Ngs 1

NGS

part 1

15092012

Секвенирование (Сэнгер)

2

dNTP и ddNTP

3

Автоматическое секвенирование

4

Полногеномное секвенированиеde novo

1 Геном разбивается на небольшие перекрывающиеся фрагменты

2 Фрагменты секвенируются3 Сиквенсы собираются в итоговую последовательность

bull картированиеbull перекрывание

5

Полногеномное секвенированиеподход основанный на картировании

6

Полногеномное секвенированиеподход основанный на перекрывании

7

8

Next-generation sequencing =High-throughput sequencing =

Massive parallel sequencing

9

Стоимость секвениорвания

Sanger NGS NNGS10

Накопление данных

bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation

Template preparation

Sequencing

14

NGS approaches

bull Sequencing by synthesis

ndash Pyrosequencing

ndash Semiconductor sequencing

ndash Sequencing by reversible termination

ndash Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing

bull Sequencing by ligation

15


bull Emulsion PCR

bull Bridge amplification

bull Single-molecule templates

16

NGS technologiesПлатформа Методика

секвенированияПодготовка матрицы Прибор Особенности

454 Life Sciences (Roche)

Пиросеквенирование Эмульсионная ПЦРGS FLX TitaniumGS Junior

+ Длинные риды- Ошибки в гомополимерах

Solexa (Illumina)Синтез с обратимой терминацией

Твердофазная ПЦР (Bridge PCR)

HiSeq 2000MiSeq

+ Высокая производительность

Applied Biosystems (Life Technologies)

Лигирование Эмульсионная ПЦР SOLiD 4+ Высокая точность- Короткие риды

Ion Torrent (Life Technologies)

Полупроводниковое секвенирование

Эмульсионная ПЦРIon PGMIon Proton

+ Низкая стоимость- Ошибки в гомополимерах

Helicos BiosciencesСинтез с обратимой терминацией

Нет HeliScope - Короткие риды

Pacific BiosciencesСеквенирование в реальном времени

Нет PacBio RS+ Длинные риды- Высокий процент ошибок

17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23

ldquoBenchtoprdquo sequencers

24

454 (Roche)

GS FLX Titanium GS Junior

25

Пиросеквенирование

26


27

Эмульсионная ПЦР

28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32

Applied Biosystems(Life Technologies)

SOLiD 33

Секвенирование лигированием

34

Лигирование с олигонуклеотиднымизондами

35

36

Ion Torrent(Life Technologies)

37

38


39

Быстрая прямая детекция

Rothberg JM et al Nature doi101038nature10242

Пластина сенсора

Кремниевый субстрат

Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V

Чувствительный слой

H+

40

CGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGA

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100

GGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCC

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200

CTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACT

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300

CACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTTACATTTTTTCGCTGTGCTAGAAAGGGCGCATTTATGTTAG

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400

CTCGTTCAGGGAAGGTAAGCATGGCTACGAAGAAGAGAAGTGGAGAAGAAATAAATGACCGACAAATATTATGCGGGATGGGAATTAAACTACGCCGCTT

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500

AACTGCGGGTATCTGTCTGATAACT

|||||||||||||||||||||||||


501 600

41

Ion Workflow Overview

Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing

Isolate Positive Ion

Spheretrade Particles

Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42

Ideal Clonal Amplification

Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification

ldquomixedrdquo reads duplicate reads

Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument

Денатурация

Отжиг праймера

синтез

45

OneTouch Enrichment System

Biotinylated Template + ISP

MyOne Bead + Streptavidin

Non-Templated ISP

46

Чипы Ion 314 и Ion 316 с проточными ячейками

pH-сенсорные чипы

47

Расположение лунок на поверхности pH-сенсорных чипов

Ion 314 Ion 316 Ion 318


Вид сенсорных чипов на срезе (сканирующая электронная микроскопия) 48

Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows

Ion Sphere -----Primer------ A G T C A A G C G T C C C A T G

Sequence of InterestKey Sequence

T A C G T A C G T

Flows 1-4 hellip9-12Flows 5-8hellip etc

T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle

bull A ldquoflowrdquo is the event of exposing the chip to one particular dNTP (T A C or G) followed by a washing step

bull The flow order repeats with pattern ndash lsquoTACGTACGTCTGAGCATCGATCGATGTACAGCrsquo

