Miriam Böhm Anne Weiland. BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets...
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Miriam Böhm
Anne Weiland
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• BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets
• beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen
Was sind Protein-Protein- Interaktionen?
• Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen
• die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen
• beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle weitergeleitet
• Bsp.: G-Proteine
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• The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital,Toronto Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/
• erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter dem Namen The GRID bekannt
• Protein Interaktionen, welche durch high-troughput- Verfahren (HTP), wie two-hybrid oder massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces cerevisiae entdeckt wurden
• ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu verwalten
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• heute sind weitere Spezies vertreten: Caenorhabditis elegans
Drosophila melanogasterHomo sapiens
Arabidopsis thaliana Bos taurus
Canis familiaris Danio rerio
Mus musculus Rattus norvegicus Schizosaccharomyces pombeTakifugu rubripes Xenopus laevis
• frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tab- delimited text-file oder im PSI-MI XML Format
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http://thebiogrid.org/
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HPRD ID: 05100LocusID: NM_006572 Entrez-Gene ID: 10672SwissProt: Q 14344Uniprot: Q 14344PIR: I57490RefSeq: NM_006572MIM: 604406HGNC: 4381Wormbase: -Flybase ID: - RATMAP: -
NCBI CDNA AccessionNCBI CDNA GINCBI Protein AccessionNCBI Protein GIMGDRGDZFINTremblSGD IDNREF
Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID gesucht werden können:
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• PSI: Proteomics Standard Initiative
• MI: molecular interaction
• PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen Standard für die Repräsentation von Daten in der Proteomik zu definieren, um das Verständis, den Vergleich und den Austausch der Daten zu erleichtern
PSI-MI XML Format
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PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1Änderungen in den Bereichen:
• experiment Description
• interaction
• protein Interactor
• protein Participant
• interactor
• participant
• feature
• feature Range
• Administrative changes mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31
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http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
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• MySQL • Osprey Network Visualization System • PHP • Proteomics Standards Initiative • Pubmed • Rat Genome Database • RatMap • Saccharomyces Genome Database • Samuel Lunenfeld Research Institute • Sun Microsystems • Swiss-Prot / TrEMBL • SystemsX • The International Molecular Exchange Consortium (IMEx) • WormBase • Zebrafish Information Network
• Arabidopsis Information Resource • BioPIXIE • Database of Interacting Proteins • Entrez-Gene • Flybase • Gene DB • Gene Ontology • Germ Online • Hugo Gene Nomenclature Committee • Human Protein Reference Database • IntAct Project • MIPS: MPact • Molecular Interactions Database • Mount Sinai Hospital • Mouse Genome Informatics
BioGRID Links
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Verwendung
• ermöglicht die Suche nach Interaktionen eines Proteins/Gens mit anderen
• sehr spezielles Einsatzgebiet• Protein/Gen sollte gut bekannt sein• Verlinkung mit anderen Datenbanken
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Ursprung der Daten
1) HTP-Verfahren– hohe Anzahl von Interaktionen erkannt– fehlerbehaftet– Grundlage zur Weiterarbeit
2) aus der Primärliteratur– oft wenige Interaktionen pro Publikation– hohe Genauigkeit der Daten
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Ursprung der Daten
• z.B. Proteindaten von Saccharomyces cerevisiae
Daten-quelle
AnzahlInteraktionen
AnzahlProteine
Anzahl Quellen
HTP-PI 4478 12994 5
LC-PI 3099 19744 3132
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Beispiel
• GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit eines menschlichen G-Proteins
www.thebiogrid.org
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Ausblick
• mehr Modellorganismen• artübergreifende Vorhersagen• BLAST-basierte Alignment-Suche• Vereinfachung der Installation lokaler
Versionen• Regulation des Einlesens von LC Daten• bessere Visualisierung
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- http://www.thebiogrid.org/
- http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/
- http://www.psidev.info/index.php?q=node/60
- http://www.informatik.uni- rostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf
- http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
- http://de.wikipedia.org/
- BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.; Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005
- The GRID: the General Repository for Interaction Datasets. Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003
Quellen