Presentasi Identifikasi H5N1 PCR_Bu Retno
description
Transcript of Presentasi Identifikasi H5N1 PCR_Bu Retno
Identifikasi Virus Avian Influenza
H5N1 Clade 2.1.3 dan 2.3.2
Berbasis PCR
Virus Avian Influenza sudah menyebar
luas sejak pertama kali ditemukan wabah
tahun 2003, menimbulkan kerugian yang
sangat besar bagi industri perunggasan
Secara teoritis virus flu burung tidak bisa
menginfeksi manusia karena perbedaan
reseptor spesifik
Virus AI H5N1 di Indonesia : virus Avian
Influenza(AI) clade 2.1 (2.1.1, 2.1.2 dan
2.1.3) yang menyerang unggas kini
ditemukan jenis AI baru yang kini
menyerang itik yaitu virus AI clade 2.3.2
Virus ini bukan hasil mutasi dari virus AI
sebelumnya yang pernah mewabah tetapi
masuk dari luar Indonesia.
Genom internal virus Influenza A terdiri atas genom hemaglutinin (HA), neuraminidase (NA) polymerase basic 2(PB2); polymerase basic 1 (PBI) ; polymerase acidic (PA) ; nukleoprotein (NP) ;Matriks (M) dan nonstructural (NS)
Teknik PCR dapat digunakan untuk
mendeteksi gen-gen virus influenza
untuk deteksi dini (early date action) dan
tindakan dini (early action).
Tahap awal dilakukan identifikasi kasus
untuk mengetahui gejala-gejala yang ada
pada ayam yang diduga terinfeksi Avian
Influenza H5N1
Rapid Test AI
Uji Serologi
Uji Histopatologi
Isolasi virus
Reverse Transcriptase-PCR (RT-PCR)
Realtime Transcriptase-PCR (RRT-PCR)
Identifikasi terhadap Avian Influenza clade
2.1.3 dan clade 2.3.2 terlebih dahulu
dibuat primer spesifik
Desain primer spesifik dilakukan dengan
menggunakan aplikasi BioEdit
Pemilihan primer spesifik spesies dipilih
urutan nukleotida yang tidk terkonservasi
Panjang sekuen primer berkisar antara 15-
25 nukleotida
GC content (40-60%)
Kedua primer tidak mengalami self
annealing, primer dimer, miss priming dan
berkomplemen
Selisih Temperature Melting antara dua
primer 5 0C
Mencari sekuen Avian Influenza clade 2.1.3 dan clade 2.3.2 pada database skuen EBI dan NCBI
Analisis kesejajaran dengan menggunkan aplikasi ClustalW pada aplikasi desain primer BioEdit
Pemilihan daerah yang tidak konserve untuk menentukan primer forwad dan primer reverse.
Primer Avian Influenza H5N1 clade : 2.1.3
Forward :
5'GGGAGTGCCCCAAATATGTA'3
Reverse :
5'TATTGGTGACCCCATCTACT'3
Primer Avian Influenza H5N1 clade : 2.3.2
Forward :
5'GTAGAGAAGGCCAATCCAGC'3
Reverse :
5'ATGCAATCCACTTCGAGAGT'3
Perbedaan cara identifikasi virus Avian
Influenza H5N1 clade 2.1.3 dengan clade
2.3.2 dapat dilakukan dengan aplikasi PCR
yaitu RT-PCR dan RRT-PCR dengan
menggunakan primer spesifik pada masing-
masing clade