik kon!ormasyonlardaki

moleküller"kon!ormerler aras#ndaki

dönüüm$ ko%alent bağ y#k#m#

olmaks#n#z#n tek bağlar#n etra!#nda

dönme ile ger&ekleir.

Protei$leri$ *o$ksi)o$lar#$#*or%lar# !elirler.

Ko$*ig(ras)o$

'ir grup atomun

geometrik ilikisini i!ade

eder. ()" %e D"

aminoasitleri gibi*

Değiik

kon!igürasyonlar#nbirbirine dönümesi$

ko%alent bağlar#n y#k#m

%e yap#m#n# gerektirir.


5/35

LOGO

3)4le 5iagra%

Üçüncülyapı İkincil

yapı

Birincilyapı

Text

PolipeptitPolipeptit

Gen kodlaması

Dördüncülyapı

A%i$oasitleri$

izili%i

.

Polipeptitleri$6iro7e$ !a"l#%oti*lerekatla$%as#$a$

ol,&,r

İki$4il )ap#sal!8lgeler aras# ili&kileri

kapsar.

5e"i&ik tiptepolipeptitleri$

,za)sal ili&kileri$ita$#%lar.


6/35

LOGO


7/35

LOGO +++.t,emegallery.-om

BİRİ93İL YAP:

Ko'ale$t peptit !a"lar# ile kararl# ,r,%at,t,l,rlar. 5a6a )(ksek )ap# (ze)leri+a6a za)#* !a"lara -ok sa)#a 6iro7e$!a"lar#+ elektrostatik !a"lar# 'e 6iro*o!ik

gr,plar#$ !irle&%esi ile kararl# 6ale gelirler.


8/35

LOGO

İKİ93İL YAP:

Peptit !a"lar# %(%k($ ola$ iki$4ilko$*or%as)o$lar# s#$#rla$#r%akta#r. erbest dönü polipeptit iskeletinin ü&

ko%alent bağ#ndan sade-e ikisinin

&e%resinde mümkündür. Karbonil karbon (Co) ve alfa karbon

(Cα) arasındaki arasındaki açı (ψ) psi,alfa karbon ve azot bağı arasındaki

açı (ϕ) phi olarak adlandırılır. Glisin dışındaki ainoasitler için phi

ve psi açılarının kobinas!onlarınınçoğ" sterik en#ellee nedeni ile

$k$n değildir.


9/35

LOGO

İKİ93İL YAP:

E$ s#k g8r(le$ iki$4il )ap# t(rleri


10/35

LOGO

İKİ93İL YAP:


11/35

LOGO

İKİ93İL YAP:


12/35

LOGO

Kar!o$il ato%, 'e 6iro7e$ ato%,aras#$aki !a"

Peptit !a"# azot, 'e 6iro7e$ ato%,aras#$aki !a"

>aksi%,% sa)#a 6iro7e$

ol,&t,r%a kapasitesi


13/35

LOGO

İKİ93İL YAP:


14/35

LOGO

İKİ93İL YAP:

=


15/35

LOGO

İKİ93İL YAP:

=


16/35

LOGO

İKİ93İL YAP:

İl%ik 'e k#'r#%lar İl%ikler+ !ir-ok e$zi%e s(!stratlar#$

!a"la$%as#$a$ sor,%l, ola$ !8lgeleraras#$a k8pr( k,rar. S#kl#kla katalize kat#la$a%i$oast kal#$t#lar# i-erir.

Helezo$


17/35

LOGO

?Ç?93?L YAP:

İki$4il )ap#lar#$ !ir!iri$e ola$ ,r,%lar# 'eol,&t,r,klar# !8lgeleri$ ta%a%#$# kapsar. 5o%ai$+ protei$ )ap#s#$#$ !ir s,!strat 'e)a !a&ka

!ir liga$t !a"la$%a gi!i !elirli ki%)asal )a a*iziksel i&le'i )eri$e getir%e)e )eterli ola$

!8l(%(r. 5(ze$le)i4i o%ai$ler+ ko'ale$te"i&iklikler )a a allosterik ele%e$tleri$!a"la$%as#$a )a$#t olarak protei$leri$ i&le'leri$ee"i&iklikler !a&lat#rlar. Her o%ai$ s,!strat!a"la%az.


18/35

LOGO

5@R5?93?L YAP:

Bir protei$i$ polipeptit !ile&i%i$i 'e!ir oligo%er protei$ i-i$ proto%er'e)a alt !iri%leri aras#$aki ,za)salili&kileri ta$#%lar.

5o%ai$+ protei$ )ap#s#$#$ !ir s,!strat'e)a !a&ka !ir liga$t !a"la$%a gi!i!elirli ki%)asal )a a *iziksel i&le'i)eri$e getir%e)e )eterli ola$ !8l(%(r.5(ze$le)i4i o%ai$ler+ ko'ale$t

e"i&iklikler )a a allosterikele%e$tleri$ !a"la$%as#$a )a$#t olarakprotei$leri$ i&le'leri$e e"i&iklikler!a&lat#rlar. Her o%ai$ s,!strat!a"la%az.


