1

Nukleorūgštys analitikoje

Ingrida OlendraitėGamtos mokslų fakultetas

Vilniaus universitetas

Vilnius 2013 gruodžio 17

2

Turinys

1. Tikslas – kodėl naudojamos nukleorūgštys (NR) analitikoje

2. Metodai1. DNR elektrocheminis jutiklis2. Peptidinės nukleorūgštys (PNAs)3. Katalitinės DNR (DNAzymes)

3. Išvados4. Naudota literatūra

3

Nukleorūgštys analitikoje

NR

4

NR

Mažos kainos

Greitas atsakas

Maži kiekiai

Maža žmogaus įtakaSpecifišku-mas

Didelis jautrumas

5

DNR elektrocheminis jutiklis

• Escherichia coli O157

– Verocitoksinas (VT1/2)– Kolitas– rfbE genas • koduoja O-antigenų klasės biosintezei

reikalingą fermentą (konservatyvus O157 serotipui)

6

DNR elektrocheminis jutiklis

7

Peptidinės nukleorūgštys

• PNAs(angl. peptide nucleic acids)• Heterociklinės bazės• Karkasas:– N –(2 – aminoetilo)-glicinas– Neutralus krūvis

8

Peptidinės nukleorūgštys

• Struktūra• Veikimo principas• Pritaikymas ir privalumai

– Video:

9

Katalitinės DNR

• DNRzymai • Chemiškai aktyvios• in vitro• Katalizuoja: DNR foforilinimą,

adenilinimą, timino dimerų fotoreversiją ...

• 20-200bp

10

Katalitinės DNR

• Nanohidroksiapatito dalelės (nHAP)• Arg-nHAP vektoriai – Absorbcijos efektyvumas arti 100%

• Pritaikymas: – iRNR veikimas– Klinikinis (EBV: LMP1)• Ląstelės proliferacija, apoptozė, jautrumas.• Ir in vivo, ir in vitro

11

Išvados

1. Nukleorūgštys analitikoje yra plačiai taikomos

2. Metodo pasirinkimas priklauso nuo tiriamo objekto ir tikėtino rezultato

3. Metodai, naudojantys nukleorūgštis kaip įrankius, pasižymi labai dideliu jautriu ir specifiškumu

12

Literatūros sąrašas• “Peptide nucleic acid: a versatile tool in genetic diagnostics and molecular

biology” Peter E. Nielsen., Copenhagen, Denmark. Current opinion in Biotechnology, Elsevier Science ltd. 2001, 12:16-20.

• “Delivery system for DNAzymes using arginine-modified hydroxyapatite nanoparticles for therapeutic application in a nasopharyngeal carcinoma model”, Y. Chen, L. Yang, S. Huang, Z. Li, L. Zhang, L. He, Z. Xu, L. Liu, Y. Cao, L. Sun, Center for molecular medicine, Xiangya hospital, cancer research institute, state key laboratory of powder metallurgy, central south university, changsha, People’s respublic of China. International Journal of nanomedicine, Dove Press journal. 13 august 2013.

• “Attomole DNA electrochemical sensor for the detection of Escherichia coli O157”, W.C. Liao, J.A. Ho, bioanalytical laboratory, department of chemistry, national tsing hua university, Taiwan. Analytic chemistry, 2009, 81, 2470-2476,

• “highly specific detection of phosphorylated proteins by Duolink”, M. Gullberg, A.C. Anndersson, Olink AB, Uppsala, Sweden. Nature Methods 6, 2009.

• “Nucleic acids as viability markers for bacteria detection using molecular tools. “ Cenciarini-Borde C., Courtois S., La Scola B., Future microbiology, 2009 february, 4(1):45-64.

13

Ačiū už dėmesį