C G A CG T AC GT A

50

A ldquocyclerdquo is four consecutive dNTP flows for instance T-A-C-G = 1 cycle

50

T


bull The flow order repeats with patternndash lsquoTACGTACGTCTGAGCATCGATCGATGTACAGCrsquo

Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C

T A C G T A C G T C G A CG T AC G


T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T

Flows 1-4 hellip9-12Flow 5-8hellip etc

T

A

C

G

T

T T C G C A G G GT A C

And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53

bull An ldquoionogramrdquo is the output of the signals in flow space

bull Must be read ldquoup-and-downrdquo along with ldquoleft-to-rightrdquo

bull Height of bar indicates how many nucleotides incorporated during flow

bull ldquoNegativerdquo or ldquozerordquo flows indicate no nucleotide incorporationndash These observations are omitted when converting to nucleotide space

Sequencing Ionograms

Sequence AATCTTCTGhellip

Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade

Мономолекулярное секвенирование

PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences

bull Большая длина прочтенияbull Ошибки не зависят от последовательностиbull Чтение модифицированных нуклеотидов

bull Высокий процент ошибокbull Высокая стоимость 57

Phospholinked Fluorescent Nucleotides or Real-time sequencing

58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63

Next Next generation sequencing

64

Template immobilization strategies

65

Four-color and one-colour reversible termination methods

66

Модифицированные dNTP

67

Спасибо за внимание

68

Секвенирование (Сэнгер)

2

dNTP и ddNTP

3


4





5


6


7

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

dNTP и ddNTP

3


4





5


6


7

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


4





5


6


7

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68





5


6


7

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


6


7

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


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101 200


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201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


7

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












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454 (Roche)


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27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

8



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


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101 200


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201 300


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301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Pacific Biosciences




58

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Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68



9


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


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454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

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Illumina

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Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Helicose

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Pacific Biosciences




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Pacific BioSciences

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Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


Sanger NGS NNGS10


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


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25


26


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Illumina

HiSeq MiSeq

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Illumina

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Bridge PCR

31


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SOLiD 33


34


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37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

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Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


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65


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67


68


bases bytes11


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


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454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Primers

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MgCl2

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Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


12

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

13

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


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454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


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39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

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1 100


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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MgCl2

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OneTouch Instrument



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Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

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1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

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50


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T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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C G A CG T AC GT A

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C



T

C

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T

T A

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T



AC G

T A C G T A C G T


T

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C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

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60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

Sanger NGS

Library preparation


Sequencing

14

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

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MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

NGS approaches







15


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


201 300


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


bull Emulsion PCR



16








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


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201 300


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301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







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TTT

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AA

54

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PacBio RS

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Helicose

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Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

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Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68








HiSeq 2000MiSeq












17








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


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454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

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Illumina

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Bridge PCR

31


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SOLiD 33


34


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36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Helicose

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Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68








HiSeq 2500MiSeq












18








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Primers

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MgCl2

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44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

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Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

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Particle



T

T A

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Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

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T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68








HiSeq 2500MiSeq












19








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


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10

10

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44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

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---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

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A G

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Particle



T

T A

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52

T



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T

A

C

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---Ion Spheretrade

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C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

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59

Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


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67


68








HiSeq 2500MiSeq












20








HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

23


24

454 (Roche)


25


26


27


28

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HiSeq MiSeq

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Illumina

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Bridge PCR

31


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SOLiD 33


34


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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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44

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синтез

45




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46



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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

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Particle



T

T A

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52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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56

Pacific Biosciences




58

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60

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63


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HiSeq 2500MiSeq












21








HiSeq 2500MiSeq












22

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25


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27


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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

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1 100


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101 200


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Primers

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46



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2011 2012 2013

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1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

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C G A CG T AC GT A

50


50

T



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C

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T

A

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Particle

C G A CG T AC GT A

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51

T



C



T

C

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T

T A

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52

T



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T A C G T A C G T


T

A

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T


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C G A CG T AC GT A

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53







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TTT

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AA

54

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PacBio RS

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Pacific Biosciences




58

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59

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HiSeq 2500MiSeq












22

23


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25


26


27


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Illumina

HiSeq MiSeq

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Illumina

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31


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SOLiD 33


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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

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1 100


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

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Data Analysis

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and Sequence

42


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10

10

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MgCl2

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OneTouch Instrument



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Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

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C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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Particle

