Pengembangan Riset di Bidang Kedokteran - yarsi.ac.id Riset di Bidang... · Riset Kedokteran Kanker...
Transcript of Pengembangan Riset di Bidang Kedokteran - yarsi.ac.id Riset di Bidang... · Riset Kedokteran Kanker...
Pengembangan Riset di Bidang Kedokteran: Penggunaan Metode PCR dan Sekuensing
Dodi Safari
Laboratorium Streptococcus
Lembaga Biologi Molekular Eijkman
Jakarta
Lokakarya Peneliti
Program HPEQ FK Universitas Yarsi
14-15 Mei 2013
Outline
• Penelitian di Bidang kedokteran
• Contoh penelitian di Lembaga Eijkman
• Fasilitas Pendukung
• Laboratorium Streptococcus
– Fokus penelitian
– Metode yang digunakan
• PCR
• Sekuensing
• Bioinformatika
Riset Kedokteran
Kanker
Stem cell
epidemiologi
Genetik
Genome
Penyakit infeksi
Nutrigenomik Zoonosis
Vaksin
Kelainan genetik
Forensik
Human pathogens
kloning
Evolusi
Human microbime
Resistensi obat
dll
Bioinformatika Nanoteknologi
Translational medicine
proteomik Personalized medicine
Fasilitas Pendukung di Lembaga Eijkman
• Mesin Sekuensing (2)
• Mesin PCR (15)
• BSL-3
• Transmission electron microscope
• Sarana hewan coba (mencit)
• Klinik genetik dan Forensik
• Bioinformatika
Laboratorium Streptococcus
• Distribusi serotipe dari S. pneumoniae pada populasi Indonesia: anak-anak, orang tua, imunokompromis, dan pasien
• Rensistensi anti-mirkrobial
• Keragaman genetika dari S. pneumoniae
• Pengembangan vaksin S. pneumoniae
Biology of Streptococcus pneumoniae
• A gram-positive coccus, alpha hemolytic, lancet-shaped cocci, and optochin sensitive
• The normal nasopharyngeal microbial flora
• Cause of bacterial pneumonia, meningitis, and sepsis
Ref: Bogaert, D., et al. 2004. Lancet. Infect. Dis. 4: 144-154.
Pathogenic route for Streptococcus pneumoniae infection
Diversity of Capsular polysaccharide
• More than 92 serotypes based on their patterns of reactivity with the factor sera
• A consequence of selection for antigenic diversity imposed by the human immune system
• For vaccine development and serotype identification
Hammerschmidt, S., et al (2005). Infect. Immun. 73: 4653-4667
Identifikasi Streptococcus pneumoniae
• Mikrobiology: – Kultur dan uji biokimia
– Uji serologi: penentuan serotipe
• Biology Molekular: – PCR
– Real time PCR
– Microarray
– Sekuensing
Capsular polysaccharide gene cluster of serotype 14
Bentley, S. D., et al (2006). PloS Genetics. 2: 263-269.
Real Time PCR
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechQPCR.shtml
Kuantifikasi kolonisasi Streptococcus pneumoniae pada nasofaring
Clinical Infectious Diseases 2012;54(5):601–9
Sekuensing
http://users.ugent.be/~avierstr/principles/seq.html www.sciencemag.org
Phylogenetic tree of 313-bp recA sequences of Streptococcus type strains and Streptococcus clinical isolates (bioinformatik).
JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Feb. 2011, p. 523–527 Vol. 49, No. 2
Kesimpulan
• Pengembangan penelitian kedokteran lebih difokuskan ke bidang biologi molekular dan genomik
• Fokus pada satu penelitian dengan penelitian yang mendalam/komprehensif