19/35

LOGO

?Ç?93?L E 5@R5?93?L YAP:LAR5A KARARL:L:K

Nonkovalent etkileşimler

Hidrojen baları

Disül!id baları

"an der #alls etkileşimleri

Hidro!obik etkileşimler$%idro!obik aminoasitlerin yan&incirlerini proteinin iç kısmınaiterek s'dan kor'rlar(

)i&il* ar+inil ve %istidil

kalıntılarının &ıt yüklü yan&incirleri arasındaki%idrojen baları

,istein kalıntılarınınsül!%idril +r'plarınıbalarlar(

B' &ayı! etkileşimler-./0 kj1mol ileyıkılabilir ancakyekünleri önemli


20/35

LOGO

?Ç?93?L E 5@R5?93?L YAP:LAR5A KARARL:L:K

Nonkovalent etkileşimler

Hidrojen bağları ve tuz köprüleri

Disülfid bağları

Hidro!obik etkileşimler$%idro!obik aminoasitlerin yan&incirlerini proteinin iç kısmınaiterek s'dan kor'rlar(

)i&il* ar+inil ve %istidil

kalıntılarının &ıt yüklü yan&incirleri arasındaki%idrojen baları

,istein kalıntılarınınsül!%idril +r'plarınıbalarlar(

B' &ayı! etkileşimler-./0 kj1mol ileyıkılabilir ancakyekünleri önemli


21/35

LOGO

?Ç BOYUTLU YAP:

1 !o),tl,)ap#

sapta$%as#


22/35

LOGO

?Ç BOYUTLU YAP:


23/35

LOGO

?Ç BOYUTLU YAP:


24/35

LOGO

?Ç BOYUTLU YAP:

LAUE


25/35

LOGO

?Ç BOYUTLU YAP:

9?KLEER >A9YETİK REZO9A9SSPEKTROSKOPİSİ 9>RG 9>R spektroskopisi+ C


26/35

LOGO

?Ç BOYUTLU YAP:

>OLEK?L >O5ELLE>E Protei$i$ ko$*or%as)o$el i$a%i"i$i$ 'e #s#

ere4esi+ pH+ i)o$ik g(- 'e)a a%i$o asit )ere"i&tir%eleri$i$ !, 6areketleri $as#letkilei"i$i$ si%(las)o$, i-i$ %olek(ler

i$a%ik progra%lar# k,lla$#l#r. Bir protei$ s,!strat#+ i$6i!it8r( 'e)a !a&kaliga$t# ile !,l,&t,",$a ol,&a$ etkile&i%leri$si%(las)o$, i-i$ %olek(ler )erle&tir%eprogra%lar# k,lla$#l#r.

Bi)olo7ik 8$e%i ola$ !ir protei$i$ kilit !8lgeleriile etkile&i%e gire!ile$ %olek(lleri$ sa$al olaraktara$%as#+ )e$i ila-lar#$ !,l,$%as#$#kola)la&t#r%ak a-#s#$a$ )a)g#$ olarakk,lla$#l%akta#r.


27/35

LOGO

PROTEİ9LERİ9 KATLA9>AS:

İlk !asa%akta+ )e$i se$tezle$e$ polipeptiri!ozo%a$ a-#"a -#k%akta ol,",$a$+ k#sa!8l(%ler+ )erel (ze$li )ap#lar# sa"la)a$ iki$4il)ap#sal !iri%lere katla$#rlar.

İki$4i !asa%akta+ 6iro*o!ik !8lgeler -8z(4(e$

,zakta+ protei$i$ i- k#s%#$a topla$arak eri%i& !irglo!(l ol,&t,r,r. B,+ k#s%i olarak katla$%#& !irpolipepti ol,p+ protei$i$ olg,$ ko$*or%as)o$,$a,lal#$4a)a kaar )e$ie$ (ze$le$ir.

e$ele+ seko$er )ap#$#$ 6er !ir ele%e$ti katla$%a

s(re4i$i o"al ko$*or%as)o$a o"r,+ 'eri%liol%a)a$ se-e$ekleri$ ,za"#$a g8t(r%ekteir.


28/35

LOGO


Katla$%a)# kola)la&t#ra$ protei$lerProtei$ is(l*i izo%erazProli$e%eli protei$leri$i$ )ar#s#$a$ *azlas#$#$

katla$%as#$a g8re' ala$ &apero$lar+ )e$i se$tezle$e$polipeptileri -8z(4( etkisi$e$ kor,)arak+ iki$4il )ap#ele%a$lar#$a ol,&%a 'e eri)e$ glo!(llere 8$(&%e&a$s# sa"la%akta#r.

Katla$%as# !oz,l%,& protei$ler iki$4il )ap#lar#$atekrar katla$%a)# kola)la&t#ra$ !8lgeler 'e e"%e$oktalar# !ar#$#r#rlar.


