İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler...
Transcript of İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler...
![Page 1: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/1.jpg)
İNTESTİNAL MİKROBİYOTA
Dr.Uğur DemirpekMikrobiyoloji&Klinik Mikrobiyoloji Uzmanı
Tıbbi Parazitoloji Uzmanıİstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi
![Page 2: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/2.jpg)
MİKROBİYOTA
10 ¹⁴ bakteri İnsan mikrobiyomunun %99
![Page 3: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/3.jpg)
• Ağız
• Cilt
• Boğaz
• Ürogenital (♂/♀)
• İntestinal…..
MİKROBİYOM
![Page 4: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/4.jpg)
Symbiosis/ simbiyozis
![Page 5: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/5.jpg)
Mikrobiyota/MikrobiyomAnalizi
• Araştırılan vücut bölgesinden uygun klinik örnek alarak o bölgede bulunan ve mikrobiyotayı oluşturan mikroorganizmaları ve miktarlarını tespit etmek.
• Metagenomik yaklaşım
![Page 6: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/6.jpg)
Metagenomik yöntem nedir?
• Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan yöntemlerdir.– Kültür
– FISH
– PCR
– Parmak izi analiz yöntemleri (DGGE, TGGE, T-RFLP)
– Dijital PCR
– DNA Mikroarray
– Yeni Nesil Dizileme ve Biyoinformatik analiz
![Page 7: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/7.jpg)
Yeni Nesil Dizileme ve BiyoinformatikAnaliz
![Page 8: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/8.jpg)
Biyoçeşitlilik
• Bir canlılar topluluğunda bulunan tür çeşidi ve bu türlerin miktarlarındaki dağılım
• Tür sayısı ne kadar çok ve dağılımlar ne kadar eşitse biyoçeşitlilik o kadar fazla hesaplanır
![Page 9: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/9.jpg)
Biyoçeşitlilik
![Page 10: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/10.jpg)
Bakteriyel içerik
• Filum düzeyinde Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria
• Çeşitliliği oluşturan az sayıdaki mikroorganizmalar
• Synergistetes, Lentisphaerae
![Page 11: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/11.jpg)
DOMAIN ŞUBE CİNS
Bacteria Firmicutes Clostridium,Faecalicobacterium*,Lactobacillus, Enterococcus,Ruminococcus,Veillonella
Bacteria Bacteriodetes Bacteroides*,Prevotella*
Bacteria Actinobacteria Bifidobacterium*,Atopobium
Bacteria Proteobacteria Escherischia, Desulfovibrio,Helicobacter
Bacteria Fusobacteria Fusobacterium
Bacteria Verromicrobia Akkermansia*
Archaea Euryarchaeota Methanobrevibacter
![Page 12: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/12.jpg)
Enterotip
• Enterotip 1 Bacteroides
• Enterotip 2 Prevotella
• Enterotip 3 Ruminococcus
![Page 13: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/13.jpg)
İntestinal Mikrobiyota ve Metabonomik İnceleme
![Page 14: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/14.jpg)
Metabonomik ve Metagenomik
![Page 15: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/15.jpg)
• 16S rRNA DİZİLEME
• 14.23 terabytes
![Page 16: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/16.jpg)
Mikrobiyota ilişkili hastalıklar
Disbiyozis: Mikrobiyotada oluşan dengesizlik, zararlı mikroorganizmaların artışı
![Page 17: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/17.jpg)
Mikrobiyota ilişkili hastalıklar
![Page 18: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/19.jpg)
![Page 20: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/20.jpg)
Rutinde Mikrobiyota Analizi
• Gastrointestinal hastalıklar
• Otoimmün hastalıklar
• Otizm, depresyon…
• Kişiselleştirilmiş tedavi
• Kanser
• Kardiyovasküler hastalıklar
![Page 21: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/21.jpg)
NASH / Mikrobiyota
![Page 22: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/22.jpg)
de Faria Ghetti F, et al. Eur J Nutr 2017
![Page 23: İNTESTİNAL MİKROBİYOTA...Metagenomik yöntem nedir? •Genetik ve biyoinformatik teknolojiler kullanılarak canlı toplulukların tüm içeriğini araştırmak için kullanılan](https://reader034.fdocument.pub/reader034/viewer/2022050513/5f9d9863f3bbe17df54384bb/html5/thumbnails/23.jpg)
Teşekkür ederim