C G A CG T AC GT A

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C



T

C

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T

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T



AC G

T A C G T A C G T


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C G A CG T AC GT A

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53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

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HeliScopetrade


PacBio RS

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Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

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Sanger amp NGS

63


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65


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23


24

454 (Roche)


25


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Illumina

HiSeq MiSeq

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Illumina

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Bridge PCR

31


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SOLiD 33


34


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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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401 500


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501 600

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Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


24

454 (Roche)


25


26


27


28

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


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201 300


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301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

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T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Helicose

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Pacific Biosciences




58

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Oxford Nanopore

60

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65


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Illumina

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31


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37

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39





Drain SourceBulk

дНТФ

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∆pH

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H+

40


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1 100


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


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10

10

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MgCl2

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синтез

45




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46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

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1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

A

C

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50


50

T



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C

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T

A

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T



C



T

C

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T



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T

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53







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Drain SourceBulk

дНТФ

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501 600

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Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Polymerase

MgCl2

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44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

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50


50

T



Sequencing Flows



C

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T

A

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T



C



T

C

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T

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T



AC G

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T

A

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C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Helicose

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58

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60

61

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63


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67


68


27


28

Illumina

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SOLiD 33


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Drain SourceBulk

дНТФ

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∆pH

∆Q

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H+

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1 100


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501 600

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Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



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Load Chip

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42


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10

10

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44

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45




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46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

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1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T A C G T A C G T


T

A

C

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50


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T



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C

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T

A

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51


51

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C



T

C

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A G

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T

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T



AC G

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T

A

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53







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AA

54

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56

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58

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59

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60

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63


64


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68


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37

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Drain SourceBulk

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∆pH

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H+

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Amplification

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Data

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Sample Preparation

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42


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10

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MgCl2

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44

OneTouch Instrument



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45




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46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

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C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

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Sequencing Flows

52

T



AC G

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T

A

C

G

T


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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

Illumina

HiSeq MiSeq

29

Illumina

30

Bridge PCR

31


32


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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MgCl2

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44

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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

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C G A CG T AC GT A

50


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T



Sequencing Flows



C

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T

A

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C G A CG T AC GT A

51


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T



C



T

C

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T

T A

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52

T



AC G

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T

A

C

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T


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Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

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59

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60

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63


64


65


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30

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SOLiD 33


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Drain SourceBulk

дНТФ

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∆pH

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H+

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Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

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42


Amplification

10

10

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Primers

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Polymerase

MgCl2

43

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44

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45




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46



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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T



Sequencing Flows



C

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C



T

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C G A CG T AC GT A

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Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

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58

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59

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60

61

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63


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31


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SOLiD 33


34


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К ресиверу

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44

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45




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46



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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

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1 Gb

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Sequencing Flows



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T

A

C

G

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Particle



C G A CG T AC GT A

50


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T



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C

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T

A

C

G

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Particle

C G A CG T AC GT A

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T



C



T

C

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T

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T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

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C G A CG T AC GT A

53


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53







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TTT

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AA

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PacBio RS

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58

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59

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63


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SOLiD 33


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дНТФ

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Analysis

Sample Preparation

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10

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44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

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Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


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T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


SOLiD 33


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


1 100


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


101 200


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201 300


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301 400


||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


401 500


|||||||||||||||||||||||||


501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

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59

Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


34


35

36


37

38


39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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101 200


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201 300


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

Expanded view

Primers

dNTPs

Polymerase

MgCl2

43

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



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T

A

C

G

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Particle



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50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

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Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

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PacBio RS

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58

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65


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35

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1 100


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Primers

dNTPs

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MgCl2

43

Amplification


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44

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46



47


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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

A

C

G

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Particle



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50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

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Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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56

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58

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59

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63


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65


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Drain SourceBulk

дНТФ

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∆pH

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1 100


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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MgCl2

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46



47


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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T A C G T A C G T


T

A

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G

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Particle



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50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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51


51

T



C



T

C

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T

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T

T A

52


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52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

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G

T


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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

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Oxford Nanopore

60

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63


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37

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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

Load Chip

and Sequence

42


Amplification

10

10

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Polymerase

MgCl2

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45




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46



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Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

A

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50


50

T



Sequencing Flows



C

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T

A

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51


51

T



C



T

C

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T

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T

T A

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52

T



AC G

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T

A

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---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