29/35

LOGO


Dapero$ protei$ler+ katla$%as#!oz,l%,&+ ter%oi$a%ik olarak)a$l#& katla$%#& 8l( $okta)a ,la&%#&protei$leri+ 6iro*o!ik !8lgeleri$ia-#"a -#kar#p 'eri%li !i-i%e tekrar

katla$%alar#$a ola$ak sa"la)arako$ar#rlar. So$,-ta katla$%a$#$a-#l%as# ile geli&ig(zel !ir )ap# orta)a-#k%a%#& ol,r.

l,tat)o$+ oksi7e$+ 6iro7e$ peroksi

'e)a s(peroksi gi!i oksitle)i4iele%e$tlere %ar,z kalarak ol,&a$,)g,$ ol%a)a$ is(l*i !a"lar#$#i$irge)e!ilir.

İ


30/35

LOGO

PROTEİ9 KO9FOR>ASYO9U9U9BOZUL>AS:9:9 PATOLOİKSO9UÇLAR:

PRİO9LAR

İ$sa$ prio$ ili&kili protei$ PrPG+ 0I.kro%ozo%,$ k#sa kol,$a kola$%#&+$or%al olarak %o$o%er )ap#a 'e al*a

6elezo$ ora$# )(ksek !ir glikoprotei$ir.Patolo7ik prio$ protei$leri PrPJ$i$ PrPs4J)e8$(&(%($e kal#p g8re'i g8r(r.

PrPs4+ !eta 6elezo$ )8$($e$ ze$gi$ ol,p+!ir-ok 6iro*o!ik a%i$o a-il )a$ zi$4iri ilete%asta#r. Bir!irleri ile a-#kta !,l,$a$6iro*o!ik !8lgeleri )ol,)la k,''etleetkile&tikleri$e$ !irike$ PrPs4 !iri%leri!irle&erek -8z($%ez 8zellikte 'e proteza

ire$-li topaklar ol,&t,r,r.

PROTEİ9 KO9FOR>ASYO9U9U9


31/35

LOGO


ALZHEİ>ER Be)i$ ok,s,$a !,l,$a$ =


32/35

LOGO


BETAİLER Talase%iler+ 6e%oglo!i$i$ polipepti alt

!iri%leri$e$ !ir ta$esi$i$ se$tezi$e )ol a-a$ ge$etike*ektlerle ol,&t,r,l,rlar.

Eritrosit geli&i%i s#ras#$a ol,&a$ 6e%oglo!i$ se$tezpatla%as# s#ras#$a al*a 6e%oglo!i$ sta!ilize ei4iprotei$ AHSPG a# 'erile$ !elirli !ir &apero$+6e%oglo!i$ %,lti%er )ap#s#$a gir%e)i !ekle)e$ser!est al*a alt !iri%leri$e !a"la$#r.

B, &apero$,$ )okl,",$a ser!est al*a 6e%oglo!i$alt !iri%leri topaklar 'e ol,&a$ -8kelti$i$geli&%ekte ola$ eritrosit (zeri$e sitotoksik etkisi'ar#r.



33/35

LOGO


KOLLAE9 Kolla7e$+ i$sa$ '(4,,$aki protei$ kitlesi$i$ 0Ji$i

ol,&t,r,r. 5eri$i$ k,''et 'e es$ekli"i !ir!iri i-i$e8r(l%(& kolla7e$ 'e elasti$ e%etleri$e$ ka)$akla$#r.

A)$# za%a$a liga%e$t 'e te$o$ gi!i !a" ok,lar#$aa !,l,$,r. Kolla7e$ !i)ose$tezi$e e$ i)i !ili$e$ e*ekt+ prolil 'e

lizi$ kal#$t#lar tara*#$a$ gereksi$i% ,),la$ 3'ita%i$i$ i)etsel eksikli"i$e ol,&a$ skor!(t

6astal#"##r. So$,4,$a g8r(le$ eksik (ze)e6iroksiproli$ 'e 6iroksilizi$ kal#$t#lar+ kolo7e$ li*leri$kararl#l#"#$# !ozarak+ i& eti ka$a%alar#+ ekle%&i&%eleri+ za)#* )ara i)ile&%esi$e )ol a-a!ilir.



34/35

LOGO


KOLLAE9 >e$ke se$ro%,+ -atalla$%#& sa-

telleri 'e !()(%e gerili"i ileta$#%la$%#& ol,p+ kolla7e$ li*leri$sa"la%l#"#$# g(-le$ire$ ko'ale$t-apraz !a"lar#$ ol,&,%,$akia$a6tar !asa%a"# katalizle)e$ liziloksiaz e$zi%i$i$ getiri"i i)etsel!ak#r eksikli"i$i )a$s#t%akta#r.

E6lers


35/35

LOGO

2%ank 3o' 4

Protei̇nleri̇n Üst Yapi Düzeyleri̇

Documents

Transcript of Protei̇nleri̇n Üst Yapi Düzeyleri̇