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59

Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

63


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65


66


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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

40


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1 100


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

DNASequencing



Data Analysis

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and Sequence

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10

10

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46



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T A C G T A C G T


T

A

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50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


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T



C



T

C

G

T

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A G

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Particle



T

T A

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Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

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T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


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65


66


67


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39





Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

∆ V


H+

40


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1 100


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301 400


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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

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10

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MgCl2

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45




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46



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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

A

C

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50


50

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C

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T

A

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51


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T



C



T

C

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T

T A

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52

T



AC G

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T

A

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T


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Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

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Sanger amp NGS

63


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Drain SourceBulk

дНТФ

К ресиверу

∆pH

∆Q

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H+

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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

Sample Preparation

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and Sequence

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10

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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T A C G T A C G T


T

A

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50


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C

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T

A

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T



C



T

C

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T

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Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

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T


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C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

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Sanger amp NGS

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401 500


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501 600

41


Prepare

Library

Clonal

Amplification

DNA RNA

Data

Analysis

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42


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10

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2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

A

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50


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T



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C

T A C G T A C G T


T

A

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C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

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T

T A

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Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

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59

Oxford Nanopore

60

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Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68


Prepare

Library

Clonal

Amplification

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Data

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2011 2012 2013

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10 Gb

100 Gb

49

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T A C G T A C G T


T

A

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C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

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Particle



T

T A

52


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52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

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T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

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62

Sanger amp NGS

63


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65


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Amplification

10

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Primers

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MgCl2

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Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



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45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 5-8

---Ion Spheretrade

Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

Flows 9+

A G

---Ion Spheretrade

Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

55

Helicose

56

Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

62

Sanger amp NGS

63


64


65


66


67


68

Amplification


Non-Ideal Cases

44

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

Sequencing Flows



T A C G T A C G T


T

A

C

G

Flows 1-4

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

50


50

T



Sequencing Flows



C

T A C G T A C G T


T

A

C

G

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Particle

C G A CG T AC GT A

51


51

T



C



T

C

G

T

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A G

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Particle



T

T A

52


Sequencing Flows

52

T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

C

G

T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







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TTT

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AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Helicose

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Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

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Oxford Nanopore

60

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63


64


65


66


67


68

OneTouch Instrument



синтез

45




Non-Templated ISP

46



47


Ion 314 Ion 316 Ion 318



Scalability

2011 2012 2013

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1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

A

C

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Particle



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50


50

T



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C

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T

A

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51


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T



C



T

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T

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52

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A

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53


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53







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67


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Non-Templated ISP

46



47


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A

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50


50

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C



T

C

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T

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52

T



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T

A

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Particle



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53


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53







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AA

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T

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50


50

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T

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T



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53







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AA

54

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PacBio RS

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Oxford Nanopore

60

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63


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66


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Ion 314 Ion 316 Ion 318



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2011 2012 2013

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10 Gb

100 Gb

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53







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AA

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58

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59

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60

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63


64


65


66


67


68

Scalability

2011 2012 2013

10 Mb

100 Mb

1 Gb

10 Gb

100 Gb

49

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T

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T

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AC G

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Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

HeliScopetrade


PacBio RS

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Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

59

Oxford Nanopore

60

61

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63


64


65


66


67


68

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T

A

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C G A CG T AC GT A

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50

T



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C



T

C

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T

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53







Key Sequence

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AA

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59

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63


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66


67


68

T



Sequencing Flows



C

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C



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Particle



T

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T



AC G

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53







Key Sequence

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AA

54

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Pacific Biosciences




58

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59

Oxford Nanopore

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63


64


65


66


67


68

T



C



T

C

G

T

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Particle



T

T A

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Sequencing Flows

52

T



AC G

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T

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T


And so onhellip

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Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







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AA

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56

Pacific Biosciences




58

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59

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63


64


65


66


67


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T



AC G

T A C G T A C G T


T

A

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T


And so onhellip

---Ion Spheretrade

Particle



C G A CG T AC GT A

53


Sequencing Flows

53







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TTT

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AA

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58

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59

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60

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63


64


65


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67


68







Key Sequence

TTT

TCAG

AA

54

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65


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58

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59

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63


64


65


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Helicose

56

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58

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59

Oxford Nanopore

60

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63


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65


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Pacific Biosciences




58

Pacific BioSciences

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60

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63


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60

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Oxford Nanopore

60

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63


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